Seq_annot.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:6k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Seq_annot.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:13  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Seq_annot.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:33:13 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  .......
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the data definition file
  42.  *   'seq.asn'.
  43.  */
  44. // standard includes
  45. // generated includes
  46. #include <ncbi_pch.hpp>
  47. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  48. #include <objects/general/Date.hpp>
  49. // generated classes
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  51. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  52. // destructor
  53. CSeq_annot::~CSeq_annot(void)
  54. {
  55. }
  56. void CSeq_annot::AddName(const string &name)
  57. {
  58.     //NB: this used list::remove_if(), which is not portable to Windows
  59.     TDesc::Tdata::iterator iter = SetDesc().Set().begin();
  60.     for ( ;  iter != SetDesc().Set().end();  ) {
  61.         if ((*iter)->IsName() ) {
  62.             iter = SetDesc().Set().erase(iter);
  63.         } else {
  64.             ++iter;
  65.         }
  66.     }
  67.     CRef<CAnnotdesc> desc(new CAnnotdesc());
  68.     desc->SetName(name);
  69.     SetDesc().Set().push_back(desc);
  70. }
  71. void CSeq_annot::AddTitle(const string& title)
  72. {
  73.     LOG_POST(Warning
  74.         << "CSeq_annot::AddTitle(): AddTitle() is deprecated, "
  75.            "use SetTitle() instead");
  76.     SetTitle(title);
  77. }
  78. void CSeq_annot::SetTitle(const string &title)
  79. {
  80.     TDesc::Tdata::iterator iter = SetDesc().Set().begin();
  81.     for ( ;  iter != SetDesc().Set().end();  ) {
  82.         if ((*iter)->IsTitle() ) {
  83.             iter = SetDesc().Set().erase(iter);
  84.         } else {
  85.             ++iter;
  86.         }
  87.     }
  88.     CRef<CAnnotdesc> desc(new CAnnotdesc());
  89.     desc->SetTitle(title);
  90.     SetDesc().Set().push_back(desc);
  91. }
  92. void CSeq_annot::AddComment(const string &comment)
  93. {
  94.     CRef<CAnnotdesc> desc(new CAnnotdesc());
  95.     desc->SetComment(comment);
  96.     SetDesc().Set().push_back(desc);
  97. }
  98. void CSeq_annot::SetCreateDate(const CTime& dt)
  99. {
  100.     CRef<CDate> date(new CDate(dt));
  101.     SetCreateDate(*date);
  102. }
  103. void CSeq_annot::SetCreateDate(CDate& date)
  104. {
  105.     TDesc::Tdata::iterator iter = SetDesc().Set().begin();
  106.     for ( ;  iter != SetDesc().Set().end();  ) {
  107.         if ((*iter)->IsCreate_date() ) {
  108.             iter = SetDesc().Set().erase(iter);
  109.         } else {
  110.             ++iter;
  111.         }
  112.     }
  113.     CRef<CAnnotdesc> desc(new CAnnotdesc());
  114.     desc->SetCreate_date(date);
  115.     SetDesc().Set().push_back(desc);
  116. }
  117. void CSeq_annot::SetUpdateDate(const CTime& dt)
  118. {
  119.     CRef<CDate> date(new CDate(dt));
  120.     SetUpdateDate(*date);
  121. }
  122. void CSeq_annot::SetUpdateDate(CDate& date)
  123. {
  124.     TDesc::Tdata::iterator iter = SetDesc().Set().begin();
  125.     for ( ;  iter != SetDesc().Set().end();  ) {
  126.         if ((*iter)->IsUpdate_date() ) {
  127.             iter = SetDesc().Set().erase(iter);
  128.         } else {
  129.             ++iter;
  130.         }
  131.     }
  132.     CRef<CAnnotdesc> desc(new CAnnotdesc());
  133.     desc->SetUpdate_date(date);
  134.     SetDesc().Set().push_back(desc);
  135. }
  136. void CSeq_annot::AddUserObject(CUser_object& obj)
  137. {
  138.     CRef<CAnnotdesc> desc(new CAnnotdesc());
  139.     desc->SetUser(obj);
  140.     SetDesc().Set().push_back(desc);
  141. }
  142. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  143. END_NCBI_SCOPE
  144. /*
  145. * ===========================================================================
  146. *
  147. * $Log: Seq_annot.cpp,v $
  148. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:13  gouriano
  149. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  150. *
  151. * Revision 1.6  2004/05/19 17:25:14  gorelenk
  152. * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  153. *
  154. * Revision 1.5  2004/04/22 13:09:31  dicuccio
  155. * Added helper functions to add specific kinds of descriptions: dates, user
  156. * objects.  Added SetTitle() - should replace AddTitle() (LOG_POST warning in
  157. * place about deprecation)
  158. *
  159. * Revision 1.4  2003/05/07 17:44:12  dicuccio
  160. * oops - make sure not to dereference end() of list in AddName()
  161. *
  162. * Revision 1.3  2003/05/07 17:30:01  dicuccio
  163. * Fix potential coredump in CSeq_annot::AddName()
  164. *
  165. * Revision 1.2  2003/05/07 13:08:09  dicuccio
  166. * Alternate implementation of SetTitle() - work-around for MSVC's broken
  167. * implementation of list::remove_if()
  168. *
  169. * Revision 1.1  2003/05/07 10:57:29  clausen
  170. * Added AddName, AddTitle, AddComment
  171. *
  172. *
  173. * ===========================================================================
  174. */
  175. /* Original file checksum: lines: 64, chars: 1875, CRC32: 377b3912 */