开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
dbsource_item.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：17k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

dbsource_item.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: dbsource_item.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:44:02  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: dbsource_item.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:44:02 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Mati Shomrat, NCBI
  36. *
  37. * File Description:
  38. *
  39. */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <corelib/ncbiutil.hpp>
  44. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  45. #include <objects/general/Date.hpp>
  46. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  47. #include <objects/seqblock/PIR_block.hpp>
  48. #include <objects/seqblock/PRF_block.hpp>
  49. #include <objects/seqblock/PRF_ExtraSrc.hpp>
  50. #include <objects/seqblock/PDB_block.hpp>
  51. #include <objects/seqblock/PDB_replace.hpp>
  52. #include <objects/seqblock/SP_block.hpp>
  53. #include <objects/seqloc/PDB_seq_id.hpp>
  54. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  55. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  56. #include <objmgr/feat_ci.hpp>
  57. #include <objmgr/seqdesc_ci.hpp>
  58. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  60. #include <objtools/format/formatter.hpp>
  61. #include <objtools/format/text_ostream.hpp>
  62. #include <objtools/format/items/dbsource_item.hpp>
  63. #include <objtools/format/context.hpp>
  64. #include "utils.hpp"
  67. BEGIN_NCBI_SCOPE
  68. BEGIN_SCOPE(objects)
  69. USING_SCOPE(sequence);
  72. CDBSourceItem::CDBSourceItem(CBioseqContext& ctx) :
  73.     CFlatItem(&ctx)
  74. {
  75.     x_GatherInfo(ctx);
  76. }
  79. void CDBSourceItem::Format
  80. (IFormatter& formatter,
  81.  IFlatTextOStream& text_os) const
  83. {
  84.     formatter.FormatDBSource(*this, text_os);
  85. }
  88. inline
  89. static int s_ScoreForDBSource(const CRef<CSeq_id>& x) {
  90.     switch (x->Which()) {
  91.     case CSeq_id::e_not_set:                        return kMax_Int;
  92.     case CSeq_id::e_Gi:                             return 31;
  93.     case CSeq_id::e_Giim:                           return 30;
  94.     case CSeq_id::e_Local: case CSeq_id::e_General: return 20;
  95.     case CSeq_id::e_Other:                          return 18;
  96.     case CSeq_id::e_Gibbmt:                         return 16;
  97.     case CSeq_id::e_Gibbsq: case CSeq_id::e_Patent: return 15;
  98.     case CSeq_id::e_Pdb:                            return 12;
  99.     default:                                        return 10;
  100.     }
  101. }
  104. void CDBSourceItem::x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx)
  105. {
  106.     const CBioseq::TId& ids = ctx.GetBioseqIds();
  107.     CConstRef<CSeq_id> id = FindBestChoice(ids, s_ScoreForDBSource);
  109.     if ( !id ) {
  110.         m_DBSource.push_back("UNKNOWN");
  111.         return;
  112.     }
  113.     switch ( id->Which() ) {
  114.     case CSeq_id::e_Pir:
  115.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  116.         x_AddPIRBlock(ctx);
  117.         break;
  119.     case CSeq_id::e_Swissprot:
  120.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  121.         x_AddSPBlock(ctx);
  122.         break;
  124.     case CSeq_id::e_Prf:
  125.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  126.         x_AddPRFBlock(ctx);
  127.         break;
  129.     case CSeq_id::e_Pdb:
  130.         m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  131.         x_AddPDBBlock(ctx);
  132.         break;
  134.     case CSeq_id::e_General:
  135.         if ( !NStr::StartsWith(id->GetGeneral().GetDb(), "PID") ) {
  136.             m_DBSource.push_back("UNKNOWN");
  137.             break;
  138.         }
  139.         // otherwise, fall through
  140.     case CSeq_id::e_Gibbsq: case CSeq_id::e_Gibbmt: case CSeq_id::e_Giim:
  141.     case CSeq_id::e_Genbank: case CSeq_id::e_Embl: case CSeq_id::e_Other:
  142.     case CSeq_id::e_Gi: case CSeq_id::e_Ddbj:
  143.     case CSeq_id::e_Tpg: case CSeq_id::e_Tpe: case CSeq_id::e_Tpd:
  144.     {
