开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
gff_formatter.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：20k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

gff_formatter.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: gff_formatter.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:44:46  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: gff_formatter.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:44:46 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  36. *          Mati Shomrat
  37. *
  38. * File Description:
  39. *           
  40. *
  41. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <objects/seqfeat/Genetic_code_table.hpp>
  45. #include <objects/general/Date.hpp>
  46. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  47. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  48. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  49. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  50. #include <objtools/format/gff_formatter.hpp>
  51. #include <objtools/format/items/locus_item.hpp>
  52. #include <objtools/format/items/date_item.hpp>
  53. #include <objtools/format/items/feature_item.hpp>
  54. #include <objtools/format/items/basecount_item.hpp>
  55. #include <objtools/format/items/sequence_item.hpp>
  56. #include <objtools/format/items/ctrl_items.hpp>
  57. #include <objtools/format/context.hpp>
  58. #include <algorithm>
  61. BEGIN_NCBI_SCOPE
  62. BEGIN_SCOPE(objects)
  65. CGFFFormatter::CGFFFormatter(void) :
  66.     m_GFFFlags(CGFFFormatter::fGTFCompat)
  67. {
  68. }
  71. void CGFFFormatter::Start(IFlatTextOStream& text_os)
  72. {
  73.     list<string> l;
  74.     l.push_back("##gff-version 2");
  75.     l.push_back("##source-version NCBI C++ formatter 0.1");
  76.     l.push_back("##date " + CurrentTime().AsString("Y-M-D"));
  77.     text_os.AddParagraph(l);
  78. }
  81. void CGFFFormatter::StartSection(const CStartSectionItem& ssec, IFlatTextOStream& text_os)
  82. {
  83.     list<string> l;
  84.     CBioseqContext& bctx = *ssec.GetContext();
  86.     switch (bctx.GetMol()) {
  87.     case CSeq_inst::eMol_dna:  m_SeqType = "DNA";      break;
  88.     case CSeq_inst::eMol_rna:  m_SeqType = "RNA";      break;
  89.     case CSeq_inst::eMol_aa:   m_SeqType = "Protein";  break;
  90.     default:                   m_SeqType.erase();      break;
  91.     }
  92.     if ( !m_SeqType.empty() ) {
  93.         l.push_back("##Type " + m_SeqType + ' '
  94.                     + bctx.GetAccession());
  95.     }
  96.     text_os.AddParagraph(l);
  97. }
  100. void CGFFFormatter::EndSection(const CEndSectionItem&, IFlatTextOStream& text_os)
  101. {
  102.     if ( !m_EndSequence.empty() ) {
  103.         list<string> l;
  104.         l.push_back(m_EndSequence);
  105.         text_os.AddParagraph(l);
  106.     }
  107. }
  110. void CGFFFormatter::FormatLocus
  111. (const CLocusItem& locus, 
  112.  IFlatTextOStream& text_os)
  113. {
  114.     m_Strandedness = locus.GetStrand();
  115. }
  118. void CGFFFormatter::FormatDate
  119. (const CDateItem& date,
  120.  IFlatTextOStream& text_os)
  121. {
  122.     m_Date.erase();
  124.     const CDate* d = date.GetUpdateDate();
  125.     if ( d != 0 ) {
  126.         d->GetDate(&m_Date, "%4Y-%{%2M%|??%}-%{%2D%|??%}");
  127.     }
  128. }
  132. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  133. //
  134. // FEATURES
  137. void CGFFFormatter::FormatFeature
  138. (const CFeatureItemBase& f,
  139.  IFlatTextOStream& text_os)
  140. {
  141.     const CSeq_feat& seqfeat = f.GetFeat();
  142.     string           key(f.GetKey()), oldkey;
  143.     bool             gtf     = false;
  144.     CBioseqContext& ctx = *f.GetContext();
  145.     CScope* scope = &ctx.GetScope();
  147.     // CSeq_loc         tentative_stop;
  149.     if ((m_GFFFlags & fGTFCompat)  &&  !ctx.IsProt()
