开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
flat_seqloc.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：14k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

flat_seqloc.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: flat_seqloc.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:44:19  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.10
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: flat_seqloc.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:44:19 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   new (early 2003) flat-file generator -- location representation
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  45. #include <ncbi_pch.hpp>
  46. #include <objects/general/Int_fuzz.hpp>
  47. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  48. #include <objects/seqloc/seqloc__.hpp>
  50. #include <objmgr/scope.hpp>
  51. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  52. #include <objmgr/impl/synonyms.hpp>
  54. #include <objtools/format/items/flat_seqloc.hpp>
  55. #include <objtools/format/context.hpp>
  58. BEGIN_NCBI_SCOPE
  59. BEGIN_SCOPE(objects)
  60. USING_SCOPE(sequence);
  63. static bool s_IsVirtualId(const CSeq_id& id, CScope* scope)
  64. {
  65.     CBioseq_Handle bh = scope->GetBioseqHandle(id);
  66.     if ( bh ) {
  67.         return bh.GetBioseqCore()->GetInst().GetRepr() == CSeq_inst::eRepr_virtual;
  68.     }
  69.     return false;
  70. }
  73. static bool s_IsVirtualSeqInt(const CSeq_interval& seqint, CScope* scope)
  74. {
  75.     return seqint.CanGetId() ? s_IsVirtualId(seqint.GetId(), scope) : false;
  76. }
  79. static bool s_IsVirtualLocation(const CSeq_loc& loc, CScope* scope)
  80. {
  81.     const CSeq_id* id = 0;
  82.     switch ( loc.Which() ) {
  83.     case CSeq_loc::e_Whole:
  84.         id = &loc.GetWhole();
  85.         break;
  86.     case CSeq_loc::e_Int:
  87.         id = &loc.GetInt().GetId();
  88.         break;
  89.     case CSeq_loc::e_Pnt:
  90.         id = &loc.GetPnt().GetId();
  91.         break;
  92.     default:
  93.         return false;
  94.     }
  96.     return (id != 0) ? s_IsVirtualId(*id, scope) : false;
  97. }
  100. CFlatSeqLoc::CFlatSeqLoc
  101. (const CSeq_loc& loc,
  102.  CBioseqContext& ctx,
  103.  TType type)
  104. {
  105.     CNcbiOstrstream oss;
  106.     x_Add(loc, oss, ctx, type, true);
  107.     m_String = CNcbiOstrstreamToString(oss);
  108. }
  111. void CFlatSeqLoc::x_Add
  112. (const CSeq_loc& loc,
  113.  CNcbiOstrstream& oss,
  114.  CBioseqContext& ctx,
  115.  TType type,
  116.  bool show_comp)
  117. {
  118.     CScope* scope = &ctx.GetScope();
  120.     string prefix = "join(";
  122.     // deal with complement of entire location
  123.     if ( type == eType_location ) {
  124.         if ( show_comp  &&  GetStrand(loc, scope) == eNa_strand_minus ) {
  125.             CRef<CSeq_loc> rev_loc(SeqLocRevCmp(loc, scope));
  126.             oss << "complement(";
  127.             x_Add(*rev_loc, oss, ctx, type, false);
  128.             oss << ")";
  129.             return;
  130.         }
  131.     
  132.     
