开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
default_policy.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：72k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

default_policy.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: default_policy.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 21:12:33  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.41
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: default_policy.cpp,v 1000.3 2004/06/01 21:12:33 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Vlad Lebedev
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *
  39.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  45. #include <gui/widgets/seq_graphic/default_policy.hpp>
  46. #include <gui/objutils/label.hpp>
  47. #include <objects/seqfeat/Cdregion.hpp>
  48. #include <objects/seqfeat/Gb_qual.hpp>
  49. #include <objects/seqfeat/Imp_feat.hpp>
  50. #include <objects/seqres/Byte_graph.hpp>
  51. #include <objects/seqres/Int_graph.hpp>
  52. #include <objects/seqres/Real_graph.hpp>
  53. #include <gui/config/feat_config_list.hpp>
  55. #include <objmgr/scope.hpp>
  56. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  57. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  58. #include <objtools/alnmgr/alnmix.hpp>
  60. #include <serial/iterator.hpp>
  61. #include <util/sequtil/sequtil_manip.hpp>
  64. BEGIN_NCBI_SCOPE
  65. USING_SCOPE(objects);
  67. // temporary, until a method for fast
  68. // retrieving of annotations is available
  69. static const int  kSeqAnnotCount      =  20;
  71. // size of an alignment row
  72. static const int kAlnRowHeight       =  13;
  74. // size of a single row in alignment
  75. static const int kAlnElementHeight   =  3;
  77. // size of a single row in alignment
  78. static const int kPWAlignHeight =  6;
  80. // width of a column small
  81. static const int kLabelsColWidth     = 100;
  83. // width of a feature label small
  84. static const int kLabelsMaxWidth     = 90;
  86. // at this point sequence will fit
  87. static const TModelUnit kPixPerBase4Sequence = 8.0f;
  89. TModelUnit kCommentFontSize = 0.0f;
  91. // 3 pixels befween layout objects
  92. static const TModelUnit kSpacerSize   = 3.0f;
  94. // Max number of unique library IDs for mate pairs
  95. static const float kMaxLibraryIDCount = 8.0f; 
  101. CDefaultPolicy::CDefaultPolicy()
  102.     : m_Font_Bitmap9x15(CGlBitmapFont::eBitmap9x15),
  103.       m_Font_Helv10(CGlBitmapFont::eHelvetica10),
  104.       m_Font_Helv8(CGlBitmapFont::eHelvetica8)
  105. {
  106.     m_MinLabelWidth  = TVPUnit(m_Font_Helv10.TextWidth("AA"));
  107.     m_ColorTable     = CGlColorTable(kSeqAnnotCount, 0.5f, 0.75f);
  108.     
  109.     
  110.     kCommentFontSize = m_Font_Helv10.TextHeight();
  111. }
  114. void CDefaultPolicy::SetHandle(const CBioseq_Handle& handle)
  115. {
  116.     m_Handle = handle;
  117.     m_Annots.clear();
  118. }
  121. void CDefaultPolicy::SetConfig(CSeqGraphicConfig* config)
  122. {
  123.     m_ConfigSettings = config;
  124. }
  127. void CDefaultPolicy::SetHitPoint(TModelPoint click)
  128. {
  129.     m_LastClick = click;
  130. }
  133. void CDefaultPolicy::SetActiveArea(TAreaVector* p_area)
  134. {
  135.     m_ActiveAreas = p_area;
  136. }
  139.     
  140. // retrieve a set of labels for a given feature
  141. void CDefaultPolicy::x_GetLabels(const CSeq_feat& feat,
  142.                                  CScope& scope,
  143.                                  string* label_type,
  144.                                  string* label_content,
  145.                                  string* label_both) const
  146. {
  147.     if (feat.IsSetProduct()) {
  148.         CLabel::GetLabel(feat.GetProduct(), label_both,
  149.                          CLabel::eDefault, &scope);
  150.         *label_both += ": ";
  151.         *label_type    = *label_both;
  152.         *label_content = *label_both;
  154.         feature::GetLabel(feat, label_both,    feature::eContent, &scope);
  155.         feature::GetLabel(feat, label_type,    feature::eType,    &scope);
  156.         feature::GetLabel(feat, label_content, feature::eContent, &scope);
  157.     } else {
  158.         feature::GetLabel(feat, label_both,    feature::eBoth,    &scope);
  159.         feature::GetLabel(feat, label_type,    feature::eType,    &scope);
  160.         feature::GetLabel(feat, label_content, feature::eContent, &scope);
  161.     }
  162. }
  165. void CDefaultPolicy::x_SetFeatureColor(const CLayoutFeat* feat) const
  166. {
  167.     CGlColor color;
  168.     if (dynamic_cast<const CLayoutProtProd*>(feat)) {
  169.         color = m_ConfigSettings->GetElementColor(CSeqGraphicColorConfig::eFG_ProtProduct);
  170.     } else {
  171.         const CSeqFeatData& data = feat->GetFeature().GetData();
  172.         color = m_ConfigSettings->GetColor(data.Which(), data.GetSubtype());
  173.     }
  174.     glColor4f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue(), 0.65f);
  175. }
  178. void CDefaultPolicy::x_DrawAlignmentSmear(CGlPane& pane, const CLayoutAlignSmear* layout_smear, 
  179.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  180. {
  181.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  182.     const TModelRect& rcM = pane.GetModelLimitsRect();
  184.     const CAlignmentSmear& smear = layout_smear->GetAlignSmear();
  186.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  187.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  189.     GLfloat th = m_Font_Helv10.TextHeight();
  190.     GLfloat title_y  = row_y + th + 1;
  191.     GLfloat line_y1  = title_y + 3;
  192.     GLfloat line_y2  = line_y1 + th + 2;
  193.     GLfloat line_ym  = line_y1 + (th + 2) / 2;
  194.     GLfloat strand_y = line_y1 + th;
  195.     GLfloat off      = rcM.Top() > 0 ? th - 1 : 0;
  197.     CGlColor    minColor("lightblue1"), maxColor("dark blue");
  199.     switch (mode) {
  200.     default:
  201.         break;
  202.     case eDrawObjectLines:
  203.         {{
  204.             CAlignmentSmear::runlen_iterator gap_it = smear.SmearGapBegin();
  205.             for (; gap_it; gap_it.Advance()) {
  206.                 float   value = gap_it.GetValue();
  207.                 if (value == 0)
  208.                     continue;
  209.                 
  210.                 glColor4f(maxColor.GetRed(), maxColor.GetGreen(), maxColor.GetBlue(), 1.0f);
  212.                 TModelUnit f = gap_it.GetSeqPosition();
  213.                 TModelUnit t = f + gap_it.GetSeqRunLength();
  214.                 glVertex2f(f - offsetX, line_ym - offsetY);
  215.                 glVertex2f(t - offsetX, line_ym - offsetY); 
  216.             }               
  217.         }}
  218.         break;
  219.         
  220.     case eDrawObjectQuads:
  221.         {{
  222.             CAlignmentSmear::runlen_iterator seg_it = smear.SmearSegBegin();
  223.             for (; seg_it; seg_it.Advance()) {
  224.                 float   value = seg_it.GetValue();
  225.                 if (value == 0)
  226.                     continue;
  227.                 
  228.                 // set color of segment.
  229.                 float   score = value/smear.GetMaxValue();
  230.                 // CGlColor(1.0f-score, 1.0f-score, 1.0f-score); // shades of grey.
  231.                 // glColor4f(1.0f-score, 1.0f-score, 1.0f-score, 0.65);
  232.                 CRgbaColor color(CRgbaColor::Interpolate(maxColor, minColor, score));
  233.                 glColor4f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue(), 1.0f);
  234.                 
  235.                 // draw segment
  236.                 TModelUnit f = seg_it.GetSeqPosition();
  237.                 TModelUnit t = f + seg_it.GetSeqRunLength();
  238.                 glVertex2f(f - offsetX, line_y1 - offsetY);
  239.                 glVertex2f(f - offsetX, line_y2 - offsetY);
  240.                 glVertex2f(t - offsetX, line_y2 - offsetY);
  241.                 glVertex2f(t - offsetX, line_y1 - offsetY);
  242.             } 
  243.         }}
  244.         break;
  245.     case eDrawObjectLabel:
  246.         {{
  247.             string as_label = smear.GetLabel();
  248.       
  249.             if (selected) {
  250.                 x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_AlignSmear);
  251.             } else {
  252.                 x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eLabel_AlignSmear);
  253.             }
  254.         
  255.             m_Font_Helv10.TextOut(rcV.Left() - offsetX + 3, title_y - off - offsetY, as_label.c_str());
  258.             // draw strand indicator if needed.
  259.             if (smear.GetStrandType() != CAlignmentSmear::eSmearStrand_Both) {
  260.                 bool neg_strand = smear.GetStrandType() == CAlignmentSmear::eSmearStrand_Neg;
  261.             
  262.                 glColor3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);  // Black
  263.             
