开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
reader_pubseq.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：24k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

reader_pubseq.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: reader_pubseq.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:05  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.52
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: reader_pubseq.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:42:05 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. * ===========================================================================
  32. *
  33. *  Author:  Anton Butanaev, Eugene Vasilchenko
  34. *
  35. *  File Description: Data reader from Pubseq_OS
  36. *
  37. */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include <objtools/data_loaders/genbank/readers/pubseqos/reader_pubseq.hpp>
  41. #include <objtools/data_loaders/genbank/readers/pubseqos/seqref_pubseq.hpp>
  42. #include <objtools/data_loaders/genbank/reader_snp.hpp>
  44. #include <objmgr/objmgr_exception.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/tse_info.hpp>
  47. #include <dbapi/driver/exception.hpp>
  48. #include <dbapi/driver/driver_mgr.hpp>
  49. #include <dbapi/driver/drivers.hpp>
  51. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  52. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  53. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  54. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  56. #include <corelib/ncbicntr.hpp>
  57. #include <corelib/plugin_manager_impl.hpp>
  59. #include <serial/objostrasn.hpp>
  61. #include <util/compress/reader_zlib.hpp>
  63. #include <memory>
  65. BEGIN_NCBI_SCOPE
  66. BEGIN_SCOPE(objects)
  68. #if !defined(HAVE_SYBASE_REENTRANT) && defined(NCBI_THREADS)
  69. // we have non MT-safe library used in MT application
  70. static CAtomicCounter s_pubseq_readers;
  71. #endif
  73. CPubseqReader::CPubseqReader(TConn noConn,
  74.                              const string& server,
  75.                              const string& user,
  76.                              const string& pswd)
  77.     : m_Server(server) , m_User(user), m_Password(pswd), m_Context(NULL),
  78.       m_NoMoreConnections(false)
  79. {
  80.     noConn=1; // limit number of simultaneous connections to one
  81. #if !defined(HAVE_SYBASE_REENTRANT)
  82.     noConn=1;
  83. #endif
  84. #if defined(NCBI_THREADS) && !defined(HAVE_SYBASE_REENTRANT)
  85.     if ( s_pubseq_readers.Add(1) > 1 ) {
  86.         s_pubseq_readers.Add(-1);
  87.         NCBI_THROW(CLoaderException, eNoConnection,
  88.                    "Attempt to open multiple pubseq_readers "
  89.                    "without MT-safe DB library");
  90.     }
  91. #endif
  92.     try {
  93.         SetParallelLevel(noConn);
  94.     }
  95.     catch ( ... ) {
  96.         SetParallelLevel(0);
  97.         throw;
  98.     }
  99. }
  102. CPubseqReader::~CPubseqReader()
  103. {
  104.     SetParallelLevel(0);
  106. #if !defined(HAVE_SYBASE_REENTRANT) && defined(NCBI_THREADS)
  107.     s_pubseq_readers.Add(-1);
  108. #endif
  109. }
  112. CReader::TConn CPubseqReader::GetParallelLevel(void) const
  113. {
  114.     return m_Pool.size();
  115. }
  118. void CPubseqReader::SetParallelLevel(TConn size)
  119. {
  120.     size_t oldSize = m_Pool.size();
  121.     for(size_t i = size; i < oldSize; ++i) {
  122.         delete m_Pool[i];
  123.         m_Pool[i] = 0;
  124.     }
  126.     m_Pool.resize(size);
  128.     for(size_t i = oldSize; i < min(1u, size); ++i) {
  129.         m_Pool[i] = x_NewConnection();
  130.     }
  131. }
  134. CDB_Connection* CPubseqReader::x_GetConnection(TConn conn)
  135. {
  136.     conn = conn % m_Pool.size();
  137.     CDB_Connection* ret = m_Pool[conn];
  138.     if ( !ret ) {
  139.         ret = x_NewConnection();
