开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
alngraphic.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：26k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

alngraphic.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: alngraphic.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 19:48:35  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: alngraphic.cpp,v 1000.0 2004/06/01 19:48:35 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Jian Ye
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   Alignment graphic overview (using HTML table) 
  39.  *
  40.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <objtools/align/alngraphic.hpp>
  44. #include <util/range.hpp>
  45. #include <serial/iterator.hpp>
  46. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  47. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  48. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  49. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  50. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  51. #include <objects/seqalign/Score.hpp>
  52. #include <objects/seqalign/Dense_seg.hpp>
  53. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  54. #include <objects/seqalign/Dense_diag.hpp>
  55. #include <objects/seqalign/seqalign_exception.hpp>
  56. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  57. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  58. #include <html/html.hpp>
  60. BEGIN_NCBI_SCOPE
  61. BEGIN_SCOPE (objects)
  62. USING_SCOPE (sequence);
  64. static string kDigitGif[] = {"0.gif", "1.gif", "2.gif", "3.gif", "4.gif",
  65.                              "5.gif", "6.gif", "7.gif", "8.gif", "9.gif"};
  67. static const TSeqPos kScoreMargin = 50;
  68. static const TSeqPos kScoreLength = 500;
  69. static const TSeqPos kScoreHeight = 40;
  71. static const TSeqPos kBlankBarHeight = 4; 
  73. static const TSeqPos kMasterHeight = 10;
  74. static const TSeqPos kMasterPixel = kScoreLength;
  75. static const TSeqPos kMasterBarLength = 550;
  77. static const TSeqPos kScaleMarginAdj = 1;
  78. static const TSeqPos kScaleWidth = 2;
  79. static const TSeqPos kScaleHeight = 10;
  81. static const TSeqPos kDigitWidth = 10;
  82. static const TSeqPos kDigitHeight = 13;
  84. static const TSeqPos kGapHeight = 1;
  86. static const TSeqPos kNumMark = 6;
  88. static const int kDeflineLength = 55;
  90. /*two ranges are considered overlapping even if they do not overlap but
  91.   they differ only by this number*/
  92. static const int kOverlapDiff = 5;
  94. //gif images
  95. static const string kGifWhite = "white.gif";
  96. static const string kGifMaster ="query_no_scale.gif";
  97. static const string kGifScore = "score.gif";
  98. static const string kGifGrey = "grey.gif";
  99. static const string kGifScale = "scale.gif";
  101. static string s_GetGif(int bits){
  102.     string gif = NcbiEmptyString;
  103.     if(bits < 40){
  104.         gif = "black.gif";
  105.     } else if (bits < 50) {
  106.         gif = "blue.gif";
  107.     } else if (bits < 80) {
  108.         gif = "green.gif";
  109.     } else if (bits < 200) {
  110.         gif = "purple.gif";
  111.     } else  {
  112.         gif = "red.gif";
  113.     } 
  114.     //for alignment with no bits info
  115.     if(bits == 0){
  116.         gif = "red.gif";
  117.     }
  118.     return gif;
  119. }
  121. //Round the number.  i.e., 290 => 250, 735 => 700. 
  122. static int s_GetRoundNumber (int number){
  123.     int round = 0;
  124.    
  125.     if (number > 10) {
  126.         string num_str = NStr::IntToString(number);
  127.         int trail_num = NStr::StringToInt(num_str.substr(1, num_str.size() - 1));
  128.         round = number - trail_num;
  129.         string mid_num_str;
  130.         int mid_num = 0;
  131.         if(num_str.size() > 2) {
  132.             string trail_zero (num_str.size() - 2, '0');
  133.             mid_num_str = "5" +  trail_zero;
  134.             mid_num = NStr::StringToInt(mid_num_str);
  135.         }
  136.        
