开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
SeqFeatData.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：49k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

SeqFeatData.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: SeqFeatData.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:34:09  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.13
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: SeqFeatData.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:34:09 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  .......
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   .......
  39.  *
  40.  * Remark:
  41.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  42.  *   using specifications from the ASN data definition file
  43.  *   'seqfeat.asn'.
  44.  */
  46. // standard includes
  48. // generated includes
  49. #include <ncbi_pch.hpp>
  50. #include <objects/seqfeat/SeqFeatData.hpp>
  52. #include <objects/seqfeat/RNA_ref.hpp>
  53. #include <objects/seqfeat/Imp_feat.hpp>
  55. #include <algorithm>
  56. #include <util/static_map.hpp>
  58. // generated classes
  60. BEGIN_NCBI_SCOPE
  62. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  64. // destructor
  65. CSeqFeatData::~CSeqFeatData(void)
  66. {
  67. }
  70. // ASCII representation of subtype (GenBank feature key, e.g.)
  71. string CSeqFeatData::GetKey(EVocabulary vocab) const
  72. {
  73.     bool genbank = (vocab == eVocabulary_genbank);
  74.     if (genbank) {
  75.         switch (Which()) {
  76.         case e_Gene:
  77.             return "gene";
  78.         case e_Org:
  79.         case e_Biosrc:
  80.             return "source";
  81.         case e_Prot:
  82.             switch (GetProt().GetProcessed()) {
  83.             case CProt_ref::eProcessed_preprotein:
  84.                 return "proprotein";
  85.             case CProt_ref::eProcessed_mature:
  86.                 return "mat_peptide";
  87.             case CProt_ref::eProcessed_signal_peptide:
  88.                 return "sig_peptide";
  89.             case CProt_ref::eProcessed_transit_peptide:
  90.                 return "transit_peptide";
  91.             default:
  92.                 return "Protein";
  93.             }
  94.         case e_Site: // Is this correct, or are these encoded as Imp?
  95.             switch (GetSite()) {
  96.             case CSeqFeatData::eSite_binding:
  97.             case CSeqFeatData::eSite_metal_binding:
  98.             case CSeqFeatData::eSite_lipid_binding:
  99.                 return "misc_binding";
  100.             case CSeqFeatData::eSite_np_binding:
  101.                 return "protein_bind";
  102.             case CSeqFeatData::eSite_dna_binding:
  103.                 return "primer_bind"; // ?
  104.             case CSeqFeatData::eSite_signal_peptide:
  105.                 return "sig_peptide";
  106.             case CSeqFeatData::eSite_transit_peptide:
  107.                 return "transit_peptide";
  108.             default:
  109.                 return "misc_feature";
  110.             }
  111.         case e_Txinit:
  112.             return "promoter"; // ?
  113.         case e_Het:
  114.             return "misc_binding"; // ?
  115.         case e_Cdregion:
  116.         case e_Rna:
  117.         case e_Imp:
  118.             break;
  119.         default:
  120.             return "misc_feature"; // ???
  121.         }
  122.     }
  124.     switch (Which()) {
  125.     case e_Gene:            return "Gene";
  126.     case e_Org:             return "Org";
  127.     case e_Cdregion:        return "CDS";
  128.     case e_Prot:            return "Prot";
  129.     case e_Rna:
  130.         switch (GetRna().GetType()) {
  131.         case CRNA_ref::eType_premsg:  return "precursor_RNA";
  132.         case CRNA_ref::eType_mRNA:    return "mRNA";
  133.         case CRNA_ref::eType_tRNA:    return "tRNA";
  134.         case CRNA_ref::eType_rRNA:    return "rRNA";
  135.         case CRNA_ref::eType_snRNA:   return "snRNA";
  136.         case CRNA_ref::eType_scRNA:   return "scRNA";
  137.         case CRNA_ref::eType_snoRNA:  return "snoRNA"; // ok for GenBank?
  138.         case CRNA_ref::eType_other:
  139.             // return GetRna().GetExt().GetName();
  140.             return genbank ? "misc_RNA" : "RNA";
  141.         default:                      return "misc_RNA";
  142.         }
  143.     case e_Imp:             return GetImp().GetKey(); // "Imp"?
  144.     case e_Region:          return "Region";
  145.     case e_Comment:         return "Comment";
  146.     case e_Bond:            return "Bond";
  147.     case e_Site:            return "Site";
  148.     case e_Rsite:           return "Rsite";
  149.     case e_User:            return "User";
  150.     case e_Txinit:          return "TxInit";
  151.     case e_Num:             return "Num";
  152.     case e_Psec_str:        return "SecStr";
  153.     case e_Non_std_residue: return "NonStdRes";
  154.     case e_Het:             return "Het";
  155.     case e_Biosrc:          return "Src";
  156.     default:                return "???";
  157.     }
  158. }
  161. struct SImportEntry {
  162.     const char*            m_Name;
  163.     CSeqFeatData::ESubtype m_Subtype;
  165.     bool operator<(const SImportEntry& e) const {
  166.         return strcmp(m_Name, e.m_Name) < 0;
  167.     }
  168. };
  170. // NOTE: these must stay in ASCIIbetical order!
