开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
utilities.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：46k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

utilities.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: utilities.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:47:34  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.20
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: utilities.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:47:34 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Mati Shomrat
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *      Implementation of utility classes and functions.
  39.  *
  40.  */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  43. #include <corelib/ncbistr.hpp>
  45. #include <serial/enumvalues.hpp>
  46. #include <serial/serialimpl.hpp>
  48. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  49. #include <objects/seqfeat/SeqFeatData.hpp>
  50. #include <objects/seqfeat/Gb_qual.hpp>
  51. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  52. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  53. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  54. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  55. #include <objmgr/scope.hpp>
  56. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  57. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  59. #include <vector>
  60. #include <algorithm>
  61. #include <list>
  63. #include "utilities.hpp"
  65. BEGIN_NCBI_SCOPE
  66. BEGIN_SCOPE(objects)
  67. BEGIN_SCOPE(validator)
  69. // =============================================================================
  70. //                           Enumeration of GBQual types
  71. // =============================================================================
  74. CGbqualType::EType CGbqualType::GetType(const string& qual)
  75. {
  76.     EType type;
  77.     try {
  78.         type = static_cast<EType>(GetTypeInfo_enum_EType()->FindValue(qual));
  79.     } catch (runtime_error rt) {
  80.         type = CGbqualType::e_Bad;
  81.     }
  83.     return type;
  84. }
  87. CGbqualType::EType CGbqualType::GetType(const CGb_qual& qual)
  88. {
  89.     return GetType(qual.GetQual());
  90. }
  93. const string& CGbqualType::GetString(CGbqualType::EType gbqual)
  94. {
  95.     return GetTypeInfo_enum_EType()->FindName(gbqual, true);
  96. }
  98.         
  99. BEGIN_NAMED_ENUM_IN_INFO("", CGbqualType::, EType, false)
  100. {
  101.     ADD_ENUM_VALUE("bad",               e_Bad);
  102.     ADD_ENUM_VALUE("allele",            e_Allele);
  103.     ADD_ENUM_VALUE("anticodon",         e_Anticodon);
  104.     ADD_ENUM_VALUE("bound_moiety",      e_Bound_moiety);
  105.     ADD_ENUM_VALUE("citation",          e_Citation);
  106.     ADD_ENUM_VALUE("clone",             e_Clone);
  107.     ADD_ENUM_VALUE("codon",             e_Codon);
  108.     ADD_ENUM_VALUE("codon_start",       e_Codon_start);
  109.     ADD_ENUM_VALUE("cons_splice",       e_Cons_splice);
  110.     ADD_ENUM_VALUE("direction",         e_Direction);
  111.     ADD_ENUM_VALUE("EC_number",         e_EC_number);
  112.     ADD_ENUM_VALUE("evidence",          e_Evidence);
  113.     ADD_ENUM_VALUE("exception",         e_Exception);
  114.     ADD_ENUM_VALUE("frequency",         e_Frequency);
  115.     ADD_ENUM_VALUE("function",          e_Function);
  116.     ADD_ENUM_VALUE("gene",              e_Gene);
  117.     ADD_ENUM_VALUE("insertion_seq",     e_Insertion_seq);
  118.     ADD_ENUM_VALUE("label",             e_Label);
  119.     ADD_ENUM_VALUE("locus_tag",         e_Locus_tag);
  120.     ADD_ENUM_VALUE("map",               e_Map);
  121.     ADD_ENUM_VALUE("mod_base",          e_Mod_base);
  122.     ADD_ENUM_VALUE("note",              e_Note);
  123.     ADD_ENUM_VALUE("number",            e_Number);
  124.     ADD_ENUM_VALUE("organism",          e_Organism);
  125.     ADD_ENUM_VALUE("partial",           e_Partial);
  126.     ADD_ENUM_VALUE("PCR_conditions",    e_PCR_conditions);
  127.     ADD_ENUM_VALUE("phenotype",         e_Phenotype);
  128.     ADD_ENUM_VALUE("product",           e_Product);
  129.     ADD_ENUM_VALUE("replace",           e_Replace);
  130.     ADD_ENUM_VALUE("rpt_family",        e_Rpt_family);
  131.     ADD_ENUM_VALUE("rpt_type",          e_Rpt_type);
  132.     ADD_ENUM_VALUE("rpt_unit",          e_Rpt_unit);
  133.     ADD_ENUM_VALUE("site",              e_Site);
  134.     ADD_ENUM_VALUE("site_type",         e_Site_type);
  135.     ADD_ENUM_VALUE("standard_name",     e_Standard_name);
  136.     ADD_ENUM_VALUE("transl_except",     e_Transl_except);
  137.     ADD_ENUM_VALUE("transl_table",      e_Transl_table);
  138.     ADD_ENUM_VALUE("translation",       e_Translation);
  139.     ADD_ENUM_VALUE("transposon",        e_Transposon);
  140.     ADD_ENUM_VALUE("usedin",            e_Usedin);
  141. }
  142. END_ENUM_INFO
  145. // =============================================================================
  146. //                        Associating Features and GBQuals
  147. // =============================================================================
  150. bool CFeatQualAssoc::IsLegalGbqual
  151. (CSeqFeatData::ESubtype ftype,
  152.  CGbqualType::EType gbqual) 
  153. {
  154.     return Instance()->IsLegal(ftype, gbqual);
  155. }
  158. const CFeatQualAssoc::TGBQualTypeVec& CFeatQualAssoc::GetMandatoryGbquals
  159. (CSeqFeatData::ESubtype ftype)
  160. {
  161.     return Instance()->GetMandatoryQuals(ftype);
  162. }
  165. auto_ptr<CFeatQualAssoc> CFeatQualAssoc::sm_Instance;
  167. bool CFeatQualAssoc::IsLegal
  168. (CSeqFeatData::ESubtype ftype, 
  169.  CGbqualType::EType gbqual)
  170. {
  171.     if ( m_LegalGbquals.find(ftype) != m_LegalGbquals.end() ) {
  172.         if ( find( m_LegalGbquals[ftype].begin(), 
  173.                    m_LegalGbquals[ftype].end(), 
  174.                    gbqual) != m_LegalGbquals[ftype].end() ) {
  175.             return true;
  176.         }
  177.     }
  178.     return false;
  179. }
  182. const CFeatQualAssoc::TGBQualTypeVec& CFeatQualAssoc::GetMandatoryQuals
  183. (CSeqFeatData::ESubtype ftype)
  184. {
  185.     static TGBQualTypeVec empty;
  187.     if ( m_MandatoryGbquals.find(ftype) != m_MandatoryGbquals.end() ) {
  188.         return m_MandatoryGbquals[ftype];
  189.     }
  191.     return empty;
  192. }
  195. CFeatQualAssoc* CFeatQualAssoc::Instance(void)
  196. {
  197.     if ( !sm_Instance.get() ) {
  198.         sm_Instance.reset(new CFeatQualAssoc);
  199.     }
  200.     return sm_Instance.get();
  201. }
  204. CFeatQualAssoc::CFeatQualAssoc(void)
  205. {
  206.     PoplulateLegalGbquals();
  207.     PopulateMandatoryGbquals();
  208. }
  211. void CFeatQualAssoc::Associate
  212. (CSeqFeatData::ESubtype feat_subtype,
  213.  CGbqualType::EType gbqual_type)
  214. {
  215.     // IMPORTANT: Bug in GCC compile prevent the code to be written as:
  216.     //    m_LegalGbqual[feat_subtype].push_back(gbqual_type);
  217.     TGBQualTypeVec& vec = m_LegalGbquals[feat_subtype];
