phylo_tree_demo_ui.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:6k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: phylo_tree_demo_ui.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 21:12:05  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: phylo_tree_demo_ui.cpp,v 1000.1 2004/06/01 21:12:05 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Vlad Lebedev
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "phylo_tree_demo_ui.hpp"
  41. #include <gui/utils/message_box.hpp>
  42. #include <gui/utils/fltk_utils.hpp>
  43. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  44. #include <serial/objistr.hpp>
  45. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  46. #include <serial/serial.hpp>
  47. #include <gui/widgets/phylo_tree/phylo_tree_reader.hpp>
  48. BEGIN_NCBI_SCOPE
  49. USING_SCOPE(objects);
  50. #include "phylo_tree_demo_ui_.cpp"
  51. Int4 currRenderer = 0;
  52. Fl_Menu_Item renderers[] = {
  53.     {"Rectangle Cladogram", 0,0, (void*)"0"},    
  54.     {"Slated Cladogram", 0,0, (void*)"1"},    
  55.     {0}
  56. };
  57. void cb_Renderer(Fl_Widget * widget, void * data)
  58. {
  59.     Fl_Menu_* mw = (Fl_Menu_*)widget;
  60.     const   Fl_Menu_Item* m = mw->mvalue();
  61.     currRenderer = NStr::StringToInt(string((char*)m->user_data()));    
  62.     if(data) ((CPhyloTreeWidget*)data)->SetCurrRenderer(currRenderer);
  63.     //((CPhyloTreeWidget*)data)->request_focus();
  64. }
  65. CPhyloTreeDemoUI::CPhyloTreeDemoUI()
  66. {
  67.     m_Window = x_CreateWindow();
  68.     CFltkEvent::SetOSDefaults();
  69.     
  70.     CPhyloPhylipReader * reader = new CPhyloPhylipReader("(A05242:3.0,A09942:4.0)");        
  71.     m_DataSource.Reset(new CPhyloTreeDataSource(reader));
  72.     
  73.     m_AlnWidget->SetDataSource(m_DataSource.GetPointer());  
  74.    
  75. }
  76. CPhyloTreeDemoUI::~CPhyloTreeDemoUI()
  77. {
  78.     // these must be deleted in proper order
  79.     m_DataSource.Reset();
  80.     m_Scope.Reset();
  81.     m_ObjMgr.Reset();    
  82. }
  83. void CPhyloTreeDemoUI::Show(int argc, char** argv)
  84.     m_Renderer->menu(renderers);
  85.     m_Renderer->value(0);
  86.     m_Renderer->callback(cb_Renderer, (void*)m_AlnWidget);      
  87.     m_Window->show(argc, argv);
  88.     Fl::run();    
  89. }
  90. void CPhyloTreeDemoUI::x_OnLoadAccession()
  91. {
  92.     /*
  93.     CSeq_id id(m_Accession->value());
  94.     if (id.Which() == CSeq_id::e_not_set) {
  95.         string msg("Accession '");
  96.         msg += m_Accession->value();
  97.         msg += "' not recognized as a valid accession";
  98.         NcbiMessageBox(msg, eDialog_Ok, eIcon_Exclamation,
  99.                        "Unhandled Accession");
  100.         return;
  101.     }
  102.     if ( !m_ObjMgr ) {
  103.         m_ObjMgr.Reset(new CObjectManager());
  104.         m_ObjMgr->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader(),
  105.                                      CObjectManager::eDefault);
  106.         m_Scope.Reset(new CScope(*m_ObjMgr));
  107.         m_Scope->AddDefaults();
  108.     }
  109.     // retrieve our sequence
  110.     CBioseq_Handle handle = m_Scope->GetBioseqHandle(id);
  111.     if ( !handle ) {
  112.         string msg("Can't find sequence for accession '");
  113.         msg += m_Accession->value();
  114.         msg += "'";
  115.         NcbiMessageBox(msg, eDialog_Ok, eIcon_Exclamation,
  116.                        "Sequence Not Found");
  117.         return;
  118.     }
  119.     //m_DataSource.Reset(new CCrossAlnDataSource(aset.GetObject(), m_Scope.GetObject()));
  120.     */
  121. }
  122. void CPhyloTreeDemoUI::x_OnLoadFile()
  123. {
  124.     m_AlnWidget->SetDataSource(m_DataSource.GetPointer());    
  125.     /*
  126.     string filename(m_InputFile->value());
  127.     auto_ptr<CObjectIStream>    is(CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, filename));
  128.     //CRef<CSeq_align_set> aset(new CSeq_align_set());
  129.     CRef<CSeq_annot> annot(new CSeq_annot());
  130.     *is >> *annot;
  131.     if ( !m_ObjMgr ) {
  132.         m_ObjMgr.Reset(new CObjectManager());
  133.         m_ObjMgr->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader(),
  134.                                      CObjectManager::eDefault);
  135.         m_Scope.Reset(new CScope(*m_ObjMgr));
  136.         m_Scope->AddDefaults();
  137.     }
  138.     //m_DataSource.Reset(new CCrossAlnDataSource(aset.GetObject(), m_Scope.GetObject()));zzzzz
  139.     m_DataSource.Reset(new CCrossAlnDataSource(annot.GetObject(), m_Scope.GetObject()));
  140.     CCrossAlnDataSource::TIdRefCont all_ids =  m_DataSource->GetSeqIDs();
  141.     // choosing sequences to display
  142.     if(all_ids.size() >1 )  {
  143.         CCrossAlnDataSource::TIdRefCont::const_iterator  it = all_ids.begin();
  144.         CConstRef<CSeq_id>   s_id(*it);
  145.         CConstRef<CSeq_id>   q_id(*(++it));
  146.         m_DataSource->SelectIds(s_id, q_id);
  147.         m_AlnWidget->SetDataSource(m_DataSource.GetPointer());    
  148.         x_FillLists();
  149.     }
  150.     */
  151. }
  152. void CPhyloTreeDemoUI::x_QuitApp()
  153. {
  154.     delete m_MainWindow;
  155. }
  156. END_NCBI_SCOPE
  157. /*
  158.  * ===========================================================================
  159.  * $Log: phylo_tree_demo_ui.cpp,v $
  160.  * Revision 1000.1  2004/06/01 21:12:05  gouriano
  161.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  162.  *
  163.  * Revision 1.2  2004/05/21 22:27:54  gorelenk
  164.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  165.  *
  166.  * Revision 1.1  2004/02/13 17:05:23  tereshko
  167.  * Phylogenetic Tree Widget initial revision
  168.  *
  169.  * Revision 1.2  2004/01/05 18:50:29  vasilche
  170.  * Fixed path to include files.
  171.  *
  172.  * Revision 1.1  2003/12/22 13:09:17  lebedev
  173.  * Initial revision
  174.  *
  175.  * ===========================================================================
  176.  */