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docsum.asn
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：32k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

docsum.asn：源码内容
  1. -- $Id: docsum.asn,v 1000.1 2004/06/01 19:31:58 gouriano Exp $
  3. NSE DEFINITIONS ::=
  4. BEGIN
  6. EXPORTS NSE-BaseURLSet, NSE-SubmitterList, NSE-AssayList, NSE-PopList, NSE-ExchangeSet;
  9. NSE-BaseURLSet ::= SEQUENCE {
  10. version VisibleString, -- version number of docsum.asn/docsum.dtd specification
  11. dbSNP-build-number INTEGER, -- build number of database for this export
  12. generated NSE-Date OPTIONAL , -- Date set-list generated
  13. query VisibleString OPTIONAL , -- Query terms or search constraints
  14. set-type INTEGER {
  15.         full-dump (1), -- Complete set of records in dbSNP
  16.          from-query (2), -- Set that satisfies query
  17.          single     (3) } , -- A single record
  18. url-set SET OF NSE-BaseURL     -- Set of URLs for resource integration
  19. }
  21. NSE-BaseURL ::= SEQUENCE { -- list of base URLs for queries to other integrated resources
  22. resource-id INTEGER, -- integer pointer to base URL  BaseURLList.url_id
  23. resource VisibleString OPTIONAL, -- name of the resource  BaseURLList.resource
  24. field-id VisibleString OPTIONAL, -- name of the data object used to link  BaseURLList.resource_id
  25. base-url VisibleString OPTIONAL  -- Base URL to which identifier is appended to form full URL  BaseURLList.base_url
  26. }
  29. NSE-SubmitterList ::= SEQUENCE { -- set of contact information for all handles defined in dbSNP
  30. version VisibleString, -- version number of docsum.asn/docsum.dtd specification
  31. dbSNP-build-number INTEGER, -- build number of database for this export
  32. generated NSE-Date OPTIONAL , -- Date set-list generated
  33. query VisibleString OPTIONAL , -- Query terms or search constraints
  34. set-type INTEGER {
  35.         full-dump (1), -- Complete set of records in dbSNP
  36.          from-query (2), -- Set that satisfies query
  37.          single     (3) } , -- A single record
  38. submitter-list SET OF NSE-Submitter 
  39. }
  41. NSE-Submitter ::= SEQUENCE {
  42. handle VisibleString, -- Short name, or handle as supplied by NCBI
  43. name VisibleString, -- Name of Principal Investigator for lab or submitting group
  44. fax VisibleString OPTIONAL, -- FAX number for submitter
  45. tel VisibleString OPTIONAL, -- telephone number for submitter
  46. email VisibleString OPTIONAL, -- email for submitter
  47. lab VisibleString OPTIONAL, -- Laboratory providing SNP
  48. inst VisibleString OPTIONAL, -- Institution Name
  49. addr SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL -- Address strings
  50. }
  52. NSE-AssayList ::= SEQUENCE { -- Table of batch characteristics for all SNP batches in dbSNP
  53. version VisibleString, -- version number of docsum.asn/docsum.dtd specification
  54. dbSNP-build-number INTEGER, -- build number of database for this export
  55. generated NSE-Date OPTIONAL , -- Date set-list generated
  56. query VisibleString OPTIONAL , -- Query terms or search constraints
  57. set-type INTEGER {
  58.         full-dump (1), -- Complete set of records in dbSNP
  59.          from-query (2), -- Set that satisfies query
  60.          single     (3) } , -- A single record
  61. assay-list SET OF NSE-Assay 
  62. }
  64. NSE-Assay ::= SEQUENCE {
  65. handle VisibleString,
  66. batch VisibleString, -- Submitter (local) batch id
  67. batch-id INTEGER, -- dbSNP batch_id. Use to join assay to subsnp and validation data (NSE-ss, NSE-ss, below).
  68. batch-type ENUMERATED { -- distinguishes submission batches from follow-up confirmation of refSNPs. 
  69. -- Join to appropriate object by batch-id.
  70. snpassay (1), -- detailed assay conditions for NSE-ss.