  150.         &&  (key == "CDS"  ||  key == "exon")) {
  151.         gtf = true;
  152.     } else if ((m_GFFFlags & fGTFCompat)
  153.                &&  ctx.GetMol() == CSeq_inst::eMol_dna
  154.                &&  seqfeat.GetData().IsRna()) {
  155.         oldkey = key;
  156.         key    = "exon";
  157.         gtf    = true;
  158.     } else if ((m_GFFFlags & fGTFOnly) == fGTFOnly) {
  159.         return;
  160.     }
  162.     CConstRef<CFlatFeature> feat = f.Format();
  163.     list<string>  l;
  164.     list<string>  attr_list;
  166.     if ( !oldkey.empty() ) {
  167.         attr_list.push_back("gbkey "" + oldkey + "";");
  168.     }
  170.     ITERATE (CFlatFeature::TQuals, it, feat->GetQuals()) {
  171.         string name = (*it)->GetName();
  172.         if (name == "codon_start"  ||  name == "translation"
  173.             ||  name == "transcription") {
  174.             continue; // suppressed to reduce verbosity
  175.         } else if (name == "number"  &&  key == "exon") {
  176.             name = "exon_number";
  177.         } else if ((m_GFFFlags & fGTFCompat)  &&  !ctx.IsProt()
  178.                    &&  name == "gene") {
  179.             string gene_id = x_GetGeneID(*feat, (*it)->GetValue(), ctx);
  180.             if (key != "gene") {
  181.                 string transcript_id = x_GetTranscriptID(*feat, gene_id, ctx);
  182.                 attr_list.push_front
  183.                     ("transcript_id "" + transcript_id + "";");
  184.             }
  185.             attr_list.push_front("gene_id "" + gene_id + "";");
  186.             continue;
  187.         }
  188.         string value;
  189.         NStr::Replace((*it)->GetValue(), " b", kEmptyStr, value);
  190.         string value2(NStr::PrintableString(value));
  191.         // some parsers may be dumb, so quote further
  192.         value.erase();
  193.         ITERATE (string, c, value2) {
  194.             switch (*c) {
  195.             case ' ':  value += "\x20"; break;
  196.             case '"': value += "x22";   break; // already backslashed
  197.             case '#':  value += "\x23"; break;
  198.             default:   value += *c;
  199.             }
  200.         }
  201.         attr_list.push_back(name + " "" + value + "";");
  202.     }
  203.     string attrs(NStr::Join(attr_list, " "));
  205.     string source = x_GetSourceName(ctx);
  207.     int frame = -1;
  208.     if (seqfeat.GetData().IsCdregion()  &&  !ctx.IsProt() ) {
  209.         const CCdregion& cds = seqfeat.GetData().GetCdregion();
  210.         frame = max(cds.GetFrame() - 1, 0);
  211.     }
  213.     CRef<CSeq_loc> tentative_stop;
  214.     if (gtf  &&  seqfeat.GetData().IsCdregion()) {
  215.         const CCdregion& cds = seqfeat.GetData().GetCdregion();
  216.         if ( !f.GetLoc().IsPartialRight()  &&  seqfeat.IsSetProduct() ) {
  217.             TSeqPos loc_len = sequence::GetLength(f.GetLoc(), scope);
  218.             TSeqPos prod_len = sequence::GetLength(seqfeat.GetProduct(),
  219.                                                    scope);
  220.             if (loc_len >= frame + 3 * prod_len + 3) {
  221.                 SRelLoc::TRange range;
  222.                 range.SetFrom(frame + 3 * prod_len);
  223.                 range.SetTo  (frame + 3 * prod_len + 2);
  224.                 // needs to be partial for TranslateCdregion to DTRT
  225.                 range.SetFuzz_from().SetLim(CInt_fuzz::eLim_lt);
  226.                 SRelLoc::TRanges ranges;
  227.                 ranges.push_back(CRef<SRelLoc::TRange>(&range));
  228.                 tentative_stop = SRelLoc(f.GetLoc(), ranges).Resolve(scope);
  229.             }
  230.             if (tentative_stop.NotEmpty()  &&  !tentative_stop->IsNull()) {
  231.                 string s;
  232.                 CCdregion_translate::TranslateCdregion
  233.                     (s, ctx.GetHandle(), *tentative_stop, cds);