  171. static const SImportEntry kImportTable[] = {
  172.     { "-10_signal",          CSeqFeatData::eSubtype_10_signal },
  173.     { "-35_signal",          CSeqFeatData::eSubtype_35_signal },
  174.     { "3'UTR",               CSeqFeatData::eSubtype_3UTR },
  175.     { "3'clip",              CSeqFeatData::eSubtype_3clip },
  176.     { "5'UTR",               CSeqFeatData::eSubtype_5UTR },
  177.     { "5'clip",              CSeqFeatData::eSubtype_5clip },
  178.     { "CAAT_signal",         CSeqFeatData::eSubtype_CAAT_signal },
  179.     { "C_region",            CSeqFeatData::eSubtype_C_region },
  180.     { "D_loop",              CSeqFeatData::eSubtype_D_loop },
  181.     { "D_segment",           CSeqFeatData::eSubtype_D_segment },
  182.     { "GC_signal",           CSeqFeatData::eSubtype_GC_signal },
  183.     { "Imp_CDS",             CSeqFeatData::eSubtype_Imp_CDS },
  184.     { "J_segment",           CSeqFeatData::eSubtype_J_segment },
  185.     { "LTR",                 CSeqFeatData::eSubtype_LTR },
  186.     { "N_region",            CSeqFeatData::eSubtype_N_region },
  187.     { "RBS",                 CSeqFeatData::eSubtype_RBS },
  188.     { "STS",                 CSeqFeatData::eSubtype_STS },
  189.     { "S_region",            CSeqFeatData::eSubtype_S_region },
  190.     { "TATA_signal",         CSeqFeatData::eSubtype_TATA_signal },
  191.     { "V_region",            CSeqFeatData::eSubtype_V_region },
  192.     { "V_segment",           CSeqFeatData::eSubtype_V_segment },
  193.     { "allele",              CSeqFeatData::eSubtype_allele },
  194.     { "attenuator",          CSeqFeatData::eSubtype_attenuator },
  195.     { "conflict",            CSeqFeatData::eSubtype_conflict },
  196.     { "enhancer",            CSeqFeatData::eSubtype_enhancer },
  197.     { "exon",                CSeqFeatData::eSubtype_exon },
  198.     { "gap",                 CSeqFeatData::eSubtype_gap },
  199.     { "iDNA",                CSeqFeatData::eSubtype_iDNA },
  200.     { "intron",              CSeqFeatData::eSubtype_intron },
  201.     { "mat_peptide",         CSeqFeatData::eSubtype_mat_peptide },
  202.     { "misc_RNA",            CSeqFeatData::eSubtype_misc_RNA },
  203.     { "misc_binding",        CSeqFeatData::eSubtype_misc_binding },
  204.     { "misc_difference",     CSeqFeatData::eSubtype_misc_difference },
  205.     { "misc_feature",        CSeqFeatData::eSubtype_misc_feature },
  206.     { "misc_recomb",         CSeqFeatData::eSubtype_misc_recomb },
  207.     { "misc_signal",         CSeqFeatData::eSubtype_misc_signal },
  208.     { "misc_structure",      CSeqFeatData::eSubtype_misc_structure },
  209.     { "modified_base",       CSeqFeatData::eSubtype_modified_base },
  210.     { "mutation",            CSeqFeatData::eSubtype_mutation },
  211.     { "old_sequence",        CSeqFeatData::eSubtype_old_sequence },
  212.     { "operon",              CSeqFeatData::eSubtype_operon },
  213.     { "oriT",                CSeqFeatData::eSubtype_oriT },
  214.     { "polyA_signal",        CSeqFeatData::eSubtype_polyA_signal },
  215.     { "polyA_site",          CSeqFeatData::eSubtype_polyA_site },
  216.     { "precursor_RNA",       CSeqFeatData::eSubtype_precursor_RNA },
  217.     { "prim_transcript",     CSeqFeatData::eSubtype_prim_transcript },
  218.     { "primer_bind",         CSeqFeatData::eSubtype_primer_bind },
  219.     { "promoter",            CSeqFeatData::eSubtype_promoter },
  220.     { "protein_bind",        CSeqFeatData::eSubtype_protein_bind },
  221.     { "rep_origin",          CSeqFeatData::eSubtype_rep_origin },
  222.     { "repeat_region",       CSeqFeatData::eSubtype_repeat_region },
  223.     { "repeat_unit",         CSeqFeatData::eSubtype_repeat_unit },
  224.     { "satellite",           CSeqFeatData::eSubtype_satellite },
  225.     { "sig_peptide",         CSeqFeatData::eSubtype_sig_peptide },
  226.     { "site_ref",            CSeqFeatData::eSubtype_site_ref },
  227.     { "source",              CSeqFeatData::eSubtype_source },
  228.     { "stem_loop",           CSeqFeatData::eSubtype_stem_loop },
  229.     { "terminator",          CSeqFeatData::eSubtype_terminator },
  230.     { "transit_peptide",     CSeqFeatData::eSubtype_transit_peptide },
  231.     { "unsure",              CSeqFeatData::eSubtype_unsure },
  232.     { "variation",           CSeqFeatData::eSubtype_variation },
  233.     { "virion",              CSeqFeatData::eSubtype_virion }
  234. };
  236. static const SImportEntry* kImportTableEnd
  237.     = kImportTable + sizeof(kImportTable)/sizeof(SImportEntry);
  240. CSeqFeatData::ESubtype CSeqFeatData::GetSubtype(void) const
  241. {
  242.     if (m_Subtype == eSubtype_any) { // unknown
  243.         switch (Which()) {
  244.         case e_Gene:       m_Subtype = eSubtype_gene;     break;
  245.         case e_Org:        m_Subtype = eSubtype_org;      break;
  246.         case e_Cdregion:   m_Subtype = eSubtype_cdregion; break;
  247.         case e_Prot:
  248.             switch (GetProt().GetProcessed()) {
  249.             case CProt_ref::eProcessed_preprotein:
  250.                 m_Subtype = eSubtype_preprotein;
  251.                 break;
  252.             case CProt_ref::eProcessed_mature:
  253.                 m_Subtype = eSubtype_mat_peptide_aa;
  254.                 break;
  255.             case CProt_ref::eProcessed_signal_peptide:
