hit_matrix_demo_ui.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:6k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: hit_matrix_demo_ui.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 21:11:24  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: hit_matrix_demo_ui.cpp,v 1000.2 2004/06/01 21:11:24 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Andrey Yazhuk
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include "hit_matrix_demo_ui.hpp"
  41. #include <gui/utils/message_box.hpp>
  42. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  43. #include <serial/objistr.hpp>
  44. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  45. #include <serial/serial.hpp>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. USING_SCOPE(objects);
  48. #include "hit_matrix_demo_ui_.cpp"
  49. DEFINE_MENU(Menu)
  50.     SUBMENU("Zoom")
  51.         MENU_ITEM(eCmdZoomIn, "Zoom In")
  52.         MENU_ITEM(eCmdZoomOut, "Zoom Out")
  53.         MENU_ITEM(eCmdZoomAll, "Zoom All")
  54.         MENU_ITEM(eCmdZoomObjects, "Zoom to Hits")
  55.         MENU_SEPARATOR()
  56.         MENU_ITEM(eCmdZoomSel, "Zoom to Selection")
  57.         MENU_ITEM(eCmdZoomSelObjects, "Zoom to Selected Hits")
  58.         MENU_ITEM(eCmdSetEqualScale, "Make Proportional")
  59.         MENU_SEPARATOR()
  60.         MENU_ITEM(eCmdZoomInX, "Zoom In Subject")
  61.         MENU_ITEM(eCmdZoomOutX, "Zoom Out Subject")
  62.         MENU_ITEM(eCmdZoomAllX, "Zoom All Subject")
  63.         MENU_SEPARATOR()
  64.         MENU_ITEM(eCmdZoomInY, "Zoom In Query")
  65.         MENU_ITEM(eCmdZoomOutY, "Zoom Out Query")
  66.         MENU_ITEM(eCmdZoomAllY, "Zoom All Query")        
  67.     END_SUBMENU()
  68.     SUBMENU("View")
  69.         MENU_ITEM(eCmdChooseSeq, "Choose Sequences to Display...")
  70.         MENU_ITEM(eCmdColorByScore, "Color by Score...")
  71.     END_SUBMENU()
  72. END_MENU()
  73. CHitMatrixDemoUI::CHitMatrixDemoUI()
  74. {
  75.     m_Window.reset(x_CreateWindow());
  76.     
  77.     m_MenuBar->SetItems(Menu);
  78.     m_MenuBar->SetCmdTarget(m_MatrixWidget);
  79. }
  80. CHitMatrixDemoUI::~CHitMatrixDemoUI()
  81. {
  82.     // these must be deleted in proper order
  83.     m_DataSource.Reset();
  84.     m_Window.reset();
  85.     m_Scope.Reset();
  86.     m_ObjMgr.Reset();
  87. }
  88. void CHitMatrixDemoUI::Show(int argc, char** argv)
  89. {
  90.     m_Accession->value("gi|");
  91.     m_Accession->redraw();
  92.     m_InputFile->value("E:\Projects\c++\compilers\msvc_prj\gbench\blastres.asn");
  93.     m_InputFile->redraw();
  94.     m_Window->show(argc, argv);
  95.     while (m_Window->shown()) {
  96.         Fl::wait();
  97.     }
  98. }
  99. void CHitMatrixDemoUI::x_OnLoadAccession()
  100. {
  101.     CSeq_id id(m_Accession->value());
  102.     if (id.Which() == CSeq_id::e_not_set) {
  103.         string msg("Accession '");
  104.         msg += m_Accession->value();
  105.         msg += "' not recognized as a valid accession";
  106.         NcbiMessageBox(msg, eDialog_Ok, eIcon_Exclamation,
  107.                        "Unhandled Accession");
  108.         return;
  109.     }
  110.     if ( !m_ObjMgr ) {
  111.         m_ObjMgr.Reset(new CObjectManager());
  112.         m_ObjMgr->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader(),
  113.                                      CObjectManager::eDefault);
  114.         m_Scope.Reset(new CScope(*m_ObjMgr));
  115.         m_Scope->AddDefaults();
  116.     }
  117.     // retrieve our sequence
  118.     CBioseq_Handle handle = m_Scope->GetBioseqHandle(id);
  119.     if ( !handle ) {
  120.         string msg("Can't find sequence for accession '");
  121.         msg += m_Accession->value();
  122.         msg += "'";
  123.         NcbiMessageBox(msg, eDialog_Ok, eIcon_Exclamation,
  124.                        "Sequence Not Found");
  125.         return;
  126.     }
  127. }
  128. void CHitMatrixDemoUI::x_OnLoadFile()
  129. {
  130.     string filename(m_InputFile->value());
  131.     auto_ptr<CObjectIStream>    is(CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, filename));
  132.     CRef<CSeq_align_set> aset(new CSeq_align_set());
  133.     *is >> *aset;
  134.     if ( !m_ObjMgr ) {
  135.         m_ObjMgr.Reset(new CObjectManager());
  136.         m_ObjMgr->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader(),
  137.                                      CObjectManager::eDefault);
  138.         m_Scope.Reset(new CScope(*m_ObjMgr));
  139.         m_Scope->AddDefaults();
  140.     }
  141.     m_DataSource.Reset(new CHitMatrixDataSource(*aset, *m_Scope));
  142.     CHitMatrixDataSource::TIdRefCont all_ids =  m_DataSource->GetSeqIDs();
  143.     // choosing sequences to display
  144.     if(all_ids.size() >1 )  {
  145.         CHitMatrixDataSource::TIdRefCont::const_iterator  it = all_ids.begin();
  146.         CConstRef<CSeq_id>   s_id(*it);
  147.         CConstRef<CSeq_id>   q_id(*(++it));
  148.         m_DataSource->SelectIds(s_id, q_id);
  149.         m_MatrixWidget->SetDataSource(m_DataSource.GetPointer());    
  150.     }    
  151. }
  152. END_NCBI_SCOPE
  153. /*
  154.  * ===========================================================================
  155.  * $Log: hit_matrix_demo_ui.cpp,v $
  156.  * Revision 1000.2  2004/06/01 21:11:24  gouriano
  157.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  158.  *
  159.  * Revision 1.7  2004/05/21 22:27:54  gorelenk
  160.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  161.  *
  162.  * Revision 1.6  2004/05/17 16:27:24  gorelenk
  163.  * GetObject changed to dereferencin operator
  164.  *
  165.  * Revision 1.5  2004/02/12 21:07:29  yazhuk
  166.  * Reorganized menu and added new commands
  167.  *
  168.  * Revision 1.4  2004/01/15 20:19:31  yazhuk
  169.  * Added menu defintion and menu setup code
  170.  *
  171.  * Revision 1.3  2004/01/05 18:50:29  vasilche
  172.  * Fixed path to include files.
  173.  *
  174.  * Revision 1.2  2003/12/05 17:50:09  yazhuk
  175.  * Fixed viewer initialization code.
  176.  *
  177.  * Revision 1.1  2003/11/17 20:58:56  yazhuk
  178.  * Initial revision
  179.  *
  180.  * ===========================================================================
  181.  */