开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
showalign.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：72k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

showalign.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: showalign.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/06/01 19:41:04  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.36
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: showalign.cpp,v 1000.5 2004/06/01 19:41:04 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Jian Ye
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   Sequence alignment display
  39.  *
  40.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <objtools/alnmgr/util/showalign.hpp>
  45. #include <corelib/ncbiexpt.hpp>
  46. #include <corelib/ncbiutil.hpp>
  47. #include <corelib/ncbistre.hpp>
  48. #include <corelib/ncbireg.hpp>
  50. #include <util/range.hpp>
  51. #include <util/md5.hpp>
  53. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  54. #include <objects/general/User_object.hpp>
  55. #include <objects/general/User_field.hpp>
  56. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  58. #include <serial/iterator.hpp>
  59. #include <serial/objistr.hpp>
  60. #include <serial/objostr.hpp>
  61. #include <serial/serial.hpp>
  62. #include <serial/objostrasnb.hpp> 
  63. #include <serial/objistrasnb.hpp> 
  64. #include <connect/ncbi_conn_stream.hpp>
  66. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  67. #include <objmgr/scope.hpp>
  68. #include <objmgr/feat_ci.hpp>
  69. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  71. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  72. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  74. #include <objects/seqfeat/SeqFeatData.hpp>
  75. #include <objects/seqfeat/Cdregion.hpp>
  77. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  78. #include <objects/seq/Seqdesc.hpp>
  79. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  81. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  83. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  84. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  86. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  87. #include <objects/seqalign/Score.hpp>
  88. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  89. #include <objects/seqalign/Dense_diag.hpp>
  91. #include <objtools/alnmgr/alnmix.hpp>
  92. #include <objtools/alnmgr/alnvec.hpp>
  94. #include <objects/blastdb/Blast_def_line.hpp>
  95. #include <objects/blastdb/Blast_def_line_set.hpp>
  96. #include <objects/blastdb/defline_extra.hpp>
  98. #include <stdio.h>
  99. #include <util/tables/raw_scoremat.h>
  102. BEGIN_NCBI_SCOPE
  103. BEGIN_SCOPE (objects)
  104. USING_SCOPE (sequence);
  106. static const char k_IdentityChar = '.';
  107. static const int k_NumFrame = 6;
  108. static const string k_FrameConversion[k_NumFrame] = {"+1", "+2", "+3", "-1", "-2", "-3"};
  109. static const int k_GetSubseqThreshhold = 10000;
  110. static const int k_ColorMismatchIdentity = 0;  /*threshhold to color mismatch.  98 means 98% */
  111. static const string k_DumpGnlUrl = "/blast/dumpgnl.cgi";
  112. static const int k_FeatureIdLen = 16;
  113. static const int k_NumAsciiChar = 128;
  114. const string color[]={"#000000", "#808080", "#FF0000"};
  115. static const char k_PSymbol[CDisplaySeqalign::kPMatrixSize+1] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX";
  118. /* url for linkout*/
  119. static const string k_EntrezUrl = "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=%s&list_uids=%d&dopt=%s" %s>";
  121. static const string k_TraceUrl = "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi?cmd=retrieve&dopt=fasta&val=%s">";
  123. static const string k_LocusLinkUrl = "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/list.cgi?Q=%d%s"><img border=0 height=16 width=16 src="/blast/images/L.gif" alt="LocusLink info"></a>";
  125. static const string k_UnigeneUrl = "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene&cmd=search&term=%d[Nucleotide+UID]"><img border=0 height=16 width=16 src="/blast/images/U.gif" alt="UniGene info"></a>";
  127. static const string k_StructureUrl = "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/cblast.cgi?blast_RID=%s&blast_rep_gi=%d&hit=%d&blast_CD_RID=%s&blast_view=%s&hsp=0&taxname=%s&client=blast"><img border=0 height=16 width=16 src="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/str_link.gif" alt="Related structures"></a>";
  129. static const string k_StructureOverviewUrl = "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/cblast.cgi?blast_RID=%s&blast_rep_gi=%d&hit=%d&blast_CD_RID=%s&blast_view=%s&hsp=0&taxname=%s&client=blast">Related Structures</a>";
  131. static const string k_GeoUrl =  "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=geo&term=%d[gi]"><img border=0 height=16 width=16 src="/blast/images/G.gif" alt="Geo"></a>";
  134. //Constructor
  135. CDisplaySeqalign::CDisplaySeqalign(const CSeq_align_set& seqalign, list <SeqlocInfo*>& maskSeqloc, list <FeatureInfo*>& externalFeature, const int matrix[][kPMatrixSize], CScope& scope) : m_SeqalignSetRef(&seqalign), m_Seqloc(maskSeqloc), m_QueryFeature(externalFeature), m_Scope(scope) {
  136.   m_AlignOption = 0;
  137.   m_SeqLocChar = eX;
  138.   m_SeqLocColor = eBlack;
  139.   m_LineLen = 60;
  140.   m_IdStartMargin = 2;
  141.   m_StartSequenceMargin = 2;
  142.   m_SeqStopMargin = 2;
  143.   m_IsDbNa = true;
  144.   m_IsQueryNa = true;
  145.   m_IsDbGi = false;
  146.   m_DbName = NcbiEmptyString;
  147.   m_NumAlignToShow = 10000;
  148.   m_AlignType = eNotSet;
  149.   m_Rid = "0";
  150.   m_CddRid = "0";
  151.   m_EntrezTerm = NcbiEmptyString;
  152.   m_QueryNumber = 0;
  153.   m_BlastType = NcbiEmptyString;
  154.   m_MidLineStyle = eBar;
  155.   m_ConfigFile = NULL;
  156.   m_Reg = NULL;
  158.   SNCBIFullScoreMatrix blosumMatrix;
  159.   NCBISM_Unpack(&NCBISM_Blosum62, &blosumMatrix);
  160.  
  161.   int** temp = new int*[k_NumAsciiChar];
  162.   for(int i = 0; i<k_NumAsciiChar; ++i) {
  163.     temp[i] = new int[k_NumAsciiChar];
  164.   }
  165.   for (int i=0; i<k_NumAsciiChar; i++){
  166.     for (int j=0; j<k_NumAsciiChar; j++){
  167.       temp[i][j] = -1000;
  168.     }
  169.   }
  170.   for(int i = 0; i < kPMatrixSize; ++i){
  171.     for(int j = 0; j < kPMatrixSize; ++j){
  172.       if(matrix){
  173. temp[(size_t)k_PSymbol[i]][(size_t)k_PSymbol[j]] = matrix[i][j];
  174.       } else {
  175. temp[(size_t)k_PSymbol[i]][(size_t)k_PSymbol[j]] = blosumMatrix.s[(size_t)k_PSymbol[i]][(size_t)k_PSymbol[j]];
  176.       }
  177.      
  178.     }
  179.   }
  180.   for(int i = 0; i < kPMatrixSize; ++i) {
  181.     temp[(size_t)k_PSymbol[i]]['*'] = temp['*'][(size_t)k_PSymbol[i]] = -4;
  182.   }
  183.   temp['*']['*'] = 1;
  184.  
  185.   m_Matrix = temp;
  186.  
  187. }
  189. //Destructor
  190. CDisplaySeqalign::~CDisplaySeqalign(){
  191.   for(int i = 0; i<k_NumAsciiChar; ++i) {
  192.     delete [] m_Matrix[i];
  193.   }
  194.   delete [] m_Matrix;
  195.   if (m_ConfigFile) {
  196.     delete m_ConfigFile;
  197.   } 
  198.   if (m_Reg) {
  199.     delete m_Reg;
  200.   }
  202. }
  204. static void AddSpace(CNcbiOstream& out, int number);
  206. static string GetTaxNames(const CBioseq& cbsp, int taxid);
  208. static string getNameInitials(string& name);
  209. static string GetSeqForm(char* formName, bool dbIsNa, int queryNumber);
  210. static const string GetSeqIdStringByFastaOrder(const CSeq_id& id, CScope& sp, bool with_version);
  211. static int GetGiForSeqIdList (const list<CRef<CSeq_id> >& ids);
  213. static string MakeURLSafe(char* src);
  214. static void getAlnScores(const CSeq_align& aln, int& score, double& bits, double& evalue);
  215. template<class container> static bool s_GetBlastScore(const container& scoreList,  int& score, double& bits, double& evalue);
  216. static bool s_canDoMultiAlign(const CSeq_align_set& aln, CScope& scope);
  217. static CRef<CSeq_id> GetSeqIdByType(const list<CRef<CSeq_id> >& ids, CSeq_id::E_Choice choice);
  218. static int s_getFrame (int start, ENa_strand strand, const CSeq_id& id, CScope& sp);
  219. static CRef<CSeq_align> CreateDensegFromDendiag(const CSeq_align& aln);
  220. static void x_ColorDifferentBases(string& seq, char identityChar, CNcbiOstream& out);
  221. static void s_WrapOutputLine(CNcbiOstream& out, const string& str);
  223. static void s_WrapOutputLine(CNcbiOstream& out, const string& str){
  224.   const int line_len = 60;
  225.   const int front_space = 12;
  226.   bool do_wrap = false;
  227.   int length = (int) str.size();
  228.   if (length > line_len) {
  229.     for (int i = 0; i < length; i ++){
  230.       if(i > 0 && i % line_len == 0){
  231. do_wrap = true;
  232.       }   
  233.       out << str[i];
  234.       if(do_wrap && isspace(str[i])){
  235. out << endl;  
  236. AddSpace(out, front_space);
  237. do_wrap = false;
  238.       }
  239.     }
  240.   } else {
  241.     out << str;
  242.   }
  243. }
  246. //To add color to bases other than identityChar
  247. static void x_ColorDifferentBases(string& seq, char identityChar, CNcbiOstream& out){
  248.   string base_color = "#FF0000";
  249.   bool tagOpened = false;
  250.   for(int i = 0; i < (int)seq.size(); i ++){
  251.     if(seq[i] != identityChar){
  252.       if(!tagOpened){
  253. out << "<font color=""+base_color+""><b>";
  254. tagOpened =  true;
  255.       }
  256.      
  257.     } else {
  258.       if(tagOpened){
  259. out << "</b></font>";
  260. tagOpened = false;
  261.       }
  262.     }
  263.     out << seq[i];
  264.     if(tagOpened && i == (int)seq.size() - 1){
  265.       out << "</b></font>";
  266.       tagOpened = false;
  267.     }
  268.   } 
  269. }
  272. template<class container> static bool s_GetBlastScore(const container&  scoreList,  int& score, double& bits, double& evalue){
  273.   bool hasScore = false;
  274.   ITERATE (typename container, iter, scoreList) {
  275.     const CObject_id& id=(*iter)->GetId();
  276.     if (id.IsStr()) {
  277.       hasScore = true;
  278.       if (id.GetStr()=="score"){
  279. score = (*iter)->GetValue().GetInt();
  280.       
  281.       } else if (id.GetStr()=="bit_score"){
  282. bits = (*iter)->GetValue().GetReal();
  284.       } else if (id.GetStr()=="e_value" || id.GetStr()=="sum_e") {
  285. evalue = (*iter)->GetValue().GetReal();
  286.       } 
  287.     }
  288.   }
  289.   return hasScore;
  290. }
  291. static CRef<CSeq_align> CreateDensegFromDendiag(const CSeq_align& aln) {
  292.   CRef<CSeq_align> sa(new CSeq_align);
  293.   if ( !aln.GetSegs().IsDendiag()) {
  294.     NCBI_THROW(CException, eUnknown, "Input Seq-align should be Dendiag!");
  295.   }
  296.   
  297.   if(aln.IsSetType()){
  298.     sa->SetType(aln.GetType());
  299.   }
  300.   if(aln.IsSetDim()){
  301.     sa->SetDim(aln.GetDim());
  302.   }
  303.   if(aln.IsSetScore()){
  304.     sa->SetScore() = aln.GetScore();
  305.   }
  306.   if(aln.IsSetBounds()){
  307.     sa->SetBounds() = aln.GetBounds();
  308.   }
  309.   
  310.   CDense_seg& ds = sa->SetSegs().SetDenseg();
  312.   int counter = 0;
  313.   ds.SetNumseg() = 0;
  314.   ITERATE (CSeq_align::C_Segs::TDendiag, iter, aln.GetSegs().GetDendiag()){
  315.      
