开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
flat_head.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：26k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

flat_head.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: flat_head.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:43:17  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: flat_head.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:43:17 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   New (early 2003) flat-file generator -- representation of "header"
  39. *   data, which translates into a format-dependent sequence of paragraphs.
  40. *
  41. * ===========================================================================
  42. */
  44. #include <ncbi_pch.hpp>
  45. #include <objtools/flat/flat_head.hpp>
  47. #include <corelib/ncbiutil.hpp>
  48. #include <serial/iterator.hpp>
  50. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  51. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  52. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  53. #include <objects/seqblock/GB_block.hpp>
  54. #include <objects/seqblock/PDB_block.hpp>
  55. #include <objects/seqblock/PDB_replace.hpp>
  56. #include <objects/seqblock/PIR_block.hpp>
  57. #include <objects/seqblock/PRF_ExtraSrc.hpp>
  58. #include <objects/seqblock/PRF_block.hpp>
  59. #include <objects/seqblock/SP_block.hpp>
  60. #include <objects/seqfeat/OrgName.hpp>
  61. #include <objects/seqloc/PDB_mol_id.hpp>
  62. #include <objects/seqloc/PDB_seq_id.hpp>
  63. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  65. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  66. #include <objmgr/feat_ci.hpp>
  67. #include <objmgr/scope.hpp>
  68. #include <objmgr/seqdesc_ci.hpp>
  69. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  71. BEGIN_NCBI_SCOPE
  72. BEGIN_SCOPE(objects)
  75. inline
  76. void CFlatHead::x_AddDate(const CDate& date)
  77. {
  78.     if (m_UpdateDate.Empty()
  79.         ||  date.Compare(*m_UpdateDate) == CDate::eCompare_after) {
  80.         m_UpdateDate = &date;
  81.     }
  82.     if (m_CreateDate.Empty()
  83.         ||  date.Compare(*m_CreateDate) == CDate::eCompare_before) {
  84.         m_CreateDate = &date;
  85.     }
  86. }
  89. CFlatHead::CFlatHead(CFlatContext& ctx)
  90.     : m_Strandedness(CSeq_inst::eStrand_not_set),
  91.       m_Topology    (CSeq_inst::eTopology_not_set),
  92.       m_GBDivision  (0),
  93.       m_Context     (&ctx)
  94. {
  95.     CScope&                     scope = ctx.GetHandle().GetScope();
  96.     CBioseq_Handle::TBioseqCore seq   = ctx.GetHandle().GetBioseqCore();
  97.     ctx.m_PrimaryID = FindBestChoice(seq->GetId(), CSeq_id::Score);
  98.     ctx.m_Accession = ctx.GetPrimaryID().GetSeqIdString(true);
  99.     {{
  100.         const CTextseq_id* tsid = ctx.GetPrimaryID().GetTextseq_Id();
  101.         if (tsid  &&  tsid->IsSetName()) {
  102.             m_Locus = tsid->GetName();
  103.         } else if (tsid  &&  tsid->IsSetAccession()) {
  104.             m_Locus = tsid->GetAccession();
  105.         } else {
  106.             // complain?
