生物技术

开发平台：
C/C++

split_cache.hpp：源码内容
							#ifndef NCBI_OBJMGR_SPLIT_CACHE__HPP
#define NCBI_OBJMGR_SPLIT_CACHE__HPP
/*  $Id: split_cache.hpp,v 1000.1 2004/05/04 19:58:41 gorelenk Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
*
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
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*
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*
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*
* Author:  Eugene Vasilchenko
*
* File Description:
*   Application for splitting blobs withing ID1 cache
*
* ===========================================================================
*/
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <corelib/ncbiapp.hpp>
#include <memory>
#include <set>
#include <serial/serialdef.hpp>
#include <objmgr/seq_id_handle.hpp>
#include <objmgr/split/blob_splitter_params.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
class ICache;
BEGIN_SCOPE(objects)
class CObjectManager;
class CSeq_id;
class CScope;
class CBioseq_Handle;
class CDataLoader;
class CCachedId1Reader;
class CGBDataLoader;
class CSeqref;
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
//  Application class
//
class CLevelGuard
{
public:
    typedef size_t TLevel;
    CLevelGuard(TLevel& level)
        : m_Level(level)
        {
            ++m_Level;
        }
    ~CLevelGuard(void)
        {
            --m_Level;
        }
    operator TLevel(void) const
        {
            return m_Level;
        }
private:
    TLevel& m_Level;
};
class CLog;
class CSplitDataMaker;
#define WAIT_LINE4(app) CLog line(app); line
#define WAIT_LINE WAIT_LINE4(this)
#define LINE(Msg) do { WAIT_LINE << Msg; } while(0)
class CSplitCacheApp : public CNcbiApplication
{
public:
    CSplitCacheApp(void);
    ~CSplitCacheApp(void);
    virtual void Init(void);
    virtual int  Run (void);
    void SetupCache(void);
    void Process(void);
    void ProcessSeqId(const CSeq_id& seq_id);
    void ProcessGi(int gi);
    void ProcessBlob(const CSeqref& seqref);
    CNcbiOstream& Info(void) const;
    static string GetFileName(const string& key,
                              const string& suffix,
                              const string& ext);
    const SSplitterParams GetParams(void) const
    {
        return m_SplitterParams;
    }
    const CCachedId1Reader& GetReader(void) const
    {
        return *m_Reader;
    }
    ICache& GetCache(void)
    {
        return *m_Cache;
    }
    ICache& GetIdCache(void)
    {
        return *m_IdCache;
    }
protected:
    CConstRef<CSeqref> GetSeqref(CBioseq_Handle bh);
    typedef set< pair<int, int> > TProcessedBlobs;
    typedef set<CSeq_id_Handle> TProcessedIds;
private:
    // parameters
    bool m_DumpAsnText;
    bool m_DumpAsnBinary;
    bool m_Resplit;
    bool m_Recurse;
    SSplitterParams m_SplitterParams;
    
    // splitter loaders/managers
    auto_ptr<ICache>            m_Cache;
    auto_ptr<ICache>            m_IdCache;
    CCachedId1Reader*           m_Reader;
    CRef<CGBDataLoader>         m_Loader;
    CRef<CObjectManager>        m_ObjMgr;
    CRef<CScope>                m_Scope;
    // splitter process state
    size_t      m_RecursionLevel;
    TProcessedBlobs  m_ProcessedBlobs;
    TProcessedIds  m_ProcessedIds;
};
END_SCOPE(objects)
END_NCBI_SCOPE
/*
* ---------------------------------------------------------------------------
* $Log: split_cache.hpp,v $
* Revision 1000.1  2004/05/04 19:58:41  gorelenk
* PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.10
*
* Revision 1.10  2004/04/28 16:29:15  vasilche
* Store split results into new ICache.
*
* Revision 1.9  2004/03/16 15:47:29  vasilche
* Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
*
* Revision 1.8  2004/01/07 17:37:37  vasilche
* Fixed include path to genbank loader.
* Moved split_cache application.
*
* Revision 1.7  2003/12/02 23:24:33  vasilche
* Added "-recurse" option to split all sequences referenced by SeqMap.
*
* Revision 1.6  2003/12/02 19:59:31  vasilche
* Added GetFileName() declaration.
*
* Revision 1.5  2003/12/02 19:49:31  vasilche
* Added missing forward declarations.
*
* Revision 1.4  2003/12/02 19:12:24  vasilche
* Fixed compilation on MSVC.
*
* Revision 1.3  2003/11/26 23:05:00  vasilche
* Removed extra semicolons after BEGIN_SCOPE and END_SCOPE.
*
* Revision 1.2  2003/11/26 17:56:03  vasilche
* Implemented ID2 split in ID1 cache.
* Fixed loading of splitted annotations.
*
* Revision 1.1  2003/11/12 16:18:32  vasilche
* First implementation of ID2 blob splitter withing cache.
*
* ===========================================================================
*/
#endif//NCBI_OBJMGR_SPLIT_CACHE__HPP

						