开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
alnvwr.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：24k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

alnvwr.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: alnvwr.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:40:58  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.22
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: alnvwr.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:40:58 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Kamen Todorov, NCBI
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   Various alignment viewers. Demonstration of CAlnMap/CAlnVec usage.
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbiapp.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiargs.hpp>
  45. #include <corelib/ncbienv.hpp>
  47. #include <serial/iterator.hpp>
  48. #include <serial/objistr.hpp>
  49. #include <serial/objostr.hpp>
  50. #include <serial/serial.hpp>
  52. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  53. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  54. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  55. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  57. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  58. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  59. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  60. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  61. #include <objects/submit/Seq_submit.hpp>
  63. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  64. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  65. #include <objmgr/scope.hpp>
  66. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  68. #include <objtools/alnmgr/alnmix.hpp>
  70. USING_SCOPE(ncbi);
  71. USING_SCOPE(objects);
  73. void LogTime(const string& s)
  74. {
  76.     static time_t prev_t;
  77.     time_t        t = time(0);
  79.     if (prev_t==0) {
  80.         prev_t=t;
  81.     }
  82.     
  83.     cout << s << " " << (int)(t-prev_t) << endl;
  84. }
  86. class CAlnMgrTestApp : public CNcbiApplication
  87. {
  88.     virtual void     Init(void);
  89.     virtual int      Run(void);
  90.     void             LoadDenseg(void);
  91.     void             View1();
  92.     void             View2(int screen_width);
  93.     void             View3(int screen_width);
  94.     void             View4(int screen_width);
  95.     void             View5();
  96.     void             View6();
  97.     void             View7();
  98.     void             View8(int aln_pos);
  99.     void             View9(int row0, int row1);
  100.     void             GetSeqPosFromAlnPosDemo();
  101. private:
  102.     CRef<CObjectManager> m_ObjMgr;
  103.     CRef<CScope>  m_Scope;
  104.     CRef<CAlnVec> m_AV;
  105. };
  107. void CAlnMgrTestApp::Init(void)
  108. {
  109.     // Create command-line argument descriptions class
  110.     auto_ptr<CArgDescriptions> arg_desc(new CArgDescriptions);
  112.     // Specify USAGE context
  113.     arg_desc->SetUsageContext
  114.         (GetArguments().GetProgramBasename(),
  115.          "Alignment manager demo program");
  117.     // Describe the expected command-line arguments
  118.     arg_desc->AddDefaultKey
  119.         ("in", "InputFile",
  120.          "Name of file to read the Dense-seg from (standard input by default)",
  121.          CArgDescriptions::eInputFile, "-", CArgDescriptions::fPreOpen);
  123.     arg_desc->AddOptionalKey
  124.         ("se_in", "SeqEntryInputFile",
  125.          "An optional Seq-entry file to load a local top level seq entry from.",
  126.          CArgDescriptions::eInputFile, CArgDescriptions::fPreOpen);
  128.     arg_desc->AddOptionalKey
  129.         ("log", "LogFile",
  130.          "Name of log file to write to",
  131.          CArgDescriptions::eOutputFile, CArgDescriptions::fPreOpen);
  133.     arg_desc->AddOptionalKey
  134.         ("a", "AnchorRow",
  135.          "Anchor row (zero based)",
  136.          CArgDescriptions::eInteger);
  138.     arg_desc->AddKey
  139.         ("v", "",
  140.          "View format:n"
  141.          "1. CSV tablen"
  142.          "2. Popset style using chunksn"