  107.             m_Locus = ctx.GetPrimaryID().GetSeqIdString(false);
  108.         }
  109.     }}
  110.     ITERATE (CBioseq::TId, it, seq->GetId()) {
  111.         if (*it != &ctx.GetPrimaryID()) {
  112.             m_OtherIDs.push_back(*it);
  113.         }
  114.         switch ((*it)->Which()) {
  115.         case CSeq_id::e_Gi:
  116.             ctx.m_GI = (*it)->GetGi();
  117.             break;
  118.         case CSeq_id::e_Other:
  119.             ctx.m_IsRefSeq = true;
  120.             break;
  121.         case CSeq_id::e_Tpg: case CSeq_id::e_Tpe: case CSeq_id::e_Tpd:
  122.             ctx.m_IsTPA = true;
  123.             break;
  124.         default:
  125.             break;
  126.         }
  127.         CSeq_id::EAccessionInfo ai = (*it)->IdentifyAccession();
  128.         if ((ai & CSeq_id::eAcc_division_mask) == CSeq_id::eAcc_wgs
  129.             &&  NStr::EndsWith((*it)->GetTextseq_Id()->GetAccession(),
  130.                                "000000")) {
  131.             ctx.m_IsWGSMaster = true;
  132.         } else if (ai == CSeq_id::eAcc_refseq_genome) {
  133.             ctx.m_IsRefSeqGenome = true;
  134.         }
  135.     }
  137.     {{
  138.         const CSeq_inst& inst = seq->GetInst();
  139.         if (inst.IsSetStrand()) {
  140.             m_Strandedness = inst.GetStrand();
  141.         }
  142.         m_Topology     = inst.GetTopology();
  143.     }}
  145.     ctx.m_Length = sequence::GetLength(ctx.GetLocation(), &scope);
  146.     m_Definition = sequence::GetTitle(ctx.GetHandle());
  147.     if ( !NStr::EndsWith(m_Definition, ".") ) {
  148.         m_Definition += '.';
  149.     }
  150.     if (ctx.IsProt()) { // populate m_SourceIDs
  151.         x_AddDBSource();
  152.     }
  154.     for (CSeqdesc_CI it(ctx.GetHandle());  it;  ++it) {
  155.         switch (it->Which()) {
  156.             // bother translating old GIBB-* data?
  157.         case CSeqdesc::e_Org:
  158.         case CSeqdesc::e_Source:
  159.             if ( !m_GBDivision ) {
  160.                 // iterate to deal with hybrids
  161.                 for (CTypeConstIterator<COrgName> orgn(*it);  orgn;  ++orgn) {
  162.                     if (orgn->IsSetDiv()) {
  163.                         m_GBDivision = &orgn->GetDiv();
  164.                         BREAK(orgn);
  165.                     }
  166.                 }
  167.             }
  168.             break;
  170.         case CSeqdesc::e_Genbank:
  171.         {
  172.             const CGB_block& gb = it->GetGenbank();
  173.             if (gb.IsSetExtra_accessions()) {
  174.                 m_SecondaryIDs.insert(m_SecondaryIDs.end(),
  175.                                       gb.GetExtra_accessions().begin(),
  176.                                       gb.GetExtra_accessions().end());
  177.             }
  178.             if (gb.IsSetEntry_date()) {
  179.                 x_AddDate(gb.GetEntry_date());
  180.             }
  181.             if (gb.IsSetDiv()) {
  182.                 m_GBDivision = &gb.GetDiv();
  183.             }
  184.             break;
  185.         }
  187.         case CSeqdesc::e_Sp:
  188.         {
  189.             const CSP_block& sp = it->GetSp();
  190.             if (sp.IsSetExtra_acc()) {
  191.                 m_SecondaryIDs.insert(m_SecondaryIDs.end(),
  192.                                       sp.GetExtra_acc().begin(),
  193.                                       sp.GetExtra_acc().end());
  194.             }
  195.             if (sp.IsSetCreated()) {
  196.                 x_AddDate(sp.GetCreated());
  197.             }
  198.             if (sp.IsSetSequpd()) {
  199.                 x_AddDate(sp.GetSequpd());
  200.             }
  201.             if (sp.IsSetAnnotupd()) {
  202.                 x_AddDate(sp.GetAnnotupd());
  203.             }
  204.             break;
  205.         }
  207.         case CSeqdesc::e_Embl:
  208.         {
  209.             const CEMBL_block& embl = it->GetEmbl();
  210.             if (embl.IsSetDiv()) {
  211.                 m_EMBLDivision = embl.GetDiv();
  212.             }
  213.             x_AddDate(embl.GetCreation_date()); // mandatory field
  214.             x_AddDate(embl.GetUpdate_date()); // mandatory field
  215.             if (embl.IsSetExtra_acc()) {
  216.                 m_SecondaryIDs.insert(m_SecondaryIDs.end(),
  217.                                       embl.GetExtra_acc().begin(),
  218.                                       embl.GetExtra_acc().end());
  219.             }
  220.             break;
  221.         }
  223.         case CSeqdesc::e_Create_date:
  224.             x_AddDate(it->GetCreate_date());
  225.             break;
  227.         case CSeqdesc::e_Update_date:
  228.             x_AddDate(it->GetUpdate_date());
  229.             break;
  231.         case CSeqdesc::e_Pdb:
  232.         {
  233.             const CPDB_block& pdb = it->GetPdb();
  234.             x_AddDate(pdb.GetDeposition()); // mandatory field
  235.             // replacement history -> secondary IDs?
