seqref.cpp
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:8k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seqref.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:41:46  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: seqref.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:41:46 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  12.  *               National Center for Biotechnology Information
  13.  *
  14.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  15.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  16.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  17.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  18.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  19.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  20.  *
  21.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  22.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  23.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  24.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  25.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  26.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  27.  *  purpose.
  28.  *
  29.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  30.  * ===========================================================================
  31.  *
  32.  *  Author:  Eugene Vasilchenko
  33.  *
  34.  *  File Description: Base data reader interface
  35.  *
  36.  */
  37. #include <ncbi_pch.hpp>
  38. #include <objtools/data_loaders/genbank/seqref.hpp>
  39. BEGIN_NCBI_SCOPE
  40. BEGIN_SCOPE(objects)
  41. CSeqref::CSeqref(void)
  42.     : m_Flags(fHasAllLocal),
  43.       m_Gi(0), m_Sat(0), m_SatKey(0),
  44.       m_Version(0)
  45. {
  46. }
  47. CSeqref::CSeqref(int gi, int sat, int satkey)
  48.     : m_Flags(fHasAllLocal),
  49.       m_Gi(gi), m_Sat(sat), m_SatKey(satkey),
  50.       m_Version(0)
  51. {
  52. }
  53. CSeqref::~CSeqref(void)
  54. {
  55. }
  56. const string CSeqref::print(void) const
  57. {
  58.     CNcbiOstrstream ostr;
  59.     ostr << "SeqRef("<<GetSat()<<','<<GetSatKey()<<','<<GetGi()<<')';
  60.     return CNcbiOstrstreamToString(ostr);
  61. }
  62. const string CSeqref::printTSE(void) const
  63. {
  64.     CNcbiOstrstream ostr;
  65.     ostr << "TSE(" << GetSat() << ',' << GetSatKey() << ')';
  66.     return CNcbiOstrstreamToString(ostr);
  67. }
  68. const string CSeqref::printTSE(const TKeyByTSE& key)
  69. {
  70.     CNcbiOstrstream ostr;
  71.     ostr << "TSE(" << key.first << ',' << key.second << ')';
  72.     return CNcbiOstrstreamToString(ostr);
  73. }
  74. END_SCOPE(objects)
  75. END_NCBI_SCOPE
  76. /*
  77.  * $Log: seqref.cpp,v $
  78.  * Revision 1000.1  2004/06/01 19:41:46  gouriano
  79.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  80.  *
  81.  * Revision 1.2  2004/05/21 21:42:52  gorelenk
  82.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  83.  *
  84.  * Revision 1.1  2004/01/13 16:55:55  vasilche
  85.  * CReader, CSeqref and some more classes moved from xobjmgr to separate lib.
  86.  * Headers moved from include/objmgr to include/objtools/data_loaders/genbank.
  87.  *
  88.  * Revision 1.27  2003/11/28 17:53:15  vasilche
  89.  * Avoid calling CStreamUtils::Pushback() when constructing objects from text ASN.
  90.  *
  91.  * Revision 1.26  2003/11/26 17:55:58  vasilche
  92.  * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  93.  * Fixed loading of splitted annotations.
  94.  *
  95.  * Revision 1.25  2003/10/27 15:05:41  vasilche
  96.  * Added correct recovery of cached ID1 loader if gi->sat/satkey cache is invalid.
  97.  * Added recognition of ID1 error codes: private, etc.
  98.  * Some formatting of old code.
  99.  *
  100.  * Revision 1.24  2003/10/08 14:16:13  vasilche
  101.  * Added version of blobs loaded from ID1.
  102.  *
  103.  * Revision 1.23  2003/10/07 13:43:23  vasilche
  104.  * Added proper handling of named Seq-annots.
  105.  * Added feature search from named Seq-annots.
  106.  * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  107.  * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  108.  * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  109.  * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  110.  * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  111.  *
  112.  * Revision 1.22  2003/09/30 16:22:02  vasilche
  113.  * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  114.  * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  115.  * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  116.  * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  117.  * Optimized bioseq lookup in scope.
  118.  * Reduced object allocations in annotation iterators.
  119.  * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  120.  * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  121.  * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  122.  * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  123.  *
  124.  * Revision 1.21  2003/08/27 14:25:22  vasilche
  125.  * Simplified CCmpTSE class.
