开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
validatorp.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：41k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

validatorp.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: validatorp.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 19:47:42  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.64
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: validatorp.hpp,v 1000.3 2004/06/01 19:47:42 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Jonathan Kans, Clifford Clausen, Aaron Ucko......
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   Privae classes and definition for the validator
  39.  *   .......
  40.  *
  41.  */
  43. #ifndef VALIDATOR___VALIDATORP__HPP
  44. #define VALIDATOR___VALIDATORP__HPP
  46. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  48. #include <objmgr/scope.hpp>
  49. #include <objmgr/feat_ci.hpp>  // for CMappedFeat
  50. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  51. #include <objects/seq/GIBB_mol.hpp>
  52. #include <util/strsearch.hpp>
  53. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  54. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  55. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  56. #include <objects/seqalign/Packed_seg.hpp>
  58. #include <objtools/validator/validator.hpp>
  60. BEGIN_NCBI_SCOPE
  61. BEGIN_SCOPE(objects)
  63. class CSeq_entry;
  64. class CCit_sub;
  65. class CCit_art;
  66. class CCit_gen;
  67. class CSeq_feat;
  68. class CBioseq;
  69. class CSeqdesc;
  70. class CSeq_annot;
  71. class CTrna_ext;
  72. class CProt_ref;
  73. class CSeq_loc;
  74. class CFeat_CI;
  75. class CPub_set;
  76. class CAuthor;
  77. class CTitle;
  78. class CDesc_CI;
  79. class CMolInfo;
  80. class CUser_object;
  81. class CSeqdesc_CI;
  82. class CSeq_graph;
  83. class CMappedGraph;
  84. class CDense_diag;
  85. class CDense_seg;
  86. class CSeq_align_set;
  87. class CPubdesc;
  88. class CBioSource;
  89. class COrg_ref;
  90. class CByte_graph;
  91. class CDelta_seq;
  92. class CSeqFeatData;
  93. class CGene_ref;
  94. class CCdregion;
  95. class CRNA_ref;
  96. class CImp_feat;
  97. class CSeq_literal;
  98. class CBioseq_Handle;
  101. BEGIN_SCOPE(validator)
  104. // ===========================  Internal error types  ==========================
  106. enum EErrType {
  107.     eErr_ALL = 0,
  109.     eErr_SEQ_INST_ExtNotAllowed,
  110.     eErr_SEQ_INST_ExtBadOrMissing,
  111.     eErr_SEQ_INST_SeqDataNotFound,
  112.     eErr_SEQ_INST_SeqDataNotAllowed,
  113.     eErr_SEQ_INST_ReprInvalid,
  114.     eErr_SEQ_INST_CircularProtein,
  115.     eErr_SEQ_INST_DSProtein,
  116.     eErr_SEQ_INST_MolNotSet,
  117.     eErr_SEQ_INST_MolOther,
  118.     eErr_SEQ_INST_FuzzyLen,
  119.     eErr_SEQ_INST_InvalidLen,
  120.     eErr_SEQ_INST_InvalidAlphabet,
  121.     eErr_SEQ_INST_SeqDataLenWrong,
  122.     eErr_SEQ_INST_SeqPortFail,
  123.     eErr_SEQ_INST_InvalidResidue,
  124.     eErr_SEQ_INST_StopInProtein,
  125.     eErr_SEQ_INST_PartialInconsistent,
  126.     eErr_SEQ_INST_ShortSeq,
  127.     eErr_SEQ_INST_NoIdOnBioseq,
  128.     eErr_SEQ_INST_BadDeltaSeq,
  129.     eErr_SEQ_INST_LongHtgsSequence,
  130.     eErr_SEQ_INST_LongLiteralSequence,
  131.     eErr_SEQ_INST_SequenceExceeds350kbp,
  132.     eErr_SEQ_INST_ConflictingIdsOnBioseq,
  133.     eErr_SEQ_INST_MolNuclAcid,
  134.     eErr_SEQ_INST_ConflictingBiomolTech,
  135.     eErr_SEQ_INST_SeqIdNameHasSpace,
  136.     eErr_SEQ_INST_IdOnMultipleBioseqs,
  137.     eErr_SEQ_INST_DuplicateSegmentReferences,
  138.     eErr_SEQ_INST_TrailingX,
  139.     eErr_SEQ_INST_BadSeqIdFormat,
  140.     eErr_SEQ_INST_PartsOutOfOrder,
  141.     eErr_SEQ_INST_BadSecondaryAccn,
  142.     eErr_SEQ_INST_ZeroGiNumber,
  143.     eErr_SEQ_INST_RnaDnaConflict,
  144.     eErr_SEQ_INST_HistoryGiCollision,
  145.     eErr_SEQ_INST_GiWithoutAccession,
  146.     eErr_SEQ_INST_MultipleAccessions,
  147.     eErr_SEQ_INST_HistAssemblyMissing,
  148.     eErr_SEQ_INST_TerminalNs,
  149.     eErr_SEQ_INST_UnexpectedIdentifierChange,
  150.     eErr_SEQ_INST_InternalNsInSeqLit,
  151.     eErr_SEQ_INST_SeqLitGapLength0,
  152.     eErr_SEQ_INST_TpaAssmeblyProblem,
  153.     eErr_SEQ_INST_SeqLocLength,
  155.     eErr_SEQ_DESCR_BioSourceMissing,
  156.     eErr_SEQ_DESCR_InvalidForType,
  157.     eErr_SEQ_DESCR_FileOpenCollision,
  158.     eErr_SEQ_DESCR_Unknown,
  159.     eErr_SEQ_DESCR_NoPubFound,
  160.     eErr_SEQ_DESCR_NoOrgFound,
  161.     eErr_SEQ_DESCR_MultipleBioSources,
  162.     eErr_SEQ_DESCR_NoMolInfoFound,
  163.     eErr_SEQ_DESCR_BadCountryCode,
  164.     eErr_SEQ_DESCR_NoTaxonID,
  165.     eErr_SEQ_DESCR_InconsistentBioSources,
  166.     eErr_SEQ_DESCR_MissingLineage,
  167.     eErr_SEQ_DESCR_SerialInComment,
  168.     eErr_SEQ_DESCR_BioSourceNeedsFocus,
  169.     eErr_SEQ_DESCR_BadOrganelle,
  170.     eErr_SEQ_DESCR_MultipleChromosomes,
  171.     eErr_SEQ_DESCR_BadSubSource,
  172.     eErr_SEQ_DESCR_BadOrgMod,
  173.     eErr_SEQ_DESCR_InconsistentProteinTitle,
  174.     eErr_SEQ_DESCR_Inconsistent,
  175.     eErr_SEQ_DESCR_ObsoleteSourceLocation,
  176.     eErr_SEQ_DESCR_ObsoleteSourceQual,
  177.     eErr_SEQ_DESCR_StructuredSourceNote,
  178.     eErr_SEQ_DESCR_MultipleTitles,
  179.     eErr_SEQ_DESCR_Obsolete,
  180.     eErr_SEQ_DESCR_UnnecessaryBioSourceFocus,
  181.     eErr_SEQ_DESCR_RefGeneTrackingWithoutStatus,
  182.     eErr_SEQ_DESCR_UnwantedCompleteFlag,
  184.     eErr_GENERIC_NonAsciiAsn,
  185.     eErr_GENERIC_Spell,
  186.     eErr_GENERIC_AuthorListHasEtAl,
  187.     eErr_GENERIC_MissingPubInfo,
  188.     eErr_GENERIC_UnnecessaryPubEquiv,
  189.     eErr_GENERIC_BadPageNumbering,
  191.     eErr_SEQ_PKG_NoCdRegionPtr,
  192.     eErr_SEQ_PKG_NucProtProblem,
  193.     eErr_SEQ_PKG_SegSetProblem,
  194.     eErr_SEQ_PKG_EmptySet,
  195.     eErr_SEQ_PKG_NucProtNotSegSet,
  196.     eErr_SEQ_PKG_SegSetNotParts,
  197.     eErr_SEQ_PKG_SegSetMixedBioseqs,