  236.             break;
  237.         }
  239.         case CSeqdesc::e_Molinfo:
  240.         {
  241.             const CMolInfo& mi = it->GetMolinfo();
  242.             if (mi.IsSetBiomol()) {
  243.                 ctx.m_Biomol = mi.GetBiomol();
  244.             }
  245.         }
  247.         default:
  248.             break;
  249.         }
  250.     }
  251. }
  254. const char* CFlatHead::GetMolString(void) const
  255. {
  256.     const IFlatFormatter& f = m_Context->GetFormatter();
  257.     if (f.GetDatabase() == IFlatFormatter::eDB_EMBL
  258.         &&  f.GetMode() <= IFlatFormatter::eMode_Entrez) {
  259.         switch (m_Context->GetBiomol()) {
  260.         case CMolInfo::eBiomol_genomic:
  261.         case CMolInfo::eBiomol_other_genetic:
  262.         case CMolInfo::eBiomol_genomic_mRNA:
  263.             return "DNA";
  265.         case CMolInfo::eBiomol_pre_RNA:
  266.         case CMolInfo::eBiomol_mRNA:
  267.         case CMolInfo::eBiomol_rRNA:
  268.         case CMolInfo::eBiomol_tRNA:
  269.         case CMolInfo::eBiomol_snRNA:
  270.         case CMolInfo::eBiomol_scRNA:
  271.         case CMolInfo::eBiomol_cRNA:
  272.         case CMolInfo::eBiomol_snoRNA:
  273.         case CMolInfo::eBiomol_transcribed_RNA:
  274.             return "RNA";
  276.         case CMolInfo::eBiomol_peptide:
  277.             return "AA ";
  279.         default:
  280.             switch (m_Context->GetMol()) {
  281.             case CSeq_inst::eMol_dna: return "DNA";
  282.             case CSeq_inst::eMol_rna: return "RNA";
  283.             case CSeq_inst::eMol_aa:  return "AA ";
  284.             default:                  return "xxx";
  285.             }
  286.         }
  287.     } else {
  288.         switch (m_Context->GetBiomol()) {
  289.         case CMolInfo::eBiomol_genomic:          return "DNA";
  290.         case CMolInfo::eBiomol_pre_RNA:          return "RNA";
  291.         case CMolInfo::eBiomol_mRNA:             return "mRNA";
  292.         case CMolInfo::eBiomol_rRNA:             return "rRNA";
  293.         case CMolInfo::eBiomol_tRNA:             return "tRNA";
  294.         case CMolInfo::eBiomol_snRNA:            return "uRNA";
  295.         case CMolInfo::eBiomol_scRNA:            return "scRNA";
  296.         case CMolInfo::eBiomol_peptide:          return " AA";
  297.         case CMolInfo::eBiomol_other_genetic:    return "DNA";
  298.         case CMolInfo::eBiomol_genomic_mRNA:     return "DNA";
  299.         case CMolInfo::eBiomol_cRNA:             return "RNA";
  300.         case CMolInfo::eBiomol_snoRNA:           return "snoRNA";
  301.         case CMolInfo::eBiomol_transcribed_RNA:  return "RNA";
  302.         default:
  303.             switch (m_Context->GetMol()) {
  304.             case CSeq_inst::eMol_dna: return "DNA";
  305.             case CSeq_inst::eMol_rna: return "RNA";
  306.             case CSeq_inst::eMol_aa:  return " AA";
  307.             default:                  return "   ";
  308.             }
  309.         }
  310.     }
  311. }
  314. inline
  315. static int s_ScoreForDBSource(const CRef<CSeq_id>& x) {
  316.     switch (x->Which()) {
  317.     case CSeq_id::e_not_set:                        return kMax_Int;