  141.         if ( !ret ) {
  142.             NCBI_THROW(CLoaderException, eNoConnection,
  143.                        "too many connections failed: probably server is dead");
  144.         }
  146.         m_Pool[conn] = ret;
  147.     }
  148.     return ret;
  149. }
  152. void CPubseqReader::Reconnect(TConn conn)
  153. {
  154.     LOG_POST("Reconnect");
  155.     conn = conn % m_Pool.size();
  156.     delete m_Pool[conn];
  157.     m_Pool[conn] = 0;
  158. }
  161. CDB_Connection *CPubseqReader::x_NewConnection(void)
  162. {
  163.     for ( int i = 0; !m_NoMoreConnections && i < 3; ++i ) {
  164.         if ( m_Context.get() == NULL ) {
  165.             C_DriverMgr drvMgr;
  166.             //DBAPI_RegisterDriver_CTLIB(drvMgr);
  167.             //DBAPI_RegisterDriver_DBLIB(drvMgr);
  168.             string errmsg;
  169.             FDBAPI_CreateContext createContextFunc =
  170.                 drvMgr.GetDriver("ctlib",&errmsg);
  171.             if ( !createContextFunc ) {
  172.                 LOG_POST(errmsg);
  173. #if defined(HAVE_SYBASE_REENTRANT) && defined(NCBI_THREADS)
  174.                 m_NoMoreConnections = true;
  175.                 NCBI_THROW(CLoaderException, eNoConnection,
  176.                            "Neither ctlib nor dblib are available");
  177. #else
  178.                 createContextFunc = drvMgr.GetDriver("dblib",&errmsg);
  179.                 if ( !createContextFunc ) {
  180.                     LOG_POST(errmsg);
  181.                     m_NoMoreConnections = true;
  182.                     NCBI_THROW(CLoaderException, eNoConnection,
  183.                                "Neither ctlib nor dblib are available");
  184.                 }
  185. #endif
  186.             }
  187.             map<string,string> args;
  188.             args["packet"]="3584"; // 7*512
  189.             m_Context.reset((*createContextFunc)(&args));
  190.             //m_Context.reset((*createContextFunc)(0));
  191.         }
  192.         try {
  193.             auto_ptr<CDB_Connection> conn(m_Context->Connect(m_Server,
  194.                                                              m_User,
  195.                                                              m_Password,
  196.                                                              0));
  197.             if ( conn.get() ) {
  198.                 auto_ptr<CDB_LangCmd> cmd(conn->LangCmd("set blob_stream on"));
  199.                 if ( cmd.get() ) {
  200.                     cmd->Send();
  201.                 }
  202.             }
  203.             return conn.release();
  204.         }
  205.         catch ( CException& exc ) {
  206.             ERR_POST("CPubseqReader::x_NewConnection: "
  207.                      "cannot connect: " << exc.what());
  208.         }
  209.     }
  210.     m_NoMoreConnections = true;
  211.     return 0;
  212. }
  215. int CPubseqReader::ResolveSeq_id_to_gi(const CSeq_id& seqId, TConn conn)
  216. {
  217.     // note: this was
  218.     //CDB_VarChar asnIn(static_cast<string>(CNcbiOstrstreamToString(oss)));
  219.     // but MSVC doesn't like this.  This is the only version that
  220.     // will compile:
  221.     CDB_VarChar asnIn;
  222.     {{
  223.         CNcbiOstrstream oss;
  224.         {{
  225.             CObjectOStreamAsn ooss(oss);
  226.             ooss << seqId;
  227.         }}
  228.         asnIn = CNcbiOstrstreamToString(oss);
  229.     }}
  230.     
  231.     CDB_Connection* db_conn = x_GetConnection(conn);
  232.     auto_ptr<CDB_RPCCmd> cmd(db_conn->RPC("id_gi_by_seqid_asn", 1));
  233.     cmd->SetParam("@asnin", &asnIn);
  234.     cmd->Send();
  236.     while(cmd->HasMoreResults()) {
  237.         auto_ptr<CDB_Result> result(cmd->Result());
  238.         if (result.get() == 0  ||  result->ResultType() != eDB_RowResult)
  239.             continue;
  240.             