  137.         if (number >= round + mid_num) {
  138.             round += mid_num;
  139.         } 
  140.     } else {
  141.         round = number;
  142.     }
  143.     return round;
  144. }
  146. CRange<TSeqPos>* CAlnGraphic::x_GetEffectiveRange(TAlnInfoList& alninfo_list){
  147.     CRange<TSeqPos>* range = NULL;
  148.     if(!alninfo_list.empty()){
  149.         range = new CRange<TSeqPos>(alninfo_list.front()->range->GetFrom(), 
  150.                                     alninfo_list.back()->range->GetTo());
  151.     }
  152.     return range;
  153. }
  155. void CAlnGraphic::x_MergeDifferentSeq(double pixel_factor){
  156.   
  157.     TAlnInfoListList::iterator iter_temp;
  158.     list<CRange<TSeqPos>* > effective_range_list;
  159.     CRange<TSeqPos> *effective_range = NULL, *temp_range = NULL;
  160.    
  161.     NON_CONST_ITERATE(TAlnInfoListList, iter, m_AlninfoListList) {
  162.         iter_temp = iter; //current list
  163.         iter_temp ++;  //the next list
  165.         if(!(*iter)->empty() && iter_temp != m_AlninfoListList.end()){
  166.             /*effective ranges means the range covering all ranges for
  167.               alignment from the same seq*/
  168.             temp_range = x_GetEffectiveRange(**iter);
  169.             if(temp_range){
  170.                 effective_range_list.push_back(temp_range);
  171.             }
  172.   
  173.             /*compare the range in current list to range in all other lists.
  174.               If the latter does not overlap with the ranges in the current
  175.               list, move it to the current one*/
  176.             while(iter_temp != m_AlninfoListList.end()){
  177.                 /* Get effective range. Note that, except the current list,
  178.                    all other list contains only one effective range. The
  179.                    current list may have more than one because the range 
  180.                    from other list may be moved to it*/
  181.                 effective_range = x_GetEffectiveRange(**iter_temp);
  182.                 bool overlap = false;
  183.                 if(effective_range){
  184.                     NON_CONST_ITERATE(list<CRange<TSeqPos>*>,
  185.                                       iter2, 
  186.                                       effective_range_list){
  187.                         CRange<TSeqPos>* temp_range2 = *iter2;
  188.                         int min_to = min(effective_range->GetTo(), 
  189.                                          temp_range2->GetTo());
  190.                         int max_from =  max(effective_range->GetFrom(), 
  191.                                             temp_range2->GetFrom());
  192.                         //iter2 = ranges in current list
  193.                         if((int)((max_from - min_to)*pixel_factor) <= kOverlapDiff){
  194.                             //Not overlap but has only overlap_diff is still
  195.                             //considered overlap as it's difficult to see the
  196.                             //difference of only 1 pixel 
  198.                             overlap = true;
  199.                             break;  //overlaps, do nothing
  200.                         } 
  201.                     }
  202.                     //if no overlap, move this list to the current list
  203.                     if(!overlap){
  204.                         (*iter)->merge(**iter_temp);
  205.                         effective_range_list.push_back(effective_range);
  206.                     }
  207.                     if(overlap){
  208.                         delete effective_range;
  209.                     }
  210.                 }
  211.                 iter_temp ++;
  212.             }
  213.             ITERATE(list<CRange<TSeqPos>* >, iter4, effective_range_list){
  214.                 delete *iter4;
  215.             }
  216.             effective_range_list.clear();
  217.         }
  218.         (*iter)->sort(FromRangeAscendingSort);
  219.     }
  220. }
  221. void CAlnGraphic::x_MergeSameSeq(TAlnInfoList& alninfo_list){  
  222.     TAlnInfoList::iterator prev_iter; 
  223.     int i = 0;
  224.  
