开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
qualifiers.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：21k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

qualifiers.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: qualifiers.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:45:20  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.15
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: qualifiers.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:45:20 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   new (early 2003) flat-file generator -- qualifier types
  39. *   (mainly of interest to implementors)
  40. *
  41. * ===========================================================================
  42. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  46. #include <serial/enumvalues.hpp>
  47. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  48. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  49. #include <objects/pub/Pub_set.hpp>
  50. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  51. #include <objects/seqfeat/Cdregion.hpp>
  52. #include <objects/seqfeat/BioSource.hpp>
  53. #include <objects/seqfeat/Code_break.hpp>
  54. #include <objects/seqfeat/Genetic_code_table.hpp>
  55. #include <objects/seqfeat/Gb_qual.hpp>
  56. #include <objects/seqfeat/OrgMod.hpp>
  57. #include <objects/seqfeat/SubSource.hpp>
  58. #include <objects/seq/Seq_inst.hpp>
  59. #include <objects/seq/MolInfo.hpp>
  60. #include <objects/seq/seqport_util.hpp>
  61. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  63. #include <objtools/format/items/qualifiers.hpp>
  64. #include <objtools/format/context.hpp>
  65. #include "utils.hpp"
  68. BEGIN_NCBI_SCOPE
  69. BEGIN_SCOPE(objects)
  72. const string IFlatQVal::kSemicolon = "; ";
  73. const string IFlatQVal::kComma     = ", ";
  74. const string IFlatQVal::kEOL       = "n";
  77. static bool s_IsNote(IFlatQVal::TFlags flags)
  78. {
  79.     return (flags & IFlatQVal::fIsNote);
  80. }
  83. static bool s_StringIsJustQuotes(const string& str)
  84. {
  85.     ITERATE(string, it, str) {
  86.         if ( (*it != '"')  ||  (*it != ''') ) {
  87.             return false;
  88.         }
  89.     }
  91.     return true;
  92. }
  95. static string s_GetGOText(const CUser_field& field, bool is_ftable)
  96. {
  97.     string text_string, evidence, go_id;
  98.     int pmid = 0;
  100.     ITERATE (CUser_field::C_Data::TFields, it, field.GetData().GetFields()) {
  101.         if ( !(*it)->CanGetLabel()  ||  !(*it)->GetLabel().IsStr() ) {
  102.             continue;
  103.         }
  104.         
  105.         const string& label = (*it)->GetLabel().GetStr();
  106.         const CUser_field::C_Data& data = (*it)->GetData();
  107.         
  108.         if ( label == "text string"  &&  data.IsStr() ) {
  109.             text_string = data.GetStr();
  110.         }
  111.         
  112.         if ( label == "go id" ) {
  113.             if ( data.IsStr() ) {
  114.                 go_id = data.GetStr();
  115.             } else if ( data.IsInt() ) {
  116.                 go_id = NStr::IntToString(data.GetInt());
  117.             }
  118.         }
  119.         
  120.         if ( label == "evidence"  &&  data.IsStr() ) {
  121.             evidence = data.GetStr();
  122.         }
  123.         
  124.         if ( label == "pubmed id"  &&  data.IsInt() ) {
  125.             pmid = data.GetInt();
  126.         }
  127.     }
  129.     
  130.     CNcbiOstrstream text;
  131.     