  316.     if(counter == 0){//assume all dendiag segments have same dim and ids
  317.       if((*iter)->IsSetDim()){
  318. ds.SetDim((*iter)->GetDim());
  319.       }
  320.       if((*iter)->IsSetIds()){
  321. ds.SetIds() = (*iter)->GetIds();
  322.       }
  323.     }
  324.     ds.SetNumseg() ++;
  325.     if((*iter)->IsSetStarts()){
  326.       ITERATE(CDense_diag::TStarts, iterStarts, (*iter)->GetStarts()){
  327. ds.SetStarts().push_back(*iterStarts);
  328.       }
  329.     }
  330.     if((*iter)->IsSetLen()){
  331.       ds.SetLens().push_back((*iter)->GetLen());
  332.     }
  333.     if((*iter)->IsSetStrands()){
  334.       ITERATE(CDense_diag::TStrands, iterStrands, (*iter)->GetStrands()){
  335. ds.SetStrands().push_back(*iterStrands);
  336.       }
  337.     }
  338.     if((*iter)->IsSetScores()){
  339.       ITERATE(CDense_diag::TScores, iterScores, (*iter)->GetScores()){
  340. ds.SetScores().push_back(*iterScores); //this might not have right meaning
  341.       }
  342.     }
  343.     counter ++;
  344.   }
  345.   
  346.   return sa;
  347. }
  348. static int s_GetStdsegMasterFrame(const CStd_seg& ss, CScope& scope){
  349.   const CRef<CSeq_loc> slc = ss.GetLoc().front();
  350.   ENa_strand strand = GetStrand(*slc);
  351.   int frame = s_getFrame(strand ==  eNa_strand_plus ? GetStart(*slc) : GetStop(*slc), strand ==  eNa_strand_plus? eNa_strand_plus : eNa_strand_minus, *(ss.GetIds().front()), scope);
  352.   
  353.   return frame;
  354. }
  356. /*Note that start is zero bases.  It returns frame +/1(1-3).  ) indicates erro*/
  357. static int s_getFrame (int start, ENa_strand strand, const CSeq_id& id, CScope& sp) {
  358.   int frame = 0;
  359.   if (strand == eNa_strand_plus) {
  360.     frame = (start % 3) + 1;
  361.   } else if (strand == eNa_strand_minus) {
  362.     frame = -((sp.GetBioseqHandle(id).GetBioseqCore()->GetInst().GetLength() - start - 1) % 3 + 1);
  363.    
  364.   }
  365.   return frame;
  366. }
  367. static bool s_canDoMultiAlign(const CSeq_align_set& aln, CScope& scope){
  368.   bool multiAlign = true;
  369.   int firstFrame = 0;
  370.   bool isFirstSeqalign = true;
  371.   /*Make sure that in case of stdseg, the master must be in same frame for all pairwise for multialign view */
  372.   for (CTypeConstIterator<CSeq_align> seqalign = ConstBegin(aln); seqalign; ++ seqalign){
  373.     if (seqalign->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Denseg){
  374.       break;
  375.     } else if (seqalign->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std){
  376.       CTypeConstIterator<CStd_seg> ss = ConstBegin(*seqalign);     
  377.       int curFrame = s_GetStdsegMasterFrame(*ss, scope);
  378.       if (isFirstSeqalign){
  379. firstFrame = curFrame;
  380. isFirstSeqalign = false;
  381.       } else {
  382. if (firstFrame != curFrame){
  383.   multiAlign = false;
  384.   break;
  385. }
  386.        
  387.       }
  388.     }
  389.    
  390.   }
  391.   return multiAlign;
  392. }
  395. static void getAlnScores(const CSeq_align& aln, int& score, double& bits, double& evalue){
  396.   bool hasScore = false;
  397.   //look for scores at seqalign level first
  398.   hasScore = s_GetBlastScore(aln.GetScore(),  score, bits, evalue);
  400.   //look at the seg level
  401.   if(!hasScore){
  402.     const CSeq_align::TSegs& seg = aln.GetSegs();
  403.     if(seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std){
  404.       s_GetBlastScore(seg.GetStd().front()->GetScores(),  score, bits, evalue);
  405.     } else if (seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag){
  406.       s_GetBlastScore(seg.GetDendiag().front()->GetScores(),  score, bits, evalue);
  407.     }  else if (seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Denseg){
  408.        s_GetBlastScore(seg.GetDenseg().GetScores(),  score, bits, evalue);
  409.     }
  410.   }
  411. }
  413. string CDisplaySeqalign::getUrl(const list<CRef<CSeq_id> >& ids, int row) const{
  414.   string urlLink = NcbiEmptyString;
  415.  
  416.   char dopt[32], db[32];
  417.   int gi = GetGiForSeqIdList(ids);
  418.   string toolUrl= m_Reg->Get(m_BlastType, "TOOL_URL");
  419.   if(toolUrl == NcbiEmptyString || (gi > 0 && toolUrl.find("dumpgnl.cgi") != string::npos)){ //use entrez or dbtag specified
  420.     if(m_IsDbNa) {
  421.       strcpy(dopt, "GenBank");
  422.       strcpy(db, "Nucleotide");
  423.     } else {
  424.       strcpy(dopt, "GenPept");
  425.       strcpy(db, "Protein");
  426.     }    
  427.  
  428.     char urlBuf[1024];
  429.     if (gi > 0) {
  430.       sprintf(urlBuf, k_EntrezUrl.c_str(), db, gi, dopt, (m_AlignOption & eNewTargetWindow) ? "TARGET="EntrezView"" : "");
  431.       urlLink = urlBuf;
  432.     } else {//seqid general, dbtag specified
  433.       const CRef<CSeq_id> wid = FindBestChoice(ids, CSeq_id::WorstRank);
  434.       if(wid->Which() == CSeq_id::e_General){
  435.         const CDbtag& dtg = wid->GetGeneral();
  436.         const string& dbName = dtg.GetDb();
  437.         if(NStr::CompareNocase(dbName, "TI") == 0){
  438.           sprintf(urlBuf, k_TraceUrl.c_str(), wid->GetSeqIdString().c_str());
  439.           urlLink = urlBuf;
  440.         } else { //future use
  442.         }
  443.       }
  444.     }
  445.   } else { //need to use url in configuration file
  446.     string altUrl = NcbiEmptyString;
  447.       urlLink = getDumpgnlLink(ids, row, altUrl);
  448.   }
  449.   return urlLink;
  450. }
  452. static string getNameInitials(string& name){
  453.   vector<string> arr;
  454.   string initials;
  455.   NStr::Tokenize(name, " ", arr);
  457.   for(vector<string>::iterator iter = arr.begin(); iter != arr.end(); iter ++){
  458.     if (*iter != NcbiEmptyString){
  459.       initials += (*iter)[0];
  460.     }
  461.   }
  462.   return initials;
  463. }
  465. static void AddSpace(CNcbiOstream& out, int number){
  466.   for(int i=0; i<number; i++){
  467.     out<<" ";
  468.   }
  469. }
  472. void CDisplaySeqalign::AddLinkout(const CBioseq& cbsp, const CBlast_def_line& bdl, int firstGi, int gi, CNcbiOstream& out) const{
  474.   char molType[8]={""};
  475.   if(cbsp.IsAa()){
  476.     sprintf(molType, "[pgi]");
  477.   }
  478.   else {
  479.     sprintf(molType, "[ngi]");
  480.   }
  481.  
  482.   if (bdl.IsSetLinks()){
  483.     for (list< int >::const_iterator iter = bdl.GetLinks().begin(); iter != bdl.GetLinks().end(); iter ++){
  484.       char buf[1024];
  485.       if((*iter) & eLocuslink){
  486.         sprintf(buf, k_LocusLinkUrl.c_str(), gi, molType);
  487.         out << buf;
  488.       }
  489.       if ((*iter) & eUnigene) {
  490. sprintf(buf, k_UnigeneUrl.c_str(),  gi);
  491. out << buf;
  492.       }
  493.       if ((*iter) & eStructure){
  494.         sprintf(buf, k_StructureUrl.c_str(), m_Rid.c_str(), firstGi, gi, m_CddRid.c_str(), "onepair", (m_EntrezTerm == NcbiEmptyString) ? "none":((char*) m_EntrezTerm.c_str()));
  495. out << buf;
  496.       }
  497.       if ((*iter) & eGeo){
  498.          sprintf(buf, k_GeoUrl.c_str(), gi);
  499.          out << buf;
  500.       }
  501.     }
  502.   }
  503. }
  505. //return the get sequence table for html display
  506. static string GetSeqForm(char* formName, bool dbIsNa, int queryNumber){
  507.   char buf[2048] = {""};
  508.   if(formName){
  509.     sprintf(buf, "<table border="0"><tr><td><FORM  method="post" action="http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?SUBMIT=y" name="%s"><input type=button value="Get selected sequences" onClick="finalSubmit(%d, 'getSeqAlignment%d', 'getSeqGi', '%s')"><input type="hidden" name="db" value=""><input type="hidden" name="term" value=""><input type="hidden" name="doptcmdl" value="docsum"><input type="hidden" name="cmd" value="search"></form></td><td><FORM><input type="button" value="Select all" onClick="handleCheckAll('select', 'getSeqAlignment%d', 'getSeqGi')"></form></td><td><FORM><input type="button" value="Deselect all" onClick="handleCheckAll('deselect', 'getSeqAlignment%d', 'getSeqGi')"></form></td></tr></table>", formName, dbIsNa?1:0, queryNumber, formName, queryNumber, queryNumber);
  510.    
  511.   }
  512.   return buf;
  513. }
  515. //Return the seqid in "fasta" orders
  516. static const string GetSeqIdStringByFastaOrder(const CSeq_id& id, CScope& sp, bool with_version){
  517.   string idString = NcbiEmptyString;
  518.   static const int total_seqid_types=19;
  519.   static int fasta_order[total_seqid_types];
  520.   //fasta order.  See seqidwrite() in C library
  521.   fasta_order[CSeq_id::e_not_set]=33;
  522.   fasta_order[CSeq_id::e_Local]=20;
  523.   fasta_order[CSeq_id::e_Gibbsq]=15;
  524.   fasta_order[CSeq_id::e_Gibbmt]=16;
  525.   fasta_order[CSeq_id::e_Giim]=30;
  526.   fasta_order[CSeq_id::e_Genbank]=10;   
  527.   fasta_order[CSeq_id::e_Embl]=10;
  528.   fasta_order[CSeq_id::e_Pir]=10;
  529.   fasta_order[CSeq_id::e_Swissprot]=10;
  530.   fasta_order[CSeq_id::e_Patent]=15;
  531.   fasta_order[CSeq_id::e_Other]=12;
  532.   fasta_order[CSeq_id::e_General]=13;
  533.   fasta_order[CSeq_id::e_Gi]=255;
  534.   fasta_order[CSeq_id::e_Ddbj]=10;
  535.   fasta_order[CSeq_id::e_Prf]=10;
  536.   fasta_order[CSeq_id::e_Pdb]=12;
  537.   fasta_order[CSeq_id::e_Tpg]=10;
  538.   fasta_order[CSeq_id::e_Tpe]=10;
  539.   fasta_order[CSeq_id::e_Tpd]=10;
  540.  
  541.   CRef<CSeq_id> idRef;
  542.   const list<CRef<CSeq_id> >& ids=sp.GetBioseqHandle(id).GetBioseqCore()->GetId();
  543.  
  544.   for (CBioseq::TId::const_iterator iter = ids.begin(); iter != ids.end(); iter ++){
  545.     if(iter == ids.begin()){
  546.       idRef = *iter;
  547.     }
  548.     else if(fasta_order[(*iter)->Which()]<fasta_order[idRef->Which()]){
  549.       idRef = *iter;
  550.     }
  551.     
  552.   }
  553.   if(!(ids.empty())){
  554.     idString = idRef->GetSeqIdString(with_version);
  555.   }
  556.   return idString;
  557. }
  559. static CRef<CSeq_id> GetSeqIdByType(const list<CRef<CSeq_id> >& ids, CSeq_id::E_Choice choice) {
  560.   CRef<CSeq_id> cid;
  562.   for (CBioseq::TId::const_iterator iter = ids.begin(); iter != ids.end(); iter ++){
  563.     if ((*iter)->Which() == choice){
  564.       cid = *iter;
  565.       break;
  566.     }
  567.   }
  568.  
  569.   return cid;
  570. }
  572. static int GetGiForSeqIdList (const list<CRef<CSeq_id> >& ids){
  573.   int gi = 0;
  574.   CRef<CSeq_id> id = GetSeqIdByType(ids, CSeq_id::e_Gi);
  575.   if (!(id.Empty())){
  576.     return id->GetGi();
  577.   }
  578.   return gi;
  579. }
  581. //To display the seqalign represented by internal alnvec
  582. void CDisplaySeqalign::DisplayAlnvec(CNcbiOstream& out){ 
  584.   int maxIdLen=0;
  585.   int maxStartLen=0;
  586.   int startLen=0;
  587.   int actualLineLen=0;
  588.   int aln_stop=m_AV->GetAlnStop();
  589.   const int rowNum=m_AV->GetNumRows();
  590.  