  225.     NON_CONST_ITERATE (TAlnInfoList, iter, alninfo_list){
  226.         if(i > 0 && (*prev_iter)->range->IntersectingWith(*((*iter)->range))){
  227.             //merge range
  228.             (*iter)->range->Set(min((*prev_iter)->range->GetFrom(), 
  229.                                     (*iter)->range->GetFrom()),
  230.                                 max((*prev_iter)->range->GetTo(), 
  231.                                     (*iter)->range->GetTo()));
  232.             //take the maximal score and evalue 
  233.             if((*iter)->bits < (*prev_iter)->bits){
  234.                 (*iter)->bits = (*prev_iter)->bits;
  235.                 (*iter)->info = (*prev_iter)->info;
  236.             }
  237.             delete (*prev_iter)->range;
  238.             delete *prev_iter;
  239.             alninfo_list.erase(prev_iter);     
  240.         }
  241.         i ++;
  242.         prev_iter = iter;
  243.     }    
  244. }
  246. template<class container> 
  247. static bool s_GetBlastScore(const container& scoreList,  
  248.                                                       int& score, 
  249.                                                       double& bits, 
  250.                                                       double& evalue){
  251.     bool hasScore = false;
  252.     ITERATE (typename container, iter, scoreList) {
  253.         const CObject_id& id=(*iter)->GetId();
  254.         if (id.IsStr()) {
  255.             hasScore = true;
  256.             if (id.GetStr()=="score"){
  257.                 score = (*iter)->GetValue().GetInt();
  259.             } else if (id.GetStr()=="bit_score"){
  260.                 bits = (*iter)->GetValue().GetReal();
  262.             } else if (id.GetStr()=="e_value" || id.GetStr()=="sum_e") {
  263.                 evalue = (*iter)->GetValue().GetReal();
  264.             } 
  265.         }
  266.     }
  267.     return hasScore;
  268. }
  270. static void s_GetAlnScores(const CSeq_align& aln, 
  271.                            int& score, 
  272.                            double& bits, 
  273.                            double& evalue){
  274.     bool hasScore = false;
  275.     //look for scores at seqalign level first
  276.     hasScore = s_GetBlastScore(aln.GetScore(),  score, bits, evalue);
  277.     
  278.     //look at the seg level
  279.     if(!hasScore){
  280.         const CSeq_align::TSegs& seg = aln.GetSegs();
  281.         if(seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std){
  282.             s_GetBlastScore(seg.GetStd().front()->GetScores(), 
  283.                             score, bits, evalue);
  284.         } else if (seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag){
  285.             s_GetBlastScore(seg.GetDendiag().front()->GetScores(), 
  286.                             score, bits, evalue);
  287.         }  else if (seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Denseg){
  288.             s_GetBlastScore(seg.GetDenseg().GetScores(),  score, bits, evalue);
  289.         }
  290.     }
  291. }
  294. void CAlnGraphic::x_GetAlnInfo(const CSeq_align& aln, const CSeq_id& id,
  295.                                SAlignInfo* aln_info){
  296.     string info;
  297.     int score = 0;
  298.     double evalue = 0;
  299.     double bits = 0;
  300.     string bit_str, evalue_str;
  301.     string title;
  302.   
  303.     const CBioseq_Handle& handle = m_Scope->GetBioseqHandle(id);
  304.     if(handle){
  305.         const CBioseq::TId& ids = handle.GetBioseqCore()->GetId();
  306.         CRef<CSeq_id> wid = FindBestChoice(ids, CSeq_id::WorstRank);
  307.         aln_info->id = wid;
  308.         aln_info->gi =  FindGi(ids);
  309.         wid->GetLabel(&info, CSeq_id::eContent, 0);
  310.         title = GetTitle(handle);
  312.         if (title.size() > kDeflineLength){
  313.             title = title.substr(0, kDeflineLength) + "..";
  314.         }
  315.         info += " " + title;   
  316.     } else {
  317.         aln_info->gi = 0;
  318.         aln_info->id = &id;
  319.         aln_info->id->GetLabel(&info, CSeq_id::eContent, 0);
  320.     }
  321.     s_GetAlnScores(aln, score, bits, evalue);
  322.     NStr::DoubleToString(bit_str, (int)bits);
  323.     NStr::DoubleToString(evalue_str, evalue);
  324.     
  325.     CNcbiOstrstream ostream; 
  326.     ostream << setprecision (2) << evalue;
  327.     string formatted_evalue = CNcbiOstrstreamToString(ostream);
  328.     info += " S=" + bit_str + " E=" + formatted_evalue;
  329.     aln_info->info = info;
  330.     aln_info->bits = bits;
  331.    