  198.     eErr_SEQ_PKG_PartsSetMixedBioseqs,
  199.     eErr_SEQ_PKG_PartsSetHasSets,
  200.     eErr_SEQ_PKG_FeaturePackagingProblem,
  201.     eErr_SEQ_PKG_GenomicProductPackagingProblem,
  202.     eErr_SEQ_PKG_InconsistentMolInfoBiomols,
  203.     eErr_SEQ_PKG_GraphPackagingProblem,
  205.     eErr_SEQ_FEAT_InvalidForType,
  206.     eErr_SEQ_FEAT_PartialProblem,
  207.     eErr_SEQ_FEAT_PartialsInconsistent,
  208.     eErr_SEQ_FEAT_InvalidType,
  209.     eErr_SEQ_FEAT_Range,
  210.     eErr_SEQ_FEAT_MixedStrand,
  211.     eErr_SEQ_FEAT_SeqLocOrder,
  212.     eErr_SEQ_FEAT_CdTransFail,
  213.     eErr_SEQ_FEAT_StartCodon,
  214.     eErr_SEQ_FEAT_InternalStop,
  215.     eErr_SEQ_FEAT_NoProtein,
  216.     eErr_SEQ_FEAT_MisMatchAA,
  217.     eErr_SEQ_FEAT_TransLen,
  218.     eErr_SEQ_FEAT_NoStop,
  219.     eErr_SEQ_FEAT_TranslExcept,
  220.     eErr_SEQ_FEAT_NoProtRefFound,
  221.     eErr_SEQ_FEAT_NotSpliceConsensus,
  222.     eErr_SEQ_FEAT_OrfCdsHasProduct,
  223.     eErr_SEQ_FEAT_GeneRefHasNoData,
  224.     eErr_SEQ_FEAT_ExceptInconsistent,
  225.     eErr_SEQ_FEAT_ProtRefHasNoData,
  226.     eErr_SEQ_FEAT_GenCodeMismatch,
  227.     eErr_SEQ_FEAT_RNAtype0,
  228.     eErr_SEQ_FEAT_UnknownImpFeatKey,
  229.     eErr_SEQ_FEAT_UnknownImpFeatQual,
  230.     eErr_SEQ_FEAT_WrongQualOnImpFeat,
  231.     eErr_SEQ_FEAT_MissingQualOnImpFeat,
  232.     eErr_SEQ_FEAT_PsuedoCdsHasProduct,
  233.     eErr_SEQ_FEAT_IllegalDbXref,
  234.     eErr_SEQ_FEAT_FarLocation,
  235.     eErr_SEQ_FEAT_DuplicateFeat,
  236.     eErr_SEQ_FEAT_UnnecessaryGeneXref,
  237.     eErr_SEQ_FEAT_TranslExceptPhase,
  238.     eErr_SEQ_FEAT_TrnaCodonWrong,
  239.     eErr_SEQ_FEAT_BadTrnaAA,
  240.     eErr_SEQ_FEAT_BothStrands,
  241.     eErr_SEQ_FEAT_CDSgeneRange,
  242.     eErr_SEQ_FEAT_CDSmRNArange,
  243.     eErr_SEQ_FEAT_OverlappingPeptideFeat,
  244.     eErr_SEQ_FEAT_SerialInComment,
  245.     eErr_SEQ_FEAT_MultipleCDSproducts,
  246.     eErr_SEQ_FEAT_FocusOnBioSourceFeature,
  247.     eErr_SEQ_FEAT_PeptideFeatOutOfFrame,
  248.     eErr_SEQ_FEAT_InvalidQualifierValue,
  249.     eErr_SEQ_FEAT_MultipleMRNAproducts,
  250.     eErr_SEQ_FEAT_mRNAgeneRange,
  251.     eErr_SEQ_FEAT_TranscriptLen,
  252.     eErr_SEQ_FEAT_TranscriptMismatches,
  253.     eErr_SEQ_FEAT_CDSproductPackagingProblem,
  254.     eErr_SEQ_FEAT_DuplicateInterval,
  255.     eErr_SEQ_FEAT_PolyAsiteNotPoint,
  256.     eErr_SEQ_FEAT_ImpFeatBadLoc,
  257.     eErr_SEQ_FEAT_LocOnSegmentedBioseq,
  258.     eErr_SEQ_FEAT_UnnecessaryCitPubEquiv,
  259.     eErr_SEQ_FEAT_ImpCDShasTranslation,
  260.     eErr_SEQ_FEAT_ImpCDSnotPseudo,
  261.     eErr_SEQ_FEAT_MissingMRNAproduct,
  262.     eErr_SEQ_FEAT_AbuttingIntervals,
  263.     eErr_SEQ_FEAT_CollidingGeneNames,
  264.     eErr_SEQ_FEAT_CollidingLocusTags,
  265.     eErr_SEQ_FEAT_MultiIntervalGene,
  266.     eErr_SEQ_FEAT_FeatContentDup,
  267.     eErr_SEQ_FEAT_BadProductSeqId,
  268.     eErr_SEQ_FEAT_RnaProductMismatch,
  269.     eErr_SEQ_FEAT_DifferntIdTypesInSeqLoc,
  270.     eErr_SEQ_FEAT_MissingCDSproduct,
  271.     eErr_SEQ_FEAT_MissingLocation,
  272.     eErr_SEQ_FEAT_OnlyGeneXrefs,
  273.     eErr_SEQ_FEAT_UTRdoesNotAbutCDS,
  274.     eErr_SEQ_FEAT_MultipleCdsOnMrna,
  275.     eErr_SEQ_FEAT_BadConflictFlag,
  276.     eErr_SEQ_FEAT_ConflictFlagSet,
  277.     eErr_SEQ_FEAT_LocusTagProblem,
  278.     eErr_SEQ_FEAT_AltStartCodon,
  279.     eErr_SEQ_FEAT_GenesInconsistent,
  281.     eErr_SEQ_ALIGN_SeqIdProblem,
  282.     eErr_SEQ_ALIGN_StrandRev,
  283.     eErr_SEQ_ALIGN_DensegLenStart,
  284.     eErr_SEQ_ALIGN_StartMorethanBiolen,
  285.     eErr_SEQ_ALIGN_EndMorethanBiolen,
  286.     eErr_SEQ_ALIGN_LenMorethanBiolen,
  287.     eErr_SEQ_ALIGN_SumLenStart,
  288.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsDimMismatch,
  289.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsNumsegMismatch,
  290.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsStartsMismatch,
  291.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsPresentMismatch,
  292.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsPresentStartsMismatch,
  293.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsPresentStrandsMismatch,
  294.     eErr_SEQ_ALIGN_FastaLike,
  295.     eErr_SEQ_ALIGN_SegmentGap,
  296.     eErr_SEQ_ALIGN_SegsInvalidDim,
  297.     eErr_SEQ_ALIGN_Segtype,
  298.     eErr_SEQ_ALIGN_BlastAligns,
  300.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphMin,
  301.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphMax,
  302.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphBelow,
  303.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphAbove,
  304.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphByteLen,
  305.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphOutOfOrder,
  306.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphBioseqLen,
  307.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphSeqLitLen,
  308.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphSeqLocLen,
  309.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphStartPhase,
  310.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphStopPhase,
  311.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphDiffNumber,
  312.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphACGTScore,
  313.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphNScore,
  314.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphGapScore,
  315.     eErr_SEQ_GRAPH_GraphOverlap,
  317.     eErr_Internal_Exception,
  319.     eErr_UNKNOWN
  320. };
  323. // =============================================================================
  324. //                            Validation classes                          
  325. // =============================================================================
  327. // ===========================  Central Validation  ==========================
  329. // CValidError_imp provides the entry point to the validation process.
