开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
textaln_panel.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：25k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

textaln_panel.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: textaln_panel.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 21:08:00  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.12
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: textaln_panel.cpp,v 1000.2 2004/06/01 21:08:00 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Vlad Lebedev
  36.  *
  37.  */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include "panel.hpp"
  42. #include <gui/widgets/aln_data/align_ds.hpp>
  43. #include <gui/opengl/glcolortable.hpp>
  44. #include <gui/opengl/glbitmapfont.hpp>
  45. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  46. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  47. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  49. #include <FL/fl_draw.H>
  50. #include <FL/Fl_Tooltip.H>
  54. BEGIN_NCBI_SCOPE
  55. USING_SCOPE(ncbi::objects);
  58. const int  kFontSize      = 10;  // font size for labels and sequence
  59. const int  kFontWidth     =  9;  // font width
  61. const int  kCellWidth     = 10;  // size of one element in the grid
  62. const int  kCellHeight    = 13;  // do not set less than that
  63. // or features may not fit
  65. const size_t      kUnknowIdx    = ((size_t) (-1));
  66. const string      kLabels       = "Labels";
  67. const string      kPosition     = "Position";
  69. CTextAlnPanel::CTextAlnPanel(int x, int y, int w, int h, const char* label)
  70.     : Fl_Gl_Window(x, y, w, h, label)
  71.     , m_Font_8x13(CGlBitmapFont::eBitmap8x13)
  72. {
  73.     m_DS              = NULL;
  74.     m_BackgroundColor = FL_WHITE;
  75.     m_SelectionColor  = FL_BLUE;
  76.     m_NumbersColor    = FL_BLUE;
  77.     m_GridColor       = FL_GRAY;
  78.     m_SequenceColor   = FL_BLACK;
  79.     m_MismatchColor   = FL_RED;
  81.     m_AlnWidth        = 0;
  82.     m_AlnHeight       = 0;
  83.     m_Anchor          = kUnknowIdx;
  84.     m_ShowSeqAsDots   = false;
  85.     m_featDisp        = CTextAlnView::eOff;
  86. }
  89. CTextAlnPanel::~CTextAlnPanel()
  90. {
  91.     // delete m_DS;
  92. }
  94. TSignedSeqPos CTextAlnPanel::x_GetStartAt(size_t idx, TNumseg seg) const
  95. {
  96.     return m_DS->GetAlnMgr().GetStart(idx, seg);
  97. }
  101. TSeqPos CTextAlnPanel::x_GetAlnWidth(void) const
  102. {
  103.     return m_DS->GetAlnMgr().GetAlnStop();
  104. }
  107. CTextAlnPanel::TDim CTextAlnPanel::x_GetAlnHeigth(void) const
  108. {
  109.     return m_DS->GetAlnMgr().GetNumRows();
  110. }
  113. void CTextAlnPanel::x_PrepareData(void)
  114. {
  115.     m_ScrX = 0;
  116.     m_ScrY = 0;
  118.     m_AlnWidth  = x_GetAlnWidth();
  119.     m_AlnHeight = x_GetAlnHeigth();
  121.     m_ParaG.clear();
  122.     for (TNumrow idx = 0; idx != m_AlnHeight; idx++) {
  123.         if (m_featDisp == CTextAlnView::eAll  ||  
  124.             (m_featDisp == CTextAlnView::eBase && idx == 0)) {
  125.             x_AddFeaturesAtIndex(idx);
  126.         }
  128.         CParaG para(CParaG::eSequence, idx);
  129.         m_ParaG.push_back(para);
  131.         x_AddInsertsAtIndex(idx);
  132.     }
  133. }
  136. void CTextAlnPanel::x_AddInsertsAtIndex(size_t idx)
  137. {
  138.     CRef<CAlnMap::CAlnChunkVec> chunk_vec = m_DS->GetAlnMgr().GetAlnChunks
  139.         (idx, CAlnMap::TSignedRange(0, m_AlnWidth), CAlnVec::fInsertsOnly);