  71. validation (2), -- refSNPs confirmed by subsequent experimental data. Data for NSE-rs.validated-in-other-pop
  72. doublehit (3) }, -- refSNPs with both alleles seen twice. Data for NSE-rs.validated-by-2hit-2allele
  73. moltype ENUMERATED {
  74. genomic (1),
  75. cDNA (2),
  76. mito (3),
  77. chloro (4)
  78. },
  79. method VisibleString, -- local method id
  80. method-ex SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- description of deviation from/addition to given method
  81. samplesize INTEGER OPTIONAL, -- number of chromosomes examined during ascertainment
  82. organism VisibleString OPTIONAL, -- Scientific Name
  83. taxid INTEGER OPTIONAL, -- taxonomy ID for organism from NCBI taxonomy database
  84. population VisibleString OPTIONAL, -- Population surveyed for variation
  85. strains SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- Strains used in survey for variation
  86. citation SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL,
  87. linkout-url VisibleString OPTIONAL,
  88. comment SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL
  89. }
  91. NSE-PopList ::= SEQUENCE { -- Table of batch characteristics for all allele frequency batches in dbSNP
  92. version VisibleString, -- version number of docsum.asn/docsum.dtd specification
  93. dbSNP-build-number INTEGER, -- build number of database for this export
  94. generated NSE-Date OPTIONAL , -- Date set-list generated
  95. query VisibleString OPTIONAL , -- Query terms or search constraints
  96. set-type INTEGER {
  97.         full-dump (1), -- Complete set of records in dbSNP
  98.          from-query (2), -- Set that satisfies query
  99.          single     (3) } , -- A single record
  100. pop-list SET OF NSE-Pop
  101. }
  103. NSE-Pop ::= SEQUENCE {
  104. handle VisibleString,
  105. batch VisibleString, -- Submitter (local) batch id
  106. batch-id INTEGER, -- dbSNP batch_id. Use to join population allele data to subsnp data
  107. method VisibleString, -- local method id
  108. method-ex SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- description of deviation from/addition to given method
  109. citation SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL,
  110. comment SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL
  111. }
  113. NSE-ExchangeSet ::= SEQUENCE {
  114. copyright SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL,
  115. version VisibleString, -- version number of docsum.asn/docsum.dtd specification
  116. dbSNP-build-number INTEGER, -- build number of database for this export
  117. generated NSE-Date OPTIONAL , -- Date set-list generated
  118. query VisibleString OPTIONAL , -- Query terms or search constraints
  119. source-dbs SET OF VisibleString OPTIONAL , -- List of source databases
  120. set-type INTEGER {
  121.         full-dump (1), -- Complete set of records in dbSNP
  122.          from-query (2), -- Set that satisfies query
  123.          single     (3) } , -- A single record
  124. set-depth INTEGER {
  125. brief-set (1), -- only summary information included in NSE-rs objects
  126. full-set (2) } , -- all information included in NSE-rs objects (data on subsnps in rs group)
  127. rs-set SET OF NSE-rs,   -- Set of Reference SNP docsums and grouped subSNP members
  128. num-refsnp-ids INTEGER OPTIONAL , -- Total number of refsnp-ids
  129. total-seq-length INTEGER OPTIONAL , -- Total length of exemplar flanking sequences
  130. num-contig-locs INTEGER OPTIONAL , -- Total number of contig locations from SNPContigLoc
  131. num-locus-ids INTEGER OPTIONAL , -- Total number of locus ids from SNPContigLocusId
  132. num-gi-hits INTEGER OPTIONAL , -- Total number of gi hits from MapLink
  133. num-3d-structs INTEGER OPTIONAL , -- Total number of 3D structures from SNP3D
  134. num-allele-freqs INTEGER OPTIONAL , -- Total number of allele frequences from SubPopAllele
  135. num-sts-hits INTEGER OPTIONAL , -- Total number of STS hits from SnpInSts
  136. num-unigene-cids INTEGER OPTIONAL  -- Total number of unigene cluster ids from UnigeneSnp
  137. }
  141. NSE-rs ::= SEQUENCE { -- defines the docsum structure for refSNP clusters, where a refSNP cluster (rs) is
  142. -- a grouping of individual dbSNP submissions that all refer to the same variation.
  143. -- The refsnp provides a single unified record for annotation of NCBI resources such
  144. -- as reference genome sequence.