  330. // It calls upon the various validation classes to perform validation of
  331. // each part.
  332. // The class holds all the data for the validation process. 
  333. class CValidError_imp
  334. {
  335. public:
  336.     // Interface to be used by the CValidError class
  338.     // Constructor & Destructor
  339.     CValidError_imp(CObjectManager& objmgr, CValidError* errors, 
  340.         Uint4 options = 0);
  341.     virtual ~CValidError_imp(void);
  343.     // Validation methods
  344.     bool Validate(const CSeq_entry& se, const CCit_sub* cs = 0,
  345.         CScope* scope = 0);
  346.     void Validate(const CSeq_submit& ss, CScope* scope = 0);
  347.     void Validate(const CSeq_annot& sa, CScope* scope = 0);
  349.     void SetProgressCallback(CValidator::TProgressCallback callback,
  350.         void* user_data);
  351. public:
  352.     // interface to be used by the various validation classes
  354.     // typedefs:
  355.     typedef const CSeq_feat& TFeat;
  356.     typedef const CBioseq& TBioseq;
  357.     typedef const CBioseq_set& TSet;
  358.     typedef const CSeqdesc& TDesc;
  359.     typedef const CSeq_annot& TAnnot;
  360.     typedef const CSeq_graph& TGraph;
  361.     typedef const CSeq_align& TAlign;
  362.     typedef const CSeq_entry& TEntry;
  363.     typedef const CSeq_feat::TDbxref TDbtags;
  364.     typedef map < const CSeq_feat*, const CSeq_annot* >& TFeatAnnotMap;
  366.     // Posts errors.
  367.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg,
  368.         const CSerialObject& obj);
  369.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TDesc ds);
  370.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TFeat ft);
  371.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TBioseq sq);
  372.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TBioseq sq,
  373.         TDesc ds);
  374.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TSet set);
  375.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TSet set, 
  376.         TDesc ds);
  377.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TAnnot annot);
  378.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TGraph graph);
  379.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TBioseq sq,
  380.         TGraph graph);
  381.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TAlign align);
  382.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TEntry entry);
  384.     // General use validation methods
  385.     void ValidatePubdesc(const CPubdesc& pub, const CSerialObject& obj);
  386.     void ValidateBioSource(const CBioSource& bsrc, const CSerialObject& obj);
  387.     void ValidateSeqLoc(const CSeq_loc& loc, const CBioseq_Handle& seq,
  388.         const string& prefix, const CSerialObject& obj);
  389.     void ValidateSeqLocIds(const CSeq_loc& loc, const CSerialObject& obj);
  390.     void ValidateDbxref(const CDbtag& xref, const CSerialObject& obj,
  391.         bool biosource = false);
  392.     void ValidateDbxref(TDbtags& xref_list, const CSerialObject& obj,
  393.         bool biosource = false);
  394.     void ValidateCitSub(const CCit_sub& cs, const CSerialObject& obj);
  395.         
  396.     // getters
  397.     inline CScope* GetScope(void) { return m_Scope; }
  399.     // flags derived from options parameter
  400.     inline bool IsNonASCII(void) const { return m_NonASCII; }
  401.     inline bool IsSuppressContext(void) const { return m_SuppressContext; }
  402.     inline bool IsValidateAlignments(void) const { return m_ValidateAlignments; }
  403.     inline bool IsValidateExons(void) const { return m_ValidateExons; }
  404.     inline bool IsSpliceErr(void) const { return m_SpliceErr; }
  405.     inline bool IsOvlPepErr(void) const { return m_OvlPepErr; }
  406.     inline bool IsRequireTaxonID(void) const { return m_RequireTaxonID; }
  407.     inline bool IsRequireISOJTA(void) const { return m_RequireISOJTA; }
  408.     inline bool IsValidateIdSet(void) const { return m_ValidateIdSet; }
  409.     inline bool IsRemoteFetch(void) const { return m_RemoteFetch; }
  411.     // !!! DEBUG {
  412.     inline bool AvoidPerfBottlenecks() const { return m_PerfBottlenecks; }
  413.     // }
  415.     // flags calculated by examining data in record
  416.     inline bool IsStandaloneAnnot(void) const { return m_IsStandaloneAnnot; }
  417.     inline bool IsNoPubs(void) const { return m_NoPubs; }
  418.     inline bool IsNoBioSource(void) const { return m_NoBioSource; }
  419.     inline bool IsGPS(void) const { return m_IsGPS; }
  420.     inline bool IsGED(void) const { return m_IsGED; }
  421.     inline bool IsPDB(void) const { return m_IsPDB; }
  422.     inline bool IsTPA(void) const { return m_IsTPA; }
  423.     inline bool IsPatent(void) const { return m_IsPatent; }
  424.     inline bool IsRefSeq(void) const { return m_IsRefSeq; }
  425.     inline bool IsNC(void) const { return m_IsNC; }
  426.     inline bool IsNG(void) const { return m_IsNG; }
  427.     inline bool IsNM(void) const { return m_IsNM; }
  428.     inline bool IsNP(void) const { return m_IsNP; }
  429.     inline bool IsNR(void) const { return m_IsNR; }
  430.     inline bool IsNS(void) const { return m_IsNS; }
  431.     inline bool IsNT(void) const { return m_IsNT; }
  432.     inline bool IsNW(void) const { return m_IsNW; }
  433.     inline bool IsXR(void) const { return m_IsXR; }
  434.     inline bool IsGI(void) const { return m_IsGI; }
  435.     inline bool IsCuratedRefSeq(void) const;
  436.     