  318.     case CSeq_id::e_Gi:                             return 31;
  319.     case CSeq_id::e_Giim:                           return 30;
  320.     case CSeq_id::e_Local: case CSeq_id::e_General: return 20;
  321.     case CSeq_id::e_Other:                          return 18;
  322.     case CSeq_id::e_Gibbmt:                         return 16;
  323.     case CSeq_id::e_Gibbsq: case CSeq_id::e_Patent: return 15;
  324.     case CSeq_id::e_Pdb:                            return 12;
  325.     default:                                        return 10;
  326.     }
  327. }
  330. void CFlatHead::x_AddDBSource(void)
  331. {
  332.     CBioseq_Handle::TBioseqCore seq = m_Context->GetHandle().GetBioseqCore();
  333.     const CSeq_id* id = FindBestChoice(seq->GetId(), s_ScoreForDBSource);
  335.     if ( !id ) {
  336.         m_DBSource.push_back("UNKNOWN");
  337.         return;
  338.     }
  339.     switch (id->Which()) {
  340.     case CSeq_id::e_Pir:
  341.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  342.         x_AddPIRBlock();
  343.         break;
  345.     case CSeq_id::e_Swissprot:
  346.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  347.         x_AddSPBlock();
  348.         break;
  350.     case CSeq_id::e_Prf:
  351.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  352.         x_AddPRFBlock();
  353.         break;
  355.     case CSeq_id::e_Pdb:
  356.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  357.         x_AddPDBBlock();
  358.         break;
  360.     case CSeq_id::e_General:
  361.         if ( !NStr::StartsWith(id->GetGeneral().GetDb(), "PID") ) {
  362.             m_DBSource.push_back("UNKNOWN");
  363.             break;
  364.         }
  365.         // otherwise, fall through
  366.     case CSeq_id::e_Gibbsq: case CSeq_id::e_Gibbmt: case CSeq_id::e_Giim:
  367.     case CSeq_id::e_Genbank: case CSeq_id::e_Embl: case CSeq_id::e_Other:
  368.     case CSeq_id::e_Gi: case CSeq_id::e_Ddbj:
  369.     case CSeq_id::e_Tpg: case CSeq_id::e_Tpe: case CSeq_id::e_Tpd:
  370.     {
  371.         set<CBioseq_Handle> sources;
  372.         CScope&             scope = m_Context->GetHandle().GetScope();
  373.         for (CFeat_CI it(scope, m_Context->GetLocation(),
  374.                          CSeqFeatData::e_not_set,
  375.                          SAnnotSelector::eOverlap_Intervals,
  376.                          SAnnotSelector::eResolve_TSE, CFeat_CI::e_Product);
  377.              it;  ++it) {
  378.             for (CTypeConstIterator<CSeq_id> id2(it->GetLocation());
  379.                  id2;  ++id2) {
  380.                 sources.insert(scope.GetBioseqHandle(*id2));
  381.             }
  382.         }
  383.         ITERATE (set<CBioseq_Handle>, it, sources) {
  384.             m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID
  385.                                  (*FindBestChoice(it->GetBioseqCore()->GetId(),
  386.                                                   s_ScoreForDBSource)));
  387.         }
  388.         if (sources.empty()) {
  389.             m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  390.         }
  391.         break;
  392.     }
  393.     default:
  394.         m_DBSource.push_back("UNKNOWN");
  395.     }
  396. }
