开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
validator.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：46k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

validator.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: validator.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 19:47:36  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.44
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: validator.cpp,v 1000.3 2004/06/01 19:47:36 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Jonathan Kans, Clifford Clausen, Aaron Ucko.......
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   Validates CSeq_entries and CSeq_submits
  39.  *
  40.  */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  43. #include <serial/serialbase.hpp>
  44. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  45. #include <objtools/validator/validator.hpp>
  47. #include "validatorp.hpp"
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  51. BEGIN_SCOPE(objects)
  52. BEGIN_SCOPE(validator)
  55. // *********************** CValidator implementation **********************
  58. CValidator::CValidator(CObjectManager& objmgr) :
  59.     m_ObjMgr(&objmgr),
  60.     m_PrgCallback(0),
  61.     m_UserData(0)
  62. {
  63. }
  66. CValidator::~CValidator(void)
  67. {
  68. }
  71. CConstRef<CValidError> CValidator::Validate
  72. (const CSeq_entry& se,
  73.  CScope* scope,
  74.  Uint4 options)
  75. {
  76.     CRef<CValidError> errors(new CValidError());
  77.     CValidError_imp imp(*m_ObjMgr, &(*errors), options);
  78.     imp.SetProgressCallback(m_PrgCallback, m_UserData);
  79.     if ( !imp.Validate(se, 0, scope) ) {
  80.         errors.Reset();
  81.     }
  82.     return errors;
  83. }
  86. CConstRef<CValidError> CValidator::Validate
  87. (const CSeq_submit& ss,
  88.  CScope* scope,
  89.  Uint4 options)
  90. {
  91.     CRef<CValidError> errors(new CValidError());
  92.     CValidError_imp imp(*m_ObjMgr, &(*errors), options);
  93.     imp.Validate(ss, scope);
  94.     return errors;
  95. }
  98. CConstRef<CValidError> CValidator::Validate
  99. (const CSeq_annot& sa,
  100.  CScope* scope,
  101.  Uint4 options)
  102. {
  103.     CRef<CValidError> errors(new CValidError());
  104.     CValidError_imp imp(*m_ObjMgr, &(*errors), options);
  105.     imp.Validate(sa, scope);
  106.     return errors;
  107. }
  110. void CValidator::SetProgressCallback(TProgressCallback callback, void* user_data)
  111. {
  112.     m_PrgCallback = callback;
  113.     m_UserData = user_data;
  114. }
  117. // *********************** CValidError implementation **********************
  120. CValidError::CValidError(void)
  121. {
  122. }
  125. void CValidError::AddValidErrItem(const CValidErrItem* item)
  126. {
  127.     m_ErrItems.push_back(CConstRef<CValidErrItem>(item));
  128.     m_Stats[item->GetSeverity()]++;
  129. }
  132. CValidError::~CValidError()
  133. {
  134. }
  137. // *********************** CValidErrItem implementation ********************
  140. CValidErrItem::CValidErrItem
  141. (EDiagSev sev,
  142.  unsigned int         ei,
  143.  const string&        msg,
  144.  const CSerialObject& obj)
  145.   : m_Severity (sev),
  146.     m_ErrIndex (ei),
  147.     m_Message (msg),
  148.     m_Object (&obj, obj.GetThisTypeInfo())
  149. {
  150. }
  152. CValidErrItem::~CValidErrItem(void)
  153. {
  154. }
  157. EDiagSev CValidErrItem::GetSeverity(void) const
  158. {
  159.     return m_Severity;
  160. }
  163. const string& CValidErrItem::GetSevAsStr(void) const
  164. {
  165.     static const string str_sev[] = {
  166.         "Info",
  167.         "Warning",
  168.         "Error",
  169.         "Critical",
  170.         "Fatal",
  171.         "Trace"
  172.     };
  174.     return str_sev[GetSeverity()];
  175. }
  178. const string& CValidErrItem::GetErrCode(void) const
  179. {
  180.     if (m_ErrIndex <= eErr_UNKNOWN) {
  181.         return sm_Terse [m_ErrIndex];
  182.     }
  183.     return sm_Terse [eErr_UNKNOWN];
  184. }
  187. const string& CValidErrItem::GetMsg(void) const
  188. {
  189.     return m_Message;
  190. }
  193. const string& CValidErrItem::GetVerbose(void) const
  194. {
  195.     if (m_ErrIndex <= eErr_UNKNOWN) {
  196.         return sm_Verbose [m_ErrIndex];
  197.     }
  198.     return sm_Verbose [eErr_UNKNOWN];
  199. }
  202. const CConstObjectInfo& CValidErrItem::GetObject(void) const
  203. {
  204.     return m_Object;
  205. }
  208. // ************************ CValidError_CI implementation **************
  211. CValidError_CI::CValidError_CI(void) :
  212.     m_Validator(0),
  213.     m_ErrCodeFilter(kEmptyStr), // eErr_UNKNOWN
  214.     m_MinSeverity(eDiagSevMin),
  215.     m_MaxSeverity(eDiagSevMax)
  216. {
  217. }
  220. CValidError_CI::CValidError_CI
  221. (const CValidError& ve,
  222.  const string& errcode,
  223.  EDiagSev           minsev,
  224.  EDiagSev           maxsev) :
  225.     m_Validator(&ve),
  226.     m_Current(ve.m_ErrItems.begin()),
  227.     m_ErrCodeFilter(errcode),
  228.     m_MinSeverity(minsev),
  229.     m_MaxSeverity(maxsev)
  230. {
  231.     if ( !Filter(**m_Current) ) {
  232.         Next();
  233.     }
  234. }
  237. CValidError_CI::CValidError_CI(const CValidError_CI& other)
  238. {
  239.     if ( this != &other ) {
  240.         *this = other;
  241.     }
  242. }
  245. CValidError_CI::~CValidError_CI(void)
  246. {
  247. }
  250. CValidError_CI& CValidError_CI::operator=(const CValidError_CI& iter)
  251. {