  146. -- #######################################################
  147. -- ######
  148. -- ######   Data defined for both brief-sets and full-sets   
  149. -- ######
  150. -- #######################################################
  152. refsnp-id INTEGER, -- refSNP (rs) number
  153. taxid INTEGER, -- NCBI Taxonomy Database ID. 9606 for Homo sapiens
  154. organism VisibleString OPTIONAL, -- species abbreviation
  155. snp-class ENUMERATED {
  156. snp         (1), -- single nucleotide variation: alleles of length=1 and from set of {A,T,C,G}
  157. in-del      (2), -- insertion / deletion variation: alleles of different length or include '-' character
  158. het         (3), -- heterozygous (undetermined) variation: allele contains string '(heterozygous)'
  159. microsat    (4), -- microsatellite variation: allele string contains numbers and '(motif)' pattern
  160. named       (5), -- insertion/deletion of named object (length unknown)
  161. no-variation (6), -- novariation asserted for sequence
  162. mixed       (7),                -- mixed class
  163. mnp         (8)},               -- Multiple Nucleotide Polymorphism. All alleles of same length > 1
  165. snp-type ENUMERATED {
  166. notwithdrawn (1), -- variation is OK, default case
  167. artifact     (2), -- variation determined to be experimental artifact
  168. gene-dup      (3), -- variation artifact of duplicated gene region
  169. duplicatesub  (4), -- variation was duplicate submission
  170. notspecified  (5), -- no reason specified for withdrawal
  171. ambiguousloc  (6), -- variation has excessive number of potional locations in genome
  172. lowmapquality (7) -- evidence for calling variation deemed insufficient
  173. },
  174. moltype ENUMERATED { -- moltype from exemplar ss
  175. genomic (1),
  176. cDNA (2),
  177. mito (3),
  178. chloro (4)
  179. },
  180. create-date NSE-Date,       -- date the refsnp cluster was instantiated
  181. update-date NSE-Date OPTIONAL, -- most recent date the cluster was updated (member added or deleted)
  182. create-build INTEGER, -- build number when the cluster was created
  183. update-build INTEGER, -- latest build number when the cluster was updated
  184. observed VisibleString, -- list of all alleles observed in ss-list members, correcting for reverse
  185. -- complementation of memebers reported in reverse orientation
  186. seq-5 SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- 5' sequence that flanks the variation
  187. seq-3 SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- 3' sequence that flanks the variation
  188. -- all sequences are in forward orientation, complete sequence
  189. -- lower case letters indicate repetetitive or low-complexity sequence by RepeatMasker
  190. -- flanking sequence is reported in strings of 255 b.p. and multiple strings
  191. -- should be concatenated in order to reconstruct the complete flanking sequence.
  192. -- Sequence should be assembled as seq-5 + observed + seq-3
  193. seq-ss-exemplar INTEGER, -- dbSNP ss# selected as source of refSNP flanking sequence, ss# part of ss-list below 
  194. ncbi-build-id INTEGER OPTIONAL, -- NCBI build number for data on genome mapping to synchronize with NCBI MapViewer
  195. ncbi-num-chr-hits INTEGER OPTIONAL, -- total number of distinct chromosomes in contig-mapset
  196. ncbi-num-ctg-hits INTEGER OPTIONAL, -- total number of distinct contig-ids in contig-mapset
  197. ncbi-num-seq-loc INTEGER OPTIONAL, -- total number of distinct seq-loc's in contig-mapset
  198. ncbi-mapweight INTEGER OPTIONAL, -- location quality score for NCBI map display
  200. het REAL OPTIONAL, -- average heterozygosity 
  201. het-SE REAL OPTIONAL, -- standard error of heterozygosity 
  202. valid-prob-min INTEGER OPTIONAL, -- minimum reported success rate of all submissions in cluster
  203. valid-prob-max INTEGER OPTIONAL, -- maximum reported success rate of all submissions in cluster
  204. validated-other-pop BOOLEAN OPTIONAL, -- at least one ss in cluster was validated by independent assay
  205. val-other-pop-batches SET OF INTEGER OPTIONAL, -- dbSNP batch-id's for independent assay validation data. Use batch-ids to get methods etc.
  206. validated-by-frequency BOOLEAN OPTIONAL, -- at least one subsnp in cluster has frequency data submitted
  207. validated-by-cluster   BOOLEAN OPTIONAL, -- cluster has 2+ submissions, with 1+ submissions assayed with a non-computational method
  208. validated-by-2hit-2allele BOOLEAN OPTIONAL, --all alleles have been observed in 2+ chromosomes
  209. val-2hit-2allele SET OF INTEGER OPTIONAL, -- dbSNP batch-id's for double-hit snp validation data. Use batch-id to get methods, etc.
  210. validated-by-hapmap BOOLEAN OPTIONAL, -- validated by HapMap project
  211. genotype BOOLEAN OPTIONAL, -- at least one genotype reported for this refSNP
  212. linkout BOOLEAN OPTIONAL, -- YES if linkout to at least one submitter website
  213. last-action NSE-Date OPTIONAL, -- Date of update or create
  214. link-data SET OF NSE-rslink OPTIONAL,  -- link data for external resources
  215. ss-list SET OF NSE-ss, -- set of all subsnp id's in the refSNP cluster
  216. contig-mapset SET OF NSE-rsContigHit OPTIONAL, -- list of hits to genome in NT_ contig coordinates and functional relationships
  217. -- between variations and genes as annotated on contig sequence
  218. -- data from SNPContigLoc & ContigInfo tables
  219. sequence-mapset SET OF  NSE-rsSeqHit OPTIONAL, -- list of hits to genome in sequence component coordinates from MapLink and MapLinkArchive
  220. gene-info SET OF NSE-rsLocusID OPTIONAL, -- set of gene information inferred by blast similarity of variation and GenBank sequences.
  221. -- analysis is independent of annotation of genome sequence (contig-mapset, above) and
  222. -- includes variations mapped to mRNAs or genomic sequences that do not yet have a reference contig.
