basecount_item.cpp
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: basecount_item.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:43:46  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: basecount_item.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:43:46 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author:  Mati Shomrat, NCBI
  35. *
  36. * File Description:
  37. *   flat-file generator -- base count item implementation
  38. *
  39. */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  43. #include <objmgr/seq_vector_ci.hpp>
  44. #include <objtools/format/formatter.hpp>
  45. #include <objtools/format/text_ostream.hpp>
  46. #include <objtools/format/items/basecount_item.hpp>
  47. #include <objtools/format/context.hpp>
  48. BEGIN_NCBI_SCOPE
  49. BEGIN_SCOPE(objects)
  50. CBaseCountItem::CBaseCountItem(CBioseqContext& ctx) :
  51.     CFlatItem(&ctx),
  52.     m_A(0), m_C(0), m_G(0), m_T(0), m_Other(0)
  53. {
  54.     x_GatherInfo(ctx);
  55. }
  56. void CBaseCountItem::Format
  57. (IFormatter& formatter,
  58.  IFlatTextOStream& text_os) const
  59. {
  60.     formatter.FormatBasecount(*this, text_os);
  61. }
  62. /***************************************************************************/
  63. /*                                  PRIVATE                                */
  64. /***************************************************************************/
  65. void CBaseCountItem::x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx)
  66. {
  67.     if ( ctx.IsProt() ) {
  68.         x_SetSkip();
  69.         return;
  70.     }
  71.     
  72.     CSeqVector v = ctx.GetHandle().GetSequenceView(
  73.             ctx.GetLocation(),
  74.             CBioseq_Handle::eViewConstructed,
  75.             CBioseq_Handle::eCoding_Iupac);
  76.     ITERATE (CSeqVector, it, v) {
  77.         CSeqVector_CI::TResidue res = toupper(*it);
  78.         switch ( res ) {
  79.         case 'A':
  80.             ++m_A;
  81.             break;
  82.         case 'C':
  83.             ++m_C;
  84.             break;
  85.         case 'G':
  86.             ++m_G;
  87.             break;
  88.         case 'T':
  89.             ++m_T;
  90.             break;
  91.         default:
  92.             ++m_Other;
  93.             break;
  94.         }
  95.     }
  96. }
  97. END_SCOPE(objects)
  98. END_NCBI_SCOPE
  99. /*
  100. * ===========================================================================
  101. *
  102. * $Log: basecount_item.cpp,v $
  103. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:43:46  gouriano
  104. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  105. *
  106. * Revision 1.5  2004/05/21 21:42:54  gorelenk
  107. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  108. *
  109. * Revision 1.4  2004/04/22 15:50:56  shomrat
  110. * Changes in context
  111. *
  112. * Revision 1.3  2004/03/05 18:43:30  shomrat
  113. * Use ITERATE instead of for
  114. *
  115. * Revision 1.2  2003/12/18 17:43:31  shomrat
  116. * context.hpp moved
  117. *
  118. * Revision 1.1  2003/12/17 20:18:05  shomrat
  119. * Initial Revision (adapted from flat lib)
  120. *
  121. *
  122. * ===========================================================================
  123. */