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genbank_formatter.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：19k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

genbank_formatter.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: genbank_formatter.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:44:37  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.14
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: genbank_formatter.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:44:37 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  36. *          Mati Shomrat
  37. *
  38. * File Description:
  39. *           
  40. *
  41. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  45. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  46. #include <objects/biblio/Author.hpp>
  47. #include <objects/general/Person_id.hpp>
  48. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  50. #include <objtools/format/text_ostream.hpp>
  51. #include <objtools/format/genbank_formatter.hpp>
  52. #include <objtools/format/items/locus_item.hpp>
  53. #include <objtools/format/items/defline_item.hpp>
  54. #include <objtools/format/items/accession_item.hpp>
  55. #include <objtools/format/items/version_item.hpp>
  56. #include <objtools/format/items/dbsource_item.hpp>
  57. #include <objtools/format/items/segment_item.hpp>
  58. #include <objtools/format/items/keywords_item.hpp>
  59. #include <objtools/format/items/source_item.hpp>
  60. #include <objtools/format/items/reference_item.hpp>
  61. #include <objtools/format/items/comment_item.hpp>
  62. #include <objtools/format/items/feature_item.hpp>
  63. #include <objtools/format/items/basecount_item.hpp>
  64. #include <objtools/format/items/sequence_item.hpp>
  65. #include <objtools/format/items/wgs_item.hpp>
  66. #include <objtools/format/items/primary_item.hpp>
  67. #include <objtools/format/items/contig_item.hpp>
  68. #include <objtools/format/items/genome_item.hpp>
  69. #include <objtools/format/items/origin_item.hpp>
  70. #include <objtools/format/context.hpp>
  71. #include "utils.hpp"
  75. BEGIN_NCBI_SCOPE
  76. BEGIN_SCOPE(objects)
  79. CGenbankFormatter::CGenbankFormatter(void) 
  80. {
  81.     SetIndent(string(12, ' '));
  82.     SetFeatIndent(string(21, ' '));
  83. }
  86. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  87. //
  88. // END SECTION
  90. void CGenbankFormatter::EndSection
  91. (const CEndSectionItem&,
  92.  IFlatTextOStream& text_os)
  93. {
  94.     list<string> l;
  95.     l.push_back("//");
  96.     text_os.AddParagraph(l);
  97. }
  100. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  101. //
  102. // Locus
  103. //
  104. // NB: The old locus line format is no longer supported for GenBank.
  105. // (DDBJ will still show the old line format)
  107. // Locus line format as specified in the GenBank release notes:
  108. //
  109. // Positions  Contents
  110. // ---------  --------
  111. // 01-05      'LOCUS'
  112. // 06-12      spaces
  113. // 13-28      Locus name
  114. // 29-29      space
  115. // 30-40      Length of sequence, right-justified
  116. // 41-41      space
  117. // 42-43      bp
  118. // 44-44      space
  119. // 45-47      spaces, ss- (single-stranded), ds- (double-stranded), or
  120. //            ms- (mixed-stranded)
  121. // 48-53      NA, DNA, RNA, tRNA (transfer RNA), rRNA (ribosomal RNA), 
  122. //            mRNA (messenger RNA), uRNA (small nuclear RNA), snRNA,
  123. //            snoRNA. Left justified.
  124. // 54-55      space
  125. // 56-63      'linear' followed by two spaces, or 'circular'
  126. // 64-64      space
  127. // 65-67      The division code (see Section 3.3 in GenBank release notes)
  128. // 68-68      space
  129. // 69-79      Date, in the form dd-MMM-yyyy (e.g., 15-MAR-1991)
  131. void CGenbankFormatter::FormatLocus
  132. (const CLocusItem& locus, 
  133.  IFlatTextOStream& text_os)
  134. {
  135.     static const string strands[]  = { "   ", "ss-", "ds-", "ms-" };
  137.     const CBioseqContext& ctx = *locus.GetContext();
  139.     list<string> l;
  140.     CNcbiOstrstream locus_line;
  142.     string units = "bp";
  143.     if ( !ctx.IsProt() ) {
  144.         if ( ctx.IsWGSMaster()  &&  ctx.IsRSWGSNuc() ) {
  145.             units = "rc";
  146.         }
  147.     } else {
  148.         units = "aa";
  149.     }
  150.     string topology = (locus.GetTopology() == CSeq_inst::eTopology_circular) ?
