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lds_object.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：20k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

lds_object.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: lds_object.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:46:06  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.20
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: lds_object.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:46:06 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author: Anatoliy Kuznetsov
  36.  *
  37.  * File Description:  CLDS_Object implementation.
  38.  *
  39.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  44. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  45. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  46. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  47. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  48. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  49. #include <objects/seqalign/Dense_seg.hpp>
  51. #include <bdb/bdb_cursor.hpp>
  53. #include <objtools/readers/fasta.hpp>
  54. #include <objtools/lds/admin/lds_object.hpp>
  55. #include <objtools/lds/lds_set.hpp>
  56. #include <objtools/lds/lds_util.hpp>
  58. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  59. #include <objmgr/scope.hpp>
  60. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  63. BEGIN_NCBI_SCOPE
  64. BEGIN_SCOPE(objects)
  67. CLDS_Object::CLDS_Object(SLDS_TablesCollection& db, 
  68.                          const map<string, int>& obj_map)
  69. : m_db(db),
  70.   m_ObjTypeMap(obj_map),
  71.   m_MaxObjRecId(0)
  72. {}
  75. CLDS_Object::~CLDS_Object()
  76. {
  77. }
  79. void CLDS_Object::DeleteCascadeFiles(const CLDS_Set& file_ids, 
  80.                                      CLDS_Set* objects_deleted,
  81.                                      CLDS_Set* annotations_deleted)
  82. {
  83.     if (file_ids.empty())
  84.         return;
  86.     //
  87.     //  Delete records from "object" table
  88.     //
  89.     {{
  90.     CBDB_FileCursor cur(m_db.object_db); 
  91.     cur.SetCondition(CBDB_FileCursor::eFirst); 
  92.     while (cur.Fetch() == eBDB_Ok) { 
  93.         int fid = m_db.object_db.file_id;
  94.         if (fid && LDS_SetTest(file_ids, fid)) {
  95. /*
  96.             int object_attr_id = m_db.object_db.object_attr_id;
  97.             
  98.             if (object_attr_id) {  // delete dependent object attr
  99.                 m_db.object_attr_db.object_attr_id = object_attr_id;
  100.                 m_db.object_attr_db.Delete();
  101.             }
  102. */
  103.             int object_id = m_db.object_db.object_id;
  105.             objects_deleted->insert(object_id);
  106.             m_db.object_db.Delete();
  107.         }
  108.     }
  110.     }}
  112.     //
  113.     // Delete "annot2obj"
  114.     //
  115.     {{
  116.     CBDB_FileCursor cur(m_db.annot2obj_db); 
  117.     cur.SetCondition(CBDB_FileCursor::eFirst); 
  118.     while (cur.Fetch() == eBDB_Ok) { 
  119.         int object_id = m_db.annot2obj_db.object_id;
  120.         if (object_id && LDS_SetTest(*objects_deleted, object_id)) {
  121.             m_db.annot2obj_db.Delete();
  122.         }
  123.     }
  125.     }}
  127.     //
  128.     // Delete "annotation"
  129.     //
  130.     {{
  131.     CBDB_FileCursor cur(m_db.annot_db); 
  132.     cur.SetCondition(CBDB_FileCursor::eFirst); 
  133.     while (cur.Fetch() == eBDB_Ok) { 
  134.         int fid = m_db.object_db.file_id;
  135.         if (fid && LDS_SetTest(file_ids, fid)) {
  136.             int annot_id = m_db.annot_db.annot_id;
  137.             annotations_deleted->insert(annot_id);
  138.             m_db.annot_db.Delete();
  139.         }
  140.     }
  142.     }}
  144.     //
  145.     // Delete "seq_id_list"
  146.     //
  147.     {{
  149.     ITERATE(CLDS_Set, it, *objects_deleted) {
  150.         int id = *it;
  151.         m_db.seq_id_list.object_id = id;
  152.         m_db.seq_id_list.Delete();
  153.     }
  155.     ITERATE(CLDS_Set, it, *annotations_deleted) {
  156.         int id = *it;
  157.         m_db.seq_id_list.object_id = id;
  158.         m_db.seq_id_list.Delete();
  159.     }
  161.     }}
  162. }
  165. void CLDS_Object::UpdateCascadeFiles(const CLDS_Set& file_ids)
  166. {
  167.     if (file_ids.empty())
  168.         return;
  170.     CLDS_Set objects_deleted;
  171.     CLDS_Set annotations_deleted;
  172.     DeleteCascadeFiles(file_ids, &objects_deleted, &annotations_deleted);
  175.     ITERATE(CLDS_Set, it, file_ids) {
  176.         int fid = *it;
  177.         m_db.file_db.file_id = fid;
  179.         if (m_db.file_db.Fetch() == eBDB_Ok) {
  180.             string fname(m_db.file_db.file_name);
  181.             CFormatGuess::EFormat format = 
  182.                 (CFormatGuess::EFormat)(int)m_db.file_db.format;
  183.     