  332. }
  334. CAlnGraphic::CAlnGraphic(const CSeq_align_set& seqalign, CScope& scope)
  335.     :m_AlnSet(&seqalign), m_Scope(&scope)  {
  336.     m_NumAlignToShow = 1200;
  337.     m_View = eCompactView;
  338.     m_BarHeight = e_Height4;
  339.     m_ImagePath = "./";
  340.     m_MouseOverFormName = "document.forms[0]";
  341.     m_NumLine = 55;
  342. }
  344. CAlnGraphic::~CAlnGraphic(){
  345.     //deallocate memory
  346.     ITERATE(TAlnInfoListList, iter, m_AlninfoListList) {
  347.         ITERATE(TAlnInfoList, iter2, **iter){
  348.             delete (*iter2)->range;
  349.             delete *iter2;
  350.         }
  351.         (*iter)->clear();
  352.     }
  353.     m_AlninfoListList.clear();
  354. }
  357. void CAlnGraphic::AlnGraphicDisplay(CNcbiOstream& out){
  358.     /*Note we can't just show each alnment as we go because we will 
  359.       need to put  all hsp's with the same id on one line*/
  360.    
  361.     TAlnInfoList* alninfo_list = NULL;
  362.     bool is_first_aln = true;
  363.     int num_align = 0;
  364.     int master_len = 0;
  365.     CNodeRef center; 
  366.     CRef<CHTML_table> tbl_box;
  367.     CHTML_tc* tbl_box_tc;
  369.     tbl_box = new CHTML_table;  //draw a box around the graphics
  370.     center = new CHTML_center;  //align all graphic in center
  371.   
  372.     tbl_box->SetCellSpacing(0)->SetCellPadding(10)->SetAttribute("border", "1");    
  373.     tbl_box->SetAttribute("bordercolorlight", "#0000FF");
  374.     tbl_box->SetAttribute("bordercolordark", "#0000FF");
  375.    
  376.     CConstRef<CSeq_id> previous_id, subid, master_id;
  377.     for (CSeq_align_set::Tdata::const_iterator iter = m_AlnSet->Get().begin(); 
  378.          iter != m_AlnSet->Get().end() && num_align < m_NumAlignToShow; 
  379.          iter++, num_align++){
  380.         if(!alninfo_list){
  381.             alninfo_list = new TAlnInfoList; 
  382.         }
  383.         //get start and end seq position for master sequence
  384.         CRange<TSeqPos>* seq_range = new CRange<TSeqPos>((*iter)->GetSeqRange(0));
  385.         //for minus strand
  386.         if(seq_range->GetFrom() > seq_range->GetTo()){
  387.             seq_range->Set(seq_range->GetTo(), seq_range->GetFrom());
  388.         }
  389.         subid = &((*iter)->GetSeq_id(1));
  390.         if(is_first_aln) {
  391.             master_id =  &((*iter)->GetSeq_id(0));
  392.             const CBioseq_Handle& handle = m_Scope->GetBioseqHandle(*master_id);
  393.             if(!handle){
  394.                 NCBI_THROW(CException, eUnknown, "Master sequence is not found!");
  395.             }
  396.             master_len = handle.GetBioseqCore()->GetInst().GetLength();
  397.             x_DisplayMaster(master_len, &(*center), &(*tbl_box), tbl_box_tc);
  398.         }
  399.         if(!is_first_aln && !subid->Match(*previous_id)) {
  400.             //this aln is a new id, show result for previous id
  401.             //save ranges for the same seqid
  402.             m_AlninfoListList.push_back(alninfo_list);
  403.             alninfo_list =  new TAlnInfoList;
  404.         }
  405.         SAlignInfo* alninfo = new SAlignInfo;
  406.         alninfo->range = seq_range;
  407.         //get aln info 
  408.         x_GetAlnInfo(**iter, *subid, alninfo);
  409.         alninfo_list->push_back(alninfo);
  410.         is_first_aln = false;
  411.         previous_id = subid;
  412.     }
  413.     