  141.     if (chunk_vec->size() > 0) {
  142.         CParaG para(CParaG::eInsertion, idx);
  143.         m_ParaG.push_back(para);
  144.     }
  145. }
  148. void CTextAlnPanel::x_AddFeaturesAtIndex(size_t idx)
  149. {
  150.     const CBioseq_Handle& handle = m_DS->GetAlnMgr().GetBioseqHandle(idx);
  151.     for (CFeat_CI feat_it(handle, 0, 0, CSeqFeatData::e_not_set);
  152.          feat_it;  ++feat_it) {
  153.         CSeqFeatData::E_Choice type = (*feat_it).GetData().Which();
  154.         if (type == CSeqFeatData::e_Gene || type == CSeqFeatData::e_Rna ||
  155.             type == CSeqFeatData::e_Cdregion || type == CSeqFeatData::e_Prot) {
  156.             const CMappedFeat& feat = *feat_it;
  157.             CParaG para(CParaG::eFeature, idx,
  158.                         new CLayoutFeat(*new CMappedFeat(feat)));
  159.             m_ParaG.push_back(para);
  160.         }
  161.     }
  162. }
  164. void CTextAlnPanel::ShowSequenceAsDots(bool show_dots)
  165. {
  166.     m_ShowSeqAsDots = show_dots;
  167.     redraw();
  168. }
  170. void CTextAlnPanel::SetAnchor(size_t idx)
  171. {
  172.     m_Anchor = idx;
  173.     m_DS->SetAlnMgr().SetAnchor(idx);
  174.     x_PrepareData();
  175.     invalidate();
  176.     redraw();
  177. }
  180. void CTextAlnPanel::UnsetAnchor(void)
  181. {
  182.     m_Anchor = kUnknowIdx;
  183.     m_DS->SetAlnMgr().UnsetAnchor();
  185.     x_PrepareData();
  186.     invalidate();
  187.     redraw();
  188. }
  190. void CTextAlnPanel::SetDataSource(CAlignDataSource* ds)
  191. {
  192.     m_DS = ds;
  194.     m_RowSelect.clear();  // reset selections
  195.     m_ColSelect.clear();
  196.     for (TNumrow idx = 0; idx != x_GetAlnHeigth(); idx++)
  197.         m_RowSelect.push_back(false);
  199.     for (size_t idx = 0; idx != x_GetAlnWidth(); idx++)
  200.         m_ColSelect.push_back(false);
  202.     x_PrepareData();
  204.     invalidate();
  205.     redraw();
  206. }
  208. void CTextAlnPanel::SelectAll(bool flag)
  209. {
  210.     if ( !m_DS ) return;
  211.     for (size_t idx = 0; idx != m_RowSelect.size(); idx++)
  212.         m_RowSelect[idx] = flag;
  213.     if (!flag) for (size_t idx = 0; idx != m_ColSelect.size(); idx++)
  214.         m_ColSelect[idx] = flag;
  215.     redraw();
  216. }
  219. void CTextAlnPanel::x_DrawSelection(int size, ESelectionType type) const
  220. {
  221.     glEnable(GL_BLEND);
  222.     glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  223.     glColor4f(0.1f, 0.1f, 0.1f, 0.1f);
  224.     glBegin(GL_QUADS);
  225.     if (type == eRow) {
  226.         for (TNumrow row = 0;  row != m_ParaG.size();  row++) {
  227.             if (m_RowSelect[m_ParaG[row].GetIndex()]) {
  228.                 GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY) * kCellHeight;
  229.                 glVertex2f(0.0f, yy + kCellHeight);
  230.                 glVertex2f(size, yy + kCellHeight);
  231.                 glVertex2f(size, yy);
  232.                 glVertex2f(0.0f, yy);
  233.             }
  234.         }
  235.     } else {
  236.         for (TSeqPos col = 0;  col != m_AlnWidth;  col++) {
  237.             if (m_ColSelect[col]) {
  238.                 GLfloat xx = GLfloat(col - m_ScrX) * kCellWidth;
  239.                 glVertex2f(xx,              size);
  240.                 glVertex2f(xx + kCellWidth, size);
  241.                 glVertex2f(xx + kCellWidth, 0.0f);