  184.             LOG_POST(Info << "<< Updating file >>: " << fname);
  186.             UpdateFileObjects(fid, fname, format);
  187.         }
  188.     } // ITERATE
  189. }
  192. void CLDS_Object::UpdateFileObjects(int file_id, 
  193.                                     const string& file_name, 
  194.                                     CFormatGuess::EFormat format)
  195. {
  196.     FindMaxObjRecId();
  198.     if (format == CFormatGuess::eBinaryASN ||
  199.         format == CFormatGuess::eTextASN ||
  200.         format == CFormatGuess::eXml) {
  202.         LOG_POST(Info << "Scanning file: " << file_name);
  204.         CLDS_CoreObjectsReader sniffer;
  205.         ESerialDataFormat stream_format = FormatGuess2Serial(format);
  207.         auto_ptr<CObjectIStream> 
  208.           input(CObjectIStream::Open(file_name, stream_format));
  209.         sniffer.Probe(*input);
  211.         CLDS_CoreObjectsReader::TObjectVector& obj_vector 
  212.                                                 = sniffer.GetObjectsVector();
  214.         if (obj_vector.size()) {
  215.             for (unsigned int i = 0; i < obj_vector.size(); ++i) {
  216.                 CLDS_CoreObjectsReader::SObjectDetails* obj_info = &obj_vector[i];
  217.                 // If object is not in the database yet.
  218.                 if (obj_info->ext_id == 0) {
  219.                     SaveObject(file_id, &sniffer, obj_info);
  220.                 }
  221.             }
  222.             LOG_POST(Info << "LDS: " 
  223.                           << obj_vector.size() 
  224.                           << " object(s) found in:" 
  225.                           << file_name);
  227.             sniffer.ClearObjectsVector();
  229.         } else {
  230.             LOG_POST(Info << "LDS: No objects found in:" << file_name);
  231.         }
  233.     } else if ( format == CFormatGuess::eFasta ){
  234.         CNcbiIfstream input(file_name.c_str(), 
  235.                             IOS_BASE::in | IOS_BASE::binary);
  237.         SFastaFileMap fmap;
  238.     
  239.         ReadFastaFileMap(&fmap, input);
  240.         int type_id;
  241.         {{
  242.         map<string, int>::const_iterator it = m_ObjTypeMap.find("FastaEntry");
  243.         _ASSERT(it != m_ObjTypeMap.end());
  244.         type_id = it->second;
  245.         }}
  247.         SFastaFileMap::TMapVector::const_iterator it;
  248.         for (it = fmap.file_map.begin(); it < fmap.file_map.end(); ++it) {
  249.             SaveObject(file_id, 
  250.                        it->seq_id, 
  251.                        it->description, 
  252.                        it->stream_offset,
  253.                        type_id);
  254.         }
  255.         