  264.                 m_Font_Helv10.TextOut(rcV.Left() - offsetX + 3, strand_y - off - offsetY, neg_strand ? "<" : ">");
  265.             }
  266.         }}
  267.         break;
  268.     }    
  269. }
  271. void CDefaultPolicy::x_DrawAlignment(CGlPane& pane, const CLayoutAlign* align, 
  272.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  273. {
  274.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  275.     const CAlnVec& aln_mgr = align->GetAlignMgr();
  277.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  278.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  280.     TSeqPos from = align->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  281.     TSeqPos to   = align->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  283.     TModelRect frc;
  284.     frc.SetLeft(from);
  285.     frc.SetRight(to);
  286.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  288.     GLfloat scaleX = pane.GetScaleX();
  290.     GLfloat yy  = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 4;
  291.     GLfloat aln_height = x_CalcAlignHeight(align);
  293.     switch (mode) {
  294.     default:
  295.         break;
  297.     case eDrawObjectLines:
  298.         {{
  299.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_Alignment);
  300.             CAlnMap::TNumrow anchor = aln_mgr.GetAnchor();
  301.             TSeqPos start = aln_mgr.GetSeqStart(anchor);
  302.             TSeqPos stop  = aln_mgr.GetSeqStop (anchor);
  304.             CAlnMap::TNumrow row = 0;
  305.             for (row = 0;  row < aln_mgr.GetNumRows();  ++row) {
  306.                 if (row == anchor) {
  307.                     continue;  // skip master seq
  308.                 }
  310.                 glVertex2f(start - offsetX,     yy - offsetY + kAlnElementHeight * 0.5f);
  311.                 glVertex2f(stop  - offsetX + 1, yy - offsetY + kAlnElementHeight * 0.5f);
  313.                 // advance to next row: 1 pixel between
  314.                 yy += kAlnElementHeight + 1;
  315.             }
  316.         }}
  318.         // Draw selection
  319.         if (selected) {
  320.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelection_Alignment);
  321.             x_DrawSelection(pane, from, row_y, to, row_y + aln_height);
  322.         }
  323.         break;
  325.     case eDrawObjectQuads:
  326.         {{
  327.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_Alignment);
  329.              CAlnMap::TNumrow row = 0;
  330.              const CAlnMap::TNumrow anchor = aln_mgr.GetAnchor();
  332.              TSignedSeqRange range(aln_mgr.GetAlnStart(),
  333.                                    aln_mgr.GetAlnStop());
  334.              for ( ;  row < aln_mgr.GetNumRows();  ++row) {
  335.                  if (row == anchor) {
  336.                      continue;  // skip master seq
  337.                  }
  339.                  CRef<CAlnVec::CAlnChunkVec> aln_chunks
  340.                      (aln_mgr.GetAlnChunks(row, range,
  341.                                            CAlnVec::fSeqOnly |
  342.                                            CAlnVec::fChunkSameAsSeg));
  343.                  for (int i = 0;  i < aln_chunks->size();  ++i) {
  344.                      CConstRef<CAlnVec::CAlnChunk> chunk((*aln_chunks)[i]);
  346.                      TSeqPos start = chunk->GetRange().GetFrom();
  347.                      start = aln_mgr.GetSeqPosFromSeqPos(anchor, row, start);
  349.                      TSeqPos stop = chunk->GetRange().GetTo();
  350.                      stop = aln_mgr.GetSeqPosFromSeqPos(anchor, row, stop);
  352.                      if (start > stop) {
  353.                          swap(start, stop);
  354.                      }
  356.                      glVertex2f(start - offsetX,     yy - offsetY);
  357.                      glVertex2f(stop  - offsetX + 1, yy - offsetY);
  359.                      glVertex2f(stop  - offsetX + 1,
  360.                                 yy + kAlnElementHeight - offsetY);
  361.                      glVertex2f(start - offsetX,
  362.                                 yy + kAlnElementHeight - offsetY);
  364.                  }
  366.                  // advance to next row: 1 pixel between
  367.                  yy += kAlnElementHeight + 1;
  368.              }
  369.         }}
  370.         break;
  372.     case eDrawObjectLabel:
  373.         if (inrc.Width() < pane.UnProjectWidth(m_MinLabelWidth)) {
  374.             break;
  375.         }
  377.         if (selected) {
  378.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_Alignment);
  379.         } else {
  380.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eLabel_Alignment);
  381.         }
  383.         {{
  384.             string title;
  385.             string out;
  386.             // title = "alignment label"; // TESTING 
  387.             x_GetTitle(align, &title);
  388.             
  389.             out = m_Font_Helv10.Truncate(title.c_str(), inrc.Width() / scaleX);
  390.             GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, 
  391.                                       m_Font_Helv10.TextWidth(out.c_str()));
  393.             GLfloat title_y  = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 1;
  394.             m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, title_y - offsetY, out.c_str());
  395.         }}
  397.         break;
  398.     }
  399. }
  403. void CDefaultPolicy::x_DrawSeqGraph(CGlPane& pane, const CLayoutGraph* graph,
  404.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  405. {
  406.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  407.     const CMappedGraph& gr = graph->GetGraph();
  408.     const CSeq_graph::C_Graph& gr_data = gr.GetGraph();
  409.     
  410.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  411.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  413.     TSeqRange range = graph->GetLocation().GetTotalRange();
  414.     TSeqPos from = range.GetFrom();
  415.     TSeqPos to   = range.GetTo();
  416.     
  417.     TModelUnit one_row = x_GetRowHeight(pane, graph, selected);
  419.     TModelRect frc;
  420.     frc.SetLeft(from);
  421.     frc.SetRight(to);
  422.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  423.     GLfloat scaleX = pane.GetScaleX();
  426.     switch (mode) {
  427.     default:
  428.         break;
  430.     case eDrawObjectLines:        
  431.         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_SeqGraph);
  433.         switch (gr_data.Which()) {
  434.         case CSeq_graph::TGraph::e_Byte:
  435.             x_PreparePlot(pane, gr_data.GetByte(), range, row_y, one_row);
  436.             break;
  438.         case CSeq_graph::TGraph::e_Real:
  439.             x_PreparePlot(pane, gr_data.GetReal(), range, row_y, one_row);
  440.             break;
  442.         case CSeq_graph::TGraph::e_Int:
  443.             x_PreparePlot(pane, gr_data.GetInt(), range, row_y, one_row);
  444.             break;
  446.         default:
  447.             return;
  448.         }
  450.         // Draw selection (two rows!)
  451.         if (selected) {
  452.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelection_SeqGraph);
  453.             x_DrawSelection(pane, from, row_y, to, row_y + one_row);
  454.         }
  455.         break;
  457.     case eDrawObjectQuads:
  458.         // blue quad for the graph
  459.         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eBG_SeqGraph);
  460.         x_DrawQuad(pane, from, row_y+1, to + 1, row_y + one_row-2);
  461.         break;
  463.     case eDrawObjectLabel:
  464.         if (gr.IsSetTitle()) {
  465.             if (selected) {
  466.                 x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_SeqGraph);
  467.             } else {
  468.                 x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eLabel_SeqGraph);
  469.             }
  470.             int min_v = 0, max_v = 0;
  471.             switch (gr_data.Which()) {
  472.             case CSeq_graph::TGraph::e_Byte:
  473.                     min_v = int(gr_data.GetByte().GetMin());
  474.                     max_v = int(gr_data.GetByte().GetMax());
  475.                     break;
  476.                 case CSeq_graph::TGraph::e_Real:
  477.                     min_v = int(gr_data.GetReal().GetMin());
  478.                     max_v = int(gr_data.GetReal().GetMax());
  479.                     break;
  480.                 case CSeq_graph::TGraph::e_Int:
  481.                     min_v = int(gr_data.GetInt().GetMin());
  482.                     max_v = int(gr_data.GetInt().GetMax());
  483.                     break;
  484.             }
  486.             string out;
  487.             string title = gr.GetTitle() + "  Min: " + 
  488.                     NStr::UIntToString(min_v) + " / Max: " + 
  489.                     NStr::UIntToString(max_v);
  491.             out = m_Font_Helv10.Truncate(title.c_str(), inrc.Width() / scaleX);
  492.             GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, 
  493.                                   m_Font_Helv10.TextWidth(out.c_str()));
  495.             GLfloat title_y  = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 1;
  496.             m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, title_y - offsetY, out.c_str());
  497.         }
  498.         break;
  499.     }
  500. }
  503. void 
  504. CDefaultPolicy::x_DrawHistogram(CGlPane& pane, const CLayoutHistogram* hist,
  505.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  506. {
  507.     //if (mode != eDrawObjectLabel) {
  508.     if (mode == eDrawObjectLines) { // that's temporary, until a new EObj_IterMode model be ready
  509.         const TVPRect&    rcP = pane.GetViewport();
  510.         const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  511.         
  512.         glEnd();
  513.         
  514.         pane.Close();
  515.         pane.OpenPixels();
  516.     
  517.         CGlColor color = m_ConfigSettings->GetColor(hist->Which(), 
  518.                                                     hist->Subtype());
  519.         glColor4f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue(), 0.65f);
  520.         
  521.         GLfloat one_row = x_GetRowHeight(pane, hist, selected);
  522.         GLfloat height = one_row - 2;  // two pixels space
  523.         GLfloat yy2    = rcV.Bottom() + rcP.Bottom() - one_row - row_y + 1;
  524.         
  525.         glBegin(GL_LINES);
  526.             glVertex2f(rcP.Left(),  yy2);
  527.             glVertex2f(rcP.Right(), yy2);
  528.         glEnd();
  529.     
  530.         TSeqPos x = 0;
  531.         const CDensityMap<int>& densityMap = hist->GetDensityMap();
  532.         GLfloat max_val = densityMap.GetMax();
  533.         
  534.         glBegin(GL_QUAD_STRIP);
  535.         ITERATE(CDensityMap<int>, dens_it, densityMap) {
  536.             GLfloat xx = x;
  537.             GLfloat yy1 = yy2 + height * (*dens_it) / max_val;
  538.             glVertex2f(xx, yy1);
  539.             glVertex2f(xx, yy2);
  540.             ++x;
  541.         }
  542.         glEnd();
  543.         
  544.         pane.Close();
  545.         pane.OpenOrtho();
  546.         glBegin(GL_LINES);
  547.     }
  548. }
  551. void 
  552. CDefaultPolicy::x_DrawSeqSegment(CGlPane& pane, const CLayoutSeqMap* seg,
  553.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  554. {
  555.     TSeqPos from = seg->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  556.     TSeqPos to   = seg->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  558.     TSeqPos rfrom = seg->GetRefLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  559.     TSeqPos rto   = seg->GetRefLocation().GetTotalRange().GetTo();
  561.     GLfloat one_row = x_GetRowHeight(pane, seg, selected);
  562.     GLfloat line_y1  = row_y + 1;
  563.     GLfloat line_y2  = line_y1 + one_row - 2;
  565.     switch (mode) {
  566.     default:
  567.         break;
  568.     case eDrawObjectLines:
  569.         // Draw selection
  570.         if (selected) {
  571.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelection_SeqSegment);
  572.             x_DrawSelection(pane, from, line_y1, to, line_y2);
  573.         }
  574.         break;
  575.     case eDrawObjectQuads:
  576.         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_SeqSegmentExc);
  577.         x_DrawQuad(pane, from, line_y1, to, line_y2);
  579.         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_SeqSegmentInc);        
  580.         x_DrawQuad(pane, rfrom, line_y1, rto, line_y2);
  582.         break;
  583.     case eDrawObjectLabel:
  584.         break;
  585.     }
  586. }
  589. void 
  590. CDefaultPolicy::x_DrawSequence(CGlPane& pane, const CLayoutSequence* seqs,
  591.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  592. {
  593.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  594.     //const TModelRect& rcM = pane.GetModelLimitsRect();
  595.     
  596.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  597.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  599.     TModelUnit left  = rcV.Left() - offsetX;
  600.     TModelUnit right = rcV.Right() - offsetX + 1;
  601.     TModelUnit top    = row_y - offsetY;
  602.     TModelUnit bottom = row_y + 16 - offsetY;
  603.     
  604.     switch (mode) {
  605.     default:
  606.         break;
  607.     case eDrawObjectLines:
  608.         break;
  609.     case eDrawObjectQuads:
  610.         glColor3f(0.05f, 0.05f, 0.05f);
  611.         glVertex2f(left,  top);
  612.         glVertex2f(right, top);
  613.         glVertex2f(right, bottom);
  614.         glVertex2f(left,  bottom);
  615.     