  218.     vec.push_back(gbqual_type);
  219. }
  222. void CFeatQualAssoc::PoplulateLegalGbquals(void)
  223. {
  224.     // gene
  225.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Allele );
  226.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Function );
  227.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Label );
  228.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Map );
  229.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Phenotype );
  230.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Product );
  231.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Standard_name );
  232.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_gene, CGbqualType::e_Usedin );
  233.     
  234.  
  235.     // CDS
  236.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Allele );
  237.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Codon );
  238.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Label );
  239.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Map );
  240.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Number );
  241.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Standard_name );
  242.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_cdregion, CGbqualType::e_Usedin );
  244.     // prot
  245.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prot, CGbqualType::e_Product );
  247.     // preRNA
  248.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Allele );
  249.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Function );
  250.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Label );
  251.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Map );
  252.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Product );
  253.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  254.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_preRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  256.     // mRNA
  257.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Allele );
  258.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Function );
  259.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Label );
  260.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Map );
  261.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Product );
  262.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  263.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  265.     // tRNA
  266.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_tRNA, CGbqualType::e_Function );
  267.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_tRNA, CGbqualType::e_Label );
  268.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_tRNA, CGbqualType::e_Map );
  269.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_tRNA, CGbqualType::e_Product );
  270.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_tRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  271.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_tRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  273.     // rRNA
  274.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rRNA, CGbqualType::e_Function );
  275.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rRNA, CGbqualType::e_Label );
  276.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rRNA, CGbqualType::e_Map );
  277.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rRNA, CGbqualType::e_Product );
  278.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  279.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  281.     // snRNA
  282.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snRNA, CGbqualType::e_Function );
  283.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snRNA, CGbqualType::e_Label );
  284.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snRNA, CGbqualType::e_Map );
  285.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snRNA, CGbqualType::e_Product );
  286.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  287.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  289.     // scRNA
  290.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_scRNA, CGbqualType::e_Function );
  291.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_scRNA, CGbqualType::e_Label );
  292.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_scRNA, CGbqualType::e_Map );
  293.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_scRNA, CGbqualType::e_Product );
  294.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_scRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  295.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_scRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  297.     // otherRNA
  298.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_otherRNA, CGbqualType::e_Function );
  299.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_otherRNA, CGbqualType::e_Label );
  300.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_otherRNA, CGbqualType::e_Map );
  301.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_otherRNA, CGbqualType::e_Product );
  302.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_otherRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  303.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_otherRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  305.     // attenuator
  306.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_attenuator, CGbqualType::e_Label );
  307.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_attenuator, CGbqualType::e_Map );
  308.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_attenuator, CGbqualType::e_Phenotype );
  309.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_attenuator, CGbqualType::e_Usedin );
  311.     // C_region
  312.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_C_region, CGbqualType::e_Label );
  313.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_C_region, CGbqualType::e_Map );
  314.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_C_region, CGbqualType::e_Product );
  315.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_C_region, CGbqualType::e_Standard_name );
  316.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_C_region, CGbqualType::e_Usedin );
  318.     // CAAT_signal
  319.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_CAAT_signal, CGbqualType::e_Label );
  320.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_CAAT_signal, CGbqualType::e_Map );
  321.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_CAAT_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  323.     // Imp_CDS
  324.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Codon );
  325.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_EC_number );
  326.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Function );
  327.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Label );
  328.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Map );
  329.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Number );
  330.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Product );
  331.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Standard_name );
