生物技术

开发平台：
C/C++

alnvec_multi_ds.cpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: alnvec_multi_ds.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 21:07:18  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: alnvec_multi_ds.cpp,v 1000.2 2004/06/01 21:07:18 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
 * Authors:  Andrey Yazhuk
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 * File Description:
 *
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#include <ncbi_pch.hpp>
#include <gui/widgets/aln_multiple/alnvec_multi_ds.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(ncbi::objects);
CAlnVecMultiDataSource::CAlnVecMultiDataSource()
{
}
CAlnVecMultiDataSource::~CAlnVecMultiDataSource()
{
    x_ClearHandles();
}
int     CAlnVecMultiDataSource::GetConsensusRow() const
{
    return x_GetConsensusRow();
}
CAlnVecMultiDataSource::TNumrow  CAlnVecMultiDataSource::GetNumRows (void) const 
{
    return (TNumrow) m_AlnMgr->GetNumRows();
}
TSeqPos  CAlnVecMultiDataSource::GetAlnStart (void) const
{
    return m_AlnMgr->GetAlnStart();
}
TSeqPos  CAlnVecMultiDataSource::GetAlnStop (void) const
{
    return m_AlnMgr->GetAlnStop();
}
bool  CAlnVecMultiDataSource::IsSetAnchor (void) const
{
    return m_AlnMgr->IsSetAnchor();
}
CAlnVecMultiDataSource::TNumrow  CAlnVecMultiDataSource::GetAnchor (void) const
{
    return m_AlnMgr->GetAnchor();
}
void  CAlnVecMultiDataSource::SetAnchor (TNumrow anchor)
{
    m_AlnMgr->SetAnchor(anchor);
}
void  CAlnVecMultiDataSource::UnsetAnchor (void)
{
    m_AlnMgr->UnsetAnchor();
}
bool    CAlnVecMultiDataSource::CanGetId(TNumrow row) const
{
    return (row >= 0  &&  row < m_AlnMgr->GetNumRows());
}
const CSeq_id&  CAlnVecMultiDataSource::GetSeqId(TNumrow row) const
{
    return m_AlnMgr->GetSeqId(row);
}
const CBioseq_Handle &  CAlnVecMultiDataSource::GetBioseqHandle(TNumrow row) const
{
    return m_AlnMgr->GetBioseqHandle(row);
}
TSignedSeqPos  CAlnVecMultiDataSource::GetAlnPosFromSeqPos(TNumrow for_row, TSeqPos aln_pos, 
                                                        ESearchDirection dir, 
                                                        bool try_reverse_dir) const 
{
    return m_AlnMgr->GetAlnPosFromSeqPos(for_row, aln_pos, (CAlnVec::ESearchDirection) dir, try_reverse_dir);
}
TSignedSeqPos  CAlnVecMultiDataSource::GetSeqPosFromAlnPos(TNumrow row, TSeqPos seq_pos, 
                                            ESearchDirection dir, 
                                            bool try_reverse_dir) const
{
    return m_AlnMgr->GetSeqPosFromAlnPos(row, seq_pos, (CAlnVec::ESearchDirection) dir, try_reverse_dir);
}
void  CAlnVecMultiDataSource::SetGapChar (TResidue gap_char)
{
    m_AlnMgr->SetGapChar(gap_char);
}
const IAlignRowHandle*  CAlnVecMultiDataSource::GetRowHandle(TNumrow row) const
{
    return static_cast<const IAlignRowHandle*>(m_Handles[row]);
}
void CAlnVecMultiDataSource::x_ClearHandles()
{
    NON_CONST_ITERATE(THandleVector, it, m_Handles) {
        delete *it;
    }
    m_Handles.clear();
}
void CAlnVecMultiDataSource::x_CreateHandles()
{
    TNumrow row_n = m_AlnMgr->GetNumRows();
    m_Handles.resize(row_n);
    for( TNumrow r = 0; r < row_n;  r++ )   {
        m_Handles[r] = new CAlnVecRowHandle(m_AlnMgr, r);
    }
}
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: alnvec_multi_ds.cpp,v $
 * Revision 1000.2  2004/06/01 21:07:18  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 *
 * Revision 1.8  2004/05/21 22:27:52  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.7  2004/04/06 13:37:31  dicuccio
 * Removed dead code
 *
 * Revision 1.6  2004/03/24 19:20:02  yazhuk
 * Commented traces
 *
 * Revision 1.5  2004/02/11 15:26:55  yazhuk
 * Removed constructors with arguments
 *
 * Revision 1.4  2003/12/10 19:03:46  yazhuk
 * Added const specifier to CanGetId() and GetSeqId().
 *
 * Revision 1.3  2003/12/10 17:04:59  yazhuk
 * Changed row identification from mandatory CBioseqHandle to optional CSeq_id.
 * Clean-up
 *
 * Revision 1.2  2003/12/08 15:13:47  yazhuk
 * Moved constructors from .hpp
 *
 * Revision 1.1  2003/10/29 23:29:48  yazhuk
 * Initial revision
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