  256.     } else {
  257.         LOG_POST(Info << "Unsupported file format: " << file_name);
  258.     }
  261. }
  264. int CLDS_Object::SaveObject(int file_id,
  265.                             const string& seq_id,
  266.                             const string& description,
  267.                             size_t offset,
  268.                             int type_id)
  269. {
  270.     ++m_MaxObjRecId;
  271.     EBDB_ErrCode err;
  272. /*
  273.     m_db.object_attr_db.object_attr_id = m_MaxObjRecId;
  274.     m_db.object_attr_db.object_title = description;
  275.     EBDB_ErrCode err = m_db.object_attr_db.Insert();
  276.     BDB_CHECK(err, "LDS::ObjectAttribute");
  277. */
  278.     m_db.object_db.object_id = m_MaxObjRecId;
  279.     m_db.object_db.file_id = file_id;
  280.     m_db.object_db.seqlist_id = 0;
  281.     m_db.object_db.object_type = type_id;
  282.     m_db.object_db.file_offset = offset;
  283. //    m_db.object_db.object_attr_id = m_MaxObjRecId;
  284.     m_db.object_db.TSE_object_id = 0;
  285.     m_db.object_db.parent_object_id = 0;
  286.     m_db.object_db.object_title = description;
  287.     
  288.     string ups = seq_id; 
  289.     NStr::ToUpper(ups);
  290.     m_db.object_db.primary_seqid = ups;
  292.     LOG_POST(Info << "Saving Fasta object: " << seq_id);
  294.     err = m_db.object_db.Insert();
  295.     BDB_CHECK(err, "LDS::Object");
  297.     return m_MaxObjRecId;
  298. }
  301. int CLDS_Object::SaveObject(int file_id, 
  302.                             CLDS_CoreObjectsReader* sniffer,
  303.                             CLDS_CoreObjectsReader::SObjectDetails* obj_info)
  304. {
  305.     int top_level_id, parent_id;
  307.     _ASSERT(obj_info->ext_id == 0);  // Making sure the object is not in the DB yet
  309.     if (obj_info->is_top_level) {
  310.         top_level_id = parent_id = 0;
  311.     } else {
  312.         // Find the direct parent
  313.         {{
  315.             CLDS_CoreObjectsReader::SObjectDetails* parent_obj_info 
  316.                         = sniffer->FindObjectInfo(obj_info->parent_offset);
  317.             _ASSERT(parent_obj_info);
  318.             if (parent_obj_info->ext_id == 0) { // not yet in the database
  319.                 // Recursively save the parent
  320.                 parent_id = SaveObject(file_id, sniffer, parent_obj_info);
  321.             } else {
  322.                 parent_id = parent_obj_info->ext_id;
  323.             }
  325.         }}
  327.         // Find the top level grand parent
  328.         {{
  330.             CLDS_CoreObjectsReader::SObjectDetails* top_obj_info 
  331.                         = sniffer->FindObjectInfo(obj_info->top_level_offset);
  332.             _ASSERT(top_obj_info);
  333.             if (top_obj_info->ext_id == 0) { // not yet in the database
  334.                 // Recursively save the parent
  335.                 top_level_id = SaveObject(file_id, sniffer, top_obj_info);
  336.             } else {
  337.                 top_level_id = top_obj_info->ext_id;
  338.             }
  340.         }}
  342.     }
  344.     const string& type_name = obj_info->info.GetTypeInfo()->GetName();
  346.     map<string, int>::const_iterator it = m_ObjTypeMap.find(type_name);
  347.     if (it == m_ObjTypeMap.end()) {
  348.         LOG_POST(Info << "Unrecognized type: " << type_name);
  349.         return 0;                
  350.     }
  351.     int type_id = it->second;
  354.     string id_str;
  355.     string molecule_title;
  357.     ++m_MaxObjRecId;
  359.     bool is_object = IsObject(*obj_info, &id_str, &molecule_title);
  360.     if (is_object) {
  361.         string all_seq_id; // Space separated list of seq_ids
  362.         const CBioseq* bioseq = CType<CBioseq>().Get(obj_info->info);
  363.         if (bioseq) {
  364.             const CBioseq::TId&  id_list = bioseq->GetId();
  365.             ITERATE(CBioseq::TId, it, id_list) {