  332.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS, CGbqualType::e_Usedin );
  334.     // conflict
  335.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_conflict, CGbqualType::e_Label );
  336.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_conflict, CGbqualType::e_Map );
  337.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_conflict, CGbqualType::e_Replace );
  338.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_conflict, CGbqualType::e_Label );
  340.     // D_loop
  341.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_loop, CGbqualType::e_Label );
  342.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_loop, CGbqualType::e_Map );
  343.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_loop, CGbqualType::e_Usedin );
  345.     // D_segment
  346.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_segment, CGbqualType::e_Label );
  347.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_segment, CGbqualType::e_Map );
  348.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_segment, CGbqualType::e_Product );
  349.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_segment, CGbqualType::e_Standard_name );
  350.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_D_segment, CGbqualType::e_Usedin );
  352.     // enhancer
  353.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_enhancer, CGbqualType::e_Label );
  354.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_enhancer, CGbqualType::e_Map );
  355.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_enhancer, CGbqualType::e_Standard_name );
  356.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_enhancer, CGbqualType::e_Usedin );
  358.     // exon
  359.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Allele );
  360.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_EC_number );
  361.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Function );
  362.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Label );
  363.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Map );
  364.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Number );
  365.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Product );
  366.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Standard_name );
  367.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_exon, CGbqualType::e_Usedin );
  369.     // GC_signal
  370.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_GC_signal, CGbqualType::e_Label );
  371.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_GC_signal, CGbqualType::e_Map );
  372.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_GC_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  374.     // iDNA
  375.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_iDNA, CGbqualType::e_Function );
  376.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_iDNA, CGbqualType::e_Label );
  377.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_iDNA, CGbqualType::e_Map );
  378.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_iDNA, CGbqualType::e_Number );
  379.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_iDNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  380.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_iDNA, CGbqualType::e_Usedin );
  382.     // intron
  383.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Allele );
  384.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Cons_splice );
  385.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Function );
  386.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Label );
  387.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Map );
  388.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Number );
  389.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Standard_name );
  390.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_intron, CGbqualType::e_Usedin );
  392.     // J_segment
  393.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_J_segment, CGbqualType::e_Label );
  394.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_J_segment, CGbqualType::e_Map );
  395.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_J_segment, CGbqualType::e_Product );
  396.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_J_segment, CGbqualType::e_Standard_name );
  397.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_J_segment, CGbqualType::e_Usedin );
  399.     // LTR
  400.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_LTR, CGbqualType::e_Function );
  401.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_LTR, CGbqualType::e_Label );
  402.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_LTR, CGbqualType::e_Map );
  403.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_LTR, CGbqualType::e_Standard_name );
  404.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_LTR, CGbqualType::e_Usedin );
  406.     // mat_peptide
  407.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_EC_number );
  408.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_Function );
  409.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_Label );
  410.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_Map );
  411.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_Product );
  412.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_Standard_name );
  413.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide, CGbqualType::e_Usedin );
  415.     // misc_binding
  416.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding, CGbqualType::e_Bound_moiety );
  417.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding, CGbqualType::e_Function );
  418.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding, CGbqualType::e_Label );
  419.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding, CGbqualType::e_Map );
  420.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding, CGbqualType::e_Usedin );
  422.     // misc_difference
  423.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Clone );
  424.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Label );
  425.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Map );
  426.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Phenotype );
  427.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Replace );
  428.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Standard_name );
  429.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference, CGbqualType::e_Usedin );
  431.     // misc_feature
  432.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Function );
  433.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Label );
  434.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Map );
  435.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Number );
  436.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Phenotype );
  437.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Product );
  438.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Standard_name );
  439.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature, CGbqualType::e_Usedin );
  441.     // misc_recomb
