aln_table_ds.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: aln_table_ds.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 21:07:53  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: aln_table_ds.cpp,v 1000.1 2004/06/01 21:07:53 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Mike DiCuccio
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *
  38.  */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include <gui/widgets/aln_table/aln_table_ds.hpp>
  41. #include <objmgr/align_ci.hpp>
  42. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  43. BEGIN_NCBI_SCOPE
  44. USING_SCOPE(objects);
  45. CAlnTableDS::CAlnTableDS(CScope& scope,
  46.                          const CSeq_loc& loc)
  47. {
  48.     TAlnProxy proxy;
  49.     proxy.scope.Reset(&scope);
  50.     CAlign_CI align_iter(scope, loc, SAnnotSelector());
  51.     for ( ;  align_iter;  ++align_iter) {
  52.         proxy.align.Reset(&align_iter.GetOriginalSeq_align());
  53.         m_Alignments.push_back(proxy);
  54.     }
  55. }
  56. CAlnTableDS::CAlnTableDS(CScope& scope,
  57.                          const CSeq_annot& annot)
  58. {
  59.     if ( !annot.GetData().IsAlign() ) {
  60.         NCBI_THROW(CException, eUnknown,
  61.                    "Annotation is not a seq-align");
  62.     }
  63.     TAlnProxy proxy;
  64.     proxy.scope.Reset(&scope);
  65.     ITERATE (CSeq_annot::TData::TAlign, iter, annot.GetData().GetAlign()) {
  66.         proxy.align = *iter;
  67.         m_Alignments.push_back(proxy);
  68.     }
  69. }
  70. CAlnTableDS::CAlnTableDS(CScope& scope,
  71.                          const CSeq_align& align)
  72. {
  73.     TAlnProxy proxy;
  74.     proxy.align.Reset(&align);
  75.     proxy.scope.Reset(&scope);
  76.     m_Alignments.push_back(proxy);
  77. }
  78. CAlnTableDS::CAlnTableDS(CScope& scope,
  79.                          const CSeq_align_set& aligns)
  80. {
  81.     TAlnProxy proxy;
  82.     proxy.scope.Reset(&scope);
  83.     ITERATE (CSeq_align_set::Tdata, iter, aligns.Get()) {
  84.         proxy.align = *iter;
  85.         m_Alignments.push_back(proxy);
  86.     }
  87. }
  88. CAlnTableDS::CAlnTableDS(CScope& scope,
  89.                          const list< CConstRef<CSeq_align> >& aligns)
  90. {
  91.     TAlnProxy proxy;
  92.     proxy.scope.Reset(&scope);
  93.     ITERATE (list< CConstRef<CSeq_align> >, iter, aligns) {
  94.         proxy.align = *iter;
  95.         m_Alignments.push_back(proxy);
  96.     }
  97. }
  98. void CAlnTableDS::Add(CScope& scope, const CSeq_align& align)
  99. {
  100.     TAlnProxy proxy;
  101.     proxy.align.Reset(&align);
  102.     proxy.scope.Reset(&scope);
  103.     m_Alignments.push_back(proxy);
  104. }
  105. const CAlnTableDS::TAlignments& CAlnTableDS::GetAlignments(void) const
  106. {
  107.     return m_Alignments;
  108. }
  109. END_NCBI_SCOPE
  110. /*
  111.  * ===========================================================================
  112.  * $Log: aln_table_ds.cpp,v $
  113.  * Revision 1000.1  2004/06/01 21:07:53  gouriano
  114.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  115.  *
  116.  * Revision 1.2  2004/05/21 22:27:52  gorelenk
  117.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  118.  *
  119.  * Revision 1.1  2004/04/16 15:56:16  dicuccio
  120.  * Initial revision
  121.  *
  122.  * ===========================================================================
  123.  */