  241.         while(result->Fetch()) {
  242.             for(unsigned pos = 0; pos < result->NofItems(); ++pos) {
  243.                 const string& name = result->ItemName(pos);
  244.                 if (name == "gi") {
  245.                     CDB_Int giFound;
  246.                     result->GetItem(&giFound);
  247.                     return giFound.Value();
  248.                 }
  249.                 else {
  250.                     result->SkipItem();
  251.                 }
  252.             }
  253.         }
  254.     }
  255.     return 0;
  256. }
  259. void CPubseqReader::ResolveSeq_id(TSeqrefs& srs, const CSeq_id& id, TConn conn)
  260. {
  261.     _TRACE("ResolveSeq_id: " << id.AsFastaString());
  262.     // note: this was
  263.     //CDB_VarChar asnIn(static_cast<string>(CNcbiOstrstreamToString(oss)));
  264.     // but MSVC doesn't like this.  This is the only version that
  265.     // will compile:
  266.     CDB_VarChar asnIn;
  267.     {{
  268.         CNcbiOstrstream oss;
  269.         {{
  270.             CObjectOStreamAsn ooss(oss);
  271.             ooss << id;
  272.         }}
  273.         asnIn = CNcbiOstrstreamToString(oss);
  274.     }}
  276.     CDB_Connection* db_conn = x_GetConnection(conn);
  277.     auto_ptr<CDB_RPCCmd> cmd(db_conn->RPC("id_gi_by_seqid_asn", 1));
  278.     cmd->SetParam("@asnin", &asnIn);
  279.     cmd->Send();
  281.     x_RetrieveSeqrefs(srs, *cmd, 0);
  282. }
  285. void CPubseqReader::RetrieveSeqrefs(TSeqrefs& srs, int gi, TConn conn)
  286. {
  287.     _TRACE("RetrieveSeqrefs: " << gi);
  288.     CDB_Int giIn(gi);
  290.     CDB_Connection* db_conn = x_GetConnection(conn);
  291.     auto_ptr<CDB_RPCCmd> cmd(db_conn->RPC("id_gi_class", 1));
  292.     cmd->SetParam("@gi", &giIn);
  293.     cmd->Send();
  295.     x_RetrieveSeqrefs(srs, *cmd, gi);
  296. }
  299. void CPubseqReader::x_RetrieveSeqrefs(TSeqrefs& srs, CDB_RPCCmd& cmd, int gi)
  300. {
  301.     while(cmd.HasMoreResults()) {
  302.         auto_ptr<CDB_Result> result(cmd.Result());
  303.         if (result.get() == 0  ||  result->ResultType() != eDB_RowResult)
  304.             continue;
  305.             
  306.         while(result->Fetch()) {
  307.             CDB_Int giGot(gi);
  308.             CDB_Int sat;
  309.             CDB_Int satKey;
  310.             CDB_Int extFeat;
  311.             
  312.             _TRACE("next fetch: " << result->NofItems() << " items");
  313.             for ( unsigned pos = 0; pos < result->NofItems(); ++pos ) {
  314.                 const string& name = result->ItemName(pos);
  315.                 _TRACE("next item: " << name);
  316.                 if (name == "gi") {
  317.                     result->GetItem(&giGot);
  318.                     _TRACE("gi: "<<giGot.Value());
  319.                 }
  320.                 else if (name == "sat" ) {
  321.                     result->GetItem(&sat);
  322.                     _TRACE("sat: "<<sat.Value());
  323.                 }
  324.                 else if(name == "sat_key") {
  325.                     result->GetItem(&satKey);
  326.                     _TRACE("sat_key: "<<satKey.Value());
  327.                 }
  328.                 else if(name == "extra_feat" || name == "ext_feat") {
  329.                     result->GetItem(&extFeat);
  330. #ifdef _DEBUG
  331.                     if ( extFeat.IsNULL() ) {
  332.                         _TRACE("ext_feat = NULL");
  333.                     }
  334.                     else {
  335.                         _TRACE("ext_feat = "<<extFeat.Value());
  336.                     }
  337. #endif
  338.                 }
  339.                 else {
  340.                     result->SkipItem();
  341.                 }
  342.             }
  344.             _ASSERT(sat.Value() != eSatellite_SNP);
  345.             srs.push_back(Ref(new CSeqref(giGot.Value(),
  346.                                           sat.Value(), satKey.Value())));
  347.             if ( TrySNPSplit() ) {