  366.                 const CSeq_id* seq_id = *it;
  367.                 if (seq_id) {
  368.                     all_seq_id.append(seq_id->AsFastaString());
  369.                     all_seq_id.append(" ");
  370.                 }
  371.             }
  372.         }
  374.         m_db.object_db.primary_seqid = NStr::ToUpper(id_str);
  376.         obj_info->ext_id = m_MaxObjRecId; // Keep external id for the next scan
  377.         EBDB_ErrCode err;
  378. /*
  379.         m_db.object_attr_db.object_attr_id = m_MaxObjRecId;
  380.         m_db.object_attr_db.object_title = molecule_title;
  381.         m_db.object_attr_db.seq_ids = NStr::ToUpper(all_seq_id);
  382.         EBDB_ErrCode err = m_db.object_attr_db.Insert();
  383.         BDB_CHECK(err, "LDS::ObjectAttr");
  384. */
  385.         m_db.object_db.object_id = m_MaxObjRecId;
  386.         m_db.object_db.file_id = file_id;
  387.         m_db.object_db.seqlist_id = 0;  // TODO:
  388.         m_db.object_db.object_type = type_id;
  389.         m_db.object_db.file_offset = obj_info->offset;
  390. //        m_db.object_db.object_attr_id = m_MaxObjRecId; 
  391.         m_db.object_db.TSE_object_id = top_level_id;
  392.         m_db.object_db.parent_object_id = parent_id;
  393.         m_db.object_db.object_title = molecule_title;
  394.         m_db.object_db.seq_ids = NStr::ToUpper(all_seq_id);
  397. //        LOG_POST(Info << "Saving object: " << type_name << " " << id_str);
  399.         err = m_db.object_db.Insert();
  400.         BDB_CHECK(err, "LDS::Object");
  402.     } else {
  403.                 
  404.         // Set of seq ids referenced in the annotation
  405.         //
  406.         set<string> ref_seq_ids;
  408.         // Check for alignment in annotation
  409.         //
  410.         const CSeq_annot* annot = 
  411.             CType<CSeq_annot>().Get(obj_info->info);
  412.         if (annot && annot->CanGetData()) {
  413.             const CSeq_annot_Base::C_Data& adata = annot->GetData();
  414.             if (adata.Which() == CSeq_annot_Base::C_Data::e_Align) {
  415.                 const CSeq_annot_Base::C_Data::TAlign& al_list =
  416.                                             adata.GetAlign();
  417.                 ITERATE (CSeq_annot_Base::C_Data::TAlign, it, al_list){
  418.                     if (!(*it)->CanGetSegs())
  419.                         continue;
  421.                     const CSeq_align::TSegs& segs = (*it)->GetSegs();
  422.                     switch (segs.Which())
  423.                     {
  424.                     case CSeq_align::C_Segs::e_Std:
  425.                         {
  426.                         const CSeq_align_Base::C_Segs::TStd& std_list =
  427.                                                     segs.GetStd();
  428.                         ITERATE (CSeq_align_Base::C_Segs::TStd, it2, std_list) {
  429.                             const CRef<CStd_seg>& seg = *it2;
  430.                             const CStd_seg::TIds& ids = seg->GetIds();
  432.                             ITERATE(CStd_seg::TIds, it3, ids) {
  433.                                 ref_seq_ids.insert((*it3)->AsFastaString());
  435.                             } // ITERATE
  437.                         } // ITERATE
  438.                         }
  439.                         break;
  440.                     case CSeq_align::C_Segs::e_Denseg:
  441.                         {
  442.                         const CSeq_align_Base::C_Segs::TDenseg& denseg =
  443.                                                         segs.GetDenseg();
  444.                         const CDense_seg::TIds& ids = denseg.GetIds();
  446.                         ITERATE (CDense_seg::TIds, it3, ids) {
  447.                             ref_seq_ids.insert((*it3)->AsFastaString());
  448.                         } // ITERATE
  449.                         