  132.     text << text_string;
  133.     if ( is_ftable ) {
  134.         text << "|" << go_id << "|";
  135.         if ( pmid != 0 ) {
  136.             text <<  pmid;
  137.         }
  138.         if ( !evidence.empty() ) {
  139.             text << "|" << evidence;
  140.         }
  141.     } else { 
  142.         if ( !go_id.empty() ) {
  143.             text << " [goid " << go_id << "]";
  144.             if ( !evidence.empty() ) {
  145.                 text << " [evidence " << evidence << "]";
  146.             }
  147.             if ( pmid != 0 ) {
  148.                 text << " [pmid " << pmid << "]";
  149.             }
  150.         }
  151.     }
  153.     return NStr::TruncateSpaces(CNcbiOstrstreamToString(text));
  154. }
  157. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  158. // CFormatQual - low-level formatted qualifier
  160. CFormatQual::CFormatQual
  161. (const string& name,
  162.  const string& value, 
  163.  const string& prefix,
  164.  const string& suffix,
  165.  TStyle style) :
  166.     m_Name(name), m_Value(value), m_Prefix(prefix), m_Suffix(suffix),
  167.     m_Style(style)
  168. {
  169. }
  172. CFormatQual::CFormatQual(const string& name, const string& value, TStyle style) :
  173.     m_Name(name), m_Value(value), m_Prefix(kEmptyStr), m_Suffix(kEmptyStr),
  174.     m_Style(style)
  175. {
  176. }
  179. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  180. //
  181. // CFlatStringQVal {
  183. CFlatStringQVal::CFlatStringQVal(const string& value, TStyle style)
  184.     :  IFlatQVal(&kEmptyStr, &kSemicolon),
  185.        m_Value(NStr::TruncateSpaces(value)), m_Style(style)
  186. {
  187. }
  190. CFlatStringQVal::CFlatStringQVal
  191. (const string& value,
  192.  const string& pfx,
  193.  const string& sfx,
  194.  TStyle style)
  195.     :   IFlatQVal(&pfx, &sfx),
  196.         m_Value(NStr::TruncateSpaces(value)),
  197.         m_Style(style)
  198. {
  199. }
  202. void CFlatStringQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  203.                            CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags flags) const
  204. {
  205.     x_AddFQ(q, (s_IsNote(flags) ? "note" : name), m_Value, m_Style);
  206. }
  208. // }
  211. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  212. //
  213. // CFlatStringListQVal {
  215. void CFlatStringListQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  216.                            CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags flags) const
  217. {
  218.     if ( s_IsNote(flags) ) {
  219.         m_Suffix = &kSemicolon;
  220.     }
  222.     x_AddFQ(q, 
  223.             (s_IsNote(flags) ? "note" : name),
  224.             JoinNoRedund(m_Value, "; "),
  225.             m_Style);
  226. }
  228. // }
  231. void CFlatCodeBreakQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  232.                               CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags) const
  233. {
  234.     ITERATE (CCdregion::TCode_break, it, m_Value) {
  235.         string pos = CFlatSeqLoc((*it)->GetLoc(), ctx).GetString();
  236.         string aa  = "OTHER";
  237.         switch ((*it)->GetAa().Which()) {
  238.         case CCode_break::C_Aa::e_Ncbieaa:
  239.             aa = GetAAName((*it)->GetAa().GetNcbieaa(), true);
  240.             break;
  241.         case CCode_break::C_Aa::e_Ncbi8aa:
  242.             aa = GetAAName((*it)->GetAa().GetNcbi8aa(), false);
  243.             break;
  244.         case CCode_break::C_Aa::e_Ncbistdaa:
  245.             aa = GetAAName((*it)->GetAa().GetNcbistdaa(), false);
  246.             break;
  247.         default:
  248.             return;
  249.         }
  250.         x_AddFQ(q, name, "(pos:" + pos + ",aa:" + aa + ')', 
  251.             CFormatQual::eUnquoted);
  252.     }
  253. }
  256. CFlatCodonQVal::CFlatCodonQVal(unsigned int codon, unsigned char aa, bool is_ascii)
  257.     : m_Codon(CGen_code_table::IndexToCodon(codon)),
  258.       m_AA(GetAAName(aa, is_ascii)), m_Checked(true)
  259. {
  260. }
  263. void CFlatCodonQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name, CBioseqContext& ctx,
  264.                           IFlatQVal::TFlags) const
  265. {
  266.     if ( !m_Checked ) {
  267.         // ...