  348.                 if ( extFeat.IsNULL() ) {
  349.                     AddSNPSeqref(srs, giGot.Value(), CSeqref::fPossible);
  350.                 }
  351.                 else if ( extFeat.Value() & 1 ) {
  352.                     AddSNPSeqref(srs, giGot.Value());
  353.                 }
  354.             }
  355.         }
  356.     }
  357. }
  360. CRef<CTSE_Info> CPubseqReader::GetTSEBlob(const CSeqref& seqref, TConn conn)
  361. {
  362.     CDB_Connection* db_conn = x_GetConnection(conn);
  363.     auto_ptr<CDB_RPCCmd> cmd(x_SendRequest(seqref, db_conn, false));
  364.     auto_ptr<CDB_Result> result(x_ReceiveData(*cmd));
  365.     return x_ReceiveMainBlob(*result);
  366. }
  369. CRef<CSeq_annot_SNP_Info> CPubseqReader::GetSNPAnnot(const CSeqref& seqref,
  370.                                                      TConn conn)
  371. {
  372.     CDB_Connection* db_conn = x_GetConnection(conn);
  373.     auto_ptr<CDB_RPCCmd> cmd(x_SendRequest(seqref, db_conn, true));
  374.     auto_ptr<CDB_Result> result(x_ReceiveData(*cmd));
  375.     return x_ReceiveSNPAnnot(*result);
  376. }
  379. CDB_RPCCmd* CPubseqReader::x_SendRequest(const CSeqref& seqref,
  380.                                          CDB_Connection* db_conn,
  381.                                          bool is_snp)
  382. {
  383.     auto_ptr<CDB_RPCCmd> cmd(db_conn->RPC("id_get_asn", 4));
  384.     CDB_Int giIn(seqref.GetGi());
  385.     CDB_SmallInt satIn(seqref.GetSat());
  386.     CDB_Int satKeyIn(seqref.GetSatKey());
  387.     bool is_external = is_snp;
  388.     bool load_external = is_external || !TrySNPSplit();
  389.     CDB_Int ext_feat(load_external);
  391.     _TRACE("x_SendRequest: "<<seqref.print()<<", ext_feat="<<load_external);
  393.     cmd->SetParam("@gi", &giIn);
  394.     cmd->SetParam("@sat_key", &satKeyIn);
  395.     cmd->SetParam("@sat", &satIn);
  396.     cmd->SetParam("@ext_feat", &ext_feat);
  397.     cmd->Send();
  398.     return cmd.release();
  399. }
  402. CDB_Result* CPubseqReader::x_ReceiveData(CDB_RPCCmd& cmd)
  403. {
  404.     // new row
  405.     CDB_VarChar descrOut("-");
  406.     CDB_Int classOut(0);
  407.     CDB_Int confidential(0),withdrawn(0);
  408.     
  409.     while( cmd.HasMoreResults() ) {
  410.         _TRACE("next result");
  411.         if ( cmd.HasFailed() && confidential.Value()>0 ||
  412.              withdrawn.Value()>0 ) {
  413.             break;
  414.         }
  415.         
  416.         auto_ptr<CDB_Result> result(cmd.Result());
  417.         if ( !result.get() || result->ResultType() != eDB_RowResult ) {
  418.             continue;
  419.         }
  420.         
  421.         while ( result->Fetch() ) {
  422.             _TRACE("next fetch: " << result->NofItems() << " items");
  423.             for ( unsigned pos = 0; pos < result->NofItems(); ++pos ) {
  424.                 const string& name = result->ItemName(pos);
  425.                 _TRACE("next item: " << name);
  426.                 if ( name == "asn1" ) {
  427.                     return result.release();
  428.                 }
  429.                 else if ( name == "confidential" ) {
  430.                     result->GetItem(&confidential);
  431.                 }
  432.                 else if ( name == "override" ) {
  433.                     result->GetItem(&withdrawn);
  434.                 }
  435.                 else {
  436.                     result->SkipItem();
  437.                 }
  438.             }
  439.         }
  440.     }
  441.     if ( confidential.Value()>0 || withdrawn.Value()>0 ) {
  442.         NCBI_THROW(CLoaderException, ePrivateData, "gi is private");
  443.     }
  444.     NCBI_THROW(CLoaderException, eNoData, "no data");
  445. }
  448. CRef<CTSE_Info> CPubseqReader::x_ReceiveMainBlob(CDB_Result& result)
  449. {
  450.     CRef<CSeq_entry> seq_entry(new CSeq_entry);
  452.     CResultBtSrcRdr reader(&result);
  453.     CObjectIStreamAsnBinary in(reader);
  454.     