  143.          "3. Popset stylen"
  144.          "4. Popset style speed optimizedn"
  145.          "5. Print segmentsn"
  146.          "6. Print chunksn"
  147.          "7. Alternative ways to get sequencen"
  148.          "8. Demonstrate obtaining column vector in two alternative ways.n"
  149.          "   (Use numeric param n to choose alignment position)n"
  150.          "9. Print relative residue index mapping for two rows.n"
  151.          "   (Use row0 and row1 params to choose the rows)n",
  152.          CArgDescriptions::eInteger);
  154.     arg_desc->AddDefaultKey
  155.         ("w", "ScreenWidth",
  156.          "Screen width for some of the viewers",
  157.          CArgDescriptions::eInteger, "60");
  159.     arg_desc->AddDefaultKey
  160.         ("n", "Number",
  161.          "Generic Numeric Parameter, used by some viewers",
  162.          CArgDescriptions::eInteger, "0");
  164.     arg_desc->AddDefaultKey
  165.         ("row0", "Row0",
  166.          "Generic Row Parameter, used by some viewers",
  167.          CArgDescriptions::eInteger, "0");
  169.     arg_desc->AddDefaultKey
  170.         ("row1", "Row1",
  171.          "Generic Row Parameter, used by some viewers",
  172.          CArgDescriptions::eInteger, "1");
  174.     arg_desc->AddDefaultKey
  175.         ("cf", "GetChunkFlags",
  176.          "Flags for GetChunks (CAlnMap::TGetChunkFlags)",
  177.          CArgDescriptions::eInteger, "0");
  179.     // Setup arg.descriptions for this application
  180.     SetupArgDescriptions(arg_desc.release());
  181. }
  184. void CAlnMgrTestApp::LoadDenseg(void)
  185. {
  186.     CArgs args = GetArgs();
  188.     CNcbiIstream& is = args["in"].AsInputFile();
  189.     bool done = false;
  190.     
  191.     string asn_type;
  192.     {{
  193.         auto_ptr<CObjectIStream> in
  194.             (CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, is));
  196.         asn_type = in->ReadFileHeader();
  197.         in->Close();
  198.         is.seekg(0);
  199.     }}
  201.     auto_ptr<CObjectIStream> in
  202.         (CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, is));
  203.     
  204.     //create scope
  205.     {{
  206.         m_ObjMgr = new CObjectManager;
  207.         
  208.         m_ObjMgr->RegisterDataLoader
  209.             (*new CGBDataLoader("ID", NULL, 2),
  210.              CObjectManager::eDefault);
  212.         m_Scope = new CScope(*m_ObjMgr);
  213.         m_Scope->AddDefaults();
  214.     }}
  216.     if (asn_type == "Dense-seg") {
  217.         CRef<CDense_seg> ds(new CDense_seg);
  218.         *in >> *ds;
  219.         m_AV = new CAlnVec(*ds, *m_Scope);
  220.     } else if (asn_type == "Seq-submit") {
  221.         CRef<CSeq_submit> ss(new CSeq_submit);
  222.         *in >> *ss;
  223.         CTypesIterator i;
  224.         CType<CDense_seg>::AddTo(i);
  225.         CType<CSeq_entry>::AddTo(i);
  226.         int tse_cnt = 0;
  227.         for (i = Begin(*ss); i; ++i) {
  228.             if (CType<CDense_seg>::Match(i)) {
  229.                 m_AV = new CAlnVec(*(CType<CDense_seg>::Get(i)), *m_Scope);
  230.             } else if (CType<CSeq_entry>::Match(i)) {
  231.                 if ( !(tse_cnt++) ) {
  232.                     m_Scope->AddTopLevelSeqEntry
  233.                         (*(CType<CSeq_entry>::Get(i)));
  234.                 }
  235.             }
  236.         }
  237.     } else {
  238.         cerr << "Cannot read: " << asn_type;
  239.         return;
  240.     }
  242.     if ( args["se_in"] ) {
  243.         CNcbiIstream& se_is = args["se_in"].AsInputFile();
  244.         bool done = false;
  245.     
  246.         string se_asn_type;
  247.         {{
  248.             auto_ptr<CObjectIStream> se_in
  249.                 (CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, se_is));
  250.             
  251.             se_asn_type = se_in->ReadFileHeader();
  252.             se_in->Close();
  253.             se_is.seekg(0);
  254.         }}
  255.         
  256.         auto_ptr<CObjectIStream> se_in
  257.             (CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, se_is));
  258.         