  145.         set<CBioseq_Handle> sources;
  146.         CScope& scope = ctx.GetScope();
  147.         const CSeq_feat* feat = GetCDSForProduct(ctx.GetHandle());
  148.         if ( feat == 0 ) {
  149.             // may also be protein product of mature peptide feature
  150.             feat = GetPROTForProduct(ctx.GetHandle());
  151.         }
  152.         if ( feat != 0 ) {
  153.             const CSeq_loc& loc = feat->GetLocation();
  154.             CBioseq_Handle nuc = scope.GetBioseqHandle(loc);
  155.             if ( nuc ) {
  156.                 for ( CSeq_loc_CI li(loc); li; ++li ) {
  157.                     CBioseq_Handle bsh = scope.GetBioseqHandle(li.GetSeq_id());
  158.                     if ( bsh ) {
  159.                         sources.insert(bsh);
  160.                     }
  161.                 }
  163.             }
  164.         }
  165.         ITERATE (set<CBioseq_Handle>, it, sources) {
  166.             CConstRef<CSeq_id> id2 = FindBestChoice(it->GetBioseqCore()->GetId(),
  167.                 s_ScoreForDBSource);
  168.             if ( id2 != 0 ) {
  169.                 string str = x_FormatDBSourceID(*id2);
  170.                 if ( !str.empty() ) {
  171.                     m_DBSource.push_back(str);
  172.                 }
  173.             }
  174.         }
  175.         if ( sources.empty() ) {
  176.             m_DBSource.push_back(x_FormatDBSourceID(*id));
  177.         }
  178.         break;
  179.     }
  180.     default:
  181.         m_DBSource.push_back("UNKNOWN");
  182.     }
  183. }
  185. void CDBSourceItem::x_AddPIRBlock(CBioseqContext& ctx)
  186. {
  187.     CSeqdesc_CI dsc(ctx.GetHandle(), CSeqdesc::e_Pir);
  188.     if ( !dsc ) {
  189.         return;
  190.     }
  192.     x_SetObject(*dsc);
  194.     const CPIR_block& pir = dsc->GetPir();
  195.     if (pir.CanGetHost()) {
  196.         m_DBSource.push_back("host: " + pir.GetHost());
  197.     }
  198.     if (pir.CanGetSource()) {
  199.         m_DBSource.push_back("source: " + pir.GetSource());
  200.     }
  201.     if (pir.CanGetSummary()) {
  202.         m_DBSource.push_back("summary: " + pir.GetSummary());
  203.     }
  204.     if (pir.CanGetGenetic()) {
  205.         m_DBSource.push_back("genetic: " + pir.GetGenetic());
  206.     }
  207.     if (pir.CanGetIncludes()) {
  208.         m_DBSource.push_back("includes: " + pir.GetIncludes());
  209.     }
  210.     if (pir.CanGetPlacement()) {
  211.         m_DBSource.push_back("placement: " + pir.GetPlacement());
  212.     }
  213.     if (pir.CanGetSuperfamily()) {
  214.         m_DBSource.push_back("superfamily: " + pir.GetSuperfamily());
  215.     }
  216.     if (pir.CanGetCross_reference()) {
  217.         m_DBSource.push_back("xref: " + pir.GetCross_reference());
  218.     }
  219.     if (pir.CanGetDate()) {
  220.         m_DBSource.push_back("PIR dates: " + pir.GetDate());
  221.     }
  222.     if (pir.GetHad_punct()) {
  223.         m_DBSource.push_back("punctuation in sequence");
  224.     }
  225.     if (pir.CanGetSeqref()) {
  226.         list<string> xrefs;
  227.         ITERATE (CPIR_block::TSeqref, it, pir.GetSeqref()) {
  228.             const char* type = 0;
  229.             switch ((*it)->Which()) {
  230.             case CSeq_id::e_Genbank:    type = "genbank ";    break;
  231.             case CSeq_id::e_Embl:       type = "embl ";       break;
  232.             case CSeq_id::e_Pir:        type = "pir ";        break;
  233.             case CSeq_id::e_Swissprot:  type = "swissprot ";  break;
  234.             case CSeq_id::e_Gi:         type = "gi: ";        break;
  235.             case CSeq_id::e_Ddbj:       type = "ddbj ";       break;
  236.             case CSeq_id::e_Prf:        type = "prf ";        break;
  237.             default:                    break;
  238.             }
  239.             if (type) {
  240.                 xrefs.push_back(type + (*it)->GetSeqIdString(true));
  241.             }
  242.         }
  243.         if ( !xrefs.empty() ) {
  244.             m_DBSource.push_back("xrefs: " + NStr::Join(xrefs, ", "));
  245.         }
  246.     }
  247.     NON_CONST_ITERATE (list<string>, it, m_DBSource) {
  248.         // The C version puts newlines before these for some reason