  268.     }
  269.     x_AddFQ(q, name, "(seq:"" + m_Codon + "",aa:" + m_AA + ')');
  270. }
  273. void CFlatExpEvQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  274.                           CBioseqContext&, IFlatQVal::TFlags) const
  275. {
  276.     const char* s = 0;
  277.     switch (m_Value) {
  278.     case CSeq_feat::eExp_ev_experimental:      s = "experimental";      break;
  279.     case CSeq_feat::eExp_ev_not_experimental:  s = "not_experimental";  break;
  280.     default:                                   break;
  281.     }
  282.     if (s) {
  283.         x_AddFQ(q, name, s, CFormatQual::eUnquoted);
  284.     }
  285. }
  288. void CFlatIllegalQVal::Format(TFlatQuals& q, const string&, CBioseqContext &ctx,
  289.                             IFlatQVal::TFlags) const
  290. {
  291.     // XXX - return if too strict
  292.     x_AddFQ(q, m_Value->GetQual(), m_Value->GetVal());
  293. }
  296. void CFlatMolTypeQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  297.                             CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags flags) const
  298. {
  299.     const char* s = 0;
  300.     switch ( m_Biomol ) {
  301.     case CMolInfo::eBiomol_unknown:
  302.         switch ( m_Mol ) {
  303.         case CSeq_inst::eMol_dna:  s = "unassigned DNA"; break;
  304.         case CSeq_inst::eMol_rna:  s = "unassigned RNA"; break;
  305.         default:                   break;
  306.         }
  307.         break;
  308.     case CMolInfo::eBiomol_genomic:
  309.         switch ( m_Mol ) {
  310.         case CSeq_inst::eMol_dna:  s = "genomic DNA";  break;
  311.         case CSeq_inst::eMol_rna:  s = "genomic RNA";  break;
  312.         default:                   break;
  313.         }
  314.         break;
  315.     case CMolInfo::eBiomol_pre_RNA:  s = "pre-mRNA";  break;
  316.     case CMolInfo::eBiomol_mRNA:     s = "mRNA";      break;
  317.     case CMolInfo::eBiomol_rRNA:     s = "rRNA";      break;
  318.     case CMolInfo::eBiomol_tRNA:     s = "tRNA";      break;
  319.     case CMolInfo::eBiomol_snRNA:    s = "snRNA";     break;
  320.     case CMolInfo::eBiomol_scRNA:    s = "scRNA";     break;
  321.     case CMolInfo::eBiomol_other_genetic:
  322.     case CMolInfo::eBiomol_other:
  323.         switch ( m_Mol ) {
  324.         case CSeq_inst::eMol_dna:  s = "other DNA";  break;
  325.         case CSeq_inst::eMol_rna:  s = "other RNA";  break;
  326.         default:                   break;
  327.         }
  328.         break;
  329.     case CMolInfo::eBiomol_cRNA:
  330.     case CMolInfo::eBiomol_transcribed_RNA:  s = "other RNA";  break;
  331.     case CMolInfo::eBiomol_snoRNA:           s = "snoRNA";     break;
  332.     }
  334.     if ( s == 0 ) {
  335.         switch ( m_Mol ) {
  336.         case CSeq_inst::eMol_rna:
  337.             s = "unassigned RNA";
  338.             break;
  339.         case CSeq_inst::eMol_aa:
  340.             s = 0;
  341.             break;
  342.         case CSeq_inst::eMol_dna:
  343.         default:
  344.             s = "unassigned DNA";
  345.             break;
  346.         }
  347.     }
  349.     if ( s != 0 ) {
  350.         x_AddFQ(q, name, s);
  351.     }
  352. }
  355. void CFlatOrgModQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  356.                            CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags flags) const
  357. {
  358.     string subname = m_Value->GetSubname();
  359.     if ( s_StringIsJustQuotes(subname) ) {
  360.         subname = kEmptyStr;
  361.     }
  362.     if ( subname.empty() ) {
  363.         return;
  364.     }
  366.     if ( s_IsNote(flags) ) {
  367.         m_Suffix = (m_Value->GetSubtype() == COrgMod::eSubtype_other ? &kEOL : &kSemicolon);
  368.         if ( name != "orgmod_note" ) {
  369.             x_AddFQ(q, "note", name + ": " + subname);
  370.         } else {
  371.             x_AddFQ(q, "note", subname);
  372.         }
  373.     } else {
  374.         x_AddFQ(q, name, subname);
  375.     }
  376. }
  379. void CFlatOrganelleQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  380.                               CBioseqContext&, IFlatQVal::TFlags) const
  381. {
  382.     const string& organelle
  383.         = CBioSource::GetTypeInfo_enum_EGenome()->FindName(m_Value, true);
  385.     switch (m_Value) {
  386.     case CBioSource::eGenome_chloroplast: case CBioSource::eGenome_chromoplast:
  387.     case CBioSource::eGenome_cyanelle:    case CBioSource::eGenome_apicoplast:
  388.     case CBioSource::eGenome_leucoplast:  case CBioSource::eGenome_proplastid:
  389.         x_AddFQ(q, name, "plastid:" + organelle);
  390.         break;
  392.     case CBioSource::eGenome_kinetoplast:
  393.         x_AddFQ(q, name, "mitochondrion:kinetoplast");
  394.         break;
  396.     case CBioSource::eGenome_mitochondrion: case CBioSource::eGenome_plastid:
  397.     case CBioSource::eGenome_nucleomorph:
  398.         x_AddFQ(q, name, organelle);
  399.         break;
  401.     case CBioSource::eGenome_macronuclear: case CBioSource::eGenome_proviral:
  402.     case CBioSource::eGenome_virion:
  403.         x_AddFQ(q, organelle, kEmptyStr, CFormatQual::eEmpty);
  404.         break;
  406.     case CBioSource::eGenome_plasmid: case CBioSource::eGenome_transposon:
  407.         x_AddFQ(q, organelle, kEmptyStr);
  408.         break;
  410.     case CBioSource::eGenome_insertion_seq:
  411.         x_AddFQ(q, "insertion_seq", kEmptyStr);
  412.         break;
  414.     default:
  415.         break;
  416.     }
  417.     