  133.         if ( loc.IsMix() ) {
  134.             ITERATE (CSeq_loc_mix::Tdata, it, loc.GetMix().Get()) {
  135.                 if ( (*it)->IsNull()  ||  s_IsVirtualLocation(**it, scope) ) {
  136.                     prefix = "order(";
  137.                     break;
  138.                 }
  139.             }
  140.         } else if ( loc.IsPacked_int() ) {
  141.             ITERATE (CPacked_seqint::Tdata, it, loc.GetPacked_int().Get()) {
  142.                 if ( s_IsVirtualSeqInt(**it, scope) ) {
  143.                     prefix = "order(";
  144.                     break;
  145.                 }
  146.             }
  147.         }
  148.     }
  150.     // handle each location component
  151.     switch ( loc.Which() ) {
  152.     case CSeq_loc::e_Null:
  153.     {
  154.         const CFlatGapLoc* gap = dynamic_cast<const CFlatGapLoc*>(&loc);
  155.         if ( gap == 0 ) {
  156.             oss << "gap()";
  157.         } else {
  158.             oss << "gap(" << gap->GetLength() << ")";
  159.         }
  160.         break;
  161.     }
  162.     case CSeq_loc::e_Empty:
  163.     {
  164.         oss << "gap()";
  165.         break;
  166.     }
  167.     case CSeq_loc::e_Whole:
  168.     {
  169.         x_AddID(loc.GetWhole(), oss, ctx, type);
  170.         oss << "1.." << sequence::GetLength(loc, &ctx.GetScope());
  171.         break;
  172.     }
  173.     case CSeq_loc::e_Int:
  174.     {
  175.         x_Add(loc.GetInt(), oss, ctx, type, show_comp);
  176.         break;
  177.     }
  178.     case CSeq_loc::e_Packed_int:
  179.     {
  180.         oss << prefix;
  181.         string delim;
  182.         ITERATE (CPacked_seqint::Tdata, it, loc.GetPacked_int().Get()) {
  183.             oss << delim;
  184.             x_Add(**it, oss, ctx, type, show_comp);
  185.             delim = ", b";
  186.         }
  187.         oss << ')';
  188.         break;
  189.     }
  190.     case CSeq_loc::e_Pnt:
  191.     {
  192.         x_Add(loc.GetPnt(), oss, ctx, type, show_comp);
  193.         break;
  194.     }
  195.     case CSeq_loc::e_Packed_pnt:
  196.     {
  197.         const CPacked_seqpnt& ppnt  = loc.GetPacked_pnt();
  198.         x_AddID(ppnt.GetId(), oss, ctx, type);
  199.         if ( ppnt.IsSetStrand() && IsReverse(ppnt.GetStrand())  &&  show_comp ) {
  200.             oss << "complement(";
  201.         }
  202.         oss << "join(";
  203.         string delim;
  204.         ITERATE (CPacked_seqpnt::TPoints, it, ppnt.GetPoints()) {
  205.             oss << delim;
  206.             x_Add(*it, ppnt.IsSetFuzz() ? &ppnt.GetFuzz() : 0, oss, ctx.Config().DoHTML());
  207.             delim = ", b";
  208.         }
  209.         if ( ppnt.IsSetStrand() && IsReverse(ppnt.GetStrand())  &&  show_comp ) {
  210.             oss << ")";
  211.         }
  212.         break;
  213.     }
  214.     case CSeq_loc::e_Mix:
  215.     {
  216.         string delim;
  217.         oss << prefix;
  218.         CSeq_loc_CI::EEmptyFlag empty = ((type == eType_location) ?
  219.             CSeq_loc_CI::eEmpty_Skip : CSeq_loc_CI::eEmpty_Allow);
  220.         for ( CSeq_loc_CI it(loc, empty); it; ++it ) {
  221.             oss << delim;
  222.             x_Add(it.GetSeq_loc(), oss, ctx, type, show_comp);
  223.             delim = ", b";
  224.         }
  225.         oss << ')';
  226.         break;
  227.     }
  228.     case CSeq_loc::e_Equiv:
  229.     {
  230.         string delim;
  231.         oss << "one-of(";
  232.         ITERATE (CSeq_loc_equiv::Tdata, it, loc.GetEquiv().Get()) {