  252.     if (this == &iter) {
  253.         return *this;
  254.     }
  256.     m_Validator = iter.m_Validator;
  257.     m_Current = iter.m_Current;
  258.     m_ErrCodeFilter = iter.m_ErrCodeFilter;
  259.     m_MinSeverity = iter.m_MinSeverity;
  260.     m_MaxSeverity = iter.m_MaxSeverity;
  261.     return *this;
  262. }
  265. CValidError_CI& CValidError_CI::operator++(void)
  266. {
  267.     Next();
  268.     return *this;
  269. }
  272. CValidError_CI::operator bool (void) const
  273. {
  274.     return m_Current != m_Validator->m_ErrItems.end();
  275. }
  278. const CValidErrItem& CValidError_CI::operator*(void) const
  279. {
  280.     return **m_Current;
  281. }
  284. const CValidErrItem* CValidError_CI::operator->(void) const
  285. {
  286.     return &(**m_Current);
  287. }
  290. bool CValidError_CI::Filter(const CValidErrItem& item) const
  291. {
  292.     EDiagSev item_sev = (*m_Current)->GetSeverity();
  293.     if ( (m_ErrCodeFilter.empty()  ||  
  294.           NStr::StartsWith(item.GetErrCode(), m_ErrCodeFilter))  &&
  295.          ((item_sev >= m_MinSeverity)  &&  (item_sev <= m_MaxSeverity)) ) {
  296.         return true;;
  297.     }
  298.     return false;
  299. }
  302. void CValidError_CI::Next(void)
  303. {
  304.     if ( AtEnd() ) {
  305.         return;
  306.     }
  308.     do {
  309.         ++m_Current;
  310.     } while ( !AtEnd()  &&  !Filter(**m_Current) );
  311. }
  314. bool CValidError_CI::AtEnd(void) const
  315. {
  316.     return m_Current == m_Validator->m_ErrItems.end();
  317. }
  320. // External terse error type explanation
  321. const string CValidErrItem::sm_Terse [] = {
  322.     "UNKNOWN",
  324.     "SEQ_INST_ExtNotAllowed",
  325.     "SEQ_INST_ExtBadOrMissing",
  326.     "SEQ_INST_SeqDataNotFound",
  327.     "SEQ_INST_SeqDataNotAllowed",
  328.     "SEQ_INST_ReprInvalid",
  329.     "SEQ_INST_CircularProtein",
  330.     "SEQ_INST_DSProtein",
  331.     "SEQ_INST_MolNotSet",
  332.     "SEQ_INST_MolOther",
  333.     "SEQ_INST_FuzzyLen",
  334.     "SEQ_INST_InvalidLen",
  335.     "SEQ_INST_InvalidAlphabet",
  336.     "SEQ_INST_SeqDataLenWrong",
  337.     "SEQ_INST_SeqPortFail",
  338.     "SEQ_INST_InvalidResidue",
  339.     "SEQ_INST_StopInProtein",
  340.     "SEQ_INST_PartialInconsistent",
  341.     "SEQ_INST_ShortSeq",
  342.     "SEQ_INST_NoIdOnBioseq",
  343.     "SEQ_INST_BadDeltaSeq",
  344.     "SEQ_INST_LongHtgsSequence",
  345.     "SEQ_INST_LongLiteralSequence",
  346.     "SEQ_INST_SequenceExceeds350kbp",
  347.     "SEQ_INST_ConflictingIdsOnBioseq",
  348.     "SEQ_INST_MolNuclAcid",
  349.     "SEQ_INST_ConflictingBiomolTech",
  350.     "SEQ_INST_SeqIdNameHasSpace",
  351.     "SEQ_INST_IdOnMultipleBioseqs",
  352.     "SEQ_INST_DuplicateSegmentReferences",
  353.     "SEQ_INST_TrailingX",
  354.     "SEQ_INST_BadSeqIdFormat",
  355.     "SEQ_INST_PartsOutOfOrder",
  356.     "SEQ_INST_BadSecondaryAccn",
  357.     "SEQ_INST_ZeroGiNumber",
  358.     "SEQ_INST_RnaDnaConflict",
  359.     "SEQ_INST_HistoryGiCollision",
  360.     "SEQ_INST_GiWithoutAccession",
  361.     "SEQ_INST_MultipleAccessions",
  362.     "SEQ_INST_HistAssemblyMissing",
  363.     "SEQ_INST_TerminalNs",
  364.     "SEQ_INST_UnexpectedIdentifierChange",
  365.     "SEQ_INST_InternalNsInSeqLit",
  366.     "SEQ_INST_SeqLitGapLength0",
  367.     "SEQ_INST_TpaAssmeblyProblem",
  368.     "SEQ_INST_SeqLocLength",
  370.     "SEQ_DESCR_BioSourceMissing",
  371.     "SEQ_DESCR_InvalidForType",
  372.     "SEQ_DESCR_FileOpenCollision",
  373.     "SEQ_DESCR_Unknown",
  374.     "SEQ_DESCR_NoPubFound",
  375.     "SEQ_DESCR_NoOrgFound",
  376.     "SEQ_DESCR_MultipleBioSources",
  377.     "SEQ_DESCR_NoMolInfoFound",
  378.     "SEQ_DESCR_BadCountryCode",
  379.     "SEQ_DESCR_NoTaxonID",
  380.     "SEQ_DESCR_InconsistentBioSources",
  381.     "SEQ_DESCR_MissingLineage",
  382.     "SEQ_DESCR_SerialInComment",
  383.     "SEQ_DESCR_BioSourceNeedsFocus",
  384.     "SEQ_DESCR_BadOrganelle",
  385.     "SEQ_DESCR_MultipleChromosomes",
  386.     "SEQ_DESCR_BadSubSource",
  387.     "SEQ_DESCR_BadOrgMod",
  388.     "SEQ_DESCR_InconsistentProteinTitle",
  389.     "SEQ_DESCR_Inconsistent",
  390.     "SEQ_DESCR_ObsoleteSourceLocation",
  391.     "SEQ_DESCR_ObsoleteSourceQual",
  392.     "SEQ_DESCR_StructuredSourceNote",
  393.     "SEQ_DESCR_MultipleTitles",
  394.     "SEQ_DESCR_Obsolete",
  395.     "SEQ_DESCR_UnnecessaryBioSourceFocus",
  396.     "SEQ_DESCR_RefGeneTrackingWithoutStatus",
  397.     "SEQ_DESCR_UnwantedCompleteFlag",
  399.     "GENERIC_NonAsciiAsn",
  400.     "GENERIC_Spell",
  401.     "GENERIC_AuthorListHasEtAl",
  402.     "GENERIC_MissingPubInfo",
  403.     "GENERIC_UnnecessaryPubEquiv",
  404.     "GENERIC_BadPageNumbering",
  406.     "SEQ_PKG_NoCdRegionPtr",
  407.     "SEQ_PKG_NucProtProblem",
  408.     "SEQ_PKG_SegSetProblem",
  409.     "SEQ_PKG_EmptySet",
  410.     "SEQ_PKG_NucProtNotSegSet",
  411.     "SEQ_PKG_SegSetNotParts",
  412.     "SEQ_PKG_SegSetMixedBioseqs",
  413.     "SEQ_PKG_PartsSetMixedBioseqs",
  414.     "SEQ_PKG_PartsSetHasSets",
  415.     "SEQ_PKG_FeaturePackagingProblem",
  416.     "SEQ_PKG_GenomicProductPackagingProblem",
  417.     "SEQ_PKG_InconsistentMolInfoBiomols",
  418.     "SEQ_PKG_GraphPackagingProblem",
  420.     "SEQ_FEAT_InvalidForType",
  421.     "SEQ_FEAT_PartialProblem",
  422.     "SEQ_FEAT_PartialsInconsistent",
  423.     "SEQ_FEAT_InvalidType",
  424.     "SEQ_FEAT_Range",
  425.     "SEQ_FEAT_MixedStrand",
