开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
Genetic_code_table.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：26k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

Genetic_code_table.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Genetic_code_table.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:33:54  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.17
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: Genetic_code_table.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:33:54 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  .......
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   .......
  39.  *
  40.  * Remark:
  41.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  42.  *   using specifications from the ASN data definition file
  43.  *   'seqfeat.asn'.
  44.  */
  46. // standard includes
  47. #include <ncbi_pch.hpp>
  48. #include <serial/serial.hpp>
  49. #include <serial/objistr.hpp>
  50. #include <corelib/ncbithr.hpp>
  52. // generated includes
  53. #include <objects/seqfeat/Genetic_code_table.hpp>
  55. // generated classes
  57. BEGIN_NCBI_SCOPE
  59. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  61. // destructor
  62. CGenetic_code_table::~CGenetic_code_table(void)
  63. {
  64. }
  66. // genetic code translation tables
  68. // destructor
  69. CTrans_table::~CTrans_table(void)
  70. {
  71. }
  73. // translation finite state machine base codes - ncbi4na
  74. enum EBaseCode {
  75.     eBase_gap = 0,
  76.     eBase_A,      /* A    */
  77.     eBase_C,      /* C    */
  78.     eBase_M,      /* AC   */
  79.     eBase_G,      /* G    */
  80.     eBase_R,      /* AG   */
  81.     eBase_S,      /* CG   */
  82.     eBase_V,      /* ACG  */
  83.     eBase_T,      /* T    */
  84.     eBase_W,      /* AT   */
  85.     eBase_Y,      /* CT   */
  86.     eBase_H,      /* ACT  */
  87.     eBase_K,      /* GT   */
  88.     eBase_D,      /* AGT  */
  89.     eBase_B,      /* CGT  */
  90.     eBase_N       /* ACGT */
  91. };
  93. // static instances of single copy translation tables common to all genetic codes
  94. int   CTrans_table::sm_NextState  [4097];
  95. int   CTrans_table::sm_RvCmpState [4097];
  96. int   CTrans_table::sm_BaseToIdx  [256];
  98. // initialize base conversion, next state, and reverse complement state tables
  99. void CTrans_table::x_InitFsaTable (void)
  100. {
  101.     char         ch;
  102.     int          i, j, k, p, q, r, nx, st;
  103.     static char  charToBase [17] = "-ACMGRSVTWYHKDBN";
  104.     static char  baseToComp [17] = "-TGKCYSBAWRDMHVN";
  106.     // illegal characters map to 0
  107.     for (i = 0; i < 256; i++) {
  108.         sm_BaseToIdx [i] = 0;
  109.     }
  111.     // map iupacna alphabet to EBaseCode
  112.     for (i = eBase_gap; i <= eBase_N; i++) {
  113.         ch = charToBase [i];
  114.         sm_BaseToIdx [(int) ch] = i;
  115.         ch = tolower (ch);
  116.         sm_BaseToIdx [(int) ch] = i;
  117.     }
  118.     sm_BaseToIdx [(int) 'U'] = eBase_T;
  119.     sm_BaseToIdx [(int) 'u'] = eBase_T;
  120.     sm_BaseToIdx [(int) 'X'] = eBase_N;
  121.     sm_BaseToIdx [(int) 'x'] = eBase_N;
  123.     // also map ncbi4na alphabet to EBaseCode
  124.     for (i = eBase_gap; i <= eBase_N; i++) {
  125.         sm_BaseToIdx [(int) i] = i;
  126.     }
  128.     // treat state 0 as already having seen NN,
  129.     // avoiding single and double letter states
  130.     sm_NextState [0] = 4081;
  131.     sm_RvCmpState [0] = 4096;
  133.     // states 1 through 4096 are triple letter states (---, --A, ..., NNT, NNN)
  134.     for (i = eBase_gap, st = 1; i <= eBase_N; i++) {
  135.         for (j = eBase_gap, nx = 1; j <= eBase_N; j++) {
  136.             for (k = eBase_gap; k <= eBase_N; k++, st++, nx += 16) {
  137.                 sm_NextState [st] = nx;
  138.                 p = sm_BaseToIdx [(int) (Uint1) baseToComp [k]];
  139.                 q = sm_BaseToIdx [(int) (Uint1) baseToComp [j]];
  140.                 r = sm_BaseToIdx [(int) (Uint1) baseToComp [i]];
  141.                 sm_RvCmpState [st] = 256 * p + 16 * q + r + 1;
  142.             }
  143.         }
  144.     }
  145. }
  147. // initialize genetic code specific translation tables
  148. void CTrans_table::x_InitFsaTransl (const string *ncbieaa,
  149.                                     const string *sncbieaa) const
  150. {
  151.     char        ch, aa, orf;
  152.     bool        go_on;
  153.     int         i, j, k, p, q, r, x, y, z, st, cd;
  154.     static int  expansions [4] = {eBase_A, eBase_C, eBase_G, eBase_T};
  155.                                 // T = 0, C = 1, A = 2, G = 3
  156.     static int  codonIdx [9] = {0, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0};
  158.     // return if unable to find ncbieaa and sncbieaa strings
  159.     if (ncbieaa == 0 || sncbieaa == 0) return;
  161.     // also check length of ncbieaa and sncbieaa strings