  418. }
  421. void CFlatPubSetQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  422.                            CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags) const
  423. {
  424.     ITERATE (vector< CRef<CReferenceItem> >, it, ctx.GetReferences()) {
  425.         if ((*it)->Matches(*m_Value)) {
  426.             x_AddFQ(q, name, '[' + NStr::IntToString((*it)->GetSerial()) + ']',
  427.                     CFormatQual::eUnquoted);
  428.         }
  429.     }
  430. }
  433. void CFlatSeqIdQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  434.                           CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags) const
  435. {
  436.     // XXX - add link in HTML mode
  437.     string id_str;
  438.     if ( m_Value->IsGi() ) {
  439.         if ( m_GiPrefix ) {
  440.             id_str = "GI:";
  441.         }
  442.         m_Value->GetLabel(&id_str, CSeq_id::eContent);
  443.     } else {
  444.         id_str = m_Value->GetSeqIdString(true);
  445.     }
  446.     x_AddFQ(q, name, id_str);
  447. }
  450. void CFlatSubSourceQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  451.                               CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags flags) const
  452. {
  453.     string subname = m_Value->CanGetName() ? m_Value->GetName() : kEmptyStr;
  454.     if ( s_StringIsJustQuotes(subname) ) {
  455.         subname = kEmptyStr;
  456.     }
  458.     if ( s_IsNote(flags) ) {
  459.         bool note = false;
  460.         if ( m_Value->GetSubtype() == CSubSource::eSubtype_other ) {
  461.             m_Suffix = &kEOL;
  462.             note = true;
  463.         } else {
  464.             m_Suffix = &kSemicolon;
  465.         }
  467.         x_AddFQ(q, "note", note ? subname : name + ": " + subname);
  468.     } else {
  469.         CSubSource::TSubtype subtype = m_Value->GetSubtype();
  470.         if ( subtype == CSubSource::eSubtype_germline            ||
  471.              subtype == CSubSource::eSubtype_rearranged          ||
  472.              subtype == CSubSource::eSubtype_transgenic          ||
  473.              subtype == CSubSource::eSubtype_environmental_sample ) {
  474.             x_AddFQ(q, name, kEmptyStr, CFormatQual::eEmpty);
  475.         } else {
  476.             x_AddFQ(q, name, subname);
  477.         }
  478.     }
  479. }
  482. void CFlatXrefQVal::Format(TFlatQuals& q, const string& name,
  483.                          CBioseqContext& ctx, IFlatQVal::TFlags flags) const
  484. {
  485.     // XXX - add link in HTML mode?
