select_feature.cpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:8k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: select_feature.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 20:55:46  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: select_feature.cpp,v 1000.1 2004/06/01 20:55:46 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Mike DiCuccio
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *    CAlgoPlugin_SelectFeature -- implements the algorithm to calculate GC composition
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "select_feature.hpp"
  41. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  42. #include <gui/core/version.hpp>
  43. #include <gui/dialogs/col/multi_col_dlg.hpp>
  44. #include <gui/plugin/AlgoCommand.hpp>
  45. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  46. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  47. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  48. #include <gui/plugin/PluginValueConstraint.hpp>
  49. #include <gui/objutils/utils.hpp>
  50. #include <objects/seqfeat/SeqFeatData.hpp>
  51. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  52. #include <objmgr/feat_ci.hpp>
  53. #include <util/static_map.hpp>
  54. BEGIN_NCBI_SCOPE
  55. USING_SCOPE(objects);
  56. //
  57. // static lookup table for converting string-based feature type to actual
  58. // feature type
  59. //
  60. // these must be in "ASCIIbetical" order; beware of the fact that
  61. // closing quotes sort after spaces.
  62. //
  63. typedef pair<const char*, CSeqFeatData::E_Choice> TFeatType;
  64. static const TFeatType s_FeatureTypes[] = {
  65.     TFeatType("Biological source",           CSeqFeatData::e_Biosrc),
  66.     TFeatType("Bond",                        CSeqFeatData::e_Bond),
  67.     TFeatType("Coding region",               CSeqFeatData::e_Cdregion),
  68.     TFeatType("Comment",                     CSeqFeatData::e_Comment),
  69.     TFeatType("Gene",                        CSeqFeatData::e_Gene),
  70.     TFeatType("Heterogen",                   CSeqFeatData::e_Het),
  71.     TFeatType("Imported feature",            CSeqFeatData::e_Imp),
  72.     TFeatType("Non-standard residue",        CSeqFeatData::e_Non_std_residue),
  73.     TFeatType("Numbering system",            CSeqFeatData::e_Num),
  74.     TFeatType("Organism",                    CSeqFeatData::e_Org),
  75.     TFeatType("Protein",                     CSeqFeatData::e_Prot),
  76.     TFeatType("Protein secondary structure", CSeqFeatData::e_Psec_str),
  77.     TFeatType("Publication",                 CSeqFeatData::e_Pub),
  78.     TFeatType("RNA",                         CSeqFeatData::e_Rna),
  79.     TFeatType("Region",                      CSeqFeatData::e_Region),
  80.     TFeatType("Restriction site",            CSeqFeatData::e_Rsite),
  81.     TFeatType("Sequence",                    CSeqFeatData::e_Seq),
  82.     TFeatType("Site",                        CSeqFeatData::e_Site),
  83.     TFeatType("Transcription Initiation",    CSeqFeatData::e_Txinit),
  84.     TFeatType("User-defined",                CSeqFeatData::e_User)
  85. };
  86. typedef CStaticArrayMap<const char*, CSeqFeatData::E_Choice, PCase> TFeatTypeMap;
  87. static const TFeatTypeMap s_FeatureMap(s_FeatureTypes, sizeof(s_FeatureTypes));
  88. CAlgoPlugin_SelectFeature::~CAlgoPlugin_SelectFeature()
  89. {
  90. }
  91. // standard info boilerplate
  92. void CAlgoPlugin_SelectFeature::GetInfo(CPluginInfo& info)
  93. {
  94.     info.Reset();
  95.     // version info macro
  96.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  97.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  98.                  "CAlgoPlugin_SelectFeature", "Search/Features",
  99.                  "Search for features matching particular critera",
  100.                  "");
  101.     // command info