  591.   if(m_AlignOption & eMasterAnchored){
  592.     m_AV->SetAnchor(0);
  593.   }
  594.   m_AV->SetGapChar('-');
  595.   m_AV->SetEndChar(' ');
  596.   vector<string> sequence(rowNum);
  598.   CAlnMap::TSeqPosList* seqStarts = new CAlnMap::TSeqPosList[rowNum];
  599.   CAlnMap::TSeqPosList* seqStops = new CAlnMap::TSeqPosList[rowNum];
  600.   CAlnMap::TSeqPosList* insertStart = new CAlnMap::TSeqPosList[rowNum];
  601.   CAlnMap::TSeqPosList* insertAlnStart = new CAlnMap::TSeqPosList[rowNum];
  602.   CAlnMap::TSeqPosList* insertLength = new CAlnMap::TSeqPosList[rowNum];
  604.   string* seqidArray=new string[rowNum];
  605.   string middleLine;
  606.   list<alnFeatureInfo*>* bioseqFeature= new list<alnFeatureInfo*>[rowNum];
  607.   CAlnMap::TSignedRange* rowRng = new CAlnMap::TSignedRange[rowNum];
  608.   int* frame = new int[rowNum];
  610.   //conver to aln coordinates for mask seqloc
  611.   list<alnSeqlocInfo*> alnLocList;
  612.   for (list<SeqlocInfo*>::iterator iter=m_Seqloc.begin();  iter!=m_Seqloc.end(); iter++){
  613.     alnSeqlocInfo* alnloc = new alnSeqlocInfo;    
  614.    
  615.     for (int i=0; i<rowNum; i++){
  616.      
  617.       if((*iter)->seqloc->GetInt().GetId().Match(m_AV->GetSeqId(i))){
  618. int actualAlnStart = 0, actualAlnStop = 0;
  619. if(m_AV->IsPositiveStrand(i)){
  620.   actualAlnStart = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(i, (*iter)->seqloc->GetInt().GetFrom());
  621.   actualAlnStop = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(i, (*iter)->seqloc->GetInt().GetTo());
  622. } else {
  623.   actualAlnStart = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(i, (*iter)->seqloc->GetInt().GetTo());
  624.   actualAlnStop = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(i, (*iter)->seqloc->GetInt().GetFrom());
  625. }
  626.         alnloc->alnRange.Set(actualAlnStart, actualAlnStop);      
  627. break;
  628.       }
  629.     }
  630.     alnloc->seqloc = *iter;   
  631.     alnLocList.push_back(alnloc);
  632.   }
  633.   m_Alnloc = alnLocList;
  634.   //Add external query feature info such as phi blast pattern
  635.   for (list<FeatureInfo*>::iterator iter=m_QueryFeature.begin();  iter!=m_QueryFeature.end(); iter++){
  636.     for(int i = 0; i < rowNum; i++){
  637.       if((*iter)->seqloc->GetInt().GetId().Match(m_AV->GetSeqId(i))){
  638. int actualSeqStart = 0, actualSeqStop = 0;
  639. if(m_AV->IsPositiveStrand(i)){
  640.   if((*iter)->seqloc->GetInt().GetFrom() < m_AV->GetSeqStart(i)){
  641.     actualSeqStart = m_AV->GetSeqStart(i);
  642.   } else {
  643.     actualSeqStart = (*iter)->seqloc->GetInt().GetFrom();
  644.   }
  646.   if((*iter)->seqloc->GetInt().GetTo() > m_AV->GetSeqStop(i)){
  647.     actualSeqStop = m_AV->GetSeqStop(i);
  648.   } else {
  649.     actualSeqStop = (*iter)->seqloc->GetInt().GetTo();
  650.   }
  651. } else {
  652.   if((*iter)->seqloc->GetInt().GetFrom() < m_AV->GetSeqStart(i)){
  653.     actualSeqStart = (*iter)->seqloc->GetInt().GetFrom();
  654.   } else {
  655.     actualSeqStart = m_AV->GetSeqStart(i);
  656.   }
  657.   
  658.   if((*iter)->seqloc->GetInt().GetTo() > m_AV->GetSeqStop(i)){
  659.     actualSeqStop = (*iter)->seqloc->GetInt().GetTo();
  660.   } else {
  661.     actualSeqStop = m_AV->GetSeqStop(i);
  662.   }
  663. }
  664. int alnFrom = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(i, actualSeqStart);
  665. int alnTo = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(i, actualSeqStop);
  667. alnFeatureInfo* featInfo = new alnFeatureInfo;
  668. string tempFeat = NcbiEmptyString;
  669. setFeatureInfo(featInfo, *((*iter)->seqloc), alnFrom, alnTo, aln_stop, (*iter)->featureChar, (*iter)->featureId, tempFeat);    
  670. bioseqFeature[i].push_back(featInfo);
  671.       }
  672.     }
  673.   }
  675.   //prepare data for each row
  676.   for (int row=0; row<rowNum; row++) {
  677.     rowRng[row] = m_AV->GetSeqAlnRange(row);
  678.     frame[row] = (m_AV->GetWidth(row) == 3 ? s_getFrame(m_AV->IsPositiveStrand(row) ? m_AV->GetSeqStart(row) : m_AV->GetSeqStop(row), m_AV->IsPositiveStrand(row) ? eNa_strand_plus : eNa_strand_minus, m_AV->GetSeqId(row), m_Scope) : 0);
  679.  
  680.        
  681.     //make sequence
  682.     m_AV->GetWholeAlnSeqString(row, sequence[row],  &insertAlnStart[row], &insertStart[row], &insertLength[row], m_LineLen, &seqStarts[row], &seqStops[row]);
  683.     
  684.     //make feature.  Only for pairwise, non-query-anchored and untranslated
  685.     if(!(m_AlignOption & eMasterAnchored) && !(m_AlignOption & eMultiAlign) && m_AV->GetWidth(row) != 3){
  686.       if(m_AlignOption & eShowCdsFeature){
  687. getFeatureInfo(bioseqFeature[row], *m_featScope, CSeqFeatData::e_Cdregion, row, sequence[row]);
  688.       }
  689.       if(m_AlignOption & eShowGeneFeature){
  690. getFeatureInfo(bioseqFeature[row], *m_featScope, CSeqFeatData::e_Gene, row, sequence[row]);
  691.       }
  692.     }
  693.  
  694.     //make id
  695.     if(m_AlignOption & eShowBlastStyleId) {
  696.        if(row==0){//query
  697.          seqidArray[row]="Query";
  698.        } else {//hits
  699.          if (!(m_AlignOption&eMultiAlign)){
  700.          //hits for pairwise 
  701.            seqidArray[row]="Sbjct";
  702.          } else {
  703.            int gi = GetGiForSeqIdList(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId());
  704.            if (m_AlignOption&eShowGi && gi > 0){
  705.              seqidArray[row]=NStr::IntToString(gi);
  706.            } else {
  707.              const CRef<CSeq_id> wid = FindBestChoice(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId(), CSeq_id::WorstRank);
  708.              seqidArray[row]=wid->GetSeqIdString();
  709.            }           
  710.          }
  711.        }
  713.     } else {
  714.       int gi = GetGiForSeqIdList(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId());
  715.       if (m_AlignOption&eShowGi && gi > 0){
  716.         seqidArray[row]=NStr::IntToString(gi);
  717.       } else {
  718.        
  719.         const CRef<CSeq_id> wid = FindBestChoice(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId(), CSeq_id::WorstRank);
  720.         seqidArray[row]=wid->GetSeqIdString();
  721.       }      
  722.     }
  724.     //max id length
  725.     maxIdLen=max<int>(seqidArray[row].size(), maxIdLen);
  726.     //max start length
  727.     int maxCood=max<int>(m_AV->GetSeqStart(row), m_AV->GetSeqStop(row));
  728.     maxStartLen = max<int>(NStr::IntToString(maxCood).size(), maxStartLen);
  729.   }
  730.   //adjust max id length for feature id 
  731.   for(int i = 0; i < rowNum; i ++){
  732.     for (list<alnFeatureInfo*>::iterator iter=bioseqFeature[i].begin();  iter != bioseqFeature[i].end(); iter++){
  733.       maxIdLen=max<int>((*iter)->feature->featureId.size(), maxIdLen );
  734.     }
  735.   }  //end of preparing row data
  736.   
  737.   bool colorMismatch = false; //color the mismatches
  738.   //output identities info 
  739.   if(m_AlignOption&eShowBlastInfo && !(m_AlignOption&eMultiAlign)) {
  740.     int match = 0;
  741.     int positive = 0;
  742.     int gap = 0;
  743.     int identity = 0;
  744.     fillIdentityInfo(sequence[0], sequence[1],  match,  positive, middleLine);
  745.     identity = (match*100)/(aln_stop+1);
  746.     if(identity >= k_ColorMismatchIdentity && identity <100){
  747.       colorMismatch = true;
  748.     }
  749.     out<<" Identities = "<<match<<"/"<<(aln_stop+1)<<" ("<<identity<<"%"<<")";
  750.     if(m_AlignType&eProt) {
  751.       out<<", Positives = "<<(positive + match)<<"/"<<(aln_stop+1)<<" ("<<(((positive + match)*100)/(aln_stop+1))<<"%"<<")";
  752.     }
  753.     gap = getNumGaps();
  754.     out<<", Gaps = "<<gap<<"/"<<(aln_stop+1)<<" ("<<((gap*100)/(aln_stop+1))<<"%"<<")"<<endl;
  755.     if (m_AlignType&eNuc){ 
  756.       out<<" Strand="<<(m_AV->StrandSign(0)==1 ? "Plus" : "Minus")<<"/"<<(m_AV->StrandSign(1)==1? "Plus" : "Minus")<<endl;
  757.     }
  758.     if(frame[0] != 0 && frame[1] != 0) {
  759.       out <<" Frame = " << ((frame[0] > 0) ? "+" : "") << frame[0] <<"/"<<((frame[1] > 0) ? "+" : "") << frame[1]<<endl;
  760.     } else if (frame[0] != 0){
  761.       out <<" Frame = " << ((frame[0] > 0) ? "+" : "") << frame[0] <<endl;
  762.     }  else if (frame[1] != 0){
  763.       out <<" Frame = " << ((frame[1] > 0) ? "+" : "") << frame[1] <<endl;
  764.     } 
  765.     out<<endl;
  766.   }
  767.   //output rows
  768.   for(int j=0; j<=aln_stop; j+=m_LineLen){
  769.     //output according to aln coordinates
  770.     if(aln_stop-j+1<m_LineLen) {
  771.       actualLineLen=aln_stop-j+1;
  772.     } else {
  773.       actualLineLen=m_LineLen;
  774.     }
  775.     CAlnMap::TSignedRange curRange(j, j+actualLineLen-1);
  776.     //here is each row
  777.     for (int row=0; row<rowNum; row++) {
  778.       bool hasSequence = true;
  779.    
  780.       hasSequence = curRange.IntersectingWith(rowRng[row]);
  781.      
  782.       //only output rows that have sequence
  783.       if (hasSequence){
  784. int start = seqStarts[row].front() + 1;  //+1 for 1 based
  785. int end = seqStops[row].front() + 1;
  786. list<string> inserts;
  787. string insertPosString;  //the one with "" to indicate insert
  788. if(m_AlignOption & eMasterAnchored){
  789.   list<insertInformation*> insertList;
  790.   GetInserts(insertList, insertAlnStart[row], insertStart[row], insertLength[row],  j + m_LineLen);
  791.   fillInserts(row, curRange, j, inserts, insertPosString, insertList);
  792.   ITERATE(list<insertInformation*>, iterINsert, insertList){
  793.     delete *iterINsert;
  794.   }
  795. }
  796.         if(row == 0&&(m_AlignOption&eHtml)&&(m_AlignOption&eMultiAlign) && (m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_IsDbGi)){
  797.           char checkboxBuf[200];
  798.           sprintf(checkboxBuf, "<input type="checkbox" name="getSeqMaster" value="" onClick="uncheckable('getSeqAlignment%d', 'getSeqMaster')">", m_QueryNumber);
  799.           out << checkboxBuf;
  800.         }
  801.         string urlLink;
  802.         //setup url link for seqid
  803.         if(row>0&&(m_AlignOption&eHtml)&&(m_AlignOption&eMultiAlign)){
  804.         
  805.           int gi = GetGiForSeqIdList(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId());
  806.           if(gi > 0){
  807.             out<<"<a name="<<gi<<"></a>";
  808.           } else {
  809.             out<<"<a name="<<seqidArray[row]<<"></a>";
  810.           }
  811.           //get sequence checkbox
  812.           if(m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_IsDbGi){
  813.             char checkBoxBuf[512];
  814.             sprintf(checkBoxBuf, "<input type="checkbox" name="getSeqGi" value="%d" onClick="synchronizeCheck(this.value, 'getSeqAlignment%d', 'getSeqGi', this.checked)">", gi, m_QueryNumber);
  815.             out << checkBoxBuf;        
  816.           }
  817.           urlLink = getUrl(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId(), row);         
  818.           out << urlLink;
  819.          