  437.     const CSeq_entry& GetTSE(void) { return *m_TSE; }
  439.     TFeatAnnotMap GetFeatAnnotMap(void);
  441.     void AddBioseqWithNoPub(const CBioseq& seq);
  442.     void AddBioseqWithNoBiosource(const CBioseq& seq);
  443.     void AddBioseqWithNoMolinfo(const CBioseq& seq);
  444.     void AddProtWithoutFullRef(const CBioseq_Handle& seq);
  445.     void ReportMissingPubs(const CSeq_entry& se, const CCit_sub* cs);
  446.     void ReportMissingBiosource(const CSeq_entry& se);
  447.     void ReportProtWithoutFullRef(void);
  448.     void ReportBioseqsWithNoMolinfo(void);
  450.     bool IsNucAcc(const string& acc);
  451.     bool IsFarLocation(const CSeq_loc& loc);
  452.     CConstRef<CSeq_feat> GetCDSGivenProduct(const CBioseq& seq);
  453.     const CSeq_entry* GetAncestor(const CBioseq& seq, CBioseq_set::EClass clss);
  454.     bool IsSerialNumberInComment(const string& comment);
  456.     bool CheckSeqVector(const CSeqVector& vec);
  457.     bool IsSequenceAvaliable(const CSeqVector& vec);
  459. private:
  460.     // Prohibit copy constructor & assignment operator
  461.     CValidError_imp(const CValidError_imp&);
  462.     CValidError_imp& operator= (const CValidError_imp&);
  464.     void Setup(const CSeq_entry& se, CScope* scope);
  465.     void Setup(const CSeq_annot& sa, CScope* scope);
  466.     void SetScope(const CSeq_entry& se);
  467.     void SetScope(const CSeq_annot& sa);
  469.     void InitializeSourceQualTags();
  470.     void ValidateSourceQualTags(const string& str, const CSerialObject& obj);
  472.     bool IsMixedStrands(const CSeq_loc& loc);
  474.     void ValidatePubGen(const CCit_gen& gen, const CSerialObject& obj);
  475.     void ValidatePubArticle(const CCit_art& art, int uid, const CSerialObject& obj);
  476.     void ValidateEtAl(const CPubdesc& pubdesc, const CSerialObject& obj);
  477.     
  478.     bool HasName(const list< CRef< CAuthor > >& authors);
  479.     bool HasTitle(const CTitle& title);
  480.     bool HasIsoJTA(const CTitle& title);
  482.     CRef<CObjectManager>    m_ObjMgr;
  483.     CRef<CScope>            m_Scope;
  484.     CConstRef<CSeq_entry>   m_TSE;
  486.     // error repoitory
  487.     CValidError*       m_ErrRepository;
  489.     // flags derived from options parameter
  490.     bool m_NonASCII;            // User sets if Non ASCII char found
  491.     bool m_SuppressContext;     // Include context in errors if true
  492.     bool m_ValidateAlignments;  // Validate Alignments if true
  493.     bool m_ValidateExons;       // Check exon feature splice sites
  494.     bool m_SpliceErr;           // Bad splice site error if true, else warn
  495.     bool m_OvlPepErr;           // Peptide overlap error if true, else warn
  496.     bool m_RequireTaxonID;      // BioSource requires taxonID dbxref
  497.     bool m_RequireISOJTA;       // Journal requires ISO JTA
  498.     bool m_ValidateIdSet;       // validate update against ID set in database
  499.     bool m_RemoteFetch;         // Remote fetch enabled?
  501.     // !!! DEBUG {
  502.     bool m_PerfBottlenecks;         // Skip suspected performance bottlenecks
  503.     // }
  505.     // flags calculated by examining data in record
  506.     bool m_IsStandaloneAnnot;
  507.     bool m_NoPubs;                  // Suppress no pub error if true
  508.     bool m_NoBioSource;             // Suppress no organism error if true
  509.     bool m_IsGPS;
  510.     bool m_IsGED;
  511.     bool m_IsPDB;
  512.     bool m_IsTPA;
  513.     bool m_IsPatent;
  514.     bool m_IsRefSeq;
  515.     bool m_IsNC;
  516.     bool m_IsNG;
  517.     bool m_IsNM;
  518.     bool m_IsNP;
  519.     bool m_IsNR;
  520.     bool m_IsNS;
  521.     bool m_IsNT;
  522.     bool m_IsNW;
  523.     bool m_IsXR;
  524.     bool m_IsGI;
  525.     
  526.     // seq ids contained within the orignal seq entry. 