  414.     //save last set of seqs with the same id
  415.     if(alninfo_list){
  416.         m_AlninfoListList.push_back(alninfo_list);
  417.     }
  418.     //merge range for seq with the same id
  419.     ITERATE(TAlnInfoListList, iter, m_AlninfoListList) {
  420.         (*iter)->sort(FromRangeAscendingSort);
  421.         x_MergeSameSeq(**iter);  
  422.     }
  424.     //merge non-overlapping range list so that they can be put on 
  425.     //the same line to compress the results
  426.     if(m_View & eCompactView){
  427.         double pixel_factor = ((double)kMasterPixel)/master_len;
  429.         x_MergeDifferentSeq(pixel_factor);  
  430.     }
  431.     //display the graphic
  432.     x_BuildHtmlTable(master_len, &(*tbl_box), tbl_box_tc);
  433.     center->AppendChild(&(*tbl_box));
  434.     center->Print(out);
  435.     CHTML_hr hr;
  436.     hr.Print(out);
  437. }
  439. //print score legend, master label
  440. void CAlnGraphic::x_PrintTop (CNCBINode* center, CHTML_table* tbl_box, CHTML_tc*& tbl_box_tc){
  441.     if(m_View & eMouseOverInfo){
  442.      
  443.         CRef<CHTML_input> textbox(new CHTML_input("text", "defline"));
  444.         CNodeRef centered_text;       
  445.         textbox->SetAttribute("size", 85);
  446.         textbox->SetAttribute("value", 
  447.                               "Mouse over to see the defline, click to show alignments");
  448.         center->AppendChild(&(*textbox));
  449.       
  450.     }
  451.    
  452.     //score legend graph
  453.     CRef<CHTML_table> tbl(new CHTML_table);
  454.     CHTML_tc* tc;
  455.     tbl->SetCellSpacing(1)->SetCellPadding(0)->SetAttribute("border", "0");
  456.     CRef<CHTML_img> score_margin_img(new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite,
  457.                                                    kScoreMargin, m_BarHeight));
  458.  
  459.     tc = tbl->InsertAt(0, 0, score_margin_img);
  460.     tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  461.     tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  463.     CRef<CHTML_img> score(new CHTML_img(m_ImagePath + kGifScore, kScoreLength,
  464.                                         kScoreHeight));
  465.     tc = tbl->InsertAt(0, 1, score);
  466.     tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  467.     tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  468.   
  469.     tbl_box_tc = tbl_box->InsertAt(0, 0, tbl);
  470.     tbl_box_tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  471.     tbl_box_tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  472.     //master graph
  473.   
  474.     tbl = new CHTML_table;
  475.     tbl->SetCellSpacing(1)->SetCellPadding(0)->SetAttribute("border", "0");
  476.    
  477.     CRef<CHTML_img> master(new CHTML_img(m_ImagePath + kGifMaster,
  478.                                          kMasterBarLength, kMasterHeight));
  479.     
  480.     tc = tbl->InsertAt(0, 0, master);
  481.     tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  482.     tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  483.     tbl_box_tc->AppendChild(&(*tbl));
  484.    
  485. }
  487. void CAlnGraphic::x_DisplayMaster(int master_len, CNCBINode* center, CHTML_table* tbl_box, CHTML_tc*& tbl_box_tc){
  488.     x_PrintTop(&(*center), &(*tbl_box), tbl_box_tc);
  489.  