  450.                         }
  451.                         break;
  452.                     case CSeq_align::C_Segs::e_Packed:
  453.                     case CSeq_align::C_Segs::e_Disc:
  454.                         break;
  455.                     }
  457.                 } // ITERATE
  458.             }
  459.         }
  461.         // Save all seq ids referred by the alignment
  462.         //
  463.         ITERATE (set<string>, it, ref_seq_ids) {
  464.             m_db.seq_id_list.object_id = m_MaxObjRecId;
  465.             m_db.seq_id_list.seq_id = it->c_str();
  467.             EBDB_ErrCode err = m_db.seq_id_list.Insert();
  468.             BDB_CHECK(err, "LDS::seq_id_list");
  469.         }
  470.         
  471.         obj_info->ext_id = m_MaxObjRecId; // Keep external id for the next scan
  472.                 
  473.         m_db.annot_db.annot_id = m_MaxObjRecId;
  474.         m_db.annot_db.file_id = file_id;
  475.         m_db.annot_db.annot_type = type_id;
  476.         m_db.annot_db.file_offset = obj_info->offset;
  478.         LOG_POST(Info << "Saving annotation: " 
  479.                       << type_name 
  480.                       << " " 
  481.                       << id_str
  482.                       << " " 
  483.                       << (const char*)(!top_level_id ? "Top Level. " : " ")
  484.                       << "offs=" 
  485.                       << obj_info->offset
  486.                       );
  488.         EBDB_ErrCode err = m_db.annot_db.Insert();
  489.         BDB_CHECK(err, "LDS::Annotation");
  491.         m_db.annot2obj_db.object_id = parent_id;
  492.         m_db.annot2obj_db.annot_id = m_MaxObjRecId;
  494.         err = m_db.annot2obj_db.Insert();
  495.         BDB_CHECK(err, "LDS::Annot2Obj");
  497.     }
  499.     return obj_info->ext_id;
  500. }
  503. bool CLDS_Object::IsObject(const CLDS_CoreObjectsReader::SObjectDetails& parse_info,
  504.                            string* object_str_id,
  505.                            string* object_title)
  506. {
  507.     *object_title = "";
  508.     *object_str_id = "";
  510.     if (parse_info.is_top_level) {
  512.         CSeq_entry* seq_entry = CType<CSeq_entry>().Get(parse_info.info);
  514.         if (seq_entry) {
  515.             m_TSE_Manager = new CObjectManager;
  516.             m_Scope = new CScope(*m_TSE_Manager);
  518.             m_Scope->AddTopLevelSeqEntry(*seq_entry);
  519.             return true;
  520.         } else {
  521.             CBioseq* bioseq = CType<CBioseq>().Get(parse_info.info);
  522.             if (bioseq) {
  523.                 m_TSE_Manager = new CObjectManager;
  524.                 m_Scope = new CScope(*m_TSE_Manager);
  526.                 m_Scope->AddBioseq(*bioseq);
  527.             }
  528.         }
  529.     }
  531.     const CBioseq* bioseq = CType<CBioseq>().Get(parse_info.info);
  532.     if (bioseq) {
  533.         const CSeq_id* seq_id = bioseq->GetFirstId();
  534.         if (seq_id) {
  535.             *object_str_id = seq_id->AsFastaString();
  536.         } else {
  537.             *object_str_id = "";
  538.         }
  540.         if (m_Scope) { // we are under OM here
  541.             CBioseq_Handle bio_handle = m_Scope->GetBioseqHandle(*bioseq);
  542.             if (bio_handle) {
  543.                 *object_title = sequence::GetTitle(bio_handle);
  544.                 //LOG_POST(Info << "object title: " << *object_title);
  545.             } else {
  546.                 // the last resort
  547.                 bioseq->GetLabel(object_title, CBioseq::eBoth);
  548.             }
  549.             