  442.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_recomb, CGbqualType::e_Label );
  443.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_recomb, CGbqualType::e_Map );
  444.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_recomb, CGbqualType::e_Organism );
  445.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_recomb, CGbqualType::e_Standard_name );
  446.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_recomb, CGbqualType::e_Usedin );
  448.     // misc_signal
  449.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal, CGbqualType::e_Function );
  450.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal, CGbqualType::e_Label );
  451.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal, CGbqualType::e_Map );
  452.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal, CGbqualType::e_Phenotype );
  453.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal, CGbqualType::e_Standard_name );
  454.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  456.     // misc_structure
  457.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_structure, CGbqualType::e_Function );
  458.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_structure, CGbqualType::e_Label );
  459.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_structure, CGbqualType::e_Map );
  460.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_structure, CGbqualType::e_Standard_name );
  461.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_misc_structure, CGbqualType::e_Usedin );
  463.     // modified_base
  464.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_modified_base, CGbqualType::e_Frequency );
  465.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_modified_base, CGbqualType::e_Label );
  466.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_modified_base, CGbqualType::e_Map );
  467.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_modified_base, CGbqualType::e_Mod_base );
  468.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_modified_base, CGbqualType::e_Usedin );
  470.     // N_region
  471.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_N_region, CGbqualType::e_Label );
  472.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_N_region, CGbqualType::e_Map );
  473.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_N_region, CGbqualType::e_Product );
  474.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_N_region, CGbqualType::e_Standard_name );
  475.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_N_region, CGbqualType::e_Usedin );
  477.     // old_sequence
  478.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_old_sequence, CGbqualType::e_Label );
  479.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_old_sequence, CGbqualType::e_Map );
  480.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_old_sequence, CGbqualType::e_Replace );
  481.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_old_sequence, CGbqualType::e_Usedin );
  483.     // polyA_signal
  484.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_polyA_signal, CGbqualType::e_Label );
  485.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_polyA_signal, CGbqualType::e_Map );
  486.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_polyA_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  488.     // polyA_site
  489.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_polyA_site, CGbqualType::e_Label );
  490.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_polyA_site, CGbqualType::e_Map );
  491.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_polyA_site, CGbqualType::e_Usedin );
  493.     // prim_transcript
  494.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript, CGbqualType::e_Allele );
  495.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript, CGbqualType::e_Function );
  496.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript, CGbqualType::e_Label );
  497.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript, CGbqualType::e_Map );
  498.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript, CGbqualType::e_Standard_name );
  499.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript, CGbqualType::e_Usedin );
  501.     // primer_bind
  502.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_primer_bind, CGbqualType::e_Label );
  503.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_primer_bind, CGbqualType::e_Map );
  504.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_primer_bind, CGbqualType::e_PCR_conditions );
  505.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_primer_bind, CGbqualType::e_Standard_name );
  506.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_primer_bind, CGbqualType::e_Usedin );
  508.     // promoter
  509.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_promoter, CGbqualType::e_Function );
  510.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_promoter, CGbqualType::e_Label );
  511.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_promoter, CGbqualType::e_Map );
  512.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_promoter, CGbqualType::e_Phenotype );
  513.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_promoter, CGbqualType::e_Standard_name );
  514.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_promoter, CGbqualType::e_Usedin );
  516.     // protein_bind
  517.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind, CGbqualType::e_Bound_moiety );
  518.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind, CGbqualType::e_Function );
  519.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind, CGbqualType::e_Label );
  520.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind, CGbqualType::e_Map );
  521.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind, CGbqualType::e_Standard_name );
  522.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind, CGbqualType::e_Usedin );
  524.     // RBS
  525.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_RBS, CGbqualType::e_Label );
  526.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_RBS, CGbqualType::e_Map );
  527.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_RBS, CGbqualType::e_Standard_name );
  528.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_RBS, CGbqualType::e_Usedin );
  530.     // repeat_region
  531.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Function );
  532.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Label );
  533.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Map );
  534.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Rpt_family );
  535.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Rpt_type );
  536.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Rpt_unit );
  537.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Standard_name );
  538.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Transposon );
  539.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Usedin );
  540.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region, CGbqualType::e_Insertion_seq );
  542.     // repeat_unit
  543.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Function );