  242.                 glVertex2f(xx,              0.0f);
  243.             }
  244.         }    
  245.     }
  246.     glEnd();
  247.     glDisable(GL_BLEND);
  248. }
  251. void CTextAlnPanel::x_DrawGrid()
  252. {
  253.     gl_color(m_GridColor);
  254.     glBegin(GL_LINES);
  255.     for (TSeqPos col = 0;  col != m_AlnWidth + 1;  col++) {
  256.         GLfloat xx = GLfloat(col - m_ScrX) * kCellWidth;
  257.         glVertex2f(xx, 0.0f);
  258.         glVertex2f(xx, m_Height);
  259.     }
  260.     for (TNumrow row = 0;  row != m_ParaG.size();  row++) {
  261.         GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY) * kCellHeight;
  262.         glVertex2f(0.0f, yy);
  263.         glVertex2f(m_BP[2], yy);
  264.     }
  265.     glEnd();
  267.     x_DrawSelection(m_BP[2], eRow);
  268.     x_DrawSelection(m_BP[3], eCol);
  269. }
  272. void CTextAlnPanel::x_DrawSequence(TNumrow row, size_t idx) const
  273. {
  274.     string seq_draw, seq_base;
  275.     TSeqPos start  = m_ScrX;
  276.     TSeqPos finish = m_ScrX + m_BP[2] / kCellWidth;
  278.     m_DS->GetAlnMgr().GetAlnSeqString(seq_draw, idx, 
  279.                                        CAlnMap::TSignedRange(start, finish));
  280.     m_DS->GetAlnMgr().GetAlnSeqString(seq_base,   0, 
  281.                                        CAlnMap::TSignedRange(start, finish));
  283.     GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY + 1) * kCellHeight + 1;
  284.     for (TSeqPos x = 0;  x != seq_draw.length();  x++) {
  285.         GLfloat xx = GLfloat(x * kCellWidth);
  286.         string seq_this  = seq_draw.substr(x, 1);
  287.         string seq_other = seq_base.substr(x, 1);
  288.         if (seq_this == " ") seq_this = "-";  // AlnMgr problem fix
  290.         if (seq_this != seq_other) {
  291.             gl_color(m_MismatchColor);  // color mismatches
  292.         } else {
  293.             gl_color(m_SequenceColor);
  294.             if (m_ShowSeqAsDots  &&  idx != 0  &&  seq_this != "-") {
  295.                 // draw dots instead (but not on the base sequence)
  296.                 seq_this = ".";
  297.             }
  298.         }
  299.         m_Font_8x13.TextOut(xx, yy - 2, seq_this.c_str());
  300.     }
  301. }
  304. void CTextAlnPanel::x_DrawFeatures(TNumrow row, size_t idx) const
  305. {    
  306.     glEnable(GL_BLEND);
  307.     glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  309.     GLfloat width = 3;
  310.     const CSeq_loc& loc = m_ParaG[row].Feature()->GetLocation();
  312.     switch (m_ParaG[row].Feature()->GetFeature().GetData().Which()) {
  313.     case CSeqFeatData::e_Gene:
  314.         glColor4f(0.0f, 1.0f, 0.0f, 0.33f);
  315.         width = 3.0f;
  316.         break;
  317.     case CSeqFeatData::e_Rna:
  318.         glColor4f(0.0f, 0.0f, 1.0f, 0.5f);
  319.         width = 5.0f;
  320.         break;
  321.     case CSeqFeatData::e_Cdregion:
  322.         glColor4f(1.0f, 0.0f, 0.0f, 0.33f);
  323.         width = 7.0f;
  324.         break;
  325.     case CSeqFeatData::e_Prot:
  326.         glColor4f(1.0f, 1.0f, 1.0f, 0.5f);
  327.         width = 9.0f;
  328.         break;
  329.     default:
  330.         break;
  331.     }
  333.     TSignedSeqPos s_from = loc.GetTotalRange().GetFrom();
  334.     TSignedSeqPos s_to   = loc.GetTotalRange().GetTo();
  336.     TSignedSeqPos al_from = m_DS->GetAlnMgr().GetAlnPosFromSeqPos
  337.         (idx, s_from);