  223. sts-info SET OF INTEGER OPTIONAL, -- set of STS ids from SnpInSts
  224. unigene-info SET OF NSE-rsUnigene OPTIONAL, -- Unigene info from UnigeneSnp
  225.   structure-data SET OF NSE-rsStruct OPTIONAL -- set of snp to protein structure data based on map coordinates 
  226.                                                 -- and protein structure neighbors
  228. }
  232. NSE-rslink ::= SEQUENCE { -- link data for anther resource
  233. resource-id INTEGER, -- BaseURLList.url_id
  234. link-value VisibleString  -- value to append to NSE-ResourceURL.base-url for complete link
  235. }
  238. NSE-ss ::= SEQUENCE { -- data for an individual submission to dbSNP. All submssions (subsnps, ss#) are
  239. -- grouped into reference SNP clusters (rs) above.
  241. -- #######################################################
  242. -- ######
  243. -- ######   Data defined in both NSE-rs.brief-sets and full-sets   
  244. -- ######
  245. -- #######################################################
  246. handle VisibleString, -- Tag for the submitting laboratory
  247. batch-id INTEGER, -- dbSNP number for batch submission
  248. subsnp-id INTEGER, -- dbSNP accession number for submission (ss#)
  249. loc-snp-id VisibleString OPTIONAL, -- submitter (local) subsnp ID
  250. subsnp-class ENUMERATED { -- SubSNP classification by type of variation SubSNP.subsnp_class
  251. snp         (1), --   true single nucleotide polymorphism
  252. in-del      (2), --   insertion deletion polymorophism, deletions represented by '-' in allele string
  253. het         (3), --   variation has unknown sequence composition, but is observed to be heterozygous
  254. microsat    (4), --   microsatellite / simple sequence repeat
  255. named       (5), --   allele sequences defined by name tag instead of raw sequence, e.g. (Alu)/- 
  256. no-variation (6),  --   submission reports invariant region in surveyed sequence
  257. mnp         (8)}, --   multiple nucleotide polymorphism (all alleles same length where length>1)
  258. orient ENUMERATED { -- orientation of refsnp cluster members to refsnp cluster sequence
  259. forward     (1), -- ss flanking sequence is in same orientation as seq-ss-exemplar (above) 
  260. reversed    (2) }, -- flanking sequence and alleles are reverse complement of refSNP as defined
  261. -- by seq-ss-exemplar. 
  262. strand ENUMERATED { -- strand is defined as TOP/BOTTOM by nature of flanking nucleotide sequence itself
  263. top (1), -- 
  264. bottom (2) } OPTIONAL,
  265. moltype ENUMERATED { -- moltype from Batch table
  266. genomic (1),
  267. cDNA (2),
  268. mito (3),
  269. chloro (4)
  270. },
  271. build-id INTEGER, -- dbSNP build number when ss# was added to a refSNP (rs#) cluster
  272. method-class ENUMERATED { -- class of method used to assay for the variation
  273. dhplc        (1), -- Denaturing High Pressure Liquid Chromatography used to detect SNP
  274. hybridize    (2), -- a hybridization method (e.g. chip) was used to assay for variation
  275. computed     (3), -- variation was mined from sequence alignment with software
  276. sscp         (5), -- single stranded conformational polymorphism used to detect variation
  277. other    (6),  -- other method used to detect variation
  278. unknown  (7),  -- unknown method used to detect variation (not reported)
  279. rflp  (8), -- variation in enzyme restriction site used to detect variation
  280. sequence  (9)} OPTIONAL, -- samples were sequenced and resulting alignment used to define variation
  281.     validated ENUMERATED {
  282.         by-submitter (1),       -- subsnp has been experimentally validated by submitter
  283.         by-frequency (2),       -- subsnp has frequency data submitted
  284.         by-cluster   (3),       -- has 2+ submissions, with 1+ submission assayed with a non-computational method.
  285.         no-info      (4)        -- subsnp is not validated
  286.                 } OPTIONAL,
  287. linkout-url VisibleString OPTIONAL, -- append loc-snp-id to this base URL to construct a pointer to submitter data.