  820.         }
  821.         out<<seqidArray[row]; 
  822.         if(row>0&& m_AlignOption&eHtml && m_AlignOption&eMultiAlign && urlLink != NcbiEmptyString){
  823.           out<<"</a>";
  824.          
  825.         }
  826.         //adjust space between id and start
  827.         AddSpace(out, maxIdLen-seqidArray[row].size()+m_IdStartMargin);
  828. out << start;
  829.         startLen=NStr::IntToString(start).size();
  830.         AddSpace(out, maxStartLen-startLen+m_StartSequenceMargin);
  831. if (row>0 && m_AlignOption & eShowIdentity){
  832.   for (int index = j; index < j + actualLineLen && index < (int)sequence[row].size(); index ++){
  833.     if (sequence[row][index] == sequence[0][index] && isalpha(sequence[row][index])) {
  834.       sequence[row][index] = k_IdentityChar;           
  835.     }         
  836.   }
  837. }
  838. OutputSeq(sequence[row], m_AV->GetSeqId(row), j, actualLineLen, frame[row], (row > 0 && colorMismatch)?true:false, out);
  839.         AddSpace(out, m_SeqStopMargin);
  840. out << end;
  841.         
  842.         out<<endl;
  843.      
  844. //display inserts for anchored type
  845. if(m_AlignOption & eMasterAnchored){
  846.   bool insertAlready = false;
  847.   for(list<string>::iterator iter = inserts.begin(); iter != inserts.end(); iter ++){
  848.    
  849.     if(!insertAlready){
  850.       if((m_AlignOption&eHtml)&&(m_AlignOption&eMultiAlign) && (m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_IsDbGi)){
  851. char checkboxBuf[200];
  852. sprintf(checkboxBuf, "<input type="checkbox" name="getSeqMaster" value="" onClick="uncheckable('getSeqAlignment%d', 'getSeqMaster')">", m_QueryNumber);
  853. out << checkboxBuf;
  854.       }
  855.       AddSpace(out, maxIdLen+m_IdStartMargin+maxStartLen+m_StartSequenceMargin);
  856.       out << insertPosString<<endl;
  857.     }
  858.     if((m_AlignOption&eHtml)&&(m_AlignOption&eMultiAlign) && (m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_IsDbGi)){
  859.       char checkboxBuf[200];
  860.       sprintf(checkboxBuf, "<input type="checkbox" name="getSeqMaster" value="" onClick="uncheckable('getSeqAlignment%d', 'getSeqMaster')">", m_QueryNumber);
  861.       out << checkboxBuf;
  862.     }
  863.     AddSpace(out, maxIdLen+m_IdStartMargin+maxStartLen+m_StartSequenceMargin);
  864.     out<<*iter<<endl;
  865.     
  866.     insertAlready = true;
  867.   }
  868. } 
  869. //display feature. Feature, if set, will be displayed for query regardless
  871.         CSeq_id no_id;
  872. for (list<alnFeatureInfo*>::iterator iter=bioseqFeature[row].begin();  iter != bioseqFeature[row].end(); iter++){
  873.   if ( curRange.IntersectingWith((*iter)->alnRange)){  
  874.     if((m_AlignOption&eHtml)&&(m_AlignOption&eMultiAlign) && (m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_IsDbGi)){
  875.       char checkboxBuf[200];
  876.       sprintf(checkboxBuf, "<input type="checkbox" name="getSeqMaster" value="" onClick="uncheckable('getSeqAlignment%d', 'getSeqMaster')">", m_QueryNumber);
  877.       out << checkboxBuf;
  878.     }
  879.     out<<(*iter)->feature->featureId;
  880.     AddSpace(out, maxIdLen+m_IdStartMargin+maxStartLen+m_StartSequenceMargin-(*iter)->feature->featureId.size());
  881.     OutputSeq((*iter)->featureString, no_id, j, actualLineLen, 0, false, out);
  882.     out<<endl;
  883.   }
  884. }
  886. //display middle line
  887. if (row == 0 && ((m_AlignOption & eShowMiddleLine)) && !(m_AlignOption&eMultiAlign)) {
  888.   AddSpace(out, maxIdLen+m_IdStartMargin+maxStartLen+m_StartSequenceMargin);
  889.   OutputSeq(middleLine, no_id, j, actualLineLen, 0, false, out);
  890.   out<<endl;
  891. }
  892.       }
  893.       if(!seqStarts[row].empty()){ //shouldn't need this check
  894. seqStarts[row].pop_front();
  895.       }
  896.       if(!seqStops[row].empty()){
  897. seqStops[row].pop_front();
  898.       }
  899.     }
  900.     out<<endl;
  901.   }//end of displaying rows
  902.  
  903.   //free allocation
  904.   for(int i = 0; i < rowNum; i ++){
  905.     for (list<alnFeatureInfo*>::iterator iter=bioseqFeature[i].begin();  iter != bioseqFeature[i].end(); iter++){
  906.       delete (*iter)->feature;
  907.       delete (*iter);
  908.     }
  909.   } 
  911.   for (list<alnSeqlocInfo*>::const_iterator iter = alnLocList.begin();  iter != alnLocList.end(); iter++){
  912.     delete (*iter);
  913.   }
  915.   delete [] bioseqFeature;
  916.   delete [] seqidArray;
  917.   delete [] rowRng;
  918.   delete [] seqStarts;
  919.   delete [] seqStops;
  920.   delete [] frame;
  921.   delete [] insertStart;
  922.   delete [] insertAlnStart;
  923.   delete [] insertLength;
  924. }
  926. //To display the seqalign
  927. void CDisplaySeqalign::DisplaySeqalign(CNcbiOstream& out){
  928.   
  929.   if(m_SeqalignSetRef->Get().empty()){
  930.     return;
  931.   }
  933.   //scope for feature fetching
  934.   if(!(m_AlignOption & eMasterAnchored) && (m_AlignOption & eShowCdsFeature || m_AlignOption & eShowGeneFeature)){
  935.     m_FeatObj = new CObjectManager();
  936.     m_FeatObj->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader("ID", NULL, 2), CObjectManager::eDefault); 
  937.     m_featScope = new CScope(*m_FeatObj);  //for seq feature fetch
  938.     m_featScope->AddDefaults();      
  939.   }
  940.  
  941.   setDbGi(); //for whether to add get sequence feature
  942.   if(m_AlignOption & eHtml){
  943.     //set config file
  944.     m_ConfigFile = new CNcbiIfstream(".ncbirc");
  945.     m_Reg = new CNcbiRegistry(*m_ConfigFile);
  946.     out<<"<script src="blastResult.js"></script>";
  947.   }
  948.    //get sequence 
  949.   if(m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_AlignOption&eHtml && m_IsDbGi){ 
  950.         out<<GetSeqForm((char*)"submitterTop", m_IsDbNa, m_QueryNumber);
  951.         out<<"<form name="getSeqAlignment"<<m_QueryNumber<<"">n";
  952.       }
  954.   //begin to display
  955.   int num_align = 0;
  956.   string toolUrl = NcbiEmptyString;
  957.   if(m_AlignOption & eHtml){
  958.     toolUrl = m_Reg->Get(m_BlastType, "TOOL_URL");
  959.   }
  960.   auto_ptr<CObjectOStream> out2(CObjectOStream::Open(eSerial_AsnText, out));
  961.   //*out2 << *m_SeqalignSetRef;
  962.   if(!(m_AlignOption&eMultiAlign)){/*pairwise alignment. Note we can't just show each alnment as we go because we will need seg information form all hsp's with the same id for genome url link.  As a result we show hsp's with the same id as a group*/
  963.     list<alnInfo*> avList;        
  964.     CConstRef<CSeq_id> previousId, subid;
  965.     bool isFirstAln = true;
  966.     for (CSeq_align_set::Tdata::const_iterator iter = m_SeqalignSetRef->Get().begin(); iter != m_SeqalignSetRef->Get().end()&&num_align<m_NumAlignToShow; iter++, num_align++) {
  967.       
  968.       //make alnvector
  969.       CRef<CAlnVec> avRef;
  970.       CRef<CSeq_align> finalAln;
  971.       if((*iter)->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std){
  972. CRef<CSeq_align> densegAln = (*iter)->CreateDensegFromStdseg();
  973. if (m_AlignOption & eTranslateNucToNucAlignment) { 
  974.   finalAln = densegAln->CreateTranslatedDensegFromNADenseg();
  975. } else {
  976.   finalAln = densegAln;
  977. }
  979.       } else if((*iter)->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Denseg){
  980. if (m_AlignOption & eTranslateNucToNucAlignment) { 
  981.   finalAln = (*iter)->CreateTranslatedDensegFromNADenseg();
  982. } else {
  983.   finalAln = (*iter);
  984. }
  986.       } else if((*iter)->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag){
  987. CRef<CSeq_align> densegAln = CreateDensegFromDendiag(**iter);
  988. if (m_AlignOption & eTranslateNucToNucAlignment) { 
  989.   finalAln = densegAln->CreateTranslatedDensegFromNADenseg();
  990. } else {
  991.   finalAln = densegAln;
  992. }
  994.       } else {
  995. NCBI_THROW(CException, eUnknown, "Seq-align should be Denseg, Stdseg or Dendiag!");
  996.       }
  997.       CRef<CDense_seg> finalDenseg(new CDense_seg);
  998.       const CTypeIterator<CDense_seg> ds = Begin(*finalAln);
  999.       if((ds->IsSetStrands() && ds->GetStrands().front()==eNa_strand_minus) && !(ds->IsSetWidths() && ds->GetWidths()[0] == 3)){
  1000. //show plus strand if master is minus for non-translated case
  1001. memcpy(&*finalDenseg, &(*ds), sizeof(CDense_seg));
  1002. finalDenseg->Reverse();
  1003. avRef = new CAlnVec(*finalDenseg, m_Scope);
  1005.       } else {
  1006. avRef = new CAlnVec(*ds, m_Scope);
  1007.       }
  1008.     
  1009.       if(!(avRef.Empty())){
  1010. try{
  1011.   const CBioseq_Handle& handle = avRef->GetBioseqHandle(1);
  1012.   if(handle){
  1013.     subid=&(avRef->GetSeqId(1));
  1014.     
  1015.     if(!isFirstAln && !subid->Match(*previousId)) {//this aln is a new id, show result for previous id
  1016.       x_DisplayAlnvecList(out, avList);
  1017.     
  1018.       for(list<alnInfo*>::iterator iterAv = avList.begin(); iterAv != avList.end(); iterAv ++){
  1019. delete(*iterAv);
  1020.       }
  1021.       avList.clear();
  1022.       
  1023.     }
  1024.     //save the current alnment regardless
  1025.     alnInfo* alnvecInfo = new alnInfo;
  1026.     getAlnScores(**iter, alnvecInfo->score, alnvecInfo->bits, alnvecInfo->eValue);
  1027.     alnvecInfo->alnVec = avRef;
  1028.     avList.push_back(alnvecInfo);
  1029.     int gi = GetGiForSeqIdList(handle.GetBioseqCore()->GetId());
  1030.     if(!(toolUrl == NcbiEmptyString || (gi > 0 && toolUrl.find("dumpgnl.cgi") != string::npos)) || (m_AlignOption & eLinkout)){ /*need to construct segs for dumpgnl and get sub-sequence for long sequences*/
  1031.       string idString = avRef->GetSeqId(1).GetSeqIdString();
  1032.       if(m_Segs.count(idString) > 0){  //already has seg, concatenate
  1033. /*Note that currently it's not necessary to use map to store this information.  But I already implemented this way for previous version.  Will keep this way as it's more flexible if we change something*/
  1035. m_Segs[idString] += "," + NStr::IntToString(avRef->GetSeqStart(1)) + "-" + NStr::IntToString(avRef->GetSeqStop(1));
  1036.       } else {//new segs
  1037. m_Segs.insert(map<string, string>::value_type(idString, NStr::IntToString(avRef->GetSeqStart(1)) + "-" + NStr::IntToString(avRef->GetSeqStop(1))));
  1038.       }
  1039.     }     
  1040.     isFirstAln = false;
  1041.     previousId = subid;
  1042.   }
  1043.  
  1044. } catch (CException& e){
  1045. continue;
  1046. }
  1048.       }
  1049.     } 
  1050.   
  1051.     //Show here for the last one 
  1052.     if(!avList.empty()){
  1053.       x_DisplayAlnvecList(out, avList);
  1054.       for(list<alnInfo*>::iterator iterAv = avList.begin(); iterAv != avList.end(); iterAv ++){
  1055. delete(*iterAv);
  1056.       }
  1057.       avList.clear();
  1058.     }
  1059.         