  259.         if (se_asn_type == "Seq-entry") {
  260.             CRef<CSeq_entry> se (new CSeq_entry);
  261.             *se_in >> *se;
  262.             m_Scope->AddTopLevelSeqEntry(*se);
  263.         } else {
  264.             cerr << "se_in only accepts a Seq-entry asn text file.";
  265.             return;
  266.         }
  267.     }
  268. }
  270. void CAlnMgrTestApp::View1()
  271. {
  272.     cout << ",";
  273.     for (int seg=0; seg<m_AV->GetNumSegs(); seg++) {
  274.         cout << "," << m_AV->GetLen(seg) << ",";
  275.     }
  276.     cout << endl;
  277.     for (int row=0; row<m_AV->GetNumRows(); row++) {
  278.         cout << row << ",";
  279.         for (int seg=0; seg<m_AV->GetNumSegs(); seg++) {
  280.             cout << m_AV->GetStart(row, seg) << "," 
  281.                  << m_AV->GetStop(row, seg) << ",";
  282.         }
  283.         cout << endl;
  284.     }
  285. }
  287. void CAlnMgrTestApp::View2(int screen_width)
  288. {
  289.     int aln_pos = 0;
  290.     CAlnMap::TSignedRange rng;
  292.     do {
  293.         // create range
  294.         rng.Set(aln_pos, aln_pos + screen_width - 1);
  296.         string aln_seq_str;
  297.         aln_seq_str.reserve(screen_width + 1);
  298.         // for each sequence
  299.         for (CAlnMap::TNumrow row = 0; row < m_AV->GetNumRows(); row++) {
  300.             cout << m_AV->GetSeqId(row).AsFastaString()
  301.                  << "t" 
  302.                  << m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(row, rng.GetFrom(),
  303.                                               CAlnMap::eLeft)
  304.                  << "t"
  305.                  << m_AV->GetAlnSeqString(aln_seq_str, row, rng)
  306.                  << "t"
  307.                  << m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(row, rng.GetTo(),
  308.                                               CAlnMap::eLeft)
  309.                  << endl;
  310.         }
  311.         cout << endl;
  312.         aln_pos += screen_width;
  313.     } while (aln_pos < m_AV->GetAlnStop());
  314. }
  317. void CAlnMgrTestApp::View3(int screen_width)
  318. {
  319.     TSeqPos aln_len = m_AV->GetAlnStop() + 1;
  320.     const CAlnMap::TNumrow nrows = m_AV->GetNumRows();
  321.     const CAlnMap::TNumseg nsegs = m_AV->GetNumSegs();
  322.     const CDense_seg::TStarts& starts = m_AV->GetDenseg().GetStarts();
  323.     const CDense_seg::TLens& lens = m_AV->GetDenseg().GetLens();
  325.     vector<string> buffer(nrows);
  326.     for (CAlnMap::TNumrow row = 0; row < nrows; row++) {
  328.         // allocate space for the row
  329.         buffer[row].reserve(aln_len + 1);
  330.         string buff;
  332.         int seg, pos, left_seg = -1, right_seg = -1;
  333.         TSignedSeqPos start;
  334.         TSeqPos len;
  336.         // determine the ending right seg
  337.         for (seg = nsegs - 1, pos = seg * nrows + row;
  338.              seg >= 0; --seg, pos -= nrows) {
  339.             if (starts[pos] >= 0) {
  340.                 right_seg = seg;
  341.                 break;
  342.             }
  343.         }
  345.         for (seg = 0, pos = row;  seg < nsegs; ++seg, pos += nrows) {
  346.             len = lens[seg];
  347.             if ((start = starts[pos]) >= 0) {
  349.                 left_seg = seg; // ending left seg is at most here
  351.                 m_AV->GetSeqString(buff, row, start, start + len - 1);
  352.                 buffer[row] += buff;
  353.             } else {
  354.                 // add appropriate number of gap/end chars
