开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
gc_content.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：11k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

gc_content.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: gc_content.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/06/01 20:55:02  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.35
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: gc_content.cpp,v 1000.5 2004/06/01 20:55:02 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Mike DiCuccio
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *    CAlgoPlugin_GcContent -- implements the algorithm to calculate GC composition
  39.  */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include "gc_content.hpp"
  44. #include <algo/sequence/nuc_prop.hpp>
  45. #include <gui/core/plugin_utils.hpp>
  46. #include <gui/core/version.hpp>
  47. #include <gui/dialogs/col/multi_col_dlg.hpp>
  48. #include <gui/plugin/PluginCommandSet.hpp>
  49. #include <gui/plugin/PluginInfo.hpp>
  50. #include <gui/plugin/PluginReply.hpp>
  51. #include <gui/plugin/PluginRequest.hpp>
  52. #include <gui/plugin/PluginValueConstraint.hpp>
  53. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  54. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  57. BEGIN_NCBI_SCOPE
  58. USING_SCOPE(objects);
  62. CAlgoPlugin_GcContent::~CAlgoPlugin_GcContent()
  63. {
  64. }
  67. // standard info boilerplate
  68. void CAlgoPlugin_GcContent::GetInfo(CPluginInfo& info)
  69. {
  70.     info.Reset();
  72.     // version info macro
  73.     info.SetInfo(CPluginVersion::eMajor, CPluginVersion::eMinor, 0,
  74.                  string(__DATE__) + " " + string(__TIME__),
  75.                  "CAlgoPlugin_GcContent", "Composition/GC Content",
  76.                  "Determine the G+C+S content of the current selections",
  77.                  "");
  79.     // command info
  80.     CPluginCommandSet& cmds = info.SetCommands();
  81.     CPluginCommand&    args = cmds.AddAlgoCommand(eAlgoCommand_run);
  82.     args.AddArgument("locs", "Locations to evaluate",
  83.                      CSeq_loc::GetTypeInfo(),
  84.                      CPluginArg::TData::e_Array);
  85.     args.SetConstraint("locs",
  86.                        (*CPluginValueConstraint::CreateSeqMol(),
  87.                         CSeq_inst::eMol_na,
  88.                         CSeq_inst::eMol_dna,
  89.                         CSeq_inst::eMol_rna));
  90. }
  93. void CAlgoPlugin_GcContent::RunCommand(CPluginMessage& msg)
  94. {
  95.     const CPluginCommand& args = msg.GetRequest().GetCommand();
  96.     CPluginReply& reply = msg.SetReply();
  97.     _TRACE("CGcContet::Run()");
  99.     if ( !m_Dialog.get() ) {
  100.         m_Dialog.reset(new CMultiColDlg());
  102.         m_Dialog->SetTitle("GC Content");
  103.         m_Dialog->SetLabel("GC Content for the following locations:");
  104.         m_Dialog->SetColumn(0, "Sequence", FL_ALIGN_LEFT, 0.25f);
  105.         m_Dialog->SetColumn(1, "Location", FL_ALIGN_LEFT, 0.50f);
  106.         m_Dialog->SetColumn(2, "%GC",      FL_ALIGN_CENTER, 0.25f);
  107.     }
  109.     //
  110.     // first, evaluate whole sequences
  111.     //
  112.     int row = 0;
  113.     plugin_args::TLocList locs;
  114.     GetArgValue(args["locs"], locs);
  115.     ITERATE (plugin_args::TLocList, iter, locs) {
  116.         const CSeq_loc&  loc = *iter->second;
  117.         const IDocument& doc = *iter->first;
  119.         try {
  120.             CBioseq_Handle handle = doc.GetScope().GetBioseqHandle(loc);
  121.             CSeqVector vec =
  122.                 handle.GetSequenceView(loc,