  256.                 m_Subtype = eSubtype_sig_peptide_aa;
  257.                 break;
  258.             case CProt_ref::eProcessed_transit_peptide:
  259.                 m_Subtype = eSubtype_transit_peptide_aa;
  260.                 break;
  261.             default:
  262.                 m_Subtype = eSubtype_prot;
  263.                 break;
  264.             }
  265.             break;
  266.         case e_Rna:
  267.             switch (GetRna().GetType()) {
  268.             case CRNA_ref::eType_premsg: m_Subtype = eSubtype_preRNA;   break;
  269.             case CRNA_ref::eType_mRNA:   m_Subtype = eSubtype_mRNA;     break;
  270.             case CRNA_ref::eType_tRNA:   m_Subtype = eSubtype_tRNA;     break;
  271.             case CRNA_ref::eType_rRNA:   m_Subtype = eSubtype_rRNA;     break;
  272.             case CRNA_ref::eType_snRNA:  m_Subtype = eSubtype_snRNA;    break;
  273.             case CRNA_ref::eType_scRNA:  m_Subtype = eSubtype_scRNA;    break;
  274.             default:                     m_Subtype = eSubtype_otherRNA; break;
  275.             }
  276.             break;
  277.         case e_Pub:        m_Subtype = eSubtype_pub;      break;
  278.         case e_Seq:        m_Subtype = eSubtype_seq;      break;
  279.         case e_Imp:
  280.         {
  281.             const string&       key    = GetImp().GetKey();
  282.             SImportEntry        key2   = { key.c_str(), eSubtype_imp };
  283.             const SImportEntry* result = lower_bound(kImportTable,
  284.                                                      kImportTableEnd,
  285.                                                      key2);
  286.             if (strcmp(key2.m_Name, result->m_Name)) {
  287.                 m_Subtype = eSubtype_imp;
  288.             } else {
  289.                 m_Subtype = result->m_Subtype;
  290.             }
  291.             break;
  292.         }
  293.         case e_Region:          m_Subtype = eSubtype_region;          break;
  294.         case e_Comment:         m_Subtype = eSubtype_comment;         break;
  295.         case e_Bond:            m_Subtype = eSubtype_bond;            break;
  296.         case e_Site:            m_Subtype = eSubtype_site;            break;
  297.         case e_Rsite:           m_Subtype = eSubtype_rsite;           break;
  298.         case e_User:            m_Subtype = eSubtype_user;            break;
  299.         case e_Txinit:          m_Subtype = eSubtype_txinit;          break;
  300.         case e_Num:             m_Subtype = eSubtype_num;             break;
  301.         case e_Psec_str:        m_Subtype = eSubtype_psec_str;        break;
  302.         case e_Non_std_residue: m_Subtype = eSubtype_non_std_residue; break;
  303.         case e_Het:             m_Subtype = eSubtype_het;             break;
  304.         case e_Biosrc:          m_Subtype = eSubtype_biosrc;          break;
  305.         default:                m_Subtype = eSubtype_bad;             break;
  306.         }
  307.     } 
  308.     return m_Subtype;
  309. }
  312. CSeqFeatData::E_Choice CSeqFeatData::GetTypeFromSubtype (ESubtype subtype)
  313. {
  314.     switch (subtype) {
  315.         case eSubtype_gene:
  316.             return e_Gene;
  317.         case eSubtype_org:
  318.             return e_Org;
  319.         case eSubtype_cdregion:
  320.             return e_Cdregion;
  321.         case eSubtype_pub:
  322.             return e_Pub;
  323.         case eSubtype_seq:
  324.             return e_Seq;
  325.         case eSubtype_region:
  326.             return e_Region;
  327.         case eSubtype_comment:
  328.             return e_Comment;
  329.         case eSubtype_bond:
  330.             return e_Bond;
  331.         case eSubtype_site:
  332.             return e_Site;
  333.         case eSubtype_rsite:
  334.             return e_Rsite;
  335.         case eSubtype_user:
  336.             return e_User;
  337.         case eSubtype_txinit:
  338.             return e_Txinit;
  339.         case eSubtype_num:
  340.             return e_Num;
  341.         case eSubtype_psec_str:
  342.             return e_Psec_str;
  343.         case eSubtype_non_std_residue:
  344.             return e_Non_std_residue;
  345.         case eSubtype_het:
  346.             return e_Het;
  347.         case eSubtype_biosrc:
  348.             return e_Biosrc;
  349.         default:
  350.             if (subtype >= eSubtype_prot  &&
  351.                 subtype <= eSubtype_transit_peptide_aa) {
  352.                 return e_Prot;
  353.             }
  354.             if (subtype >= eSubtype_preRNA  &&  subtype <= eSubtype_otherRNA) {
  355.                 return e_Rna;
  356.             }
  357.             if (subtype >= eSubtype_imp  &&  subtype <= eSubtype_site_ref) {
  358.                 return e_Imp;
  359.             }
  360.             break;
  361.     }
  362.     return e_not_set;
  363. }
  366. map<CSeqFeatData::ESubtype, CSeqFeatData::TQualifiers> CSeqFeatData::sm_LegalQuals;
  367. map<CSeqFeatData::ESubtype, CSeqFeatData::TQualifiers> CSeqFeatData::sm_MandatoryQuals;
  370. bool CSeqFeatData::IsLegalQualifier(ESubtype subtype, EQualifier qual)
  371. {
  372.     x_InitQuals();  // does nothing if already intialized
  373.     const TQualifiers& legal = sm_LegalQuals[subtype];