  355.                 char* ch_buff = new char[len+1];
  356.                 char fill_ch;
  357.                 if (left_seg < 0  ||  seg > right_seg  &&  right_seg > 0) {
  358.                     fill_ch = m_AV->GetEndChar();
  359.                 } else {
  360.                     fill_ch = m_AV->GetGapChar(row);
  361.                 }
  362.                 memset(ch_buff, fill_ch, len);
  363.                 ch_buff[len] = 0;
  364.                 buffer[row] += ch_buff;
  365.                 delete[] ch_buff;
  366.             }
  367.         }
  368.     }
  370.     TSeqPos pos = 0;
  371.     do {
  372.         for (CAlnMap::TNumrow row = 0; row < nrows; row++) {
  373.             cout << m_AV->GetSeqId(row).AsFastaString()
  374.                  << "t"
  375.                  << m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(row, pos, CAlnMap::eLeft)
  376.                  << "t"
  377.                  << buffer[row].substr(pos, screen_width)
  378.                  << "t"
  379.                  << m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(row, pos + screen_width - 1,
  380.                                               CAlnMap::eLeft)
  381.                  << endl;
  382.         }
  383.         cout << endl;
  384.         pos += screen_width;
  385.         if (pos + screen_width > aln_len) {
  386.             screen_width = aln_len - pos;
  387.         }
  388.     } while (pos < aln_len);
  389. }
  392. void CAlnMgrTestApp::View4(int scrn_width)
  393. {
  394.     CAlnMap::TNumrow row, nrows = m_AV->GetNumRows();
  396.     vector<string> buffer(nrows);
  397.     vector<CAlnMap::TSeqPosList> insert_aln_starts(nrows);
  398.     vector<CAlnMap::TSeqPosList> insert_starts(nrows);
  399.     vector<CAlnMap::TSeqPosList> insert_lens(nrows);
  400.     vector<CAlnMap::TSeqPosList> scrn_lefts(nrows);
  401.     vector<CAlnMap::TSeqPosList> scrn_rights(nrows);
  402.     
  403.     // Fill in the vectors for each row
  404.     for (row = 0; row < nrows; row++) {
  405.         m_AV->GetWholeAlnSeqString
  406.             (row,
  407.              buffer[row],
  408.              &insert_aln_starts[row],
  409.              &insert_starts[row],
  410.              &insert_lens[row],
  411.              scrn_width,
  412.              &scrn_lefts[row],
  413.              &scrn_rights[row]);
  414.     }
  415.         
  416.     // Visualization
  417.     TSeqPos pos = 0, aln_len = m_AV->GetAlnStop() + 1;
  418.     do {
  419.         for (row = 0; row < nrows; row++) {
  420.             cout << row 
  421.                  << "t"
  422.                  << m_AV->GetSeqId(row).AsFastaString()
  423.                  << "t" 
  424.                  << scrn_lefts[row].front()
  425.                  << "t"
  426.                  << buffer[row].substr(pos, scrn_width)
  427.                  << "t"
  428.                  << scrn_rights[row].front()
  429.                  << endl;
  430.             scrn_lefts[row].pop_front();
  431.             scrn_rights[row].pop_front();
  432.         }
  433.         cout << endl;
  434.         pos += scrn_width;
  435.         if (pos + scrn_width > aln_len) {
  436.             scrn_width = aln_len - pos;
  437.         }
  438.     } while (pos < aln_len);
  439. }
  443. // print segments
  445. void CAlnMgrTestApp::View5()
  446. {
  447.     CAlnMap::TNumrow row;
  449.     for (row=0; row<m_AV->GetNumRows(); row++) {
  450.         cout << "Row: " << row << endl;
  451.         for (int seg=0; seg<m_AV->GetNumSegs(); seg++) {
  452.             