  123.                                        CBioseq_Handle::eViewConstructed,
  124.                                        CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  125.             int pct_gc = CNucProp::GetPercentGC(vec);
  127.             string& id_str  = m_Dialog->SetCell(row, 0);
  128.             string& loc_str = m_Dialog->SetCell(row, 1);
  129.             string& gc_str  = m_Dialog->SetCell(row, 2);
  131.             const CSeq_id& best_id =
  132.                 sequence::GetId(handle, sequence::eGetId_Best);
  133.             id_str.erase();
  134.             best_id.GetLabel(&id_str);
  136.             loc_str = CPluginUtils::GetLabel(loc, &doc.GetScope());
  137.             gc_str = NStr::IntToString(pct_gc);
  139.             ++row;
  140.         }
  141.         catch (CException& e) {
  142.             string str = CPluginUtils::GetLabel(loc, &doc.GetScope());
  143.             LOG_POST(Error << "Error processing location " << str
  144.                      << ": " << e.what());
  145.         }
  146. #ifndef _DEBUG
  147.         catch (...) {
  148.             string str = CPluginUtils::GetLabel(loc, &doc.GetScope());
  149.             LOG_POST(Error << "Error processing location " << str);
  150.         }
  151. #endif
  152.     }
  154.     //
  155.     // prepare our dialog box
  156.     //
  157.     m_Dialog->SetRows(row);
  158.     m_Dialog->Show();
  159.     reply.SetStatus(eMessageStatus_success);
  160. }
  163. END_NCBI_SCOPE
  166. /*
  167.  * ===========================================================================
  168.  * $Log: gc_content.cpp,v $
  169.  * Revision 1000.5  2004/06/01 20:55:02  gouriano
  170.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.35
  171.  *
  172.  * Revision 1.35  2004/05/21 22:27:46  gorelenk
  173.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  174.  *
  175.  * Revision 1.34  2004/03/05 17:35:37  dicuccio
  176.  * Use sequence::GetId() instead of CSeq_id::GetStringDescr()
  177.  *
  178.  * Revision 1.33  2004/01/27 18:37:45  dicuccio
  179.  * Code clean-up.  Use standard names for plugins.  Removed unnecessary #includes
  180.  *
  181.  * Revision 1.32  2004/01/07 15:50:36  dicuccio
  182.  * Adjusted for API change in CPluginUtils::GetLabel().  Standardized exception
  183.  * reporting in algorithms.
  184.  *
  185.  * Revision 1.31  2003/11/24 15:45:26  dicuccio
  186.  * Renamed CVersion to CPluginVersion
  187.  *
  188.  * Revision 1.30  2003/11/06 20:12:12  dicuccio
  189.  * Cleaned up handling of USING_SCOPE - removed from all headers
  190.  *
  191.  * Revision 1.29  2003/11/04 17:49:23  dicuccio
  192.  * Changed calling parameters for plugins - pass CPluginMessage instead of paired
  193.  * CPluginCommand/CPluginReply
  194.  *
  195.  * Revision 1.28  2003/10/07 13:47:00  dicuccio
  196.  * Renamed CPluginURL* to CPluginValue*
  197.  *
  198.  * Revision 1.27  2003/09/04 14:05:24  dicuccio
  199.  * Use IDocument instead of CDocument
  200.  *
  201.  * Revision 1.26  2003/09/03 14:46:53  rsmith
  202.  * change namespace name from args to plugin_args to avoid clashes with variable names.
  203.  *
  204.  * Revision 1.25  2003/08/21 12:03:07  dicuccio
  205.  * Make use of new typedef in plugin_utils.hpp for argument values.
  206.  *
  207.  * Revision 1.24  2003/08/05 17:03:55  dicuccio
  208.  * Made multi-column output dialog a member variable - allows non-modal operation
  209.  *
  210.  * Revision 1.23  2003/07/28 11:51:48  dicuccio
  211.  * Rewrote CTablePanel<> to be more flexible and better contained.  Added standard
  212.  * multicolumn list dialog.  Deprecated use of COutputDlg.