  126.  *
  127.  * Revision 1.20  2003/08/19 18:35:21  vasilche
  128.  * CPackString classes were moved to SERIAL library.
  129.  *
  130.  * Revision 1.19  2003/08/14 20:05:19  vasilche
  131.  * Simple SNP features are stored as table internally.
  132.  * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  133.  *
  134.  * Revision 1.18  2003/07/24 19:28:09  vasilche
  135.  * Implemented SNP split for ID1 loader.
  136.  *
  137.  * Revision 1.17  2003/07/17 20:07:56  vasilche
  138.  * Reduced memory usage by feature indexes.
  139.  * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  140.  * String compression for SNP data.
  141.  *
  142.  * Revision 1.16  2003/06/02 16:06:38  dicuccio
  143.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  144.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  145.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  146.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  147.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  148.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  149.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  150.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  151.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  152.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  153.  * replaces the three libmmdb? libs.
  154.  *
  155.  * Revision 1.15  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  156.  * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  157.  * Removed excessive header dependencies.
  158.  *
  159.  * Revision 1.14  2003/04/15 16:25:39  vasilche
  160.  * Added initialization of int members.
  161.  *
  162.  * Revision 1.13  2003/04/15 14:24:08  vasilche
  163.  * Changed CReader interface to not to use fake streams.
  164.  *
  165.  * Revision 1.12  2003/03/28 03:27:24  lavr
  166.  * CIStream::Eof() conditional compilation removed; code reformatted
  167.  *
  168.  * Revision 1.11  2003/03/26 22:12:11  lavr
  169.  * Revert CIStream::Eof() to destructive test
  170.  *
  171.  * Revision 1.10  2003/03/26 20:42:50  lavr
  172.  * CIStream::Eof() made (temporarily) non-destructive w/o get()
  173.  *
  174.  * Revision 1.9  2003/02/26 18:02:39  vasilche
  175.  * Added istream error check.
  176.  * Avoid use of string::c_str() method.
  177.  *
  178.  * Revision 1.8  2003/02/25 22:03:44  vasilche
  179.  * Fixed identation.
  180.  *
  181.  * Revision 1.7  2002/11/27 21:09:43  lavr
  182.  * Take advantage of CStreamUtils::Readsome() in CIStream::Read()
  183.  * CIStream::Eof() modified to use get() instead of operator>>()
  184.  *
  185.  * Revision 1.6  2002/05/06 03:28:47  vakatov
  186.  * OM/OM1 renaming
  187.  *
  188.  * Revision 1.5  2002/03/27 20:23:50  butanaev
  189.  * Added connection pool.
  190.  *
  191.  * Revision 1.4  2002/03/27 18:06:08  kimelman
  192.  * stream.read/write instead of << >>
  193.  *
  194.  * Revision 1.3  2002/03/21 19:14:54  kimelman
  195.  * GB related bugfixes
  196.  *
  197.  * Revision 1.2  2002/03/20 04:50:13  kimelman
  198.  * GB loader added
  199.  *
  200.  * Revision 1.1  2002/01/11 19:06:21  gouriano
  201.  * restructured objmgr
  202.  *
  203.  * Revision 1.6  2001/12/13 00:19:25  kimelman
  204.  * bugfixes:
  205.  *
  206.  * Revision 1.5  2001/12/12 21:46:40  kimelman
  207.  * Compare interface fix
  208.  *
  209.  * Revision 1.4  2001/12/10 20:08:01  butanaev
  210.  * Code cleanup.
  211.  *
  212.  * Revision 1.3  2001/12/07 21:24:59  butanaev
  213.  * Interface development, code beautyfication.
  214.  *
  215.  * Revision 1.2  2001/12/07 16:43:58  butanaev
  216.  * Fixed includes.
  217.  *
  218.  * Revision 1.1  2001/12/07 16:10:22  butanaev
  219.  * Switching to new reader interfaces.
  220.  *
  221.  * Revision 1.2  2001/12/06 18:06:22  butanaev
  222.  * Ported to linux.
  223.  *
  224.  * Revision 1.1  2001/12/06 14:35:22  butanaev
  225.  * New streamable interfaces designed, ID1 reimplemented.
  226.  *
  227.  */