  616.         glColor3f(0.5f, 0.5f, 0.5f);
  617.         glVertex2f(left,  top + 1);
  618.         glVertex2f(right, top + 1);
  619.         glVertex2f(right, bottom - 1);
  620.         glVertex2f(left,  bottom - 1);
  621.         break;
  622.     case eDrawObjectLabel:
  623.         {{
  624.             GLfloat y = row_y + m_Font_Bitmap9x15.TextHeight() + 2 - offsetY;
  625.             string seq = seqs->GetSequence();
  627.             GLfloat x = TSeqPos(rcV.Left()) - offsetX + 0.5;
  629.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSeq_SequenceBar);
  630.             m_Font_Bitmap9x15
  631.                 .ArrayTextOut(x, y, 1.0f, 0.0f, seq.c_str(), 
  632.                               (float) pane.GetScaleX(), 0.0f);
  633.         }}
  634.         break;
  635.     }
  636. }
  638. void 
  639. CDefaultPolicy::x_DrawComments(CGlPane& pane, const CLayoutComment* comm,
  640.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  641. {
  642.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  643.     
  644.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  645.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  646.     
  647.     GLfloat th = m_Font_Helv10.TextHeight();
  648.     GLfloat title_y = row_y + th + 1;
  649.     GLfloat off     = pane.GetModelLimitsRect().Top() > 0 ? th - 1 : 0;
  651.     switch (mode) {
  652.     default:
  653.         break;
  654.     case eDrawObjectLines:
  655.     case eDrawObjectQuads:
  656.         break;
  657.     case eDrawObjectLabel:
  658.         const string& out = comm->GetComment();
  659.         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_Comment);
  660.         m_Font_Helv10.TextOut(rcV.Left() - offsetX, title_y - off - offsetY, out.c_str());
  661.         break;
  662.     }
  663. }
  666. void CDefaultPolicy::x_DrawMatePair(CGlPane& pane, const CLayoutMatePair* pr,
  667.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  668. {
  669.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  671.     // It's a vector of CRefs
  672.     const CLayoutMatePair::TAlignList& pw_aligns = pr->GetSeqAligns();
  674.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  675.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  677.     TSeqPos from = pr->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  678.     TSeqPos to   = pr->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  680.     TModelRect frc;
  681.     frc.SetLeft(from);
  682.     frc.SetRight(to);
  683.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  685.     GLfloat scaleX = pane.GetScaleX();
  686.     GLfloat yy;
  687.     if (m_ConfigSettings->GetShowPWAlignLabels()) {
  688.         yy = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 4;
  689.     } else {
  690.         yy = row_y + 2;
  691.     }
  692.     
  693.     // Set Colors based on Error code for Mate Pairs
  694.     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_fg, c_seq, c_mis;
  695.     switch (pr->GetError()) {
  696.         case CLayoutMatePair::eError_Orientation:
  697.             c_fg  = CSeqGraphicColorConfig::eFG_MatePairOrientation;
  698.             c_seq = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairOrientation;
  699.             c_mis = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairMismatchOrientation;
  700.             break;
  701.         case CLayoutMatePair::eError_NonUnique:
  702.             c_fg  = CSeqGraphicColorConfig::eFG_MatePairNonUnique;
  703.             c_seq = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairNonUnique;
  704.             c_mis = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairMismatchNonUnique;
  705.             break;
  706.         case CLayoutMatePair::eError_Distance:
  707.             c_fg  = CSeqGraphicColorConfig::eFG_MatePairDistance;
  708.             c_seq = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairDistance;
  709.             c_mis = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairMismatchDistance;
  710.             break;
  711.         default:
  712.             c_fg  = CSeqGraphicColorConfig::eFG_MatePairNo;
  713.             c_seq = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairNo;
  714.             c_mis = CSeqGraphicColorConfig::eSeq_MatePairMismatchNo;            
  715.             break;
  716.     }
  717.     
  718.     switch (mode) {
  719.     default:
  720.         break;
  721.     case eDrawObjectLines:
  722.         // Draw each Pairwise  Alignment inside  
  723.         ITERATE(CLayoutMatePair::TAlignList, iter, pw_aligns) {
  724.             bool has_sel  = selected ? pr->IsSelected(iter->GetPointer()) :
  725.                             selected;
  727.             x_DrawPWAlignElem(pane, iter->GetPointer(), row_y, mode, 
  728.                               has_sel, c_fg, c_seq, c_mis);
  729.         }
  731.         // draw link between mate pairs
  732.         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eFG_MatePairLink);
  733.         for(size_t i = 0;  i != pw_aligns.size() - 1;  i++) {
  734.             TSeqRange r1 = pw_aligns[i]->GetLocation().GetTotalRange();
  735.             TSeqRange r2 = pw_aligns[i+1]->GetLocation().GetTotalRange();
  737.             TSeqPos from = r1.GetTo() < r2.GetFrom() ? 
  738.                            r1.GetTo() : r2.GetTo();
  740.             TSeqPos to   = r1.GetTo() < r2.GetFrom() ? 
  741.                            r2.GetFrom() : r1.GetFrom();
  742.             
  743.             glVertex2f(from - offsetX + 1, yy - offsetY + 
  744.                             kPWAlignHeight * 0.5f);
  745.             glVertex2f(to   - offsetX, yy - offsetY + 
  746.                             kPWAlignHeight * 0.5f);
  747.         }
  748.         break;
  750.     case eDrawObjectQuads:
  751.         // Highlight background based on Library ID
  752.         if (pr->GetLibraryId() > 0) {
  753.             CGlColor color = m_ColorTable.GetColor(pr->GetLibraryId());
  754.             glColor4f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue(), 0.1f);
  756.             TModelUnit h = x_GetRowHeight(pane, pr, selected);
  757.             x_DrawQuad(pane, from, row_y, to, row_y + h);            
  758.         }
  759.     case eDrawObjectLabel:
  760.         if (mode == eDrawObjectLabel  &&    
  761.             inrc.Width() > pane.UnProjectWidth(m_MinLabelWidth) &&
  762.             m_ConfigSettings->GetShowPWAlignLabels() ) {
  763.             string title;
  764.             x_GetTitle(pr, &title);
  765.             
  766.             string out = m_Font_Helv10.Truncate(title.c_str(),  
  767.                                 inrc.Width() / scaleX);
  768.             GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, 
  769.                                 m_Font_Helv10.TextWidth(out.c_str()));
  771.             x_Color(selected ? CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_MatePair :
  772.                                CSeqGraphicColorConfig::eLabel_MatePair);
  774.             GLfloat title_y  = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 1;
  775.             m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, title_y - offsetY, out.c_str());
  776.         }
  777.         
  778.         ITERATE(CLayoutMatePair::TAlignList, iter, pw_aligns) {
  779.             x_DrawPWAlignElem(pane, iter->GetPointer(), row_y, mode,
  780.                             selected, c_fg, c_seq, c_mis);
  781.         }
  782.         break;
  783.     } 
  784. }
  787. // Placeholder. Used in genome-scale view
  788. void 
  789. CDefaultPolicy::x_DrawFeatPack(CGlPane&, const CLayoutFeatPack*,
  790.                     GLfloat, EObj_IterMode, bool) const
  791. {
  792. }
  796. void 
  797. CDefaultPolicy::x_DrawFeatLabel(CGlPane& pane, const CLayoutFeatLabel* feat, 
  798.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  799. {
  800.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  801.     const TModelRect& rcM = pane.GetModelLimitsRect();
  802.     
  803.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  804.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  805.     
  806.     GLfloat th = m_Font_Helv10.TextHeight();
  807.     GLfloat title_y  = row_y + th + 1;
  808.     GLfloat off      = rcM.Top() > 0 ? th - 1 : 0;
  810.     switch (mode) {
  811.     default:
  812.     case eDrawObjectLines:
  813.     case eDrawObjectQuads:
  814.         break;
  815.     case eDrawObjectLabel:
  816.         string content;        
  817.         feature::GetLabel(feat->GetFeature(), &content, 
  818.                           feature::eContent, &m_Handle.GetScope());
  820.         if (selected) 
  821.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_Feature);
  822.         else
  823.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eLabel_Feature);
  825.         TModelUnit col_width  = pane.UnProjectWidth(kLabelsColWidth);
  826.         
  827.         TModelUnit col_offset = col_width * feat->GetColumn();
  829.         // Trim label to fit in kLabelsColWidth
  830.         string out;
  831.         out = m_Font_Helv10.Truncate(content.c_str(), kLabelsMaxWidth);
  832.             
  833.         m_Font_Helv10.TextOut(rcV.Left() - offsetX + col_offset, 
  834.                               title_y - off - offsetY, out.c_str());
  835.         break;
  836.     }
  837. }
  840. //
  841. // draw a given feature in a given mode
  842. //
  843. void 
  844. CDefaultPolicy::x_DrawFeature(CGlPane& pane, const CLayoutFeat* feat, 
  845.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  846. {
  847.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  848.     const TModelRect& rcM = pane.GetModelLimitsRect();
  849.     
  850.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  851.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  852.     
  853.     TSeqPos from = feat->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  854.     TSeqPos to   = feat->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  856.     TModelRect frc;
  857.     frc.SetLeft(from);
  858.     frc.SetRight(to);    
  859.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  860.     GLfloat scaleX  = pane.GetScaleX();
  862.     GLfloat th = m_Font_Helv10.TextHeight();
  863.     GLfloat title_y  = row_y + th + 1;
  864.     GLfloat line_y1  = title_y + 3;
  865.     GLfloat line_y2  = line_y1 + th + 2;
  866.     GLfloat line_ym  = line_y1 + (th + 2) / 2;
  867.     GLfloat strand_y = line_y1 + th;
  868.     GLfloat off      = rcM.Top() > 0 ? th - 1 : 0;
  869.     
  870.     bool neg_strand = (sequence::GetStrand(feat->GetLocation()) 
  871.                             == eNa_strand_minus);
  873.     switch (mode) {
  874.     default:
  875.         break;
  876.     case eDrawObjectLines:
  877.         x_SetFeatureColor(feat);
  878.         if (true/*kShowIntrons*/) {  // ^ line
  879.             GLfloat prev_to_x = 0.0f;
  880.             bool first_pass = true;
  882.             ITERATE (vector<TSeqRange>, iter, feat->GetIntervals()) {
  883.                 const TSeqRange& curr = *iter;
  884.                 TModelUnit from_x, to_x;
  885.                 if (neg_strand) {
  886.                     from_x = curr.GetTo()+1;
  887.                     to_x   = curr.GetFrom();
  888.                 } else {
  889.                     from_x = curr.GetFrom();
  890.                     to_x   = curr.GetTo()+1;
  891.                 }
  893.                 if (!first_pass) {
  894.                     GLfloat middle_x = prev_to_x + (from_x - prev_to_x) / 2.0f;
  896.                     glVertex2f(prev_to_x - offsetX, line_ym - offsetY);
  897.                     glVertex2f(middle_x - offsetX,  line_y1 - offsetY);
  899.                     glVertex2f(middle_x - offsetX,  line_y1 - offsetY);
  900.                     glVertex2f(from_x - offsetX,    line_ym - offsetY);
  901.                 }
  902.                 prev_to_x  = to_x;
  903.                 first_pass = false;
  904.             }
  905.         } else {  // straight line
  906.             glVertex2f(from - offsetX, line_ym - offsetY);
  907.             glVertex2f(to - offsetX,   line_ym - offsetY);
  908.         }
  910.         // Draw selection
  911.         if (selected) {
  912.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelection_Feature);
  913.             x_DrawSelection(pane, from, line_y1, to, line_y2);
  914.         }
  915.         break;
  917.     case eDrawObjectQuads:
  918.         // Highlight named Seq Annotations
  919.         if (feat->GetMappedFeature().GetAnnot().IsNamed()) {
  920.             CSeq_annot_Handle annot = feat->GetMappedFeature().GetAnnot();
  921.             size_t idx = x_GetSeqAnnotIndex(annot);
  922.             