  453.             // seg
  454.             cout << "t" << seg << ": ";
  456.             // aln coords
  457.             cout << m_AV->GetAlnStart(seg) << "-"
  458.                  << m_AV->GetAlnStop(seg) << " ";
  461.             // type
  462.             CAlnMap::TSegTypeFlags type = m_AV->GetSegType(row, seg);
  463.             if (type & CAlnMap::fSeq) {
  464.                 // seq coords
  465.                 cout << m_AV->GetStart(row, seg) << "-" 
  466.                      << m_AV->GetStop(row, seg) << " (Seq)";
  467.             } else {
  468.                 cout << "(Gap)";
  469.             }
  471.             if (type & CAlnMap::fNotAlignedToSeqOnAnchor) cout << "(NotAlignedToSeqOnAnchor)";
  472.             if (CAlnMap::IsTypeInsert(type)) cout << "(Insert)";
  473.             if (type & CAlnMap::fUnalignedOnRight) cout << "(UnalignedOnRight)";
  474.             if (type & CAlnMap::fUnalignedOnLeft) cout << "(UnalignedOnLeft)";
  475.             if (type & CAlnMap::fNoSeqOnRight) cout << "(NoSeqOnRight)";
  476.             if (type & CAlnMap::fNoSeqOnLeft) cout << "(NoSeqOnLeft)";
  477.             if (type & CAlnMap::fEndOnRight) cout << "(EndOnRight)";
  478.             if (type & CAlnMap::fEndOnLeft) cout << "(EndOnLeft)";
  480.             cout << NcbiEndl;
  481.         }
  482.     }
  483.     cout << "---------" << endl;
  484. }
  488. // print chunks
  490. void CAlnMgrTestApp::View6()
  491. {
  492.     CArgs args = GetArgs();
  493.     CAlnMap::TNumrow row;
  495.     CAlnMap::TSignedRange range(-1, m_AV->GetAlnStop()+1);
  497.     for (row=0; row<m_AV->GetNumRows(); row++) {
  498.         cout << "Row: " << row << endl;
  499.         //CAlnMap::TSignedRange range(m_AV->GetSeqStart(row) -1,
  500.         //m_AV->GetSeqStop(row) + 1);
  501.         CRef<CAlnMap::CAlnChunkVec> chunk_vec = m_AV->GetAlnChunks(row, range, args["cf"].AsInteger());
  502.     
  503.         for (int i=0; i<chunk_vec->size(); i++) {
  504.             CConstRef<CAlnMap::CAlnChunk> chunk = (*chunk_vec)[i];
  506.             cout << "[row" << row << "|" << i << "]";
  507.             cout << chunk->GetAlnRange().GetFrom() << "-"
  508.                  << chunk->GetAlnRange().GetTo() << " ";
  510.             if (!chunk->IsGap()) {
  511.                 cout << chunk->GetRange().GetFrom() << "-"
  512.                     << chunk->GetRange().GetTo();
  513.             } else {
  514.                 cout << "(Gap)";
  515.             }
  517.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fSeq) cout << "(Seq)";
  518.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fNotAlignedToSeqOnAnchor) cout << "(NotAlignedToSeqOnAnchor)";
  519.             if (CAlnMap::IsTypeInsert(chunk->GetType())) cout << "(Insert)";
  520.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fUnalignedOnRight) cout << "(UnalignedOnRight)";
  521.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fUnalignedOnLeft) cout << "(UnalignedOnLeft)";
  522.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fNoSeqOnRight) cout << "(NoSeqOnRight)";
  523.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fNoSeqOnLeft) cout << "(NoSeqOnLeft)";
  524.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fEndOnRight) cout << "(EndOnRight)";
  525.             if (chunk->GetType() & CAlnMap::fEndOnLeft) cout << "(EndOnLeft)";
  526.             cout << NcbiEndl;
  527.         }
  528.     }
  529.     cout << "---------" << endl;
  530. }
  534. // alternative ways to get the sequence
  536. void CAlnMgrTestApp::View7()
  537. {
  538.     string buff;
  539.     CAlnMap::TNumseg seg;
  540.     CAlnMap::TNumrow row;
  542.     m_AV->SetGapChar('-');
  543.     m_AV->SetEndChar('.');
  544.     for (seg=0; seg<m_AV->GetNumSegs(); seg++) {
  545.         for (row=0; row<m_AV->GetNumRows(); row++) {
  546.             cout << "row " << row << ", seg " << seg << " ";
  547.             // if (m_AV->GetSegType(row, seg) & CAlnMap::fSeq) {
  548.                 cout << "["
  549.                     << m_AV->GetStart(row, seg)
  550.                     << "-"
  551.                     << m_AV->GetStop(row, seg) 
  552.                     << "]"
  553.                     << NcbiEndl;
  554.                 for(int i=0; i<m_AV->GetLen(seg); i++) {
  555.                     cout << m_AV->GetResidue(row, m_AV->GetAlnStart(seg)+i);
  556.                 }
  557.                 cout << NcbiEndl;
  558.                 cout << m_AV->GetSeqString(buff, row,
  559.                                            m_AV->GetStart(row, seg),
  560.                                            m_AV->GetStop(row, seg)) << NcbiEndl;
  561.                 cout << m_AV->GetSegSeqString(buff, row, seg) 
  562.                     << NcbiEndl;
  563.                 //            } else {
  564.                 //                cout << "-" << NcbiEndl;
  565.                 //            }
  566.             cout << NcbiEndl;
  567.         }
  568.     }
  569. }
  572. // Demonstrate obtaining column vector in two alternative ways.
