开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
flat_reference.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：21k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

flat_reference.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: flat_reference.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:43:28  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: flat_reference.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:43:28 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   new (early 2003) flat-file generator -- bibliographic references
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <objtools/flat/flat_formatter.hpp>
  46. #include <serial/iterator.hpp>
  48. #include <objects/biblio/biblio__.hpp>
  49. #include <objects/general/Name_std.hpp>
  50. #include <objects/general/Person_id.hpp>
  51. #include <objects/medline/Medline_entry.hpp>
  52. #include <objects/pub/pub__.hpp>
  53. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  54. #include <objects/seqloc/Patent_seq_id.hpp>
  56. #include <objmgr/impl/annot_object.hpp>
  57. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  59. #include <algorithm>
  61. BEGIN_NCBI_SCOPE
  62. BEGIN_SCOPE(objects)
  65. static void s_FormatAffil(const CAffil& affil, string& result)
  66. {
  67.     if (affil.IsStr()) {
  68.         result = affil.GetStr();
  69.     } else {
  70.         result.erase();
  71.         const CAffil::C_Std& std = affil.GetStd();
  72.         if (std.IsSetDiv()) {
  73.             result = std.GetDiv();
  74.         }
  75.         if (std.IsSetAffil()) {
  76.             if (!result.empty()) {
  77.                 result += ", ";
  78.             }
  79.             result += std.GetAffil();
  80.         }
  81.         if (std.IsSetStreet()) {
  82.             if (!result.empty()) {
  83.                 result += ", ";
  84.             }
  85.             result += std.GetStreet();
  86.         }
  87.         if (std.IsSetCity()) {
  88.             if (!result.empty()) {
  89.                 result += ", ";
  90.             }
  91.             result += std.GetCity();
  92.         }
  93.         if (std.IsSetSub()) {
  94.             if (!result.empty()) {
  95.                 result += ", ";
  96.             }
  97.             result += std.GetSub();
  98.         }
  99.         if (std.IsSetPostal_code()) {
  100.             if (!result.empty()) {
  101.                 result += " ";
  102.             }
  103.             result += std.GetPostal_code();
  104.         }
  105.         if (std.IsSetCountry()) {
  106.             if (!result.empty()) {
  107.                 result += ", ";
  108.             }
  109.             result += std.GetCountry();
  110.         }
  111. #if 0 // not in C version...
  112.         if (std.IsSetFax()) {
  113.             if (!result.empty()) {
  114.                 result += "; ";
  115.             }
  116.             result += "Fax: " + std.GetFax();
  117.         }
  118.         if (std.IsSetPhone()) {
  119.             if (!result.empty()) {
  120.                 result += "; ";
  121.             }
  122.             result += "Phone: " + std.GetPhone();
  123.         }
  124.         if (std.IsSetEmail()) {
  125.             if (!result.empty()) {
  126.                 result += "; ";
  127.             }
  128.             result += "E-mail: " + std.GetEmail();
  129.         }
  130. #endif
  131.     }
  132. }
  135. CFlatReference::CFlatReference(const CPubdesc& pub, const CSeq_loc* loc,
  136.                                const CFlatContext& ctx)
  137.     : m_Pubdesc(&pub), m_Loc(loc), m_Category(eUnknown), m_Serial(0)
  138. {
  139.     ITERATE (CPub_equiv::Tdata, it, pub.GetPub().Get()) {
  140.         x_Init(**it, ctx);
  141.     }
  142.     if (m_Date.NotEmpty()  &&  m_Date->IsStd()) {
  143.         m_StdDate = &m_Date->GetStd();
  144.     } else {
  145.         // complain?
  146.         m_StdDate = new CDate_std(CTime::eEmpty);
  147.     }
  148. }
  151. void CFlatReference::Sort(vector<CRef<CFlatReference> >& v, CFlatContext& ctx)
  152. {
  153.     // XXX -- implement!