  923.             TModelUnit h = x_GetRowHeight(pane, feat, selected);// * kOneRowHeight;
  924.             CGlColor color = m_ColorTable.GetColor(idx);
  925.             glColor4f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue(), 0.1f);
  926.             
  927.             // add small overhang of 5 pixels (left and right)
  928.             TModelUnit over = pane.UnProjectWidth(5);
  929.             x_DrawQuad(pane, from - over, row_y, to + over + 1, row_y + h);
  930.         }
  932.         x_SetFeatureColor(feat);
  933.         
  934.         // quad for each interval (exon)
  935.         ITERATE (vector<TSeqRange>, iter, feat->GetIntervals()) {
  936.             const TSeqRange& curr = *iter;
  937.             TModelUnit f = curr.GetFrom();
  938.             TModelUnit t = curr.GetTo()+1;// + (neg_strand ? 0.0f : 1.0f);
  939.             
  940.             if (pane.ProjectX(t) - pane.ProjectX(f) <= 1.0f) {
  941.                 t = f + pane.UnProjectWidth(1);
  942.             }
  944.             x_DrawQuad(pane, f, line_y1, t, line_y2);
  945.         }
  946.         
  947.         break;
  948.     case eDrawObjectLabel:
  949.         // do not even try to draw labels if less than 1 letter width
  950.         if (inrc.Width() <= pane.UnProjectWidth(m_MinLabelWidth)) {
  951.             break;
  952.         }
  954.         string fl_both;
  955.         string fl_type;
  956.         string fl_content;
  957.         string fl_out;
  958.         x_GetLabels(feat->GetFeature(), m_Handle.GetScope(),
  959.                     &fl_type, &fl_content, &fl_both);
  961.         GLfloat widthP     = inrc.Width() / scaleX; // width in pixels
  962.         GLfloat lw_type    = m_Font_Helv10.TextWidth(fl_type.c_str() );
  964.         if ( lw_type * 3 < widthP) { // 3 widths of eType label width
  965.             fl_out = m_Font_Helv10.Truncate(fl_both.c_str(), widthP);
  966.         } else {
  967.             fl_out = m_Font_Helv10.Truncate(fl_content.c_str(), widthP);
  968.         }
  969.         
  970.         if (selected) {
  971.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_Feature);
  972.         } else {
  973.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eLabel_Feature);
  974.         }
  975.         
  976.         GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, 
  977.                      m_Font_Helv10.TextWidth(fl_out.c_str()));
  978.         m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, title_y - off - offsetY, fl_out.c_str());
  980.         // draw strand indicator
  981.         xM = x_CenterText(pane, inrc, m_Font_Helv10.TextWidth("<"));
  983.         glColor3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);  // strand Black
  984.         
  985.         m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, strand_y - off - offsetY, neg_strand ? "<" : ">");
  986.         break;
  987.     }
  988. }
  991. void CDefaultPolicy::x_DrawPWAlignElem(CGlPane& pane, const CLayoutPWAlign* pw_aln,
  992.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected,
  993.                     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_fg, 
  994.                     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_seq,
  995.                     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_mis) const
  996. {
  997.     const CAlnVec& aln_mgr = pw_aln->GetAlignMgr();
  998.     CAlnMap::TNumrow anchor = aln_mgr.GetAnchor();
  999.     TSignedSeqRange range(aln_mgr.GetAlnStart(), aln_mgr.GetAlnStop());
  1001.     TSeqPos from = pw_aln->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  1002.     TSeqPos to   = pw_aln->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  1004.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  1005.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  1007.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  1008.     
  1009.     TModelRect frc;
  1010.     frc.SetLeft(from);
  1011.     frc.SetRight(to);    
  1012.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  1015.     GLfloat yy;
  1016.     if (m_ConfigSettings->GetShowPWAlignLabels()) {
  1017.         yy = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 4;
  1018.     } else {
  1019.         yy = row_y + 2;
  1020.     }
  1021.     
  1022.     GLfloat height = x_GetRowHeight(pane, pw_aln, selected);
  1023.     GLfloat scaleX = pane.GetScaleX();
  1024.     CAlnMap::TNumrow row = 0;
  1025.     bool neg_strand = aln_mgr.IsNegativeStrand(anchor == 0 ? 1 : 0);
  1026.     
  1027.     switch (mode) {
  1028.     default:
  1029.         break;
  1030.     case eDrawObjectLines: {
  1031.         TSeqPos f = aln_mgr.GetSeqStart(anchor);
  1032.         TSeqPos t = aln_mgr.GetSeqStop(anchor);
  1034.         x_Color(c_fg);
  1035.         if (scaleX < 2) {
  1036.             TModelUnit over8 = pane.UnProjectWidth(7);
  1037.             TModelUnit over2 = pane.UnProjectWidth(2);
  1038.             
  1039.             if (neg_strand) {
  1040.                 glVertex2f(f - offsetX - over2, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1041.                 glVertex2f(t - offsetX + 1, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);                
  1042.             } else {
  1043.                 glVertex2f(f - offsetX, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1044.                 glVertex2f(t - offsetX + over2 + 1, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1045.             }
  1046.             glEnd();
  1047.             glBegin(GL_TRIANGLES);
  1048.             if (neg_strand) {
  1049.                 glVertex2f(f - offsetX - over8, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1050.                 glVertex2f(f - offsetX - over2, yy - offsetY - 1);
  1051.                 glVertex2f(f - offsetX - over2, yy - offsetY + kPWAlignHeight + 1);
  1052.             } else {
  1053.                 glVertex2f(t - offsetX + 1 + over8, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1054.                 glVertex2f(t - offsetX + 1 + over2, yy - offsetY - 1);
  1055.                 glVertex2f(t - offsetX + 1 + over2, yy - offsetY + kPWAlignHeight + 1);
  1056.             }
  1057.             glEnd();    
  1058.             glBegin(GL_LINES);
  1059.         }
  1060.         else {
  1061.             glVertex2f(f - offsetX, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1062.             glVertex2f(t - offsetX + 1, yy - offsetY + kPWAlignHeight * 0.5f);
  1063.         }
  1064.         }
  1065.         // Draw selection
  1066.         if (selected) {
  1067.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelection_PWAlign);
  1068.             x_DrawSelection(pane, from, row_y, to, row_y + height);
  1069.         }
  1070.         break;
  1071.     case eDrawObjectQuads:
  1072.     case eDrawObjectLabel:
  1073.         // Draw Strand Indicator (do not draw labels if less than 1 letter width)
  1074.         // do not draw strand when sequence is shown
  1075.         if (mode == eDrawObjectLabel  &&  
  1076.                 inrc.Width() > pane.UnProjectWidth(m_MinLabelWidth) &&
  1077.                 scaleX > 1.0f / 6.0f) {
  1078.             GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, m_Font_Helv10.TextWidth("<"));
  1079.             glColor3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);  // Black
  1081.             m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, yy + 
  1082.                             m_Font_Helv10.TextHeight() - offsetY - 2, 
  1083.                             neg_strand ? "<" : ">");
  1084.         }
  1085.         
  1086.         // Should we draw sequence?
  1087.         if (mode == eDrawObjectLabel  &&  scaleX > 1.0f / 6.0f) {
  1088.             return;  // sequence would not fit
  1089.         }
  1090.         
  1091.         // Draw Sequence and quads for segments
  1092.         for ( ;  row < aln_mgr.GetNumRows();  ++row) {
  1093.             if (row == anchor) {
  1094.                 continue;  // skip master seq
  1095.             }
  1097.             CRef<CAlnVec::CAlnChunkVec> aln_chunks
  1098.                 (aln_mgr.GetAlnChunks(row, range,
  1099.                                       CAlnVec::fSeqOnly |
  1100.                                       CAlnVec::fChunkSameAsSeg));
  1101.             
  1102.             for (int i = 0;  i < aln_chunks->size();  ++i) {
  1103.                 CConstRef<CAlnVec::CAlnChunk> chunk((*aln_chunks)[i]);
  1105.                 TSeqPos start = chunk->GetRange().GetFrom();
  1106.                 start = aln_mgr.GetSeqPosFromSeqPos(anchor, row, start);
  1108.                 TSeqPos stop = chunk->GetRange().GetTo();
  1109.                 stop = aln_mgr.GetSeqPosFromSeqPos(anchor, row, stop);
  1111.                 if (start > stop) {
  1112.                     swap(start, stop);
  1113.                 }
  1115.                 if (mode == eDrawObjectQuads) {
  1116.                     x_Color(c_fg);
  1117.                     x_DrawQuad(pane, start, yy, stop, yy + kPWAlignHeight);
  1118.                 } else if (mode == eDrawObjectLabel) {
  1119.                     const CBioseq_Handle& mhndl = aln_mgr.GetBioseqHandle(anchor);
  1120.                     const CBioseq_Handle& hndl  = aln_mgr.GetBioseqHandle(row);
  1121.                     
  1122.                     CSeqVector ms_vec = mhndl.GetSeqVector(
  1123.                                         CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  1124.                     CSeqVector s_vec  =  hndl.GetSeqVector(
  1125.                                         CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  1126.                                         
  1127.                     string seq, mseq, tmp_seq;
  1128.                     s_vec.GetSeqData (chunk->GetRange().GetFrom(), 
  1129.                                       chunk->GetRange().GetTo() + 1, tmp_seq);
  1130.                     ms_vec.GetSeqData(start, stop + 1, mseq);
  1131.                     
  1132.                     if (neg_strand) {  // reverse&compiment sequence for negative strand
  1133.                         CSeqManip::ReverseComplement(tmp_seq, CSeqUtil::e_Iupacna,
  1134.                                    0, tmp_seq.length(), seq);
  1135.                     } else {
  1136.                         seq = tmp_seq;
  1137.                     }
  1138.                     