  550.         } else {  // non-OM controlled object
  551.             bioseq->GetLabel(object_title, CBioseq::eBoth);
  552.         }
  553.     } else {
  554.         const CSeq_annot* annot = 
  555.             CType<CSeq_annot>().Get(parse_info.info);
  556.         if (annot) {
  557.             *object_str_id = "";
  558.             return false;
  559.         } else {
  560.             const CSeq_align* align =  
  561.                 CType<CSeq_align>().Get(parse_info.info);
  562.             if (align) {
  563.                 *object_str_id = "";
  564.                 return false;
  565.             }
  566.         }
  567.     }
  568.     return true;
  569. }
  572. int CLDS_Object::FindMaxObjRecId()
  573. {
  574.     if (m_MaxObjRecId) {
  575.         return m_MaxObjRecId;
  576.     }
  578.     LDS_GETMAXID(m_MaxObjRecId, m_db.object_db, object_id);
  580.     int ann_rec_id = 0;
  581.     LDS_GETMAXID(ann_rec_id, m_db.annot_db, annot_id);
  583.     if (ann_rec_id > m_MaxObjRecId) {
  584.         m_MaxObjRecId = ann_rec_id;
  585.     }
  587.     return m_MaxObjRecId;
  588. }
  591. END_SCOPE(objects)
  592. END_NCBI_SCOPE
  594. /*
  595.  * ===========================================================================
  596.  * $Log: lds_object.cpp,v $
  597.  * Revision 1000.2  2004/06/01 19:46:06  gouriano
  598.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.20
  599.  *
  600.  * Revision 1.20  2004/05/21 21:42:55  gorelenk
  601.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  602.  *
  603.  * Revision 1.19  2004/03/11 18:45:04  kuznets
  604.  * Get correct title for standalone Bioseqs using object manager
  605.  *
  606.  * Revision 1.18  2004/03/09 17:16:59  kuznets
  607.  * Merge object attributes with objects
  608.  *
  609.  * Revision 1.17  2003/10/09 16:48:01  kuznets
  610.  * More LDS logging when parsing files + minor bug fix.
  611.  *
  612.  * Revision 1.16  2003/10/07 20:46:57  kuznets
  613.  * Added diagnostics when some file has been recognized as a file without
  614.  * objects.
  615.  *
  616.  * Revision 1.15  2003/08/21 12:10:04  dicuccio
  617.  * Minor code reformatting
  618.  *
  619.  * Revision 1.14  2003/07/29 19:51:49  kuznets
  620.  * Reflecting changes in the header file
  621.  *
  622.  * Revision 1.13  2003/07/14 19:45:24  kuznets
  623.  * More detailed LOG_POST message
  624.  *
  625.  * Revision 1.12  2003/07/09 19:30:51  kuznets
  626.  * Implemented collection of sequence ids from alignments.
  627.  *
  628.  * Revision 1.11  2003/07/03 19:23:37  kuznets
  629.  * Added recognition of denseg alignments.
  630.  *
  631.  * Revision 1.10  2003/07/02 12:07:42  dicuccio
  632.  * Fix for implicit conversion/assignment in gcc
  633.  *
  634.  * Revision 1.9  2003/07/01 19:27:06  kuznets
  635.  * Added code fragment reading sequence ids from an alignment.
  636.  *
  637.  * Revision 1.8  2003/06/26 16:22:15  kuznets
  638.  * Uppercased all sequence ids before writing into the database.
  639.  *
  640.  * Revision 1.7  2003/06/16 16:24:43  kuznets
  641.  * Fixed #include paths (lds <-> lds_admin separation)
  642.  *
  643.  * Revision 1.6  2003/06/16 15:40:21  kuznets
  644.  * Fixed a bug with collecting all seq_ids from a bioseq
  645.  *
  646.  * Revision 1.5  2003/06/13 16:00:30  kuznets
  647.  * Improved work with sequence ids. Now it keeps all sequence ids bioseq has
  648.  *
  649.  * Revision 1.4  2003/06/10 19:00:32  kuznets
  650.  * Code clean-up
  651.  *
  652.  * Revision 1.3  2003/06/06 20:03:54  kuznets
  653.  * Reflecting new location of fasta reader
  654.  *
  655.  * Revision 1.2  2003/06/04 16:38:45  kuznets
  656.  * Implemented OM-based bioseq title extraction (should work better than
  657.  * CBioseq::GetTitle())
  658.  *
  659.  * Revision 1.1  2003/06/03 14:13:25  kuznets
  660.  * Initial revision
  661.  *
  662.  *
  663.  * ===========================================================================
  664.  */