  155.     // assign final serial numbers
  156.     for (unsigned int i = 0;  i < v.size();  ++i) {
  157.         v[i]->m_Serial = i + 1;
  158.     }
  159. }
  162. string CFlatReference::GetRange(const CFlatContext& ctx) const
  163. {
  164.     bool is_embl = ctx.GetFormatter().GetDatabase() == IFlatFormatter::eDB_EMBL;
  165.     if (is_embl  &&  m_Loc.Empty()) {
  166.         return kEmptyStr;
  167.     }
  168.     CNcbiOstrstream oss;
  169.     if ( !is_embl ) {
  170.         oss << "  (" << ctx.GetUnits(false) << ' ';
  171.     }
  172.     string delim;
  173.     const char* to = is_embl ? "-" : " to ";
  174.     for (CSeq_loc_CI it(m_Loc ? *m_Loc : ctx.GetLocation());  it;  ++it) {
  175.         CSeq_loc_CI::TRange range = it.GetRange();
  176.         if (it.IsWhole()) {
  177.             range.SetTo(sequence::GetLength(it.GetSeq_id(),
  178.                                             &ctx.GetHandle().GetScope())
  179.                         - 1);
  180.         }
  181.         if (it.IsPoint()) {
  182.             oss << range.GetFrom() + 1;
  183.         } else {
  184.             oss << delim << range.GetFrom() + 1 << to << range.GetTo() + 1;
  185.         }
  186.         delim = ", ";
  187.     }
  188.     if ( !is_embl ) {
  189.         oss << ')';
  190.     }
  191.     return CNcbiOstrstreamToString(oss);
  192. }
  195. void CFlatReference::GetTitles(string& title, string& journal,
  196.                                const CFlatContext& ctx) const
  197. {
  198.     // XXX - kludged for now (should move more logic from x_Init to here)
  199.     title = m_Title;
  200.     if (m_Journal.empty()) {
  201.         // complain?
  202.         return;
  203.     }
  205.     if (ctx.GetFormatter().GetDatabase() == IFlatFormatter::eDB_EMBL) {
  206.         if (m_Category == CFlatReference::eSubmission) {
  207.             journal = "Submitted ";
  208.             if (m_Date) {
  209.                 journal += '(';
  210.                 ctx.GetFormatter().FormatDate(*m_Date, journal);
  211.                 journal += ") ";
  212.             }
  213.             journal += "to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.n" + m_Journal;
  214.         } else {
  215.             journal = m_Journal;
  216.             if ( !m_Volume.empty() ) {
  217.                 journal += " " + m_Volume;
  218.             }
  219.             if ( !m_Pages.empty()) {
  220.                 journal += ":" + m_Pages;
  221.             }
  222.             if (m_Date) {
  223.                 journal += '(';
  224.                 m_Date->GetDate(&journal, "%Y");
  225.                 journal += ").";
  226.             }
  227.         }
  228.     } else { // NCBI or DDBJ
  229.         if (m_Category == CFlatReference::eSubmission) {
  230.             journal = "Submitted ";
  231.             if (m_Date) {
  232.                 journal += '(';
  233.                 ctx.GetFormatter().FormatDate(*m_Date, journal);
  234.                 journal += ") ";
  235.             }
  236.             journal += m_Journal;
  237.         } else {
  238.             journal = m_Journal;
  239.             if ( !m_Volume.empty() ) {
  240.                 journal += " " + m_Volume;
  241.             }
  242.             if ( !m_Issue.empty() ) {
  243.                 journal += " (" + m_Issue + ')';
  244.             }
  245.             if ( !m_Pages.empty()) {
  246.                 journal += ", " + m_Pages;
  247.             }
  248.             if (m_Date) {
  249.                 journal += " (";
  250.                 m_Date->GetDate(&journal, "%Y");
  251.                 journal += ')';
  252.             }
  253.         }
  254.     }
  255. }
  258. // can't go in the header, as IFlatFormatter isn't yet known
  259. void CFlatReference::Format(IFlatFormatter& f) const
  260. {
  261.     f.FormatReference(*this);
  262. }
  265. bool CFlatReference::Matches(const CPub_set& ps) const
  266. {
  267.     // compare IDs
  268.     CTypesConstIterator it;
  269.     CType<CCit_gen>::AddTo(it);
  270.     CType<CMedlineUID>::AddTo(it);
  271.     CType<CMedline_entry>::AddTo(it);
  272.     CType<CPub>::AddTo(it);