  399. string CFlatHead::x_FormatDBSourceID(const CSeq_id& id) {
  400.     switch (id.Which()) {
  401.     case CSeq_id::e_Local:
  402.     {
  403.         const CObject_id& oi = id.GetLocal();
  404.         return (oi.IsStr() ? oi.GetStr() : NStr::IntToString(oi.GetId()));
  405.     }
  406.     case CSeq_id::e_Gi:
  407.         return "gi: " + NStr::IntToString(id.GetGi());
  408.     case CSeq_id::e_Pdb:
  409.     {
  410.         const CPDB_seq_id& pdb = id.GetPdb();
  411.         string s("pdb: "), sep;
  412.         if ( !pdb.GetMol().Get().empty() ) {
  413.             s += "molecule " + pdb.GetMol().Get();
  414.             sep = ",";
  415.         }
  416.         if (pdb.GetChain() > 0) {
  417.             s += sep + "chain " + NStr::IntToString(pdb.GetChain());
  418.             sep = ",";
  419.         }
  420.         if (pdb.IsSetRel()) {
  421.             s += sep + "release ";
  422.             m_Context->GetFormatter().FormatDate(pdb.GetRel(), s);
  423.             sep = ",";
  424.         }
  425.         return s;
  426.     }
  427.     default:
  428.     {
  429.         const CTextseq_id* tsid = id.GetTextseq_Id();
  430.         if ( !tsid ) {
  431.             return kEmptyStr;
  432.         }
  433.         string s, sep, comma;
  434.         switch (id.Which()) {
  435.         case CSeq_id::e_Embl:       s = "embl ";        comma = ",";  break;
  436.         case CSeq_id::e_Other:      s = "REFSEQ: ";                   break;
  437.         case CSeq_id::e_Swissprot:  s = "swissprot: ";  comma = ",";  break;
  438.         case CSeq_id::e_Pir:        s = "pir: ";                      break;
  439.         case CSeq_id::e_Prf:        s = "prf: ";                      break;
  440.         default:                    break;
  441.         }
  442.         if (tsid->IsSetName()) {
  443.             s += "locus " + tsid->GetName();
  444.             sep = " ";
  445.         } else {
  446.             comma.erase();
  447.         }
  448.         if (tsid->IsSetAccession()) {
  449.             string acc = tsid->GetAccession();
  450.             if (tsid->IsSetVersion()) {
  451.                 acc += '.' + NStr::IntToString(tsid->GetVersion());
  452.             }
  453.             s += comma + sep + "accession "
  454.                 + m_Context->GetFormatter().GetAccnLink(acc);
  455.             sep = " ";
  456.         }
  457.         if (tsid->IsSetRelease()) {
  458.             s += sep + "release " + tsid->GetRelease();
  459.         }
  460.         if (id.IsSwissprot()) {
  461.             s += ';';
  462.         }
  463.         return s;
  464.     }
  465.     }
  466. }
  469. void CFlatHead::x_AddPIRBlock(void)
  470. {
  471.     for (CSeqdesc_CI dsc(m_Context->GetHandle(), CSeqdesc::e_Pir);
  472.          dsc;  ++dsc) {
  473.         m_ProteinBlock = &*dsc;
  474.         break;
  475.     }
  476.     if ( !m_ProteinBlock ) {
  477.         return;
  478.     }
  479.     const CPIR_block& pir = m_ProteinBlock->GetPir();
  480.     if (pir.IsSetHost()) {
  481.         m_DBSource.push_back("host: " + pir.GetHost());
  482.     }
  483.     if (pir.IsSetSource()) {
  484.         m_DBSource.push_back("source: " + pir.GetSource());
  485.     }
  486.     if (pir.IsSetSummary()) {