  293. -- #######################################################
  294. -- ######
  295. -- ######   Additional data supplied in full-set
  296. -- ######
  297. -- #######################################################
  299. snp-link VisibleString OPTIONAL, -- submission includes reference to another ss# (snp-link value) in dbSNP
  300. accession SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- GenBank or dbSTS sequence accessions used to define local sequence context
  301. comment SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- submitter notes on discovery protocol or measure of evidence for the submission
  302. meth-failure SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL,-- notes if submitter reports failure to detect or confirm snp with specific methods
  303. genename VisibleString OPTIONAL, -- gene snp was associated with by submitter
  304. locus-id VisibleString OPTIONAL, -- NCBI LocusLink ID for gene
  305. flank-5 SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- flanking sequence not surveyed, but appended for minimum length requirements
  306. assay-5 SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- flanking sequence surveyedd in [NSE-Assay.samplesize] chromosomes
  307. observed VisibleString OPTIONAL, -- /-delimited string of alleles observed by submitter
  308. assay-3 SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- flanking sequence surveyed in [NSE-Assay.samplesize] chromosomes
  309. flank-3 SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- flanking sequence not surveyed, but appended for minimum length requirements
  310. -- n.b. the complete 5' flanking sequence for a submission is constructed as
  311. --             flank-5 strings in order + assay-5 strings in order 
  312. --      the complete 3' flanking sequence is constructed as
  313. --             assay-3 strings in order + flank-3 strings in order
  314. pop-info SET OF NSE-ss-popinfo OPTIONAL 
  315. }
  320. NSE-rsContigHit ::= SEQUENCE { -- data from SNPContigLoc, ContigInfo tables, & SNPContigLocusId tables
  321. contig-id VisibleString, -- Id of contig when naming files for refSNPs x contig
  322. locations SET OF NSE-rsMaploc, -- set of all valid locations for variation on contig
  323. accession VisibleString OPTIONAL, -- Accession number of the contig
  324. version INTEGER OPTIONAL, -- version number of the contig
  325. chromosome VisibleString OPTIONAL -- Chromosome number
  326. }
  329. NSE-rsMaploc ::= SEQUENCE { -- Position of a single hit of a variation on a contig
  330. asn-from INTEGER, -- beginning of variation as feature on contig SNPContigLoc.asn_from
  331. asn-to INTEGER, -- end of variation as feature on contig SNPContigLoc.asn_to
  332. loc-type ENUMERATED { -- defines the seq-loc symbol if asn_from != asn_to SNPContigLoc.loc_type
  333. range (1), -- asn-from < asn-to  write as "asn-from..asn-to"
  334. exact (2), -- asn-from = asn-to write as "asn-from"
  335. between (3) }, -- asn-to = asn-from+1 write as "asn-from^asn-to"
  336. hit-quality ENUMERATED {
  337. high (1), -- if SNPContigLoc.proc_status = 0 (high quality hit)
  338. loose (2),  -- if SNPContigLoc.proc_status = 1 (lower quality hit admits dirty flanks)
  339. dense (3) } OPTIONAL,  -- if SNPContigLoc.proc_status = 8 (region of high SNP density like HLA)
  341. orient ENUMERATED { -- orientation of refSNP sequence to contig sequence
  342. forward (1), -- if SNPContigLoc.orientation = 0
  343. reverse (2) } OPTIONAL, -- if SNPContigLoc.orientation = 1
  344. physmap-str  VisibleString OPTIONAL, -- chromosome position of var as seq-loc in # of bases  SNPContigLoc.phys_pos
  345. physmap-int INTEGER OPTIONAL, -- chromosome position as integer for sorting SNPContigLoc.phys_pos_from
  346. fxn-set SET OF NSE-FxnSet OPTIONAL -- functional relationship of SNP (and possibly alleles) to genes at contig location
  347. -- fxn-set analysis is only available for NCBI contig-set
  348. }
  350. NSE-FxnSet ::= SEQUENCE {
  351. locusid INTEGER, -- locus-id of gene as aligned to contig SNPContigLocusId.locus_id
  352. symbol VisibleString OPTIONAL, -- symbol (official if present in LocusLink) of gene SNPContigLocusId.locus_symbol
  353. mrna-acc VisibleString OPTIONAL, -- mRNA accession if variation in transcript SNPContigLocusId.mrna_acc
  354. prot-acc VisibleString OPTIONAL, -- protein accession if variation in coding region interval SNPContigLocusId.protein_acc
  355. fxn-class-contig ENUMERATED {
  356. locus-region (1), -- variation in region of gene, but not in transcript SNPContigLocusId.fxn_class
  357. coding (2), -- variation in coding region of gene, assigned if allele-specific class unknown 
  358. coding-synon (3), -- no change in peptide for allele with respect to contig seq  **allele-specific class**
  359. coding-nonsynon (4), -- change in peptide with respect to contig sequence  **allele-specific class**
  360. mrna-utr (5), -- variation in transcript, but not in coding region interval
  361. intron (6), -- variation in intron, but not in first 2 or last 2 bases of intron
  362. splice-site (7),  -- variation in first 2 or last to bases of intron
  363. reference (8),  -- allele observed in reference contig sequence  **allele-specific class**
  364. exception (9) -- variation in coding region with exception raised on
  365. -- alignment. This occurs when protein with gap in sequence
  366. -- is aligned back to contig sequence. variations 3' of
  367. -- the gap have undefined functional inference.
