tinyseq.asn
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:1k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. --
  2. -- ===========================================================================
  3. -- PRODUCTION $Log: tinyseq.asn,v $
  4. -- PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 21:40:15  gouriano
  5. -- PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R6.1
  6. -- PRODUCTION
  7. -- ===========================================================================
  8. --
  9. --$Revision: 1000.0 $
  10. --**********************************************************************
  11. --
  12. --  ASN.1 for a tiny Bioseq in XML
  13. --    basically a structured FASTA file with a few extras
  14. --    in this case we drop all modularity of components
  15. --      All ids are Optional - simpler structure, less checking
  16. --      Components of organism are hard coded - can't easily add or change
  17. --      sequence is just string whether DNA or protein
  18. --  by James Ostell, 2000
  19. --
  20. --**********************************************************************
  21. NCBI-TSeq DEFINITIONS ::=
  22. BEGIN
  23. TSeq ::= SEQUENCE {
  24. seqtype ENUMERATED {
  25. nucleotide (1),
  26. protein (2) },
  27. gi INTEGER OPTIONAL,
  28. accver VisibleString OPTIONAL,
  29. sid VisibleString OPTIONAL,
  30. local VisibleString OPTIONAL,
  31. taxid INTEGER OPTIONAL,
  32. orgname VisibleString OPTIONAL,
  33. defline VisibleString,
  34. length INTEGER,
  35. sequence VisibleString }
  36. TSeqSet ::= SEQUENCE OF TSeq    -- a bunch of them
  37. END