  234.                 if (s != "*") {
  235.                     tentative_stop.Reset();
  236.                 }
  237.             } else {
  238.                 tentative_stop.Reset();
  239.             }
  240.         }
  241.     }
  243.     x_AddFeature(l, f.GetLoc(), source, key, "." /*score*/, frame, attrs, gtf, ctx, tentative_stop);
  245.     if (gtf  &&  seqfeat.GetData().IsCdregion()) {
  246.         const CCdregion& cds = seqfeat.GetData().GetCdregion();
  247.         if ( !f.GetLoc().IsPartialLeft() ) {
  248.             CRef<CSeq_loc> tentative_start;
  249.             {{
  250.                 CRef<SRelLoc::TRange> range(new SRelLoc::TRange);
  251.                 SRelLoc::TRanges      ranges;
  252.                 range->SetFrom(frame);
  253.                 range->SetTo(frame + 2);
  254.                 ranges.push_back(range);
  255.                 tentative_start = SRelLoc(f.GetLoc(), ranges).Resolve(scope);
  256.             }}
  258.             string s;
  259.             ctx.GetHandle().GetSequenceView
  260.                 (*tentative_start, CBioseq_Handle::eViewConstructed)
  261.                 .GetSeqData(0, 3, s);
  262.             const CTrans_table* tt;
  263.             if (cds.IsSetCode()) {
  264.                 tt = &CGen_code_table::GetTransTable(cds.GetCode());
  265.             } else {
  266.                 tt = &CGen_code_table::GetTransTable(1);
  267.             }
  268.             if (s.size() == 3
  269.                 &&  tt->IsAnyStart(tt->SetCodonState(s[0], s[1], s[2]))) {
  270.                 x_AddFeature(l, *tentative_start, source, "start_codon",
  271.                              "." /* score */, 0, attrs, gtf, ctx);
  272.             }
  273.         }
  274.         if ( tentative_stop ) {
  275.             x_AddFeature(l, *tentative_stop, source, "stop_codon",
  276.                                  "." /* score */, 0, attrs, gtf, ctx);
  277.         }
  278.     }
  280.     text_os.AddParagraph(l, &seqfeat);
  281. }
  284. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  285. //
  286. // BASE COUNT
  288. // used as a trigger for the sequence header
  290. void CGFFFormatter::FormatBasecount
  291. (const CBaseCountItem& bc,
  292.  IFlatTextOStream& text_os)
  293. {
  294.     if ( !(m_GFFFlags & fShowSeq) )
  295.         return;
  297.     CBioseqContext& ctx = *bc.GetContext();
  299.     list<string> l;
  300.     l.push_back("##" + m_SeqType + ' ' + ctx.GetAccession());
  301.     text_os.AddParagraph(l);
  302.     m_EndSequence = "##end-" + m_SeqType;
  303. }
  306. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  307. //
  308. // SEQUENCE
  310. void CGFFFormatter::FormatSequence
  311. (const CSequenceItem& seq,
  312.  IFlatTextOStream& text_os)
  313. {
  314.     if ( !(m_GFFFlags & fShowSeq) )
  315.         return;
  316.     CBioseqContext& ctx = *seq.GetContext();
  318.     list<string> l;
  319.     CSeqVector v = seq.GetSequence();
  320.     v.SetCoding(CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  322.     CSeqVector_CI vi(v);
  323.     string s;
  324.     while (vi) {
  325.         s.erase();
  326.         vi.GetSeqData(s, 70);
  327.         l.push_back("##" + s);
  328.     }
  329.     text_os.AddParagraph(l, ctx.GetHandle().GetCompleteBioseq());
  330. }
  333. // Private
  335. string CGFFFormatter::x_GetGeneID
  336. (const CFlatFeature& feat,
  337.  const string& gene,
  338.  CBioseqContext& ctx) const
  339. {
  340.     const CSeq_feat& seqfeat = feat.GetFeat();
  342.     string               main_acc;
  343.     if (ctx.IsPart()) {
  344.         const CSeq_id& id = *(ctx.GetMaster().GetHandle().GetSeqId());
  345.         main_acc = ctx.GetPreferredSynonym(id).GetSeqIdString(true);
  346.     } else {
  347.         main_acc = ctx.GetAccession();
  348.     }