  544.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Label );
  545.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Map );
  546.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Rpt_family );
  547.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Rpt_type );
  548.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Usedin );
  550.     // rep_origin
  551.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rep_origin, CGbqualType::e_Direction );
  552.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rep_origin, CGbqualType::e_Label );
  553.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rep_origin, CGbqualType::e_Map );
  554.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rep_origin, CGbqualType::e_Standard_name );
  555.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_rep_origin, CGbqualType::e_Usedin );
  557.     // S_region
  558.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Label );
  559.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Map );
  560.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Product );
  561.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Standard_name );
  562.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit, CGbqualType::e_Usedin );
  564.     // satellite
  565.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Label );
  566.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Map );
  567.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Rpt_family );
  568.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Rpt_type );
  569.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Rpt_unit );
  570.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Standard_name );
  571.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_satellite, CGbqualType::e_Usedin );
  573.     // sig_peptide
  574.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide, CGbqualType::e_Function );
  575.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide, CGbqualType::e_Label );
  576.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide, CGbqualType::e_Map );
  577.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide, CGbqualType::e_Product );
  578.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide, CGbqualType::e_Standard_name );
  579.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide, CGbqualType::e_Usedin );
  581.     // stem_loop
  582.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_stem_loop, CGbqualType::e_Function );
  583.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_stem_loop, CGbqualType::e_Label );
  584.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_stem_loop, CGbqualType::e_Map );
  585.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_stem_loop, CGbqualType::e_Standard_name );
  586.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_stem_loop, CGbqualType::e_Usedin );
  588.     // STS
  589.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_STS, CGbqualType::e_Label );
  590.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_STS, CGbqualType::e_Map );
  591.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_STS, CGbqualType::e_Standard_name );
  592.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_STS, CGbqualType::e_Usedin );
  594.     // TATA_signal
  595.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_TATA_signal, CGbqualType::e_Label );
  596.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_TATA_signal, CGbqualType::e_Map );
  597.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_TATA_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  599.     // terminator
  600.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_terminator, CGbqualType::e_Label );
  601.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_terminator, CGbqualType::e_Map );
  602.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_terminator, CGbqualType::e_Standard_name );
  603.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_terminator, CGbqualType::e_Usedin );
  605.     // transit_peptide
  606.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide, CGbqualType::e_Function );
  607.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide, CGbqualType::e_Label );
  608.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide, CGbqualType::e_Map );
  609.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide, CGbqualType::e_Product );
  610.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide, CGbqualType::e_Standard_name );
  611.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide, CGbqualType::e_Usedin );
  613.     // unsure
  614.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_unsure, CGbqualType::e_Label );
  615.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_unsure, CGbqualType::e_Map );
  616.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_unsure, CGbqualType::e_Replace );
  617.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_unsure, CGbqualType::e_Usedin );
  619.     // V_region
  620.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_region, CGbqualType::e_Label );
  621.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_region, CGbqualType::e_Map );
  622.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_region, CGbqualType::e_Product );
  623.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_region, CGbqualType::e_Standard_name );
  624.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_region, CGbqualType::e_Usedin );
  626.     // V_segment
  627.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_segment, CGbqualType::e_Label );
  628.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_segment, CGbqualType::e_Map );
  629.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_segment, CGbqualType::e_Product );
  630.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_segment, CGbqualType::e_Standard_name );
  631.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_V_segment, CGbqualType::e_Usedin );
  633.     // variation
  634.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Allele );
  635.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Frequency );
  636.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Label );
  637.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Map );
  638.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Phenotype );
  639.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Product );
  640.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Replace );
  641.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Standard_name );
  642.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_variation, CGbqualType::e_Usedin );
  644.     // 3clip
  645.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3clip, CGbqualType::e_Allele );
  646.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3clip, CGbqualType::e_Function );
  647.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3clip, CGbqualType::e_Label );
  648.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3clip, CGbqualType::e_Map );
  649.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3clip, CGbqualType::e_Standard_name );