  249.         *it += (&*it == &m_DBSource.back() ? '.' : ';');
  250.     }
  251. }
  254. void CDBSourceItem::x_AddSPBlock(CBioseqContext& ctx)
  255. {
  256.     CSeqdesc_CI dsc(ctx.GetHandle(), CSeqdesc::e_Sp);
  257.     if ( !dsc ) {
  258.         return;
  259.     }
  260.     x_SetObject(*dsc);
  262.     const CSP_block& sp = dsc->GetSp();
  263.     switch (sp.GetClass()) {
  264.     case CSP_block::eClass_standard:
  265.         m_DBSource.push_back("class: standard.");
  266.         break;
  267.     case CSP_block::eClass_prelim:
  268.         m_DBSource.push_back("class: preliminary.");
  269.         break;
  270.     default:
  271.         break;
  272.     }
  273.     // laid out slightly differently from the C version, but I think that's
  274.     // a bug in the latter (which runs some things together)
  275.     if (sp.CanGetExtra_acc()  &&  !sp.GetExtra_acc().empty() ) {
  276.         m_DBSource.push_back("extra_accessions:"
  277.                              + NStr::Join(sp.GetExtra_acc(), ","));
  278.     }
  279.     if (sp.GetImeth()) {
  280.         m_DBSource.push_back("seq starts with Met");
  281.     }
  282.     if (sp.CanGetPlasnm()  &&  !sp.GetPlasnm().empty() ) {
  283.         m_DBSource.push_back("plasmid:" + NStr::Join(sp.GetPlasnm(), ","));
  284.     }
  285.     if (sp.CanGetCreated()) {
  286.         string s("created: ");
  287.         sp.GetCreated().GetDate(&s, "%3N %D %Y");
  288.         m_DBSource.push_back(s + '.');
  289.     }
  290.     if (sp.CanGetSequpd()) {
  291.         string s("sequence updated: ");
  292.         sp.GetSequpd().GetDate(&s, "%3N %D %Y");
  293.         m_DBSource.push_back(s + '.');
  294.     }
  295.     if (sp.CanGetAnnotupd()) {
  296.         string s("annotation updated: ");
  297.         sp.GetAnnotupd().GetDate(&s, "%3N %D %Y");
  298.         m_DBSource.push_back(s + '.');
  299.     }
  300.     if (sp.CanGetSeqref()  &&  !sp.GetSeqref().empty() ) {
  301.         list<string> xrefs;
  302.         ITERATE (CSP_block::TSeqref, it, sp.GetSeqref()) {
  303.             const char* s = 0;
  304.             switch ((*it)->Which()) {
  305.             case CSeq_id::e_Genbank:  s = "genbank accession ";          break;
  306.             case CSeq_id::e_Embl:     s = "embl accession ";             break;
  307.             case CSeq_id::e_Pir:      s = "pir locus ";                  break;
  308.             case CSeq_id::e_Swissprot: s = "swissprot accession ";       break;
  309.             case CSeq_id::e_Gi:       s = "gi: ";                        break;
  310.             case CSeq_id::e_Ddbj:     s = "ddbj accession ";             break;
  311.             case CSeq_id::e_Prf:      s = "prf accession ";              break;
  312.             case CSeq_id::e_Pdb:      s = "pdb accession ";              break;
  313.             case CSeq_id::e_Tpg:   s = "genbank third party accession "; break;
  314.             case CSeq_id::e_Tpe:      s = "embl third party accession "; break;
  315.             case CSeq_id::e_Tpd:      s = "ddbj third party accession "; break;
  316.             default:                  break;
  317.             }
  318.             if ( s ) {
  319.                 string acc = (*it)->GetSeqIdString(true);
  320.                 xrefs.push_back(s + acc);
  321.             }
  322.         }
  323.         if ( !xrefs.empty() ) {
  324.             m_DBSource.push_back("xrefs: " + NStr::Join(xrefs, ", "));
  325.         }
  326.     }
  327.     if (sp.CanGetDbref()  &&  !sp.GetDbref().empty() ) {
  328.         list<string> xrefs;
  329.         ITERATE (CSP_block::TDbref, it, sp.GetDbref()) {
  330.             const CObject_id& tag = (*it)->GetTag();
  331.             string id = (tag.IsStr() ? tag.GetStr()
  332.                                      : NStr::IntToString(tag.GetId()));
  333.             if ((*it)->GetDb() == "MIM") {
  334.                 xrefs.push_back
  335.                     ("MIM <a href=""
  336.                      "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=" + id
  337.                      + "">" + id + "</a>");
  338.             } else {
  339.                 xrefs.push_back((*it)->GetDb() + id); // no space(!)
