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validerror_descr.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

validerror_descr.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: validerror_descr.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:48:00  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: validerror_descr.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:48:00 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Jonathan Kans, Clifford Clausen, Aaron Ucko......
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   validation of seq_descr
  39.  *   .......
  40.  *
  41.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include "validatorp.hpp"
  46. #include <serial/iterator.hpp>
  48. #include <objects/seq/Seqdesc.hpp>
  49. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  52. BEGIN_NCBI_SCOPE
  53. BEGIN_SCOPE(objects)
  54. BEGIN_SCOPE(validator)
  57. CValidError_descr::CValidError_descr(CValidError_imp& imp) :
  58.     CValidError_base(imp)
  59. {
  60. }
  63. CValidError_descr::~CValidError_descr(void)
  64. {
  65. }
  68. void CValidError_descr::ValidateSeqDescr(const CSeq_descr& descr)
  69. {
  70.     size_t  num_sources = 0,
  71.             num_titles = 0;
  72.     CConstRef<CSeqdesc> last_source,
  73.                         last_title;
  75.     ITERATE ( CSeq_descr::Tdata, dt, descr.Get() ) {
  76.         const CSeqdesc& desc = **dt;
  78.         switch ( desc.Which() ) {
  79.         case CSeqdesc::e_Mol_type:
  80.         case CSeqdesc::e_Modif:
  81.         case CSeqdesc::e_Method:
  82.             // obsolete
  83.             break;
  85.         case CSeqdesc::e_Name:
  86.             break;
  87.         case CSeqdesc::e_Title:
  88.             num_titles++;
  89.             last_title = &desc;
  90.             break;
  91.         
  93.         case CSeqdesc::e_Comment:
  94.             break;
  96.         case CSeqdesc::e_Num:
  97.             break;
  98.         case CSeqdesc::e_Maploc:
  99.             break;
  101.         case CSeqdesc::e_Pir:
  102.             break;
  104.         case CSeqdesc::e_Genbank:
  105.             break;
  107.         case CSeqdesc::e_Pub:
  108.             break;
  110.         case CSeqdesc::e_Region:
  111.             break;
  112.         case CSeqdesc::e_User:
  113.             break;
  115.         case CSeqdesc::e_Sp:
  116.             break;
  118.         case CSeqdesc::e_Dbxref:
  119.             break;
  121.         case CSeqdesc::e_Embl:
  122.             break;
  124.         case CSeqdesc::e_Create_date:
  125.             break;
  126.         case CSeqdesc::e_Update_date:
  127.             break;
  129.         case CSeqdesc::e_Prf:
  130.             break;
  132.         case CSeqdesc::e_Pdb:
  133.             break;
  135.         case CSeqdesc::e_Het:
  136.             break;
  137.         case CSeqdesc::e_Source:
  138.             num_sources++;
  139.             last_source = &desc;
  140.             break;
  141.         case CSeqdesc::e_Org:
  142.             break;
  143.         case CSeqdesc::e_Molinfo:
  144.             break;
  146.         default:
  147.             break;
  148.         }
  149.     }
  151.     if ( num_sources > 1 ) {
  152.         PostErr(eDiag_Error, eErr_SEQ_DESCR_MultipleBioSources,
  153.             "Undesired multiple source descriptors (reporting last one)", *last_source);
  154.     }
  155.     if ( num_titles > 1 ) {
  156.         PostErr(eDiag_Error, eErr_SEQ_DESCR_MultipleTitles,
  157.             "Multiple Title blocks (reporting last one)", *last_title);
  158.     }
  159. }
  162. END_SCOPE(validator)
  163. END_SCOPE(objects)
  164. END_NCBI_SCOPE
  167. /*
  168. * ===========================================================================
  169. *
  170. * $Log: validerror_descr.cpp,v $
  171. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:48:00  gouriano
  172. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  173. *
  174. * Revision 1.7  2004/05/21 21:42:56  gorelenk
  175. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  176. *
  177. * Revision 1.6  2003/06/16 21:17:44  shomrat
  178. * Changed error messages
  179. *
  180. * Revision 1.5  2003/03/31 14:40:19  shomrat
  181. * $id: -> $id$
  182. *
  183. * Revision 1.4  2003/03/11 16:04:09  kuznets
  184. * iterate -> ITERATE
  185. *
  186. * Revision 1.3  2003/02/12 17:58:05  shomrat
  187. * Addition of descriptor types in switch statement for future use
  188. *
  189. * Revision 1.2  2002/12/24 16:53:43  shomrat
  190. * Changes to include directives
  191. *
  192. * Revision 1.1  2002/12/23 20:16:26  shomrat
  193. * Initial submission after splitting former implementation
  194. *
  195. *
  196. * ===========================================================================
  197. */