Seq_data.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:6k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Seq_data.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:17  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Seq_data.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:33:17 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  .......
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the data definition file
  42.  *   'seq.asn'.
  43.  */
  44. // standard includes
  45. // generated includes
  46. #include <ncbi_pch.hpp>
  47. #include <objects/seq/Seq_data.hpp>
  48. // additional includes
  49. #include <objects/seq/IUPACaa_.hpp>
  50. #include <objects/seq/IUPACna.hpp>
  51. #include <objects/seq/NCBI2na_.hpp>
  52. #include <objects/seq/NCBI4na_.hpp>
  53. #include <objects/seq/NCBI8aa_.hpp>
  54. #include <objects/seq/NCBI8na_.hpp>
  55. #include <objects/seq/NCBIeaa_.hpp>
  56. #include <objects/seq/NCBIpaa_.hpp>
  57. #include <objects/seq/NCBIpna_.hpp>
  58. #include <objects/seq/NCBIstdaa_.hpp>
  59. #include <corelib/ncbiexpt.hpp>
  60. // generated classes
  61. BEGIN_NCBI_SCOPE
  62. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  63. // constructor
  64. CSeq_data::CSeq_data(const string& value, E_Choice index)
  65. {
  66.     // Does value have to be validated
  67.     // create seq type data holder
  68.     switch (index) {
  69.     case e_Iupacna:
  70.     case e_Iupacaa:
  71.     case e_Ncbieaa:
  72.         DoConstruct (value, index);
  73.         break;
  74.     case e_Ncbi2na:
  75.     case e_Ncbi4na:
  76.     case e_Ncbi8na:
  77.     case e_Ncbipna:
  78.     case e_Ncbi8aa:
  79.     case e_Ncbipaa:
  80.     case e_Ncbistdaa:
  81.     {
  82.         vector< char > v;
  83.         v.resize (value.size());
  84.         memcpy(&v[0], value.c_str(), value.size());
  85.         DoConstruct (v, index);
  86.         break;
  87.     }
  88.     default:
  89.         // throw error
  90.         NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  91.             "CSeq_data constructor: Invalid E_Choice index");
  92.     }
  93. }
  94. CSeq_data::CSeq_data(const vector< char >& value, E_Choice index)
  95. {
  96.     // Does value have to be validated
  97.     // create seq type data holder
  98.     switch (index) {
  99.     case e_Iupacna:
  100.     case e_Iupacaa:
  101.     case e_Ncbieaa:
  102.     {
  103.         string s;
  104.         s.assign (&value[0], value.size());
  105.         DoConstruct (s, index);
  106.         break;
  107.     }
  108.     case e_Ncbi2na:
  109.     case e_Ncbi4na:
  110.     case e_Ncbi8na:
  111.     case e_Ncbipna:
  112.     case e_Ncbi8aa:
  113.     case e_Ncbipaa:
  114.     case e_Ncbistdaa:
  115.         DoConstruct (value, index);
  116.         break;
  117.     default:
  118.         // throw error
  119.         NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  120.             "CSeq_data constructor: Invalid E_Choice index");
  121.     }
  122. }
  123. // destructor
  124. CSeq_data::~CSeq_data(void)
  125. {
  126. }
  127. void CSeq_data::DoConstruct(const string& value, E_Choice index)
  128. {
  129.     switch (index) {
  130.     case e_Iupacna:
  131.         SetIupacna() = CIUPACna(value);
  132.         break;
  133.     case e_Iupacaa:
  134.         SetIupacaa() = CIUPACaa(value);
  135.         break;
  136.     case e_Ncbieaa:
  137.         SetNcbieaa() = CNCBIeaa(value);
  138.         break;
  139.     default:
  140.         // throw an error
  141.         NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  142.             "CSeq_data::DoConstruct: Invalid E_Choice index");
  143.     }
  144. }
  145. void CSeq_data::DoConstruct(const vector< char >& value, E_Choice index)
  146. {
  147.     switch (index) {
  148.     case e_Ncbi2na:
  149.         SetNcbi2na().Set() = value;
  150.         break;
  151.     case e_Ncbi4na:
  152.         SetNcbi4na().Set() = value;
  153.         break;
  154.     case e_Ncbi8na:
  155.         SetNcbi8na().Set() = value;
  156.         break;
  157.     case e_Ncbipna:
  158.         SetNcbipna().Set() = value;
  159.         break;
  160.     case e_Ncbi8aa:
  161.         SetNcbi8aa().Set() = value;
  162.         break;
  163.     case e_Ncbipaa:
  164.         SetNcbipaa().Set() = value;
  165.         break;
  166.     case e_Ncbistdaa:
  167.         SetNcbistdaa().Set() = value;
  168.         break;
  169.     default:
  170.         // throw an error
  171.         NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  172.             "CSeq_data::DoConstruct: Invalid E_Choice index");
  173.     }
  174. }
  175. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  176. END_NCBI_SCOPE
  177. /*
  178. * ===========================================================================
  179. *
  180. * $Log: Seq_data.cpp,v $
  181. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:17  gouriano
  182. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  183. *
  184. * Revision 1.5  2004/05/19 17:25:14  gorelenk
  185. * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  186. *
  187. * Revision 1.4  2003/10/21 13:48:50  grichenk
  188. * Redesigned type aliases in serialization library.
  189. * Fixed the code (removed CRef-s, added explicit
  190. * initializers etc.)
  191. *
  192. * Revision 1.3  2003/01/03 02:56:05  ucko
  193. * Fixed spelling of DoConstruct in more places.
  194. *
  195. * Revision 1.2  2003/01/03 01:24:00  ucko
  196. * Dropped CException:: from calls to NCBI_THROW; fixed spelling of DoConstruct.
  197. *
  198. * Revision 1.1  2003/01/02 15:01:56  friedman
  199. * Added constructors; one that accepts a string and the other that accepts a
  200. * vecor<char> as an arguement.
  201. *
  202. *
  203. * ===========================================================================
  204. */
  205. /* Original file checksum: lines: 64, chars: 1872, CRC32: 4f4e2fd */