  374.     return (find(legal.begin(), legal.end(), qual) != legal.end());
  375. }
  378. const CSeqFeatData::TQualifiers& CSeqFeatData::GetLegalQualifiers(ESubtype subtype)
  379. {
  380.     x_InitQuals();  // does nothing if already intialized
  381.     return sm_LegalQuals[subtype];
  382. }
  385. const CSeqFeatData::TQualifiers& CSeqFeatData::GetMandatoryQualifiers(ESubtype subtype)
  386. {
  387.     static const TQualifiers empty_vec;
  389.     x_InitQuals();  // does nothing if already intialized
  390.     if ( sm_MandatoryQuals.find(subtype) != sm_MandatoryQuals.end() ) {
  391.         return sm_MandatoryQuals[subtype];
  392.     }
  393.     return empty_vec;
  394. }
  398. void CSeqFeatData::x_InitLegalQuals(void)
  399. {
  400. #define START_SUBTYPE(x) { 
  401.     TQualifiers& quals = sm_LegalQuals[eSubtype_##x];
  402. #define ADD_QUAL(y) quals.push_back(eQual_##y)
  403. #define END_SUBTYPE }
  405. START_SUBTYPE(gene)
  406.     ADD_QUAL(allele);
  407.     ADD_QUAL(citation);
  408.     ADD_QUAL(db_xref);
  409.     ADD_QUAL(evidence);
  410.     ADD_QUAL(function);
  411.     ADD_QUAL(gene);
  412.     ADD_QUAL(label);
  413.     ADD_QUAL(locus_tag);
  414.     ADD_QUAL(map);
  415.     ADD_QUAL(note);
  416.     ADD_QUAL(operon);
  417.     ADD_QUAL(phenotype);
  418.     ADD_QUAL(product);
  419.     ADD_QUAL(pseudo);
  420.     ADD_QUAL(standard_name);
  421.     ADD_QUAL(usedin);
  422. END_SUBTYPE
  424. //START_SUBTYPE(org)
  425. //END_SUBTYPE
  427. START_SUBTYPE(cdregion)
  428.     ADD_QUAL(EC_number);
  429.     ADD_QUAL(allele);
  430.     ADD_QUAL(citation);
  431.     ADD_QUAL(codon);
  432.     ADD_QUAL(codon_start);
  433.     ADD_QUAL(db_xref);
  434.     ADD_QUAL(evidence);
  435.     ADD_QUAL(exception);
  436.     ADD_QUAL(function);
  437.     ADD_QUAL(gene);
  438.     ADD_QUAL(label);
  439.     ADD_QUAL(locus_tag);
  440.     ADD_QUAL(map);
  441.     ADD_QUAL(note);
  442.     ADD_QUAL(number);
  443.     ADD_QUAL(operon);
  444.     ADD_QUAL(product);
  445.     ADD_QUAL(protein_id);
  446.     ADD_QUAL(pseudo);
  447.     ADD_QUAL(standard_name);
  448.     ADD_QUAL(transl_except);
  449.     ADD_QUAL(transl_table);
  450.     ADD_QUAL(translation);
  451.     ADD_QUAL(usedin);
  452. END_SUBTYPE
  454. START_SUBTYPE(prot)
  455.     ADD_QUAL(allele);
  456.     ADD_QUAL(citation);
  457.     ADD_QUAL(db_xref);
  458.     ADD_QUAL(evidence);
  459.     ADD_QUAL(function);
  460.     ADD_QUAL(gene);
  461.     ADD_QUAL(label);
  462.     ADD_QUAL(locus_tag);
  463.     ADD_QUAL(map);
  464.     ADD_QUAL(note);
  465.     ADD_QUAL(product);
  466.     ADD_QUAL(protein_id);
  467.     ADD_QUAL(pseudo);
  468.     ADD_QUAL(standard_name);
  469.     ADD_QUAL(usedin);
  470. END_SUBTYPE
  472. START_SUBTYPE(preprotein)
  473.     ADD_QUAL(allele);
  474.     ADD_QUAL(citation);
  475.     ADD_QUAL(db_xref);
  476.     ADD_QUAL(evidence);
  477.     ADD_QUAL(function);
  478.     ADD_QUAL(gene);
  479.     ADD_QUAL(label);
  480.     ADD_QUAL(locus_tag);
  481.     ADD_QUAL(map);
  482.     ADD_QUAL(note);
  483.     ADD_QUAL(protein_id);
  484.     ADD_QUAL(pseudo);
  485.     ADD_QUAL(standard_name);
  486.     ADD_QUAL(usedin);
  487. END_SUBTYPE
  489. START_SUBTYPE(mat_peptide_aa)
  490.     ADD_QUAL(allele);
  491.     ADD_QUAL(citation);
  492.     ADD_QUAL(db_xref);
  493.     ADD_QUAL(evidence);
  494.     ADD_QUAL(function);
  495.     ADD_QUAL(gene);
  496.     ADD_QUAL(label);
  497.     ADD_QUAL(locus_tag);
  498.     ADD_QUAL(map);
  499.     ADD_QUAL(note);
  500.     ADD_QUAL(product);
  501.     ADD_QUAL(protein_id);
  502.     ADD_QUAL(pseudo);
  503.     ADD_QUAL(standard_name);
  504.     ADD_QUAL(usedin);
  505. END_SUBTYPE
  507. START_SUBTYPE(sig_peptide_aa)
  508.     ADD_QUAL(allele);
  509.     ADD_QUAL(citation);
  510.     ADD_QUAL(db_xref);
  511.     ADD_QUAL(evidence);
  512.     ADD_QUAL(function);
  513.     ADD_QUAL(gene);
  514.     ADD_QUAL(label);
  515.     ADD_QUAL(locus_tag);
  516.     ADD_QUAL(map);
  517.     ADD_QUAL(note);
  518.     ADD_QUAL(product);
  519.     ADD_QUAL(protein_id);
  520.     ADD_QUAL(pseudo);
  521.     ADD_QUAL(standard_name);
  522.     ADD_QUAL(usedin);
  523. END_SUBTYPE
  525. START_SUBTYPE(transit_peptide_aa)
  526.     ADD_QUAL(allele);
  527.     ADD_QUAL(citation);
  528.     ADD_QUAL(db_xref);
  529.     ADD_QUAL(evidence);
  530.     ADD_QUAL(function);
  531.     ADD_QUAL(gene);
  532.     ADD_QUAL(label);
  533.     ADD_QUAL(locus_tag);
  534.     ADD_QUAL(map);
  535.     ADD_QUAL(note);
  536.     ADD_QUAL(product);
  537.     ADD_QUAL(protein_id);
  538.     ADD_QUAL(pseudo);
  539.     ADD_QUAL(standard_name);
  540.     ADD_QUAL(usedin);
  541. END_SUBTYPE
  543. START_SUBTYPE(preRNA)
  544.     ADD_QUAL(allele);
  545.     ADD_QUAL(citation);
  546.     ADD_QUAL(function);
  547.     ADD_QUAL(gene);
  548.     ADD_QUAL(label);
  549.     ADD_QUAL(locus_tag);
  550.     ADD_QUAL(map);
  551.     ADD_QUAL(note);
  552.     ADD_QUAL(operon);
  553.     ADD_QUAL(product);
  554.     ADD_QUAL(pseudo);
  555.     ADD_QUAL(standard_name);
  556.     ADD_QUAL(usedin);
  557. END_SUBTYPE
  559. START_SUBTYPE(mRNA)
  560.     ADD_QUAL(allele);
  561.     ADD_QUAL(citation);
  562.     ADD_QUAL(db_xref);
  563.     ADD_QUAL(evidence);
  564.     ADD_QUAL(exception);
  565.     ADD_QUAL(function);