  151.                 "circular" : "linear  ";
  153.     locus_line.setf(IOS_BASE::left, IOS_BASE::adjustfield);
  154.     locus_line << setw(16) << locus.GetName() << ' ';
  155.     locus_line.setf(IOS_BASE::right, IOS_BASE::adjustfield);
  156.     locus_line
  157.         << setw(11) << locus.GetLength()
  158.         << ' '
  159.         << units
  160.         << ' '
  161.         << strands[locus.GetStrand()];
  162.     locus_line.setf(IOS_BASE::left, IOS_BASE::adjustfield);
  163.     locus_line
  164.         << setw(6) << s_GenbankMol[locus.GetBiomol()]
  165.         << "  "
  166.         << topology
  167.         << ' '              
  168.         << locus.GetDivision()
  169.         << ' '
  170.         << locus.GetDate();
  172.     Wrap(l, GetWidth(), "LOCUS", CNcbiOstrstreamToString(locus_line));
  173.     text_os.AddParagraph(l);
  174. }
  177. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  178. //
  179. // Definition
  181. void CGenbankFormatter::FormatDefline
  182. (const CDeflineItem& defline,
  183.  IFlatTextOStream& text_os)
  184. {
  185.     list<string> l;
  186.     Wrap(l, "DEFINITION", defline.GetDefline());
  187.     text_os.AddParagraph(l);
  188. }
  191. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  192. //
  193. // Accession
  195. void CGenbankFormatter::FormatAccession
  196. (const CAccessionItem& acc, 
  197.  IFlatTextOStream& text_os)
  198. {
  199.     string acc_line = x_FormatAccession(acc, ' ');
  200.     if ( acc.IsSetRegion() ) {
  201.         acc_line += " REGION: ";
  202.         acc_line += NStr::Int8ToString(acc.GetRegion().GetFrom());
  203.         acc_line += "..";
  204.         acc_line += NStr::Int8ToString(acc.GetRegion().GetTo());
  205.     }
  206.     if ( !acc_line.empty() ) {
  207.         list<string> l;
  208.         Wrap(l, "ACCESSION", acc_line);
  209.         text_os.AddParagraph(l);
  210.     }
  211. }
  214. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  215. //
  216. // Version
  218. void CGenbankFormatter::FormatVersion
  219. (const CVersionItem& version,
  220.  IFlatTextOStream& text_os)
  221. {
  222.     list<string> l;
  223.     CNcbiOstrstream version_line;
  225.     if ( version.GetAccession().empty() ) {
  226.         l.push_back("VERSION");
  227.     } else {
  228.         version_line << version.GetAccession();
  229.         if ( version.GetGi() > 0 ) {
  230.             version_line << "  GI:" << version.GetGi();
  231.         }
  232.         Wrap(l, GetWidth(), "VERSION", CNcbiOstrstreamToString(version_line));
  233.     }
  235.     text_os.AddParagraph(l);
  236. }
  239. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  240. //
  241. // Keywords
  243. void CGenbankFormatter::FormatKeywords
  244. (const CKeywordsItem& keys,
  245.  IFlatTextOStream& text_os)
  246. {
  247.     list<string> l;
  248.     x_GetKeywords(keys, "KEYWORDS", l);
  249.     text_os.AddParagraph(l);
  250. }
  253. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  254. //
  255. // Segment
  257. void CGenbankFormatter::FormatSegment
  258. (const CSegmentItem& seg,
  259.  IFlatTextOStream& text_os)
  260. {
  261.     list<string> l;
  262.     CNcbiOstrstream segment_line;
  264.     segment_line << seg.GetNum() << " of " << seg.GetCount();
  266.     Wrap(l, "SEGMENT", CNcbiOstrstreamToString(segment_line));
  267.     text_os.AddParagraph(l);
  268. }
  271. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  272. //
  273. // Source
  275. // SOURCE + ORGANISM
  277. void CGenbankFormatter::FormatSource
  278. (const CSourceItem& source,
  279.  IFlatTextOStream& text_os)
  280. {
  281.     list<string> l;
  282.     x_FormatSourceLine(l, source);
  283.     x_FormatOrganismLine(l, source);
  284.     text_os.AddParagraph(l);    
  285. }
  288. void CGenbankFormatter::x_FormatSourceLine
  289. (list<string>& l,
  290.  const CSourceItem& source) const
  291. {
  292.     CNcbiOstrstream source_line;
  293.     