  1139.                     GLfloat y = yy + m_Font_Helv8.TextHeight() - 1 - offsetY;
  1140.                     char bases[2];
  1141.                     bases[1] = '';
  1142.                     for (TSeqPos bp = 0;  bp != seq.length();  bp++) {
  1143.                         if (seq[bp] != mseq[bp]) {  // Highlight mismatch
  1144.                             x_Color(c_mis);
  1145.                         } else {
  1146.                             x_Color(c_seq);
  1147.                         }
  1148.                         
  1149.                         bases[0] = seq[bp];
  1150.                         m_Font_Helv8.ArrayTextOut(start - offsetX + bp + 0.5, y, 1.0f, 0.0f, 
  1151.                             bases, (float) pane.GetScaleX(), 0.0f);
  1152.                     }
  1154.                 }
  1155.             }
  1156.         }
  1157.         break;
  1158.     }    
  1159. }
  1163. void CDefaultPolicy::x_DrawPWAlign(CGlPane& pane, const CLayoutPWAlign* pw_aln,
  1164.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  1165. {
  1166.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  1168.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  1169.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  1171.     TSeqPos from = pw_aln->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  1172.     TSeqPos to   = pw_aln->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  1174.     TModelRect frc;
  1175.     frc.SetLeft(from);
  1176.     frc.SetRight(to);
  1177.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  1179.     GLfloat scaleX = pane.GetScaleX();
  1181.     if (mode == eDrawObjectLabel  &&    
  1182.             inrc.Width() > pane.UnProjectWidth(m_MinLabelWidth)  &&
  1183.             m_ConfigSettings->GetShowPWAlignLabels() ) {
  1184.         string title;
  1185.         x_GetTitle(pw_aln, &title);
  1186.         
  1187.         string out = m_Font_Helv10.Truncate(title.c_str(), 
  1188.                                     inrc.Width() / scaleX);
  1189.         
  1190.         GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, 
  1191.                             m_Font_Helv10.TextWidth(out.c_str()));
  1193.         x_Color(selected ? CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_PWAlign :
  1194.                            CSeqGraphicColorConfig::eLabel_PWAlign);
  1196.         GLfloat title_y  = row_y + m_Font_Helv10.TextHeight() + 1;
  1197.         m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, title_y - offsetY, out.c_str());
  1198.         
  1199.         if (scaleX > 1.0f / 6.0f) { 
  1200.             return;  // sequence would not fit
  1201.         }
  1202.     }
  1203.     
  1204.     x_DrawPWAlignElem(pane, pw_aln, row_y, mode, selected,
  1205.             CSeqGraphicColorConfig::eFG_PWAlign,
  1206.             CSeqGraphicColorConfig::eSeq_PWAlign,
  1207.             CSeqGraphicColorConfig::eSeq_PWAlignMismatch);
  1208. }
  1212. // This is exactly as it done in Sequin.
  1213. TSeqPos CDefaultPolicy::x_GetProtOffset(const CLayoutFeat* feat) const
  1214. {
  1215.     TSeqPos offset = 1; // translation offset
  1216.     const CCdregion& cdr = feat->GetFeature().GetData().GetCdregion();
  1217.     if (cdr.IsSetFrame ()) {
  1218.         switch (cdr.GetFrame ()) {
  1219.         case CCdregion::eFrame_two :
  1220.             offset = 2;
  1221.             break;
  1222.         case CCdregion::eFrame_three :
  1223.             offset = 3;
  1224.             break;
  1225.         default :
  1226.             break;
  1227.         }
  1228.     }
  1229.     return offset;
  1230. }
  1234. void 
  1235. CDefaultPolicy::x_DrawProteinProduct(CGlPane& pane, const CLayoutFeat* feat,
  1236.                     GLfloat row_y, EProtSeqType type, bool selected) const
  1237. {
  1238.     const TModelRect& rcV = pane.GetVisibleRect();
  1239.     const TModelRect& rcM = pane.GetModelLimitsRect();
  1240.     
  1241.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  1242.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  1243.     
  1244.     TSeqPos from = feat->GetLocation().GetTotalRange().GetFrom();
  1245.     TSeqPos to   = feat->GetLocation().GetTotalRange().GetTo();
  1247.     TModelRect frc;
  1248.     frc.SetLeft(from);
  1249.     frc.SetRight(to);
  1250.     TModelRect inrc = frc.IntersectWith(rcV);
  1252.     // do not do anything if there is no spac for even one letter
  1253.     if (inrc.Width() < pane.UnProjectWidth(m_MinLabelWidth)) {
  1254.         return;
  1255.     }
  1257.     GLfloat scaleX = pane.GetScaleX();    
  1259.     GLfloat th      = m_Font_Helv10.TextHeight();
  1260.     GLfloat title_y = row_y + th + 1;
  1261.     GLfloat line_y1 = title_y + 3;
  1262.     GLfloat bases_y = line_y1 + th;
  1263.     GLfloat off     = rcM.Top() > 0 ? th - 1 : 0;
  1265.     TSeqPos offset = x_GetProtOffset(feat); // initial translation offset
  1267.     // label for original protein only and when product is accessible
  1268.     if (type != eTranslatedSeq  &&  feat->GetFeature().IsSetProduct()) {
  1269.         const CSeq_loc& product = feat->GetFeature().GetProduct();
  1270.         string prot_label;
  1271.         CLabel::GetLabel(product, &prot_label,
  1272.                          CLabel::eDefault, &m_Handle.GetScope());
  1273.         string out = m_Font_Helv10.Truncate(prot_label.c_str(),
  1274.                                             inrc.Width() / scaleX);
  1275.         GLfloat xM = x_CenterText(pane, inrc, m_Font_Helv10.TextWidth(out.c_str()));
  1277.         //x_SetFeatureColor(feat);
  1278.         //x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSeq_ProtTranslated); // eSeq_ProtOriginal?
  1279.         if (selected) {
  1280.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSelLabel_ProtProduct);
  1281.         } else {
  1282.             x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eLabel_ProtProduct);
  1283.         }
  1285.         m_Font_Helv10.TextOut(xM - offsetX, title_y - off - offsetY, out.c_str());
  1286.     }
  1288.     // // draw actual prot sequence if at the right zoom level
  1289.     if (x_IsSeqLettersFit(pane)) {  
  1290.         string prot_seq, trans_seq;
  1292.         CSeqVector vec = m_Handle.GetSeqVector(CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  1294.         const CCdregion& cdr = feat->GetFeature().GetData().GetCdregion();        
  1295.         CCdregion_translate::TranslateCdregion(trans_seq, m_Handle,
  1296.                                                feat->GetLocation(),
  1297.                                                cdr, true, true);
  1298.         if (feat->GetFeature().IsSetProduct()) {
  1299.             const CSeq_loc& product = feat->GetFeature().GetProduct();
  1300.             CSeqVector prot_vec =
  1301.                 m_Handle.GetSequenceView(product,
  1302.                                          CBioseq_Handle::eViewConstructed);
  1303.             prot_vec.SetCoding(CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  1304.             prot_vec.GetSeqData (0, prot_vec.size(), prot_seq);
  1305.         } else {
  1306.             prot_seq = trans_seq;
  1307.         }
  1309.         TSeqPos seq_start;
  1310.         size_t idx = 0;
  1312.         for (CSeq_loc_CI lit(feat->GetLocation()); lit; ++lit) {
  1313.             TSeqPos ifrom = lit.GetRange().GetFrom();
  1314.             TSeqPos ito   = lit.GetRange().GetTo();
  1315.             
  1316.             char bases[2];
  1317.             bases[1] = '';
  1319.             bool neg = lit.GetStrand () == eNa_strand_minus;
  1320.             for (TSeqPos pos = neg ? ito : ifrom;
  1321.                  (neg ? (pos - offset >= ifrom) : (pos + offset <= ito))  && 
  1322.                  idx != prot_seq.length();
  1323.                  (neg ? pos -= 3 : pos += 3), ++idx) 
  1324.             {
  1325.                 seq_start = neg ? pos - offset : pos + offset;
  1327.                 x_Color( CSeqGraphicColorConfig::eSeq_ProtTranslated );
  1328.                 if (type == eTranslatedSeq) {  // drawing translated sequence
  1329.                     bases[0] = trans_seq[idx];
  1330.                     if (prot_seq[idx] != trans_seq[idx]) {
  1331.                         x_Color(CSeqGraphicColorConfig::eSeq_ProtMismatch); // Mismatch
  1332.                     }
  1333.                 } else { // drawing actual sequence
  1334.                     bases[0] = prot_seq[idx];
  1335.                 }
  1336.                 m_Font_Helv10.TextOut(seq_start - offsetX, bases_y - off - offsetY, bases);
  1337.                 
  1338.                 
  1339.                 // for selected feature show original sequence below
  1340.                 if (selected) {
  1341.                     x_Color( CSeqGraphicColorConfig::eSeq_ProtOriginal );
  1342.                     
  1343.                     string main_seq, tmp_seq;
  1344.                     vec.GetSeqData(seq_start - 1, seq_start + 2, tmp_seq);
  1345.                     
  1346.                     if (neg) {  // reverse sequence on negative strand
  1347.                         CSeqManip::Complement(tmp_seq, CSeqUtil::e_Iupacna,
  1348.                                    0, tmp_seq.length(), main_seq);
  1349.                     } else {
  1350.                         main_seq = tmp_seq;
  1351.                     }
  1352.                     
  1353.                     GLfloat s_start = seq_start - offsetX - 0.8f;
  1354.                     
