demo_data_source.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: demo_data_source.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 21:08:09  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.12
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: demo_data_source.cpp,v 1000.2 2004/06/01 21:08:09 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Vlad Lebedev
  35.  *
  36.  */
  37. #include <ncbi_pch.hpp>
  38. #include <gui/gui.hpp>
  39. #include "demo_data_source.hpp"
  40.  
  41. #include <corelib/ncbiutil.hpp>
  42. #include <gui/objutils/utils.hpp>
  43. #include <objtools/alnmgr/alnmix.hpp>
  44. #include <objects/seqalign/Dense_seg.hpp>
  45. // Object Manager includes
  46. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  47. #include <objmgr/scope.hpp>
  48. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  49. #include <objmgr/seq_descr_ci.hpp>
  50. #include <objmgr/feat_ci.hpp>
  51. #include <objmgr/align_ci.hpp>
  52. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  53. #include <objtools/data_loaders/genbank/readers/id1/reader_id1.hpp>
  54. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  55. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  56. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  57. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  58. #include <serial/iterator.hpp>
  59. using namespace ncbi;
  60. using namespace objects;
  61. CTextAlnViewTestDS::CTextAlnViewTestDS()
  62. {
  63.     _TRACE( "Connecting to database..." );
  64.     m_ObjMgr = new CObjectManager;
  65.     m_ObjMgr->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader(),
  66.                                  CObjectManager::eDefault);
  67.     m_Scope = new CScope(*m_ObjMgr);
  68.     m_Scope->AddDefaults();
  69.     CSeq_id seq_id;
  70.     //seq_id.SetGi(6467445);
  71.     //seq_id.SetGi(19880863);
  72.     seq_id.SetGi(19568015);
  73.     //seq_id.SetGi(19172277);
  74.     CBioseq_Handle handle = m_Scope->GetBioseqHandle(seq_id);
  75.     CAlign_CI iter(handle, 0, 0, SAnnotSelector());
  76.     Init(iter, *m_Scope);
  77. }
  78. CTextAlnViewTestDS::~CTextAlnViewTestDS()
  79. {
  80.     m_AlnMgr.Reset();
  81.     m_Scope.Reset();
  82.     m_ObjMgr.Reset();
  83. }
  84. /*
  85.  * ===========================================================================
  86.  * $Log: demo_data_source.cpp,v $
  87.  * Revision 1000.2  2004/06/01 21:08:09  gouriano
  88.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.12
  89.  *
  90.  * Revision 1.12  2004/05/21 22:27:53  gorelenk
  91.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  92.  *
  93.  * Revision 1.11  2004/05/03 17:53:22  dicuccio
  94.  * gui/utils --> gui/objutils where needed
  95.  *
  96.  * Revision 1.10  2004/02/11 15:09:45  yazhuk
  97.  * Replaced x_Init() call with Init()
  98.  *
  99.  * Revision 1.9  2004/02/09 19:18:52  grichenk
  100.  * Renamed CDesc_CI to CSeq_descr_CI. Redesigned CSeq_descr_CI
  101.  * and CSeqdesc_CI to avoid using data directly.
  102.  *
  103.  * Revision 1.8  2004/01/07 17:39:05  vasilche
  104.  * Fixed include path to genbank loader.
  105.  *
  106.  * Revision 1.7  2003/09/24 18:34:58  dicuccio
  107.  * Use new generic alignment data source.  Removed USING_SCOPE(objects) from
  108.  * headers; used objects:: where necessary
  109.  *
  110.  * Revision 1.6  2003/06/23 13:23:14  dicuccio
  111.  * Deprecated seq_utils.[h,c]pp - moved functions into gui.utils/utils.hpp
  112.  *
  113.  * Revision 1.5  2003/06/02 16:06:28  dicuccio
  114.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  115.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  116.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  117.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  118.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  119.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  120.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  121.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  122.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  123.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  124.  * replaces the three libmmdb? libs.
  125.  *
  126.  * Revision 1.4  2003/05/16 17:03:02  lebedev
  127.  * Removed files from different widget
  128.  *
  129.  * Revision 1.3  2003/04/19 14:21:08  ucko
  130.  * iterate -> ITERATE
  131.  *
  132.  * Revision 1.2  2003/03/27 20:38:57  dicuccio
  133.  * Fixed compilation errors under Linux (gcc-3.0.4)
  134.  *
  135.  * Revision 1.1  2003/03/27 17:04:15  lebedev
  136.  * Text Alignment Widget Demo: Initial revision
  137.  *
  138.  * ===========================================================================
  139.  */