  527.     // (used to check for far location)
  528.     vector< CConstRef<CSeq_id> >    m_InitialSeqIds;
  529.     // prot bioseqs without a full reference (reporting cds feature)
  530.     vector< CConstRef<CSeq_feat> >  m_ProtWithNoFullRef;
  531.     // Bioseqs without pubs (should be considered only if m_NoPubs is false)
  532.     vector< CConstRef<CBioseq> >    m_BioseqWithNoPubs;
  533.     // Bioseqs without source (should be considered only if m_NoSource is false)
  534.     vector< CConstRef<CBioseq> >    m_BioseqWithNoSource;
  535.     // Bioseqs without MolInfo
  536.     vector< CConstRef<CBioseq> >    m_BioseqWithNoMolinfo;
  538.     // legal dbxref database strings
  539.     static const string legalDbXrefs[];
  540.     static const string legalRefSeqDbXrefs[];
  542.     // source qulalifiers prefixes
  543.     static const string sm_SourceQualPrefixes[];
  544.     static auto_ptr<CTextFsa> m_SourceQualTags;
  546.     CValidator::TProgressCallback m_PrgCallback;
  547.     CValidator::CProgressInfo     m_PrgInfo;
  548.     SIZE_TYPE   m_NumAlign;
  549.     SIZE_TYPE   m_NumAnnot;
  550.     SIZE_TYPE   m_NumBioseq;
  551.     SIZE_TYPE   m_NumBioseq_set;
  552.     SIZE_TYPE   m_NumDesc;
  553.     SIZE_TYPE   m_NumDescr;
  554.     SIZE_TYPE   m_NumFeat;
  555.     SIZE_TYPE   m_NumGraph;
  556. };
  559. // =============================================================================
  560. //                         Specific validation classes
  561. // =============================================================================
  565. class CValidError_base
  566. {
  567. protected:
  568.     // typedefs:
  569.     typedef CValidError_imp::TFeat TFeat;
  570.     typedef CValidError_imp::TBioseq TBioseq;
  571.     typedef CValidError_imp::TSet TSet;
  572.     typedef CValidError_imp::TDesc TDesc;
  573.     typedef CValidError_imp::TAnnot TAnnot;
  574.     typedef CValidError_imp::TGraph TGraph;
  575.     typedef CValidError_imp::TAlign TAlign;
  576.     typedef CValidError_imp::TEntry TEntry;
  577.     typedef CValidError_imp::TDbtags TDbtags;
  579.     CValidError_base(CValidError_imp& imp);
  580.     virtual ~CValidError_base();
  582.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg,
  583.         const CSerialObject& obj);
  584.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TDesc ds);
  585.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TFeat ft);
  586.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TBioseq sq);
  587.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TBioseq sq,
  588.         TDesc ds);
  589.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TSet set);
  590.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TSet set, 
  591.         TDesc ds);
  592.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TAnnot annot);
  593.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TGraph graph);
  594.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TBioseq sq,
  595.         TGraph graph);
  596.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TAlign align);
  597.     void PostErr(EDiagSev sv, EErrType et, const string& msg, TEntry entry);
  599.     CValidError_imp& m_Imp;
  600.     CScope* m_Scope;
  601. };
  604. // ===========================  Validate Bioseq_set  ===========================
  607. class CValidError_bioseqset : private CValidError_base
  608. {
  609. public:
  610.     CValidError_bioseqset(CValidError_imp& imp);
  611.     virtual ~CValidError_bioseqset(void);
  613.     void ValidateBioseqSet(const CBioseq_set& seqset);
  615. private:
  617.     void ValidateNucProtSet(const CBioseq_set& seqset, int nuccnt, int protcnt);
  618.     void ValidateSegSet(const CBioseq_set& seqset, int segcnt);
  619.     void ValidatePartsSet(const CBioseq_set& seqset);
  620.     void ValidatePopSet(const CBioseq_set& seqset);
  621.     void ValidateGenProdSet(const CBioseq_set& seqset);
  623.     bool IsMrnaProductInGPS(const CBioseq& seq); 
  624. };
  627. // =============================  Validate Bioseq  =============================
  630. class CValidError_bioseq : private CValidError_base
  631. {
  632. public:
  633.     CValidError_bioseq(CValidError_imp& imp);
  634.     virtual ~CValidError_bioseq(void);
  636.     void ValidateSeqIds(const CBioseq& seq);
  637.     void ValidateInst(const CBioseq& seq);
  638.     void ValidateBioseqContext(const CBioseq& seq);
  639.     void ValidateHistory(const CBioseq& seq);
  641.     size_t GetTpaWithHistory(void)    const { return m_TpaWithHistory;    }
  642.     size_t GetTpaWithoutHistory(void) const { return m_TpaWithoutHistory; }
  644. private:
  645.     typedef multimap<string, const CSeq_feat*, PNocase> TStrFeatMap;
  646.     typedef vector<CMappedFeat>                         TMappedFeatVec;
  648.     static const size_t scm_AdjacentNsThreshold; // = 80
  649.     
  650.     void ValidateSeqLen(const CBioseq& seq);
  651.     void ValidateSegRef(const CBioseq& seq);
  652.     void ValidateDelta(const CBioseq& seq);
  653.     bool ValidateRepr(const CSeq_inst& inst, const CBioseq& seq);
  654.     void ValidateSeqParts(const CBioseq& seq);
  655.     void ValidateProteinTitle(const CBioseq& seq);
  656.     void ValidateRawConst(const CBioseq& seq);
  657.     void ValidateNs(const CBioseq& seq);
  658.     
  659.     void ValidateMultiIntervalGene (const CBioseq& seq);
  660.     void ValidateSeqFeatContext(const CBioseq& seq);
  661.     void ValidateDupOrOverlapFeats(const CBioseq& seq);
  662.     void ValidateCollidingGenes(const CBioseq& seq);
  663.     void x_CompareStrings(const TStrFeatMap& str_feat_map, const string& type,
  664.         EErrType err, EDiagSev sev);
  665.     void x_ValidateCompletness(const CBioseq& seq, const CMolInfo& mi);
  666.     void x_ValidateAbuttingUTR(const CBioseq_Handle& seq);
  667.     void x_ValidateAbuttingCDSGroup(const TMappedFeatVec& cds_group, bool minus);
  669.     void ValidateSeqDescContext(const CBioseq& seq);
  670.     void ValidateMolInfoContext(const CMolInfo& minfo, int& seq_biomol,
  671.         const CBioseq& seq, const CSeqdesc& desc);
  672.     void ValidateMolTypeContext(const EGIBB_mol& gibb, EGIBB_mol& seq_biomol,
  673.         const CBioseq& seq, const CSeqdesc& desc);
  674.     void ValidateUpdateDateContext(const CDate& update,const CDate& create,
  675.         const CBioseq& seq, const CSeqdesc& desc);
  676.     void ValidateOrgContext(const CSeqdesc_CI& iter, const COrg_ref& this_org,
  677.         const COrg_ref& org, const CBioseq& seq, const CSeqdesc& desc);
  679.     void ValidateGraphsOnBioseq(const CBioseq& seq);
  680.     void ValidateByteGraphOnBioseq(const CSeq_graph& graph, const CBioseq& seq);
  681.     void ValidateGraphOnDeltaBioseq(const CBioseq& seq, bool& validate_values);
  682.     void ValidateGraphValues(const CSeq_graph& graph, const CBioseq& seq);
  683.     void ValidateMinValues(const CByte_graph& bg);
  684.     void ValidateMaxValues(const CByte_graph& bg);
  685.     void ValidatemRNABioseqContext(const CBioseq_Handle& seq);
  686.     bool GetLitLength(const CDelta_seq& delta, TSeqPos& len);
  687.     bool IsSuportedGraphType(const CSeq_graph& graph) const;
  688.     SIZE_TYPE GetSeqLen(const CBioseq& seq);
  690.     void ValidateSecondaryAccConflict(const string& primary_acc,
  691.         const CBioseq& seq, int choice);
  692.     void ValidateIDSetAgainstDb(const CBioseq& seq);
  694.     void CheckForPubOnBioseq(const CBioseq& seq);