  294.     string prefix = source.IsUsingAnamorph() ? " (anamorph: " : " (";
  295.     
  296.     source_line << source.GetOrganelle() << source.GetTaxname();
  297.     if ( !source.GetCommon().empty() ) {
  298.         source_line << prefix << source.GetCommon() << ")";
  299.     }
  300.     
  301.     Wrap(l, GetWidth(), "SOURCE", CNcbiOstrstreamToString(source_line));
  302. }
  305. void CGenbankFormatter::x_FormatOrganismLine
  306. (list<string>& l,
  307.  const CSourceItem& source) const
  308. {
  309.     Wrap(l, GetWidth(), "ORGANISM", source.GetTaxname(), eSubp);
  310.     Wrap(l, GetWidth(), kEmptyStr, source.GetLineage() + '.', eSubp);
  311. }
  314. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  315. //
  316. // REFERENCE
  318. // The REFERENCE field consists of five parts: the keyword REFERENCE, and
  319. // the subkeywords AUTHORS, TITLE (optional), JOURNAL, MEDLINE (optional),
  320. // PUBMED (optional), and REMARK (optional).
  322. void CGenbankFormatter::FormatReference
  323. (const CReferenceItem& ref,
  324.  IFlatTextOStream& text_os)
  325. {
  326.     CBioseqContext& ctx = *ref.GetContext();
  328.     list<string> l;
  330.     x_Reference(l, ref, ctx);
  331.     x_Authors(l, ref, ctx);
  332.     x_Consortium(l, ref, ctx);
  333.     x_Title(l, ref, ctx);
  334.     x_Journal(l, ref, ctx);
  335.     x_Medline(l, ref, ctx);
  336.     x_Pubmed(l, ref, ctx);
  337.     x_Remark(l, ref, ctx);
  339.     text_os.AddParagraph(l);
  340. }
  343. // The REFERENCE line contains the number of the particular reference and
  344. // (in parentheses) the range of bases in the sequence entry reported in
  345. // this citation.
  346. void CGenbankFormatter::x_Reference
  347. (list<string>& l,
  348.  const CReferenceItem& ref,
  349.  CBioseqContext& ctx) const
  350. {
  351.     CNcbiOstrstream ref_line;
  353.     // print serial number
  354.     ref_line << ref.GetSerial() << (ref.GetSerial() < 10 ? "  " : " ");
  356.     // print sites or range
  357.     CPubdesc::TReftype reftype = ref.GetReftype();
  359.     if ( reftype == CPubdesc::eReftype_sites  ||
  360.          reftype == CPubdesc::eReftype_feats ) {
  361.         ref_line << "(sites)";
  362.     } else if ( reftype == CPubdesc::eReftype_no_target ) {
  363.     } else {
  364.         const CSeq_loc* loc = ref.GetLoc() != 0 ? ref.GetLoc() : &ctx.GetLocation();
  365.         x_FormatRefLocation(ref_line, *loc, " to ", "; ", ctx);
  366.     }
  367.     Wrap(l, GetWidth(), "REFERENCE", CNcbiOstrstreamToString(ref_line));
  368. }
  371. void CGenbankFormatter::x_Authors
  372. (list<string>& l,
  373.  const CReferenceItem& ref,
  374.  CBioseqContext& ctx) const
  375. {
  376.     string auth = CReferenceItem::GetAuthString(ref.GetAuthors());
  377.     if ( !NStr::EndsWith(auth, ".") ) {
  378.         auth += ".";
  379.     }
  380.     Wrap(l, "AUTHORS", auth, eSubp);
  381. }
  384. void CGenbankFormatter::x_Consortium
  385. (list<string>& l,
  386.  const CReferenceItem& ref,
  387.  CBioseqContext& ctx) const
  388. {
  389.     Wrap(l, "CONSRTM", ref.GetConsortium(), eSubp);
  390. }
  393. void CGenbankFormatter::x_Title
  394. (list<string>& l,
  395.  const CReferenceItem& ref,
  396.  CBioseqContext& ctx) const
  397. {
  398.     string title = ref.GetTitle();
  400.     if ( NStr::EndsWith(title, ".") ) {
  401.         title.erase(title.length() - 1);
  402.     }
  403.     