  1060.   } else if(m_AlignOption&eMultiAlign){ //multiple alignment
  1061.        
  1062.     CRef<CAlnMix>* mix = new CRef<CAlnMix>[k_NumFrame]; //each for one frame for translated alignment
  1063.     for(int i = 0; i < k_NumFrame; i++){
  1064.       mix[i] = new CAlnMix(m_Scope);
  1065.     }
  1067.     num_align = 0;
  1068.     vector<CRef<CSeq_align_set> > alnVector(k_NumFrame);
  1069.     for(int i = 0; i <  k_NumFrame; i ++){
  1070.       alnVector[i] = new CSeq_align_set;
  1071.     }
  1072.     for (CSeq_align_set::Tdata::const_iterator alnIter = m_SeqalignSetRef->Get().begin(); alnIter != m_SeqalignSetRef->Get().end()&&num_align<m_NumAlignToShow; alnIter ++, num_align++) {
  1073.       //need to convert to denseg for stdseg
  1074.       if((*alnIter)->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std) {
  1075. CTypeConstIterator<CStd_seg> ss = ConstBegin(**alnIter); 
  1076. CRef<CSeq_align> convertedDs = (*alnIter)->CreateDensegFromStdseg();
  1077. if((convertedDs->GetSegs().GetDenseg().IsSetWidths() && convertedDs->GetSegs().GetDenseg().GetWidths()[0] == 3) || m_AlignOption & eTranslateNucToNucAlignment){//only do this for translated master
  1078.   int frame = s_GetStdsegMasterFrame(*ss, m_Scope);
  1079.   switch(frame){
  1080.   case 1:
  1081.     alnVector[0]->Set().push_back(convertedDs);
  1082.     break;
  1083.   case 2:
  1084.     alnVector[1]->Set().push_back(convertedDs);
  1085.     break;
  1086.   case 3:
  1087.     alnVector[2]->Set().push_back(convertedDs);
  1088.     break;
  1089.   case -1:
  1090.     alnVector[3]->Set().push_back(convertedDs);
  1091.     break;
  1092.   case -2:
  1093.     alnVector[4]->Set().push_back(convertedDs);
  1094.     break;
  1095.   case -3:
  1096.     alnVector[5]->Set().push_back(convertedDs);
  1097.     break;
  1098.   default:
  1099.     break;
  1100.   }
  1101. }
  1102. else {
  1103.   alnVector[0]->Set().push_back(convertedDs);
  1104. }
  1105.       } else if((*alnIter)->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Denseg){
  1106. alnVector[0]->Set().push_back(*alnIter);
  1107.       } else if((*alnIter)->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag){
  1108. alnVector[0]->Set().push_back(CreateDensegFromDendiag(**alnIter));
  1109.       } else {
  1110. NCBI_THROW(CException, eUnknown, "Input Seq-align should be Denseg, Stdseg or Dendiag!");
  1111.       }
  1112.     }
  1113.     
  1114.     for(int i = 0; i < (int)alnVector.size(); i ++){
  1115.       bool hasAln = false;
  1116.       for(CTypeConstIterator<CSeq_align> alnRef = ConstBegin(*alnVector[i]); alnRef; ++alnRef){
  1117. CTypeConstIterator<CDense_seg> ds = ConstBegin(*alnRef);
  1118.         //*out2 << *ds;      
  1119. try{
  1120.   if (m_AlignOption & eTranslateNucToNucAlignment) {  
  1121.     mix[i]->Add(*ds, CAlnMix::fForceTranslation);
  1122.   } else {
  1123.     mix[i]->Add(*ds);
  1124.   }
  1125. } catch (CException& e){
  1126.   continue;
  1127. }
  1128.  hasAln = true;
  1129.       }
  1130.       if(hasAln){
  1131.         //    *out2<<*alnVector[i];
  1132.   mix[i]->Merge(CAlnMix::fGen2EST| CAlnMix::fMinGap | CAlnMix::fQuerySeqMergeOnly | CAlnMix::fFillUnalignedRegions);  
  1133. // *out2<<mix[i]->GetDenseg();
  1134.       }
  1135.     }
  1136.     
  1137.     int numDistinctFrames = 0;
  1138.     for(int i = 0; i < (int)alnVector.size(); i ++){
  1139.       if(!alnVector[i]->Get().empty()){
  1140. numDistinctFrames ++;
  1141.       }
  1142.     }
  1143.     
  1144.     out<<endl;
  1145.     for(int i = 0; i < k_NumFrame; i ++){
  1146.       try{
  1147. CRef<CAlnVec> avRef (new CAlnVec (mix[i]->GetDenseg(), m_Scope));
  1148. m_AV = avRef;
  1149. if(numDistinctFrames > 1){
  1150.  out << "For reading frame " << k_FrameConversion[i] << " of query sequence:" << endl << endl;
  1151. }
  1152. DisplayAlnvec(out);
  1153.       } catch (CException e){
  1154. continue;
  1155.       }
  1156.     } 
  1157.     delete [] mix;
  1158.   }
  1159.   if(m_AlignOption&eSequenceRetrieval && m_AlignOption&eHtml && m_IsDbGi){
  1160.     out<<"</form>n";
  1161.     out<<GetSeqForm((char*)"submitterBottom", m_IsDbNa, m_QueryNumber);
  1162.   }
  1163. }
  1165. //compute number of identical and positive residues; set middle line accordingly
  1166. const void CDisplaySeqalign::fillIdentityInfo(const string& sequenceStandard, const string& sequence , int& match, int& positive, string& middleLine) {
  1167.   match = 0;
  1168.   positive = 0;
  1169.   int min_length=min<int>(sequenceStandard.size(), sequence.size());
  1170.   if(m_AlignOption & eShowMiddleLine){
  1171.     middleLine = sequence;
  1172.   }
  1173.   for(int i=0; i<min_length; i++){
  1174.     if(sequenceStandard[i]==sequence[i]){
  1175.       if(m_AlignOption & eShowMiddleLine){
  1176. if(m_MidLineStyle == eBar ) {
  1177.   middleLine[i] = '|';
  1178. } else if (m_MidLineStyle == eChar){
  1179.   middleLine[i] = sequence[i];
  1180. }
  1181.       }
  1182.       match ++;
  1183.     } else {
  1184.       if ((m_AlignType&eProt) && m_Matrix[sequenceStandard[i]][sequence[i]] > 0){  
  1185. positive ++;
  1186. if(m_AlignOption & eShowMiddleLine){
  1187.   if (m_MidLineStyle == eChar){
  1188.     middleLine[i] = '+';
  1189.   }
  1190. }
  1191.       } else {
  1192. if (m_AlignOption & eShowMiddleLine){
  1193.   middleLine[i] = ' ';
  1194. }
  1195.       }    
  1196.     }
  1197.   }  
  1198. }
  1201. const void CDisplaySeqalign::PrintDefLine(const CBioseq_Handle& bspHandle, CNcbiOstream& out) const
  1202. {
  1203.   if(bspHandle){
  1204.     const CRef<CSeq_id> wid = FindBestChoice(bspHandle.GetBioseqCore()->GetId(), CSeq_id::WorstRank);
  1205.  
  1206.     const CRef<CBlast_def_line_set> bdlRef = GetBlastDefline(bspHandle);
  1207.     const list< CRef< CBlast_def_line > >& bdl = bdlRef->Get();
  1208.     bool isFirst = true;
  1209.     int firstGi = 0;
  1210.   
  1211.     if(bdl.empty()){ //no blast defline struct, should be no such case now
  1212.       out << ">"; 
  1213.       wid->WriteAsFasta(out);
  1214.       out<<" ";
  1215.       s_WrapOutputLine(out, GetTitle(bspHandle));
  1216.       out << endl;
  1217.     } else {
  1218.       //print each defline 
  1219.       for(list< CRef< CBlast_def_line > >::const_iterator iter = bdl.begin(); iter != bdl.end(); iter++){
  1220. string urlLink;
  1221. if(isFirst){
  1222.   out << ">";
  1223.    
  1224. } else{
  1225.   out << " ";
  1226. }
  1227. const CRef<CSeq_id> wid2 = FindBestChoice((*iter)->GetSeqid(), CSeq_id::WorstRank);
  1228. int gi =  GetGiForSeqIdList((*iter)->GetSeqid());
  1229. if(isFirst){
  1230.   firstGi = gi;
  1231. }
  1232. if ((m_AlignOption&eSequenceRetrieval) && (m_AlignOption&eHtml) && m_IsDbGi && isFirst) {
  1233.   char buf[512];
  1234.   sprintf(buf, "<input type="checkbox" name="getSeqGi" value="%d" onClick="synchronizeCheck(this.value, 'getSeqAlignment%d', 'getSeqGi', this.checked)">", gi, m_QueryNumber);
  1235.   out << buf;
  1236. }
  1237.  
  1238. if(m_AlignOption&eHtml){
  1239.      
  1240.   urlLink = getUrl((*iter)->GetSeqid(), 1);    
  1241.   out<<urlLink;
  1242. }
  1243.     
  1244. if(m_AlignOption&eShowGi && gi > 0){
  1245.   out<<"gi|"<<gi<<"|";
  1246. }       
  1247.    
  1248. wid2->WriteAsFasta(out);
  1249. if(m_AlignOption&eHtml){
  1250.   if(urlLink != NcbiEmptyString){
  1251.     out<<"</a>";
  1252.   }
  1253.   if(gi != 0){
  1254.     out<<"<a name="<<gi<<"></a>";
  1255.   } else {
  1256.     out<<"<a name="<<wid2->GetSeqIdString()<<"></a>";
  1257.   }
  1258.   if(m_AlignOption&eLinkout){
  1259.     out <<" ";
  1260.     AddLinkout(*(bspHandle.GetBioseqCore()), (**iter), firstGi, gi, out);
  1261.     if((int)bspHandle.GetBioseqCore()->GetInst().GetLength() > k_GetSubseqThreshhold){
  1262.       string dumpGnlUrl = getDumpgnlLink((*iter)->GetSeqid(), 1, k_DumpGnlUrl);
  1263.       out<<dumpGnlUrl<<"<img border=0 height=16 width=16 src="/blast/images/D.gif" alt="Download subject sequence spanning the HSP"></a>";
  1264.     }
  1265.   }
  1266. }
  1267.  
  1268. out <<" ";
  1269. if((*iter)->IsSetTitle()){
  1270.   s_WrapOutputLine(out, (*iter)->GetTitle());     
  1271. }
  1272. out<<endl;
  1273. isFirst = false;
  1274.       }
  1275.     }
  1276.   }
  1277. }
  1279. //Output sequence and mask sequences if any
  1280. const void CDisplaySeqalign::OutputSeq(string& sequence, const CSeq_id& id, int start, int len, int frame, bool colorMismatch, CNcbiOstream& out) const {
  1281.   int actualSize = sequence.size();
  1282.   assert(actualSize > start);
  1283.   list<CRange<int> > actualSeqloc;
  1284.   string actualSeq = sequence.substr(start, len);
  1285.   
  1286.   if(id.Which() != CSeq_id::e_not_set){ /*only do this for sequence but not for others like middle line, features*/
  1287.     //go through seqloc containing mask info
  1288.     for (list<alnSeqlocInfo*>::const_iterator iter = m_Alnloc.begin();  iter != m_Alnloc.end(); iter++){
  1289.       int from=(*iter)->alnRange.GetFrom();
  1290.       int to=(*iter)->alnRange.GetTo();
  1291.       int locFrame = (*iter)->seqloc->frame;
  1292.       if(id.Match((*iter)->seqloc->seqloc->GetInt().GetId()) && locFrame == frame){
  1293. bool isFirstChar = true;
  1294. CRange<int> eachSeqloc(0, 0);
  1295. //go through each residule and mask it
  1296. for (int i=max<int>(from, start); i<=min<int>(to, start+len); i++){
  1297.   //store seqloc start for font tag below
  1298.   if ((m_AlignOption & eHtml) && isFirstChar){         
  1299.     isFirstChar = false;
  1300.     eachSeqloc.Set(i, eachSeqloc.GetTo());
  1301.   }
  1302.   if (m_SeqLocChar==eX){
  1303.     actualSeq[i-start]='X';
  1304.   } else if (m_SeqLocChar==eN){
  1305.     actualSeq[i-start]='n';
  1306.   } else if (m_SeqLocChar==eLowerCase){
  1307.     actualSeq[i-start]=tolower(actualSeq[i-start]);
  1308.   }
  1309.   //store seqloc start for font tag below
  1310.   if ((m_AlignOption & eHtml) && i == min<int>(to, start+len)){ 
  1311.     eachSeqloc.Set(eachSeqloc.GetFrom(), i);
  1312.   }
  1313. }
  1314. if(!(eachSeqloc.GetFrom()==0&&eachSeqloc.GetTo()==0)){
  1315.   actualSeqloc.push_back(eachSeqloc);
  1316. }
  1317.       }
  1318.     }
  1319.   }
  1321.   if(actualSeqloc.empty()){//no need to add font tag
  1322.     if((m_AlignOption & eColorDifferentBases) && (m_AlignOption & eHtml) && colorMismatch){
  1323.       //color the mismatches. Only for rows without mask.  Otherwise it may confilicts with mask font tag.