  273.     CType<CPubMedId>::AddTo(it);
  275.     for (it = ps;  it;  ++it) {
  276.         if (CType<CCit_gen>::Match(it)) {
  277.             const CCit_gen& gen = *CType<CCit_gen>::Get(it);
  278.             if ((gen.IsSetMuid()  &&  HasMUID(gen.GetMuid()))
  279.                 /* ||  gen.GetSerial_number() == m_Serial */) {
  280.                 return true;
  281.             }
  282.         } else if (CType<CMedlineUID>::Match(it)) {
  283.             if (HasMUID(CType<CMedlineUID>::Get(it)->Get())) {
  284.                 return true;
  285.             }
  286.         } else if (CType<CMedline_entry>::Match(it)) {
  287.             if (HasMUID(CType<CMedline_entry>::Get(it)->GetUid())) {
  288.                 return true;
  289.             }
  290.         } else if (CType<CPub>::Match(it)) {
  291.             const CPub& pub = *CType<CPub>::Get(it);
  292.             if (pub.IsMuid()  &&  HasMUID(pub.GetMuid())) {
  293.                 return true;
  294.             }
  295.         } else if (CType<CPubMedId>::Match(it)) {
  296.             if (HasPMID(CType<CPubMedId>::Get(it)->Get())) {
  297.                 return true;
  298.             }
  299.         }
  300.     }
  302.     return false;
  303. }
  306. void CFlatReference::x_Init(const CPub& pub, const CFlatContext& ctx)
  307. {
  308.     switch (pub.Which()) {
  309.     case CPub::e_Gen:      x_Init(pub.GetGen(), ctx);             break;
  310.     case CPub::e_Sub:      x_Init(pub.GetSub(), ctx);             break;
  311.     case CPub::e_Medline:  x_Init(pub.GetMedline(), ctx);         break;
  312.     case CPub::e_Muid:     m_MUIDs.insert(pub.GetMuid());         break;
  313.     case CPub::e_Article:  x_Init(pub.GetArticle(), ctx);         break;
  314.     case CPub::e_Journal:  x_Init(pub.GetJournal(), ctx);         break;
  315.     case CPub::e_Book:     x_Init(pub.GetBook(), ctx);            break;
  316.     case CPub::e_Proc:     x_Init(pub.GetProc().GetBook(), ctx);  break;
  317.     case CPub::e_Patent:   x_Init(pub.GetPatent(), ctx);          break;
  318.     case CPub::e_Man:      x_Init(pub.GetMan(), ctx);             break;
  319.     case CPub::e_Equiv:
  320.         ITERATE (CPub_equiv::Tdata, it, pub.GetEquiv().Get()) {
  321.             x_Init(**it, ctx);
  322.         }
  323.         break;
  324.     case CPub::e_Pmid:     m_PMIDs.insert(pub.GetPmid());    break;
  325.     default:               break;
  326.     }
  327. }
  330. void CFlatReference::x_Init(const CCit_gen& gen, const CFlatContext& ctx)
  331. {
  332.     if (gen.IsSetCit()
  333.         &&  !NStr::CompareNocase(gen.GetCit(), "unpublished") ) {
  334.         m_Category = eUnpublished;
  335.         m_Journal  = "Unpublished";
  336.     }
  337.     if (gen.IsSetAuthors()) {
  338.         x_AddAuthors(gen.GetAuthors());
  339.     }
  340.     if (gen.IsSetMuid()) {
  341.         m_MUIDs.insert(gen.GetMuid());
  342.     }
  343.     if (gen.IsSetJournal()) {
  344.         x_SetJournal(gen.GetJournal(), ctx);
  345.     }
  346.     if (gen.IsSetVolume()  &&  m_Volume.empty()) {
  347.         m_Volume = gen.GetVolume();
  348.     }
  349.     if (gen.IsSetIssue()  &&  m_Issue.empty()) {
  350.         m_Issue = gen.GetIssue();
  351.     }
  352.     if (gen.IsSetPages()  &&  m_Pages.empty()) {
  353.         m_Pages = gen.GetPages();
  354.     }
  355.     if (gen.IsSetDate()  &&  !m_Date) {
  356.         m_Date = &gen.GetDate();
  357.     }
  358.     if (gen.IsSetSerial_number()  &&  !m_Serial) {
  359.         m_Serial = gen.GetSerial_number();
  360.     }
  361.     if (gen.IsSetTitle()  &&  m_Title.empty()) {
  362.         m_Title = gen.GetTitle();
  363.     }
  364.     if (gen.IsSetPmid()) {
  365.         m_PMIDs.insert(gen.GetPmid());
  366.     }
  367. }
  370. void CFlatReference::x_Init(const CCit_sub& sub, const CFlatContext& /* ctx */)
  371. {
  372.     m_Category = eSubmission;
  373.     x_AddAuthors(sub.GetAuthors());
  374.     if (sub.GetAuthors().IsSetAffil()) {
  375.         s_FormatAffil(sub.GetAuthors().GetAffil(), m_Journal);
  376.     }
  377.     if (sub.IsSetDate()) {
  378.         m_Date = &sub.GetDate();
  379.     } else {
  380.         // complain?