  455.     CReader::SetSeqEntryReadHooks(in);
  456.     in >> *seq_entry;
  458.     return Ref(new CTSE_Info(*seq_entry));
  459. }
  462. CRef<CSeq_annot_SNP_Info> CPubseqReader::x_ReceiveSNPAnnot(CDB_Result& result)
  463. {
  464.     CRef<CSeq_annot_SNP_Info> snp_annot_info(new CSeq_annot_SNP_Info);
  465.     
  466.     {{
  467.         CResultBtSrcRdr src(&result);
  468.         CNlmZipBtRdr src2(&src);
  469.         
  470.         CObjectIStreamAsnBinary in(src2);
  471.         
  472.         CSeq_annot_SNP_Info_Reader::Parse(in, *snp_annot_info);
  473.     }}
  474.     
  475.     return snp_annot_info;
  476. }
  479. CResultBtSrcRdr::CResultBtSrcRdr(CDB_Result* result)
  480.     : m_Result(result)
  481. {
  482. }
  485. CResultBtSrcRdr::~CResultBtSrcRdr()
  486. {
  487. }
  490. size_t CResultBtSrcRdr::Read(char* buffer, size_t bufferLength)
  491. {
  492.     size_t ret;
  493.     while ( (ret = m_Result->ReadItem(buffer, bufferLength)) == 0 ) {
  494.         if ( !m_Result->Fetch() )
  495.             break;
  496.     }
  497.     return ret;
  498. }
  501. END_SCOPE(objects)
  504. const string kPubseqReaderDriverName("pubseq_reader");
  507. /// Class factory for Pubseq reader
  508. ///
  509. /// @internal
  510. ///
  511. class CPubseqReaderCF : 
  512.     public CSimpleClassFactoryImpl<objects::CReader, objects::CPubseqReader>
  513. {
  514. public:
  515.     typedef CSimpleClassFactoryImpl<objects::CReader, 
  516.                                     objects::CPubseqReader> TParent;
  517. public:
  519.     CPubseqReaderCF() : TParent(kPubseqReaderDriverName, 0)
  520.     {
  521.     }
  523.     ~CPubseqReaderCF()
  524.     {
  525.     }
  526. };
  528. void NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(
  529.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  530.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  531. {
  532.     CHostEntryPointImpl<CPubseqReaderCF>::NCBI_EntryPointImpl(info_list, method);
  533. }
  536. END_NCBI_SCOPE
  539. /*
  540. * $Log: reader_pubseq.cpp,v $
  541. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:42:05  gouriano
  542. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.52
  543. *
  544. * Revision 1.52  2004/05/21 21:42:52  gorelenk
  545. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  546. *
  547. * Revision 1.51  2004/02/18 14:01:26  dicuccio
  548. * Added new satellites for TRACE_ASSM, TR_ASSM_CH.  Added support for overloading
  549. * the ID1 named service
  550. *
  551. * Revision 1.50  2004/02/04 17:47:42  kuznets
  552. * Fixed naming of entry points
  553. *
  554. * Revision 1.49  2004/01/22 20:10:38  vasilche
  555. * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  556. * ID2 now specifies only protocol.
  557. * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  558. * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  559. * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  560. * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  561. * Protocol is processed by corresponding readers.
  562. * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  563. * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  564. *
  565. * Revision 1.48  2004/01/20 16:55:28  vasilche
  566. * Do more common check first.
  567. *
  568. * Revision 1.47  2004/01/13 21:54:50  vasilche
  569. * Requrrected new version
  570. *
  571. * Revision 1.4  2004/01/13 16:55:57  vasilche
  572. * CReader, CSeqref and some more classes moved from xobjmgr to separate lib.
  573. * Headers moved from include/objmgr to include/objtools/data_loaders/genbank.
  574. *
  575. * Revision 1.3  2003/12/30 22:14:43  vasilche
  576. * Updated genbank loader and readers plugins.