  1355.                     for (TSeqPos bp = 0;  bp != main_seq.length();  bp++) {
  1356.                         bases[0] = main_seq[bp];
  1357.                         m_Font_Helv8.TextOut(s_start, bases_y + 9 - offsetY, bases);
  1358.                         s_start += 0.8f;
  1359.                     }
  1360.                 }
  1361.             }
  1363.             // Use correct offset for the next interval
  1364.             int diff = neg ? seq_start - ifrom : ito - seq_start;
  1365.             if (diff == 2) {
  1366.                 offset = 0;
  1367.             } else if (diff == 1) {
  1368.                 offset = 1;
  1369.             } else if (diff == 0) {
  1370.                 offset = 2;
  1371.             }
  1372.         } // for
  1373.     }  // done with protein sequence
  1374. }
  1377. GLfloat 
  1378. CDefaultPolicy::x_CenterText(CGlPane& pane, TModelRect rc, GLfloat width) const
  1379. {
  1380.     return rc.Left() + rc.Width() / 2.0f - 
  1381.         pane.UnProjectWidth(TVPUnit(width)) / 2.0f;
  1382. }
  1386. size_t CDefaultPolicy::x_GetSeqAnnotIndex(const CSeq_annot_Handle& annot) const
  1387. {
  1388.     TNamedAnnots::const_iterator iter = m_Annots.find(annot.GetName());
  1389.     if (iter == m_Annots.end()) {
  1390.         m_Annots[annot.GetName()] = m_Annots.size();
  1391.         iter = m_Annots.find(annot.GetName());
  1392.     }
  1394.     return iter->second;
  1395. }
  1398. void CDefaultPolicy::x_DrawQuad(CGlPane& pane,
  1399.     TModelUnit x1, TModelUnit y1, TModelUnit x2, TModelUnit y2) const
  1400. {
  1401.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  1402.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  1404.     glVertex2f(x1 - offsetX,     y1 - offsetY);
  1405.     glVertex2f(x2 - offsetX + 1, y1 - offsetY);
  1406.     glVertex2f(x2 - offsetX + 1, y2 - offsetY);
  1407.     glVertex2f(x1 - offsetX,     y2 - offsetY);
  1408. }
  1411. void CDefaultPolicy::x_DrawSelection(CGlPane& pane,
  1412.     TModelUnit x1, TModelUnit y1, TModelUnit x2, TModelUnit y2) const
  1413. {
  1414.     TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  1415.     TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  1417.     glVertex2f(x1 - offsetX, y1 - offsetY);
  1418.     glVertex2f(x1 - offsetX, y2 - offsetY);
  1420.     glVertex2f(x1 - offsetX, y2 - offsetY);
  1421.     glVertex2f(x2 - offsetX+1, y2 - offsetY);
  1423.     glVertex2f(x2 - offsetX+1, y2 - offsetY);
  1424.     glVertex2f(x2 - offsetX+1, y1 - offsetY);
  1426.     glVertex2f(x1 - offsetX, y1 - offsetY);
  1427.     glVertex2f(x2 - offsetX+1, y1 - offsetY);
  1428. }
  1431. // Is LayoutObject clicked? Uses model coordinates
  1432. bool CDefaultPolicy::x_IsObjectClicked(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj, 
  1433.         GLfloat row_y, bool selected) const
  1434. {
  1435.     TModelUnit height = GetRowHeight(pane, obj, selected);
  1436.     if (m_LastClick.Y() >=row_y &&  m_LastClick.Y() <= row_y + height) {
  1437.         return obj->GetObject( TSeqPos(m_LastClick.X()) ) != NULL;
  1438.     }
  1439.     return false;
  1440. }
  1444. // Is feature label clicked? Uses pixels. 
  1445. // Only in overview mode.
  1446. bool CDefaultPolicy::x_IsFeatLabelClicked(CGlPane& pane, 
  1447.                     const CLayoutFeatLabel* lbl, GLfloat row_y) const
  1448. {
  1449.     const TModelRect& rc = pane.GetVisibleRect();
  1451.     int label_width = kLabelsColWidth;
  1452.     TModelUnit width = pane.UnProjectWidth(label_width);
  1453.     TModelUnit offset = width * lbl->GetColumn();
  1455.     TModelRect rcM(rc.Left() + offset, row_y);
  1456.     rcM.SetSize(width, x_GetRowHeight(pane, lbl, false) );
  1458.     return rcM.PtInRect(m_LastClick.X(), m_LastClick.Y());
  1459. }
  1462. TModelUnit CDefaultPolicy::x_CalcAlignHeight(const CLayoutAlign* align) const
  1463. {
  1464.     const CAlnVec& aln_mgr = align->GetAlignMgr();
  1465.     TModelUnit height = m_Font_Helv10.TextHeight() + 4 +
  1466.                 (kAlnElementHeight + 1) * (aln_mgr.GetNumRows() - 1);
  1468.     return height;
  1469. }
  1472. void CDefaultPolicy::x_Color(CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement e) const
  1473. {
  1474.     CGlColor color = m_ConfigSettings->GetElementColor(e);
  1475.     glColor3f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue());
  1476. }
  1480. bool CDefaultPolicy::ProcessObject(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj,
  1481.                     TModelUnit row, EObj_IterMode mode, bool selected) const
  1482. {
  1483.     GLfloat row_y = row;
  1484.     
  1485.     const CLayoutFeat*      feat   = dynamic_cast<const CLayoutFeat*>      (obj);
  1486.     const CLayoutAlign*     align  = dynamic_cast<const CLayoutAlign*>     (obj);
  1487.     const CLayoutAlignSmear* smear = dynamic_cast<const CLayoutAlignSmear*>(obj);
  1488.     const CLayoutProtProd*  prot   = dynamic_cast<const CLayoutProtProd*>  (obj);
  1489.     const CLayoutGraph*     graph  = dynamic_cast<const CLayoutGraph*>     (obj);
  1490.     const CLayoutFeatLabel* label  = dynamic_cast<const CLayoutFeatLabel*> (obj);
  1491.     const CLayoutComment*   comm   = dynamic_cast<const CLayoutComment*>   (obj);
  1492.     const CLayoutFeatPack*  pack   = dynamic_cast<const CLayoutFeatPack*>  (obj);
  1493.     const CLayoutHistogram* hist   = dynamic_cast<const CLayoutHistogram*> (obj);
  1494.     const CLayoutSeqMap*    seg    = dynamic_cast<const CLayoutSeqMap*>    (obj);
  1495.     const CLayoutSequence*  seqs   = dynamic_cast<const CLayoutSequence*>  (obj);
  1496.     const CLayoutMatePair*  pair   = dynamic_cast<const CLayoutMatePair*>  (obj); 
  1497.     const CLayoutPWAlign* pw_align = dynamic_cast<const CLayoutPWAlign*>   (obj); 
  1499.     switch (mode) {
  1500.     case eDrawObjectGrid:
  1501.         x_DrawGridLine(pane, obj, row_y);
  1502.         break;
  1503.     case eDrawObjectLines:
  1504.     case eDrawObjectQuads:
  1505.     case eDrawObjectLabel:
  1506.         if (comm) {
  1507.             x_DrawComments(pane, comm, row_y, mode, selected);
  1508.         } else if (seg) {
  1509.             x_DrawSeqSegment(pane, seg, row_y, mode, selected);
  1510.         } else if (pw_align) {
  1511.             x_DrawPWAlign(pane, pw_align, row_y, mode, selected);
  1512.         } else if (seqs) {
  1513.             x_DrawSequence(pane, seqs, row_y, mode, selected);
  1514.         } else if (hist) {
  1515.             x_DrawHistogram(pane, hist, row_y, mode, selected);
  1516.         } else if (label != NULL) {
  1517.             x_DrawFeatLabel(pane, label, row_y, mode, selected);
  1518.         } else if (prot != NULL) {
  1519.             if (mode == eDrawObjectLabel) {
  1520.                 x_DrawProteinProduct(pane, prot, row_y, eProteinSeq, selected);
  1521.             } else {
  1522.                 x_DrawFeature(pane, prot, row_y, mode, selected);
  1523.             }
  1524.         } else if (feat != NULL) {
  1525.             x_DrawFeature(pane, feat, row_y, mode, selected);
  1527.             const CSeqFeatData& data = feat->GetFeature().GetData();
  1528.             if (mode == eDrawObjectLabel  &&
  1529.                 data.Which() == CSeqFeatData::e_Cdregion) {
  1530.                 x_DrawProteinProduct(pane, feat, row_y,
  1531.                                      eTranslatedSeq, selected);
  1532.             }
  1533.         } else if (align != NULL) {
  1534.             x_DrawAlignment(pane, align, row_y, mode, selected);
  1535.         } else if (smear != NULL) {
  1536.             x_DrawAlignmentSmear(pane, smear, row_y, mode, selected);
  1537.         } else if (graph != NULL) {
  1538.             x_DrawSeqGraph(pane, graph, row_y, mode, selected);
  1539.         } else if (pack != NULL) {
  1540.             x_DrawFeatPack(pane, pack, row_y, mode, selected);
  1541.         } else if (pair != NULL) {
  1542.             x_DrawMatePair(pane, pair, row_y, mode, selected);
  1543.         }
  1545.         break;
  1546.     case eCalcObjectRows:
  1547.         break;
  1548.     case eGetHTMLAreas:
  1549.         x_GetHTMLActiveAreas(pane, obj, row_y, selected);
  1550.         break;
  1551.     case eObjectHitTest:
  1552.         if (label) {
  1553.             return x_IsFeatLabelClicked(pane, label, row_y);
  1554.         } else {
  1555.             return x_IsObjectClicked(pane, obj, row_y, selected);
  1556.         }
  1557.         break;
  1558.     default:
  1559.         break;
  1560.     }
  1562.     return false;
  1563. }
  1567. void CDefaultPolicy::x_GetHTMLActiveAreas(CGlPane& pane,
  1568.                                           const CLayoutObject* obj, 
  1569.                                           GLfloat row_y, bool selected) const
  1570. {
  1571.     string title, tooltip;
  1572.     const CLayoutFeatLabel* label = dynamic_cast<const CLayoutFeatLabel*> (obj);
  1573.     const CLayoutMatePair*  mpair = dynamic_cast<const CLayoutMatePair*> (obj);
  1575.     if (!m_ActiveAreas  ||  label) {
  1576.         return;
  1577.     }
  1578.     
  1579.     if (mpair) {
  1580.         const CLayoutMatePair::TAlignList& pw_aligns = mpair->GetSeqAligns();
  1581.         ITERATE(CLayoutMatePair::TAlignList, iter, pw_aligns) {
  1582.             GetTitle(iter->GetPointer(), &title, CLabel::eDefault);
  1583.             GetTitle(iter->GetPointer(), &tooltip, CLabel::eTooltipDetailed);
  1584.             x_AddGetHTMLActiveElement(title, tooltip, pane,  
  1585.                 iter->GetPointer(), row_y, selected);
  1586.         }
  1587.     } else {
  1588.         GetTitle(obj, &title, CLabel::eDefault);
  1589.         GetTitle(obj, &tooltip, CLabel::eTooltipDetailed);
  1590.         x_AddGetHTMLActiveElement(title, tooltip, pane, obj, row_y, selected);
  1591.     }
  1592. }
  1595. void CDefaultPolicy::x_AddGetHTMLActiveElement(string title, string tooltip,
  1596.         CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj,  
  1597.         GLfloat row_y, bool selected) const
  1598. {
  1599.     TSeqRange r = obj->GetLocation().GetTotalRange();    
  1600.     TVPUnit x1  = pane.ProjectX (r.GetFrom());
  1601.     TVPUnit x2  = pane.ProjectX (r.GetTo()  );
  1602.     TVPUnit y1  = TVPUnit(row_y);
  1603.     TVPUnit y2  = TVPUnit(row_y + GetRowHeight(pane, obj, selected));
  1604.     
  1605.     x1 = max(0, x1);
  1606.     x2 = min(pane.GetViewport().Right(), x2);
  1607.     