  233.             oss << delim;
  234.             x_Add(**it, oss, ctx, type, show_comp);
  235.             delim = ", b";
  236.         }
  237.         oss << ')';
  238.         break;
  239.     }
  240.     case CSeq_loc::e_Bond:
  241.     {
  242.         const CSeq_bond& bond = loc.GetBond();
  243.         if ( !bond.CanGetA() ) {
  244.             return;
  245.         }
  246.         oss << "bond(";
  247.         x_Add(bond.GetA(), oss, ctx, type, show_comp);
  248.         if ( bond.CanGetB() ) {
  249.             oss << ", b";
  250.             x_Add(bond.GetB(), oss, ctx, type, show_comp);
  251.         }
  252.         oss << ")";
  253.     }
  254.     case CSeq_loc::e_Feat:
  255.     default:
  256.         NCBI_THROW(CException, eUnknown,
  257.                    "CFlatSeqLoc::CFlatSeqLoc: unsupported (sub)location type "
  258.                    + NStr::IntToString(loc.Which()));
  259.     }
  260. }
  263. void CFlatSeqLoc::x_Add
  264. (const CSeq_interval& si,
  265.  CNcbiOstrstream& oss,
  266.  CBioseqContext& ctx,
  267.  TType type,
  268.  bool show_comp)
  269. {
  270.     bool do_html = ctx.Config().DoHTML();
  272.     TSeqPos from = si.GetFrom(), to = si.GetTo();
  273.     ENa_strand strand = si.CanGetStrand() ? si.GetStrand() : eNa_strand_unknown;
  274.     bool comp = show_comp  &&  IsReverse(strand);
  276.     if ( type == eType_location ) {
  277.         if ( s_IsVirtualId(si.GetId(), &ctx.GetScope()) ) {
  278.             return;
  279.         }
  280.         x_AddID(si.GetId(), oss, ctx, type);
  281.         oss << (comp ? "complement(" : kEmptyStr);
  282.     } else {
  283.         oss << (comp ? "complement(" : kEmptyStr);
  284.         x_AddID(si.GetId(), oss, ctx, type);
  285.     }
  286.     x_Add(from, si.IsSetFuzz_from() ? &si.GetFuzz_from() : 0, oss, do_html);
  287.     oss << "..";
  288.     x_Add(to, si.IsSetFuzz_to() ? &si.GetFuzz_to() : 0, oss, do_html);
  289.     oss << (comp ? ")" : kEmptyStr);
  290. }
  293. void CFlatSeqLoc::x_Add
  294. (const CSeq_point& pnt,
  295.  CNcbiOstrstream& oss,
  296.  CBioseqContext& ctx,
  297.  TType type,
  298.  bool show_comp)
  299. {
  300.     if ( !pnt.CanGetPoint() ) {
  301.         return;
  302.     }
  304.     bool do_html = ctx.Config().DoHTML();
  306.     TSeqPos pos = pnt.GetPoint();
  307.     x_AddID(pnt.GetId(), oss, ctx, type);
  308.     if ( pnt.IsSetStrand()  &&  IsReverse(pnt.GetStrand())  &&  show_comp ) {
  309.         oss << "complement(";
  310.         x_Add(pos, pnt.IsSetFuzz() ? &pnt.GetFuzz() : 0, oss, do_html);
  311.         oss << ')';
  312.     } else {
  313.         x_Add(pos, pnt.IsSetFuzz() ? &pnt.GetFuzz() : 0, oss, do_html);
  314.     }
  315. }
  318. void CFlatSeqLoc::x_Add
  319. (TSeqPos pnt,
  320.  const CInt_fuzz* fuzz,
  321.  CNcbiOstrstream& oss,
  322.  bool html)
  323. {
  324.     // need to convert to 1-based coordinates
  325.     pnt += 1;
  327.     if ( fuzz != 0 ) {
  328.         switch ( fuzz->Which() ) {
  329.         case CInt_fuzz::e_P_m:
  330.             {
  331.                 oss << '(' << pnt - fuzz->GetP_m() << '.' 
  332.                     << pnt + fuzz->GetP_m() << ')';
  333.                 break;
  334.             }
  335.         case CInt_fuzz::e_Range:
  336.             {
  337.                 oss << '(' << (fuzz->GetRange().GetMin() + 1)
  338.                     << '.' << (fuzz->GetRange().GetMax() + 1) << ')';
  339.                 break;
  340.             }
  341.         case CInt_fuzz::e_Pct: // actually per thousand...