  1324.       x_ColorDifferentBases(actualSeq, k_IdentityChar, out);
  1325.     } else {
  1326.       out<<actualSeq;
  1327.     }
  1328.   } else {//now deal with font tag for mask for html display    
  1329.     bool endTag = false;
  1330.     bool numFrontTag = 0;
  1331.     for (int i = 0; i < (int)actualSeq.size(); i ++){
  1332.       for (list<CRange<int> >::iterator iter=actualSeqloc.begin();  iter!=actualSeqloc.end(); iter++){
  1333.         int from = (*iter).GetFrom() - start;
  1334.         int to = (*iter).GetTo() - start;
  1335. //start tag
  1336.         if(from == i){
  1337.           out<<"<font color=""+color[m_SeqLocColor]+"">";
  1338.           numFrontTag = 1;
  1339.         }
  1340. //need to close tag at the end of mask or end of sequence
  1341.         if(to == i || i == (int)actualSeq.size() - 1 ){
  1342.           endTag = true;
  1343.         }
  1344.       }
  1345.       out<<actualSeq[i];
  1346.       if(endTag && numFrontTag == 1){
  1347.         out<<"</font>";
  1348.         endTag = false;
  1349.         numFrontTag = 0;
  1350.       }
  1351.     }
  1352.   }
  1353. }
  1355. int CDisplaySeqalign::getNumGaps() {
  1356.   int gap = 0;
  1357.   for (int row=0; row<m_AV->GetNumRows(); row++) {
  1358.     CRef<CAlnMap::CAlnChunkVec> chunk_vec = m_AV->GetAlnChunks(row, m_AV->GetSeqAlnRange(0));
  1359.     for (int i=0; i<chunk_vec->size(); i++) {
  1360.       CConstRef<CAlnMap::CAlnChunk> chunk = (*chunk_vec)[i];
  1361.       if (chunk->IsGap()) {
  1362.         gap += (chunk->GetAlnRange().GetTo() - chunk->GetAlnRange().GetFrom() + 1);
  1363.       }
  1364.     }
  1365.   }
  1366.   return gap;
  1367. }
  1370. const CRef<CBlast_def_line_set>  CDisplaySeqalign::GetBlastDefline (const CBioseq_Handle& handle) const {
  1371.   CRef<CBlast_def_line_set> bdls(new CBlast_def_line_set());
  1372.   if(handle.IsSetDescr()){
  1373.     const CSeq_descr& desc = handle.GetDescr();
  1374.     const list< CRef< CSeqdesc > >& descList = desc.Get();
  1375.     for (list<CRef< CSeqdesc > >::const_iterator iter = descList.begin(); iter != descList.end(); iter++){
  1376.       
  1377.       if((*iter)->IsUser()){
  1378.         const CUser_object& uobj = (*iter)->GetUser();
  1379.         const CObject_id& uobjid = uobj.GetType();
  1380.         if(uobjid.IsStr()){
  1381.    
  1382.           const string& label = uobjid.GetStr();
  1383.           if (label == kAsnDeflineObjLabel){
  1384.            const vector< CRef< CUser_field > >& usf = uobj.GetData();
  1385.            string buf;
  1386.           
  1387.    if(usf.front()->GetData().IsOss()){ //only one user field
  1388.              typedef const CUser_field::TData::TOss TOss;
  1389.              const TOss& oss = usf.front()->GetData().GetOss();
  1390.              int size = 0;
  1391.              //determine the octet string length
  1392.              ITERATE (TOss, iter3, oss) {
  1393.        size += (**iter3).size();
  1394.              }
  1395.              
  1396.              int i =0;
  1397.              char* temp = new char[size];
  1398.              //retrive the string
  1399.              ITERATE (TOss, iter3, oss) {
  1400.       
  1401.                for(vector< char >::iterator iter4 = (**iter3).begin(); iter4 !=(**iter3).end(); iter4++){
  1402.                  temp[i] = *iter4;
  1403.                  i++;
  1404.                }
  1405.              }            
  1406.     
  1407.      CConn_MemoryStream stream;
  1408.              stream.write(temp, i);
  1409.              auto_ptr<CObjectIStream> ois(CObjectIStream::Open(eSerial_AsnBinary, stream));
  1410.              *ois >> *bdls;
  1411.      delete [] temp;
  1412.            }         
  1413.           }
  1414.         }
  1415.       }
  1416.     }
  1417.   }
  1418.   return bdls;
  1419. }
  1421. static string GetTaxNames(const CBioseq& cbsp, int taxid){
  1422.   string name;
  1423.   if(cbsp.IsSetDescr()){  
  1424.     const CSeq_descr& desc = cbsp.GetDescr();
  1425.     const list< CRef< CSeqdesc > >& descList = desc.Get();   
  1426.     for (list<CRef< CSeqdesc > >::const_iterator iter = descList.begin(); iter != descList.end(); iter++){
  1427.       if((*iter)->IsUser()){
  1428.         const CUser_object& uobj = (*iter)->GetUser();
  1429.         const CObject_id& uobjid = uobj.GetType();
  1430.         if(uobjid.IsStr()){   
  1431.           const string& label = uobjid.GetStr();
  1432.           if (label == kTaxDataObjLabel){
  1433.             const vector< CRef< CUser_field > >& usf = uobj.GetData();        
  1434.             for (vector< CRef< CUser_field > >::const_iterator iter2 = usf.begin(); iter2 != usf.end(); iter2 ++){
  1435.               const CObject_id& oid = (*iter2)->GetLabel();
  1436.               if (oid.GetId() == taxid){
  1437.                 (**iter2).GetData().Which();
  1438.                 name = (**iter2).GetData().GetStrs().front();
  1439.                 break;
  1440.               }
  1441.             }
  1442.           }
  1443.         }
  1444.       }
  1445.     }
  1446.   }
  1447.   return name;
  1448. }
  1450. void CDisplaySeqalign::getFeatureInfo(list<alnFeatureInfo*>& feature, CScope& scope, CSeqFeatData::E_Choice choice, int row, string& sequence) const {
  1451.   //Only fetch features for seq that has a gi
  1452.   CRef<CSeq_id> id = GetSeqIdByType(m_AV->GetBioseqHandle(row).GetBioseqCore()->GetId(), CSeq_id::e_Gi);
  1453.   if(!(id.Empty())){
  1454.     const CBioseq_Handle& handle = scope.GetBioseqHandle(*id);
  1455.     //cds feature
  1456.     for  (CFeat_CI feat (handle, m_AV->GetSeqStart(row), m_AV->GetSeqStop(row), choice); feat;  ++feat) {
  1457.       
  1458.       const CSeq_loc& loc = feat->GetLocation();
  1459.       string featLable = NcbiEmptyString;
  1460.       string featId;
  1461.       string alternativeFeatStr = NcbiEmptyString;
  1463.       feature::GetLabel(feat->GetOriginalFeature(), &featLable, feature::eBoth, &(m_AV->GetScope()));
  1464.       featId = featLable.substr(0, k_FeatureIdLen); //default
  1465.   
  1466.       int alnStop = m_AV->GetAlnStop();      
  1467.       if(loc.IsInt()){
  1468. alnFeatureInfo* featInfo = new alnFeatureInfo;
  1469. int featSeqFrom = loc.GetInt().GetFrom();
  1470. int featSeqTo = loc.GetInt().GetTo();
  1471. int actualFeatSeqStart = 0, actualFeatSeqStop = 0;
  1472. if(m_AV->IsPositiveStrand(row)){
  1473.   if(featSeqFrom < (int)m_AV->GetSeqStart(row)){
  1474.     actualFeatSeqStart = m_AV->GetSeqStart(row);
  1475.   } else {
  1476.     actualFeatSeqStart = featSeqFrom;
  1477.   }
  1479.   if(featSeqTo > (int)m_AV->GetSeqStop(row)){
  1480.     actualFeatSeqStop = m_AV->GetSeqStop(row);
  1481.   } else {
  1482.     actualFeatSeqStop = featSeqTo;
  1483.   }
  1484. } else {
  1485.   if(featSeqFrom < (int)m_AV->GetSeqStart(row)){
  1486.     actualFeatSeqStart = featSeqFrom;
  1487.   } else {
  1488.     actualFeatSeqStart = m_AV->GetSeqStart(row); 
  1489.   }
  1491.   if(featSeqTo > (int)m_AV->GetSeqStop(row)){
  1492.     actualFeatSeqStop = featSeqTo;
  1493.   } else {
  1494.     actualFeatSeqStop = m_AV->GetSeqStop(row);
  1495.   }
  1496. }
  1498. int alnFrom = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(row, actualFeatSeqStart);
  1499. int alnTo = m_AV->GetAlnPosFromSeqPos(row, actualFeatSeqStop);
  1500. char featChar = ' ';
  1501. if(choice == CSeqFeatData::e_Gene){
  1502.   featChar = '^';
  1503. } else if (choice == CSeqFeatData::e_Cdregion){
  1504.   featChar = '~';
  1505. }
  1507. //need to construct the protein seq aligned to nucleotide seq 
  1508. if (choice == CSeqFeatData::e_Cdregion){
  1509.   string rawCdrProduct = NcbiEmptyString;
  1510.   if(feat->IsSetProduct()){
  1511.     const CSeq_loc& productLoc = feat->GetProduct(); 
  1512.     //only show first k_FeatureIdLen letters
  1513.     if(productLoc.IsWhole()){
  1514.       const CSeq_id& productId = productLoc.GetWhole();
  1515.       const CBioseq_Handle& productHandle = scope.GetBioseqHandle(productId );
  1516.       featId = "CDS:" + GetTitle(productHandle).substr(0, k_FeatureIdLen);
  1517.     }
  1518.   }
  1519.   //show protein product only if the row is plus strand
  1520.   if(m_AV->IsPositiveStrand(row)){
  1521.     string line(alnStop+1, ' ');  
  1522.     CCdregion_translate::TranslateCdregion (rawCdrProduct, handle, loc, feat->GetData().GetCdregion(), true, false);
  1523.     
  1524.     bool firstBase = true;
  1525.     char gapChar = m_AV->GetGapChar(row);
  1526.     int marginAdjuster = 0;
  1527.     int featStartSeqPos = 0;
  1528.     int firstFeatStringPos = 0;
  1529.     int numBase = 0;
  1530.     
  1531.     //put actual amino acid to the cdr product line in aln coord
  1532.     for (int i = alnFrom; i < alnTo; i++){
  1533.       if(sequence[i] != gapChar){
  1534. numBase ++;
  1535. if(firstBase){
  1536.   firstBase = false;
  1537.   featStartSeqPos = m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(row, i);
  1538.   const CCdregion& cdr = feat->GetData().GetCdregion();
  1539.   int frame = 1;
  1540.   if(cdr.IsSetFrame()){
  1541.     frame = cdr.GetFrame();
  1542.   }
  1543.   int numBaseFromFeatStart = (featStartSeqPos - (featSeqFrom + (frame -1) )); //Number of bases between feature start and current base. adjust using frame
  1544.   if(numBaseFromFeatStart % 3 == 0){ //this base is the 1st base
  1545.     marginAdjuster = 0; //aa aligned to 2nd base of a condon
  1546.     firstFeatStringPos = numBaseFromFeatStart / 3;  
  1547.   } else if (numBaseFromFeatStart % 3 == 1) {
  1548.     marginAdjuster = 1;
  1549.     firstFeatStringPos = numBaseFromFeatStart / 3;
  1550.   } else {
  1551.     marginAdjuster = -1;
  1552.     firstFeatStringPos = (numBaseFromFeatStart / 3) + 1;
  1553.   }
  1554. }
  1555. if((numBase + marginAdjuster) % 3 == 2){
  1556.   int stringPos = firstFeatStringPos + (numBase + marginAdjuster) / 3;
  1557.   if(stringPos < (int)rawCdrProduct.size()){//should not need this check
  1558.     line[i] = rawCdrProduct[stringPos];
  1559.   }
  1560. }
  1561.       }
  1562.     }
  1563.     alternativeFeatStr = line;
  1564.   }
  1565. } 
  1567. setFeatureInfo(featInfo, loc, alnFrom, alnTo, alnStop, featChar, featId, alternativeFeatStr);     
  1568. feature.push_back(featInfo);
  1569.       