  162.     if (ncbieaa->size () != 64 || sncbieaa->size () != 64) return;
  164.     // ambiguous codons map to unknown amino acid or not start
  165.     for (i = 0; i <= 4096; i++) {
  166.         m_AminoAcid [i] = 'X';
  167.         m_OrfStart [i] = '-';
  168.     }
  170.     // lookup amino acid for each codon in genetic code table
  171.     for (i = eBase_gap, st = 1; i <= eBase_N; i++) {
  172.         for (j = eBase_gap; j <= eBase_N; j++) {
  173.             for (k = eBase_gap; k <= eBase_N; k++, st++) {
  174.                 aa = '';
  175.                 orf = '';
  176.                 go_on = true;
  178.                 // expand ambiguous IJK nucleotide symbols into component bases XYZ
  179.                 for (p = 0; p < 4 && go_on; p++) {
  180.                     x = expansions [p];
  181.                     if ((x & i) != 0) {
  182.                         for (q = 0; q < 4 && go_on; q++) {
  183.                             y = expansions [q];
  184.                             if ((y & j) != 0) {
  185.                                 for (r = 0; r < 4 && go_on; r++) {
  186.                                     z = expansions [r];
  187.                                     if ((z & k) != 0) {
  189.                                         // calculate offset in genetic code string
  191.                                         // the T = 0, C = 1, A = 2, G = 3 order is
  192.                                         // necessary because the genetic code strings
  193.                                         // are presented in TCAG order in printed tables
  194.                                         // and in the genetic code strings
  195.                                         cd = 16 * codonIdx [x] + 4 * codonIdx [y] + codonIdx [z];
  197.                                         // lookup amino acid for codon XYZ
  198.                                         ch = (*ncbieaa) [cd];
  199.                                         if (aa == '') {
  200.                                             aa = ch;
  201.                                         } else if (aa != ch) {
  202.                                             // allow Asx (Asp or Asn) and Glx (Glu or Gln)
  203.                                             if ((aa == 'B' || aa == 'D' || aa == 'N') &&
  204.                                                 (ch == 'D' || ch == 'N')) {
  205.                                                 aa = 'B';
  206.                                             } else if ((aa == 'Z' || aa == 'E' || aa == 'Q') &&
  207.                                                        (ch == 'E' || ch == 'Q')) {
  208.                                                 aa = 'Z';
  209.                                             } else {
  210.                                                 aa = 'X';
  211.                                             }
  212.                                         }
  214.                                         // lookup translation start flag
  215.                                         ch = (*sncbieaa) [cd];
  216.                                         if (orf == '') {
  217.                                             orf = ch;
  218.                                         } else if (orf != ch) {
  219.                                             orf = 'X';
  220.                                         }
  222.                                         // drop out of loop as soon as answer is known
  223.                                         if (aa == 'X' && orf == 'X') {
  224.                                             go_on = false;
  225.                                         }
  226.                                     }
  227.                                 }
  228.                             }
  229.                         }
  230.                     }
  231.                 }
  233.                 // assign amino acid and orf start
  234.                 if (aa != '') {
  235.                     m_AminoAcid [st] = aa;
  236.                 }
  237.                 if (orf != '') {
  238.                     m_OrfStart [st] = orf;
  239.                 }
  240.             }
  241.         }
  242.     }
  243. }
  245. // implementation class for genetic code table and translation tables
  247. class CGen_code_table_imp : public CObject
  248. {
  249. public:
  250.     // constructor
  251.     CGen_code_table_imp(void);
  252.     // destructor
  253.     ~CGen_code_table_imp(void);
  255.     // return initialized translation table given genetic code
  256.     const CTrans_table& GetTransTable (int  gc);
  257.     const CTrans_table& GetTransTable (const CGenetic_code& gc);
  259.     // return single copy loaded genetic code table for iteration
  260.     const CGenetic_code_table& GetCodeTable (void);
  262.     const string& GetNcbieaa(int id) const;
  263.     const string& GetNcbieaa(const CGenetic_code& gc) const;
  264.     