  342.             {
  343.                 // calculate in floating point to avoid overflow
  344.                 TSeqPos delta = 
  345.                     static_cast<TSeqPos>(0.001 * pnt * fuzz->GetPct());
  346.                 oss << '(' << pnt - delta << '.' << pnt + delta << ')';
  347.                 break;
  348.             }
  349.         case CInt_fuzz::e_Lim:
  350.             {
  351.                 switch ( fuzz->GetLim() ) {
  352.                 case CInt_fuzz::eLim_gt:
  353.                     oss << (html ? "&gt" : ">") << pnt;
  354.                     break;
  355.                 case CInt_fuzz::eLim_lt:
  356.                     oss << (html ? "&lt" : "<") << pnt;
  357.                     break;
  358.                 case CInt_fuzz::eLim_tr:
  359.                     oss << pnt << '^' << pnt + 1;
  360.                     break;
  361.                 case CInt_fuzz::eLim_tl:
  362.                     oss << pnt - 1 << '^' << pnt;
  363.                     break;
  364.                 default:
  365.                     oss << pnt;
  366.                     break;
  367.                 }
  368.                 break;
  369.             }
  370.         default:
  371.             {
  372.                 oss << pnt;
  373.                 break;
  374.             }
  375.         } // end of switch statement
  376.     } else {
  377.         oss << pnt;
  378.     }
  379. }
  382. void CFlatSeqLoc::x_AddID
  383. (const CSeq_id& id,
  384.  CNcbiOstrstream& oss,
  385.  CBioseqContext& ctx,
  386.  TType type)
  387. {
  388.     CBioseq_Handle bh = 
  389.         ctx.GetScope().GetBioseqHandleFromTSE(id, ctx.GetHandle());
  390.     if ( bh  &&  bh == ctx.GetHandle() ) {
  391.         if ( type == eType_assembly ) {
  392.             oss << ctx.GetAccession() << ':';
  393.         }
  394.         return;
  395.     }
  397.     const CSeq_id* idp = 0;
  398.     if ( bh ) {
  399.         idp = FindBestChoice(bh.GetBioseqCore()->GetId(), CSeq_id::Score);
  400.     } else {
  401.         if ( id.IsGi() ) {
  402.             // !!! use CID1_client to get accession from server
  403.             // idp = ???
  404.         }
  405.     }
  406.     if ( idp == 0 ) {
  407.         idp = &id;
  408.     }
  410.     string acc;
  411.     if ( idp->GetTextseq_Id() != 0 ) 
  412.         acc = idp->GetSeqIdString(true);
  413.     else {
  414.         acc = idp->AsFastaString();
  415.     }
  417.     oss << acc << ':';
  418. }
  421. END_SCOPE(objects)
  422. END_NCBI_SCOPE
  424. /*
  425. * ===========================================================================
  426. *
  427. * $Log: flat_seqloc.cpp,v $
  428. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:44:19  gouriano
  429. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.10
  430. *
  431. * Revision 1.10  2004/05/21 21:42:54  gorelenk
  432. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  433. *
  434. * Revision 1.9  2004/05/20 13:45:43  shomrat
  435. * fixed formatting of fuzz-range
  436. *
  437. * Revision 1.8  2004/04/22 15:58:01  shomrat
  438. * Changes in context
  439. *
  440. * Revision 1.7  2004/03/26 17:24:14  shomrat
  441. * Skip gaps when formatting a location
  442. *
  443. * Revision 1.6  2004/03/02 17:50:14  shomrat
  444. * Bug fix (missing break)
  445. *
  446. * Revision 1.5  2004/02/19 18:10:34  shomrat
  447. * added genome assembly formmating and some fixes
  448. *
  449. * Revision 1.4  2004/02/11 16:51:06  shomrat
  450. * use lenght from bioseq-handle
  451. *
  452. * Revision 1.3  2004/01/14 16:14:01  shomrat
  453. * minor fixes
  454. *
  455. * Revision 1.2  2003/12/18 17:43:33  shomrat
  456. * context.hpp moved
  457. *
  458. * Revision 1.1  2003/12/17 20:21:15  shomrat
  459. * Initial Revision (adapted from flat lib)
  460. *
  461. * Revision 1.8  2003/07/17 20:27:30  vasilche
  462. * Added check for IsSetStrand().
  463. *
  464. * Revision 1.7  2003/06/02 16:06:42  dicuccio
  465. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  466. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  467. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  468. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  469. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  470. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  471. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  472. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  473. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  474. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  475. * replaces the three libmmdb? libs.
  476. *
  477. * Revision 1.6  2003/04/24 16:15:58  vasilche
  478. * Added missing includes and forward class declarations.
  479. *
  480. * Revision 1.5  2003/03/28 19:03:40  ucko
  481. * Add flags to intervals.
  482. *
  483. * Revision 1.4  2003/03/21 18:49:17  ucko
  484. * Turn most structs into (accessor-requiring) classes; replace some
  485. * formerly copied fields with pointers to the original data.
  486. *
  487. * Revision 1.3  2003/03/11 17:00:21  ucko
  488. * Delimit join(...) elements with ", b" as a hint to NStr::Wrap.
  489. *
  490. * Revision 1.2  2003/03/11 15:37:51  kuznets
  491. * iterate -> ITERATE
  492. *
  493. * Revision 1.1  2003/03/10 16:39:09  ucko
  494. * Initial check-in of new flat-file generator
  495. *
  496. *
  497. * ===========================================================================
  498. */