  338.     TSignedSeqPos al_to   = m_DS->GetAlnMgr().GetAlnPosFromSeqPos
  339.         (idx, s_to);
  341.     if (al_from == -1) al_from = 0;
  342.     if (al_to   == -1) al_to   = m_AlnWidth;  // some times it happends            
  344.     al_from = al_from - m_ScrX;  // adjust with scroll values
  345.     al_to   = al_to   - m_ScrX + 1;
  346.     if (al_from < 0) al_from = 0;
  349.     GLfloat xx1 = al_from * kCellWidth;
  350.     GLfloat xx2 = al_to   * kCellWidth;
  351.     GLfloat yy  = GLfloat(row - m_ScrY) * kCellHeight + 
  352.         GLfloat(kCellHeight / 2);
  354.     x_DrawLine(xx1, yy, xx2, yy, width);
  355.     glDisable(GL_BLEND);
  356. }
  359. void CTextAlnPanel::x_DrawInsertions(TNumrow row, size_t idx) const
  360. {
  361.     glEnable(GL_BLEND);
  362.     glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  363.     glLineWidth(1.5f);
  364.     glEnable(GL_POLYGON_SMOOTH);
  365.     glHint(GL_POLYGON_SMOOTH_HINT, GL_FASTEST);
  367.     CGlBitmapFont f(CGlBitmapFont::eHelvetica10);
  368.     GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY) * kCellHeight;
  370.     CRef<CAlnMap::CAlnChunkVec> chunk_vec = m_DS->GetAlnMgr().GetAlnChunks
  371.         (idx, CAlnMap::TSignedRange(0, m_AlnWidth), 
  372.          CAlnVec::fInsertsOnly | CAlnVec::fIgnoreGaps);
  374.     string ins_str;
  375.     CGlColorTable table(chunk_vec->size(), 0.5f, 0.75f);
  376.     for (int i = 0;  i < chunk_vec->size();  i++) {  // for each chunk
  377.         CConstRef<CAlnMap::CAlnChunk> chunk = (*chunk_vec)[i];
  378.         TSeqPos seq_from = chunk->GetRange().GetFrom();
  379.         TSeqPos seq_to   = chunk->GetRange().GetTo();
  380.         TSeqPos aln_from = chunk->GetAlnRange().GetFrom();
  382.         m_DS->GetAlnMgr().GetSeqString(ins_str, idx, seq_from, seq_to);
  383.         string to_draw = x_PreprocessSeq(ins_str);
  385.         TSeqPos ins_len = ins_str.length();
  386.         GLfloat ww = gl_width(to_draw.c_str());
  387.         GLfloat xx = GLfloat((aln_from - m_ScrX - 1) * kCellWidth) - ww / 2.0f;
  389.         CGlColor color = table.GetColor(i);
  390.         glColor4f(color.GetRed(), color.GetGreen(), color.GetBlue(), 0.4f);
  392.         glBegin(GL_TRIANGLE_FAN);
  393.         glVertex2f(xx, yy);
  394.         glVertex2f(xx, yy + kCellHeight);
  395.         glVertex2f(xx + ww, yy + kCellHeight);
  396.         glVertex2f(xx + ww, yy);
  397.         glVertex2f(xx + ww / 2, yy - 6);
  398.         glEnd();
  400.         gl_color(FL_RED);  //m_SequenceColor); //  sequence
  401.         f.TextOut(xx, yy + kCellHeight, to_draw.c_str());
  403.         string label = NStr::UIntToString(ins_len);
  404.         ww = gl_width(label.c_str());
  405.         xx = GLfloat((aln_from - m_ScrX - 1) * kCellWidth) - ww / 2.0f;
  407.         gl_color(FL_BLACK);  // size
  408.         f.TextOut(xx, yy + kCellHeight / 2, label.c_str());
  409.     }
  410.     glLineWidth(1.0f);
  411.     glDisable(GL_BLEND);
  412.     glDisable(GL_POLYGON_SMOOTH);
  413. }
  416. void CTextAlnPanel::x_DrawTextPanel(void)
  417. {
  418.     x_ActivateViewPort(m_BP);
  420.     glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
  421.     glLoadIdentity();
  423.     x_DrawGrid();
  425.     TNumrow startY  = m_ScrY;
  426.     TNumrow finishY = m_ScrY + m_Height / kCellHeight;
  428.     for (TNumrow row = startY; row != finishY && row < m_ParaG.size(); row++) {
  429.         CParaG para = m_ParaG[row];
  431.         switch(para.GetType()) {
