alnmrg.sh
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:2k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. #! /bin/sh
  2. # $Id: alnmrg.sh,v 1000.2 2004/06/01 19:40:55 gouriano Exp $
  3. #
  4. unset GENBANK_ID1_STATS
  5. test_dir="./data"
  6. tmp_out=$test_dir/out.asn
  7. return_status=0
  8. run_prg() {
  9.   $CHECK_EXEC alnmrg -in $test_dir/$1.asn $2 > $tmp_out
  10.   if test "$?" != 0; then
  11.       echo "FAILURE:"
  12.       return_status=1
  13.   fi
  14. }
  15. check_diff() {
  16.   cmp -s $test_dir/$1.asn $tmp_out
  17.   if test "$?" != 0; then
  18.       echo "FAILURE: $2"
  19.       return_status=1
  20.   fi
  21. }  
  22. # in.asn == out.asn
  23. test1() {
  24.   run_prg "$1" "$2"
  25.   check_diff "$1" "$3"
  26. }
  27. # in.asn != out.asn
  28. test2() {
  29.   run_prg "$1" "$2"
  30.   check_diff "$1.out" "$3"
  31. }
  32. #### TEST CASES #####
  33. test1 unaln "-fillunaln t -noobjmgr t" 
  34. "test that fillunaln does not affect this alignment"
  35. # gi 6467445
  36. test2 independent_dss "-b Seq-entry" 
  37. "test independent dss"
  38. # gi 19880863
  39. test2 gapjoin "-gapjoin t -b Seq-entry" 
  40. "test gap join"
  41. # gi 19172277
  42. test2 19172277 "-b Seq-entry" "test gi 19172277"
  43. test1 multiple_row_inserts "" "multiple row inserts"
  44. test2 iterator_minus_minus "" "iterator minus minus"
  45. # test2 blast "-queryseqmergeonly t" "blast output merge"
  46. test2 seg_overlap "" "overlapping segments"
  47. test2 trunc1 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 1"
  48. test2 trunc2 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 2"
  49. test2 trunc3 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 3"
  50. test2 trunc4 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 4"
  51. test2 trunc5 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 5"
  52. test2 trunc6 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 6"
  53. test2 trunc7 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 7"
  54. test2 trunc8 "-truncateoverlaps t -noobjmgr t" "truncation of overlaps 8"
  55. rm $tmp_out
  56. echo "Done!"
  57. exit $return_status
  58. #  ===========================================================================
  59. #  PRODUCTION $Log: alnmrg.sh,v $
  60. #  PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:40:55  gouriano
  61. #  PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  62. #  PRODUCTION
  63. #  ===========================================================================