  350.     string               gene_id   = main_acc + ':' + gene;
  351.     CConstRef<CSeq_feat> gene_feat = sequence::GetBestOverlappingFeat
  352.         (seqfeat.GetLocation(), CSeqFeatData::e_Gene,
  353.          sequence::eOverlap_Interval, ctx.GetScope());
  355.     return gene_id;
  356. }
  359. string CGFFFormatter::x_GetTranscriptID
  360. (const CFlatFeature& feat,
  361.  const string& gene_id,
  362.  CBioseqContext& ctx) const
  363. {
  364.     const CSeq_feat& seqfeat = feat.GetFeat();
  366.     // if our feature already is an mRNA, we need look no further
  367.     CConstRef<CSeq_feat> mrna_feat;
  368.     if (seqfeat.GetData().GetSubtype() == CSeqFeatData::eSubtype_mRNA) {
  369.         mrna_feat.Reset(&seqfeat);
  370.     } else {
  372.         // search for a best overlapping mRNA
  373.         // we start with a scan through the product accessions because we need
  374.         // to insure that the chosen transcript does indeed match what we want
  376.         if (seqfeat.IsSetProduct()) {
  377.             try {
  378.                 // this may throw, if the product spans multiple sequences
  379.                 // this would be extremely unlikely, but we catch anyway
  380.                 const CSeq_id& product_id =
  381.                     sequence::GetId(seqfeat.GetProduct());
  383.                 SAnnotSelector sel;
  384.                 sel.SetOverlapIntervals()
  385.                     .ExcludeNamedAnnots("SNP")
  386.                     .SetResolveAll()
  387.                     .SetFeatSubtype(CSeqFeatData::eSubtype_mRNA);
  389.                 CFeat_CI feat_iter(ctx.GetScope(), seqfeat.GetLocation(), sel);
  390.                 for ( ;  feat_iter  &&  !mrna_feat;  ++feat_iter) {
  391.                     // we grab the mRNA product, if available, and scan it for
  392.                     // a CDS feature.  the CDS feature should point to the same
  393.                     // product as our current feature.
  394.                     const CSeq_feat& mrna = feat_iter->GetOriginalFeature();
  395.                     if ( !mrna.IsSetProduct() ) {
  396.                         continue;
  397.                     }
  399.                     // make sure the feature contains our feature of interest
  400.                     sequence::ECompare comp =
  401.                         sequence::Compare(mrna.GetLocation(),
  402.                                           seqfeat.GetLocation());
  403.                     if (comp != sequence::eContains  &&
  404.                         comp != sequence::eSame) {
  405.                         continue;
  406.                     }
  408.                     CBioseq_Handle handle =
  409.                         ctx.GetScope().GetBioseqHandle(mrna.GetProduct());
  410.                     if ( !handle ) {
  411.                         continue;
  412.                     }
  414.                     SAnnotSelector cds_sel(sel);
  415.                     cds_sel.SetFeatSubtype(CSeqFeatData::eSubtype_cdregion);
  416.                     CFeat_CI other_iter(ctx.GetScope(),
  417.                                         mrna.GetProduct(),
  418.                                         cds_sel);
  419.                     for ( ;  other_iter  &&  !mrna_feat;  ++other_iter) {
  420.                         const CSeq_feat& cds = other_iter->GetOriginalFeature();
  421.                         if ( !cds.IsSetProduct() ) {
  422.                             continue;
  423.                         }
  425.                         CBioseq_Handle prot_handle =
  426.                             ctx.GetScope().GetBioseqHandle(cds.GetProduct());
  427.                         if ( !prot_handle ) {
  428.                             continue;
  429.                         }
  431.                         if (prot_handle.IsSynonym(product_id)) {
  432.                             // got it!