  566.     ADD_QUAL(gene);
  567.     ADD_QUAL(label);
  568.     ADD_QUAL(locus_tag);
  569.     ADD_QUAL(map);
  570.     ADD_QUAL(note);
  571.     ADD_QUAL(operon);
  572.     ADD_QUAL(product);
  573.     ADD_QUAL(pseudo);
  574.     ADD_QUAL(standard_name);
  575.     ADD_QUAL(usedin);
  576. END_SUBTYPE
  578. START_SUBTYPE(tRNA)
  579.     ADD_QUAL(allele);
  580.     ADD_QUAL(anticodon);
  581.     ADD_QUAL(citation);
  582.     ADD_QUAL(db_xref);
  583.     ADD_QUAL(evidence);
  584.     ADD_QUAL(function);
  585.     ADD_QUAL(gene);
  586.     ADD_QUAL(label);
  587.     ADD_QUAL(locus_tag);
  588.     ADD_QUAL(map);
  589.     ADD_QUAL(note);
  590.     ADD_QUAL(product);
  591.     ADD_QUAL(pseudo);
  592.     ADD_QUAL(standard_name);
  593.     ADD_QUAL(usedin);
  594. END_SUBTYPE
  596. START_SUBTYPE(rRNA)
  597.     ADD_QUAL(allele);
  598.     ADD_QUAL(citation);
  599.     ADD_QUAL(db_xref);
  600.     ADD_QUAL(evidence);
  601.     ADD_QUAL(function);
  602.     ADD_QUAL(gene);
  603.     ADD_QUAL(label);
  604.     ADD_QUAL(locus_tag);
  605.     ADD_QUAL(map);
  606.     ADD_QUAL(note);
  607.     ADD_QUAL(product);
  608.     ADD_QUAL(pseudo);
  609.     ADD_QUAL(standard_name);
  610.     ADD_QUAL(usedin);
  611. END_SUBTYPE
  613. START_SUBTYPE(snRNA)
  614.     ADD_QUAL(allele);
  615.     ADD_QUAL(citation);
  616.     ADD_QUAL(db_xref);
  617.     ADD_QUAL(evidence);
  618.     ADD_QUAL(function);
  619.     ADD_QUAL(gene);
  620.     ADD_QUAL(label);
  621.     ADD_QUAL(locus_tag);
  622.     ADD_QUAL(map);
  623.     ADD_QUAL(note);
  624.     ADD_QUAL(product);
  625.     ADD_QUAL(pseudo);
  626.     ADD_QUAL(standard_name);
  627.     ADD_QUAL(usedin);
  628. END_SUBTYPE
  630. START_SUBTYPE(scRNA)
  631.     ADD_QUAL(allele);
  632.     ADD_QUAL(citation);
  633.     ADD_QUAL(db_xref);
  634.     ADD_QUAL(evidence);
  635.     ADD_QUAL(function);
  636.     ADD_QUAL(gene);
  637.     ADD_QUAL(label);
  638.     ADD_QUAL(locus_tag);
  639.     ADD_QUAL(map);
  640.     ADD_QUAL(note);
  641.     ADD_QUAL(product);
  642.     ADD_QUAL(pseudo);
  643.     ADD_QUAL(standard_name);
  644.     ADD_QUAL(usedin);
  645. END_SUBTYPE
  647. START_SUBTYPE(snoRNA)
  648.     ADD_QUAL(allele);
  649.     ADD_QUAL(citation);
  650.     ADD_QUAL(db_xref);
  651.     ADD_QUAL(evidence);
  652.     ADD_QUAL(function);
  653.     ADD_QUAL(gene);
  654.     ADD_QUAL(label);
  655.     ADD_QUAL(locus_tag);
  656.     ADD_QUAL(map);
  657.     ADD_QUAL(note);
  658.     ADD_QUAL(product);
  659.     ADD_QUAL(pseudo);
  660.     ADD_QUAL(standard_name);
  661.     ADD_QUAL(usedin);
  662. END_SUBTYPE
  664. //START_SUBTYPE(otherRNA)
  665. //END_SUBTYPE
  667. //START_SUBTYPE(pub)
  668. //END_SUBTYPE
  670. //START_SUBTYPE(seq)
  671. //END_SUBTYPE
  673. //START_SUBTYPE(imp)
  674. //END_SUBTYPE
  676. //START_SUBTYPE(allele)
  677. //END_SUBTYPE
  679. START_SUBTYPE(attenuator)
  680.     ADD_QUAL(allele);
  681.     ADD_QUAL(citation);
  682.     ADD_QUAL(db_xref);
  683.     ADD_QUAL(evidence);
  684.     ADD_QUAL(gene);
  685.     ADD_QUAL(label);
  686.     ADD_QUAL(locus_tag);
  687.     ADD_QUAL(map);
  688.     ADD_QUAL(note);
  689.     ADD_QUAL(operon);
  690.     ADD_QUAL(phenotype);
  691.     ADD_QUAL(usedin);
  692. END_SUBTYPE
  694. START_SUBTYPE(C_region)
  695.     ADD_QUAL(allele);
  696.     ADD_QUAL(citation);
  697.     ADD_QUAL(db_xref);
  698.     ADD_QUAL(evidence);
  699.     ADD_QUAL(gene);
  700.     ADD_QUAL(label);
  701.     ADD_QUAL(locus_tag);
  702.     ADD_QUAL(map);
  703.     ADD_QUAL(note);
  704.     ADD_QUAL(product);
  705.     ADD_QUAL(pseudo);
  706.     ADD_QUAL(standard_name);
  707.     ADD_QUAL(usedin);
  708. END_SUBTYPE
  710. START_SUBTYPE(CAAT_signal)
  711.     ADD_QUAL(allele);
  712.     ADD_QUAL(citation);
  713.     ADD_QUAL(db_xref);
  714.     ADD_QUAL(evidence);
  715.     ADD_QUAL(gene);
  716.     ADD_QUAL(label);
  717.     ADD_QUAL(locus_tag);
  718.     ADD_QUAL(map);
  719.     ADD_QUAL(note);
  720.     ADD_QUAL(usedin);
  721. END_SUBTYPE
  723. START_SUBTYPE(Imp_CDS)
  724.     ADD_QUAL(EC_number);
  725.     ADD_QUAL(allele);
  726.     ADD_QUAL(citation);
  727.     ADD_QUAL(codon);
  728.     ADD_QUAL(codon_start);
  729.     ADD_QUAL(db_xref);
  730.     ADD_QUAL(evidence);
  731.     ADD_QUAL(exception);
  732.     ADD_QUAL(function);
  733.     ADD_QUAL(gene);
  734.     ADD_QUAL(label);
  735.     ADD_QUAL(locus_tag);
  736.     ADD_QUAL(map);
  737.     ADD_QUAL(note);
  738.     ADD_QUAL(number);
  739.     ADD_QUAL(operon);
  740.     ADD_QUAL(product);
  741.     ADD_QUAL(protein_id);
  742.     ADD_QUAL(pseudo);
  743.     ADD_QUAL(standard_name);
  744.     ADD_QUAL(transl_except);
  745.     ADD_QUAL(transl_table);
  746.     ADD_QUAL(translation);
  747.     ADD_QUAL(usedin);
  748. END_SUBTYPE
  750. START_SUBTYPE(conflict)
  751.     ADD_QUAL(allele);
  752.     ADD_QUAL(citation);
  753.     ADD_QUAL(db_xref);
  754.     ADD_QUAL(evidence);
  755.     ADD_QUAL(gene);
  756.     ADD_QUAL(label);
  757.     ADD_QUAL(locus_tag);
  758.     ADD_QUAL(map);
  759.     ADD_QUAL(note);
  760.     ADD_QUAL(replace);
  761.     ADD_QUAL(usedin);
  762. END_SUBTYPE
  764. START_SUBTYPE(D_loop)
  765.     ADD_QUAL(allele);
  766.     ADD_QUAL(citation);
  767.     ADD_QUAL(db_xref);
  768.     ADD_QUAL(evidence);