  1608.     //cout << x1 << "t" << x2 << "t" << y1 << "t" << y2 << endl;
  1609.     CHTMLActiveArea area(CHTMLActiveArea::eCheckBox,
  1610.                          TVPRect(x1, y2, x2, y1),
  1611.                          title, tooltip, "toggle_select");
  1613.     /*pane.OpenPixels();
  1614.     glColor3f(0.0f, 0.0f, 0.0f);  // Black
  1615.     glBegin(GL_LINE_LOOP);
  1616.     glVertex2f(rc_bounds.Left(),   pane.GetViewport().Height()-rc_bounds.Top()+5);
  1617.     glVertex2f(rc_bounds.Right(),  pane.GetViewport().Height()-rc_bounds.Top()+5);
  1618.     glVertex2f(rc_bounds.Right(),  pane.GetViewport().Height()-rc_bounds.Bottom()+5);
  1619.     glVertex2f(rc_bounds.Left(),   pane.GetViewport().Height()-rc_bounds.Bottom()+5);
  1620.     glEnd();
  1621.     pane.Close();*/
  1622.     
  1623.     m_ActiveAreas->push_back(area);
  1624. }
  1627. bool CDefaultPolicy::x_IsSeqLettersFit(CGlPane& pane) const
  1628. {
  1629.     return pane.GetScaleX() <= 1.0f / kPixPerBase4Sequence;
  1630. }
  1633. void CDefaultPolicy::x_DrawGridLine(CGlPane& pane, 
  1634.         const CLayoutObject* obj, GLfloat row_y) const
  1635. {
  1636.     const TModelRect& rc = pane.GetModelLimitsRect();
  1638.     glVertex2f(rc.Left()  - pane.GetOffsetX(), row_y - pane.GetOffsetY() );
  1639.     glVertex2f(rc.Right() - pane.GetOffsetX(), row_y - pane.GetOffsetY() );
  1640. }
  1643. TModelUnit CDefaultPolicy::GetRowHeight(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj, bool selected) const
  1644. {
  1645.     const CLayoutComment*   comm   = dynamic_cast<const CLayoutComment*>   (obj);
  1646.     const CLayoutFeat*      feat   = dynamic_cast<const CLayoutFeat*>      (obj);
  1647.     const CLayoutAlign*     align  = dynamic_cast<const CLayoutAlign*>     (obj);
  1648.     const CLayoutAlignSmear* smear = dynamic_cast<const CLayoutAlignSmear*> (obj);
  1649.     const CLayoutProtProd*  prot   = dynamic_cast<const CLayoutProtProd*>  (obj);
  1650.     const CLayoutGraph*     graph  = dynamic_cast<const CLayoutGraph*>     (obj);
  1651.     const CLayoutFeatLabel* label  = dynamic_cast<const CLayoutFeatLabel*> (obj);
  1652.     const CLayoutFeatPack*  pack   = dynamic_cast<const CLayoutFeatPack*>  (obj);
  1653.     const CLayoutHistogram* hist   = dynamic_cast<const CLayoutHistogram*> (obj);
  1654.     const CLayoutSeqMap*    seg    = dynamic_cast<const CLayoutSeqMap*>    (obj);
  1655.     const CLayoutSequence*  seqs   = dynamic_cast<const CLayoutSequence*>  (obj);
  1656.     const CLayoutMatePair*  pair   = dynamic_cast<const CLayoutMatePair*>  (obj); 
  1657.     const CLayoutPWAlign*   pw_aln = dynamic_cast<const CLayoutPWAlign*>   (obj); 
  1658.                         
  1659.     if (pw_aln) return x_GetRowHeight(pane, pw_aln,selected);
  1660.     if (seqs)   return x_GetRowHeight(pane, seqs,  selected);
  1661.     if (comm)   return x_GetRowHeight(pane, comm,  selected);
  1662.     if (label)  return x_GetRowHeight(pane, label, selected);
  1663.     if (align)  return x_GetRowHeight(pane, align, selected);
  1664.     if (smear)  return x_GetRowHeight(pane, smear, selected);
  1665.     if (prot)   return x_GetRowHeight(pane, prot,  selected);
  1666.     if (graph)  return x_GetRowHeight(pane, graph, selected);
  1667.     if (feat)   return x_GetRowHeight(pane, feat,  selected);
  1668.     if (pack)   return x_GetRowHeight(pane, pack,  selected);
  1669.     if (hist)   return x_GetRowHeight(pane, hist,  selected);
  1670.     if (seg)    return x_GetRowHeight(pane, seg,   selected);
  1671.     if (pair)   return x_GetRowHeight(pane, pair,  selected);
  1672.     
  1673.     return 0;
  1674. }
  1677. void CDefaultPolicy::GetTitle(const CLayoutObject* obj, string* title,
  1678.         CLabel::ELabelType type) const 
  1679. {
  1680.     const CLayoutFeat*      feat  = dynamic_cast<const CLayoutFeat*>      (obj);
  1681.     const CLayoutAlign*     align = dynamic_cast<const CLayoutAlign*>     (obj);
  1682.   //const CLayoutProtProd*  prot  = dynamic_cast<const CLayoutProtProd*>  (obj);
  1683.     const CLayoutGraph*     graph = dynamic_cast<const CLayoutGraph*>     (obj);
  1684.   //const CLayoutFeatLabel* label = dynamic_cast<const CLayoutFeatLabel*> (obj);
  1685.     const CLayoutFeatPack*   pack = dynamic_cast<const CLayoutFeatPack*>  (obj);
  1686.     const CLayoutHistogram* hist  = dynamic_cast<const CLayoutHistogram*> (obj);
  1687.     const CLayoutSeqMap*    seg   = dynamic_cast<const CLayoutSeqMap*>    (obj);
  1688.     const CLayoutSequence*  seqs  = dynamic_cast<const CLayoutSequence*>  (obj);
  1689.     const CLayoutMatePair*  pair  = dynamic_cast<const CLayoutMatePair*>  (obj); 
  1690.     const CLayoutPWAlign*  pw_aln = dynamic_cast<const CLayoutPWAlign*>   (obj); 
  1691.             
  1692.     if (pw_aln) {
  1693.         x_GetTitle(pw_aln, title, type);
  1694.     } else if (align) {
  1695.         x_GetTitle(align, title, type);
  1696.     } else if (graph) {
  1697.         x_GetTitle(graph, title, type);
  1698.     } else if (feat) {
  1699.         x_GetTitle(feat, title, type);
  1700.     } else if (pack) {
  1701.         x_GetTitle(pack, title, type);
  1702.     } else if (hist) {
  1703.         x_GetTitle(hist, title, type);
  1704.     } else if (seg) {
  1705.         x_GetTitle(seg, title, type);
  1706.     } else if (seqs) {
  1707.         x_GetTitle(seqs, title, type);
  1708.     } else if (pair) {
  1709.         x_GetTitle(pair, title, type);
  1710.     }
  1711. }
  1714. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutSeqMap* seg, string* title, 
  1715.         CLabel::ELabelType type) const
  1716. {
  1717.     if (title) {
  1718.         title->erase();
  1719.         CLabel::GetLabel(seg->GetSeqID(), title,
  1720.                         type, &m_Handle.GetScope());
  1721.     }
  1722. }
  1725. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutSequence* seqs, string* title, 
  1726.         CLabel::ELabelType type) const
  1727. {
  1728.     *title = seqs->GetSequence(); //"Sequence Bar";
  1729. }
  1733. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutHistogram* hist, string* title, 
  1734.         CLabel::ELabelType type) const
  1735. {
  1736.     *title = "Distribution Histogram for " + GetFeatConfigList()->
  1737.             GetDescription(hist->Which(), hist->Subtype()) + "(s)";
  1738. }
  1740. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutFeatPack* pack, string* title, 
  1741.         CLabel::ELabelType type) const
  1742. {
  1743.     *title = "";
  1744. }
  1748. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutFeat* feat, string* title, 
  1749.         CLabel::ELabelType type) const
  1750. {
  1751.     string tmp_type, tmp_content;
  1753.     x_GetLabels(feat->GetFeature(), m_Handle.GetScope(),
  1754.                 &tmp_type, &tmp_content, title);
  1755. }
  1758. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutPWAlign* pw_aln, string* title, 
  1759.         CLabel::ELabelType type) const
  1760. {
  1761.     title->erase();
  1762.     const CAlnVec& aln_mgr = pw_aln->GetAlignMgr();
  1763.     
  1764.     // display the name of the seconds sequence (not the master seq.)
  1765.     CAlnMap::TNumrow row = m_Handle.IsSynonym(aln_mgr.GetSeqId(0)) ? 1 : 0;
  1767.     CLabel::GetLabel(aln_mgr.GetSeqId(row), title,
  1768.                      type, &m_Handle.GetScope());
  1769. }
  1772. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutAlign* align, string* title, 
  1773.         CLabel::ELabelType type) const
  1774. {
  1775.     const CAlnVec& aln_mgr = align->GetAlignMgr();
  1776.     title->erase();
  1777.     
  1778.     // otherwise display the row count
  1779.     *title = "[Alignment] " +
  1780.         NStr::UIntToString(aln_mgr.GetNumRows()) + " sequences";
  1781. }
  1784. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutGraph* graph, string* title, 
  1785.         CLabel::ELabelType type) const
  1786. {
  1787.     const CMappedGraph& gr = graph->GetGraph();
  1788.     *title = gr.IsSetTitle() ? gr.GetTitle() : "";    
  1789. }
  1792. void CDefaultPolicy::x_GetTitle(const CLayoutMatePair* pr, string* title, 
  1793.         CLabel::ELabelType type) const
  1794. {
  1795.     // It's a vector of CRefs
  1796.     const CLayoutMatePair::TAlignList& pw_aligns = pr->GetSeqAligns();
  1797.     