  650.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3clip, CGbqualType::e_Usedin );
  652.     // 3UTR
  653.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3UTR, CGbqualType::e_Allele );
  654.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3UTR, CGbqualType::e_Function );
  655.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3UTR, CGbqualType::e_Label );
  656.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3UTR, CGbqualType::e_Map );
  657.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3UTR, CGbqualType::e_Standard_name );
  658.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_3UTR, CGbqualType::e_Usedin );
  660.     // 5clip
  661.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5clip, CGbqualType::e_Allele );
  662.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5clip, CGbqualType::e_Function );
  663.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5clip, CGbqualType::e_Label );
  664.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5clip, CGbqualType::e_Map );
  665.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5clip, CGbqualType::e_Standard_name );
  666.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5clip, CGbqualType::e_Usedin );
  668.     // 5UTR
  669.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5UTR, CGbqualType::e_Allele );
  670.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5UTR, CGbqualType::e_Function );
  671.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5UTR, CGbqualType::e_Label );
  672.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5UTR, CGbqualType::e_Map );
  673.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5UTR, CGbqualType::e_Standard_name );
  674.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_5UTR, CGbqualType::e_Usedin );
  676.     // 10_signal
  677.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_10_signal, CGbqualType::e_Label );
  678.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_10_signal, CGbqualType::e_Map );
  679.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_10_signal, CGbqualType::e_Standard_name );
  680.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_10_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  682.     // 35_signal
  683.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_35_signal, CGbqualType::e_Label );
  684.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_35_signal, CGbqualType::e_Map );
  685.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_35_signal, CGbqualType::e_Standard_name );
  686.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_35_signal, CGbqualType::e_Usedin );
  688.     // region
  689.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Function );
  690.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Label );
  691.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Map );
  692.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Number );
  693.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Phenotype );
  694.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Product );
  695.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Standard_name );
  696.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_region, CGbqualType::e_Usedin );
  698.     // mat_peptide_aa
  699.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide_aa, CGbqualType::e_Label );
  700.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide_aa, CGbqualType::e_Map );
  701.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide_aa, CGbqualType::e_Product );
  702.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide_aa, CGbqualType::e_Standard_name );
  703.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide_aa, CGbqualType::e_Usedin );
  705.     // sig_peptide_aa
  706.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide_aa, CGbqualType::e_Label );
  707.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide_aa, CGbqualType::e_Map );
  708.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide_aa, CGbqualType::e_Product );
  709.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide_aa, CGbqualType::e_Standard_name );
  710.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide_aa, CGbqualType::e_Usedin );
  712.     // transit_peptide_aa
  713.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide_aa, CGbqualType::e_Label );
  714.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide_aa, CGbqualType::e_Map );
  715.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide_aa, CGbqualType::e_Product );
  716.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide_aa, CGbqualType::e_Standard_name );
  717.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide_aa, CGbqualType::e_Usedin );
  719.     // snoRNA
  720.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snoRNA, CGbqualType::e_Function );
  721.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snoRNA, CGbqualType::e_Label );
  722.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snoRNA, CGbqualType::e_Map );
  723.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snoRNA, CGbqualType::e_Product );
  724.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snoRNA, CGbqualType::e_Standard_name );
  725.     Associate( CSeqFeatData::eSubtype_snoRNA, CGbqualType::e_Usedin );
  726. }
  729. void CFeatQualAssoc::PopulateMandatoryGbquals(void)
  730. {
  731.     // gene feature requires gene gbqual
  732.     m_MandatoryGbquals[CSeqFeatData::eSubtype_gene].push_back(CGbqualType::e_Gene);
  734.     // misc_binding & protein_bind require bound_moiety
  735.     m_MandatoryGbquals[CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding].push_back(CGbqualType::e_Bound_moiety);
  736.     m_MandatoryGbquals[CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind].push_back(CGbqualType::e_Bound_moiety);
  738.     // modified_base requires mod_base
  739.     m_MandatoryGbquals[CSeqFeatData::eSubtype_modified_base].push_back(CGbqualType::e_Mod_base);
  740. }
  743. // =============================================================================
  744. //                                 Country Names
  745. // =============================================================================
  748. // legal country names
  749. const string CCountries::sm_Countries[] = {
  750.   "Afghanistan",
  751.   "Albania",
  752.   "Algeria",
  753.   "American Samoa",
  754.   "Andorra",
  755.   "Angola",
  756.   "Anguilla",
  757.   "Antarctica",
  758.   "Antigua and Barbuda",
  759.   "Argentina",
  760.   "Armenia",
  761.   "Aruba",
  762.   "Ashmore and Cartier Islands",
  763.   "Australia",
  764.   "Austria",
  765.   "Azerbaijan",
  766.   "Bahamas",
  767.   "Bahrain",
  768.   "Baker Island",
  769.   "Bangladesh",
  770.   "Barbados",
  771.   "Bassas da India",
  772.   "Belarus",
  773.   "Belgium",
  774.   "Belize",
  775.   "Benin",
  776.   "Bermuda",
  777.   "Bhutan",
  778.   "Bolivia",
  779.   "Bosnia and Herzegovina",
  780.   "Botswana",
  781.   "Bouvet Island",
  782.   "Brazil",