  577. *
  578. * Revision 1.45  2003/12/19 19:47:45  vasilche
  579. * Added support for TRACE data, Seq-id ::= general { db "ti", tag id NNN }.
  580. *
  581. * Revision 1.44  2003/12/03 16:15:29  ucko
  582. * Correct spelling of NCBI_Pubseq_ReaderEntryPoint.
  583. *
  584. * Revision 1.43  2003/12/03 14:30:03  kuznets
  585. * Code clean up.
  586. * Made use of driver name constant instead of immediate in-place string.
  587. *
  588. * Revision 1.42  2003/12/02 16:18:17  kuznets
  589. * Added plugin manager support for CReader interface and implementaions
  590. * (id1 reader, pubseq reader)
  591. *
  592. * Revision 1.41  2003/11/26 17:55:59  vasilche
  593. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  594. * Fixed loading of splitted annotations.
  595. *
  596. * Revision 1.40  2003/11/04 14:43:26  vasilche
  597. * Load SNP only when bit 1 in ext_feat is set.
  598. *
  599. * Revision 1.39  2003/10/22 16:12:38  vasilche
  600. * Added CLoaderException::eNoConnection.
  601. * Added check for 'fail' state of ID1 connection stream.
  602. * CLoaderException::eNoConnection will be rethrown from CGBLoader.
  603. *
  604. * Revision 1.38  2003/10/21 14:27:35  vasilche
  605. * Added caching of gi -> sat,satkey,version resolution.
  606. * SNP blobs are stored in cache in preprocessed format (platform dependent).
  607. * Limit number of connections to GenBank servers.
  608. * Added collection of ID1 loader statistics.
  609. *
  610. * Revision 1.37  2003/10/14 21:06:25  vasilche
  611. * Fixed compression statistics.
  612. * Disabled caching of SNP blobs.
  613. *
  614. * Revision 1.36  2003/09/30 16:22:02  vasilche
  615. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  616. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  617. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  618. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  619. * Optimized bioseq lookup in scope.
  620. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  621. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  622. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  623. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  624. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  625. *
  626. * Revision 1.35  2003/08/27 14:25:22  vasilche
  627. * Simplified CCmpTSE class.
  628. *
  629. * Revision 1.34  2003/08/14 20:05:19  vasilche
  630. * Simple SNP features are stored as table internally.
  631. * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  632. *
  633. * Revision 1.33  2003/07/24 20:35:16  vasilche
  634. * Fix includes.
  635. *
  636. * Revision 1.32  2003/07/24 19:28:09  vasilche
  637. * Implemented SNP split for ID1 loader.
  638. *
  639. * Revision 1.31  2003/07/18 20:27:54  vasilche
  640. * Check if reference counting is working before trying ot use it.
  641. *
  642. * Revision 1.30  2003/07/17 22:23:27  vasilche
  643. * Fixed unsigned <-> size_t argument.
  644. *
  645. * Revision 1.29  2003/07/17 20:07:56  vasilche
  646. * Reduced memory usage by feature indexes.
  647. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  648. * String compression for SNP data.
  649. *
  650. * Revision 1.28  2003/06/02 16:06:38  dicuccio
  651. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  652. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  653. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  654. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  655. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  656. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  657. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  658. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  659. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  660. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  661. * replaces the three libmmdb? libs.
  662. *
  663. * Revision 1.27  2003/05/13 20:14:40  vasilche
  664. * Catching exceptions and reconnection were moved from readers to genbank loader.
  665. *
  666. * Revision 1.26  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  667. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  668. * Removed excessive header dependencies.
  669. *
  670. * Revision 1.25  2003/04/15 16:33:29  dicuccio
  671. * Minor logic reorganization to appease MSVC - wasn't dealing well with a verbose
  672. * cast
  673. *
  674. * Revision 1.24  2003/04/15 15:30:15  vasilche
  675. * Added include <memory> when needed.
  676. * Removed buggy buffer in printing methods.
  677. * Removed unnecessary include of stream_util.hpp.
  678. *
  679. * Revision 1.23  2003/04/15 14:24:08  vasilche
  680. * Changed CReader interface to not to use fake streams.
