生物技术

开发平台：
C/C++

trace_chgr.cpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: trace_chgr.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:55  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: trace_chgr.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:42:55 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
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 *
 * Authors:  Mike DiCuccio
 *
 * File Description:
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#include <ncbi_pch.hpp>
#include <objmgr/impl/data_source.hpp>
#include <objtools/data_loaders/trace/trace_chgr.hpp>
#include <objects/id1/id1_client.hpp>
#include <objects/id1/ID1server_maxcomplex.hpp>
#include <objects/id1/ID1SeqEntry_info.hpp>
#include <objects/general/Dbtag.hpp>
#include <objects/general/Object_id.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(objects)
CTraceChromatogramLoader::CTraceChromatogramLoader()
{
}
CTraceChromatogramLoader::~CTraceChromatogramLoader()
{
}
void CTraceChromatogramLoader::GetRecords(const CSeq_id_Handle& idh,
                                          EChoice choice)
{
    // we only handle a particular subset of seq-ids
    // we look for IDs for ids of the form 'gnl|ti|###' or 'gnl|TRACE|###'
    const CSeq_id* id = idh.GetSeqId();
    if ( !id  ||
         !id->IsGeneral() ||
         (id->GetGeneral().GetDb() != "ti"  &&
          id->GetGeneral().GetDb() != "TRACE")  ||
          !id->GetGeneral().GetTag().IsId()) {
        return;
    }
    int ti = id->GetGeneral().GetTag().GetId();
    CMutexGuard LOCK(m_Mutex);
    TTraceEntries::const_iterator iter = m_Entries.find(ti);
    if (iter != m_Entries.end()) {
        return;
    }
    CID1server_maxcomplex maxplex;
    maxplex.SetMaxplex(16);
    maxplex.SetGi(0);
    maxplex.SetSat("TRACE_CHGR");
    maxplex.SetEnt(ti);
    CRef<CSeq_entry> entry;
    CRef<CID1SeqEntry_info> info = x_GetClient().AskGetsewithinfo(maxplex);
    if (info) {
        entry.Reset(&info->SetBlob());
    }
    m_Entries[ti] = entry;
    if (entry) {
        GetDataSource()->AddTSE(*entry);
    }
}
CID1Client& CTraceChromatogramLoader::x_GetClient()
{
    if ( !m_Client ) {
        m_Client.Reset(new CID1Client());
    }
    return *m_Client;
}
END_SCOPE(objects)
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: trace_chgr.cpp,v $
 * Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:55  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 *
 * Revision 1.2  2004/05/21 21:42:53  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.1  2004/03/25 14:20:25  dicuccio
 * Initial revision
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