  426.     "SEQ_FEAT_SeqLocOrder",
  427.     "SEQ_FEAT_CdTransFail",
  428.     "SEQ_FEAT_StartCodon",
  429.     "SEQ_FEAT_InternalStop",
  430.     "SEQ_FEAT_NoProtein",
  431.     "SEQ_FEAT_MisMatchAA",
  432.     "SEQ_FEAT_TransLen",
  433.     "SEQ_FEAT_NoStop",
  434.     "SEQ_FEAT_TranslExcept",
  435.     "SEQ_FEAT_NoProtRefFound",
  436.     "SEQ_FEAT_NotSpliceConsensus",
  437.     "SEQ_FEAT_OrfCdsHasProduct",
  438.     "SEQ_FEAT_GeneRefHasNoData",
  439.     "SEQ_FEAT_ExceptInconsistent",
  440.     "SEQ_FEAT_ProtRefHasNoData",
  441.     "SEQ_FEAT_GenCodeMismatch",
  442.     "SEQ_FEAT_RNAtype0",
  443.     "SEQ_FEAT_UnknownImpFeatKey",
  444.     "SEQ_FEAT_UnknownImpFeatQual",
  445.     "SEQ_FEAT_WrongQualOnImpFeat",
  446.     "SEQ_FEAT_MissingQualOnImpFeat",
  447.     "SEQ_FEAT_PsuedoCdsHasProduct",
  448.     "SEQ_FEAT_IllegalDbXref",
  449.     "SEQ_FEAT_FarLocation",
  450.     "SEQ_FEAT_DuplicateFeat",
  451.     "SEQ_FEAT_UnnecessaryGeneXref",
  452.     "SEQ_FEAT_TranslExceptPhase",
  453.     "SEQ_FEAT_TrnaCodonWrong",
  454.     "SEQ_FEAT_BadTrnaAA",
  455.     "SEQ_FEAT_BothStrands",
  456.     "SEQ_FEAT_CDSgeneRange",
  457.     "SEQ_FEAT_CDSmRNArange",
  458.     "SEQ_FEAT_OverlappingPeptideFeat",
  459.     "SEQ_FEAT_SerialInComment",
  460.     "SEQ_FEAT_MultipleCDSproducts",
  461.     "SEQ_FEAT_FocusOnBioSourceFeature",
  462.     "SEQ_FEAT_PeptideFeatOutOfFrame",
  463.     "SEQ_FEAT_InvalidQualifierValue",
  464.     "SEQ_FEAT_MultipleMRNAproducts",
  465.     "SEQ_FEAT_mRNAgeneRange",
  466.     "SEQ_FEAT_TranscriptLen",
  467.     "SEQ_FEAT_TranscriptMismatches",
  468.     "SEQ_FEAT_CDSproductPackagingProblem",
  469.     "SEQ_FEAT_DuplicateInterval",
  470.     "SEQ_FEAT_PolyAsiteNotPoint",
  471.     "SEQ_FEAT_ImpFeatBadLoc",
  472.     "SEQ_FEAT_LocOnSegmentedBioseq",
  473.     "SEQ_FEAT_UnnecessaryCitPubEquiv",
  474.     "SEQ_FEAT_ImpCDShasTranslation",
  475.     "SEQ_FEAT_ImpCDSnotPseudo",
  476.     "SEQ_FEAT_MissingMRNAproduct",
  477.     "SEQ_FEAT_AbuttingIntervals",
  478.     "SEQ_FEAT_CollidingGeneNames",
  479.     "SEQ_FEAT_CollidingLocusTags",
  480.     "SEQ_FEAT_MultiIntervalGene",
  481.     "SEQ_FEAT_FeatContentDup",
  482.     "SEQ_FEAT_BadProductSeqId",
  483.     "SEQ_FEAT_RnaProductMismatch",
  484.     "SEQ_FEAT_DifferntIdTypesInSeqLoc",
  485.     "SEQ_FEAT_MissingCDSproduct",
  486.     "SEQ_FEAT_MissingLocation",
  487.     "SEQ_FEAT_OnlyGeneXrefs",
  488.     "SEQ_FEAT_UTRdoesNotAbutCDS",
  489.     "SEQ_FEAT_MultipleCdsOnMrna",
  490.     "SEQ_FEAT_BadConflictFlag",
  491.     "SEQ_FEAT_ConflictFlagSet",
  492.     "SEQ_FEAT_LocusTagProblem",
  493.     "SEQ_FEAT_AltStartCodon",
  494.     "SEQ_FEAT_GenesInconsistent",
  496.     "SEQ_ALIGN_SeqIdProblem",
  497.     "SEQ_ALIGN_StrandRev",
  498.     "SEQ_ALIGN_DensegLenStart",
  499.     "SEQ_ALIGN_StartMorethanBiolen",
  500.     "SEQ_ALIGN_EndMorethanBiolen",
  501.     "SEQ_ALIGN_LenMorethanBiolen",
  502.     "SEQ_ALIGN_SumLenStart",
  503.     "SEQ_ALIGN_SegsDimMismatch",
  504.     "SEQ_ALIGN_SegsNumsegMismatch",
  505.     "SEQ_ALIGN_SegsStartsMismatch",
  506.     "SEQ_ALIGN_SegsPresentMismatch",
  507.     "SEQ_ALIGN_SegsPresentStartsMismatch",
  508.     "SEQ_ALIGN_SegsPresentStrandsMismatch",
  509.     "SEQ_ALIGN_FastaLike",
  510.     "SEQ_ALIGN_SegmentGap",
  511.     "SEQ_ALIGN_SegsInvalidDim",
  512.     "SEQ_ALIGN_Segtype",
  513.     "SEQ_ALIGN_BlastAligns",
  515.     "SEQ_GRAPH_GraphMin",
  516.     "SEQ_GRAPH_GraphMax",
  517.     "SEQ_GRAPH_GraphBelow",
  518.     "SEQ_GRAPH_GraphAbove",
  519.     "SEQ_GRAPH_GraphByteLen",
  520.     "SEQ_GRAPH_GraphOutOfOrder",
  521.     "SEQ_GRAPH_GraphBioseqLen",
  522.     "SEQ_GRAPH_GraphSeqLitLen",
  523.     "SEQ_GRAPH_GraphSeqLocLen",
  524.     "SEQ_GRAPH_GraphStartPhase",
  525.     "SEQ_GRAPH_GraphStopPhase",
  526.     "SEQ_GRAPH_GraphDiffNumber",
  527.     "SEQ_GRAPH_GraphACGTScore",
  528.     "SEQ_GRAPH_GraphNScore",
  529.     "SEQ_GRAPH_GraphGapScore",
  530.     "SEQ_GRAPH_GraphOverlap",
  532.     "Internal_Exception",
  534.     "UNKONWN"
  535. };
  538. // External verbose error type explanation
  539. const string CValidErrItem::sm_Verbose [] = {
  540. "UNKNOWN",
  542. /* SEQ_INST */
  544. //  SEQ_INST_ExtNotAllowed
  545. "A Bioseq 'extension' is used for special classes of Bioseq. This class 
  546. of Bioseq should not have one but it does. This is probably a software 
  547. error.",
  548. //  SEQ_INST_ExtBadOrMissing
  549. "This class of Bioseq requires an 'extension' but it is missing or of 
  550. the wrong type. This is probably a software error.",
  551. //  SEQ_INST_SeqDataNotFound
  552. "No actual sequence data was found on this Bioseq. This is probably a 
  553. software problem.",
  554. //  SEQ_INST_SeqDataNotAllowed
  555. "The wrong type of sequence data was found on this Bioseq. This is 
  556. probably a software problem.",
  557. //  SEQ_INST_ReprInvalid
  558. "This Bioseq has an invalid representation class. This is probably a 
  559. software error.",
  560. //  SEQ_INST_CircularProtein
  561. "This protein Bioseq is represented as circular. Circular topology is 
  562. normally used only for certain DNA molecules, for example, plasmids.",
  563. //  SEQ_INST_DSProtein
  564. "This protein Bioseq has strandedness indicated. Strandedness is 
  565. normally a property only of DNA sequences. Please unset the 
  566. strandedness.",
  567. //  SEQ_INST_MolNotSet
  568. "It is not clear whether this sequence is nucleic acid or protein. 