  487.         m_DBSource.push_back("summary: " + pir.GetSummary());
  488.     }
  489.     if (pir.IsSetGenetic()) {
  490.         m_DBSource.push_back("genetic: " + pir.GetGenetic());
  491.     }
  492.     if (pir.IsSetIncludes()) {
  493.         m_DBSource.push_back("includes: " + pir.GetIncludes());
  494.     }
  495.     if (pir.IsSetPlacement()) {
  496.         m_DBSource.push_back("placement: " + pir.GetPlacement());
  497.     }
  498.     if (pir.IsSetSuperfamily()) {
  499.         m_DBSource.push_back("superfamily: " + pir.GetSuperfamily());
  500.     }
  501.     if (pir.IsSetCross_reference()) {
  502.         m_DBSource.push_back("xref: " + pir.GetCross_reference());
  503.     }
  504.     if (pir.IsSetDate()) {
  505.         m_DBSource.push_back("PIR dates: " + pir.GetDate());
  506.     }
  507.     if (pir.GetHad_punct()) {
  508.         m_DBSource.push_back("punctuation in sequence");
  509.     }
  510.     if (pir.IsSetSeqref()) {
  511.         list<string> xrefs;
  512.         ITERATE (CPIR_block::TSeqref, it, pir.GetSeqref()) {
  513.             const char* type = 0;
  514.             switch ((*it)->Which()) {
  515.             case CSeq_id::e_Genbank:    type = "genbank ";    break;
  516.             case CSeq_id::e_Embl:       type = "embl ";       break;
  517.             case CSeq_id::e_Pir:        type = "pir ";        break;
  518.             case CSeq_id::e_Swissprot:  type = "swissprot ";  break;
  519.             case CSeq_id::e_Gi:         type = "gi: ";        break;
  520.             case CSeq_id::e_Ddbj:       type = "ddbj ";       break;
  521.             case CSeq_id::e_Prf:        type = "prf ";        break;
  522.             default:                    break;
  523.             }
  524.             if (type) {
  525.                 xrefs.push_back(type + (*it)->GetSeqIdString(true));
  526.             }
  527.         }
  528.         if ( !xrefs.empty() ) {
  529.             m_DBSource.push_back("xrefs: " + NStr::Join(xrefs, ", "));
  530.         }
  531.     }
  532.     NON_CONST_ITERATE (list<string>, it, m_DBSource) {
  533.         // The C version puts newlines before these for some reason
  534.         *it += (&*it == &m_DBSource.back() ? '.' : ';');
  535.     }
  536. }
  539. void CFlatHead::x_AddSPBlock(void)
  540. {
  541.     for (CSeqdesc_CI dsc(m_Context->GetHandle(), CSeqdesc::e_Sp);
  542.          dsc;  ++dsc) {
  543.         m_ProteinBlock = &*dsc;
  544.         break;
  545.     }
  546.     if ( !m_ProteinBlock ) {
  547.         return;
  548.     }
  549.     const CSP_block& sp = m_ProteinBlock->GetSp();
  550.     switch (sp.GetClass()) {
  551.     case CSP_block::eClass_standard:
  552.         m_DBSource.push_back("class: standard.");
  553.         break;
  554.     case CSP_block::eClass_prelim:
  555.         m_DBSource.push_back("class: preliminary.");
  556.         break;
  557.     default:
  558.         break;
  559.     }
  560.     // laid out slightly differently from the C version, but I think that's
  561.     // a bug in the latter (which runs some things together)
  562.     if (sp.IsSetExtra_acc()  &&  !sp.GetExtra_acc().empty() ) {
  563.         m_DBSource.push_back("extra_accessions:"