  102.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  103.     CPluginCommand&    args = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  104.     args.AddArgument("locs", "Locations to evaluate",
  105.                      CSeq_loc::GetTypeInfo(),
  106.                      CPluginArg::TData::e_Array);
  107.     // create a constraint type for features
  108.     CRef<CPluginValueConstraint> type_cons
  109.         (CPluginValueConstraint::CreateSet());
  110.     ITERATE (TFeatTypeMap, iter, s_FeatureMap) {
  111.         *type_cons, iter->first;
  112.     }
  113.     // constrain to features of type
  114.     args.AddOptionalArgument("type", "Feature type",
  115.                              CPluginArg::eString);
  116.     args.SetConstraint("type", *type_cons);
  117.     // constrain to features of subtype
  118.     // constrain to features whose label matches a given pattern
  119.     args.AddOptionalArgument("label_pattern",
  120.                              "Feature label like",
  121.                              CPluginArg::eString);
  122.     // constrain to features within near_range bases of a feature of a given
  123.     // type
  124.     args.AddOptionalArgument("near_type", "Near features of type",
  125.                              CPluginArg::eString);
  126.     args.SetConstraint("near_type", *type_cons);
  127.     args.AddOptionalArgument("near_range", "Near range",
  128.                              CPluginArg::eInteger);
  129. }
  130. void CAlgoPlugin_SelectFeature::RunCommand(CPluginMessage& msg)
  131. {
  132.     const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
  133.     CPluginReply& reply = msg.SetReply();
  134.     reply.SetStatus(eMessageStatus_failed);
  135.     plugin_args::TLocList locs;
  136.     GetArgValue(args["locs"], locs);
  137.     SAnnotSelector sel = CSeqUtils::GetAnnotSelector();
  138.     if (args.HasArgument("type")  &&  CPluginUtils::IsValid(args["type"])) {
  139.         CSeqFeatData::E_Choice type =
  140.             s_FeatureMap.find(args["type"].AsString().c_str())->second;
  141.         sel.SetFeatType(type);
  142.     }
  143.     string pattern;
  144.     if (args.HasArgument("label_pattern")  &&
  145.         CPluginUtils::IsValid(args["label_pattern"])) {
  146.         pattern = args["label_pattern"].AsString();
  147.     }
  148.     ITERATE (plugin_args::TLocList, iter, locs) {
  149.         const CSeq_loc& loc  = *iter->second;
  150.         const IDocument& doc = *iter->first;
  151.         CFeat_CI feat_iter(doc.GetScope(), loc, sel);
  152.         for ( ;  feat_iter;  ++feat_iter) {
  153.             reply.AddObject(doc, feat_iter->GetOriginalFeature());
  154.         }
  155.     }
  156.     reply.SetStatus(eMessageStatus_success);
  157. }
  158. END_NCBI_SCOPE
  159. /*
  160.  * ===========================================================================
  161.  * $Log: select_feature.cpp,v $
  162.  * Revision 1000.1  2004/06/01 20:55:46  gouriano
  163.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  164.  *
  165.  * Revision 1.6  2004/05/21 22:27:47  gorelenk
  166.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  167.  *
  168.  * Revision 1.5  2004/05/03 13:05:42  dicuccio
  169.  * gui/utils --> gui/objutils where needed
  170.  *
  171.  * Revision 1.4  2004/02/04 18:05:34  grichenk
  172.  * Added annotation filtering by set of types/subtypes.
  173.  * Renamed *Choice to *Type in SAnnotSelector.
  174.  *
  175.  * Revision 1.3  2004/01/29 17:27:18  ucko
  176.  * Ensure that TFeatTypeMap specifies comparing C strings by value rather
  177.  * than memory location.
  178.  *
  179.  * Revision 1.2  2004/01/28 03:59:43  ucko
  180.  * Fix order of s_FeatureTypes.
  181.  *
  182.  * Revision 1.1  2004/01/27 18:38:31  dicuccio
  183.  * Initial revision
  184.  *
  185.  * ===========================================================================
  186.  */