  265.     const string& GetSncbieaa(int id) const;
  266.     const string& GetSncbieaa(const CGenetic_code& gc) const;
  268. private:
  269.     // genetic code table data
  270.     CRef <CGenetic_code_table> m_GcTable;
  272.     // typedefs
  273.     typedef vector< CRef< CTrans_table > > TTransTablesById;
  275.     // translation tables
  276.     TTransTablesById  m_TransTablesById;
  278.     // local copy of genetic code table ASN.1
  279.     static const char * sm_GenCodeTblMemStr [];
  280. };
  282. // single instance of implementation class is initialized before Main
  283. auto_ptr<CGen_code_table_imp> CGen_code_table::sm_Implementation;
  285. void CGen_code_table::x_InitImplementation()
  286. {
  287.     DEFINE_STATIC_FAST_MUTEX(s_Implementation_mutex);
  289.     CFastMutexGuard   LOCK(s_Implementation_mutex);
  290.     if ( !sm_Implementation.get() ) {
  291.         sm_Implementation.reset(new CGen_code_table_imp());
  292.     }
  293. }
  296. // public access functions
  298. const CTrans_table& CGen_code_table::GetTransTable (int id)
  299. {
  300.     return x_GetImplementation().GetTransTable (id);
  301. }
  304. const CTrans_table& CGen_code_table::GetTransTable(const CGenetic_code& gc)
  305. {
  306.     return x_GetImplementation().GetTransTable(gc);
  307. }
  310. const CGenetic_code_table& CGen_code_table::GetCodeTable(void)
  311. {
  312.     return x_GetImplementation().GetCodeTable();
  313. }
  316. const string& CGen_code_table::GetNcbieaa(int id)
  317. {
  318.     return x_GetImplementation().GetNcbieaa(id);
  319. }
  322. const string& CGen_code_table::GetNcbieaa(const CGenetic_code& gc)
  323. {
  324.     return x_GetImplementation().GetNcbieaa(gc);
  325. }
  328. const string& CGen_code_table::GetSncbieaa(int id) 
  329. {
  330.     return x_GetImplementation().GetSncbieaa(id);
  331. }
  334. const string& CGen_code_table::GetSncbieaa(const CGenetic_code& gc)
  335. {
  336.     return x_GetImplementation().GetSncbieaa(gc);
  337. }
  340. string CGen_code_table::IndexToCodon(int index)
  341. {
  342.     if ( index < 0 || index > 63 ) return CNcbiEmptyString::Get();
  344.     static char na[4] = { 'T', 'C', 'A', 'G' };    
  345.     string codon;
  346.     codon.resize(3);
  347.     int total = index;
  348.     int div = 16;
  349.     for ( int i = 0; i < 3; ++i ) {
  350.         int j = total / div;
  351.         codon[i] = na[j];
  352.         total -= div * j;
  353.         div /= 4;
  354.     }
  356.     return codon;
  357. }
  360. int CGen_code_table::CodonToIndex(char base1, char base2, char base3)
  361. {
  362.     string codon;
  363.     codon.insert(codon.end(), base1);
  364.     codon.insert(codon.end(), base2);
  365.     codon.insert(codon.end(), base3);
  367.     return CodonToIndex(codon);
  368. }
  371. static bool s_ValidCodon(const string& codon) 
  372. {
  373.     if ( codon.length() != 3 ) return false;
  374.     