  433.                             mrna_feat.Reset(&mrna);
  434.                             break;
  435.                         }
  436.                     }
  437.                 }
  438.             }
  439.             catch (...) {
  440.             }
  441.         }
  443.         //
  444.         // try to find the best by overlaps alone
  445.         //
  447.         if ( !mrna_feat ) {
  448.             mrna_feat = sequence::GetBestOverlappingFeat
  449.                 (seqfeat.GetLocation(), CSeqFeatData::eSubtype_mRNA,
  450.                  sequence::eOverlap_CheckIntervals, ctx.GetScope());
  451.         }
  452.     }
  454.     //
  455.     // check if the mRNA feature we found has a product
  456.     //
  457.     if (mrna_feat.GetPointer()  &&  mrna_feat->IsSetProduct()) {
  458.         try {
  459.             const CSeq_id& id = sequence::GetId(mrna_feat->GetProduct());
  460.             string transcript_id =
  461.                 ctx.GetPreferredSynonym(id).GetSeqIdString(true);
  462.             return transcript_id;
  463.         }
  464.         catch (...) {
  465.         }
  466.     }
  468.     //
  469.     // nothing found, so fake it
  470.     //
  472.     // failed to get transcript id, so we fake a globally unique one based
  473.     // on the gene id
  474.     m_Transcripts[gene_id].push_back(CConstRef<CSeq_feat>(&seqfeat));
  476.     string transcript_id = gene_id;
  477.     transcript_id += ":unknown_transcript_";
  478.     transcript_id += NStr::IntToString(m_Transcripts[gene_id].size());
  479.     return transcript_id;
  480. }
  483. string CGFFFormatter::x_GetSourceName(CBioseqContext& ctx) const
  484. {
  485.     // XXX - get from annot name (not presently available from IFF)?
  486.     switch ( ctx.GetPrimaryId()->Which() ) {
  487.     case CSeq_id::e_Local:                           return "Local";
  488.     case CSeq_id::e_Gibbsq: case CSeq_id::e_Gibbmt:
  489.     case CSeq_id::e_Giim:   case CSeq_id::e_Gi:      return "GenInfo";
  490.     case CSeq_id::e_Genbank:                         return "Genbank";
  491.     case CSeq_id::e_Swissprot:                       return "SwissProt";
  492.     case CSeq_id::e_Patent:                          return "Patent";
  493.     case CSeq_id::e_Other:                           return "RefSeq";
  494.     case CSeq_id::e_General:
  495.         return ctx.GetPrimaryId()->GetGeneral().GetDb();
  496.     default:
  497.     {
  498.         string source
  499.             (CSeq_id::SelectionName(ctx.GetPrimaryId()->Which()));
  500.         return NStr::ToUpper(source);
  501.     }
  502.     }
  503. }
  506. void CGFFFormatter::x_AddFeature
  507. (list<string>& l,
  508.  const CSeq_loc& loc,
  509.  const string& source,
  510.  const string& key,
  511.  const string& score,
  512.  int frame,
  513.  const string& attrs,
  514.  bool gtf,
  515.  CBioseqContext& ctx,
  516.  bool tentative_stop) const
  517. {
  518.     