  769.     ADD_QUAL(gene);
  770.     ADD_QUAL(label);
  771.     ADD_QUAL(locus_tag);
  772.     ADD_QUAL(map);
  773.     ADD_QUAL(note);
  774.     ADD_QUAL(usedin);
  775. END_SUBTYPE
  777. START_SUBTYPE(D_segment)
  778.     ADD_QUAL(allele);
  779.     ADD_QUAL(citation);
  780.     ADD_QUAL(db_xref);
  781.     ADD_QUAL(evidence);
  782.     ADD_QUAL(gene);
  783.     ADD_QUAL(label);
  784.     ADD_QUAL(locus_tag);
  785.     ADD_QUAL(map);
  786.     ADD_QUAL(note);
  787.     ADD_QUAL(product);
  788.     ADD_QUAL(pseudo);
  789.     ADD_QUAL(standard_name);
  790.     ADD_QUAL(usedin);
  791. END_SUBTYPE
  793. START_SUBTYPE(enhancer)
  794.     ADD_QUAL(allele);
  795.     ADD_QUAL(citation);
  796.     ADD_QUAL(db_xref);
  797.     ADD_QUAL(evidence);
  798.     ADD_QUAL(gene);
  799.     ADD_QUAL(label);
  800.     ADD_QUAL(locus_tag);
  801.     ADD_QUAL(map);
  802.     ADD_QUAL(note);
  803.     ADD_QUAL(standard_name);
  804.     ADD_QUAL(usedin);
  805. END_SUBTYPE
  807. START_SUBTYPE(exon)
  808.     ADD_QUAL(EC_number);
  809.     ADD_QUAL(allele);
  810.     ADD_QUAL(citation);
  811.     ADD_QUAL(db_xref);
  812.     ADD_QUAL(evidence);
  813.     ADD_QUAL(function);
  814.     ADD_QUAL(gene);
  815.     ADD_QUAL(label);
  816.     ADD_QUAL(locus_tag);
  817.     ADD_QUAL(map);
  818.     ADD_QUAL(note);
  819.     ADD_QUAL(number);
  820.     ADD_QUAL(product);
  821.     ADD_QUAL(pseudo);
  822.     ADD_QUAL(standard_name);
  823.     ADD_QUAL(usedin);
  824. END_SUBTYPE
  826. START_SUBTYPE(GC_signal)
  827.     ADD_QUAL(allele);
  828.     ADD_QUAL(citation);
  829.     ADD_QUAL(db_xref);
  830.     ADD_QUAL(evidence);
  831.     ADD_QUAL(gene);
  832.     ADD_QUAL(label);
  833.     ADD_QUAL(locus_tag);
  834.     ADD_QUAL(map);
  835.     ADD_QUAL(note);
  836.     ADD_QUAL(usedin);
  837. END_SUBTYPE
  839. START_SUBTYPE(iDNA)
  840.     ADD_QUAL(allele);
  841.     ADD_QUAL(citation);
  842.     ADD_QUAL(db_xref);
  843.     ADD_QUAL(evidence);
  844.     ADD_QUAL(function);
  845.     ADD_QUAL(gene);
  846.     ADD_QUAL(label);
  847.     ADD_QUAL(locus_tag);
  848.     ADD_QUAL(map);
  849.     ADD_QUAL(note);
  850.     ADD_QUAL(number);
  851.     ADD_QUAL(standard_name);
  852.     ADD_QUAL(usedin);
  853. END_SUBTYPE
  855. START_SUBTYPE(intron)
  856.     ADD_QUAL(allele);
  857.     ADD_QUAL(citation);
  858.     ADD_QUAL(cons_splice);
  859.     ADD_QUAL(db_xref);
  860.     ADD_QUAL(evidence);
  861.     ADD_QUAL(function);
  862.     ADD_QUAL(gene);
  863.     ADD_QUAL(label);
  864.     ADD_QUAL(locus_tag);
  865.     ADD_QUAL(map);
  866.     ADD_QUAL(note);
  867.     ADD_QUAL(number);
  868.     ADD_QUAL(standard_name);
  869.     ADD_QUAL(usedin);
  870. END_SUBTYPE
  872. START_SUBTYPE(J_segment)
  873.     ADD_QUAL(allele);
  874.     ADD_QUAL(citation);
  875.     ADD_QUAL(db_xref);
  876.     ADD_QUAL(evidence);
  877.     ADD_QUAL(gene);
  878.     ADD_QUAL(label);
  879.     ADD_QUAL(locus_tag);
  880.     ADD_QUAL(map);
  881.     ADD_QUAL(note);
  882.     ADD_QUAL(product);
  883.     ADD_QUAL(pseudo);
  884.     ADD_QUAL(standard_name);
  885.     ADD_QUAL(usedin);
  886. END_SUBTYPE
  888. START_SUBTYPE(LTR)
  889.     ADD_QUAL(allele);
  890.     ADD_QUAL(citation);
  891.     ADD_QUAL(db_xref);
  892.     ADD_QUAL(evidence);
  893.     ADD_QUAL(function);
  894.     ADD_QUAL(gene);
  895.     ADD_QUAL(label);
  896.     ADD_QUAL(locus_tag);
  897.     ADD_QUAL(map);
  898.     ADD_QUAL(note);
  899.     ADD_QUAL(standard_name);
  900.     ADD_QUAL(usedin);
  901. END_SUBTYPE
  903. START_SUBTYPE(mat_peptide)
  904.     ADD_QUAL(EC_number);
  905.     ADD_QUAL(allele);
  906.     ADD_QUAL(citation);
  907.     ADD_QUAL(db_xref);
  908.     ADD_QUAL(evidence);
  909.     ADD_QUAL(function);
  910.     ADD_QUAL(gene);
  911.     ADD_QUAL(label);
  912.     ADD_QUAL(locus_tag);
  913.     ADD_QUAL(map);
  914.     ADD_QUAL(note);
  915.     ADD_QUAL(product);
  916.     ADD_QUAL(protein_id);
  917.     ADD_QUAL(pseudo);
  918.     ADD_QUAL(standard_name);
  919.     ADD_QUAL(usedin);
  920. END_SUBTYPE
  922. START_SUBTYPE(misc_binding)
  923.     ADD_QUAL(allele);
  924.     ADD_QUAL(bound_moiety);
  925.     ADD_QUAL(citation);
  926.     ADD_QUAL(db_xref);
  927.     ADD_QUAL(evidence);
  928.     ADD_QUAL(function);
  929.     ADD_QUAL(gene);
  930.     ADD_QUAL(label);
  931.     ADD_QUAL(locus_tag);
  932.     ADD_QUAL(map);
  933.     ADD_QUAL(note);
  934.     ADD_QUAL(usedin);
  935. END_SUBTYPE
  937. START_SUBTYPE(misc_difference)
  938.     ADD_QUAL(allele);
  939.     ADD_QUAL(citation);
  940.     ADD_QUAL(clone);
  941.     ADD_QUAL(db_xref);
  942.     ADD_QUAL(evidence);
  943.     ADD_QUAL(gene);
  944.     ADD_QUAL(label);
  945.     ADD_QUAL(locus_tag);
  946.     ADD_QUAL(map);
  947.     ADD_QUAL(note);
  948.     ADD_QUAL(phenotype);
  949.     ADD_QUAL(replace);
  950.     ADD_QUAL(standard_name);
  951.     ADD_QUAL(usedin);
  952. END_SUBTYPE
  954. START_SUBTYPE(misc_feature)
  955.     ADD_QUAL(allele);
  956.     ADD_QUAL(citation);
  957.     ADD_QUAL(db_xref);
  958.     ADD_QUAL(evidence);
  959.     ADD_QUAL(function);
  960.     ADD_QUAL(gene);
  961.     ADD_QUAL(label);
  962.     ADD_QUAL(locus_tag);
  963.     ADD_QUAL(map);
  964.     ADD_QUAL(note);
  965.     ADD_QUAL(number);
  966.     ADD_QUAL(phenotype);