  490.     //scale 
  491.     CRef<CHTML_table> tbl(new CHTML_table);
  492.     CHTML_tc* tc;
  493.     CRef<CHTML_img> image;
  494.     int column = 0;
  495.     tbl->SetCellSpacing(0)->SetCellPadding(0)->SetAttribute("border", "0");
  496.     image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, kScoreMargin + kScaleMarginAdj, m_BarHeight);
  497.     tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  498.     tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  499.     tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  500.     column ++;
  501.     //first scale 
  502.     image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifScale, kScaleWidth, kScaleHeight);
  503.     tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  504.     tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  505.     tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  506.     column ++;
  508.     //second scale mark and on 
  509.     float scale_unit = ((float)(master_len))/(kNumMark - 1);
  510.     int round_number = s_GetRoundNumber(scale_unit);
  511.     int spacer_length;
  512.     double pixel_factor = ((double)kMasterPixel)/master_len;
  514.     for (int i = 1; i*round_number <= master_len; i++) {
  515.         spacer_length = pixel_factor*round_number - kScaleWidth;
  516.         image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, spacer_length, m_BarHeight);
  517.         tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  518.         tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  519.         tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  520.         column ++;  
  521.         image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifScale, kScaleWidth, kScaleHeight);
  522.         tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  523.         tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  524.         tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  525.         column ++; 
  526.     }
  527.     tbl_box_tc->AppendChild(&(*tbl));
  529.     //digits 
  530.     //first scale digit
  531.     string digit_str, previous_digitstr;
  532.     int previous_digit;
  533.     column = 0;
  534.     image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, kScoreMargin, m_BarHeight);
  535.     tbl = new CHTML_table;
  536.     tbl->SetCellSpacing(0)->SetCellPadding(0)->SetAttribute("border", "0");
  537.     tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  538.     tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  539.     tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  540.     column ++;
  541.     image = new CHTML_img(m_ImagePath + kDigitGif[0], kDigitWidth, kDigitHeight);
  542.     tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  543.     column ++;
  544.     previous_digit = 0;
  545.     previous_digitstr = NStr::IntToString(0);
  546.     
  547.     //print scale digits from second mark and on
  548.     for (TSeqPos i = 1; i*round_number <= master_len; i++) {
  549.        
  550.         digit_str = NStr::IntToString(i*round_number);        
  551.         spacer_length = pixel_factor*round_number 
  552.             - kDigitWidth*(previous_digitstr.size() 
  553.                            - previous_digitstr.size()/2) 
  554.             - kDigitWidth*(digit_str.size()/2);
  555.         previous_digitstr = digit_str;
  557.         image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, spacer_length, m_BarHeight);
  558.         tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  559.         tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  560.         tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  561.         column ++;
  562.         //digits
  563.         for(size_t j = 0; j < digit_str.size(); j ++){
  564.             string one_digit(1, digit_str[j]); 
  565.             int digit = NStr::StringToInt(one_digit);
  566.             image = new CHTML_img(m_ImagePath + kDigitGif[digit], kDigitWidth, 
  567.                                   kDigitHeight);
  568.             tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  569.             tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  570.             tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  571.             column ++;
  572.         }  
  573.     }
  575.     tbl_box_tc->AppendChild(&(*tbl));
  576.     CRef<CHTML_br> br(new CHTML_br);
  577.     tbl_box_tc->AppendChild(br);
  578. }
  580. //alignment bar graph
  581. void CAlnGraphic::x_BuildHtmlTable(int master_len, CHTML_table* tbl_box, CHTML_tc*& tbl_box_tc) {
  582.     CHTML_tc* tc;
  583.     double pixel_factor = ((double)kMasterPixel)/master_len;
  584.     int count = 0;
  585.     //print out each alignment
  586.     ITERATE(TAlnInfoListList, iter, m_AlninfoListList){  //iter =  each line
  587.         if(count > m_NumLine){
  588.             break;
  589.         }
  590.         CRef<CHTML_table> tbl;  //each table represents one line
  591.         CRef<CHTML_img> image;
  592.         CConstRef<CSeq_id> previous_id, current_id;
  593.         CRef<CHTML_a> ad;
  594.         double temp_value ;
  595.         int previous_end = -1;
  596.         int front_margin = 0;
  597.         int bar_length = 0;
  598.         int column = 0;
  599.         if(!(*iter)->empty()){ //table for starting white spacer
  600.             count ++;
  601.             tbl = new CHTML_table;
  602.             tbl->SetCellSpacing(0)->SetCellPadding(0)->SetAttribute("border", "0");  
  603.             image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, kScoreMargin, m_BarHeight);
  604.             tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  605.             column ++;
  606.             tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  607.             tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  608.         }
  609.         ITERATE(TAlnInfoList, iter2, **iter){ //iter2 = each alignments on one line
  610.             current_id = (*iter2)->id;
  611.             //white space in front of this alignment
  612.             temp_value = ((*iter2)->range->GetFrom() - (previous_end + 1))*pixel_factor;
  613.             //rounding to int this way as round() is not portable
  614.             front_margin = temp_value + (temp_value < 0.0 ? -0.5 : 0.5);
  615.             //Need to add white space
  616.             if(temp_value > 0) {
  617.                 //Need to show at least one gap
  618.                 if(front_margin < 1){
  619.                     front_margin = 1;
  620.                 }
  621.                 //connecting the alignments with the same id
  622.                 if(m_View & eCompactView && !previous_id.Empty() 
  623.                    && previous_id->Match(*current_id)){
  624.                     image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifGrey, front_margin,
  625.                                           kGapHeight);
  626.                 } else {
  627.     