  783.   "British Virgin Islands",
  784.   "Brunei",
  785.   "Bulgaria",
  786.   "Burkina Faso",
  787.   "Burundi",
  788.   "Cambodia",
  789.   "Cameroon",
  790.   "Canada",
  791.   "Cape Verde",
  792.   "Cayman Islands",
  793.   "Central African Republic",
  794.   "Chad",
  795.   "Chile",
  796.   "China",
  797.   "Christmas Island",
  798.   "Clipperton Island",
  799.   "Cocos Islands",
  800.   "Colombia",
  801.   "Comoros",
  802.   "Cook Islands",
  803.   "Coral Sea Islands",
  804.   "Costa Rica",
  805.   "Cote d'Ivoire",
  806.   "Croatia",
  807.   "Cuba",
  808.   "Cyprus",
  809.   "Czech Republic",
  810.   "Democratic Republic of the Congo",
  811.   "Denmark",
  812.   "Djibouti",
  813.   "Dominica",
  814.   "Dominican Republic",
  815.   "East Timor",
  816.   "Ecuador",
  817.   "Egypt",
  818.   "El Salvador",
  819.   "Equatorial Guinea",
  820.   "Eritrea",
  821.   "Estonia",
  822.   "Ethiopia",
  823.   "Europa Island",
  824.   "Falkland Islands (Islas Malvinas)",
  825.   "Faroe Islands",
  826.   "Fiji",
  827.   "Finland",
  828.   "France",
  829.   "French Guiana",
  830.   "French Polynesia",
  831.   "French Southern and Antarctic Lands",
  832.   "Gabon",
  833.   "Gambia",
  834.   "Gaza Strip",
  835.   "Georgia",
  836.   "Germany",
  837.   "Ghana",
  838.   "Gibraltar",
  839.   "Glorioso Islands",
  840.   "Greece",
  841.   "Greenland",
  842.   "Grenada",
  843.   "Guadeloupe",
  844.   "Guam",
  845.   "Guatemala",
  846.   "Guernsey",
  847.   "Guinea",
  848.   "Guinea-Bissau",
  849.   "Guyana",
  850.   "Haiti",
  851.   "Heard Island and McDonald Islands",
  852.   "Honduras",
  853.   "Hong Kong",
  854.   "Howland Island",
  855.   "Hungary",
  856.   "Iceland",
  857.   "India",
  858.   "Indonesia",
  859.   "Iran",
  860.   "Iraq",
  861.   "Ireland",
  862.   "Isle of Man",
  863.   "Israel",
  864.   "Italy",
  865.   "Jamaica",
  866.   "Jan Mayen",
  867.   "Japan",
  868.   "Jarvis Island",
  869.   "Jersey",
  870.   "Johnston Atoll",
  871.   "Jordan",
  872.   "Juan de Nova Island",
  873.   "Kazakhstan",
  874.   "Kenya",
  875.   "Kerguelen Archipelago",
  876.   "Kingman Reef",
  877.   "Kiribati",
  878.   "Kuwait",
  879.   "Kyrgyzstan",
  880.   "Laos",
  881.   "Latvia",
  882.   "Lebanon",
  883.   "Lesotho",
  884.   "Liberia",
  885.   "Libya",
  886.   "Liechtenstein",
  887.   "Lithuania",
  888.   "Luxembourg",
  889.   "Macau",
  890.   "Macedonia",
  891.   "Madagascar",
  892.   "Malawi",
  893.   "Malaysia",
  894.   "Maldives",
  895.   "Mali",
  896.   "Malta",
  897.   "Marshall Islands",
  898.   "Martinique",
  899.   "Mauritania",
  900.   "Mauritius",
  901.   "Mayotte",
  902.   "Mexico",
  903.   "Micronesia",
  904.   "Midway Islands",
  905.   "Moldova",
  906.   "Monaco",
  907.   "Mongolia",
  908.   "Montserrat",
  909.   "Morocco",
  910.   "Mozambique",
  911.   "Myanmar",
  912.   "Namibia",
  913.   "Nauru",
  914.   "Navassa Island",
  915.   "Nepal",
  916.   "Netherlands",
  917.   "Netherlands Antilles",
  918.   "New Caledonia",
  919.   "New Zealand",
  920.   "Nicaragua",
  921.   "Niger",
  922.   "Nigeria",
  923.   "Niue",
  924.   "Norfolk Island",
  925.   "North Korea",
  926.   "Northern Mariana Islands",
  927.   "Norway",
  928.   "Oman",
  929.   "Pakistan",
  930.   "Palau",
  931.   "Palmyra Atoll",
  932.   "Panama",
  933.   "Papua New Guinea",
  934.   "Paracel Islands",
  935.   "Paraguay",
  936.   "Peru",
  937.   "Philippines",
  938.   "Pitcairn Islands",
  939.   "Poland",
  940.   "Portugal",
  941.   "Puerto Rico",
  942.   "Qatar",
  943.   "Republic of the Congo",
  944.   "Reunion",
  945.   "Romania",
  946.   "Russia",
  947.   "Rwanda",
  948.   "Saint Helena",
  949.   "Saint Kitts and Nevis",
  950.   "Saint Lucia",
  951.   "Saint Pierre and Miquelon",
  952.   "Saint Vincent and the Grenadines",
  953.   "Samoa",
  954.   "San Marino",
  955.   "Sao Tome and Principe",
  956.   "Saudi Arabia",
  957.   "Senegal",
  958.   "Serbia and Montenegro",
  959.   "Seychelles",
  960.   "Sierra Leone",
  961.   "Singapore",
  962.   "Slovakia",
  963.   "Slovenia",
  964.   "Solomon Islands",
  965.   "Somalia",
  966.   "South Africa",
  967.   "South Georgia and the South Sandwich Islands",
  968.   "South Korea",
  969.   "Spain",
  970.   "Spratly Islands",
  971.   "Sri Lanka",
  972.   "Sudan",
  973.   "Suriname",
  974.   "Svalbard",
  975.   "Swaziland",
  976.   "Sweden",
  977.   "Switzerland",
  978.   "Syria",
  979.   "Taiwan",
  980.   "Tajikistan",
  981.   "Tanzania",
  982.   "Thailand",
  983.   "Togo",
  984.   "Tokelau",
  985.   "Tonga",
  986.   "Trinidad and Tobago",
  987.   "Tromelin Island",
  988.   "Tunisia",
  989.   "Turkey",
  990.   "Turkmenistan",
  991.   "Turks and Caicos Islands",
  992.   "Tuvalu",
  993.   "Uganda",
  994.   "Ukraine",
  995.   "United Arab Emirates",
  996.   "United Kingdom",
  997.   "Uruguay",
  998.   "USA",
  999.   "Uzbekistan",
  1000.   "Vanuatu",
  1001.   "Venezuela",
  1002.   "Viet Nam",
  1003.   "Virgin Islands",
  1004.   "Wake Island",
  1005.   "Wallis and Futuna",
  1006.   "West Bank",
  1007.   "Western Sahara",
  1008.   "Yemen",
  1009.   "Yugoslavia",
  1010.   "Zambia",
  1011.   "Zimbabwe"
  1012. };
  1015. bool CCountries::IsValid(const string& country)
  1016. {
  1017.   string name = country;
  1018.   size_t pos = country.find(':');
  1019.   if ( pos != string::npos ) {
  1020.     name = country.substr(0, pos);
  1021.   }
  1023.   const string *begin = sm_Countries;
  1024.   const string *end = &(sm_Countries[sizeof(sm_Countries) / sizeof(string)]);
  1025.   if ( find (begin, end, name) == end ) {
  1026.     return false;
  1027.   }
  1029.   return true;
  1030. }
  1033. // =============================================================================
  1034. //                                    Functions
  1035. // =============================================================================
  1038. bool IsClassInEntry(const CSeq_entry& se, CBioseq_set::EClass clss)
  1039. {
  1040.     for ( CTypeConstIterator <CBioseq_set> si(se); si; ++si ) {
  1041.         if ( si->GetClass() == clss ) {
  1042.             return true;
  1043.         }
  1044.     }
  1045.     return false;
  1046. }
  1049. bool IsDeltaOrFarSeg(const CSeq_loc& loc, CScope* scope)
  1050. {
  1051.     CBioseq_Handle bsh = scope->GetBioseqHandle(loc);
  1052.     const CSeq_entry& se = bsh.GetTopLevelSeqEntry();
  1054.     if ( bsh.IsSetInst_Repr() ) {
  1055.         CBioseq_Handle::TInst::TRepr repr = bsh.GetInst_Repr();
  1056.         if ( repr == CSeq_inst::eRepr_delta ) {
  1057.             if ( !IsClassInEntry(se, CBioseq_set::eClass_nuc_prot) ) {
  1058.                 return true;
  1059.             }
  1060.         }
  1061.         if ( repr == CSeq_inst::eRepr_seg ) {
  1062.             if ( !IsClassInEntry(se, CBioseq_set::eClass_parts) ) {
  1063.                 return true;
  1064.             }
  1065.         }
  1066.     }
  1067.     
