seq_map.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_map.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 21:21:17  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: seq_map.cpp,v 1000.0 2004/06/01 21:21:17 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Vlad Lebedev
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   CLayoutSeqMap -- utility class to layout sequence segments 
  38.  *                    and hold CSeq_id_Handle objects
  39.  */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include <gui/objutils/seq_map.hpp>
  42. #include <objmgr/seq_id_handle.hpp>
  43. BEGIN_NCBI_SCOPE
  44. USING_SCOPE(objects);
  45. CLayoutSeqMap::CLayoutSeqMap(CSeq_id_Handle hndl, const TSeqRange& range, 
  46.             const TSeqRange& ref_range)
  47. {
  48.     m_SeqHandle = hndl;
  49.     
  50.     m_Location.Reset(new CSeq_loc());
  51.     m_Location->SetInt().SetFrom(range.GetFrom());
  52.     m_Location->SetInt().SetTo  (range.GetTo()  );
  53.     m_RefLocation.Reset(new CSeq_loc());
  54.     m_RefLocation->SetInt().SetFrom(ref_range.GetFrom());
  55.     m_RefLocation->SetInt().SetTo  (ref_range.GetTo()  );
  56. }
  57. END_NCBI_SCOPE
  58. /*
  59.  * ===========================================================================
  60.  * $Log: seq_map.cpp,v $
  61.  * Revision 1000.0  2004/06/01 21:21:17  gouriano
  62.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  63.  *
  64.  * Revision 1.2  2004/05/21 22:27:44  gorelenk
  65.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  66.  *
  67.  * Revision 1.1  2004/04/30 11:48:16  dicuccio
  68.  * Initial commit - split out from src/gui/utils
  69.  *
  70.  * Revision 1.4  2004/03/23 12:24:11  lebedev
  71.  * Changed seq_map to hold CSeq_id_Handle
  72.  *
  73.  * Revision 1.3  2004/03/11 17:49:40  dicuccio
  74.  * Use TSeqRange instead of TRange
  75.  *
  76.  * Revision 1.2  2003/11/04 13:10:29  lebedev
  77.  * Reference location added
  78.  *
  79.  * Revision 1.1  2003/10/30 13:19:20  lebedev
  80.  * Initial revision
  81.  *
  82.  * ===========================================================================
  83.  */