  695.     void CheckForBiosourceOnBioseq(const CBioseq& seq);
  696.     void CheckForMolinfoOnBioseq(const CBioseq& seq);
  697.     void CheckTpaHistory(const CBioseq& seq);
  699.     TSeqPos GetDataLen(const CSeq_inst& inst);
  700.     bool CdError(const CBioseq_Handle& bsh);
  701.     bool IsMrna(const CBioseq_Handle& bsh);
  702.     bool IsPrerna(const CBioseq_Handle& bsh);
  703.     size_t NumOfIntervals(const CSeq_loc& loc);
  704.     bool LocOnSeg(const CBioseq& seq, const CSeq_loc& loc);
  705.     bool NotPeptideException(const CFeat_CI& curr, const CFeat_CI& prev);
  706.     bool IsSameSeqAnnot(const CFeat_CI& fi1, const CFeat_CI& fi2);
  707.     bool IsSameSeqAnnotDesc(const CFeat_CI& fi1, const CFeat_CI& fi2);
  708.     bool IsIdIn(const CSeq_id& id, const CBioseq& seq);
  709.     bool SuppressTrailingXMsg(const CBioseq& seq);
  710.     bool GetLocFromSeq(const CBioseq& seq, CSeq_loc* loc);
  711.     bool IsDifferentDbxrefs(const TDbtags& dbxref1,
  712.                             const TDbtags& dbxref2);
  713.     bool IsHistAssemblyMissing(const CBioseq& seq);
  714.     bool IsFlybaseDbxrefs(const TDbtags& dbxrefs);
  715.     bool GraphsOnBioseq(const CBioseq& seq) const;
  716.     bool IsOtherDNA(const CBioseq& seq) const;
  717.     bool IsSynthetic(const CBioseq& seq) const;
  718.     bool x_IsArtificial(const CBioseq& seq) const;
  719.     bool x_IsActiveFin(const CBioseq& seq) const;
  720.     bool x_IsMicroRNA(const CBioseq& seq) const;
  721.     bool x_IsDeltaLitOnly(const CSeq_inst& inst) const;
  723.     size_t x_CountAdjacentNs(const CSeq_literal& lit);
  725.     // data
  726.     size_t m_TpaWithHistory;
  727.     size_t m_TpaWithoutHistory;
  728. };
  731. // =============================  Validate SeqFeat  ============================
  734. class CValidError_feat : private CValidError_base
  735. {
  736. public:
  737.     CValidError_feat(CValidError_imp& imp);
  738.     virtual ~CValidError_feat(void);
  740.     void ValidateSeqFeat(const CSeq_feat& feat);
  742.     size_t GetNumGenes    (void) const { return m_NumGenes; }
  743.     size_t GetNumGeneXrefs(void) const { return m_NumGeneXrefs; }
  745. private:
  746.     void ValidateSeqFeatData(const CSeqFeatData& data, const CSeq_feat& feat);
  747.     void ValidateSeqFeatProduct(const CSeq_loc& prod, const CSeq_feat& feat);
  748.     void ValidateGene(const CGene_ref& gene, const CSeq_feat& feat);
  749.     void ValidateGeneXRef(const CSeq_feat& feat);
  750.     void ValidateOperon(const CSeq_feat& feat);
  752.     void ValidateCdregion(const CCdregion& cdregion, const CSeq_feat& obj);
  753.     void ValidateCdTrans(const CSeq_feat& feat);
  754.     void ValidateCdsProductId(const CSeq_feat& feat);
  755.     void ValidateCdConflict(const CCdregion& cdregion, const CSeq_feat& feat);
  756.     void ReportCdTransErrors(const CSeq_feat& feat,
  757.         bool show_stop, bool got_stop, bool no_end, int ragged);
  758.     void ValidateSplice(const CSeq_feat& feat, bool check_all);
  759.     void ValidateBothStrands(const CSeq_feat& feat);
  760.     void ValidateCommonCDSProduct(const CSeq_feat& feat);
  761.     void ValidateBadMRNAOverlap(const CSeq_feat& feat);
  762.     void ValidateBadGeneOverlap(const CSeq_feat& feat);
  763.     void ValidateCDSPartial(const CSeq_feat& feat);
  764.     void ValidateCodeBreakNotOnCodon(const CSeq_feat& feat,const CSeq_loc& loc,
  765.                                      const CCdregion& cdregion);
  767.     void ValidateProt(const CProt_ref& prot, const CSerialObject& obj);
  769.     void ValidateRna(const CRNA_ref& rna, const CSeq_feat& feat);
  770.     void ValidateTrnaCodons(const CTrna_ext& trna, const CSeq_feat& feat);
  771.     void ValidateMrnaTrans(const CSeq_feat& feat);
  772.     void ValidateCommonMRNAProduct(const CSeq_feat& feat);
  773.     void ValidateRnaProductType(const CRNA_ref& rna, const CSeq_feat& feat);
  775.     void ValidateImp(const CImp_feat& imp, const CSeq_feat& feat);
  776.     void ValidateImpGbquals(const CImp_feat& imp, const CSeq_feat& feat);
  777.     void ValidatePeptideOnCodonBoundry(const CSeq_feat& feat, 
  778.         const string& key);
  780.     void ValidateFeatPartialness(const CSeq_feat& feat);
  781.     void ValidateExcept(const CSeq_feat& feat);
  782.     void ValidateExceptText(const string& text, const CSeq_feat& feat);
  784.     void ValidateFeatCit(const CPub_set& cit, const CSeq_feat& feat);
  785.     void ValidateFeatComment(const string& comment, const CSeq_feat& feat);
  786.     void ValidateFeatBioSource(const CBioSource& bsrc, const CSeq_feat& feat);
  788.     bool IsPlastid(int genome);
  789.     bool IsOverlappingGenePseudo(const CSeq_feat& feat);
  790.     unsigned char Residue(unsigned char res);
  791.     int  CheckForRaggedEnd(const CSeq_loc&, const CCdregion& cdr);
  792.     bool SuppressCheck(const string& except_text);
  793.     string MapToNTCoords(const CSeq_feat& feat, const CSeq_loc& product,
  794.         TSeqPos pos);
  796.     bool IsPartialAtSpliceSite(const CSeq_loc& loc, unsigned int errtype);
  797.     bool IsTransgenic(const CBioSource& bsrc);
  798.     bool IsSameAsCDS(const CSeq_feat& feat);
  799.     bool IsCDDFeat(const CSeq_feat& feat) const;
  801.     // data
  802.     size_t m_NumGenes;
  803.     size_t m_NumGeneXrefs;
  804. };
  807. // =============================  Validate SeqDesc  ============================
  810. class CValidError_desc : private CValidError_base
  811. {
  812. public:
  813.     CValidError_desc(CValidError_imp& imp);
  814.     virtual ~CValidError_desc(void);
  816.     void ValidateSeqDesc(const CSeqdesc& desc);
  818. private:
  820.     void ValidateComment(const string& comment, const CSeqdesc& desc);
  821.     void ValidateUser(const CUser_object& usr, const CSeqdesc& desc);
  822.     void ValidateMolInfo(const CMolInfo& minfo, const CSeqdesc& desc);
  823. };
  826. // ============================  Validate SeqAlign  ============================
  829. class CValidError_align : private CValidError_base
  830. {
  831. public:
  832.     CValidError_align(CValidError_imp& imp);
  833.     virtual ~CValidError_align(void);
  835.     void ValidateSeqAlign(const CSeq_align& align);
  837. private:
  838.     typedef CSeq_align::C_Segs::TDendiag    TDendiag;
  839.     typedef CSeq_align::C_Segs::TDenseg     TDenseg;
  840.     typedef CSeq_align::C_Segs::TPacked     TPacked;
  841.     typedef CSeq_align::C_Segs::TStd        TStd;
  842.     typedef CSeq_align::C_Segs::TDisc       TDisc;
  844.     void x_ValidateDendiag(const TDendiag& dendiags, const CSeq_align& align);
  845.     void x_ValidateDenseg(const TDenseg& denseg, const CSeq_align& align);
  846.     void x_ValidateStd(const TStd& stdsegs, const CSeq_align& align);
  847.     void x_ValidatePacked(const TPacked& packed, const CSeq_align& align);
  848.     size_t x_CountBits(const CPacked_seg::TPresent& present);
  850.     // Check if dimension is valid
  851.     template <typename T>
  852.     bool x_ValidateDim(T& obj, const CSeq_align& align, size_t part = 0);
  854.     // Check if the  strand is consistent in SeqAlignment of global 
  855.     // or partial type
  856.     void x_ValidateStrand(const TDenseg& denseg, const CSeq_align& align);
  857.     void x_ValidateStrand(const TPacked& packed, const CSeq_align& align);
  858.     void x_ValidateStrand(const TStd& std_segs, const CSeq_align& align);
  860.     // Check if an alignment is FASTA-like. 