  564.                              + NStr::Join(sp.GetExtra_acc(), ","));
  565.     }
  566.     if (sp.GetImeth()) {
  567.         m_DBSource.push_back("seq starts with Met");
  568.     }
  569.     if (sp.IsSetPlasnm()  &&  !sp.GetPlasnm().empty() ) {
  570.         m_DBSource.push_back("plasmid:" + NStr::Join(sp.GetPlasnm(), ","));
  571.     }
  572.     if (sp.IsSetCreated()) {
  573.         string s("created: ");
  574.         sp.GetCreated().GetDate(&s, "%3N %D %Y");
  575.         m_DBSource.push_back(s + '.');
  576.     }
  577.     if (sp.IsSetSequpd()) {
  578.         string s("sequence updated: ");
  579.         sp.GetSequpd().GetDate(&s, "%3N %D %Y");
  580.         m_DBSource.push_back(s + '.');
  581.     }
  582.     if (sp.IsSetAnnotupd()) {
  583.         string s("annotation updated: ");
  584.         sp.GetAnnotupd().GetDate(&s, "%3N %D %Y");
  585.         m_DBSource.push_back(s + '.');
  586.     }
  587.     if (sp.IsSetSeqref()  &&  !sp.GetSeqref().empty() ) {
  588.         list<string> xrefs;
  589.         ITERATE (CSP_block::TSeqref, it, sp.GetSeqref()) {
  590.             const char* s = 0;
  591.             switch ((*it)->Which()) {
  592.             case CSeq_id::e_Genbank:  s = "genbank accession ";          break;
  593.             case CSeq_id::e_Embl:     s = "embl accession ";             break;
  594.             case CSeq_id::e_Pir:      s = "pir locus ";                  break;
  595.             case CSeq_id::e_Swissprot: s = "swissprot accession ";       break;
  596.             case CSeq_id::e_Gi:       s = "gi: ";                        break;
  597.             case CSeq_id::e_Ddbj:     s = "ddbj accession ";             break;
  598.             case CSeq_id::e_Prf:      s = "prf accession ";              break;
  599.             case CSeq_id::e_Pdb:      s = "pdb accession ";              break;
  600.             case CSeq_id::e_Tpg:   s = "genbank third party accession "; break;
  601.             case CSeq_id::e_Tpe:      s = "embl third party accession "; break;
  602.             case CSeq_id::e_Tpd:      s = "ddbj third party accession "; break;
  603.             default:                  break;
  604.             }
  605.             if (s) {
  606.                 string acc = (*it)->GetSeqIdString(true);
  607.                 xrefs.push_back(s +m_Context->GetFormatter().GetAccnLink(acc));
  608.             }
  609.         }
  610.         if ( !xrefs.empty() ) {
  611.             m_DBSource.push_back("xrefs: " + NStr::Join(xrefs, ", "));
  612.         }
  613.     }
  614.     if (sp.IsSetDbref()  &&  !sp.GetDbref().empty() ) {
  615.         list<string> xrefs;
  616.         ITERATE (CSP_block::TDbref, it, sp.GetDbref()) {
  617.             const CObject_id& tag = (*it)->GetTag();
  618.             string            id  = (tag.IsStr() ? tag.GetStr()
  619.                                      : NStr::IntToString(tag.GetId()));
  620.             if ((*it)->GetDb() == "MIM") {
  621.                 xrefs.push_back
  622.                     ("MIM <a href=""
  623.                      "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=" + id
  624.                      + "">" + id + "</a>");
  625.             } else {
  626.                 xrefs.push_back((*it)->GetDb() + id); // no space(!)
