id1.asn
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. --
  2. -- ===========================================================================
  3. -- PRODUCTION $Log: id1.asn,v $
  4. -- PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 21:16:22  gouriano
  5. -- PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.12
  6. -- PRODUCTION
  7. -- ===========================================================================
  8. --
  9. --$Revision: 1000.0 $
  10. --********************************************************************
  11. --
  12. --  Network Id server network access
  13. --  Yaschenko 1996
  14. --
  15. --
  16. --*********************************************************************
  17. --
  18. --  ID1.asn
  19. --
  20. --     messages for id server network access
  21. --
  22. --*********************************************************************
  23. NCBI-ID1Access DEFINITIONS ::=
  24. BEGIN
  25. IMPORTS Seq-id FROM NCBI-Seqloc
  26. Seq-entry FROM NCBI-Seqset
  27. Seq-hist  FROM NCBI-Sequence;
  28.         --**********************************
  29.         -- requests
  30.         --
  31. ID1server-request ::= CHOICE {
  32. init NULL ,             -- DlInit
  33. getgi Seq-id ,          -- get a gi given a Seq-id
  34. getsefromgi ID1server-maxcomplex ,   -- given a gi, get the Seq-entry
  35. fini NULL,               -- DlFini
  36. getseqidsfromgi INTEGER, --get all Seq-ids of given gi
  37. getgihist INTEGER, --get an historical list of gis 
  38. getgirev INTEGER, --get a revision history of gi
  39. getgistate INTEGER,  --get a state of gi
  40. getsewithinfo ID1server-maxcomplex,
  41. getblobinfo ID1server-maxcomplex
  42. }
  43. --  Complexity stuff will be for ID1
  44. ID1server-maxcomplex ::= SEQUENCE {
  45. maxplex Entry-complexities ,
  46. gi INTEGER ,
  47. ent INTEGER OPTIONAL, -- needed when you want to retrieve a given ent
  48. sat VisibleString OPTIONAL  -- satellite 0-id,1-dbEST
  49. }
  50. Entry-complexities ::= INTEGER {
  51. entry (0) ,              -- the "natural" entry for this (nuc-prot) 
  52. bioseq (1) ,             -- only the bioseq identified
  53. bioseq-set (2) ,         -- any seg-set it may be part of
  54. nuc-prot (3) ,           -- any nuc-prot it may be part of
  55. pub-set (4) 
  56. }
  57. ID1Seq-hist ::= SEQUENCE {
  58. hist Seq-hist
  59. }
  60. ID1server-back ::= CHOICE {
  61. init NULL ,                 -- DlInit
  62. error INTEGER ,
  63. gotgi INTEGER ,                 
  64. gotseqentry  Seq-entry,  -- live
  65. gotdeadseqentry  Seq-entry,  -- dead
  66.                 fini NULL,                  -- DlFini
  67. gistate INTEGER,
  68. ids SET OF Seq-id,
  69. gihist SET OF ID1Seq-hist,  -- because hand crafted Seq-hist does not follow 
  70.                              -- same conventions 
  71. girevhist SET OF ID1Seq-hist,
  72. gotsewithinfo   ID1SeqEntry-info,
  73. gotblobinfo ID1blob-info
  74. }
  75. ID1server-debug ::= SET OF ID1server-back
  76. ID1blob-info ::= SEQUENCE {
  77. gi INTEGER ,
  78. sat INTEGER,
  79.                 sat-key INTEGER,
  80.                 satname VisibleString,
  81. suppress INTEGER,
  82. withdrawn INTEGER,
  83. confidential INTEGER,
  84.                 -- blob-state now contains blob version info.
  85.                 -- it's actually minutes from 01/01/1970
  86.                 -- and it's negative if blob is dead.
  87. blob-state INTEGER,
  88.                 comment         VisibleString OPTIONAL, -- public comment for withdrawn record 
  89. extfeatmask INTEGER       OPTIONAL  -- mask for external features (SNP,...)
  90. }
  91. ID1SeqEntry-info ::= SEQUENCE {
  92. blob-info ID1blob-info,
  93. blob Seq-entry OPTIONAL
  94. }
  95. END