  381.         if (sub.IsSetImp()) {
  382.             m_Date = &sub.GetImp().GetDate();
  383.         }
  384.     }
  385. }
  388. void CFlatReference::x_Init(const CMedline_entry& mle, const CFlatContext& ctx)
  389. {
  390.     m_Category = ePublished;
  391.     if (mle.IsSetUid()) {
  392.         m_MUIDs.insert(mle.GetUid());
  393.     }
  394.     m_Date = &mle.GetEm();
  395.     if (mle.IsSetPmid()) {
  396.         m_PMIDs.insert(mle.GetPmid());
  397.     }
  398.     x_Init(mle.GetCit(), ctx);
  399. }
  402. void CFlatReference::x_Init(const CCit_art& art, const CFlatContext& ctx)
  403. {
  404.     if (art.IsSetTitle()  &&  !art.GetTitle().Get().empty() ) {
  405.         m_Title = art.GetTitle().GetTitle();
  406.     }
  407.     if (art.IsSetAuthors()) {
  408.         x_AddAuthors(art.GetAuthors());
  409.     }
  410.     switch (art.GetFrom().Which()) {
  411.     case CCit_art::C_From::e_Journal:
  412.         x_Init(art.GetFrom().GetJournal(), ctx);
  413.         break;
  414.     case CCit_art::C_From::e_Book:
  415.         x_Init(art.GetFrom().GetBook(), ctx);
  416.         break;
  417.     case CCit_art::C_From::e_Proc:
  418.         x_Init(art.GetFrom().GetProc().GetBook(), ctx);
  419.         break;
  420.     default:
  421.         break;
  422.     }
  423.     if (art.IsSetIds()) {
  424.         ITERATE (CArticleIdSet::Tdata, it, art.GetIds().Get()) {
  425.             switch ((*it)->Which()) {
  426.             case CArticleId::e_Pubmed:
  427.                 m_PMIDs.insert((*it)->GetPubmed());
  428.                 break;
  429.             case CArticleId::e_Medline:
  430.                 m_MUIDs.insert((*it)->GetMedline());
  431.                 break;
  432.             default:
  433.                 break;
  434.             }
  435.         }
  436.     }
  437. }
  440. void CFlatReference::x_Init(const CCit_jour& jour, const CFlatContext& ctx)
  441. {
  442.     x_SetJournal(jour.GetTitle(), ctx);
  443.     x_AddImprint(jour.GetImp(), ctx);
  444. }
  447. void CFlatReference::x_Init(const CCit_book& book, const CFlatContext& ctx)
  448. {
  449.     // XXX -- should add more stuff to m_Journal (exactly what depends on
  450.     // the format and whether this is for an article)
  451.     if ( !book.GetTitle().Get().empty() ) {
  452.         m_Journal = book.GetTitle().GetTitle();
  453.     }
  454.     if (m_Authors.empty()) {
  455.         x_AddAuthors(book.GetAuthors());
  456.     }
  457.     x_AddImprint(book.GetImp(), ctx);
  458. }
  461. void CFlatReference::x_Init(const CCit_pat& pat, const CFlatContext& ctx)
  462. {
  463.     m_Title = pat.GetTitle();
  464.     x_AddAuthors(pat.GetAuthors());
  465.     int seqid = 0;
  466.     ITERATE (CBioseq::TId, it, ctx.GetHandle().GetBioseqCore()->GetId()) {
  467.         if ((*it)->IsPatent()) {
  468.             seqid = (*it)->GetPatent().GetSeqid();
  469.         }
  470.     }
  471.     // XXX - same for EMBL?
  472.     if (pat.IsSetNumber()) {
  473.         m_Category = ePublished;
  474.         m_Journal = "Patent: " + pat.GetCountry() + ' ' + pat.GetNumber()
  475.             + '-' + pat.GetDoc_type() + ' ' + NStr::IntToString(seqid);
  476.         if (pat.IsSetDate_issue()) {
  477.             ctx.GetFormatter().FormatDate(pat.GetDate_issue(), m_Journal);
  478.         }
  479.         m_Journal += ';';
  480.     } else {
  481.         // ...