  569. Please set the appropriate molecule type (Bioseq.mol).",
  570. //  SEQ_INST_MolOther
  571. "Most sequences are either nucleic acid or protein. However, the 
  572. molecule type (Bioseq.mol) is set to 'other'. It should probably be set 
  573. to nucleic acid or a protein.",
  574. //  SEQ_INST_FuzzyLen
  575. "This sequence is marked as having an uncertain length, but the length 
  576. is known exactly.",
  577. //  SEQ_INST_InvalidLen
  578. "The length indicated for this sequence is invalid. This is probably a 
  579. software error.",
  580. //  SEQ_INST_InvalidAlphabet
  581. "This Bioseq has an invalid alphabet (e.g. protein codes on a nucleic 
  582. acid or vice versa). This is probably a software error.",
  583. //  SEQ_INST_SeqDataLenWrong
  584. "The length of this Bioseq does not agree with the length of the actual 
  585. data. This is probably a software error.",
  586. //  SEQ_INST_SeqPortFail
  587. "Something is very wrong with this entry. The validator cannot open a 
  588. SeqPort on the Bioseq. Further testing cannot be done.",
  589. //  SEQ_INST_InvalidResidue
  590. "Invalid residue codes were found in this Bioseq.",
  591. //  SEQ_INST_StopInProtein
  592. "Stop codon symbols were found in this protein Bioseq.",
  593. //  SEQ_INST_PartialInconsistent
  594. "This segmented sequence is described as complete or incomplete in 
  595. several places, but these settings are inconsistent.",
  596. //  SEQ_INST_ShortSeq
  597. "This Bioseq is unusually short (less than 4 amino acids or less than 11 
  598. nucleic acids). GenBank does not usually accept such short sequences.",
  599. //  SEQ_INST_NoIdOnBioseq
  600. "No SeqIds were found on this Bioseq. This is probably a software 
  601. error.",
  602. //  SEQ_INST_BadDeltaSeq
  603. "Delta sequences should only be HTGS-1 or HTGS-2.",
  604. //  SEQ_INST_LongHtgsSequence
  605. "HTGS-1 or HTGS-2 sequences must be < 350 KB in length.",
  606. //  SEQ_INST_LongLiteralSequence
  607. "Delta literals must be < 350 KB in length.",
  608. //  SEQ_INST_SequenceExceeds350kbp
  609. "Individual sequences must be < 350 KB in length, unless they represent 
  610. a single gene.",
  611. //  SEQ_INST_ConflictingIdsOnBioseq
  612. "Two SeqIds of the same class was found on this Bioseq. This is probably 
  613. a software error.",
  614. //  SEQ_INST_MolNuclAcid
  615. "The specific type of this nucleic acid (DNA or RNA) is not set.",
  616. //  SEQ_INST_ConflictingBiomolTech
  617. "HTGS/STS/GSS records should be genomic DNA. There is a conflict between 
  618. the technique and expected molecule type.",
  619. //  SEQ_INST_SeqIdNameHasSpace
  620. "The Seq-id.name field should be a single word without any whitespace. 
  621. This should be fixed by the database staff.",
  622. //  SEQ_INST_IdOnMultipleBioseqs
  623. "There are multiple occurrences of the same Seq-id in this record. 
  624. Sequence identifiers must be unique within a record.",
  625. //  SEQ_INST_DuplicateSegmentReferences
  626. "The segmented sequence refers multiple times to the same Seq-id. This 
  627. may be due to a software error. Please consult with the database staff 
  628. to fix this record.",
  629. //  SEQ_INST_TrailingX
  630. "The protein sequence ends with one or more X (unknown) amino acids.",
  631. //  SEQ_INST_BadSeqIdFormat
  632. "A nucleotide sequence identifier should be 1 letter plus 5 digits or 2 
  633. letters plus 6 digits, and a protein sequence identifer should be 3 
  634. letters plus 5 digits.",
  635. //  SEQ_INST_PartsOutOfOrder
  636. "The parts inside a segmented set should correspond to the seq_ext of 
  637. the segmented bioseq. A difference will affect how the flatfile is 
  638. displayed.",
  639. //  SEQ_INST_BadSecondaryAccn
  640. "A secondary accession usually indicates a record replaced or subsumed 
  641. by the current record. In this case, the current accession and 
  642. secondary are the same.",
  643. //  SEQ_INST_ZeroGiNumber
  644. "GI numbers are assigned to sequences by NCBI's sequence tracking 
  645. database. 0 is not a legal value for a gi number.",
  646. //  SEQ_INST_RnaDnaConflict
  647. "The MolInfo biomol field is inconsistent with the Bioseq molecule type 
  648. field.",
  649. //  SEQ_INST_HistoryGiCollision
  650. "The Bioseq history gi refers to this Bioseq, not to its predecessor or 
  651. successor.",
  652. //  SEQ_INST_GiWithoutAccession
  653. "The Bioseq has a gi identifier but no GenBank/EMBL/DDBJ accession 
  654. identifier.",
  655. //  SEQ_INST_MultipleAccessions
  656. "The Bioseq has a gi identifier and more than one GenBank/EMBL/DDBJ 
  657. accession identifier.",
  658. //  SEQ_INST_HistAssemblyMissing
  659. "The Bioseq has a TPA identifier but does not have a Seq-hist.assembly alignment. 
  660. This should be annotated or calculated by the database, resulting in a PRIMARY 
  661. block visible in the flatfile.",
  662. //  SEQ_INST_TerminalNs
  663. "The Bioseq has one or more N bases at the end.",
  664. //  SEQ_INST_UnexpectedIdentifierChange
  665. "The set of sequence identifiers on a Bioseq are not consistent with the 
  666. previous version of the record in the database.",
  667. //  SEQ_INST_InternalNsInSeqLit
  668. "There are runs of many Ns inside the SeqLit component of a delta Bioseq.",
  669. //  SEQ_INST_SeqLitGapLength0
  670. "A SeqLit component of a delta Bioseq can specify a gap, but it should 
  671. not be a gap of 0 length.",
  672. //  SEQ_INST_TpaAssmeblyProblem
  673. "Third party annotation records should have a TpaAssembly user object and a 
  674. Seq-hist.assembly alignment for the PRIMARY block.",
  675. //  SEQ_INST_SeqLocLength
  676. "A SeqLoc component of a delta Bioseq is suspiciously small.",
  678. /* SEQ_DESCR */
  680. //  SEQ_DESCR_BioSourceMissing
  681. "The biological source of this sequence has not been described 
  682. correctly. A Bioseq must have a BioSource descriptor that covers the 
  683. entire molecule. Additional BioSource features may also be added to 
  684. recombinant molecules, natural or otherwise, to designate the parts of 
  685. the molecule. Please add the source information.",
  686. //  SEQ_DESCR_InvalidForType
  687. "This descriptor cannot be used with this Bioseq. A descriptor placed at 
  688. the BioseqSet level applies to all of the Bioseqs in the set. Please 
  689. make sure the descriptor is consistent with every sequence to which it 
  690. applies.",
  691. //  SEQ_DESCR_FileOpenCollision
  692. "FileOpen is unable to find a local file. This is normal, and can be 
  693. ignored.",
  694. //  SEQ_DESCR_Unknown
  695. "An unknown or 'other' modifier was used.",
  696. //  SEQ_DESCR_NoPubFound
  697. "No publications were found in this entry which refer to this Bioseq. If 
  698. a publication descriptor is added to a BioseqSet, it will apply to all 
  699. of the Bioseqs in the set. A publication feature should be used if the 
  700. publication applies only to a subregion of a sequence.",
  701. //  SEQ_DESCR_NoOrgFound
  702. "This entry does not specify the organism that was the source of the 
  703. sequence. Please name the organism.",
  704. //  SEQ_DESCR_MultipleBioSources
  705. "There are multiple BioSource or OrgRef descriptors in the same chain 
  706. with the same taxonomic name. Their information should be combined into 
  707. a single BioSource descriptor.",
  708. //  SEQ_DESCR_NoMolInfoFound
  709. "This sequence does not have a Mol-info descriptor applying to it. This 
  710. indicates genomic vs. message, sequencing technique, and whether the 
  711. sequence is incomplete.",
  712. //  SEQ_DESCR_BadCountryCode
  713. "The country code (up to the first colon) is not on the approved list of 
  714. countries.",
  715. //  SEQ_DESCR_NoTaxonID
  716. "The BioSource is missing a taxonID database identifier. This will be 
  717. inserted by the automated taxonomy lookup called by Clean Up Record.",
  718. //  SEQ_DESCR_InconsistentBioSources
  719. "This population study has BioSource descriptors with different 
  720. taxonomic names. All members of a population study should be from the 
  721. same organism.",
  722. //  SEQ_DESCR_MissingLineage
  723. "A BioSource should have a taxonomic lineage, which can be obtained from 
  724. the taxonomy network server.",
  725. //  SEQ_DESCR_SerialInComment
  726. "Comments that refer to the conclusions of a specific reference should 
  727. not be cited by a serial number inside brackets (e.g., [3]), but should 
  728. instead be attached as a REMARK on the reference itself.",
  729. //  SEQ_DESCR_BioSourceNeedsFocus
  730. "Focus must be set on a BioSource descriptor in records where there is a 
  731. BioSource feature with a different organism name.",
  732. //  SEQ_DESCR_BadOrganelle
  733. "Note that only Kinetoplastida have kinetoplasts, and that only 
  734. Chlorarchniophyta and Cryptophyta have nucleomorphs.",
  735. //  SEQ_DESCR_MultipleChromosomes
  736. "There are multiple chromosome qualifiers on this Bioseq. With the 
  737. exception of some pseudoautosomal genes, this is likely to be a 
  738. biological annotation error.",
  739. //  SEQ_DESCR_BadSubSource
  740. "Unassigned SubSource subtype.",
  741. //  SEQ_DESCR_BadOrgMod
  742. "Unassigned OrgMod subtype.",
  743. //  SEQ_DESCR_InconsistentProteinTitle
  744. "An instantiated protein title descriptor should normally be the same as 
  745. the automatically generated title. This may be a curated exception, or 
  746. it may be out of synch with the current annotation.",
  747. //  SEQ_DESCR_Inconsistent
  748. "There are two descriptors of the same type which are inconsistent with 
  749. each other. Please make them consistent.",
  750. //  SEQ_DESCR_ObsoleteSourceLocation
  751. "There is a source location that is no longer legal for use in GenBank 
  752. records.",
  753. //  SEQ_DESCR_ObsoleteSourceQual
  754. "There is a source qualifier that is no longer legal for use in GenBank 
  755. records.",
  756. //  SEQ_DESCR_StructuredSourceNote
  757. "The name of a structured source field is present as text in a note. 