  368. } ,
  369. reading-frame INTEGER OPTIONAL, -- position of variation in reading frame of transcript SNPContigLocusId.reading_Frame
  370. allele VisibleString OPTIONAL, -- allele, * denotes allele observed in contig sequence SNPContigLocusId.allele
  371. residue VisibleString OPTIONAL, -- translated amino acid residue for allele SNPContigLocusId.residue
  372. aa-position INTEGER OPTIONAL -- position of the variant residue in peptide sequence SNPContigLocusId.aa_position
  373. }
  376. NSE-rsSeqHit ::= SEQUENCE { -- Properties of individual mapping result from finished & draft sequences
  377. accession VisibleString, -- Accession of the sequence 
  378. version INTEGER OPTIONAL, -- version number of the sequence (reports most recent ver.) 
  379. loc SET OF NSE-SeqLoc -- set of all valid locations on accession
  380. }
  384. NSE-SeqLoc ::= SEQUENCE {
  385. asn-from INTEGER, -- beginning position of variation on sequence
  386. asn-to INTEGER OPTIONAL, -- end position of variation on sequence
  387. loc-type ENUMERATED {
  388. range  (1), -- asn-from < asn-to: write as "asn-from..asn-to"
  389. exact (2), -- asn-from = asn-to: write as "asn-from"
  390. between (3)  -- asn-from = asn-to - 1: write as "asn-from^asn-to"
  391. } OPTIONAL,
  392. source-db ENUMERATED {
  393. ref-mrna (1), -- NCBI RefSeq mRNA
  394. gb-sts (2), -- GenBank STS division
  395. gb-mrna (4), -- Genbank mrna
  396. ref-genome(5), -- NCBI RefSeq genomic
  397. gb-small (6), -- Genbank genomic < 30kb in length
  398. hgs-finish (10), -- genome sequence, finished
  399. hgs-draft (11), -- genome sequence, draft
  400. bes (12)  -- BAC-end sequence
  401. } OPTIONAL,
  402.         orient ENUMERATED {
  403.                 forward (1),                    -- if MapLink.orientation = 0
  404.                 reverse (2) } OPTIONAL          -- if MapLink.orientation = 1
  405. }
  408. NSE-rsLocusID ::= SEQUENCE {
  409. locus-id INTEGER,
  410. url-id INTEGER DEFAULT 3,
  411. symbol VisibleString OPTIONAL,
  412. fxn-class-mrna ENUMERATED { -- these values are the same encoding as Fxn-Set.fxn-class (above)
  413. locus-region (1),
  414. coding (2),
  415. coding-synon (3),
  416. coding-nonsynon (4),
  417. mrna-UTR (5),
  418. intron (6),
  419. splice-site (7),
  420. reference (8),
  421. exception       (9) 
  422. } OPTIONAL
  423. }
  425. NSE-rsStruct ::= SEQUENCE {
  426. prot-acc VisibleString,             -- accession of the protein with variation (SNP3D.protein_acc)
  427. prot-gi INTEGER,                    -- GI of the protein with variation (SNP3D.master_gi)
  428.      prot-loc INTEGER,                   -- position of the residue for the protein GI (SNP3D.aa_position)
  429.      prot-res VisibleString,             -- residue specified for protein at prot-loc location (SNP3D.contig_res)
  430.      rs-res VisibleString,               -- alternative residue specified by variation sequence (SNP3D.var_res)
  431. struct-gi INTEGER,                  -- GI of the structure neighbor (SNP3D.neighbor_gi)
  432. struct-loc INTEGER,                 -- position of the residue for the structure GI (SNP3D.neighbor_pos)
  433. struct-res VisibleString            -- residue specified for protein at struct-loc location (SNP3D.neighbor_res)
  434. }
  436.    