  432.         case CParaG::eFeature:
  433.             x_DrawFeatures(row, para.GetIndex());
  434.             break;
  435.         case CParaG::eSequence:
  436.             x_DrawSequence(row, para.GetIndex());
  437.             break;
  438.         case CParaG::eInsertion:
  439.             x_DrawInsertions(row, para.GetIndex());
  440.             break;
  441.         }
  442.     }
  443.     glPopAttrib();
  444. }
  447. void CTextAlnPanel::x_DrawSeqNumPanel(void)
  448. {
  449.     x_ActivateViewPort(m_NP);    
  451.     x_DrawSelection(m_NP[3], eCol);
  453.     TSeqPos startX  = m_ScrX;
  454.     TSeqPos finishX = m_ScrX + m_NP[2] / kCellWidth;
  456.     TDim len = NStr::UIntToString(m_AlnWidth).length();
  458.     gl_color(m_GridColor);
  459.     glBegin(GL_LINES);
  460.     for (TSeqPos x = startX;  x != finishX;  x++) {
  461.         GLfloat xx = GLfloat(x - m_ScrX) * kCellWidth;
  462.         glVertex2f(xx, 0.0f);
  463.         glVertex2f(xx, m_NP[3]);
  464.     }
  465.     for (TNumrow y = 0;  y != len;  y++) {
  466.         GLfloat yy = y * kFontSize;
  467.         glVertex2f(0.0f,    yy);
  468.         glVertex2f(m_NP[2], yy);
  469.     }
  470.     glEnd();
  472.     gl_color(FL_GRAY);  // Draw thick separation line
  473.     x_DrawLine(0.0f, len * kFontSize + 1, m_NP[2], len * kFontSize + 1, 2.0f);
  475.     gl_color(m_NumbersColor);  // draw labels
  476.     CGlBitmapFont f(CGlBitmapFont::eHelvetica10);
  477.     for (TSeqPos x = startX;  x != finishX + 1;  x++) {
  478.         GLfloat xx = GLfloat(x - m_ScrX) * kCellWidth;
  480.         if (x % 10 == 0) {
  481.             string s = NStr::UIntToString(x);
  482.             int start = len - s.length();
  483.             for (TNumrow y = start, p = 0;  y!= len;  y++, p++) {
  484.                 string to_draw = s.substr(p, 1);
  485.                 GLfloat yy = y * kFontSize + kFontSize - 1;
  486.                 f.TextOut(xx + 2, yy, to_draw.c_str());
  487.             }
  488.         } else if (x % 5 == 0) {  // draw tick marks
  489.             x_DrawLine(xx + kCellWidth / 2,  m_NP[3] - 3 - kFontSize,
  490.                        xx + kCellWidth / 2, m_NP[3] - 3, 1.0f);
  491.         }
  492.     }
  494.     glPopAttrib();
  495. }
  498. void CTextAlnPanel::x_DrawLabelPanel(void)
  499. {
  500.     x_ActivateViewPort(m_LP);
  502.     x_DrawSelection(m_LP[2], eRow);
  504.     string label_draw;
  505.     for (TNumrow row = 0;  row != m_ParaG.size();  row++) {
  506.         if (m_ParaG[row].GetType() == CParaG::eFeature) {
  507.             string feat_label;
  508.             feature::GetLabel(m_ParaG[row].Feature()->GetFeature(), 
  509.                               &feat_label, feature::eBoth);
  510.             CGlBitmapFont f(CGlBitmapFont::eHelvetica10);
  511.             GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY) * kCellHeight + kCellHeight - 3;
  512.             gl_color(m_SequenceColor);
  513.             f.TextOut(2, yy, feat_label.c_str());
  514.         }
  515.         if (m_ParaG[row].GetType() != CParaG::eSequence) continue;
  517.         GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY + 1) * kCellHeight + 1;
  518.         if (m_Anchor == m_ParaG[row].GetIndex()) {  // draw anchor mark
  519.             x_DrawAnchorMark(row);
  520.         }
  522.         gl_color(m_NumbersColor);
  524.         const CSeq_id& id =
  525.             sequence::GetId(m_DS->GetAlnMgr().
