rebase.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: rebase.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/12 19:30:13  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_PLUGINS_ALGO_BASIC___REBASE__HPP
  10. #define GUI_PLUGINS_ALGO_BASIC___REBASE__HPP
  11. /*  $Id: rebase.hpp,v 1000.1 2004/04/12 19:30:13 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Josh Cherry
  37.  *
  38.  * File Description:  Code to deal with REBASE restriction enzyme database
  39.  *
  40.  */
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <algo/sequence/restriction.hpp>
  43. BEGIN_NCBI_SCOPE
  44. ///
  45. /// This class provides utilities for dealing with
  46. /// REBASE format restriction enzyme databases.
  47. ///
  48. class CRebase
  49. {
  50. public:
  51.     // build a CRSpec based on a string from REBASE
  52.     static CRSpec MakeRSpec(const string& site);
  53.     // build a CREnzyme based on two strings from REBASE
  54.     static CREnzyme MakeREnzyme(const string& name, const string& sites);
  55.     // whether to read all enzymes, only those commercially
  56.     // available, or the prototype for every recognition site
  57.     enum EEnzymesToLoad {
  58.         eAll,
  59.         eCommercial,
  60.         ePrototype
  61.     };
  62.     // read a REBASE file in "NAR" format
  63.     static void ReadNARFormat(istream& input,
  64.                               vector<CREnzyme>& enzymes,
  65.                               enum EEnzymesToLoad which);
  66. private:
  67.     static void x_ParseCutPair(const string& s, int& plus_cut, int& minus_cut);
  68. };
  69. END_NCBI_SCOPE
  70. /*
  71.  * ===========================================================================
  72.  * $Log: rebase.hpp,v $
  73.  * Revision 1000.1  2004/04/12 19:30:13  gouriano
  74.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  75.  *
  76.  * Revision 1.3  2004/01/27 18:38:09  dicuccio
  77.  * Code clean-up.  Use standard names for plugins.  Removed unnecessary #includes
  78.  *
  79.  * Revision 1.2  2003/08/21 19:24:16  jcherry
  80.  * Moved restriction site finding to algo/sequence
  81.  *
  82.  * Revision 1.1  2003/08/12 18:52:58  jcherry
  83.  * Initial version
  84.  *
  85.  * ===========================================================================
  86.  */
  87. #endif   // GUI_PLUGINS_ALGO_BASIC___REBASE__HPP