  404.     Wrap(l, "TITLE",   title,   eSubp);
  405. }
  408. void CGenbankFormatter::x_Journal
  409. (list<string>& l,
  410.  const CReferenceItem& ref,
  411.  CBioseqContext& ctx) const
  412. {
  413.     string journal;
  414.     x_FormatRefJournal(journal, ref);
  415.     Wrap(l, "JOURNAL", journal, eSubp);
  416. }
  419. void CGenbankFormatter::x_Medline
  420. (list<string>& l,
  421.  const CReferenceItem& ref,
  422.  CBioseqContext& ctx) const
  423. {
  424.     if ( ref.GetMUID() != 0 ) {
  425.         Wrap(l, GetWidth(), "MEDLINE", NStr::IntToString(ref.GetMUID()), eSubp);
  426.     }
  427. }
  430. void CGenbankFormatter::x_Pubmed
  431. (list<string>& l,
  432.  const CReferenceItem& ref,
  433.  CBioseqContext& ctx) const
  434. {
  435.     if ( ref.GetPMID() != 0 ) {
  436.         Wrap(l, " PUBMED", NStr::IntToString(ref.GetPMID()), eSubp);
  437.     }
  438. }
  441. void CGenbankFormatter::x_Remark
  442. (list<string>& l,
  443.  const CReferenceItem& ref,
  444.  CBioseqContext& ctx) const
  445. {
  446.     Wrap(l, "REMARK", ref.GetRemark(), eSubp);
  447. }
  450. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  451. //
  452. // COMMENT
  455. void CGenbankFormatter::FormatComment
  456. (const CCommentItem& comment,
  457.  IFlatTextOStream& text_os)
  458. {
  459.     list<string> l;
  461.     if ( !comment.IsFirst() ) {
  462.         Wrap(l, kEmptyStr, comment.GetComment(), eSubp);
  463.     } else {
  464.         Wrap(l, "COMMENT", comment.GetComment());
  465.     }
  467.     text_os.AddParagraph(l);
  468. }
  471. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  472. //
  473. // FEATURES
  475. // Fetures Header
  477. void CGenbankFormatter::FormatFeatHeader
  478. (const CFeatHeaderItem& fh,
  479.  IFlatTextOStream& text_os)
  480. {
  481.     list<string> l;
  483.     Wrap(l, "FEATURES", "Location/Qualifiers", eFeatHead);
  485.     text_os.AddParagraph(l);
  486. }
  489. void CGenbankFormatter::FormatFeature
  490. (const CFeatureItemBase& f,
  491.  IFlatTextOStream& text_os)
  492. { 
  493.     CConstRef<CFlatFeature> feat = f.Format();
  494.     list<string>        l;
  495.     Wrap(l, feat->GetKey(), feat->GetLoc().GetString(), eFeat);
  496.     ITERATE (vector<CRef<CFormatQual> >, it, feat->GetQuals()) {
  497.         string qual = '/' + (*it)->GetName(), value = (*it)->GetValue();
  498.         switch ((*it)->GetStyle()) {
  499.         case CFormatQual::eEmpty:
  500.             value = qual;
  501.             qual.erase();
  502.             break;
  503.         case CFormatQual::eQuoted:
  504.             qual += "="";  value += '"';
  505.             break;
  506.         case CFormatQual::eUnquoted:
  507.             qual += '=';
  508.             break;
  509.         }
  510.         // Call NStr::Wrap directly to avoid unwanted line breaks right
  511.         // before the start of the value (in /translation, e.g.)