  375.     for ( int i = 0; i < 3; ++i ) {
  376.         char ch = toupper(codon[i]);
  377.         if ( ch != 'A' && ch != 'G' && ch != 'C' && ch != 'T'  && ch != 'U' ) {
  378.             return false;
  379.         }
  380.     }
  381.     return true;
  382. }
  385. int CGen_code_table::CodonToIndex(const string& codon)
  386. {
  387.     if ( !s_ValidCodon(codon) ) return -1;
  388.     
  389.     int weight = 0;
  390.     int index = 0;
  391.     int mul = 16;
  392.     for ( int i = 0; i < 3; ++i ) {
  393.         switch ( toupper(codon[i]) ) {
  394.         case 'A' :
  395.             weight = 2;
  396.             break;
  397.         case 'C' :
  398.             weight = 1;
  399.             break;
  400.         case 'G' :
  401.             weight = 3;
  402.             break;
  403.         case 'T' :
  404.         case 'U' :
  405.             weight = 0;
  406.             break;
  407.         }
  409.         index += mul * weight;
  410.         mul /= 4;
  411.     }
  413.     return index;
  414. }
  418. // constructor
  419. CGen_code_table_imp::CGen_code_table_imp(void)
  420. {
  421.     // initialize common CTrans_table tables
  422.     CTrans_table::x_InitFsaTable ();
  424.     // Compose a long-long string
  425.     string str;
  426.     for (size_t i = 0;  sm_GenCodeTblMemStr [i];  i++) {
  427.         str += sm_GenCodeTblMemStr [i];
  428.     }
  430.     // create an in memory stream on sm_GenCodeTblMemStr
  431.     CNcbiIstrstream is(str.c_str(), str.length());
  432.     auto_ptr<CObjectIStream>
  433.         asn_codes_in(CObjectIStream::Open(eSerial_AsnText, is));
  435.     // read single copy of genetic-code table
  436.     m_GcTable = new CGenetic_code_table;
  437.     *asn_codes_in >> *m_GcTable;
  438. }
  440. // destructor
  441. CGen_code_table_imp::~CGen_code_table_imp(void)
  442. {
  443. }
  445. // constructor
  446. CTrans_table::CTrans_table(const CGenetic_code& gc)
  447. {
  448.     const string * ncbieaa  = 0;
  449.     const string * sncbieaa = 0;
  451.     // find amino acid and orf start strings given genetic code instance
  452.     ITERATE (CGenetic_code::Tdata, gcd, gc.Get ()) {
  453.         switch ((*gcd)->Which ()) {
  454.             case CGenetic_code::C_E::e_Ncbieaa :
  455.                 ncbieaa = & (*gcd)->GetNcbieaa ();
  456.                 break;
  457.             case CGenetic_code::C_E::e_Sncbieaa :
  458.                 sncbieaa = & (*gcd)->GetSncbieaa ();
  459.                 break;
  460.             default:
  461.                 break;
  462.         }
  463.     }
  465.     // throw exception if unable to find ncbieaa and sncbieaa strings
  466.     if (ncbieaa == 0 || sncbieaa == 0) {
  467.         NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  468.                     "Could not find ncbieaa and sncbieaa");
  469.     }
  471.     // initialize translation table for this genetic code instance
  472.     x_InitFsaTransl (ncbieaa, sncbieaa);
  473. }
  475. const CTrans_table& CGen_code_table_imp::GetTransTable (int id)
  476. {
  477.     _ASSERT(id >= 0);
  479.     // look for already created translation table
  480.     if ( size_t(id) < m_TransTablesById.size ()) {
  481.         CRef< CTrans_table> tbl = m_TransTablesById [id];
  482.         if (tbl != 0) {
  483.          // already in list, already initialized, so return
  484.             return *tbl;
  485.         }
  486.     }
  488.     // this mutex is automatically freed when the function exits
  489.     DEFINE_STATIC_FAST_MUTEX(mtx);
  490.     CFastMutexGuard   LOCK (mtx);