  519.     int num_exons = 0;
  520.     for (CSeq_loc_CI it(loc);  it;  ++it) {
  521.         ++num_exons;
  522.     }
  523.     int exon_number = 1;
  524.     for (CSeq_loc_CI it(loc);  it;  ++it) {
  525.         TSeqPos from   = it.GetRange().GetFrom(), to = it.GetRange().GetTo();
  526.         char    strand = '+';
  528.         if (IsReverse(it.GetStrand())) {
  529.             strand = '-';
  530.         } else if (it.GetRange().IsWhole()
  531.                    ||  (m_Strandedness <= CSeq_inst::eStrand_ss
  532.                         &&  ctx.GetMol() != CSeq_inst::eMol_dna)) {
  533.             strand = '.'; // N/A
  534.         }
  536.         if (it.GetRange().IsWhole()) {
  537.             to = sequence::GetLength(it.GetSeq_id(), &ctx.GetScope()) - 1;
  538.         }
  539.         if ( tentative_stop  &&  (exon_number == num_exons) ) {
  540.             to -= 3;
  541.         }
  543.         string extra_attrs;
  544.         if (gtf  &&  attrs.find("exon_number ") == NPOS) {
  545.             CSeq_loc       loc2;
  546.             CSeq_interval& si = loc2.SetInt();
  547.             si.SetFrom(from);
  548.             si.SetTo(to);
  549.             si.SetStrand(it.GetStrand());
  550.             si.SetId(const_cast<CSeq_id&>(it.GetSeq_id()));
  551.             CConstRef<CSeq_feat> exon = sequence::GetBestOverlappingFeat
  552.                 (loc2, CSeqFeatData::eSubtype_exon,
  553.                  sequence::eOverlap_Contains, ctx.GetScope());
  554.             if (exon.NotEmpty()  &&  exon->IsSetQual()) {
  555.                 ITERATE (CSeq_feat::TQual, q, exon->GetQual()) {
  556.                     if ( !NStr::CompareNocase((*q)->GetQual(), "number") ) {
  557.                         int n = NStr::StringToNumeric((*q)->GetVal());
  558.                         if (n >= exon_number) {
  559.                             exon_number = n;
  560.                             break;
  561.                         }
  562.                     }
  563.                 }
  564.             }
  565.             extra_attrs = " exon_number "" + NStr::IntToString(exon_number)
  566.                 + "";";
  567.             ++exon_number;
  568.         }
  570.         if ( sequence::IsSameBioseq(it.GetSeq_id(), *ctx.GetPrimaryId(),
  571.                                     &ctx.GetScope()) ) {
  572.             // conditionalize printing, but update state regardless
  573.             l.push_back(ctx.GetAccession() + 't'
  574.                         + source + 't'
  575.                         + key + 't'
  576.                         + NStr::UIntToString(from + 1) + 't'
  577.                         + NStr::UIntToString(to + 1) + 't'
  578.                         + score + 't'
  579.                         + strand + 't'
  580.                         + (frame >= 0 ? char(frame + '0') : '.') + "t"
  581.                         + attrs + extra_attrs);
  582.         }
  584.         if (frame >= 0) {
  585.             frame = (frame + to - from + 1) % 3;
  586.         }
  587.     }
  588. }
  591. END_SCOPE(objects)
  592. END_NCBI_SCOPE
  595. /*
  596. * ===========================================================================
  597. *
  598. * $Log: gff_formatter.cpp,v $
  599. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:44:46  gouriano
  600. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  601. *
  602. * Revision 1.7  2004/05/21 21:42:54  gorelenk
  603. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  604. *
  605. * Revision 1.6  2004/05/08 12:12:33  dicuccio
  606. * Altered handling of transcript_id - make transcript_id globally unique and
  607. * trackable across CDS features as well as mRNA features
  608. *
  609. * Revision 1.5  2004/05/06 17:54:29  shomrat
  610. * Use CConstRef instead of reference
  611. *
  612. * Revision 1.4  2004/04/22 16:02:12  shomrat
  613. * fixed stop_codon
  614. *
  615. * Revision 1.3  2004/03/25 20:42:41  shomrat
  616. * Master returns a CBioseq_Handle instead of a CBioseq
  617. *
  618. * Revision 1.2  2004/02/11 16:59:11  shomrat
  619. * removed unused variable
  620. *
  621. * Revision 1.1  2004/01/14 16:07:29  shomrat
  622. * Initial Revision
  623. *
  624. *
  625. * ===========================================================================
  626. */