  861.     // Alignment is FASTA-like if all gaps are at the end with dimensions > 2.
  862.     void x_ValidateFastaLike(const TDenseg& denseg, const CSeq_align& align);
  863.     void x_ValidateFastaLike(const TPacked& packed, const CSeq_align& align);
  864.     void x_ValidateFastaLike(const TStd& std_segs, const CSeq_align& align);
  866.     // Check if there is a gap for all sequences in a segment.
  867.     void x_ValidateSegmentGap(const TDenseg& denseg, const CSeq_align& align);
  868.     void x_ValidateSegmentGap(const TPacked& packed, const CSeq_align& align);
  869.     void x_ValidateSegmentGap(const TStd& std_segs, const CSeq_align& align);
  871.     // Validate SeqId in sequence alignment.
  872.     void x_ValidateSeqId(const CSeq_align& align);
  873.     void x_GetIds(const CSeq_align& align, vector< CRef< CSeq_id > >& ids);
  875.     // Check segment length, start and end point in Dense_seg, Dense_diag 
  876.     // and Std_seg
  877.     void x_ValidateSeqLength(const TDenseg& denseg, const CSeq_align& align);
  878.     void x_ValidateSeqLength(const TPacked& packed, const CSeq_align& align);
  879.     void x_ValidateSeqLength(const TStd& std_segs, const CSeq_align& align);
  880.     void x_ValidateSeqLength(const CDense_diag& dendiag, size_t dendiag_num,
  881.         const CSeq_align& align);
  882. };
  885. // ============================  Validate SeqGraph  ============================
  888. class CValidError_graph : private CValidError_base
  889. {
  890. public:
  891.     CValidError_graph(CValidError_imp& imp);
  892.     virtual ~CValidError_graph(void);
  894.     void ValidateSeqGraph(const CSeq_graph& graph);
  896.     SIZE_TYPE GetNumMisplacedGraphs(void) const { return m_NumMisplaced; }
  898. private:
  899.     bool x_IsMisplaced(const CSeq_graph& graph);
  901.     SIZE_TYPE   m_NumMisplaced;
  902. };
  905. // ============================  Validate SeqAnnot  ============================
  908. class CValidError_annot : private CValidError_base
  909. {
  910. public:
  911.     CValidError_annot(CValidError_imp& imp);
  912.     virtual ~CValidError_annot(void);
  914.     void ValidateSeqAnnot(const CSeq_annot& annot);
  915. private:
  916. };
  919. // ============================  Validate SeqDescr  ============================
  922. class CValidError_descr : private CValidError_base
  923. {
  924. public:
  925.     CValidError_descr(CValidError_imp& imp);
  926.     virtual ~CValidError_descr(void);
  928.     void ValidateSeqDescr(const CSeq_descr& descr);
  929. private:
  930. };
  933. END_SCOPE(validator)
  934. END_SCOPE(objects)
  935. END_NCBI_SCOPE
  938. /*
  939. * ===========================================================================
  940. *
  941. * $Log: validatorp.hpp,v $
  942. * Revision 1000.3  2004/06/01 19:47:42  gouriano
  943. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.64
  944. *
  945. * Revision 1.64  2004/05/10 13:56:22  shomrat
  946. * Use CSeq_feat_Handle instead of FeatAnnotMap
  947. *
  948. * Revision 1.63  2004/05/10 13:20:11  shomrat
  949. * + methods for validation of abutting UTRs
  950. *
  951. * Revision 1.62  2004/04/27 18:40:50  shomrat
  952. * ProtWithoutFullRef report CDS feature instead of protein bioseq
  953. *
  954. * Revision 1.61  2004/04/23 16:26:35  shomrat
  955. * Use sequence::GetNucleotideParent() instead of GetNucGivenProt()
  956. *
  957. * Revision 1.60  2004/03/25 18:32:26  shomrat
  958. * + ValidatemRNABioseqContext()
  959. *
  960. * Revision 1.59  2004/03/19 14:48:14  shomrat
  961. * + SEQ_FEAT_PartialsInconsistent
  962. *
  963. * Revision 1.58  2004/03/10 21:23:09  shomrat
  964. * + SEQ_DESCR_UnwantedCompleteFlag
  965. *
  966. * Revision 1.57  2004/03/01 18:39:21  shomrat
  967. * Added alternative start codon error
  968. *
  969. * Revision 1.56  2004/02/25 15:52:51  shomrat
  970. * Added CollidingLocusTags error
  971. *
  972. * Revision 1.55  2004/01/16 20:08:14  shomrat
  973. * Added LocusTagProblem error
  974. *
  975. * Revision 1.54  2004/01/12 20:24:42  shomrat
  976. * Added ValidateCitSub
  977. *
  978. * Revision 1.53  2003/12/17 19:15:19  shomrat
  979. * declarations for graph packaging problem test
  980. *
  981. * Revision 1.52  2003/12/16 17:34:48  shomrat
  982. * Added SEQ_INST_SeqLocLength
  983. *
  984. * Revision 1.51  2003/12/16 16:18:40  shomrat
  985. * Added ValidateCdConflict
  986. *
  987. * Revision 1.50  2003/11/14 15:55:48  shomrat
  988. * added TPA history check
  989. *
  990. * Revision 1.49  2003/11/12 20:30:24  shomrat
  991. * added error code for multiple cds on mRNA bioseq
  992. *
  993. * Revision 1.48  2003/10/27 17:00:37  shomrat
  994. * changed signature of ValidatePubArticle
  995. *
  996. * Revision 1.47  2003/10/27 14:53:57  shomrat
  997. * added eErr_SEQ_FEAT_UTRdoesNotAbutCDS
  998. *
  999. * Revision 1.46  2003/10/27 14:14:11  shomrat
  1000. * added eErr_SEQ_INST_SeqLitGapLength0
  1001. *
  1002. * Revision 1.45  2003/10/24 17:56:07  shomrat
  1003. * added ValidateOperon
  1004. *
  1005. * Revision 1.44  2003/10/20 18:30:43  shomrat
  1006. * added x_IsArtificial
  1007. *
  1008. * Revision 1.43  2003/10/20 16:08:55  shomrat
  1009. * genes and gene xrefs counters
  1010. *
  1011. * Revision 1.42  2003/10/13 18:44:02  shomrat
  1012. * Added error code for bad tRNA amino acid
  1013. *
  1014. * Revision 1.41  2003/10/01 22:42:45  ucko
  1015. * Actually declare CValidError_feat::IsCDDFeat....