  758. The data should probably be put into the appropriate field instead.",
  759. //  SEQ_DESCR_MultipleTitles
  760. "There are multiple title descriptors in the same chain.",
  761. //  SEQ_DESCR_Obsolete
  762. "Obsolete descriptor type.",
  763. //  SEQ_DESCR_UnnecessaryBioSourceFocus
  764. "Focus should not be set on a BioSource descriptor in records where there is no 
  765. BioSource feature.",
  766. //  SEQ_DESCR_RefGeneTrackingWithoutStatus
  767. "The RefGeneTracking user object does not have the required Status field set.",
  768. //  SEQ_DESCR_UnwantedCompleteFlag
  769. "The Mol-info.completeness flag should not be set on a genomic sequence unless 
  770. the title also says it is a complete sequence or complete genome.",
  772. /* SEQ_GENERIC */
  774. //  GENERIC_NonAsciiAsn
  775. "There is a non-ASCII type character in this entry.",
  776. //  GENERIC_Spell
  777. "There is a potentially misspelled word in this entry.",
  778. //  GENERIC_AuthorListHasEtAl
  779. "The author list contains et al, which should be replaced with the 
  780. remaining author names.",
  781. //  GENERIC_MissingPubInfo
  782. "The publication is missing essential information, such as title or 
  783. authors.",
  784. //  GENERIC_UnnecessaryPubEquiv
  785. "A nested Pub-equiv is not normally expected in a publication. This may 
  786. prevent proper display of all publication information.",
  787. //  GENERIC_BadPageNumbering
  788. "The publication page numbering is suspect.",
  790. /* SEQ_PKG */
  792. //  SEQ_PKG_NoCdRegionPtr
  793. "A protein is found in this entry, but the coding region has not been 
  794. described. Please add a CdRegion feature to the nucleotide Bioseq.",
  795. //  SEQ_PKG_NucProtProblem
  796. "Both DNA and protein sequences were expected, but one of the two seems 
  797. to be missing. Perhaps this is the wrong package to use.",
  798. //  SEQ_PKG_SegSetProblem
  799. "A segmented sequence was expected, but it was not found. Perhaps this 
  800. is the wrong package to use.",
  801. //  SEQ_PKG_EmptySet
  802. "No Bioseqs were found in this BioseqSet. Is that what was intended?",
  803. //  SEQ_PKG_NucProtNotSegSet
  804. "A nuc-prot set should not contain any other BioseqSet except segset.",
  805. //  SEQ_PKG_SegSetNotParts
  806. "A segset should not contain any other BioseqSet except parts.",
  807. //  SEQ_PKG_SegSetMixedBioseqs
  808. "A segset should not contain both nucleotide and protein Bioseqs.",
  809. //  SEQ_PKG_PartsSetMixedBioseqs
  810. "A parts set should not contain both nucleotide and protein Bioseqs.",
  811. //  SEQ_PKG_PartsSetHasSets
  812. "A parts set should not contain BioseqSets.",
  813. //  SEQ_PKG_FeaturePackagingProblem
  814. "A feature should be packaged on its bioseq, or on a set containing the 
  815. Bioseq.",
  816. //  SEQ_PKG_GenomicProductPackagingProblem
  817. "The product of an mRNA feature in a genomic product set should point to 
  818. a cDNA Bioseq packaged in the set, perhaps within a nuc-prot set. 
  819. RefSeq records may however be referenced remotely.",
  820. //  SEQ_PKG_InconsistentMolInfoBiomols
  821. "Mol-info.biomol is inconsistent within a segset or parts set.",
  822. //  SEQ_PKG_GraphPackagingProblem
  823. "A graph should be packaged on its bioseq, or on a set containing the Bioseq.",
  825. /* SEQ_FEAT */
  827. //  SEQ_FEAT_InvalidForType
  828. "This feature type is illegal on this type of Bioseq.",
  829. //  SEQ_FEAT_PartialProblem
  830. "There are several places in an entry where a sequence can be described 
  831. as either partial or complete. In this entry, these settings are 
  832. inconsistent. Make sure that the location and product Seq-locs, the 
  833. Bioseqs, and the SeqFeat partial flag all agree in describing this 
  834. SeqFeat as partial or complete.",
  835. // SEQ_FEAT_PartialsInconsistent
  836. "This segmented sequence is described as complete or incomplete in several 
  837. places, but these settings are inconsistent.",
  838. //  SEQ_FEAT_InvalidType
  839. "A feature with an invalid type has been detected. This is most likely a 
  840. software problem.",
  841. //  SEQ_FEAT_Range
  842. "The coordinates describing the location of a feature do not fall within 
  843. the sequence itself. A feature location or a product Seq-loc is out of 
  844. range of the Bioseq it points to.",
  845. //  SEQ_FEAT_MixedStrand
  846. "Mixed strands (plus and minus) have been found in the same location. 
  847. While this is biologically possible, it is very unusual. Please check 
  848. that this is really what you mean.",
  849. //  SEQ_FEAT_SeqLocOrder
  850. "This location has intervals that are out of order. While whis is 
  851. biologically possible, it is very unusual. Please check that this is 
  852. really what you mean.",
  853. //  SEQ_FEAT_CdTransFail
  854. "A fundamental error occurred in software while attempting to translate 
  855. this coding region. It is either a software problem or sever data 
  856. corruption.",
  857. //  SEQ_FEAT_StartCodon
  858. "An illegal start codon was used. Some possible explanations are: (1) 
  859. the wrong genetic code may have been selected; (2) the wrong reading 
  860. frame may be in use; or (3) the coding region may be incomplete at the 
  861. 5' end, in which case a partial location should be indicated.",
  862. //  SEQ_FEAT_InternalStop
  863. "Internal stop codons are found in the protein sequence. Some possible 
  864. explanations are: (1) the wrong genetic code may have been selected; (2) 
  865. the wrong reading frame may be in use; (3) the coding region may be 
  866. incomplete at the 5' end, in which case a partial location should be 
  867. indicated; or (4) the CdRegion feature location is incorrect.",
  868. //  SEQ_FEAT_NoProtein
  869. "Normally a protein sequence is supplied. This sequence can then be 
  870. compared with the translation of the coding region. In this entry, no 
  871. protein Bioseq was found, and the comparison could not be made.",
  872.  //  SEQ_FEAT_MisMatchAA
  873. "The protein sequence that was supplied is not identical to the 
  874. translation of the coding region. Mismatching amino acids are found 
  875. between these two sequences.",
  876. //  SEQ_FEAT_TransLen
  877. "The protein sequence that was supplied is not the same length as the 
  878. translation of the coding region. Please determine why they are 
  879. different.",
  880. //  SEQ_FEAT_NoStop
  881. "A coding region that is complete should have a stop codon at the 3'end. 