  967.     ADD_QUAL(product);
  968.     ADD_QUAL(pseudo);
  969.     ADD_QUAL(standard_name);
  970.     ADD_QUAL(usedin);
  971. END_SUBTYPE
  973. START_SUBTYPE(misc_recomb)
  974.     ADD_QUAL(allele);
  975.     ADD_QUAL(citation);
  976.     ADD_QUAL(db_xref);
  977.     ADD_QUAL(evidence);
  978.     ADD_QUAL(gene);
  979.     ADD_QUAL(label);
  980.     ADD_QUAL(locus_tag);
  981.     ADD_QUAL(map);
  982.     ADD_QUAL(note);
  983.     ADD_QUAL(organism);
  984.     ADD_QUAL(standard_name);
  985.     ADD_QUAL(usedin);
  986. END_SUBTYPE
  988. START_SUBTYPE(misc_RNA)
  989.     ADD_QUAL(allele);
  990.     ADD_QUAL(citation);
  991.     ADD_QUAL(db_xref);
  992.     ADD_QUAL(evidence);
  993.     ADD_QUAL(function);
  994.     ADD_QUAL(gene);
  995.     ADD_QUAL(label);
  996.     ADD_QUAL(locus_tag);
  997.     ADD_QUAL(map);
  998.     ADD_QUAL(note);
  999.     ADD_QUAL(operon);
  1000.     ADD_QUAL(product);
  1001.     ADD_QUAL(standard_name);
  1002.     ADD_QUAL(usedin);
  1003. END_SUBTYPE
  1005. START_SUBTYPE(misc_signal)
  1006.     ADD_QUAL(allele);
  1007.     ADD_QUAL(citation);
  1008.     ADD_QUAL(db_xref);
  1009.     ADD_QUAL(evidence);
  1010.     ADD_QUAL(function);
  1011.     ADD_QUAL(gene);
  1012.     ADD_QUAL(label);
  1013.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1014.     ADD_QUAL(map);
  1015.     ADD_QUAL(note);
  1016.     ADD_QUAL(operon);
  1017.     ADD_QUAL(phenotype);
  1018.     ADD_QUAL(standard_name);
  1019.     ADD_QUAL(usedin);
  1020. END_SUBTYPE
  1022. START_SUBTYPE(misc_structure)
  1023.     ADD_QUAL(allele);
  1024.     ADD_QUAL(citation);
  1025.     ADD_QUAL(db_xref);
  1026.     ADD_QUAL(evidence);
  1027.     ADD_QUAL(function);
  1028.     ADD_QUAL(gene);
  1029.     ADD_QUAL(label);
  1030.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1031.     ADD_QUAL(map);
  1032.     ADD_QUAL(note);
  1033.     ADD_QUAL(standard_name);
  1034.     ADD_QUAL(usedin);
  1035. END_SUBTYPE
  1037. START_SUBTYPE(modified_base)
  1038.     ADD_QUAL(allele);
  1039.     ADD_QUAL(citation);
  1040.     ADD_QUAL(db_xref);
  1041.     ADD_QUAL(evidence);
  1042.     ADD_QUAL(frequency);
  1043.     ADD_QUAL(gene);
  1044.     ADD_QUAL(label);
  1045.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1046.     ADD_QUAL(map);
  1047.     ADD_QUAL(mod_base);
  1048.     ADD_QUAL(note);
  1049.     ADD_QUAL(usedin);
  1050. END_SUBTYPE
  1052. //START_SUBTYPE(mutation)
  1053. //END_SUBTYPE
  1055. START_SUBTYPE(N_region)
  1056.     ADD_QUAL(allele);
  1057.     ADD_QUAL(citation);
  1058.     ADD_QUAL(db_xref);
  1059.     ADD_QUAL(evidence);
  1060.     ADD_QUAL(gene);
  1061.     ADD_QUAL(label);
  1062.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1063.     ADD_QUAL(map);
  1064.     ADD_QUAL(note);
  1065.     ADD_QUAL(product);
  1066.     ADD_QUAL(pseudo);
  1067.     ADD_QUAL(standard_name);
  1068.     ADD_QUAL(usedin);
  1069. END_SUBTYPE
  1071. START_SUBTYPE(old_sequence)
  1072.     ADD_QUAL(allele);
  1073.     ADD_QUAL(citation);
  1074.     ADD_QUAL(db_xref);
  1075.     ADD_QUAL(evidence);
  1076.     ADD_QUAL(gene);
  1077.     ADD_QUAL(label);
  1078.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1079.     ADD_QUAL(map);
  1080.     ADD_QUAL(note);
  1081.     ADD_QUAL(replace);
  1082.     ADD_QUAL(usedin);
  1083. END_SUBTYPE
  1085. START_SUBTYPE(polyA_signal)
  1086.     ADD_QUAL(allele);
  1087.     ADD_QUAL(citation);
  1088.     ADD_QUAL(db_xref);
  1089.     ADD_QUAL(evidence);
  1090.     ADD_QUAL(gene);
  1091.     ADD_QUAL(label);
  1092.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1093.     ADD_QUAL(map);
  1094.     ADD_QUAL(note);
  1095.     ADD_QUAL(usedin);
  1096. END_SUBTYPE
  1098. START_SUBTYPE(polyA_site)
  1099.     ADD_QUAL(allele);
  1100.     ADD_QUAL(citation);
  1101.     ADD_QUAL(db_xref);
  1102.     ADD_QUAL(evidence);
  1103.     ADD_QUAL(gene);
  1104.     ADD_QUAL(label);
  1105.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1106.     ADD_QUAL(map);
  1107.     ADD_QUAL(note);
  1108.     ADD_QUAL(usedin);
  1109. END_SUBTYPE
  1111. START_SUBTYPE(precursor_RNA)
  1112.     ADD_QUAL(allele);
  1113.     ADD_QUAL(citation);
  1114.     ADD_QUAL(db_xref);
  1115.     ADD_QUAL(evidence);
  1116.     ADD_QUAL(function);
  1117.     ADD_QUAL(gene);
  1118.     ADD_QUAL(label);
  1119.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1120.     ADD_QUAL(map);
  1121.     ADD_QUAL(note);
  1122.     ADD_QUAL(operon);
  1123.     ADD_QUAL(product);
  1124.     ADD_QUAL(standard_name);
  1125.     ADD_QUAL(usedin);
  1126. END_SUBTYPE
  1128. START_SUBTYPE(prim_transcript)
  1129.     ADD_QUAL(allele);
  1130.     ADD_QUAL(citation);
  1131.     ADD_QUAL(db_xref);
  1132.     ADD_QUAL(evidence);
  1133.     ADD_QUAL(function);
  1134.     ADD_QUAL(gene);
  1135.     ADD_QUAL(label);
  1136.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1137.     ADD_QUAL(map);
  1138.     ADD_QUAL(note);
  1139.     ADD_QUAL(operon);
  1140.     ADD_QUAL(standard_name);
  1141.     ADD_QUAL(usedin);
  1142. END_SUBTYPE
  1144. START_SUBTYPE(primer_bind)
  1145.     ADD_QUAL(PCR_conditions);
  1146.     ADD_QUAL(allele);
  1147.     ADD_QUAL(citation);
  1148.     ADD_QUAL(db_xref);
  1149.     ADD_QUAL(evidence);
  1150.     ADD_QUAL(gene);
  1151.     ADD_QUAL(label);
  1152.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1153.     ADD_QUAL(map);