  573. // (Use numeric param n to choose alignment position)
  574. void CAlnMgrTestApp::View8(int aln_pos)
  575. {
  576.     CAlnMap::TSignedRange rng;
  577.     rng.Set(aln_pos, aln_pos); // range covers only a single position
  578.     
  579.     string buffer;
  580.     
  581.     // obtain all individual residues
  582.     for (CAlnMap::TNumrow row=0; row<m_AV->GetNumRows(); row++) {
  583.         cout << m_AV->GetAlnSeqString(buffer, row, rng);
  584.     }
  585.     cout << NcbiEndl;
  586.     
  587.     // get the column at once
  588.     string column;
  589.     column.resize(m_AV->GetNumRows());
  590.     
  591.     cout << m_AV->GetColumnVector(column, aln_pos) << NcbiEndl;
  592.     
  593.     // %ID
  594.     cout << m_AV->CalculatePercentIdentity(aln_pos) << NcbiEndl;
  595. }
  598. void CAlnMgrTestApp::View9(int row0, int row1)
  599. {
  600.     vector<TSignedSeqPos> result;
  601.     CAlnMap::TRange aln_rng(0, m_AV->GetAlnStop()), rng0, rng1;
  603.     m_AV->GetResidueIndexMap(row0, row1, aln_rng, result, rng0, rng1);
  605.     size_t size = result.size();
  606.     cout << "(" << rng0.GetFrom() << "-" << rng0.GetTo() << ")" << endl;
  607.     cout << "(" << rng1.GetFrom() << "-" << rng1.GetTo() << ")" << endl;
  608.     for (size_t i = 0; i < size; i++) {
  609.         cout << result[i] << " ";
  610.     }
  611.     cout << endl;
  612. }
  615. //////
  616. // GetSeqPosFromAlnPos
  617. void CAlnMgrTestApp::GetSeqPosFromAlnPosDemo()
  618. {
  619.     cout << "["
  620.         << m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(2, 1390, CAlnMap::eForward, false)
  621.         << "-" 
  622.         << m_AV->GetSeqPosFromAlnPos(2, 1390, (CAlnMap::ESearchDirection)7, false)
  623.         << "]"
  624.         << NcbiEndl;
  625. }
  628. int CAlnMgrTestApp::Run(void)
  629. {
  630.     CArgs args = GetArgs();
  632.     if ( args["log"] ) {
  633.         SetDiagStream( &args["log"].AsOutputFile() );
  634.     }
  636.     LoadDenseg();
  638.     cout << "-----" << endl;
  640.     if (args["a"]) {
  641.         m_AV->SetAnchor(args["a"].AsInteger());
  642.     }
  644.     int screen_width = args["w"].AsInteger();
  645.     int number       = args["n"].AsInteger();
  646.     int row0         = args["row0"].AsInteger();
  647.     int row1         = args["row1"].AsInteger();
  648.     m_AV->SetGapChar('-');
  649.     m_AV->SetEndChar('.');
  650.     if (args["v"]) {
  651.         switch (args["v"].AsInteger()) {
  652.         case 1: View1(); break;
  653.         case 2: View2(screen_width); break;
  654.         case 3: View3(screen_width); break;
  655.         case 4: View4(screen_width); break;
  656.         case 5: View5(); break;
  657.         case 6: View6(); break;
  658.         case 7: View7(); break;
  659.         case 8: View8(number); break;
  660.         case 9: View9(row0, row1); break;
  661.         }
  662.     }
  663.     return 0;
  664. }
  667. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  668. //  MAIN
  671. int main(int argc, const char* argv[])
  672. {
  673.     // Execute main application function
  674.     return CAlnMgrTestApp().AppMain(argc, argv, 0, eDS_Default, 0);
  675. }
  677. /*
  678. * ===========================================================================
  679. *
