mate_pair.cpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: mate_pair.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 21:20:56  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: mate_pair.cpp,v 1000.0 2004/06/01 21:20:56 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Vlad Lebedev
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   CLayoutMatePair -- utility class to layout mate pairs (a special type of
  38.  *      pairwise alignments and hold a set of CLayoutPWAlign
  39.  */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include <gui/objutils/mate_pair.hpp>
  42. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  43. #include <objtools/alnmgr/alnvec.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. USING_SCOPE(objects);
  46. CLayoutMatePair::CLayoutMatePair(const TAlignList& aligns)
  47.     : m_SeqAligns(aligns)
  48.     , m_LibraryId(eLibrary_NotSet)
  49.     , m_ErrorType(eError_NotSet)
  50. {
  51.     if (m_SeqAligns.size() != 1) {
  52.         m_ErrorType = eError_NoError;
  53.     }
  54.     const CSeq_id* id = NULL;
  55.     TSeqRange range;
  56.     ITERATE (TAlignList, iter, m_SeqAligns) {
  57.         const CLayoutPWAlign& pw = **iter;
  58.         range += pw.GetLocation().GetTotalRange();
  59.         id = &pw.GetAlignMgr().GetSeqId(pw.GetAlignMgr().GetAnchor());
  60.         const CSeq_align& align = pw.GetAlignment();
  61.         int type = 0;
  62.         if (m_ErrorType != eError_NoError  &&
  63.             align.GetNamedScore("bad matepair code", type)) {
  64.             m_ErrorType = static_cast<EErrorType>(type);
  65.         }
  66.         align.GetNamedScore("matepair library", m_LibraryId);
  67.     }
  68.     if (m_LibraryId == eLibrary_NotSet) {
  69.         m_LibraryId = eLibrary_NotFound;
  70.     }
  71.     if (m_ErrorType == eError_NotSet) {
  72.         m_ErrorType = eError_NoError;
  73.     }
  74.     if (id) {
  75.         m_Location.Reset(new CSeq_loc());
  76.         m_Location->SetInt().SetFrom(range.GetFrom());
  77.         m_Location->SetInt().SetTo  (range.GetTo());
  78.         m_Location->SetId(*id);
  79.     }
  80. }
  81. const CObject* CLayoutMatePair::GetObject(TSeqPos pos) const
  82. {
  83.     ITERATE (TAlignList, iter, m_SeqAligns) {
  84.         const CObject* obj = (*iter)->GetObject(pos);
  85.         if (obj) {
  86.             return obj;
  87.         }
  88.     }
  89.     return NULL;
  90. }
  91. END_NCBI_SCOPE
  92. /*
  93.  * ===========================================================================
  94.  * $Log: mate_pair.cpp,v $
  95.  * Revision 1000.0  2004/06/01 21:20:56  gouriano
  96.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  97.  *
  98.  * Revision 1.3  2004/05/21 22:27:44  gorelenk
  99.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  100.  *
  101.  * Revision 1.2  2004/05/10 18:22:10  dicuccio
  102.  * Added recognition of mate pair library and error codes
  103.  *
  104.  * Revision 1.1  2004/04/30 11:48:16  dicuccio
  105.  * Initial commit - split out from src/gui/utils
  106.  *
  107.  * Revision 1.4  2004/04/20 19:16:08  dicuccio
  108.  * Converted to use a set of pairwise alignments
  109.  *
  110.  * Revision 1.3  2004/04/15 13:00:11  lebedev
  111.  * Changed GetObject to return NULL or const pointer based on given position
  112.  *
  113.  * Revision 1.2  2004/04/12 16:50:54  dicuccio
  114.  * Redesign CLayoutMatePair to store an alignment manager internally
  115.  *
  116.  * Revision 1.1  2004/04/05 16:11:00  lebedev
  117.  * Initial revision
  118.  *
  119.  * ===========================================================================
  120.  */