  882.  A stop codon was not found on this sequence, although one was 
  883. expected.",
  884. //  SEQ_FEAT_TranslExcept
  885. "An unparsed transl_except qualifier was found. This indicates a parser 
  886. problem.",
  887. //  SEQ_FEAT_NoProtRefFound
  888. "The name and description of the protein is missing from this entry. 
  889. Every protein Bioseq must have one full-length Prot-ref feature to 
  890. provide this information.",
  891. //  SEQ_FEAT_NotSpliceConsensus
  892. "Splice junctions typically have GT as the first two bases of the intron 
  893. (splice donor) and AG as the last two bases of the intron (splice 
  894. acceptor). This intron does not conform to that pattern.",
  895. //  SEQ_FEAT_OrfCdsHasProduct
  896. "A coding region flagged as orf has a protein product. There should be 
  897. no protein product bioseq on an orf.",
  898. //  SEQ_FEAT_GeneRefHasNoData
  899. "A gene feature exists with no locus name or other fields filled in.",
  900. //  SEQ_FEAT_ExceptInconsistent
  901. "A coding region has an exception gbqual but the excpt flag is not 
  902. set.",
  903. //  SEQ_FEAT_ProtRefHasNoData
  904. "A protein feature exists with no name or other fields filled in.",
  905. //  SEQ_FEAT_GenCodeMismatch
  906. "The genetic code stored in the BioSource is different than that for 
  907. this CDS.",
  908. //  SEQ_FEAT_RNAtype0
  909. "RNA type 0 (unknown RNA) should be type 255 (other).",
  910. //  SEQ_FEAT_UnknownImpFeatKey
  911. "An import feature has an unrecognized key.",
  912. //  SEQ_FEAT_UnknownImpFeatQual
  913. "An import feature has an unrecognized qualifier.",
  914. //  SEQ_FEAT_WrongQualOnImpFeat
  915. "This qualifier is not legal for this feature.",
  916. //  SEQ_FEAT_MissingQualOnImpFeat
  917. "An essential qualifier for this feature is missing.",
  918. //  SEQ_FEAT_PsuedoCdsHasProduct
  919. "A coding region flagged as pseudo has a protein product. There should 
  920. be no protein product bioseq on a pseudo CDS.",
  921. //  SEQ_FEAT_IllegalDbXref
  922. "The database in a cross-reference is not on the list of officially 
  923. recognized database abbreviations.",
  924. //  SEQ_FEAT_FarLocation
  925. "The location has a reference to a bioseq that is not packaged in this 
  926. record.",
  927. //  SEQ_FEAT_DuplicateFeat
  928. "The intervals on this feature are identical to another feature of the 
  929. same type, but the label or comment are different.",
  930. //  SEQ_FEAT_UnnecessaryGeneXref
  931. "This feature has a gene xref that is identical to the overlapping gene. 
  932. This is redundant, and probably should be removed.",
  933. //  SEQ_FEAT_TranslExceptPhase
  934. "A /transl_except qualifier was not on a codon boundary.",
  935. //  SEQ_FEAT_TrnaCodonWrong
  936. "The tRNA codon recognized does not code for the indicated amino acid 
  937. using the specified genetic code.",
  938. //  SEQ_FEAT_BadTrnaAA
  939. "The tRNA encoded amino acid is an illegal value.",
  940. //  SEQ_FEAT_BothStrands
  941. "Feature location indicates that it is on both strands. This is not 
  942. biologically possible for this kind of feature. Please indicate the 
  943. correct strand (plus or minus) for this feature.",
  944. //  SEQ_FEAT_CDSgeneRange
  945. "A CDS is overlapped by a gene feature, but is not completely contained 
  946. by it. This may be an annotation error.",
  947. //  SEQ_FEAT_CDSmRNArange
  948. "A CDS is overlapped by an mRNA feature, but the mRNA does not cover all 
  949. intervals (i.e., exons) on the CDS. This may be an annotation error.",
  950. //  SEQ_FEAT_OverlappingPeptideFeat
  951. "The intervals on this processed protein feature overlap another protein 
  952. feature. This may be caused by errors in originally annotating these 
  953. features on DNA coordinates, where start or stop positions do not occur 
  954. in between codon boundaries. These then appear as errors when the 
  955. features are converted to protein coordinates by mapping through the 
  956. CDS.",
  957. //  SEQ_FEAT_SerialInComment
  958. "Comments that refer to the conclusions of a specific reference should 
  959. not be cited by a serial number inside brackets (e.g., [3]), but should 
  960. instead be attached as a REMARK on the reference itself.",
  961. //  SEQ_FEAT_MultipleCDSproducts
  962. "More than one CDS feature points to the same protein product. This can 
  963. happen with viral long terminal repeats (LTRs), but GenBank policy is to 
  964. have each equivalent CDS point to a separately accessioned protein 
  965. Bioseq.",
  966. //  SEQ_FEAT_FocusOnBioSourceFeature
  967. "The /focus flag is only appropriate on BioSource descriptors, not 
  968. BioSource features.",
  969. //  SEQ_FEAT_PeptideFeatOutOfFrame
  970. "The start or stop positions of this processed peptide feature do not 
  971. occur in between codon boundaries. This may incorrectly overlap other 
  972. peptides when the features are converted to protein coordinates by 
  973. mapping through the CDS.",
  974. //  SEQ_FEAT_InvalidQualifierValue
  975. "The value of this qualifier is constrained to a particular vocabulary 
  976. of style. This value does not conform to those constraints. Please see 
  977. the feature table documentation for more information.",
  978. //  SEQ_FEAT_MultipleMRNAproducts
  979. "More than one mRNA feature points to the same cDNA product. This is an 
  980. error in the genomic product set. Each mRNA feature should have a 
  981. unique product Bioseq.",
  982. //  SEQ_FEAT_mRNAgeneRange
  983. "An mRNA is overlapped by a gene feature, but is not completely 
  984. contained by it. This may be an annotation error.",
  985. //  SEQ_FEAT_TranscriptLen
  986. "The mRNA sequence that was supplied is not the same length as the 
  987. transcription of the mRNA feature. Please determine why they are 
  988. different.",
  989. //  SEQ_FEAT_TranscriptMismatches
  990. "The mRNA sequence and the transcription of the mRNA feature are 
  991. different. If the number is large, it may indicate incorrect intron/exon 
  992. boundaries.",
  993. //  SEQ_FEAT_CDSproductPackagingProblem
  994. "The nucleotide location and protein product of the CDS are not packaged 
  995. together in the same nuc-prot set. This may be an error in the software 
  996. used to create the record.",
  997. //  SEQ_FEAT_DuplicateInterval
  998. "The location has identical adjacent intervals, e.g., a duplicate exon 
  999. reference.",
  1000. //  SEQ_FEAT_PolyAsiteNotPoint
  1001. "A polyA_site should be at a single nucleotide position.",
  1002. //  SEQ_FEAT_ImpFeatBadLoc
  1003. "An import feature loc field does not equal the feature location. This 
  1004. should be corrected, and then the loc field should be cleared.",
  1005. //  SEQ_FEAT_LocOnSegmentedBioseq
  1006. "Feature locations traditionally go on the individual parts of a 
  1007. segmented bioseq, not on the segmented sequence itself. These features 
  1008. are invisible in asn2ff reports, and are now being flagged for 
  1009. correction.",
  1010. //  SEQ_FEAT_UnnecessaryCitPubEquiv
  1011. "A set of citations on a feature should not normally have a nested 
  1012. Pub-equiv construct. This may prevent proper matching to the correct 
  1013. publication.",
  1014. //  SEQ_FEAT_ImpCDShasTranslation
  1015. "A CDS that has known translation errors cannot have a /translation 
  1016. qualifier.",
  1017. //  SEQ_FEAT_ImpCDSnotPseudo