  512.         NStr::Wrap(value, GetWidth(), l,
  513.                    /*DoHTML() ? NStr::fWrap_HTMLPre : */0, GetFeatIndent(),
  514.                    GetFeatIndent() + qual);
  515.     }
  516.     text_os.AddParagraph(l);
  517. }
  520. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  521. //
  522. // BASE COUNT
  524. void CGenbankFormatter::FormatBasecount
  525. (const CBaseCountItem& bc,
  526.  IFlatTextOStream& text_os)
  527. {
  528.     list<string> l;
  530.     CNcbiOstrstream bc_line;
  532.     bc_line.setf(IOS_BASE::right, IOS_BASE::adjustfield);
  533.     bc_line
  534.         << setw(7) << bc.GetA() << " a"
  535.         << setw(7) << bc.GetC() << " c"
  536.         << setw(7) << bc.GetG() << " g"
  537.         << setw(7) << bc.GetT() << " t";
  538.     if ( bc.GetOther() > 0 ) {
  539.         bc_line << setw(7) << bc.GetOther() << " others";
  540.     }
  541.     Wrap(l, "BASE COUNT", CNcbiOstrstreamToString(bc_line));
  542.     text_os.AddParagraph(l);
  543. }
  546. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  547. //
  548. // SEQUENCE
  550. void CGenbankFormatter::FormatSequence
  551. (const CSequenceItem& seq,
  552.  IFlatTextOStream& text_os)
  553. {
  554.     list<string> l;
  555.     CNcbiOstrstream seq_line;
  557.     const CSeqVector& vec = seq.GetSequence();
  559.     TSeqPos base_count = seq.GetFrom();
  560.     CSeqVector::const_iterator iter = vec.begin();
  561.     while ( iter ) {
  562.         seq_line.setf(IOS_BASE::right, IOS_BASE::adjustfield);
  563.         seq_line << setw(9) << base_count;
  564.         for ( TSeqPos count = 0; count < 60  &&  iter; ++count, ++iter, ++base_count ) {
  565.             if ( count % 10 == 0 ) {
  566.                 seq_line << ' ';
  567.             }
  568.             seq_line << (char)tolower(*iter);
  569.         }
  570.         seq_line << 'n';
  571.     }
  573.     NStr::Split(CNcbiOstrstreamToString(seq_line), "n", l);
  574.     text_os.AddParagraph(l);
  575. }
  578. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  579. //
  580. // DBSOURCE
  582. void CGenbankFormatter::FormatDBSource
  583. (const CDBSourceItem& dbs,
  584.  IFlatTextOStream& text_os)
  585. {
  586.     list<string> l;
  588.     if ( !dbs.GetDBSource().empty() ) {
  589.         string tag = "DBSOURCE";
  590.         ITERATE (list<string>, it, dbs.GetDBSource()) {
  591.             Wrap(l, tag, *it);
  592.             tag.erase();
  593.         }
  594.         if ( !l.empty() ) {
  595.             text_os.AddParagraph(l);
  596.         }
  597.     }        
  598. }
  601. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  602. //
  603. // WGS
  605. void CGenbankFormatter::FormatWGS
  606. (const CWGSItem& wgs,
  607.  IFlatTextOStream& text_os)
  608. {
  609.     string tag;
  611.     switch ( wgs.GetType() ) {
  612.     case CWGSItem::eWGS_Projects:
  613.         tag = "WGS";
  614.         break;
  616.     case CWGSItem::eWGS_ScaffoldList:
  617.         tag = "WGS_SCAFLD";
  618.         break;
  620.     case CWGSItem::eWGS_ContigList:
  621.         tag = "WGS_CONTIG";
  622.         break;
  624.     default:
  625.         return;
  626.     }
  628.     list<string> l;
  629.     if ( wgs.GetFirstID() == wgs.GetLastID() ) {
  630.         Wrap(l, tag, wgs.GetFirstID());
  631.     } else {
  632.         Wrap(l, tag, wgs.GetFirstID() + "-" + wgs.GetLastID());
  633.     }
  634.     text_os.AddParagraph(l);
  635. }
  638. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  639. //
  640. // PRIMARY
  642. void CGenbankFormatter::FormatPrimary
  643. (const CPrimaryItem& primary,
  644.  IFlatTextOStream& text_os)
  645. {
  646.     list<string> l;
  648.     Wrap(l, "PRIMARY", primary.GetString());
  650.     text_os.AddParagraph(l);
  651. }
  654. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  655. //
  656. // GENOME
  658. void CGenbankFormatter::FormatGenome
  659. (const CGenomeItem& genome,
  660.  IFlatTextOStream& text_os)
  661. {
  662.     // !!!