  1068.     return false;
  1069. }
  1072. // Check if string is either empty or contains just white spaces
  1073. bool IsBlankString(const string& str)
  1074. {
  1075.     if ( !str.empty() ) {
  1076.         size_t len = str.length();
  1077.         for ( size_t i = 0; i < len; ++i ) {
  1078.             if ( !isspace(str[i]) ) {
  1079.                 return false;
  1080.             }
  1081.         }
  1082.     }
  1084.     return true;
  1085. }
  1088. bool IsBlankStringList(const list< string >& str_list)
  1089. {
  1090.     ITERATE( list< string >, str, str_list ) {
  1091.         if ( !IsBlankString(*str) ) {
  1092.             return false;
  1093.         }
  1094.     }
  1095.     return true;
  1096. }
  1099. int GetGIForSeqId(const CSeq_id& id)
  1100. {
  1101.     return 0;
  1102.     //return CID1Client().AskGetgi(id);
  1103. }
  1107. list< CRef< CSeq_id > > GetSeqIdsForGI(int gi)
  1108. {
  1109.     return list< CRef< CSeq_id > >();
  1110.     //return CID1Client().AskGetseqidsfromgi(gi);
  1111. }
  1114. CSeqVector GetSequenceFromLoc
  1115. (const CSeq_loc& loc,
  1116.  CScope& scope,
  1117.  CBioseq_Handle::EVectorCoding coding)
  1118. {
  1119.     CConstRef<CSeqMap> map = 
  1120.         CSeqMap::CreateSeqMapForSeq_loc(loc, &scope);
  1121.     ENa_strand strand = sequence::GetStrand(loc, &scope);
  1123.     return CSeqVector(map, scope, coding, strand);
  1124. }
  1127. CSeqVector GetSequenceFromFeature
  1128. (const CSeq_feat& feat,
  1129.  CScope& scope,
  1130.  CBioseq_Handle::EVectorCoding coding,
  1131.  bool product)
  1132. {
  1133.     
  1134.     if ( (product   &&  !feat.CanGetProduct())  ||
  1135.          (!product  &&  !feat.CanGetLocation()) ) {
  1136.         return CSeqVector();
  1137.     }
  1138.     
  1139.     const CSeq_loc* loc = product ? &feat.GetProduct() : &feat.GetLocation();
  1140.     return GetSequenceFromLoc(*loc, scope, coding);
  1141. }
  1144. END_SCOPE(validator)
  1145. END_SCOPE(objects)
  1146. END_NCBI_SCOPE
  1149. /*
  1150. * ===========================================================================
  1151. *
  1152. * $Log: utilities.cpp,v $
  1153. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:47:34  gouriano
  1154. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.20
  1155. *
  1156. * Revision 1.20  2004/05/21 21:42:56  gorelenk
  1157. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  1158. *
  1159. * Revision 1.19  2004/04/23 16:24:53  shomrat
  1160. * Stop using CBioseq_Handle deprecated interface
  1161. *
  1162. * Revision 1.18  2003/11/12 20:30:23  shomrat
  1163. * added East Timor to the legal country codes
  1164. *
  1165. * Revision 1.17  2003/10/27 14:15:57  shomrat
  1166. * added utility functions for retrieving sequence under Seq-loc or Seq-feat
  1167. *
  1168. * Revision 1.16  2003/07/22 16:35:35  shomrat
  1169. * Added Kerguelen Archipelago to the countries list
  1170. *
  1171. * Revision 1.15  2003/06/16 16:17:11  shomrat
  1172. * IsResidue moved to .hpp file as an inline function
  1173. *
  1174. * Revision 1.14  2003/06/02 16:06:43  dicuccio
  1175. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  1176. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  1177. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  1178. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  1179. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  1180. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  1181. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  1182. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  1183. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  1184. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  1185. * replaces the three libmmdb? libs.
  1186. *
  1187. * Revision 1.13  2003/05/28 16:20:59  shomrat
  1188. * Corrections to feature-gbqual associations
  1189. *
  1190. * Revision 1.12  2003/05/02 21:10:16  shomrat
  1191. * Serbia and Montenegro restored to list of countries, but Yugoslavia also remains
  1192. *
  1193. * Revision 1.11  2003/04/24 16:16:00  vasilche
  1194. * Added missing includes and forward class declarations.
  1195. *
  1196. * Revision 1.10  2003/03/31 14:41:34  shomrat
  1197. * $id: -> $id$
  1198. *
  1199. * Revision 1.9  2003/03/28 16:25:56  shomrat
  1200. * Added IsResidue
  1201. *
  1202. * Revision 1.8  2003/03/24 14:41:39  shomrat
  1203. * Removed direct calls to ID1, temporary implementation for GetGIForSeqId and getSeqIdsForGI
  1204. *
  1205. * Revision 1.7  2003/03/21 16:19:21  shomrat
  1206. * Added GetGiForSeqId and GetSeqIdsForGI
  1207. *
  1208. * Revision 1.6  2003/03/11 16:04:09  kuznets
  1209. * iterate -> ITERATE
  1210. *
  1211. * Revision 1.5  2003/02/07 21:04:10  shomrat
  1212. * Added transposon as a legal qual for repeat_region
  1213. *
  1214. * Revision 1.4  2003/01/21 19:45:55  shomrat
  1215. * Added IsBlankString and IsBlankStringList
  1216. *
  1217. * Revision 1.3  2003/01/06 16:38:03  shomrat
  1218. * ASSOCIATE macro replaced with function to overcome a bug in GCC compiler
  1219. *
  1220. * Revision 1.2  2002/12/24 16:50:15  shomrat
  1221. * Removal of redundant GBQual types
  1222. *
  1223. * Revision 1.1  2002/12/23 20:13:18  shomrat
  1224. * Initial submission after splitting former implementation
  1225. *
  1226. *
  1227. * ===========================================================================
  1228. */