  526.                             GetBioseqHandle(m_ParaG[row].GetIndex()),
  527.                             sequence::eGetId_Best);
  528.         id.GetLabel(&label_draw);
  530.         for (TSeqPos x = 0;  x != label_draw.length();  x++) {
  531.             GLfloat xx = kCellWidth + GLfloat(x * kCellWidth) + kCellWidth / 2;
  532.             string seq_this  = label_draw.substr(x, 1);
  533.             m_Font_8x13.TextOut(xx, yy - 2, seq_this.c_str());
  534.         }
  535.     }
  537.     gl_color(FL_GRAY);  // Draw thick separation line
  538.     x_DrawLine(m_LP[2] - 2, m_LP[1], m_LP[2] - 2, m_LP[3], 2.0f);
  540.     glPopAttrib();
  541. }
  544. void CTextAlnPanel::x_DrawAnchorMark(TNumrow row) const
  545. {
  546.     glEnable(GL_BLEND);
  547.     glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  548.     glEnable(GL_POLYGON_SMOOTH);
  549.     glHint(GL_POLYGON_SMOOTH_HINT, GL_FASTEST);
  550.     gl_color(FL_GREEN);
  552.     GLfloat xx = kCellWidth / 2;
  553.     GLfloat yy = GLfloat(row - m_ScrY) * kCellHeight;
  555.     glBegin(GL_QUADS);
  556.     glVertex2f(xx ,              yy + kCellHeight / 2);
  557.     glVertex2f(xx + kCellWidth / 2, yy + kCellHeight);
  558.     glVertex2f(xx + kCellWidth , yy + kCellHeight / 2);
  559.     glVertex2f(xx + kCellWidth / 2, yy);
  560.     glEnd();
  561.     glDisable(GL_BLEND);
  562.     glDisable(GL_POLYGON_SMOOTH);
  563. }
  566. void CTextAlnPanel::x_DrawInfoPanel(void)
  567. {
  568.     x_ActivateViewPort(m_IP);
  570.     TDim len = NStr::UIntToString(m_AlnWidth).length();    
  571.     gl_color(FL_GRAY);  // Draw thick separation line
  573.     x_DrawLine(m_IP[2] - 2, 0.0f, m_IP[2] - 2, m_IP[3], 2.0f);
  574.     x_DrawLine(0.0f, len * kFontSize + 1, m_IP[2], len * kFontSize + 1, 2.0f);
  576.     glEnable(GL_BLEND);
  577.     glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  578.     glHint(GL_LINE_SMOOTH_HINT, GL_NICEST);
  579.     x_DrawLine(0.0f, 0.0f, m_IP[2], len * kFontSize + 1, 2.0f);
  580.     glDisable(GL_BLEND);
  581.     glDisable(GL_LINE_SMOOTH);
  583.     glLineWidth(1.0f);        
  584.     gl_color(m_NumbersColor);
  585.     CGlBitmapFont f(CGlBitmapFont::eHelvetica10);
  586.     f.TextOut(kCellWidth / 2, len * kFontSize - 2, kLabels.c_str());
  587.     GLfloat xx = m_IP[2] - gl_width(kPosition.c_str()) - kCellWidth;
  588.     f.TextOut(xx, kFontSize - 1, kPosition.c_str());
  590.     glPopAttrib();
  591. }
  594. void CTextAlnPanel::draw()
  595. {
  596.     if (!valid()) {
  597.         x_SetViewPorts    ();
  598.         x_AdjustScrollBars();
  599.     }
  601.     glClearColor(1, 1, 1, 0);
  602.     glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT | GL_DEPTH_BUFFER_BIT);
  603.     if ( !m_DS ) return;
  605.     x_DrawInfoPanel  ();
  606.     x_DrawSeqNumPanel();
  607.     x_DrawTextPanel ();
  608.     x_DrawLabelPanel ();
  609.     return;
  610. }
  614. void CTextAlnPanel::x_DrawLine(GLfloat x1, GLfloat y1, GLfloat x2,
  615.                                GLfloat y2, GLfloat width) const
  616. {
  617.     glLineWidth(width);
  618.     glBegin(GL_LINES);
  619.     glVertex2f(x1, y1);
  620.     glVertex2f(x2, y2);
  621.     glEnd();
  622.     glLineWidth(1.0f);
  623. }
  627. void CTextAlnPanel::x_SetViewPorts(void)
  628. {
  629.     m_Width  = w();
  630.     m_Height = h();
  632.     gl_font(FL_BOLD, kFontSize);
  633.     TDim m_NPHeight = gl_height() * 
  634.         NStr::UIntToString(m_AlnWidth).length();
  636.     TDim m_LPWidth = 0;
  638.     // find out the longest string
  639.     for (TNumrow row = 0;  row != m_AlnHeight;  row++) {
  640.         const CSeq_id& id =
  641.             sequence::GetId(m_DS->GetAlnMgr().GetBioseqHandle(row),
  642.                             sequence::eGetId_Best);
  644.         string str_label;
  645.         id.GetLabel(&str_label);
  647.         TDim len = str_label.length();
  648.         m_LPWidth = max(m_LPWidth, len);
  649.     }
  650.     m_LPWidth = (m_LPWidth + 2) * kCellWidth;  // add extra space