  437. NSE-rsUnigene ::= SEQUENCE {
  438. cluster-id INTEGER,    -- unigene_cid from UnigeneSnp
  439. gi-set SET OF INTEGER    -- list of gi's per unigene cluster
  440. } 
  444. NSE-ss-popinfo ::= SEQUENCE {
  445.   type VisibleString,  -- batch type (HET, ALLE) SubPop.type
  446. handle VisibleString,               -- submitter抯 handle
  447. batch-id INTEGER,
  448. pop-name VisibleString, -- submitter population ID SubPop.loc_pop_id
  449. pop-id INTEGER, -- dbSNP population ID SubPop.pop_id
  450. pop-class VisibleString OPTIONAL,  --dbSNP population class
  451. samplesize INTEGER OPTIONAL, -- sample size SubPop.samplesize                    
  452.   sub-het REAL OPTIONAL, -- submitted heterozygosity SubPop.sub_heterozygosity
  453. est-het REAL OPTIONAL, -- estimated heterogygosity SubPop.est_heterozygosity
  454.   est-het-se-sq REAL OPTIONAL, -- est het std. error
  455. sub-het-se-sq REAL OPTIONAL, -- submitted het std. error
  456. allele-info SET OF NSE-alleleinfo OPTIONAL  -- allele frequency data, genotype frequency data 
  457.                                                      -- available in Genotype Report
  458. }
  462. NSE-alleleinfo ::= SEQUENCE {
  463. snp-allele  VisibleString OPTIONAL, -- allele if ACTG                        
  464. other-allele VisibleString OPTIONAL, -- all other cases
  465.   freq REAL OPTIONAL, -- frequency as percentage
  466. count REAL OPTIONAL -- frequency as count
  467. }
  470. NSE-Date ::= CHOICE {
  471.     str VisibleString ,         -- for those unparsed dates
  472.     std NSE-Date-std }              -- use this if you can
  474. NSE-Date-std ::= SEQUENCE {         -- NOTE: this is NOT a unix tm struct
  475.     year INTEGER ,              -- full year (including 1900)
  476.     month INTEGER OPTIONAL ,    -- month (1-12)
  477.     day INTEGER OPTIONAL ,      -- day of month (1-31)
  478.     season VisibleString OPTIONAL }   -- for "spring", "may-june", etc
  480. END
  482. -- $Log: docsum.asn,v $
  483. -- Revision 1000.1  2004/06/01 19:31:58  gouriano
  484. -- PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.42
  485. --
  486. -- Revision 1.42  2004/05/27 18:15:35  kholodov
  487. -- Modified: allele info moved to popinfo structure
  488. --
  489. -- Revision 1.41  2004/05/24 18:38:34  kholodov
  490. -- Changed val-hapmap to validated-by-hapmap
  491. --
  492. -- Revision 1.40  2004/05/24 14:07:44  kholodov
  493. -- Added: val-hapmap field
  494. --
  495. -- Revision 1.39  2003/10/15 14:24:33  kholodov
  496. -- Modified: sequences now optional for NSE-rs
  497. --
  498. -- Revision 1.38  2003/09/22 20:14:58  kholodov
  499. -- Added: copyright notice
  500. --
  501. -- Revision 1.37  2003/07/09 19:36:33  kholodov
  502. -- Syntax error fixed
  503. --
  504. -- Revision 1.36  2003/07/09 18:10:39  sherry
  505. -- *** empty log message ***
  506. --
  507. -- Revision 1.35  2002/12/03 20:18:51  kholodov
  508. -- Modified: validation status is represented by 4 boolean values
  509. --
  510. -- Revision 1.34  2002/09/03 20:09:59  kholodov
  511. -- Added moltype for rs and ss, create-build, update-build for rs
  512. --
  513. -- Revision 1.33  2002/06/12 14:02:54  kholodov
  514. -- sts-info and unigene-info added
  515. --
  516. -- Revision 1.32  2002/04/12 13:53:14  kholodov
  517. -- Fixed wrong type name NSE-date to NSE-Date
  518. --
  519. -- Revision 1.31  2002/04/11 20:40:41  sherry
  520. -- added NSE-ss linkout-url, validation status; NSE-rs create-date, update-date; NSE-popinfo pop-class, and new section NSE-rsStruct with 3D structure data
  521. --
  522. -- Revision 1.30  2002/03/15 16:39:58  sherry
  523. -- added subsnp method-class and dbSNP-build-id
  524. --
  525. -- Revision 1.29  2002/01/22 16:27:16  kholodov
  526. -- Fixed syntax bug
  527. --
  528. -- Revision 1.27  2002/01/18 19:20:29  sherry
  529. -- added dense option to hit-quality for SNPs mapped to dense regions like HLA
  530. --
  531. -- Revision 1.26  2001/11/28 21:41:42  sherry
  532. -- correction to golden path (UCSC) contig hits
  533. --
  534. -- Revision 1.25  2001/11/28 20:58:42  sherry
  535. -- added UCSC mapping coordinates, and added amino-acid position to function-set
  536. --
  537. -- Revision 1.24  2001/08/21 14:52:56  sherry
  538. -- added subsnp-class (8) = mnp for multiple nucleotide polymorphisms with alleles of common length > 1 bp
  539. --
  540. -- Revision 1.23  2001/08/20 20:27:57  sherry
  541. -- added source-db (5) for RefSeq-genomic and ncbi-build-id for build number of genome mapping data
  542. --
  543. -- Revision 1.22  2001/08/20 20:19:45  sherry
  544. -- source-db (2) defined for GenBank STS division
  545. --
  546. -- Revision 1.21  2001/08/03 14:29:11  sherry
  547. -- added snp-class 'mnp' for variants with allele length > 1
  548. --
  549. -- Revision 1.20  2001/07/11 13:08:05  sherry
  550. -- typo correction and clarification of fxn-class names to fxn-class-contig and fxn-class-mrna
  551. --
  552. -- Revision 1.19  2001/06/08 14:18:59  sherry
  553. --  added exception value (9) to fxn-set
  554. --
  555. -- Revision 1.18  2001/05/02 15:11:19  kholodov
  556. -- Fixed: NSE-ss::orient: refersed -> reversed.