  1570.       }
  1571.     }
  1572.   }
  1573. }
  1575. void  CDisplaySeqalign::setFeatureInfo(alnFeatureInfo* featInfo, const CSeq_loc& seqloc, int alnFrom, int alnTo, int alnStop, char patternChar, string patternId, string& alternativeFeatStr) const{
  1576.   FeatureInfo* feat = new FeatureInfo;
  1577.   feat->seqloc = &seqloc;
  1578.   feat->featureChar = patternChar;
  1579.   feat->featureId = patternId;
  1580.     
  1581.   if(alternativeFeatStr != NcbiEmptyString){
  1582.     featInfo->featureString = alternativeFeatStr;
  1583.   } else {
  1584.     //fill feature string
  1585.     string line(alnStop+1, ' ');
  1586.     for (int j = alnFrom; j <= alnTo; j++){
  1587.       line[j] = feat->featureChar;
  1588.     }
  1589.     featInfo->featureString = line;
  1590.   }
  1591.  
  1592.   featInfo->alnRange.Set(alnFrom, alnTo); 
  1593.   featInfo->feature = feat;
  1594. }
  1596. //May need to add a "|" to the current insert for insert on next rows
  1597. static int addBar(string& seq, int insertAlnPos, int alnStart){
  1598.   int end = seq.size() -1 ;
  1599.   int barPos = insertAlnPos - alnStart + 1;
  1600.   string addOn;
  1601.   if(barPos - end > 1){
  1602.     string spacer(barPos - end - 1, ' ');
  1603.     addOn += spacer + "|";
  1604.   } else if (barPos - end == 1){
  1605.     addOn += "|";
  1606.   }
  1607.   seq += addOn;
  1608.   return max<int>((barPos - end), 0);
  1609. }
  1611. //Add new insert seq to the current insert seq and return the end position of the latest insert
  1612. static int adjustInsert(string& curInsert, string& newInsert, int insertAlnPos, int alnStart){
  1613.   int insertEnd = 0;
  1614.   int curInsertSize = curInsert.size();
  1615.   int insertLeftSpace = insertAlnPos - alnStart - curInsertSize + 2;  //plus2 because insert is put after the position
  1616.   if(curInsertSize > 0){
  1617.     assert(insertLeftSpace >= 2);
  1618.   }
  1619.   int newInsertSize = newInsert.size();  
  1620.   if(insertLeftSpace - newInsertSize >= 1){ //can insert with the end position right below the bar
  1621.     string spacer(insertLeftSpace - newInsertSize, ' ');
  1622.     curInsert += spacer + newInsert;
  1623.     
  1624.   } else { //Need to insert beyond the insert postion
  1625.     if(curInsertSize > 0){
  1626.       curInsert += " " + newInsert;
  1627.     } else {  //can insert right at the firt position
  1628.       curInsert += newInsert;
  1629.     }
  1630.   }
  1631.   insertEnd = alnStart + curInsert.size() -1 ; //-1 back to string position
  1632.   return insertEnd;
  1633. }
  1635. //recusively fill the insert
  1636. void CDisplaySeqalign::doFills(int row, CAlnMap::TSignedRange& alnRange, int  alnStart, list<insertInformation*>& insertList, list<string>& inserts) const {
  1637.   if(!insertList.empty()){
  1638.     string bar(alnRange.GetLength(), ' ');
  1639.     
  1640.     string seq;
  1641.     list<insertInformation*> leftOverInsertList;
  1642.     bool isFirstInsert = true;
  1643.     int curInsertAlnStart = 0;
  1644.     int prvsInsertAlnEnd = 0;
  1645.     
  1646.     //go through each insert and fills the seq if it can  be filled on the same line.  If not, go to the next line
  1647.     for(list<insertInformation*>::iterator iter = insertList.begin(); iter != insertList.end(); iter ++){
  1648.       curInsertAlnStart = (*iter)->alnStart;
  1649.       //always fill the first insert.  Also fill if there is enough space
  1650.       if(isFirstInsert || curInsertAlnStart - prvsInsertAlnEnd >= 1){
  1651. bar[curInsertAlnStart-alnStart+1] = '|';  
  1652. int seqStart = (*iter)->seqStart;
  1653. int seqEnd = seqStart + (*iter)->insertLen - 1;
  1654. string newInsert;
  1655. newInsert = m_AV->GetSeqString(newInsert, row, seqStart, seqEnd);
  1656. prvsInsertAlnEnd = adjustInsert(seq, newInsert, curInsertAlnStart, alnStart);
  1657. isFirstInsert = false;
  1658.       } else { //if no space, save the chunk and go to next line 
  1659. bar[curInsertAlnStart-alnStart+1] = '|';  //indicate insert goes to the next line
  1660. prvsInsertAlnEnd += addBar(seq, curInsertAlnStart, alnStart);   //May need to add a bar after the current insert sequence to indicate insert goes to the next line.
  1661. leftOverInsertList.push_back(*iter);    
  1662.       }
  1663.     }
  1664.     //save current insert.  Note that each insert has a bar and sequence below it
  1665.     inserts.push_back(bar);
  1666.     inserts.push_back(seq);
  1667.     //here recursively fill the chunk that don't have enough space
  1668.     doFills(row, alnRange, alnStart, leftOverInsertList, inserts);
  1669.   }
  1670.  
  1671. }
  1673. /*fill a list of inserts for a particular row*/
  1674. void CDisplaySeqalign::fillInserts(int row, CAlnMap::TSignedRange& alnRange, int alnStart, list<string>& inserts, string& insertPosString, list<insertInformation*>& insertList) const{
  1676.   string line(alnRange.GetLength(), ' ');
  1677.  
  1678.   ITERATE(list<insertInformation*>, iter, insertList){
  1679.     int from = (*iter)->alnStart;
  1680.     line[from - alnStart + 1] = '\';
  1681.   }
  1682.   insertPosString = line; //this is the line with "" right after each insert position
  1683.     
  1684.   //here fills the insert sequence
  1685.   doFills(row, alnRange, alnStart, insertList, inserts);
  1686. }
  1688. void CDisplaySeqalign::GetInserts(list<insertInformation*>& insertList, CAlnMap::TSeqPosList& insertAlnStart, CAlnMap::TSeqPosList& insertSeqStart, CAlnMap::TSeqPosList& insertLength, int lineAlnStop){
  1690.   while(!insertAlnStart.empty() && (int)insertAlnStart.front() < lineAlnStop){
  1691.     CDisplaySeqalign::insertInformation* insert = new CDisplaySeqalign::insertInformation;
  1692.     insert->alnStart = insertAlnStart.front() - 1; //Need to minus one as we are inserting after this position
  1693.     insert->seqStart = insertSeqStart.front();
  1694.     insert->insertLen = insertLength.front();
  1695.     insertList.push_back(insert);
  1696.     insertAlnStart.pop_front();
  1697.     insertSeqStart.pop_front();
  1698.     insertLength.pop_front();
  1699.   }
  1700.  
  1701. }
  1704. //segments starts and stops used for map viewer 
  1705. string CDisplaySeqalign::getSegs(int row) const {
  1706.   string segs = NcbiEmptyString;
  1707.   if(m_AlignOption & eMultiAlign){ //only show this hsp
  1708.     segs = NStr::IntToString(m_AV->GetSeqStart(row)) + "-" + NStr::IntToString(m_AV->GetSeqStop(row));
  1709.   } else { //for all segs
  1710.     string idString = m_AV->GetSeqId(1).GetSeqIdString();
  1711.     map<string, string>::const_iterator iter = m_Segs.find(idString);
  1712.     if ( iter != m_Segs.end() ){
  1713.       segs = iter->second;
  1714.     }
  1715.   }
  1716.   return segs;
  1717. }
  1721. /* transforms a string so that it becomes safe to be used as part of URL
  1722.  * the function converts characters with special meaning (such as
  1723.  * semicolon -- protocol separator) to escaped hexadecimal (%xx)
  1724.  */
  1725. static string MakeURLSafe(char* src){
  1726.   static char HEXDIGS[] = "0123456789ABCDEF";
  1727.   char* buf;
  1728.   size_t len;
  1729.   char* p;
  1730.   char c;
  1731.   string url = NcbiEmptyString;
  1733.   if (src){
  1734.     /* first pass to calculate required buffer size */
  1735.     for (p = src, len = 0; (c = *(p++)) != ''; ) {
  1736.       switch (c) {
  1737.       default:
  1738. if (c < '0' || (c > '9' && c < 'A') ||
  1739.     (c > 'Z' && c < 'a') || c > 'z') {
  1740.   len += 3;
  1741.   break;
  1742. }
  1743.       case '-': case '_': case '.': case '!': case '~':
  1744.       case '*': case ''': case '(': case ')':
  1745. ++len;
  1746.       }
  1747.     }
  1748.     buf = new char[len + 1];
  1749.     /* second pass -- conversion */
  1750.     for (p = buf; (c = *(src++)) != ''; ) {
  1751.       switch (c) {
  1752.       default:
  1753. if (c < '0' || (c > '9' && c < 'A') ||
  1754.     (c > 'Z' && c < 'a') || c > 'z') {
  1755.   *(p++) = '%';
  1756.   *(p++) = HEXDIGS[(c >> 4) & 0xf];
  1757.   *(p++) = HEXDIGS[c & 0xf];
  1758.   break;
  1759. }
  1760.       case '-': case '_': case '.': case '!': case '~':
  1761.       case '*': case ''': case '(': case ')':
  1762. *(p++) = c;
  1763.       }
  1764.     }
  1765.     *p = '';
  1766.     url = buf;
  1767.     delete [] buf;
  1768.   }
  1769.   return url;
  1770. }
  1772. //make url for dumpgnl.cgi
  1773. string CDisplaySeqalign::getDumpgnlLink(const list<CRef<CSeq_id> >& ids, int row, const string& alternativeUrl)const {
  1774.   string link = NcbiEmptyString;  
  1775.   string toolUrl= m_Reg->Get(m_BlastType, "TOOL_URL");
  1776.   string passwd = m_Reg->Get(m_BlastType, "PASSWD");
  1777.   bool nodb_path =  false;
  1778.   CRef<CSeq_id> idGeneral = GetSeqIdByType(ids, CSeq_id::e_General);
  1779.   CRef<CSeq_id> idOther = GetSeqIdByType(ids, CSeq_id::e_Other);
  1780.   const CRef<CSeq_id> idAccession = FindBestChoice(ids, CSeq_id::WorstRank);
  1781.   string segs = getSegs(row);
  1782.   int gi = GetGiForSeqIdList(ids);
  1783.   if(!idGeneral.Empty() && idGeneral->AsFastaString().find("gnl|BL_ORD_ID")){ /* We do need to make security protected link to BLAST gnl */
  1784.     return NcbiEmptyString;
  1785. }
  1786.   if(alternativeUrl != NcbiEmptyString){ 
  1787.     toolUrl = alternativeUrl;
  1788.   }
  1789.   /* dumpgnl.cgi need to use path  */
  1790.   if (toolUrl.find("dumpgnl.cgi") ==string::npos){
  1791.     nodb_path = true;
  1792.   }  
  1793.   int length = m_DbName.size();
  1794.   string str;
  1795.   char  *chptr, *dbtmp;
  1796.   Char tmpbuff[256];
  1797.   char* dbname = new char[sizeof(char)*length + 2];
  1798.   strcpy(dbname, m_DbName.c_str());
  1799.   if(nodb_path) {
  1800.     int i, j;
  1801.     dbtmp = new char[sizeof(char)*length + 2]; /* aditional space and NULL */
  1802.     memset(dbtmp, '', sizeof(char)*length + 2);
  1803.     for(i = 0; i < length; i++) {            
  1804.        if(isspace(dbname[i]) || dbname[i] == ',') {/* Rolling spaces */
  1805.  continue;
  1806.        }
  1807.        j = 0;
  1808.        while (!isspace(dbname[i]) && j < 256  && i < length) { 
  1809.  tmpbuff[j] = dbname[i];
  1810.  j++; i++;
  1811.  if(dbname[i] == ',') { /* Comma is valid delimiter */
  1812.    break;
  1813.  }
  1814.        }
  1815.        tmpbuff[j] = '';
  1816.        if((chptr = strrchr(tmpbuff, '/')) != NULL) { 
  1817.  strcat(dbtmp, (char*)(chptr+1));
  1818.        } else {
  1819.  strcat(dbtmp, tmpbuff);
  1820.        }
  1821.        strcat(dbtmp, " ");            
  1822.      }
  1823.    } else {
  1824.      dbtmp = dbname;
  1825.    }
  1826.   