  1018. "A CDS that has known translation errors must be marked as pseudo to 
  1019. suppress the translation.",
  1020. //  SEQ_FEAT_MissingMRNAproduct
  1021. "The mRNA feature points to a cDNA product that is not packaged in the 
  1022. record. This is an error in the genomic product set.",
  1023. //  SEQ_FEAT_AbuttingIntervals
  1024. "The start of one interval is next to the stop of another. A single 
  1025. interval may be desirable in this case.",
  1026. //  SEQ_FEAT_CollidingGeneNames
  1027. "Two gene features should not have the same name.",
  1028. //  SEQ_FEAT_CollidingLocusTags
  1029. "Two gene features should not have the same locus_tag, which is supposed 
  1030. to be a unique identifer.",
  1031. //  SEQ_FEAT_MultiIntervalGene
  1032. "A gene feature on a single Bioseq should have a single interval 
  1033. spanning everything considered to be under that gene.",
  1034. //  SEQ_FEAT_FeatContentDup
  1035. "The intervals on this feature are identical to another feature of the 
  1036. same type, and the label and comment are also identical. This is likely 
  1037. to be an error in annotating the record. Note that GenBank format 
  1038. suppresses duplicate features, so use of Graphic view is recommended.",
  1039. //  SEQ_FEAT_BadProductSeqId
  1040. "The feature product refers to a database ID that has a locus name 
  1041. but no accession. This is probably an error in parsing of a submission.",
  1042. //  SEQ_FEAT_RnaProductMismatch
  1043. "The RNA feature product type does not correspond to the RNA feature type. 
  1044. These need to be consistent.",
  1045. //  SEQ_FEAT_DifferntIdTypesInSeqLoc
  1046. "All ids in a single seq-loc which refer to the same bioseq should be of the 
  1047. same id type",
  1048. //  SEQ_FEAT_MissingCDSproduct
  1049. "The CDS should have a product, but does not.  Pseudo or short CDSs (less than 6 
  1050. amino acids), or those marked with a rearrangement required for product exception, 
  1051. are exempt from needing a product.",
  1052. //  SEQ_FEAT_MissingLocation
  1053. "A feature must specify its location.",
  1054. //  SEQ_FEAT_OnlyGeneXrefs
  1055. "There are gene xrefs but no gene features.  Records should normally have  
  1056. single-interval gene features covering other biological features.  Gene 
  1057. xrefs are used only to override the inheritance by overlap.",
  1058. //  SEQ_FEAT_UTRdoesNotAbutCDS
  1059. "The 5'UTR and 3'UTR features should exactly abut the CDS feature.",
  1060. //  SEQ_FEAT_MultipleCdsOnMrna
  1061. "Only a single Cdregion feature should be annotated on mRNA bioseq.",
  1062. //  SEQ_FEAT_BadConflictFlag
  1063. "The coding region conflict flag is set, but the translated product is the 
  1064. same as the instantiated product Bioseq.",
  1065. //  SEQ_FEAT_ConflictFlagSet
  1066. "The coding region conflict flag is appropriately set, but this record should 
  1067. be brought to the attention of the source database for possible correction.",
  1068. //  SEQ_FEAT_LocusTagProblem
  1069. "A gene locus_tag should be a single token, with no spaces.",
  1070. //  SEQ_FEAT_AltStartCodon
  1071. "An alternative start codon was used. This is rare, and it is expected that 
  1072. confirmatory evidence will be cited.",
  1073. //  SEQ_FEAT_GenesInconsistent
  1074. "The gene on the genomic sequence of a genomic product set should be the 
  1075. same as the gene on the cDNA product of the mRNA feature.",
  1077. /* SEQ_ALIGN */
  1079. //  SEQ_ALIGN_SeqIdProblem
  1080. "The seqence referenced by an alignment SeqID is not packaged in the record.",
  1081. //  SEQ_ALIGN_StrandRev
  1082. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1083. //  SEQ_ALIGN_DensegLenStart
  1084. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1085. //  SEQ_ALIGN_StartMorethanBiolen
  1086. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1087. //  SEQ_ALIGN_EndMorethanBiolen
  1088. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1089. //  SEQ_ALIGN_LenMorethanBiolen
  1090. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1091. //  SEQ_ALIGN_SumLenStart
  1092. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1093. //  SEQ_ALIGN_SegsDimMismatch
  1094. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1095. //  SEQ_ALIGN_SegsNumsegMismatch
  1096. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1097. //  SEQ_ALIGN_SegsStartsMismatch
  1098. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1099. //  SEQ_ALIGN_SegsPresentMismatch
  1100. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1101. //  SEQ_ALIGN_SegsPresentStartsMismatch
  1102. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1103. //  SEQ_ALIGN_SegsPresentStrandsMismatch
  1104. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1105. //  SEQ_ALIGN_FastaLike
  1106. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1107. //  SEQ_ALIGN_SegmentGap
  1108. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1109. //  SEQ_ALIGN_SegsInvalidDim
  1110. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1111. //  SEQ_ALIGN_Segtype
  1112. "Please contact the sequence database for further help with this error.",
  1113. //  SEQ_ALIGN_BlastAligns
  1114. "BLAST alignments are not desired in records submitted to the sequence database.",
  1116. /* SEQ_GRAPH */
  1118. //  SEQ_GRAPH_GraphMin
  1119. "The graph minimum value is outside of the 0-100 range.",
  1120. //  SEQ_GRAPH_GraphMax
  1121. "The graph maximum value is outside of the 0-100 range.",
  1122. //  SEQ_GRAPH_GraphBelow
  1123. "Some quality scores are below the stated graph minimum value.",
  1124. //  SEQ_GRAPH_GraphAbove
  1125. "Some quality scores are above the stated graph maximum value.",
  1126. //  SEQ_GRAPH_GraphByteLen
  1127. "The number of bytes in the quality graph does not correspond to the 
  1128. stated length of the graph.",
  1129. //  SEQ_GRAPH_GraphOutOfOrder
  1130. "The quality graphs are not packaged in order - may be due to an old 
  1131. fa2htgs bug.",
  1132. //  SEQ_GRAPH_GraphBioseqLen
  1133. "The length of the quality graph does not correspond to the length of 
  1134. the Bioseq.",
  1135. //  SEQ_GRAPH_GraphSeqLitLen
  1136. "The length of the quality graph does not correspond to the length of 
  1137. the delta Bioseq literal component.",
  1138. //  SEQ_GRAPH_GraphSeqLocLen
  1139. "The length of the quality graph does not correspond to the length of 
  1140. the delta Bioseq location component.",
  1141. //  SEQ_GRAPH_GraphStartPhase
  1142. "The quality graph does not start or stop on a sequence segment 
  1143. boundary.",
  1144. //  SEQ_GRAPH_GraphStopPhase
  1145. "The quality graph does not start or stop on a sequence segment 
  1146. boundary.",
  1147. //  SEQ_GRAPH_GraphDiffNumber
  1148. "The number quality graph does not equal the number of sequence 
  1149. segments.",
  1150. //  SEQ_GRAPH_GraphACGTScore
  1151. "Quality score values for known bases should be above 0.",
  1152. //  SEQ_GRAPH_GraphNScore
  1153. "Quality score values for unknown bases should not be above 0.",
  1154. //  SEQ_GRAPH_GraphGapScore
  1155. "Gap positions should not have quality scores above 0.",
  1156. //  SEQ_GRAPH_GraphOverlap
  1157. "Quality graphs overlap - may be due to an old fa2htgs bug.",
  1159. //  Internal_Exception
  1160. "Exception was caught while performing validation. Vaidation terminated.",
  1162. "UNKNOWN"
  1163. };
  1166. END_SCOPE(validator)
  1167. END_SCOPE(objects)
  1168. END_NCBI_SCOPE
  1170.  