  1016. *
  1017. * Revision 1.40  2003/09/23 13:25:55  shomrat
  1018. * Added IsDeltaSeqOnly test
  1019. *
  1020. * Revision 1.39  2003/09/22 20:23:33  shomrat
  1021. * Added x_IsMicroRNA
  1022. *
  1023. * Revision 1.38  2003/09/03 18:25:09  shomrat
  1024. * added SEQ_DESCR_RefGeneTrackingWithoutStatus
  1025. *
  1026. * Revision 1.37  2003/08/06 15:05:42  shomrat
  1027. * Added test for adjacent Ns in Seq-literal
  1028. *
  1029. * Revision 1.36  2003/07/24 20:16:18  vasilche
  1030. * Fixed typedefs for dbxref: list<CRef<CDbtag>> -> vector<CRef<CDbtag>>
  1031. *
  1032. * Revision 1.35  2003/07/21 21:18:19  shomrat
  1033. * Added eErr_SEQ_FEAT_MissingLocation
  1034. *
  1035. * Revision 1.34  2003/07/15 18:26:43  shomrat
  1036. * Added x_IsActiveFin
  1037. *
  1038. * Revision 1.33  2003/07/02 21:03:38  shomrat
  1039. * Added ValidateCDSPartial
  1040. *
  1041. * Revision 1.32  2003/06/27 18:53:20  shomrat
  1042. * Changed ValidateDbxref definition
  1043. *
  1044. * Revision 1.31  2003/06/19 15:34:09  shomrat
  1045. * Added IsOtherDNA and IsSynthetic
  1046. *
  1047. * Revision 1.30  2003/06/02 16:06:43  dicuccio
  1048. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  1049. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  1050. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  1051. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  1052. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  1053. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  1054. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  1055. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  1056. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  1057. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  1058. * replaces the three libmmdb? libs.
  1059. *
  1060. * Revision 1.29  2003/05/28 16:23:45  shomrat
  1061. * Minor corrections.
  1062. *
  1063. * Revision 1.28  2003/05/05 15:35:45  shomrat
  1064. * Added ValidateCdsProductId
  1065. *
  1066. * Revision 1.27  2003/04/29 14:55:09  shomrat
  1067. * Added SeqAlign validation
  1068. *
  1069. * Revision 1.26  2003/04/24 16:16:00  vasilche
  1070. * Added missing includes and forward class declarations.
  1071. *
  1072. * Revision 1.25  2003/04/15 14:53:32  shomrat
  1073. * Added a progress callback mechanism
  1074. *
  1075. * Revision 1.24  2003/04/10 19:25:07  shomrat
  1076. * Added ValidateMolTypeContext
  1077. *
  1078. * Revision 1.23  2003/04/07 14:56:09  shomrat
  1079. * Added Seq-loc ids validation
  1080. *
  1081. * Revision 1.22  2003/04/04 18:39:17  shomrat
  1082. * Added Internal Exception error and tests for the availabilty of the sequence
  1083. *
  1084. * Revision 1.21  2003/03/31 14:41:21  shomrat
  1085. * $id: -> $id$
  1086. *
  1087. * Revision 1.20  2003/03/28 16:28:53  shomrat
  1088. * Added Seq-graph tests related methods
  1089. *
  1090. * Revision 1.19  2003/03/21 21:12:17  shomrat
  1091. * Added eErr_SEQ_DESCR_UnnecessaryBioSourceFocus; Change to signature of ValidateOrgContext
  1092. *
  1093. * Revision 1.18  2003/03/21 19:37:04  shomrat
  1094. * Added IsNucAcc and IsFlybaseDbxrefs
  1095. *
  1096. * Revision 1.17  2003/03/21 16:21:46  shomrat
  1097. * Added ValidateIDSetAgainstDb
  1098. *
  1099. * Revision 1.16  2003/03/20 18:55:28  shomrat
  1100. * Added validation of standalone Seq-annot objects
  1101. *
  1102. * Revision 1.15  2003/02/24 20:16:41  shomrat
  1103. * Holds refernce to the CValidError object, and not the internal TErrs
  1104. *
  1105. * Revision 1.14  2003/02/14 21:46:20  shomrat
  1106. * Added methods to check Bioseqs with no MolInfo
  1107. *
  1108. * Revision 1.13  2003/02/12 17:40:35  shomrat
  1109. * Added function for SEQ_DESCR checks
  1110. *
  1111. * Revision 1.12  2003/02/07 21:09:43  shomrat
  1112. * Added eErr_SEQ_INST_TerminalNs; Added helper methods
  1113. *
  1114. * Revision 1.11  2003/02/03 20:18:14  shomrat
  1115. * Added flag to skip performance bottlenecks (for testing)
  1116. *
  1117. * Revision 1.10  2003/02/03 17:08:48  shomrat
  1118. * Changed return value for GetCDSGivenProduct
  1119. *
  1120. * Revision 1.9  2003/01/29 21:55:19  shomrat
  1121. * Added check for et al
  1122. *
  1123. * Revision 1.8  2003/01/24 20:39:40  shomrat
  1124. * Added history validation for bioseq
  1125. *
  1126. * Revision 1.7  2003/01/21 20:20:43  shomrat
  1127. * Added private methods to facilitate the PubDesc Validation
  1128. *
  1129. * Revision 1.6  2003/01/10 16:31:23  shomrat
  1130. * Added private functions to CValidError_feat
  1131. *
  1132. * Revision 1.5  2003/01/08 18:35:31  shomrat
  1133. * Added mapping features to their enclosing annotation
  1134. *
  1135. * Revision 1.4  2003/01/02 21:57:21  shomrat
  1136. * Add eErr_SEQ_FEAT_BadProductSeqId error; Chenges in (mostly private) interfaces of validation classes
  1137. *
  1138. * Revision 1.3  2002/12/24 16:52:15  shomrat
  1139. * Changes to include directives
  1140. *
  1141. * Revision 1.2  2002/12/23 20:09:02  shomrat
  1142. * Added static functions as private members; Added base class for specific validation classes
  1143. *
  1144. *
  1145. * ===========================================================================
  1146. */
  1148. #endif  /* VALIDATOR___VALIDATORP__HPP */