生物技术

开发平台：
C/C++

seqdbimpl.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: seqdbimpl.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/15 15:06:02  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.18
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBIMPL_HPP
#define OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBIMPL_HPP
/*  $Id: seqdbimpl.hpp,v 1000.0 2004/04/15 15:06:02 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
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 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 *
 * Author:  Kevin Bealer
 *
 */
/// CSeqDBImpl class
/// 
/// This is the main implementation layer of the CSeqDB class.  This
/// is seperated from that class so that various implementation
/// details of CSeqDB are kept from the public interface.
#include "seqdbmempool.hpp"
#include "seqdbvolset.hpp"
#include "seqdbalias.hpp"
#include "seqdboidlist.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
using namespace ncbi::objects;
class CSeqDBImpl {
public:
    CSeqDBImpl(const string & db_name_list,
               char           prot_nucl,
               Uint4          oid_begin,
               Uint4          oid_end,
               bool           use_mmap);
    
    ~CSeqDBImpl(void);
    
    Uint4 GetSeqLength(Uint4 oid) const;
    
    Uint4 GetSeqLengthApprox(Uint4 oid) const;
    
    CRef<CBlast_def_line_set> GetHdr(Uint4 oid) const;
    
    char GetSeqType(void) const;
    
    CRef<CBioseq> GetBioseq(Uint4 oid,
                            bool  use_objmgr,
                            bool  insert_ctrlA) const;
    
    Uint4 GetSequence(Uint4 oid, const char ** buffer) const;
    
    Uint4 GetAmbigSeq(Uint4            oid,
                      char         ** buffer,
                      Uint4           nucl_code,
                      ESeqDBAllocType strategy) const;
    
    void RetSequence(const char ** buffer) const;
    
    list< CRef<CSeq_id> > GetSeqIDs(Uint4 oid) const;
    
    string GetTitle(void) const;
    
    string GetDate(void) const;
    
    Uint4 GetNumSeqs(void) const;
    
    Uint8 GetTotalLength(void) const;
    
    Uint4 GetMaxLength(void) const;
    
    bool CheckOrFindOID(Uint4 & next_oid) const;
    
    const string & GetDBNameList(void) const;
    
private:
    string x_FixString(const string &) const;
    
    string                m_DBNames;
    mutable CSeqDBMemPool m_MemPool;
    CSeqDBAliasFile       m_Aliases;
    CSeqDBVolSet          m_VolSet;
    CRef<CSeqDBOIDList>   m_OIDList;
    Uint4                 m_RestrictBegin;
    Uint4                 m_RestrictEnd;
};
END_NCBI_SCOPE
#endif // OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBIMPL_HPP

						