  1171. /*
  1172. * ===========================================================================
  1173. *
  1174. * $Log: validator.cpp,v $
  1175. * Revision 1000.3  2004/06/01 19:47:36  gouriano
  1176. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.44
  1177. *
  1178. * Revision 1.44  2004/05/21 21:42:56  gorelenk
  1179. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  1180. *
  1181. * Revision 1.43  2004/03/25 18:31:41  shomrat
  1182. * + SEQ_FEAT_GenesInconsistent
  1183. *
  1184. * Revision 1.42  2004/03/19 14:47:56  shomrat
  1185. * + SEQ_FEAT_PartialsInconsistent
  1186. *
  1187. * Revision 1.41  2004/03/10 21:22:35  shomrat
  1188. * + SEQ_DESCR_UnwantedCompleteFlag
  1189. *
  1190. * Revision 1.40  2004/03/01 18:38:58  shomrat
  1191. * Added alternative start codon error
  1192. *
  1193. * Revision 1.39  2004/02/25 15:52:15  shomrat
  1194. * Added CollidingLocusTags error
  1195. *
  1196. * Revision 1.38  2004/01/16 20:08:35  shomrat
  1197. * Added LocusTagProblem error
  1198. *
  1199. * Revision 1.37  2003/12/17 19:13:58  shomrat
  1200. * Added SEQ_PKG_GraphPackagingProblem
  1201. *
  1202. * Revision 1.36  2003/12/16 17:34:23  shomrat
  1203. * Added SEQ_INST_SeqLocLength
  1204. *
  1205. * Revision 1.35  2003/12/16 16:17:43  shomrat
  1206. * Added SEQ_FEAT_BadConflictFlag and SEQ_FEAT_ConflictFlagSet
  1207. *
  1208. * Revision 1.34  2003/11/14 15:55:09  shomrat
  1209. * added SEQ_INST_TpaAssemblyProblem
  1210. *
  1211. * Revision 1.33  2003/11/12 20:30:24  shomrat
  1212. * added SEQ_FEAT_MultipleCdsOnMrna
  1213. *
  1214. * Revision 1.32  2003/10/27 14:54:11  shomrat
  1215. * added SEQ_FEAT_UTRdoesNotAbutCDS
  1216. *
  1217. * Revision 1.31  2003/10/27 14:14:41  shomrat
  1218. * added SEQ_INST_SeqLitGapLength0
  1219. *
  1220. * Revision 1.30  2003/10/20 16:07:07  shomrat
  1221. * Added SEQ_FEAT_OnlyGeneXrefs
  1222. *
  1223. * Revision 1.29  2003/10/13 18:45:23  shomrat
  1224. * Added SEQ_FEAT_BadTrnaAA
  1225. *
  1226. * Revision 1.28  2003/09/03 18:24:46  shomrat
  1227. * added SEQ_DESCR_RefGeneTrackingWithoutStatus
  1228. *
  1229. * Revision 1.27  2003/08/06 15:04:30  shomrat
  1230. * Added SEQ_INST_InternalNsInSeqLit
  1231. *
  1232. * Revision 1.26  2003/07/21 21:17:45  shomrat
  1233. * Added SEQ_FEAT_MissingLocation
  1234. *
  1235. * Revision 1.25  2003/06/02 16:06:43  dicuccio
  1236. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  1237. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  1238. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  1239. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  1240. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  1241. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  1242. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  1243. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  1244. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  1245. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  1246. * replaces the three libmmdb? libs.
  1247. *
  1248. * Revision 1.24  2003/05/28 16:22:13  shomrat
  1249. * Added MissingCDSProduct error.
  1250. *
  1251. * Revision 1.23  2003/05/14 20:33:31  shomrat
  1252. * Using CRef instead of auto_ptr
  1253. *
  1254. * Revision 1.22  2003/05/05 15:32:16  shomrat
  1255. * Added SEQ_FEAT_MissingCDSproduct
  1256. *
  1257. * Revision 1.21  2003/04/29 14:56:08  shomrat
  1258. * Changes to SeqAlign related validation
  1259. *
  1260. * Revision 1.20  2003/04/15 14:55:37  shomrat
  1261. * Implemented a progress callback mechanism
  1262. *
  1263. * Revision 1.19  2003/04/07 14:55:17  shomrat
  1264. * Added SEQ_FEAT_DifferntIdTypesInSeqLoc
  1265. *
  1266. * Revision 1.18  2003/04/04 18:36:55  shomrat
  1267. * Added Internal_Exception error; Changed limits of min/max severity
  1268. *
  1269. * Revision 1.17  2003/03/31 14:41:07  shomrat
  1270. * $id: -> $id$
  1271. *
  1272. * Revision 1.16  2003/03/28 16:27:40  shomrat
  1273. * Added comments
  1274. *
  1275. * Revision 1.15  2003/03/21 21:10:26  shomrat
  1276. * Added SEQ_DESCR_UnnecessaryBioSourceFocus
  1277. *
  1278. * Revision 1.14  2003/03/21 16:20:33  shomrat
  1279. * Added error SEQ_INST_UnexpectedIdentifierChange
  1280. *
  1281. * Revision 1.13  2003/03/20 18:54:00  shomrat
  1282. * Added CValidator implementation
  1283. *
  1284. * Revision 1.12  2003/03/10 18:12:50  shomrat
  1285. * Record statistics information for each item
  1286. *
  1287. * Revision 1.11  2003/03/06 19:33:02  shomrat
  1288. * Bug fix and code cleanup in CVAlidError_CI
  1289. *
  1290. * Revision 1.10  2003/02/24 20:20:18  shomrat
  1291. * Pass the CValidError object to the implementation class instead of the internal TErrs vector
  1292. *
  1293. * Revision 1.9  2003/02/12 17:38:58  shomrat
  1294. * Added eErr_SEQ_DESCR_Obsolete
  1295. *
  1296. * Revision 1.8  2003/02/07 21:10:55  shomrat
  1297. * Added eErr_SEQ_INST_TerminalNs
  1298. *
  1299. * Revision 1.7  2003/01/24 21:17:19  shomrat
  1300. * Added missing verbose strings
  1301. *
  1302. * Revision 1.5  2003/01/07 20:00:57  shomrat
  1303. * Member function GetMessage() changed to GetMsg() due o conflict
  1304. *
  1305. * Revision 1.4  2002/12/26 16:34:43  shomrat
  1306. * Typo
  1307. *
  1308. * Revision 1.3  2002/12/24 16:51:41  shomrat
  1309. * Changes to include directives
  1310. *
  1311. * Revision 1.2  2002/12/23 20:19:22  shomrat
  1312. * Redundan character removed
  1313. *
  1314. *
  1315. * ===========================================================================
  1316. */