生物技术

开发平台：
C/C++

tax_tree_ds.cpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: tax_tree_ds.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 21:31:39  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: tax_tree_ds.cpp,v 1000.0 2004/06/01 21:31:39 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
 * Authors:  Mike DiCuccio
 *
 * File Description:
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#include <ncbi_pch.hpp>
#include <gui/widgets/tax_tree/tax_tree_ds.hpp>
#include <objects/seq/Bioseq.hpp>
#include <objmgr/util/sequence.hpp>
#include <objmgr/seqdesc_ci.hpp>
#include <gui/objutils/label.hpp>
#include <algorithm>
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(objects);
CTaxTreeDS_ObjMgr::CTaxTreeDS_ObjMgr(CScope& scope, const TUidVec& uids)
    : m_Scope(&scope)
    , m_Mode(eDisplay_Default)
    , m_Ids(uids)
{
    m_TaxCache.Init();
    TTaxMap tax_map;
    GetTaxMap(tax_map);
    vector<TTaxId> tax_ids_in;
    vector<TTaxId> tax_ids_out;
    tax_ids_in.reserve(tax_map.size());
    ITERATE(TTaxMap, iter, tax_map) {
        _TRACE("tax-id: " << iter->first << " seqs: " << iter->second.size());
        tax_ids_in.push_back(iter->first);
    }
    if (tax_ids_in.size() == 0) {
        NCBI_THROW(CException, eUnknown,
                   "Can't generate common tree for sequences:n"
                   "No taxonomy IDs found.");
    }
    if ( !m_TaxCache.GetPopsetJoin(tax_ids_in, tax_ids_out) ) {
        NCBI_THROW(CException, eUnknown,
                   "Can't generate common tree for sequences");
    }
}
ITreeIterator& CTaxTreeDS_ObjMgr::GetIterator(EDisplayMode mode)
{
    if ( !m_Iter  ||  mode != m_Mode) {
        // first, fill our internal tree structure
        CTaxon1::EIteratorMode iter_mode = CTaxon1::eIteratorMode_Default;
        switch (mode) {
        default:
        case eDisplay_All:
            break;
        case eDisplay_Best:
            iter_mode = CTaxon1::eIteratorMode_Best;
            break;
        case eDisplay_Blast:
            iter_mode = CTaxon1::eIteratorMode_Blast;
            break;
        }
        m_Iter.Reset(m_TaxCache.GetTreeIterator(iter_mode));
        m_Mode = mode;
    }
    return *m_Iter;
}
void CTaxTreeDS_ObjMgr::GetTaxMap(TTaxMap& tax_map)
{
    TUidVec uids;
    GetUids(uids);
    ITERATE (TUidVec, iter, uids) {
        TTaxId tax_id = 0;
        // first, see if we can get it from the sequence
        CBioseq_Handle handle = m_Scope->GetBioseqHandle(**iter);
        tax_id = sequence::GetTaxId(handle);
        // if not, try the tax server
        if ( !tax_id ) {
            m_TaxCache.GetTaxId4GI(*iter, tax_id);
        }
        // if we've got something, add it to our cache
        if (tax_id) {
            tax_map[tax_id].push_back(*iter);
        } else {
            string str;
            CLabel::GetLabel(**iter, &str, CLabel::eDefault, m_Scope);
            LOG_POST(Info << "No tax-id for sequence: " << str);
        }
    }
}
void CTaxTreeDS_ObjMgr::GetUids(TUidVec& uids)
{
    uids = m_Ids;
}
void CTaxTreeDS_ObjMgr::GetTitle(const CSeq_id& id, string* title) const
{
    if (title) {
        title->erase();
        CBioseq_Handle handle = m_Scope->GetBioseqHandle(id);
        const CSeq_id& best_id = sequence::GetId(handle, sequence::eGetId_Best);
        best_id.GetLabel(title, CSeq_id::eContent);
    }
}
void CTaxTreeDS_ObjMgr::GetTitle(const ITaxon1Node& node, string* title) const
{
    if (title) {
        *title = node.GetName();
    }
}
const CRef<objects::CScope> &  CTaxTreeDS_ObjMgr::GetScope(void)
{
    return m_Scope;
}
END_NCBI_SCOPE
/*
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 * $Log: tax_tree_ds.cpp,v $
 * Revision 1000.0  2004/06/01 21:31:39  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 *
 * Revision 1.2  2004/05/21 22:27:55  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.1  2004/05/13 17:31:46  dicuccio
 * Renamed data source file
 *
 * Revision 1.8  2004/04/09 16:53:32  tereshko
 * Added functionality to send/accept selections
 *
 * Revision 1.7  2004/04/07 13:12:44  dicuccio
 * Changed internal storage of sequence information to use CConstRef<CSeq_id>
 *
 * Revision 1.6  2004/04/01 19:03:13  dicuccio
 * Added support for limiting the list of displayed nodes.  Changed retrieval of
 * tax-id to favor sequence first
 *
 * Revision 1.5  2004/03/05 17:43:00  dicuccio
 * Use sequence::GetId() instead of CSeq-id::GetStringDescr()
 *
 * Revision 1.4  2004/01/27 18:49:25  dicuccio
 * Restored functionality
 *
 * Revision 1.3  2004/01/07 18:55:36  dicuccio
 * Code clean-up.  Don't forget to initialize or CTaxon1 class
 *
 * Revision 1.2  2003/12/23 15:39:18  dicuccio
 * Altered the data source - expose an ITreeIterator; the widget no longer
 * directly creates a CTaxon1 class.  Chaned storage notion from 'gi' to 'uid'
 *
 * Revision 1.1  2003/12/22 19:42:59  dicuccio
 * Initial revision
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