  492.     // test again within mutex lock to see if another thread was just adding it
  493.     if ( size_t(id) < m_TransTablesById.size ()) {
  494.         CRef< CTrans_table> tbl = m_TransTablesById [id];
  495.         if (tbl != 0) {
  496.          // already in list, already initialized, so return
  497.             return *tbl;
  498.         }
  499.     }
  501.     // now look for the genetic code and initialize the translation table
  502.     ITERATE (CGenetic_code_table::Tdata, gcl, m_GcTable->Get ()) {
  503.         ITERATE (CGenetic_code::Tdata, gcd, (*gcl)->Get ()) {
  504.             if ((*gcd)->IsId ()  &&  (*gcd)->GetId () == id) {
  506.              // found proper genetic code, so create new trans table
  507.              CRef< CTrans_table> tbl(new CTrans_table (**gcl));
  509.              // extend size of translation table list, if necessary
  510.              if ( size_t(id) >= m_TransTablesById.size ()) {
  511.                  m_TransTablesById.resize (id + 1);
  512.              }
  514.              // add new table to list of translation tables
  515.              m_TransTablesById [id] = tbl;
  517.              return *tbl;
  518.             }
  519.         }
  520.     }
  522.     // throw exception if failure
  523.     NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  524.                 "Unable to find genetic code number " +
  525.                 NStr::IntToString (id));
  526. }
  528. const CTrans_table& CGen_code_table_imp::GetTransTable (const CGenetic_code& gc)
  529. {
  530.     const string * ncbieaa  = 0;
  531.     const string * sncbieaa = 0;
  533.     ITERATE (CGenetic_code::Tdata, gcd, gc.Get ()) {
  534.         switch ((*gcd)->Which ()) {
  535.             case CGenetic_code::C_E::e_Id :
  536.             {
  537.                 // lookup table by ID
  538.                 int id = (*gcd)->GetId ();
  539.                 return GetTransTable (id);
  540.             }
  541.             case CGenetic_code::C_E::e_Ncbieaa :
  542.                 ncbieaa = & (*gcd)->GetNcbieaa ();
  543.                 break;
  544.             case CGenetic_code::C_E::e_Sncbieaa :
  545.                 sncbieaa = & (*gcd)->GetSncbieaa ();
  546.                 break;
  547.             default:
  548.                 break;
  549.         }
  550.     }
  552.     if (ncbieaa != 0  &&  sncbieaa != 0) {
  553.       // return * new CTrans_table (gc);
  555.       NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  556.                   "GetTransTable without ID not yet supported");
  557.     }
  559.     NCBI_THROW (CException, eUnknown,
  560.                 "GetTransTable does not have sufficient information");
  561. }
  563. const CGenetic_code_table & CGen_code_table_imp::GetCodeTable (void)
  564. {
  565.     return *m_GcTable;
  566. }
  569. const string& CGen_code_table_imp::GetNcbieaa(int id) const
  570. {
  571.     ITERATE (CGenetic_code_table::Tdata, gcl, m_GcTable->Get ()) {
  572.         if ( (*gcl)->GetId() == id ) {
  573.             return (*gcl)->GetNcbieaa();
  574.         }
  575.     }
  576.     return CNcbiEmptyString::Get();
  577. }
  580. const string& CGen_code_table_imp::GetNcbieaa(const CGenetic_code& gc) const
  581. {
  582.     return gc.GetNcbieaa();
  583. }
  586. const string& CGen_code_table_imp::GetSncbieaa(int id) const
  587. {
  588.     ITERATE (CGenetic_code_table::Tdata, gcl, m_GcTable->Get ()) {
  589.         if ( (*gcl)->GetId() == id ) {
  590.             return (*gcl)->GetSncbieaa();
  591.         }
  592.     }
  593.     