  680. * $Log: alnvwr.cpp,v $
  681. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:40:58  gouriano
  682. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.22
  683. *
  684. * Revision 1.22  2004/05/21 21:42:51  gorelenk
  685. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  686. *
  687. * Revision 1.21  2004/03/03 19:41:59  todorov
  688. * +GetResidueIndexMap
  689. *
  690. * Revision 1.20  2004/02/12 22:51:27  todorov
  691. * +optinal seq-entry input file to read a local seq
  692. *
  693. * Revision 1.19  2004/02/03 19:52:25  todorov
  694. * m_AV declared after m_OM so that its ref to scope is distroyed first
  695. *
  696. * Revision 1.18  2004/01/16 22:11:48  ucko
  697. * Explicitly call DumpAsFasta() on Seq-ids intended to appear in FASTA format.
  698. *
  699. * Revision 1.17  2004/01/07 17:37:36  vasilche
  700. * Fixed include path to genbank loader.
  701. * Moved split_cache application.
  702. *
  703. * Revision 1.16  2003/12/19 19:37:26  todorov
  704. * +comments
  705. *
  706. * Revision 1.15  2003/12/18 20:08:53  todorov
  707. * Demo GetColumnVector & CalculatePercentIdentity
  708. *
  709. * Revision 1.14  2003/12/11 00:43:47  ucko
  710. * Fix typo in previous revision: call Close on the CObjectIStream rather
  711. * than the auto_ptr.
  712. *
  713. * Revision 1.13  2003/12/10 23:58:07  todorov
  714. * Added CObjectIStream::Close before IStream::seekg
  715. *
  716. * Revision 1.12  2003/12/09 16:13:34  todorov
  717. * code cleanup
  718. *
  719. * Revision 1.11  2003/12/08 21:28:04  todorov
  720. * Forced Translation of Nucleotide Sequences
  721. *
  722. * Revision 1.10  2003/09/26 15:30:07  todorov
  723. * +Print segments
  724. *
  725. * Revision 1.9  2003/07/23 21:01:08  ucko
  726. * Revert use of (uncommitted) BLAST DB data loader.
  727. *
  728. * Revision 1.8  2003/07/23 20:52:07  todorov
  729. * +width, +aln_starts for the inserts in GetWhole..
  730. *
  731. * Revision 1.7  2003/07/17 22:48:17  todorov
  732. * View4 implemented in CAlnVec::GetWholeAlnSeqString
  733. *
  734. * Revision 1.6  2003/07/17 21:06:44  todorov
  735. * -v is now required param
  736. *
  737. * Revision 1.5  2003/07/14 20:25:18  todorov
  738. * Added another, even faster viewer
  739. *
  740. * Revision 1.4  2003/07/08 19:27:46  todorov
  741. * Added an speed-optimized viewer
  742. *
  743. * Revision 1.3  2003/06/04 18:20:40  todorov
  744. * read seq-submit
  745. *
  746. * Revision 1.2  2003/06/02 16:06:41  dicuccio
  747. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  748. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  749. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  750. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  751. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  752. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  753. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  754. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  755. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  756. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  757. * replaces the three libmmdb? libs.
  758. *
  759. * Revision 1.1  2003/04/03 21:17:48  todorov
  760. * Adding demo projects
  761. *
  762. *
  763. * ===========================================================================
  764. */