  627.             }
  628.         }
  629.         m_DBSource.push_back
  630.             ("xrefs (non-sequence databases): " + NStr::Join(xrefs, ", "));
  631.     }
  632. }
  635. void CFlatHead::x_AddPRFBlock(void)
  636. {
  637.     for (CSeqdesc_CI dsc(m_Context->GetHandle(), CSeqdesc::e_Prf);
  638.          dsc;  ++dsc) {
  639.         m_ProteinBlock = &*dsc;
  640.         break;
  641.     }
  642.     if ( !m_ProteinBlock ) {
  643.         return;
  644.     }
  645.     const CPRF_block& prf = m_ProteinBlock->GetPrf();
  646.     if (prf.IsSetExtra_src()) {
  647.         const CPRF_ExtraSrc& es = prf.GetExtra_src();
  648.         if (es.IsSetHost()) {
  649.             m_DBSource.push_back("host: " + es.GetHost());
  650.         }
  651.         if (es.IsSetPart()) {
  652.             m_DBSource.push_back("part: " + es.GetPart());
  653.         }
  654.         if (es.IsSetState()) {
  655.             m_DBSource.push_back("state: " + es.GetState());
  656.         }
  657.         if (es.IsSetStrain()) {
  658.             m_DBSource.push_back("strain: " + es.GetStrain());
  659.         }
  660.         if (es.IsSetTaxon()) {
  661.             m_DBSource.push_back("taxonomy: " + es.GetTaxon());
  662.         }
  663.     }
  664.     NON_CONST_ITERATE (list<string>, it, m_DBSource) {
  665.         *it += (&*it == &m_DBSource.back() ? '.' : ';');
  666.     }
  667. }
  670. void CFlatHead::x_AddPDBBlock(void)
  671. {
  672.     for (CSeqdesc_CI dsc(m_Context->GetHandle(), CSeqdesc::e_Pdb);
  673.          dsc;  ++dsc) {
  674.         m_ProteinBlock = &*dsc;
  675.         break;
  676.     }
  677.     if ( !m_ProteinBlock ) {
  678.         return;
  679.     }
  680.     const CPDB_block& pdb = m_ProteinBlock->GetPdb();
  681.     {{
  682.         string s("deposition: ");
  683.         m_Context->GetFormatter().FormatDate(pdb.GetDeposition(), s);
  684.         m_DBSource.push_back(s);
  685.     }}
  686.     m_DBSource.push_back("class: " + pdb.GetClass());
  687.     if (!pdb.GetSource().empty() ) {
  688.         m_DBSource.push_back("source: " + NStr::Join(pdb.GetSource(), ", "));
  689.     }
  690.     if (pdb.IsSetExp_method()) {
  691.         m_DBSource.push_back("Exp. method: " + pdb.GetExp_method());
  692.     }
  693.     if (pdb.IsSetReplace()) {
  694.         const CPDB_replace& rep = pdb.GetReplace();
  695.         if ( !rep.GetIds().empty() ) {
  696.             m_DBSource.push_back
  697.                 ("ids replaced: " + NStr::Join(pdb.GetSource(), ", "));
  698.         }
  699.         string s("replacement date: ");
  700.         m_Context->GetFormatter().FormatDate(rep.GetDate(), s);
  701.         m_DBSource.push_back(s);
  702.     }
  703.     NON_CONST_ITERATE (list<string>, it, m_DBSource) {
  704.         *it += (&*it == &m_DBSource.back() ? '.' : ';');
  705.     }
  706. }
  709. END_SCOPE(objects)
  710. END_NCBI_SCOPE
  712. /*
  713. * ===========================================================================
  714. *
  715. * $Log: flat_head.cpp,v $
  716. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:43:17  gouriano
  717. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
  718. *
  719. * Revision 1.8  2004/05/21 21:42:53  gorelenk
  720. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  721. *
  722. * Revision 1.7  2004/04/05 15:56:15  grichenk
  723. * Redesigned CAnnotTypes_CI: moved all data and data collecting
  724. * functions to CAnnotDataCollector. CAnnotTypes_CI is no more
  725. * inherited from SAnnotSelector.
  726. *
  727. * Revision 1.6  2003/07/22 18:04:13  dicuccio
  728. * Fixed access of unset optional variables
  729. *
  730. * Revision 1.5  2003/06/02 16:06:42  dicuccio
  731. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  732. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  733. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  734. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  735. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  736. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  737. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  738. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  739. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  740. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  741. * replaces the three libmmdb? libs.
  742. *
  743. * Revision 1.4  2003/03/21 18:49:17  ucko
  744. * Turn most structs into (accessor-requiring) classes; replace some
  745. * formerly copied fields with pointers to the original data.
  746. *
  747. * Revision 1.3  2003/03/18 21:56:06  grichenk
  748. * Removed obsolete class CAnnot_CI
  749. *
  750. * Revision 1.2  2003/03/11 15:37:51  kuznets
  751. * iterate -> ITERATE
  752. *
  753. * Revision 1.1  2003/03/10 16:39:09  ucko
  754. * Initial check-in of new flat-file generator
  755. *
  756. *
  757. * ===========================================================================
  758. */