  486.     ITERATE (TXref, it, m_Value) {
  487.         if ( !m_Quals.Empty()  &&  x_XrefInGeneXref(**it) ) {
  488.             continue;
  489.         }
  490.         string s((*it)->GetDb());
  491.         const CObject_id& id = (*it)->GetTag();
  492.         switch ( id.Which() ) {
  493.         case CObject_id::e_Id:
  494.             s += ':' + NStr::IntToString(id.GetId());
  495.             break;
  496.         case CObject_id::e_Str:
  497.             s += ':' + id.GetStr();
  498.             break;
  499.         default:
  500.             break;
  501.         }
  502.         x_AddFQ(q, name, s);
  503.     }
  504. }
  507. bool CFlatXrefQVal::x_XrefInGeneXref(const CDbtag& dbtag) const
  508. {
  509.     if ( !m_Quals->HasQual(eFQ_gene_xref) ) {
  510.         return false;
  511.     }
  513.     typedef TQuals::const_iterator TQCI;
  514.     pair<TQCI, TQCI> gxrefs = m_Quals->GetQuals(eFQ_gene_xref);
  515.     for ( TQCI it = gxrefs.first; it != gxrefs.second; ++it ) {
  516.         const CFlatXrefQVal* xrefqv =
  517.             dynamic_cast<const CFlatXrefQVal*>(it->second.GetPointerOrNull());
  518.         if ( xrefqv != 0 ) {
  519.             ITERATE (TXref, dbt, xrefqv->m_Value) {
  520.                 if ( dbtag.Match(**dbt) ) {
  521.                     return true;
  522.                 }
  523.             }
  524.         }
  525.     }
  526.     return false;
  527. }
  530. void CFlatModelEvQVal::Format
  531. (TFlatQuals& q,
  532.  const string& name,
  533.  CBioseqContext& ctx,
  534.  IFlatQVal::TFlags flags) const
  535. {
  536.     const string* method = 0;
  537.     if ( m_Value->HasField("Method") ) {
  538.         const CUser_field& uf = m_Value->GetField("Method");
  539.         if ( uf.GetData().IsStr() ) {
  540.             method = &uf.GetData().GetStr();
  541.         }
  542.     }
  544.     size_t nm = 0;
  545.     if ( m_Value->HasField("mRNA") ) {
  546.         const CUser_field& field = m_Value->GetField("mRNA");
  547.         if ( field.GetData().IsFields() ) {
  548.             ITERATE (CUser_field::C_Data::TFields, it1, field.GetData().GetFields()) {
  549.                 const CUser_field& uf = **it1;
  550.                 if ( !uf.CanGetData()  ||  !uf.GetData().IsFields() ) {
  551.                     continue;
  552.                 }
  553.                 ITERATE (CUser_field::C_Data::TFields, it2, uf.GetData().GetFields()) {
  554.                     if ( !(*it2)->CanGetLabel() ) {
  555.                         continue;
  556.                     }
  557.                     const CObject_id& oid = (*it2)->GetLabel();
  558.                     if ( oid.IsStr() ) {
  559.                         if ( oid.GetStr() == "accession" ) {
  560.                             ++nm;
  561.                         }
  562.                     }
  563.                 }
  564.             }
  565.         }
  566.     }
  568.     CNcbiOstrstream text;
  569.     text << "Derived by automated computational analysis";
  570.     if ( method != 0  &&  !method->empty() ) {
  571.          text << " using gene prediction method: " << *method;
  572.     }
  573.     text << ".";
  575.     if ( nm > 0 ) {
  576.         text << " Supporting evidence includes similarity to: " << nm << " mRNA";
  577.         if ( nm > 1 ) {
  578.             text << "s";
  579.         }
  580.     }
  582.     x_AddFQ(q, name, CNcbiOstrstreamToString(text));
  583. }
  586. void CFlatGoQVal::Format
  587. (TFlatQuals& q,
  588.  const string& name,
  589.  CBioseqContext& ctx,
  590.  IFlatQVal::TFlags flags) const
  591. {
  592.     _ASSERT(m_Value->GetData().IsFields());
  593.     bool is_ftable = ctx.Config().IsFormatFTable();
  595.     if ( s_IsNote(flags) ) {
  596.         static const string sfx = ";";
  597.         m_Prefix = &kEOL;
  598.         m_Suffix = &sfx;
  599.         x_AddFQ(q, "note", name + ": " + s_GetGOText(*m_Value, is_ftable));
  600.     } else {
  601.         x_AddFQ(q, name, s_GetGOText(*m_Value, is_ftable));
  602.     }
  603. }
  606. void CFlatAnticodonQVal::Format
  607. (TFlatQuals& q,
  608.  const string& name,
  609.  CBioseqContext& ctx,
  610.  IFlatQVal::TFlags flags) const
  611. {
  612.     if ( !m_Anticodon->IsInt()  ||  !m_Aa.empty() ) {
  613.         return;
  614.     }
  616.     CSeq_loc::TRange range = m_Anticodon->GetTotalRange();
  617.     CNcbiOstrstream text;
  618.     text << "(pos:" << range.GetFrom() + 1 << ".." << range.GetTo() + 1
  619.          << ",aa:" << m_Aa << ")";
  621.     x_AddFQ(q, name, CNcbiOstrstreamToString(text), CFormatQual::eUnquoted);
  622. }
  625. void CFlatTrnaCodonsQVal::Format
  626. (TFlatQuals& q,
  627.  const string& name,
  628.  CBioseqContext& ctx,
  629.  IFlatQVal::TFlags flags) const
  630. {
  631.     // !!!