  340.             }
  341.         }
  342.         m_DBSource.push_back
  343.             ("xrefs (non-sequence databases): " + NStr::Join(xrefs, ", "));
  344.     }
  345. }
  348. void CDBSourceItem::x_AddPRFBlock(CBioseqContext& ctx)
  349. {
  350.     CSeqdesc_CI dsc(ctx.GetHandle(), CSeqdesc::e_Prf);
  351.     if ( !dsc ) {
  352.         return;
  353.     }
  355.     x_SetObject(*dsc);
  357.     const CPRF_block& prf = dsc->GetPrf();
  358.     if (prf.CanGetExtra_src()) {
  359.         const CPRF_ExtraSrc& es = prf.GetExtra_src();
  360.         if (es.CanGetHost()) {
  361.             m_DBSource.push_back("host: " + es.GetHost());
  362.         }
  363.         if (es.CanGetPart()) {
  364.             m_DBSource.push_back("part: " + es.GetPart());
  365.         }
  366.         if (es.CanGetState()) {
  367.             m_DBSource.push_back("state: " + es.GetState());
  368.         }
  369.         if (es.CanGetStrain()) {
  370.             m_DBSource.push_back("strain: " + es.GetStrain());
  371.         }
  372.         if (es.CanGetTaxon()) {
  373.             m_DBSource.push_back("taxonomy: " + es.GetTaxon());
  374.         }
  375.     }
  376.     NON_CONST_ITERATE (list<string>, it, m_DBSource) {
  377.         *it += (&*it == &m_DBSource.back() ? '.' : ';');
  378.     }
  379. }
  382. void CDBSourceItem::x_AddPDBBlock(CBioseqContext& ctx)
  383. {
  384.     CSeqdesc_CI dsc(ctx.GetHandle(), CSeqdesc::e_Pdb);
  385.     if ( !dsc ) {
  386.         return;
  387.     }
  389.     x_SetObject(*dsc);
  391.     const CPDB_block& pdb = dsc->GetPdb();
  392.     {{
  393.         string s("deposition: ");
  394.         DateToString(pdb.GetDeposition(), s);
  395.         m_DBSource.push_back(s);
  396.     }}
  397.     m_DBSource.push_back("class: " + pdb.GetClass());
  398.     if (!pdb.GetSource().empty() ) {
  399.         m_DBSource.push_back("source: " + NStr::Join(pdb.GetSource(), ", "));
  400.     }
  401.     if (pdb.CanGetExp_method()) {
  402.         m_DBSource.push_back("Exp. method: " + pdb.GetExp_method());
  403.     }
  404.     if (pdb.CanGetReplace()) {
  405.         const CPDB_replace& rep = pdb.GetReplace();
  406.         if ( !rep.GetIds().empty() ) {
  407.             m_DBSource.push_back
  408.                 ("ids replaced: " + NStr::Join(pdb.GetSource(), ", "));
  409.         }
  410.         string s("replacement date: ");
  411.         DateToString(rep.GetDate(), s);
  412.         m_DBSource.push_back(s);
  413.     }
  414.     NON_CONST_ITERATE (list<string>, it, m_DBSource) {
  415.         *it += (&*it == &m_DBSource.back() ? '.' : ';');
  416.     }
  417. }
  420. string CDBSourceItem::x_FormatDBSourceID(const CSeq_id& id) {
  421.     switch ( id.Which() ) {
  422.     case CSeq_id::e_Local:
  423.         {{
  424.             const CObject_id& oi = id.GetLocal();
  425.             return (oi.IsStr() ? oi.GetStr() : NStr::IntToString(oi.GetId()));
  426.         }}
  427.     case CSeq_id::e_Gi:
  428.         {{
  429.             return "gi: " + NStr::IntToString(id.GetGi());
  430.         }}
  431.     case CSeq_id::e_Pdb:
  432.         {{
  433.             const CPDB_seq_id& pdb = id.GetPdb();
  434.             string s("pdb: "), sep;
  435.             if ( !pdb.GetMol().Get().empty() ) {
