seqset.asn
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:2k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. --
  2. -- ===========================================================================
  3. -- PRODUCTION $Log: seqset.asn,v $
  4. -- PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 21:36:52  gouriano
  5. -- PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R6.2
  6. -- PRODUCTION
  7. -- ===========================================================================
  8. --
  9. --$Revision: 1000.0 $
  10. --**********************************************************************
  11. --
  12. --  NCBI Sequence Collections
  13. --  by James Ostell, 1990
  14. --
  15. --  Version 3.0 - 1994
  16. --
  17. --**********************************************************************
  18. NCBI-Seqset DEFINITIONS ::=
  19. BEGIN
  20. EXPORTS Bioseq-set, Seq-entry;
  21. IMPORTS Bioseq, Seq-annot, Seq-descr FROM NCBI-Sequence
  22.         Object-id, Dbtag, Date FROM NCBI-General;
  23. --*** Sequence Collections ********************************
  24. --*
  25. Bioseq-set ::= SEQUENCE {      -- just a collection
  26.     id Object-id OPTIONAL ,
  27.     coll Dbtag OPTIONAL ,          -- to identify a collection
  28.     level INTEGER OPTIONAL ,       -- nesting level
  29.     class ENUMERATED {
  30.         not-set (0) ,
  31.         nuc-prot (1) ,              -- nuc acid and coded proteins
  32.         segset (2) ,                -- segmented sequence + parts
  33.         conset (3) ,                -- constructed sequence + parts
  34.         parts (4) ,                 -- parts for 2 or 3
  35.         gibb (5) ,                  -- geninfo backbone
  36.         gi (6) ,                    -- geninfo
  37.         genbank (7) ,               -- converted genbank
  38.         pir (8) ,                   -- converted pir
  39.         pub-set (9) ,               -- all the seqs from a single publication
  40.         equiv (10) ,                -- a set of equivalent maps or seqs
  41.         swissprot (11) ,            -- converted SWISSPROT
  42.         pdb-entry (12) ,            -- a complete PDB entry
  43.         mut-set (13) ,              -- set of mutations
  44.         pop-set (14) ,              -- population study
  45.         phy-set (15) ,              -- phylogenetic study
  46.         eco-set (16) ,              -- ecological sample study
  47.         gen-prod-set (17) ,         -- genomic products, chrom+mRNa+protein
  48.         wgs-set (18) ,              -- whole genome shotgun project
  49.         other (255) } DEFAULT not-set ,
  50.     release VisibleString OPTIONAL ,
  51.     date Date OPTIONAL ,
  52.     descr Seq-descr OPTIONAL ,
  53.     seq-set SEQUENCE OF Seq-entry ,
  54.     annot SET OF Seq-annot OPTIONAL }
  55. Seq-entry ::= CHOICE {
  56.         seq Bioseq ,
  57.         set Bioseq-set }
  58. END