utils.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: utils.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/12 19:31:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO___UTILS__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO___UTILS__HPP
  11. /*  $Id: utils.hpp,v 1000.1 2004/04/12 19:31:27 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <objects/seqfeat/Org_ref.hpp>
  42. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  43. BEGIN_NCBI_SCOPE
  44. /// Return the org-ref associated with a given bioseq handle.
  45. /// This makes use of the object manager's iterators to insure proper
  46. /// retrieval and filtering of the appropriate descriptors, and
  47. /// returns the org-ref if it is found.  The return value should
  48. /// be tested for validity, as an empty CConstRef<> will be returned
  49. /// if no org-ref is found.
  50. CConstRef<objects::COrg_ref> GetOrganism(const objects::CBioseq_Handle& handle);
  51. END_NCBI_SCOPE
  52. /*
  53.  * ===========================================================================
  54.  * $Log: utils.hpp,v $
  55.  * Revision 1000.1  2004/04/12 19:31:27  gouriano
  56.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  57.  *
  58.  * Revision 1.3  2004/02/27 17:01:19  dicuccio
  59.  * Un-inlined GetOrganism()
  60.  *
  61.  * Revision 1.2  2004/02/09 19:18:51  grichenk
  62.  * Renamed CDesc_CI to CSeq_descr_CI. Redesigned CSeq_descr_CI
  63.  * and CSeqdesc_CI to avoid using data directly.
  64.  *
  65.  * Revision 1.1  2003/09/25 17:49:17  dicuccio
  66.  * Cleaned up handling of org-refs - implemented private function to return the
  67.  * apporpriate COrg_ref.  Added virtual destructors where necessary
  68.  *
  69.  * ===========================================================================
  70.  */
  71. #endif  // GUI_PLUGINS_ALGO___UTILS__HPP