  1798.     *title = "Mate Pair: ";
  1799.     string tmp = "";
  1801.     ITERATE(CLayoutMatePair::TAlignList, iter, pw_aligns) {
  1802.         if (tmp.length() > 0) *title = *title + " / ";
  1803.         tmp.erase();
  1804.         x_GetTitle(iter->GetPointer(), &tmp, type);
  1806.         *title = *title + tmp;
  1807.     }
  1808. }
  1812. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1813.                                         const CLayoutMatePair* pr, 
  1814.                                         bool selected) const
  1815. {
  1816.     if (m_ConfigSettings->GetShowPWAlignLabels()) {
  1817.         return m_Font_Helv10.TextHeight() + 4 + 
  1818.             m_Font_Helv8.TextHeight() + kSpacerSize;
  1819.     } else {
  1820.         return m_Font_Helv8.TextHeight() + kSpacerSize;
  1821.     }
  1822. }
  1825. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1826.                                           const CLayoutSequence* seqs,
  1827.                                           bool selected) const
  1828. {
  1829.     return 20.0f + kSpacerSize;
  1830. }
  1834. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1835.                                           const CLayoutHistogram* hist,
  1836.                                           bool selected) const
  1837. {
  1838.     return 20.0f + kSpacerSize;
  1839. }
  1841. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1842.                                           const CLayoutSeqMap* seg,
  1843.                                           bool selected) const
  1844. {
  1845.     return 3.0f + kSpacerSize;
  1846. }
  1849. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1850.                                           const CLayoutComment* comm,
  1851.                                           bool selected) const
  1852. {
  1853.     return kCommentFontSize + kSpacerSize;
  1854. }
  1856. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1857.                                           const CLayoutFeatPack* pack,
  1858.                                           bool selected) const
  1859. {
  1860.     return 20.0f + kSpacerSize;
  1861. }
  1864. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1865.                                           const CLayoutFeat* feat,
  1866.                                           bool selected) const
  1867. {
  1868.     const CSeqFeatData& data = feat->GetFeature().GetData();
  1869.     if (selected  &&  data.Which() == CSeqFeatData::e_Cdregion 
  1870.                   &&  x_IsSeqLettersFit(pane) ) {
  1871.         // one and a half row for selected feature
  1872.         return 30.0f + kSpacerSize;
  1873.     } else {
  1874.         return 20.0f + kSpacerSize;
  1875.     }
  1876. }
  1879. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1880.                                           const CLayoutAlign* align,
  1881.                                           bool selected) const
  1882. {
  1883.     TModelUnit height = x_CalcAlignHeight(align);
  1884.     return height;
  1885. }
  1888. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1889.                                           const CLayoutPWAlign* pw_aln,
  1890.                                           bool selected) const
  1891. {
  1892.     if (m_ConfigSettings->GetShowPWAlignLabels()) {
  1893.         return m_Font_Helv10.TextHeight() + 4 + 
  1894.             m_Font_Helv8.TextHeight() + kSpacerSize;
  1895.     } else {
  1896.         return m_Font_Helv8.TextHeight() + kSpacerSize;
  1897.     }
  1898. }
  1901. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1902.                                           const CLayoutAlignSmear* align,
  1903.                                           bool selected) const
  1904. {
  1905.     return 20.f + kSpacerSize;
  1906. }
  1908. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1909.                                           const CLayoutFeatLabel* label,
  1910.                                           bool selected) const
  1911. {
  1912.     return kCommentFontSize + kSpacerSize;
  1913. }
  1916. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1917.                                           const CLayoutGraph* graph,
  1918.                                           bool selected) const
  1919. {
  1920.     return 20.f + kSpacerSize;
  1921. }
  1924. TModelUnit CDefaultPolicy::x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  1925.                                           const CLayoutProtProd* prot,
  1926.                                           bool selected) const
  1927. {
  1928.     if (selected  &&  x_IsSeqLettersFit(pane) ) {
  1929.         return 30.0f + kSpacerSize;
  1930.     } else {
  1931.         return 20.0f + kSpacerSize;
  1932.     }
  1933. }
  1937. END_NCBI_SCOPE
  1941. /*
  1942.  * ===========================================================================
  1943.  * $Log: default_policy.cpp,v $
  1944.  * Revision 1000.3  2004/06/01 21:12:33  gouriano
  1945.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.41
  1946.  *
  1947.  * Revision 1.41  2004/05/21 22:27:55  gorelenk
  1948.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  1949.  *
  1950.  * Revision 1.40  2004/05/21 13:51:27  lebedev
  1951.  * 2 pixels space between sequence graphs added. Display of min and max values in the graph title.
  1952.  *
  1953.  * Revision 1.39  2004/05/14 16:00:27  lebedev
  1954.  * Respect color defines for Mate Pairs error codes. Draw pair wise alignment strand
  1955.  * indicators as arrows. Use CLabel::eTooltipDetailed mode for tooltips.
  1956.  *
  1957.  * Revision 1.38  2004/05/14 14:13:16  dicuccio
  1958.  * Use CLabel instead of manually picking a label
  1959.  *
  1960.  * Revision 1.37  2004/05/13 18:42:20  lebedev
  1961.  * Properly handle sequence for negative strand alignments
  1962.  *
  1963.  * Revision 1.36  2004/05/11 17:58:54  lebedev
  1964.  * Highlight Mate Pairs background based on library ID. Highlight mate pair with errors with shades of red.
  1965.  *
  1966.  * Revision 1.35  2004/05/07 15:37:13  dicuccio
  1967.  * Use CLabel instead of CSeqUtils::GetLabel()
  1968.  *
  1969.  * Revision 1.34  2004/05/07 11:12:52  lebedev
  1970.  * Option to show/hide labels for pairwise alignments and mate pairs added.
  1971.  *
  1972.  * Revision 1.33  2004/04/22 18:15:04  lebedev
  1973.  * Allow Mate Pairs to have separate selection for each alignment inside.
  1974.  *
  1975.  * Revision 1.32  2004/04/21 16:35:38  lebedev
  1976.  * Support for pair-wise alignments added. Rendering of Mate Pairs changed.
  1977.  * Return multiple HTML Active areas for Mate Pair objects.
  1978.  *
  1979.  * Revision 1.31  2004/04/20 19:20:18  dicuccio
  1980.  * #ifdef'd mate pair rendering code pending rewrite
  1981.  *
  1982.  * Revision 1.30  2004/04/19 15:44:23  lebedev
  1983.  * Use color form configuration engine for Mate-Pairs. Highlight link between pairs.
  1984.  *
  1985.  * Revision 1.29  2004/04/16 14:52:01  dicuccio
  1986.  * SetConfig() takes pointer, not CRef<>.  Formatting changes
  1987.  *
  1988.  * Revision 1.28  2004/04/15 13:04:51  lebedev
  1989.  * Selection for MatePairs added.
  1990.  *
  1991.  * Revision 1.27  2004/04/14 14:00:41  vasilche
  1992.  * MSVC doesn't like templates' names as function arguments' names.
  1993.  *
  1994.  * Revision 1.26  2004/04/14 11:25:48  lebedev
  1995.  * Added rendering of Mate Pairs.
  1996.  *
  1997.  * Revision 1.25  2004/04/12 18:47:57  dicuccio
  1998.  * Adjusted rendering of alignments - fixed rendering of gaps.  Formatting changes
  1999.  *
  2000.  * Revision 1.24  2004/04/07 13:10:56  dicuccio
  2001.  * Use CSeq_annot_Handle for proper annotation name handling
  2002.  *
  2003.  * Revision 1.23  2004/04/06 13:41:32  dicuccio
  2004.  * Formatting changes.  Replaced if block with switch statement.  Changed rendering of HTML active areas to upse CHTMLActiveArea directly
  2005.  *
  2006.  * Revision 1.22  2004/04/06 11:58:18  lebedev
  2007.  * Do not project y coordinate in the x_GetHTMLActiveAreas method.
  2008.  *
  2009.  * Revision 1.21  2004/03/31 16:08:58  lebedev
  2010.  * Methods to get HTML active areas added.
  2011.  *
  2012.  * Revision 1.20  2004/03/30 13:58:37  lebedev
  2013.  * Use elements colors from configuration instead of setting colors directly.
  2014.  *
  2015.  * Revision 1.19  2004/03/29 15:12:20  dicuccio
  2016.  * Changed default height of alignment bars to 5 pixels (was 2).  Fixed rendering
  2017.  * of - strand alignments (swap start/stop).  Fixed rendering of sequence letters
  2018.  * - use ArrayTextOut() instead of TextOut
  2019.  *
  2020.  * Revision 1.18  2004/03/26 15:46:00  lebedev
  2021.  * Rendering of SeqGraphs fixed
  2022.  *
  2023.  * Revision 1.17  2004/03/23 12:33:55  lebedev
  2024.  * Made sequence and histograms bars a layout objects in the object panel.
  2025.  * Made segment map a number of layout objects. Get rid of fixed size rows in the object panel.
  2026.  *
  2027.  * Revision 1.16  2004/03/22 16:54:15  rsmith
  2028.  * draw alignment smears.
  2029.  *
  2030.  * Revision 1.15  2004/03/11 17:53:06  dicuccio
  2031.  * Deprecated typedefs TPosition, TDimension, TIndex, TColor.  Use TSeqRange instead of TRange
  2032.  *
  2033.  * Revision 1.14  2004/03/05 17:40:57  dicuccio
  2034.  * Use CSeqUtil::GetLabel() instead of home-grown solution
  2035.  *
  2036.  * Revision 1.13  2004/02/24 14:47:31  lebedev
  2037.  * Support for new types of layout objects added
  2038.  *
  2039.  * Revision 1.12  2004/02/05 16:47:10  dicuccio
  2040.  * Fixed rendering of alignments: correctly hande discontinuous alignments
  2041.  *
  2042.  * Revision 1.11  2004/02/03 16:54:06  dicuccio
  2043.  * Fixed bug in rendering of alignments - was skipping alignment segments
  2044.  *
  2045.  * Revision 1.10  2004/02/02 16:35:10  dicuccio
  2046.  * Fixed rendering issues in alignments - use proper starting coordinate
  2047.  *
  2048.  * Revision 1.9  2004/01/30 16:54:39  dicuccio
  2049.  * Fixed bugs in rendering of alignments - use correct calculation for start/stop
  2050.  * position of aligned segments
  2051.  *
  2052.  * Revision 1.8  2004/01/20 19:50:58  dicuccio
  2053.  * FIxed rendering of alignments - trap case in which trailing segments are gaps
  2054.  *
  2055.  * Revision 1.7  2004/01/16 18:43:15  dicuccio
  2056.  * Fixed issues in accessing invalid bioseq handles.  Reformatted some code.
  2057.  * Added scoping to catch variables declared inside of switch statements.
  2058.  *
  2059.  * Revision 1.6  2004/01/16 13:40:14  lebedev
  2060.  * Tooltips added
  2061.  *
  2062.  * Revision 1.5  2004/01/13 20:39:33  dicuccio
  2063.  * Minor change to labels: don't include type if product location is shown
  2064.  *
  2065.  * Revision 1.4  2004/01/05 21:25:05  dicuccio
  2066.  * Code clean-up.  Corrected issue with protein product features not appearing in
  2067.  * the correct color; standardized use of x_SetFeatureColor()
  2068.  *
  2069.  * Revision 1.3  2004/01/05 19:13:26  dicuccio
  2070.  * Code clean-up - fixed bracketing, indentation
  2071.  *
  2072.  * Revision 1.2  2004/01/05 17:50:19  dicuccio
  2073.  * Use x_GetLabels() to reduce code duplication.  Changed feature labels to
  2074.  * include product accessions where available.  Changed protein produc label to be
  2075.  * the accession.version
  2076.  *
  2077.  * Revision 1.1  2003/12/16 18:57:44  lebedev
  2078.  * Initial revision
  2079.  *
  2080.  * ===========================================================================
  2081.  */