  663. }
  666. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  667. //
  668. // CONTIG
  670. void CGenbankFormatter::FormatContig
  671. (const CContigItem& contig,
  672.  IFlatTextOStream& text_os)
  673. {
  674.     list<string> l;
  675.     string assembly = CFlatSeqLoc(contig.GetLoc(), *contig.GetContext(), 
  676.         CFlatSeqLoc::eType_assembly).GetString();
  677.     Wrap(l, "CONTIG", assembly);
  678.     text_os.AddParagraph(l);
  679. }
  682. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  683. //
  684. // ORIGIN
  686. void CGenbankFormatter::FormatOrigin
  687. (const COriginItem& origin,
  688.  IFlatTextOStream& text_os)
  689. {
  690.     list<string> l;
  691.     if ( origin.GetOrigin().empty() ) {
  692.         l.push_back("ORIGIN      ");
  693.     } else {
  694.         Wrap(l, "ORIGIN", origin.GetOrigin());
  695.     }
  696.     text_os.AddParagraph(l);
  697. }
  700. END_SCOPE(objects)
  701. END_NCBI_SCOPE
  704. /*
  705. * ===========================================================================
  706. *
  707. * $Log: genbank_formatter.cpp,v $
  708. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:44:37  gouriano
  709. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.14
  710. *
  711. * Revision 1.14  2004/05/21 21:42:54  gorelenk
  712. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  713. *
  714. * Revision 1.13  2004/05/06 17:53:12  shomrat
  715. * CFlatQual -> CFormatQual
  716. *
  717. * Revision 1.12  2004/04/22 15:59:59  shomrat
  718. * Changes in context
  719. *
  720. * Revision 1.11  2004/04/13 16:47:53  shomrat
  721. * Journal formatting moved to base class
  722. *
  723. * Revision 1.10  2004/03/26 17:25:36  shomrat
  724. * fixes to reference formatting
  725. *
  726. * Revision 1.9  2004/03/18 15:40:28  shomrat
  727. * Fixes to COMMENT formatting
  728. *
  729. * Revision 1.8  2004/03/10 21:29:01  shomrat
  730. * Fix VERSION formatting when empty
  731. *
  732. * Revision 1.7  2004/03/05 18:46:05  shomrat
  733. * fixed formatting of empty qualifier
  734. *
  735. * Revision 1.6  2004/02/19 18:13:12  shomrat
  736. * Added formatting of Contig and Origin
  737. *
  738. * Revision 1.5  2004/01/14 16:16:39  shomrat
  739. * removed const; using ctrl_items
  740. *
  741. * Revision 1.4  2003/12/19 00:14:44  ucko
  742. * Eliminate remaining uses of LEFT and RIGHT manipulators.
  743. *
  744. * Revision 1.3  2003/12/18 21:23:41  ucko
  745. * Avoid using LEFT and RIGHT manipulators lacking in GCC 2.9x.
  746. *
  747. * Revision 1.2  2003/12/18 17:43:34  shomrat
  748. * context.hpp moved
  749. *
  750. * Revision 1.1  2003/12/17 20:22:12  shomrat
  751. * Initial Revision (adapted from flat lib)
  752. *
  753. *
  754. * ===========================================================================
  755. */