  632. }
  635. void CFlatProductQVal::Format
  636. (TFlatQuals& q,
  637.  const string& n,
  638.  CBioseqContext& ctx,
  639.  TFlags) const
  640. {
  641.     // !!!
  642.     /*
  643.     if ( ctx.DropIllegalQuals() ) {
  644.         if ( !s_LegalQualForFeature(eFQ_product, m_Subtype)
  645.     */
  646. }
  649. END_SCOPE(objects)
  650. END_NCBI_SCOPE
  652. /*
  653. * ===========================================================================
  654. *
  655. * $Log: qualifiers.cpp,v $
  656. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:45:20  gouriano
  657. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.15
  658. *
  659. * Revision 1.15  2004/05/21 21:42:54  gorelenk
  660. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  661. *
  662. * Revision 1.14  2004/05/06 17:58:52  shomrat
  663. * CFlatQual -> CFormatQual
  664. *
  665. * Revision 1.13  2004/04/27 15:13:16  shomrat
  666. * fixed SubSource formatting
  667. *
  668. * Revision 1.12  2004/04/22 15:57:06  shomrat
  669. * Changes in context
  670. *
  671. * Revision 1.11  2004/04/07 14:28:44  shomrat
  672. * Fixed GO quals formatting for FTable format
  673. *
  674. * Revision 1.10  2004/03/30 20:32:53  shomrat
  675. * Fixed go and modelev qual formatting
  676. *
  677. * Revision 1.9  2004/03/25 20:46:19  shomrat
  678. * implement CFlatPubSetQVal formatting
  679. *
  680. * Revision 1.8  2004/03/18 15:43:27  shomrat
  681. * Fixes to quals formatting
  682. *
  683. * Revision 1.7  2004/03/08 21:01:44  shomrat
  684. * GI prefix flag for Seq-id quals
  685. *
  686. * Revision 1.6  2004/03/08 15:24:27  dicuccio
  687. * FIxed dereference of string pointer
  688. *
  689. * Revision 1.5  2004/03/05 18:47:32  shomrat
  690. * Added qualifier classes
  691. *
  692. * Revision 1.4  2004/02/11 16:55:38  shomrat
  693. * changes in formatting of OrgMod and SubSource quals
  694. *
  695. * Revision 1.3  2004/01/14 16:18:07  shomrat
  696. * uncomment code
  697. *
  698. * Revision 1.2  2003/12/18 17:43:35  shomrat
  699. * context.hpp moved
  700. *
  701. * Revision 1.1  2003/12/17 20:24:04  shomrat
  702. * Initial Revision (adapted from flat lib)
  703. *
  704. * Revision 1.4  2003/06/02 16:06:42  dicuccio
  705. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  706. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  707. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  708. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  709. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  710. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  711. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  712. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  713. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  714. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  715. * replaces the three libmmdb? libs.
  716. *
  717. * Revision 1.3  2003/03/21 18:49:17  ucko
  718. * Turn most structs into (accessor-requiring) classes; replace some
  719. * formerly copied fields with pointers to the original data.
  720. *
  721. * Revision 1.2  2003/03/11 15:37:51  kuznets
  722. * iterate -> ITERATE
  723. *
  724. * Revision 1.1  2003/03/10 16:39:09  ucko
  725. * Initial check-in of new flat-file generator
  726. *
  727. *
  728. * ===========================================================================
  729. */