seqdbvol.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seqdbvol.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/15 15:06:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.11
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBVOL_HPP
  10. #define OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBVOL_HPP
  11. /*  $Id: seqdbvol.hpp,v 1000.0 2004/04/15 15:06:27 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Author:  Kevin Bealer
  37.  *
  38.  */
  39. /// CSeqDBVol class
  40. /// 
  41. /// This object defines access to one database volume.
  42. #include <iostream>
  43. #include <objtools/readers/seqdb/seqdb.hpp>
  44. #include "seqdbfile.hpp"
  45. #include <sstream>
  46. #include <objects/seq/NCBI2na.hpp>
  47. #include <objects/seq/NCBI4na.hpp>
  48. #include <objects/seq/NCBIstdaa.hpp>
  49. #include <objects/seq/Seq_data.hpp>
  50. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  51. #include <objects/seq/Seqdesc.hpp>
  52. #include <objects/seq/Seq_inst.hpp>
  53. #include <serial/objistr.hpp>
  54. #include <serial/serial.hpp>
  55. #include <corelib/ncbimtx.hpp>
  56. BEGIN_NCBI_SCOPE
  57. using namespace ncbi::objects;
  58. class CSeqDBVol : public CObject {
  59. public:
  60.     CSeqDBVol(CSeqDBMemPool & mempool,
  61.               const string  & name,
  62.               char            prot_nucl,
  63.               bool            use_mmap)
  64.         : m_MemPool(mempool),
  65.           m_VolName(name),
  66.           m_Idx(mempool, name, prot_nucl, use_mmap),
  67.           m_Seq(mempool, name, prot_nucl, use_mmap),
  68.           m_Hdr(mempool, name, prot_nucl, use_mmap)
  69.     {
  70.     }
  71.     
  72.     Int4 GetSeqLength(Uint4 oid, bool approx) const;
  73.     
  74.     Int4 GetSeqLengthApprox(Uint4 oid) const;
  75.     
  76.     CRef<CBlast_def_line_set> GetHdr(Uint4 oid) const;
  77.     
  78.     char GetSeqType(void) const;
  79.     
  80.     CRef<CBioseq> GetBioseq(Int4 oid,
  81.                             bool use_objmgr,
  82.                             bool insert_ctrlA) const;
  83.     
  84.     Int4 GetSequence(Int4 oid, const char ** buffer) const;
  85.     
  86.     Int4 GetAmbigSeq(Int4            oid,
  87.                      char         ** buffer,
  88.                      Uint4           nucl_code,
  89.                      ESeqDBAllocType alloc_type) const;
  90.     
  91.     list< CRef<CSeq_id> > GetSeqIDs(Uint4 oid) const;
  92.     
  93.     string GetTitle(void) const;
  94.     
  95.     string GetDate(void) const;
  96.     
  97.     Uint4  GetNumSeqs(void) const;
  98.     
  99.     Uint8  GetTotalLength(void) const;
  100.     
  101.     Uint4  GetMaxLength(void) const;
  102.     
  103.     string GetVolName(void) const
  104.     {
  105.         return m_VolName;
  106.     }
  107.     
  108. private:
  109.     CRef<CBlast_def_line_set> x_GetHdr(Uint4 oid) const;
  110.     char   x_GetSeqType(void) const;
  111.     bool   x_GetAmbChar(Uint4 oid, vector<Int4> ambchars) const;
  112.     Int4   x_GetSequence(Int4 oid, const char ** buffer) const;
  113.     Int4   x_GetAmbigSeq(Int4            oid,
  114.                          char         ** buffer,
  115.                          Uint4           nucl_code,
  116.                          ESeqDBAllocType alloc_type) const;
  117.     
  118.     char * x_AllocType(Uint4           length,
  119.                        ESeqDBAllocType alloc_type) const;
  120.     
  121.     CSeqDBMemPool      & m_MemPool;
  122.     string               m_VolName;
  123.     mutable CFastMutex   m_Lock;
  124.     CSeqDBIdxFile        m_Idx;
  125.     CSeqDBSeqFile        m_Seq;
  126.     CSeqDBHdrFile        m_Hdr;
  127. };
  128. END_NCBI_SCOPE
  129. #endif // OBJTOOLS_READERS_SEQDB__SEQDBVOL_HPP