  482.     }
  483. }
  486. void CFlatReference::x_Init(const CCit_let& man, const CFlatContext& ctx)
  487. {
  488.     x_Init(man.GetCit(), ctx);
  489.     if (man.IsSetType()  &&  man.GetType() == CCit_let::eType_thesis) {
  490.         const CImprint& imp = man.GetCit().GetImp();
  491.         m_Journal = "Thesis (";
  492.         imp.GetDate().GetDate(&m_Journal, "%Y");
  493.         m_Journal += ')';
  494.         if (imp.IsSetPrepub()
  495.             &&  imp.GetPrepub() == CImprint::ePrepub_in_press) {
  496.             m_Journal += ", In press";
  497.         }
  498.         if (imp.IsSetPub()) {
  499.             string affil;
  500.             s_FormatAffil(imp.GetPub(), affil);
  501.             replace(affil.begin(), affil.end(), '"', ''');
  502.             m_Journal += ' ' + affil;
  503.         }
  504.     }
  505. }
  508. static string& s_FixMedlineName(string& s)
  509. {
  510.     SIZE_TYPE space = s.find(' ');
  511.     if (space) {
  512.         s[space] = ',';
  513.         for (SIZE_TYPE i = space + 1;  i < s.size();  ++i) {
  514.             if (s[i] == ' ') {
  515.                 break;
  516.             } else if (isupper(s[i])) {
  517.                 s.insert(++i, 1, ',');
  518.             }
  519.         }
  520.     }
  521.     return s;
  522. }
  525. void CFlatReference::x_AddAuthors(const CAuth_list& auth)
  526. {
  527.     typedef CAuth_list::C_Names TNames;
  528.     const TNames& names = auth.GetNames();
  529.     switch (names.Which()) {
  530.     case TNames::e_Std:
  531.         ITERATE (TNames::TStd, it, names.GetStd()) {
  532.             const CPerson_id& name = (*it)->GetName();
  533.             switch (name.Which()) {
  534.             case CPerson_id::e_Name:
  535.             {
  536.                 const CName_std& ns = name.GetName();
  537.                 string           s  = ns.GetLast();
  538.                 if (ns.IsSetInitials()) {
  539.                     s += ',' + ns.GetInitials();
  540.                 } else if (ns.IsSetFirst()) {
  541.                     s += ',' + ns.GetFirst()[0] + '.';
  542.                     if (ns.IsSetMiddle()) {
  543.                         s += ns.GetMiddle()[0] + '.';
  544.                     }
  545.                 }
  546.                 // suffix?
  547.                 m_Authors.push_back(s);
  548.                 break;
  549.             }
  550.             case CPerson_id::e_Ml:
  551.             {
  552.                 string s = name.GetMl();
  553.                 m_Authors.push_back(s_FixMedlineName(s));
  554.                 break;
  555.             }
  556.             case CPerson_id::e_Str:
  557.                 m_Authors.push_back(name.GetStr());
  558.                 break;
  559.             case CPerson_id::e_Consortium:
  560.                 m_Consortium = name.GetConsortium();
  561.                 break;
  562.             default:
  563.                 // complain?
  564.                 break;
  565.             }
  566.         }
  567.         break;
  569.     case TNames::e_Ml:
  570.         ITERATE (TNames::TMl, it, names.GetMl()) {
  571.             string s = *it;
  572.             m_Authors.push_back(s_FixMedlineName(s));
  573.         }
  574.         break;
  576.     case TNames::e_Str:
  577.         m_Authors.insert(m_Authors.end(),
  578.                          names.GetStr().begin(), names.GetStr().end());
  579.         break;
  581.     default:
  582.         break;
  583.     }
  584. }
  587. void CFlatReference::x_SetJournal(const CTitle& title, const CFlatContext& ctx)
  588. {
  589.     ITERATE (CTitle::Tdata, it, title.Get()) {
  590.         if ((*it)->IsIso_jta()) {
  591.             m_Journal = (*it)->GetIso_jta();
  592.             return;
  593.         }
  594.     }
  595.     if (ctx.GetFormatter().GetMode() == IFlatFormatter::eMode_Release) {
  596.         // complain
  597.     } else if ( !title.Get().empty() ) {
  598.         m_Journal = title.GetTitle();
  599.     }
  600. }
  603. void CFlatReference::x_AddImprint(const CImprint& imp, const CFlatContext& ctx)
  604. {
  605.     if ( !m_Date ) {
  606.         m_Date.Reset(&imp.GetDate());
  607.     }
  608.     if (imp.IsSetVolume()) {
  609.         // add part-sup?