  628.                     image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, front_margin,
  629.                                           m_BarHeight);
  630.                 }
  631.                 tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  632.                 column ++;
  633.                 tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  634.                 tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  635.             }
  636.             previous_end = (*iter2)->range->GetTo();
  637.             previous_id = current_id;
  638.             temp_value = (*iter2)->range->GetLength()*pixel_factor;
  639.             bar_length = temp_value + (temp_value < 0.0 ? -0.5 : 0.5);
  640.             image = new CHTML_img(m_ImagePath + s_GetGif((*iter2)->bits), 
  641.                                   bar_length, m_BarHeight);
  642.             image->SetAttribute("border", 0);
  643.             if(m_View & eMouseOverInfo){
  644.                 image->SetAttribute("ONMouseOver", m_MouseOverFormName 
  645.                                     + ".defline.value=" + "'" + (*iter2)->info
  646.                                     + "'");
  647.                 image->SetAttribute("ONMOUSEOUT", m_MouseOverFormName + 
  648.                                     ".defline.value='Mouse-over to show defline and scores, click to show alignments'");
  649.             }
  650.             if(m_View & eAnchorLink){
  651.                 string acc;
  652.                 (*iter2)->id->GetLabel(&acc, CSeq_id::eContent, 0);
  653.                 string seqid = (*iter2)->gi == 
  654.                     0 ? acc : NStr::IntToString((*iter2)->gi);
  655.                 ad = new CHTML_a("#" + seqid, image);
  656.                 tc = tbl->InsertAt(0, column, ad);
  657.             } else {
  658.                 tc = tbl->InsertAt(0, column, image);
  659.             }
  660.             column ++;
  661.             tc->SetAttribute("valign", "CENTER");
  662.             tc->SetAttribute("align", "LEFT");
  663.     
  664.         }
  665.         if(!tbl.Empty()){   
  666.             tbl_box_tc->AppendChild(&(*tbl));
  667.             //table for space between bars
  668.             tbl = new CHTML_table;
  669.             image = new CHTML_img(m_ImagePath + kGifWhite, kScoreMargin 
  670.                                   + kScoreLength, kBlankBarHeight);
  671.             tbl->SetCellSpacing(0)->SetCellPadding(0)->SetAttribute("border", "0");  
  672.             tbl->InsertAt(0, 0, image);
  673.             tbl_box_tc->AppendChild(&(*tbl));
  674.         }
  675.     }
  676. }
  678. END_SCOPE(objects)
  679. END_NCBI_SCOPE
  681. /* 
  682. *============================================================
  683. *$Log: alngraphic.cpp,v $
  684. *Revision 1000.0  2004/06/01 19:48:35  gouriano
  685. *PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  686. *
  687. *Revision 1.2  2004/05/21 21:42:51  gorelenk
  688. *Added PCH ncbi_pch.hpp
  689. *
  690. *Revision 1.1  2004/04/30 15:40:41  jianye
  691. *Initial checkin
  692. *
  694. *===========================================================
  695. */