  652.     // Numbers panel (on top)
  653.     m_NP[0] = m_LPWidth;
  654.     m_NP[1] = m_Height - m_NPHeight;
  655.     m_NP[2] = m_Width - m_LPWidth;
  656.     m_NP[3] = m_NPHeight;
  658.     // Text panel
  659.     m_BP[0] = m_LPWidth;
  660.     m_BP[1] = 0;
  661.     m_BP[2] = m_Width  - m_LPWidth;
  662.     m_BP[3] = m_Height - m_NPHeight;
  664.     // Label panel (on the left)
  665.     m_LP[0] = 0;
  666.     m_LP[1] = 0;
  667.     m_LP[2] = m_LPWidth;
  668.     m_LP[3] = m_Height - m_NPHeight;
  670.     // Info panel (on the left/top corner)
  671.     m_IP[0] = 0;
  672.     m_IP[1] = m_Height - m_NPHeight;
  673.     m_IP[2] = m_LPWidth;
  674.     m_IP[3] = m_NPHeight;
  675. }
  678. void CTextAlnPanel::x_AdjustScrollBars(void)
  679. {
  680.     Fl_Scrollbar* scrollX = (Fl_Scrollbar*)(parent()->child(0));
  681.     Fl_Scrollbar* scrollY = (Fl_Scrollbar*)(parent()->child(1));
  683.     scrollX->linesize(1);
  684.     scrollY->linesize(1);
  686.     scrollX->value(m_ScrX, m_BP[2] / kCellWidth, 0, m_AlnWidth + 1);
  687.     if (m_AlnWidth * kCellWidth < m_BP[2]) scrollX->hide();
  688.     else scrollX->show();
  690.     scrollY->value(m_ScrY, m_BP[3] / kCellHeight, 0, m_ParaG.size());
  691.     if (m_ParaG.size() * kCellHeight < m_BP[3]) scrollY->hide();
  692.     else scrollY->show();
  693. }
  695. string CTextAlnPanel::x_PreprocessSeq(const string& s) const
  696. {
  697.     if (s.length() <= 10) {
  698.         return s;
  699.     } else {
  700.         return s.substr(0, 4) + "..." + s.substr(s.length() - 5, 4);
  701.     }
  702. }
  706. void CTextAlnPanel::x_ActivateViewPort(GLuint* port) const
  707. {
  708.     glPushAttrib(GL_VIEWPORT_BIT);
  709.     glShadeModel(GL_FLAT);
  710.     glViewport(port[0], port[1], port[2], port[3]);
  711.     glMatrixMode(GL_PROJECTION);
  712.     glLoadIdentity();
  714.     glOrtho(0, port[2], port[3], 0, -1, 1);
  715.     glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
  716.     glLoadIdentity();
  717. }
  720. int CTextAlnPanel::handle(int event)
  721. {
  722.     static int  s_X, s_Y;
  723.     static bool s_Drag;
  725.     switch (event) {        
  726.     case FL_PUSH:
  727.         s_X = Fl::event_x();
  728.         s_Y = Fl::event_y();
  729.         s_Drag = false;
  730.         return 1;
  731.     case FL_DRAG:
  732.         s_Drag = true;
  734.         if (Fl::event_shift()) {
  735.             int pos = Fl::event_x() + m_ScrX * kCellWidth - m_LP[2];
  736.             size_t x = pos / kCellWidth;
  737.             if ( pos < 0  ||  x < 0  ||  x >= m_AlnWidth) return 1;
  738.             m_ColSelect[x] = !Fl::event_ctrl();
  739.             redraw();
  740.         } else {
  741.             size_t idx = x_GetAtXY(Fl::event_x(), Fl::event_y());
  742.             if (idx != kUnknowIdx) {
  743.                 m_RowSelect[idx] = !Fl::event_ctrl();
  744.                 redraw();
  745.             }
  746.         }
  747.         return 1;
  749.     case FL_RELEASE:
  750.         if (s_Drag) {
  751.             s_Drag   = false;
  752.         } else  {
  753.             size_t idx = x_GetAtXY(Fl::event_x(), Fl::event_y());
  754.             if (idx != kUnknowIdx) {
  755.                 m_RowSelect[idx] = !Fl::event_ctrl();
  756.                 redraw();
  757.             }
  758.         }
  759.         return 1;
  761.     default:
  762.         return Fl_Gl_Window::handle(event);
  763.     }
  765.     return 0;
  766. }
  769. size_t CTextAlnPanel::x_GetAtXY(int x, int y) const
  770. {
  771.     int pos = y + m_ScrY * kCellHeight - m_NP[3];
  772.     //if (pos < 0) return kUnknowIdx;
  774.     size_t idx = pos / kCellHeight;
  776.     if ( pos < 0  ||  idx >= m_ParaG.size()) return kUnknowIdx;
  777.     else return m_ParaG[idx].GetIndex();
  778. }
  780. // --- Scrolling --------------------------------------------------
  781. void CTextAlnPanel::Scroll(TSeqPos xPos, TSeqPos yPos)
  782. {
  783.     m_ScrX = xPos;
  784.     m_ScrY = yPos;