  594.     return CNcbiEmptyString::Get();
  595. }
  598. const string& CGen_code_table_imp::GetSncbieaa(const CGenetic_code& gc) const
  599. {
  600.     return gc.GetSncbieaa();
  601. }
  604. // standard genetic code
  605. //
  606. // ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG"
  607. // sncbieaa "---M---------------M---------------M----------------------------"
  608. //
  609. // -- Base1  TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG
  610. // -- Base2  TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
  611. // -- Base3  TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
  613. /*
  614.                          Second Position
  615. First      T             C             A             G      Third
  616. -----------------------------------------------------------------
  617.   T   TTT Phe [F]   TCT Ser [S]   TAT Tyr [Y]   TGT Cys [C]   T
  618.       TTC Phe [F]   TCC Ser [S]   TAC Tyr [Y]   TGC Cys [C]   C
  619.       TTA Leu [L]   TCA Ser [S]   TAA Ter [*]   TGA Ter [*]   A
  620.       TTG Leu [L]   TCG Ser [S]   TAG Ter [*]   TGG Trp [W]   G
  621. -----------------------------------------------------------------
  622.   C   CTT Leu [L]   CCT Pro [P]   CAT His [H]   CGT Arg [R]   T
  623.       CTC Leu [L]   CCC Pro [P]   CAC His [H]   CGC Arg [R]   C
  624.       CTA Leu [L]   CCA Pro [P]   CAA Gln [Q]   CGA Arg [R]   A
  625.       CTG Leu [L]   CCG Pro [P]   CAG Gln [Q]   CGG Arg [R]   G
  626. -----------------------------------------------------------------
  627.   A   ATT Ile [I]   ACT Thr [T]   AAT Asn [N]   AGT Ser [S]   T
  628.       ATC Ile [I]   ACC Thr [T]   AAC Asn [N]   AGC Ser [S]   C
  629.       ATA Ile [I]   ACA Thr [T]   AAA Lys [K]   AGA Arg [R]   A
  630.       ATG Met [M]   ACG Thr [T]   AAG Lys [K]   AGG Arg [R]   G
  631. -----------------------------------------------------------------
  632.   G   GTT Val [V]   GCT Ala [A]   GAT Asp [D]   GGT Gly [G]   T
  633.       GTC Val [V]   GCC Ala [A]   GAC Asp [D]   GGC Gly [G]   C
  634.       GTA Val [V]   GCA Ala [A]   GAA Glu [E]   GGA Gly [G]   A
  635.       GTG Val [V]   GCG Ala [A]   GAG Glu [E]   GGG Gly [G]   G
  636. -----------------------------------------------------------------
  637. */
  639. // local copy of gc.prt genetic code table ASN.1
  640. const char * CGen_code_table_imp::sm_GenCodeTblMemStr [] =
  641. {
  642.     "Genetic-code-table ::= {n",
  643.     "{ name "Standard" , name "SGC0" , id 1 ,n",
  644.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  645.     "sncbieaa "---M---------------M---------------M----------------------------" } ,n",
  646.     "{ name "Vertebrate Mitochondrial" , name "SGC1" , id 2 ,n",
  647.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSS**VVVVAAAADDEEGGGG",n",
  648.     "sncbieaa "--------------------------------MMMM---------------M------------" } ,n",
  649.     "{ name "Yeast Mitochondrial" , name "SGC2" , id 3 ,n",
  650.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWTTTTPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  651.     "sncbieaa "----------------------------------MM----------------------------" } ,n",
  652.     "{ name "Mold Mitochondrial; Protozoan Mitochondrial; Coelenteraten",
  653.     "Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma" ,n",
  654.     "name "SGC3" , id 4 ,n",
  655.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  656.     "sncbieaa "--MM---------------M------------MMMM---------------M------------" } ,n",
  657.     "{ name "Invertebrate Mitochondrial" , name "SGC4" , id 5 ,n",
  658.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  659.     "sncbieaa "---M----------------------------MMMM---------------M------------" } ,n",
  660.     "{ name "Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear" ,n",
  661.     "name "SGC5" , id 6 ,n",
  662.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYYQQCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  663.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  664.     "{ name "Echinoderm Mitochondrial; Flatworm Mitochondrial" , name "SGC8" , id 9 ,n",
  665.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  666.     "sncbieaa "-----------------------------------M---------------M------------" } ,n",
  667.     "{ name "Euplotid Nuclear" , name "SGC9" , id 10 ,n",
  668.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCCWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  669.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  670.     "{ name "Bacterial and Plant Plastid" , id 11 ,n",
  671.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  672.     "sncbieaa "---M---------------M------------MMMM---------------M------------" } ,n",
  673.     "{ name "Alternative Yeast Nuclear" , id 12 ,n",