  436.                 s += "molecule " + pdb.GetMol().Get();
  437.                 sep = ",";
  438.             }
  439.             if (pdb.GetChain() > 0) {
  440.                 s += sep + "chain " + NStr::IntToString(pdb.GetChain());
  441.                 sep = ",";
  442.             }
  443.             if (pdb.CanGetRel()) {
  444.                 s += sep + "release ";
  445.                 DateToString(pdb.GetRel(), s);
  446.                 sep = ",";
  447.             }
  448.             return s;
  449.         }}
  450.     default:
  451.         {{
  452.             const CTextseq_id* tsid = id.GetTextseq_Id();
  453.             if ( !tsid ) {
  454.                 return kEmptyStr;
  455.             }
  456.             string s, sep, comma;
  457.             switch (id.Which()) {
  458.             case CSeq_id::e_Embl:       s = "embl ";        comma = ",";  break;
  459.             case CSeq_id::e_Other:      s = "REFSEQ: ";                   break;
  460.             case CSeq_id::e_Swissprot:  s = "swissprot: ";  comma = ",";  break;
  461.             case CSeq_id::e_Pir:        s = "pir: ";                      break;
  462.             case CSeq_id::e_Prf:        s = "prf: ";                      break;
  463.             default:                    break;
  464.             }
  465.             if ( tsid->CanGetName() ) {
  466.                 s += "locus " + tsid->GetName();
  467.                 sep = " ";
  468.             } else {
  469.                 comma.erase();
  470.             }
  471.             if (tsid->CanGetAccession()) {
  472.                 string acc = tsid->GetAccession();
  473.                 if (tsid->CanGetVersion()) {
  474.                     acc += '.' + NStr::IntToString(tsid->GetVersion());
  475.                 }
  476.                 s += comma + sep + "accession " + acc;
  477.                 sep = " ";
  478.             }
  479.             if (tsid->CanGetRelease()) {
  480.                 s += sep + "release " + tsid->GetRelease();
  481.             }
  482.             if (id.IsSwissprot()) {
  483.                 s += ';';
  484.             }
  485.             return s;
  486.         }}
  487.     }
  488. }
  491. END_SCOPE(objects)
  492. END_NCBI_SCOPE
  495. /*
  496. * ===========================================================================
  497. *
  498. * $Log: dbsource_item.cpp,v $
  499. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:44:02  gouriano
  500. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  501. *
  502. * Revision 1.6  2004/05/21 21:42:54  gorelenk
  503. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  504. *
  505. * Revision 1.5  2004/04/22 15:55:04  shomrat
  506. * Changes in context
  507. *
  508. * Revision 1.4  2004/03/25 20:36:31  shomrat
  509. * Use handles
  510. *
  511. * Revision 1.3  2004/03/16 19:07:25  vasilche
  512. * Use CConstRef<CSeq_id> to store returned CConstRef<CSeq_id>.
  513. *
  514. * Revision 1.2  2003/12/18 17:43:32  shomrat
  515. * context.hpp moved
  516. *
  517. * Revision 1.1  2003/12/17 20:19:33  shomrat
  518. * Initial Revision (adapted from flat lib)
  519. *
  520. *
  521. * ===========================================================================
  522. */