viewer.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: viewer.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/06/01 20:56:55  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: viewer.cpp,v 1000.4 2004/06/01 20:56:55 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software / database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software / database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Mike DiCuccio
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "viewer.hpp"
  41. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  42. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  43. #include <gui/plugin/PluginCommand.hpp>
  44. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  45. #include <gui/plugin/PluginArgSet.hpp>
  46. #include <gui/plugin/PluginArg.hpp>
  47. #include <gui/core/version.hpp>
  48. #include <gui/core/idocument.hpp>
  49. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  50. #include <gui/utils/app_popup.hpp>
  51. #include <corelib/ncbiapp.hpp>
  52. #include <corelib/ncbireg.hpp>
  53. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  54. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  55. BEGIN_NCBI_SCOPE
  56. USING_SCOPE(ncbi::objects);
  57. // standard info boilerplate
  58. void CAlgoLinkOut_Viewer::GetInfo(CPluginInfo& info)
  59. {
  60.     info.Reset();
  61.     // version info macro
  62.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  63.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  64.                  "CAlgoLinkOut_Viewer",
  65.                  "Link Out/View sequence in NCBI Web Viewer",
  66.                  "View this sequence on the NCBI Web Site", "");
  67.     // command info
  68.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  69.     CPluginCommand&    args = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  70.     args.AddArgument("seq-id", "Sequence ID to view",
  71.                      CSeq_id::GetTypeInfo());
  72. }
  73. // run our plugin
  74. void CAlgoLinkOut_Viewer::RunCommand(CPluginMessage& msg)
  75. {
  76.     const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
  77.     CPluginReply& reply = msg.SetReply();
  78.     plugin_args::TIdList ids;
  79.     GetArgValue(args["seq-id"], ids);
  80.     const CSeq_id&   id  = *ids.front().second;
  81.     const IDocument& doc = *ids.front().first;
  82.     // retrieve the default link for Viewer
  83.     CNcbiApplication* app = CNcbiApplication::Instance();
  84.     _ASSERT(app);
  85.     const CNcbiRegistry& reg = app->GetConfig();
  86.     string viewer_url =
  87.         reg.GetString("LINKOUT", "Viewer",
  88.                       "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi"
  89.                       "?val=<gi>");
  90.     //
  91.     // get gi from id
  92.     //
  93.     string id_str;
  94.     if ( id.IsGi() ) {
  95.         id_str = NStr::IntToString(id.GetGi());
  96.     } else {
  97.         CBioseq_Handle handle = doc.GetScope().GetBioseqHandle(id);
  98.         if ( !handle ) {
  99.             reply.SetStatus(eMessageStatus_failed);
  100.             return;
  101.         }
  102.         const CSeq_id& gi_id =
  103.             sequence::GetId(handle, sequence::eGetId_ForceGi);
  104.         id_str = NStr::IntToString(gi_id.GetGi());
  105.     }
  106.     //
  107.     // finalize our URL and launch!
  108.     //
  109.     viewer_url = NStr::Replace(viewer_url, "<gi>", id_str);
  110.     if ( !CAppPopup::PopupURL(viewer_url) ) {
  111.         reply.SetStatus(eMessageStatus_failed);
  112.     } else {
  113.         reply.SetStatus(eMessageStatus_success);
  114.     }
  115. }
  116. END_NCBI_SCOPE
  117. /*
  118.  * ===========================================================================
  119.  * $Log: viewer.cpp,v $
  120.  * Revision 1000.4  2004/06/01 20:56:55  gouriano
  121.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  122.  *
  123.  * Revision 1.7  2004/05/21 22:27:48  gorelenk
  124.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  125.  *
  126.  * Revision 1.6  2004/03/05 17:36:08  dicuccio
  127.  * Use sequence::GetId() instead of CSeq_id::GetStringDescr()
  128.  *
  129.  * Revision 1.5  2004/01/27 18:45:28  dicuccio
  130.  * Added missing header files
  131.  *
  132.  * Revision 1.4  2003/11/24 15:45:31  dicuccio
  133.  * Renamed CVersion to CPluginVersion
  134.  *
  135.  * Revision 1.3  2003/11/04 17:49:24  dicuccio
  136.  * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
  137.  * CPluginCommand/CPluginReply
  138.  *
  139.  * Revision 1.2  2003/09/29 15:37:13  dicuccio
  140.  * Added more informative menu string
  141.  *
  142.  * Revision 1.1  2003/09/23 19:45:45  dicuccio
  143.  * Initial revision
  144.  *
  145.  * ===========================================================================
  146.  */