  1827.   const CSeq_id* bestid = NULL;
  1828.   if (idGeneral.Empty()){
  1829.     bestid = idOther;
  1830.     if (idOther.Empty()){
  1831.       bestid = idAccession;
  1832.     }
  1833.   }
  1834.   /*
  1835.    * Need to protect start and stop positions
  1836.    * to avoid web users sending us hand-made URLs
  1837.    * to retrive full sequences
  1838.    */
  1839.   char gnl[256];
  1840.   unsigned char buf[32];
  1841.   CMD5 urlHash;
  1842.   if (bestid && bestid->Which() !=  CSeq_id::e_Gi){
  1843.     length = passwd.size();
  1844.     urlHash.Update(passwd.c_str(), length);
  1845.     strcpy(gnl, bestid->AsFastaString().c_str());
  1846.     urlHash.Update(gnl, strlen(gnl));
  1847.     urlHash.Update(segs.c_str(), segs.size());
  1848.     urlHash.Update(passwd.c_str(), length);
  1849.     urlHash.Finalize(buf);
  1850.     
  1851.   } else {
  1852.     gnl[0] = '';
  1853.   }
  1854.   
  1855.   str = MakeURLSafe(dbtmp == NULL ? (char*) "nr" : dbtmp);
  1856.   link += "<a href="";
  1857.   if (toolUrl.find("?") == string::npos){
  1858.     link += toolUrl + "?" + "db=" + str + "&na=" + (m_IsDbNa? "1" : "0") + "&";
  1859.   } else {
  1860.     link += toolUrl + "&db=" + str + "&na=" + (m_IsDbNa? "1" : "0") + "&";
  1861.   }
  1862.   
  1863.   if (gnl[0] != ''){
  1864.     str = MakeURLSafe(gnl);
  1865.     link += "gnl=";
  1866.     link += str;
  1867.     link += "&";
  1868.   }
  1869.   if (gi > 0){
  1870.     link += "gi=" + NStr::IntToString(gi) + "&";
  1871.   }
  1872.   if (m_Rid != NcbiEmptyString){
  1873.     link += "RID=" + m_Rid +"&";
  1874.   }
  1875.   
  1876.   if ( m_QueryNumber > 0){
  1877.     link += "QUERY_NUMBER=" + NStr::IntToString(m_QueryNumber) + "&";
  1878.   }
  1879.   link += "segs=" + segs + "&";
  1880.   
  1881.   char tempBuf[128];
  1882.   
  1883.   sprintf(tempBuf,
  1884.   "seal=%02X%02X%02X%02X"
  1885.   "%02X%02X%02X%02X%02X%02X%02X%02X%02X%02X%02X%02X",
  1886.   buf[0], buf[1], buf[2], buf[3],
  1887.   buf[4], buf[5], buf[6], buf[7],
  1888.   buf[8], buf[9], buf[10], buf[11],
  1889.   buf[12], buf[13], buf[14], buf[15]);
  1890.   
  1891.   link += tempBuf;
  1892.   link += "">";
  1893.   if(nodb_path){
  1894.     delete [] dbtmp;
  1895.   }
  1896.   delete [] dbname;
  1897.   return link;
  1898. }
  1900. void CDisplaySeqalign::setDbGi() {
  1901.   //determine if the database has gi by looking at the 1st hit.  Could be wrong but simple for now
  1902.  
  1903.   CTypeConstIterator<CSeq_align> saTemp = ConstBegin(*m_SeqalignSetRef);
  1904.   if(saTemp->IsSetSegs()){ 
  1905.     if(saTemp->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Denseg){
  1906.       CTypeConstIterator<CDense_seg> dsTemp = ConstBegin(*saTemp); 
  1907.       const vector< CRef< CSeq_id > >& idTemp = (dsTemp->GetIds());
  1908.       vector< CRef< CSeq_id > >::const_iterator iterTemp = idTemp.begin();
  1909.       iterTemp++;
  1910.       const CBioseq_Handle& handleTemp = m_Scope.GetBioseqHandle(**iterTemp);
  1911.       if(handleTemp){
  1912. int giTemp = GetGiForSeqIdList(handleTemp.GetBioseqCore()->GetId());
  1913. if(giTemp >0 ) { 
  1914.   m_IsDbGi = true;
  1915. }
  1916.       }
  1917.     } else if (saTemp->GetSegs().Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std){
  1918.       CTypeConstIterator<CStd_seg> dsTemp = ConstBegin(*saTemp); 
  1919.       const CStd_seg::TIds& idTemp = (dsTemp->GetIds());
  1920.       CStd_seg::TIds::const_iterator iterTemp = idTemp.begin();
  1921.       iterTemp++;
  1922.       const CBioseq_Handle& handleTemp = m_Scope.GetBioseqHandle(**iterTemp);
  1923.       if(handleTemp){
  1924. int giTemp = GetGiForSeqIdList(handleTemp.GetBioseqCore()->GetId());
  1925. if(giTemp >0 ) { 
  1926.   m_IsDbGi = true;
  1927. }
  1928.       }
  1929.     }
  1930.   }
  1932. }
  1933. //Need to call this if the seqalign is stdseg or dendiag for ungapped blast alignment display as each stdseg ro dendiag is a distinct alignment.  Don't call it for other case as it's a waste of time.
  1934. CRef<CSeq_align_set>CDisplaySeqalign::PrepareBlastUngappedSeqalign(CSeq_align_set& alnset) {
  1935.   CRef<CSeq_align_set> alnSetRef(new CSeq_align_set);
  1937.   ITERATE(CSeq_align_set::Tdata, iter, alnset.Get()){
  1938.     const CSeq_align::TSegs& seg = (*iter)->GetSegs();
  1939.     if(seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Std){
  1940.       if(seg.GetStd().size() > 1){ //has more than one stdseg. Need to seperate as each is a distinct HSP
  1941. ITERATE (CSeq_align::C_Segs::TStd, iterStdseg, seg.GetStd()){
  1942.   CRef<CSeq_align> aln(new CSeq_align);
  1943.   if((*iterStdseg)->IsSetScores()){
  1944.     aln->SetScore() = (*iterStdseg)->GetScores();
  1945.   }
  1946.   aln->SetSegs().SetStd().push_back(*iterStdseg);
  1947.   alnSetRef->Set().push_back(aln);
  1948. }
  1950.       } else {
  1951. alnSetRef->Set().push_back(*iter);
  1952.       }
  1953.     } else if(seg.Which() == CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag){
  1954.       if(seg.GetDendiag().size() > 1){ //has more than one dendiag. Need to seperate as each is a distinct HSP
  1955. ITERATE (CSeq_align::C_Segs::TDendiag, iterDendiag, seg.GetDendiag()){
  1956.   CRef<CSeq_align> aln(new CSeq_align);
  1957.   if((*iterDendiag)->IsSetScores()){
  1958.     aln->SetScore() = (*iterDendiag)->GetScores();
  1959.   }
  1960.   aln->SetSegs().SetDendiag().push_back(*iterDendiag);
  1961.   alnSetRef->Set().push_back(aln);
  1962. }
  1964.       } else {
  1965. alnSetRef->Set().push_back(*iter);
  1966.       }
  1967.     } else { //Denseg, doing nothing.
  1969.       alnSetRef->Set().push_back(*iter);
  1970.     }
  1971.   }
  1972.   
  1973.   return alnSetRef;
  1974. }
  1976. void CDisplaySeqalign::x_DisplayAlnvecList(CNcbiOstream& out, list<alnInfo*>& avList) {
  1977.   bool isFirstAlnInList = true;
  1978.   for(list<alnInfo*>::iterator iterAv = avList.begin(); iterAv != avList.end(); iterAv ++){
  1979.     m_AV = (*iterAv)->alnVec;
  1980.     const CBioseq_Handle& bsp_handle=m_AV->GetBioseqHandle(1); 
  1981.     if(isFirstAlnInList && (m_AlignOption&eShowBlastInfo)) {
  1982.       PrintDefLine(bsp_handle,  out);
  1983.       out<<"          Length="<<bsp_handle.GetBioseqCore()->GetInst().GetLength()<<endl<<endl;
  1984.       
  1985.     }
  1986.     
  1987.     if (m_AlignOption&eShowBlastInfo) {
  1988.       
  1989.       out<<" Score = "<<(*iterAv)->bits<<" ";
  1990.       out<<"bits ("<<(*iterAv)->score<<"),"<<"  ";
  1991.       out<<"Expect = "<<(*iterAv)->eValue<<endl;
  1992.     }
  1993.     DisplayAlnvec(out);
  1994.     out<<endl;
  1995.     isFirstAlnInList = false;
  1996.   }
  1997.   
  1998. }
  2000. END_SCOPE(objects)
  2001. END_NCBI_SCOPE
  2003. /* 
  2004. *============================================================
  2005. *$Log: showalign.cpp,v $
  2006. *Revision 1000.5  2004/06/01 19:41:04  gouriano
  2007. *PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.36
  2008. *
  2009. *Revision 1.36  2004/05/21 21:42:51  gorelenk
  2010. *Added PCH ncbi_pch.hpp
  2011. *
  2012. *Revision 1.35  2004/04/26 16:50:48  ucko
  2013. *Don't try to pass temporary (dummy) CSeq_id objects, even by const
  2014. *reference, as CSeq_id has no public copy constructor.
  2015. *
  2016. *Revision 1.34  2004/04/14 16:29:03  jianye
  2017. *deprecated getbioseq
  2018. *
  2019. *Revision 1.33  2004/03/18 16:30:24  grichenk
  2020. *Changed type of seq-align containers from list to vector.
  2021. *
  2022. *Revision 1.32  2004/02/10 21:59:36  jianye
  2023. *Clean up some defs
  2024. *
  2025. *Revision 1.31  2004/01/29 23:13:20  jianye
  2026. *Wrap defline
  2027. *
  2028. *Revision 1.30  2004/01/27 17:11:43  ucko
  2029. *Allocate storage for m_NumAsciiChar to avoid link errors on AIX.
  2030. *
  2031. *Revision 1.29  2004/01/21 18:32:46  jianye
  2032. *initialize m_ConfigFile
  2033. *
  2034. *Revision 1.28  2004/01/13 17:58:02  jianye
  2035. *Added geo linkout
  2036. *
  2037. *Revision 1.27  2004/01/05 17:59:24  vasilche
  2038. *Moved genbank loader and its readers sources to new location in objtools.
  2039. *Genbank is now in library libncbi_xloader_genbank.
  2040. *Id1 reader is now in library libncbi_xreader_id1.
  2041. *OBJMGR_LIBS macro updated correspondingly.
  2042. *
  2043. *Old headers temporarily will contain redirection to new location
  2044. *for compatibility:
  2045. *objmgr/gbloader.hpp > objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp
  2046. *objmgr/reader_id1.hpp > objtools/data_loaders/genbank/readers/id1/reader_id1.hpp
  2047. *
  2048. *Revision 1.26  2003/12/29 20:54:52  jianye
  2049. *change CanGet to IsSet
  2050. *
  2051. *Revision 1.25  2003/12/29 18:36:32  jianye
  2052. *Added nuc to nuc translation, show minus master as plus strand, etc
  2053. *
  2054. *Revision 1.24  2003/12/22 21:13:59  camacho
  2055. *Fix Seq-align-set type qualifier.
  2056. *Indenting left as-is.
  2057. *
  2058. *Revision 1.23  2003/12/16 19:21:23  jianye
  2059. *Set k_ColorMismatchIdentity to 0
  2060. *
  2061. *Revision 1.22  2003/12/11 22:27:18  jianye
  2062. *Use toolkit blosum matrix
  2063. *
  2064. *Revision 1.21  2003/12/09 19:40:24  ucko
  2065. *+<stdio.h> for sprintf
  2066. *
  2067. *Revision 1.20  2003/12/04 22:27:34  jianye
  2068. *Fixed accession problem for redundat hits
  2069. *
  2070. *Revision 1.19  2003/12/01 23:15:45  jianye
  2071. *Added showing CDR product
  2072. *
  2073. *Revision 1.18  2003/11/26 17:57:04  jianye
  2074. *Handling query set case for get sequence feature
  2075. *
  2076. *Revision 1.17  2003/10/28 22:41:06  jianye
  2077. *Added downloading sub seq capability for long seq
  2078. *
  2079. *Revision 1.16  2003/10/27 20:55:53  jianye
  2080. *Added color mismatches capability
  2081. *
  2082. *Revision 1.15  2003/10/08 17:48:54  jianye
  2083. *Fomat cvs log message area better
  2084. *
  2085. *Revision 1.14  2003/10/08 17:38:22  jianye
  2086. *fix comment sign generated by cvs
  2088. * Revision 1.13  2003/10/08 17:30:00  jianye
  2089. * get rid of some warnings under linux
  2090. *
  2091. *===========================================================
  2092. */