  681. *
  682. * Revision 1.22  2003/04/02 03:57:09  kimelman
  683. * packet size tuning
  684. *
  685. * Revision 1.21  2003/03/03 20:34:51  vasilche
  686. * Added NCBI_THREADS macro - it's opposite to NCBI_NO_THREADS.
  687. * Avoid using _REENTRANT macro - use NCBI_THREADS instead.
  688. *
  689. * Revision 1.20  2003/03/01 22:26:56  kimelman
  690. * performance fixes
  691. *
  692. * Revision 1.19  2003/01/18 08:42:25  kimelman
  693. * 1.added SNP retrieval per M.DiCuccio request; 2.avoid gi relookup
  694. *
  695. * Revision 1.18  2002/12/30 23:36:22  vakatov
  696. * CPubseqStreamBuf::underflow() -- strstream::freeze(false) to avoid mem.leak
  697. *
  698. * Revision 1.17  2002/12/26 20:53:41  dicuccio
  699. * Minor tweaks to relieve compiler warnings in MSVC
  700. *
  701. * Revision 1.16  2002/09/19 20:05:44  vasilche
  702. * Safe initialization of static mutexes
  703. *
  704. * Revision 1.15  2002/07/22 22:55:55  kimelman
  705. * bugfixes: a) null termination added for text seqid strstream.
  706. *           b) processing of failed request.
  707. *
  708. * Revision 1.14  2002/07/10 16:49:59  grichenk
  709. * Removed CRef<CSeq_entry>, use pointer instead
  710. *
  711. * Revision 1.13  2002/06/04 17:18:33  kimelman
  712. * memory cleanup :  new/delete/Cref rearrangements
  713. *
  714. * Revision 1.12  2002/05/09 21:40:59  kimelman
  715. * MT tuning
  716. *
  717. * Revision 1.11  2002/05/06 03:28:47  vakatov
  718. * OM/OM1 renaming
  719. *
  720. * Revision 1.10  2002/05/03 21:28:10  ucko
  721. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  722. *
  723. * Revision 1.9  2002/04/25 20:54:07  kimelman
  724. * noise off
  725. *
  726. * Revision 1.8  2002/04/12 22:56:23  kimelman
  727. * processing of ctlib fail
  728. *
  729. * Revision 1.7  2002/04/12 14:52:34  butanaev
  730. * Typos fixed, code cleanup.
  731. *
  732. * Revision 1.6  2002/04/11 20:03:26  kimelman
  733. * switch to pubseq
  734. *
  735. * Revision 1.5  2002/04/11 17:59:36  butanaev
  736. * Typo fixed.
  737. *
  738. * Revision 1.4  2002/04/11 17:47:17  butanaev
  739. * Switched to using dbapi driver manager.
  740. *
  741. * Revision 1.3  2002/04/10 22:47:56  kimelman
  742. * added pubseq_reader as default one
  743. *
  744. * Revision 1.2  2002/04/09 16:10:57  ucko
  745. * Split CStrStreamBuf out into a common location.
  746. *
  747. * Revision 1.1  2002/04/08 20:52:27  butanaev
  748. * Added PUBSEQ reader.
  749. *
  750. * Revision 1.8  2002/04/03 18:37:33  butanaev
  751. * Replaced DBLink with dbapi.
  752. *
  753. * Revision 1.7  2002/01/10 16:24:26  butanaev
  754. * Fixed possible memory leaks.
  755. *
  756. * Revision 1.6  2001/12/21 15:01:49  butanaev
  757. * Removed debug code, bug fixes.
  758. *
  759. * Revision 1.5  2001/12/19 19:42:13  butanaev
  760. * Implemented construction of PUBSEQ blob stream, CPubseqReader family  interfaces.
  761. *
  762. * Revision 1.4  2001/12/14 20:48:07  butanaev
  763. * Implemented fetching Seqrefs from PUBSEQ.
  764. *
  765. * Revision 1.3  2001/12/13 17:50:34  butanaev
  766. * Adjusted for new interface changes.
  767. *
  768. * Revision 1.2  2001/12/12 22:08:58  butanaev
  769. * Removed duplicate code, created frame for CPubseq* implementation.
  770. *
  771. */