  557. --
  558. -- Revision 1.17  2001/05/01 14:23:44  sherry
  559. -- added seq-ss-exemplar and NSE-ss.orient to report orientation of cluster members to NSE-rs and its exemplar sequence, NSE-rs.seq-ss-exemplar.
  560. --
  561. -- Revision 1.16  2001/04/30 15:21:21  sherry
  562. -- added reference fxn-class if SNP allele is observed on reference contig sequence
  563. --
  564. -- Revision 1.15  2001/04/09 14:21:31  sherry
  565. -- additional documentation regarding refSNP flanking sequence: lowercase for repetititve regions and segmentation of long flanking sequences
  566. --
  567. -- Revision 1.14  2001/03/23 16:17:44  sherry
  568. -- removed unnecessary samplesize from NSE-Pop.. data in NSE-ss-popinfo
  569. --
  570. -- Revision 1.13  2001/03/23 14:10:22  sherry
  571. -- added samplesize to NSE-Pop
  572. --
  573. -- Revision 1.12  2001/03/22 14:04:54  sherry
  574. -- strain added to NSE-Assay
  575. --
  576. -- Revision 1.11  2001/02/01 17:53:01  sherry
  577. -- added MapLinkArchive to Table Source for sequence-mapset
  578. --
  579. -- Revision 1.10  2001/02/01 14:30:45  sherry
  580. -- added orientation to NSE-SeqLoc
  581. --
  582. -- Revision 1.9  2000/12/19 22:32:11  sherry
  583. -- added orientation/hit quality to contig hits, added source database to genbank hits
  584. --
  585. -- Revision 1.8  2000/12/19 22:19:48  sherry
  586. -- added subsnp frequency data and refsnp function via contig annotation
  587. --
  588. -- Revision 1.7  2000/12/05 19:19:57  kholodov
  589. -- Minor errors fixed
  590. --
  591. -- Revision 1.6  2000/12/05 17:06:35  sherry
  592. -- merged docsum.asn and export.asn in this version for a single data structure that can be populated as a brief-set (to emulate docsum.asn) or as a full-set for data exchange (to emulate exchange.asn)
  593. --
  594. --
  595. -- ###
  596. -- ### Revisions to earlier versions of exchange.asn
  597. -- ###
  598. --
  599. -- Revision exchange.asn 1.10  2000/11/03 15:26:41  sherry
  600. -- added subsnp-id to export.asn and made loc-snp-id optional in both export.asn and docsum.asn
  601. --
  602. -- Revision exchange.asn 1.9  2000/11/02 20:58:14  kholodov
  603. -- fixed incorrect field name
  604. --
  605. -- Revision exchange.asn 1.8  2000/10/18 22:07:11  sherry
  606. -- added XML version number and dbSNP_build number to ExchangeSet
  607. --
  608. -- Revision exchange.asn 1.7  2000/10/13 16:08:20  kholodov
  609. -- added commented CVS log
  610. --
  611. -- ###
  612. -- ### Revisions to earlier versions of docsum.asn
  613. -- ###
  614. --
  615. -- Revision docsum.asn 1.5  2000/11/03 15:26:41  sherry
  616. -- added subsnp-id to export.asn and made loc-snp-id optional in both export.asn and docsum.asn
  617. --
  618. -- Revision docsum.asn 1.4  2000/10/20 19:21:41  sherry
  619. -- added ambiguousloc and lowmapquality to legal withdrawn reasons
  620. --
  621. -- Revision docsum.asn 1.3  2000/08/24 14:47:53  sherry
  622. -- added subsnp-class and mixed snp-class type
  623. --
  624. --08/23/00: changed source of NCBI-RefSNPDocsum.taxid to new taxid column in SNP table
  625. -- added NCBI-RefSNPDocsum.snp-class type (7) for cases of mixed subsnp-class in single refSNP (none currently in database)
  626. -- added NCBI-subsnp-id.subsnp-class to define allele class for subSNP as well as SNP
  627. --06/20/00: Added 'duplicatesub' and 'NotSpecified' as WITHDRAWN reason for snp-type
  628. --05/22/00: Added splice to fxn-class, 
  629. -- added map coordinates in contig component coordinates (RefSNPSeqHit),
  630. -- changed RefSNPMaphit to RefSNPContigHit
  631. --04/18/00: Added subsnp set membership, flanking sequence
  632. --03/22/00: Added changes to fxn-class and validated
  633. --03/01/00: Added het-SE for standard error of mean heterozygosity
  634. --02/09/00:     Added unigene/UID/loc_cnt
  635. --02/08/00: Added mapping, fixed taxid, mapstring definitions
  636. --02/03/00:  Added RefSNP Docsum definitions
  637. -- Short version of ASN1 for development of genome annotation code