  674.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CC*WLLLSPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  675.     "sncbieaa "-------------------M---------------M----------------------------" } ,n",
  676.     "{ name "Ascidian Mitochondrial" , id 13 ,n",
  677.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNKKSSGGVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  678.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  679.     "{ name "Alternative Flatworm Mitochondrial" , id 14 ,n",
  680.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYYY*CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  681.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  682.     "{ name "Blepharisma Macronuclear" , id 15 ,n",
  683.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY*QCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  684.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  685.     "{ name "Chlorophycean Mitochondrial" , id 16 ,n",
  686.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  687.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  688.     "{ name "Trematode Mitochondrial" , id 21 ,n",
  689.     "ncbieaa  "FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIMMTTTTNNNKSSSSVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  690.     "sncbieaa "-----------------------------------M---------------M------------" } ,n",
  691.     "{ name "Scenedesmus obliquus mitochondrial" , id 22 ,n",
  692.     "ncbieaa  "FFLLSS*SYY*LCC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  693.     "sncbieaa "-----------------------------------M----------------------------" } ,n",
  694.     "{ name "Thraustochytrium mitochondrial code" , id 23 ,n",
  695.     "ncbieaa  "FF*LSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG",n",
  696.     "sncbieaa "--------------------------------M--M---------------M------------" } };n",
  697.     0  // to indicate that there is no more data
  698. };
  701. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  703. END_NCBI_SCOPE
  706. /*
  707. * ===========================================================================
  708. *
  709. * $Log: Genetic_code_table.cpp,v $
  710. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:33:54  gouriano
  711. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.17
  712. *
  713. * Revision 6.17  2004/05/19 17:26:04  gorelenk
  714. * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  715. *
  716. * Revision 6.16  2004/03/24 13:58:59  friedman
  717. * Fixed mutex comments
  718. *
  719. * Revision 6.15  2004/03/23 20:08:10  friedman
  720. * Replaced 'static CFastMutex' with DEFINE_STATIC_FAST_MUTEX
  721. *
  722. * Revision 6.14  2003/08/19 19:23:00  kans
  723. * s_ValidCodon test should use && instead of || (AU)
  724. *
  725. * Revision 6.13  2003/04/29 22:12:35  tolstoy
  726. * Comments for two previous commit from Tolstoy : 2 bugs fixed in function IndexToCodon
  727. * 1) incorrect order of letters in the table na - was TCGA
  728. * 2) incorrect operation for bit counting - was total % div
  729. * cofirmation from Johnatan Kans
  730. *
  731. * Revision 6.12  2003/04/29 14:35:16  tolstoy
  732. * *** empty log message ***
  733. *
  734. * Revision 6.11  2003/04/28 20:05:22  tolstoy
  735. * *** empty log message ***
  736. *
  737. * Revision 6.10  2003/04/18 19:40:38  kans
  738. * changed iterate to ITERATE
  739. *
  740. * Revision 6.9  2003/02/24 18:52:57  vasilche
  741. * Added optional mapped locations arguments to feature comparison.
  742. *
  743. * Revision 6.8  2002/11/26 18:50:31  shomrat
  744. * Add GetGenCode
  745. *
  746. * Revision 6.7  2002/11/04 21:29:16  grichenk
  747. * Fixed usage of const CRef<> and CRef<> constructor
  748. *
  749. * Revision 6.6  2002/09/19 18:07:05  kans
  750. * code 9 is echinoderm and flatworm mito, code 14 is alternative flatworm mito
  751. *
  752. * Revision 6.5  2002/09/13 18:33:57  kans
  753. * sm_GenCodeTblMemStr returned to an array of strings for consistency with sm_StrAsnData in sequence.cpp
  754. *
  755. * Revision 6.4  2002/09/12 19:59:12  kans
  756. * CGen_code_table_imp instantiated after type info system (diccucio)
  757. *
  758. * Revision 6.3  2002/09/10 15:19:55  kans
  759. * added GetCodeTable method, moved sm_GenCodeTblMemStr into implementation class
  760. *
  761. * Revision 6.2  2002/09/09 21:12:05  ucko
  762. * Add braces around e_Id case to avoid scoping error.
  763. * Add default cases to make GCC happy.
  764. * Make sure id >= 0.
  765. *
  766. * Revision 6.1  2002/09/09 20:58:21  kans
  767. * added CTrans_table and CGen_code_table classes
  768. *
  769. *
  770. * ===========================================================================
  771. */
  772. /* Original file checksum: lines: 64, chars: 1914, CRC32: 6d579336 */