  213.  *
  214.  * Revision 1.22  2003/07/22 15:32:16  dicuccio
  215.  * Changed to make use of new API in plugin_utils.hpp - GetArgValue()
  216.  *
  217.  * Revision 1.21  2003/07/21 19:32:53  dicuccio
  218.  * Added constraints based on molecule type
  219.  *
  220.  * Revision 1.20  2003/07/14 11:12:43  shomrat
  221.  * Plugin messageing system related changes
  222.  *
  223.  * Revision 1.19  2003/07/01 15:08:41  jcherry
  224.  * Moved a bunch of stuff into CNucProp and CProtProp
  225.  * Put these in c++/{src,include}/algo/sequence
  226.  *
  227.  * Revision 1.18  2003/06/26 15:33:40  dicuccio
  228.  * Moved GetURLValue() from PluginURL.hpp to plugin_utils.hpp.  Fixed compilation
  229.  * errors relating to missing #includes
  230.  *
  231.  * Revision 1.17  2003/06/25 17:02:57  dicuccio
  232.  * Split CPluginHandle into a handle (pointer-to-implementation) and
  233.  * implementation file.  Lots of #include file clean-ups.
  234.  *
  235.  * Revision 1.16  2003/06/20 14:52:36  dicuccio
  236.  * Revised plugin registration - moved GetInfo() into the plugin handler
  237.  *
  238.  * Revision 1.15  2003/06/02 16:06:21  dicuccio
  239.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  240.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  241.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  242.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  243.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  244.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  245.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  246.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  247.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  248.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  249.  * replaces the three libmmdb? libs.
  250.  *
  251.  * Revision 1.14  2003/05/19 13:39:07  dicuccio
  252.  * Moved gui/core/plugin/ --> gui/plugin/.  Merged core libraries into libgui_core
  253.  *
  254.  * Revision 1.13  2003/04/24 16:38:00  dicuccio
  255.  * Updated to reflect changes in plugin API
  256.  *
  257.  * Revision 1.12  2003/03/25 13:47:42  dicuccio
  258.  * Reimplemented to take one required argument instead of three optional ones -
  259.  * makes standard processing easier
  260.  *
  261.  * Revision 1.11  2003/03/11 15:23:29  kuznets
  262.  * iterate -> ITERATE
  263.  *
  264.  * Revision 1.10  2003/02/25 14:45:16  dicuccio
  265.  * Changed accessors to match changes in plugin arguments accessors
  266.  *
  267.  * Revision 1.9  2003/02/24 13:03:15  dicuccio
  268.  * Renamed classes in plugin spec:
  269.  *     CArgSeg --> CPluginArgSet
  270.  *     CArgument --> CPluginArg
  271.  *     CPluginArgs --> CPluginCommand
  272.  *     CPluginCommands --> CPluginCommandSet
  273.  *
  274.  * Revision 1.8  2003/02/20 19:49:53  dicuccio
  275.  * Created new plugin architecture, based on ASN.1 spec.  Moved GBENCH frameowrk
  276.  * over to use new plugin architecture.
  277.  *
  278.  * Revision 1.7  2003/02/05 19:47:23  dicuccio
  279.  * Fixed memory leak with output dialog.  Changed ambiguous 'R' to 'S' for G+C
  280.  *
  281.  * Revision 1.6  2003/01/13 13:10:05  dicuccio
  282.  * Namespace clean-up.  Retired namespace gui -> converted all to namespace ncbi.
  283.  * Moved all FLUID-generated code into namespace ncbi.
  284.  *
  285.  * Revision 1.5  2003/01/09 14:49:21  dicuccio
  286.  * Use 'const CBioseq_Handle&' instead of 'CBioseq_Handle&'
  287.  *
  288.  * Revision 1.4  2002/12/30 18:14:18  dicuccio
  289.  * Minor syntactic fixes.  Reformatted some long lines.
  290.  *
  291.  * Revision 1.3  2002/12/30 17:21:40  ostell
  292.  * Added support for most document type selections. Changed labels to use Labelxxx functions.
  293.  *
  294.  * Revision 1.2  2002/11/07 18:34:52  dicuccio
  295.  * Changed to use string::empty()instead of compare to empty string.
  296.  *
  297.  * Revision 1.1  2002/11/05 20:59:20  dicuccio
  298.  * Initial revision
  299.  *
  300.  * ===========================================================================
  301.  */