  785.     redraw();
  786. }
  789. void CTextAlnPanel::SetFeatureDisplay(CTextAlnView::EFeatureDisplay disp)
  790. {
  791.     if ( !m_DS ) return;
  793.     m_featDisp = disp;
  794.     x_PrepareData();
  795.     invalidate();
  796.     redraw();
  797. }
  799. // Colors
  800. void CTextAlnPanel::SetColor(CTextAlnView::EDisplayElement elem, 
  801.                              Fl_Color color)
  802. {
  803.     switch (elem) {
  804.     case CTextAlnView::eBackground: { m_BackgroundColor = color; break; }
  805.     case CTextAlnView::eGrid:       { m_GridColor       = color; break; }
  806.     case CTextAlnView::eNumbers:    { m_NumbersColor    = color; break; }
  807.     case CTextAlnView::eSelection:  { m_SelectionColor  = color; break; }
  808.     case CTextAlnView::eSequence:   { m_SequenceColor   = color; break; }
  809.     case CTextAlnView::eMismatch:   { m_MismatchColor   = color; break; }
  810.     }
  811.     redraw();
  812. }
  815. Fl_Color CTextAlnPanel::GetColor(CTextAlnView::EDisplayElement elem) const
  816. {
  817.     switch (elem) {
  818.     case CTextAlnView::eBackground: return m_BackgroundColor;
  819.     case CTextAlnView::eGrid:       return m_GridColor;
  820.     case CTextAlnView::eNumbers:    return m_NumbersColor;
  821.     case CTextAlnView::eSelection:  return m_SelectionColor;
  822.     case CTextAlnView::eSequence:   return m_SequenceColor;
  823.     case CTextAlnView::eMismatch:   return m_MismatchColor;
  824.     }
  825.     return FL_BLACK;
  826. }
  830. END_NCBI_SCOPE
  834. /*
  835.  * ===========================================================================
  836.  * $Log: textaln_panel.cpp,v $
  837.  * Revision 1000.2  2004/06/01 21:08:00  gouriano
  838.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.12
  839.  *
  840.  * Revision 1.12  2004/05/21 22:27:52  gorelenk
  841.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  842.  *
  843.  * Revision 1.11  2004/03/11 17:50:41  dicuccio
  844.  * Updated typedefs: dropped TDimension, TPosition, TIndex, TColor; use TSeqRange
  845.  * instead of TRange
  846.  *
  847.  * Revision 1.10  2004/03/05 17:39:13  dicuccio
  848.  * Use sequence::Getid() instead of CSeq_id::GetStringDescr()
  849.  *
  850.  * Revision 1.9  2003/09/29 15:49:58  dicuccio
  851.  * Use CGlBitmapFont instead of home-grown font.
  852.  *
  853.  * Revision 1.8  2003/09/24 19:24:41  ucko
  854.  * ~CTextAlnPanel: stop explicitly deleting m_DS, which is now a CRef.
  855.  *
  856.  * Revision 1.7  2003/09/24 18:34:58  dicuccio
  857.  * Use new generic alignment data source.  Removed USING_SCOPE(objects) from
  858.  * headers; used objects:: where necessary
  859.  *
  860.  * Revision 1.6  2003/09/17 16:29:03  dicuccio
  861.  * Use CGlBitmapFont instead of CGlutFont
  862.  *
  863.  * Revision 1.5  2003/08/18 15:23:40  lebedev
  864.  * Changed nales: CFeature -> CLayoutFeat
  865.  *
  866.  * Revision 1.4  2003/07/21 20:28:27  dicuccio
  867.  * Fixed creation of CFeature to match new API
  868.  *
  869.  * Revision 1.3  2003/06/02 16:06:27  dicuccio
  870.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  871.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  872.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  873.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  874.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  875.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  876.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  877.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  878.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  879.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  880.  * replaces the three libmmdb? libs.
  881.  *
  882.  * Revision 1.2  2003/03/27 20:38:57  dicuccio
  883.  * Fixed compilation errors under Linux (gcc-3.0.4)
  884.  *
  885.  * Revision 1.1  2003/03/27 17:04:32  lebedev
  886.  * Text Alignment Widget: Initial revision
  887.  *
  888.  * ===========================================================================
  889.  */