  610.         m_Volume = imp.GetVolume();
  611.     }
  612.     if (imp.IsSetIssue()) {
  613.         // add part-supi?
  614.         m_Issue = imp.GetIssue();
  615.     }
  616.     if (imp.IsSetPages()) {
  617.         m_Pages = imp.GetPages();
  618.         // Restore redundant leading digits of the second number if needed
  619.         SIZE_TYPE digits1 = m_Pages.find_first_not_of("0123456789");
  620.         if (digits1 != 0) {
  621.             SIZE_TYPE hyphen = m_Pages.find('-', digits1);
  622.             if (hyphen != NPOS) {
  623.                 SIZE_TYPE digits2 = m_Pages.find_first_not_of("0123456789",
  624.                                                               hyphen + 1);
  625.                 digits2 -= hyphen + 1;
  626.                 if (digits2 < digits1) {
  627.                     // lengths of the tail portions
  628.                     SIZE_TYPE len1 = hyphen + digits2 - digits1;
  629.                     SIZE_TYPE len2 = m_Pages.size() - hyphen - 1;
  630.                     int x = NStr::strncasecmp(&m_Pages[digits1 - digits2],
  631.                                               &m_Pages[hyphen + 1],
  632.                                               min(len1, len2));
  633.                     if (x > 0  ||  (x == 0  &&  len1 >= len2)) {
  634.                         // complain?
  635.                     } else {
  636.                         m_Pages.insert(hyphen + 1, m_Pages, 0,
  637.                                        digits1 - digits2);
  638.                     }
  639.                 }
  640.             }
  641.         }
  642.     }
  643.     if (imp.IsSetPrepub()  &&  imp.GetPrepub() != CImprint::ePrepub_in_press) {
  644.         m_Category = eUnpublished;
  645.     } else {
  646.         m_Category = ePublished;
  647.     }
  648. }
  651. END_SCOPE(objects)
  652. END_NCBI_SCOPE
  654. /*
  655. * ===========================================================================
  656. *
  657. * $Log: flat_reference.cpp,v $
  658. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:43:28  gouriano
  659. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  660. *
  661. * Revision 1.11  2004/05/21 21:42:53  gorelenk
  662. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  663. *
  664. * Revision 1.10  2003/12/02 19:22:17  ucko
  665. * Properly detect unpublished references, and give them a pseudo-journal
  666. * of Unpublished.
  667. *
  668. * Revision 1.9  2003/06/02 16:06:42  dicuccio
  669. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  670. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  671. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  672. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  673. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  674. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  675. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  676. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  677. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  678. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  679. * replaces the three libmmdb? libs.
  680. *
  681. * Revision 1.8  2003/04/24 16:15:58  vasilche
  682. * Added missing includes and forward class declarations.
  683. *
  684. * Revision 1.7  2003/04/09 20:03:11  ucko
  685. * Fix unsafe assumptions in CFlatReference::Matches.
  686. *
  687. * Revision 1.6  2003/03/28 17:46:21  dicuccio
  688. * Added missing include for CAnnotObject_Info because MSVC gets confused
  689. * otherwise....
  690. *
  691. * Revision 1.5  2003/03/21 18:49:17  ucko
  692. * Turn most structs into (accessor-requiring) classes; replace some
  693. * formerly copied fields with pointers to the original data.
  694. *
  695. * Revision 1.4  2003/03/11 15:37:51  kuznets
  696. * iterate -> ITERATE
  697. *
  698. * Revision 1.3  2003/03/10 22:06:04  ucko
  699. * Explicitly call NotEmpty to avoid a bogus MSVC error.
  700. * Fix a typo that interpreted some MUIDs as PMIDs.
  701. *
  702. * Revision 1.2  2003/03/10 20:18:16  ucko
  703. * Fix broken call to string::insert (caught by Compaq's compiler).
  704. *
  705. * Revision 1.1  2003/03/10 16:39:09  ucko
  706. * Initial check-in of new flat-file generator
  707. *
  708. *
  709. * ===========================================================================
  710. */