生物技术

开发平台：
C/C++

seqdboidlist.hpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: seqdboidlist.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/15 15:06:17  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.6
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBOIDLIST_HPP
#define OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBOIDLIST_HPP
/*  $Id: seqdboidlist.hpp,v 1000.0 2004/04/15 15:06:17 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 *
 * Author:  Kevin Bealer
 *
 */
/// CSeqDBOIDList class
/// 
/// This object defines access to one database aliasume.
#include <objtools/readers/seqdb/seqdb.hpp>
#include "seqdbfile.hpp"
#include "seqdbvolset.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
using namespace ncbi::objects;
class CSeqDBOIDList : public CObject {
public:
    typedef Uint4 TOID;
    
    CSeqDBOIDList(CSeqDBVolSet & volumes, bool use_mmap);
    
    ~CSeqDBOIDList();
    
    bool CheckOrFindOID(TOID & next_oid) const
    {
        if (x_IsSet(next_oid)) {
            return true;
        }
        return x_FindNext(next_oid);
    }
    
private:
    typedef const unsigned char TCUC;
    typedef unsigned char TUC;
    
    bool x_IsSet   (TOID   oid) const;
    void x_SetBit  (TOID   oid);
    bool x_FindNext(TOID & oid) const;
    
    void x_Setup(const string & filename, bool use_mmap);
    void x_Setup(CSeqDBVolSet & volset, bool use_mmap);
    void x_OrFileBits(const string & mask_fname, Uint4 oid_start, Uint4 oid_end, bool use_mmap);
    void x_SetBitRange(Uint4 oid_start, Uint4 oid_end);
    
    // Data
    
    CSeqDBMemPool         m_MemPool;
    CRef<CSeqDBRawFile>   m_RawFile;
    Uint4                 m_NumOIDs;
    
    TUC                 * m_Bits;
    TUC                 * m_BitEnd;
};
END_NCBI_SCOPE
#endif // OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBOIDLIST_HPP

						