  1154.     ADD_QUAL(note);
  1155.     ADD_QUAL(standard_name);
  1156.     ADD_QUAL(usedin);
  1157. END_SUBTYPE
  1159. START_SUBTYPE(promoter)
  1160.     ADD_QUAL(allele);
  1161.     ADD_QUAL(citation);
  1162.     ADD_QUAL(db_xref);
  1163.     ADD_QUAL(evidence);
  1164.     ADD_QUAL(function);
  1165.     ADD_QUAL(gene);
  1166.     ADD_QUAL(label);
  1167.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1168.     ADD_QUAL(map);
  1169.     ADD_QUAL(note);
  1170.     ADD_QUAL(operon);
  1171.     ADD_QUAL(phenotype);
  1172.     ADD_QUAL(pseudo);
  1173.     ADD_QUAL(standard_name);
  1174.     ADD_QUAL(usedin);
  1175. END_SUBTYPE
  1177. START_SUBTYPE(protein_bind)
  1178.     ADD_QUAL(allele);
  1179.     ADD_QUAL(bound_moiety);
  1180.     ADD_QUAL(citation);
  1181.     ADD_QUAL(db_xref);
  1182.     ADD_QUAL(evidence);
  1183.     ADD_QUAL(function);
  1184.     ADD_QUAL(gene);
  1185.     ADD_QUAL(label);
  1186.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1187.     ADD_QUAL(map);
  1188.     ADD_QUAL(note);
  1189.     ADD_QUAL(standard_name);
  1190.     ADD_QUAL(usedin);
  1191. END_SUBTYPE
  1193. START_SUBTYPE(RBS)
  1194.     ADD_QUAL(allele);
  1195.     ADD_QUAL(citation);
  1196.     ADD_QUAL(db_xref);
  1197.     ADD_QUAL(evidence);
  1198.     ADD_QUAL(gene);
  1199.     ADD_QUAL(label);
  1200.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1201.     ADD_QUAL(map);
  1202.     ADD_QUAL(note);
  1203.     ADD_QUAL(standard_name);
  1204.     ADD_QUAL(usedin);
  1205. END_SUBTYPE
  1207. START_SUBTYPE(repeat_region)
  1208.     ADD_QUAL(allele);
  1209.     ADD_QUAL(citation);
  1210.     ADD_QUAL(db_xref);
  1211.     ADD_QUAL(evidence);
  1212.     ADD_QUAL(function);
  1213.     ADD_QUAL(gene);
  1214.     ADD_QUAL(insertion_seq);
  1215.     ADD_QUAL(label);
  1216.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1217.     ADD_QUAL(map);
  1218.     ADD_QUAL(note);
  1219.     ADD_QUAL(rpt_family);
  1220.     ADD_QUAL(rpt_type);
  1221.     ADD_QUAL(rpt_unit);
  1222.     ADD_QUAL(standard_name);
  1223.     ADD_QUAL(transposon);
  1224.     ADD_QUAL(usedin);
  1225. END_SUBTYPE
  1227. START_SUBTYPE(repeat_unit)
  1228.     ADD_QUAL(allele);
  1229.     ADD_QUAL(citation);
  1230.     ADD_QUAL(db_xref);
  1231.     ADD_QUAL(evidence);
  1232.     ADD_QUAL(function);
  1233.     ADD_QUAL(gene);
  1234.     ADD_QUAL(label);
  1235.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1236.     ADD_QUAL(map);
  1237.     ADD_QUAL(note);
  1238.     ADD_QUAL(rpt_family);
  1239.     ADD_QUAL(rpt_type);
  1240.     ADD_QUAL(rpt_unit);
  1241.     ADD_QUAL(usedin);
  1242. END_SUBTYPE
  1244. START_SUBTYPE(rep_origin)
  1245.     ADD_QUAL(allele);
  1246.     ADD_QUAL(citation);
  1247.     ADD_QUAL(db_xref);
  1248.     ADD_QUAL(direction);
  1249.     ADD_QUAL(evidence);
  1250.     ADD_QUAL(gene);
  1251.     ADD_QUAL(label);
  1252.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1253.     ADD_QUAL(map);
  1254.     ADD_QUAL(note);
  1255.     ADD_QUAL(standard_name);
  1256.     ADD_QUAL(usedin);
  1257. END_SUBTYPE
  1259. START_SUBTYPE(S_region)
  1260.     ADD_QUAL(allele);
  1261.     ADD_QUAL(citation);
  1262.     ADD_QUAL(db_xref);
  1263.     ADD_QUAL(evidence);
  1264.     ADD_QUAL(gene);
  1265.     ADD_QUAL(label);
  1266.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1267.     ADD_QUAL(map);
  1268.     ADD_QUAL(note);
  1269.     ADD_QUAL(product);
  1270.     ADD_QUAL(pseudo);
  1271.     ADD_QUAL(standard_name);
  1272.     ADD_QUAL(usedin);
  1273. END_SUBTYPE
  1275. START_SUBTYPE(satellite)
  1276.     ADD_QUAL(allele);
  1277.     ADD_QUAL(citation);
  1278.     ADD_QUAL(db_xref);
  1279.     ADD_QUAL(evidence);
  1280.     ADD_QUAL(gene);
  1281.     ADD_QUAL(label);
  1282.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1283.     ADD_QUAL(map);
  1284.     ADD_QUAL(note);
  1285.     ADD_QUAL(rpt_family);
  1286.     ADD_QUAL(rpt_type);
  1287.     ADD_QUAL(rpt_unit);
  1288.     ADD_QUAL(standard_name);
  1289.     ADD_QUAL(usedin);
  1290. END_SUBTYPE
  1292. START_SUBTYPE(sig_peptide)
  1293.     ADD_QUAL(allele);
  1294.     ADD_QUAL(citation);
  1295.     ADD_QUAL(db_xref);
  1296.     ADD_QUAL(evidence);
  1297.     ADD_QUAL(function);
  1298.     ADD_QUAL(gene);
  1299.     ADD_QUAL(label);
  1300.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1301.     ADD_QUAL(map);
  1302.     ADD_QUAL(note);
  1303.     ADD_QUAL(product);
  1304.     ADD_QUAL(protein_id);
  1305.     ADD_QUAL(pseudo);
  1306.     ADD_QUAL(standard_name);
  1307.     ADD_QUAL(usedin);
  1308. END_SUBTYPE
  1310. START_SUBTYPE(source)
  1311.     ADD_QUAL(cell_line);
  1312.     ADD_QUAL(cell_type);
  1313.     ADD_QUAL(chromosome);
  1314.     ADD_QUAL(citation);
  1315.     ADD_QUAL(clone);
  1316.     ADD_QUAL(clone_lib);
  1317.     ADD_QUAL(country);
  1318.     ADD_QUAL(cultivar);
  1319.     ADD_QUAL(db_xref);
  1320.     ADD_QUAL(dev_stage);
  1321.     ADD_QUAL(ecotype);
  1322.     ADD_QUAL(environmental_sample);
  1323.     ADD_QUAL(focus);
  1324.     ADD_QUAL(frequency);
  1325.     ADD_QUAL(germline);
  1326.     ADD_QUAL(haplotype);
  1327.     ADD_QUAL(isolate);
  1328.     ADD_QUAL(isolation_source);
  1329.     ADD_QUAL(lab_host);
  1330.     ADD_QUAL(label);
  1331.     ADD_QUAL(macronuclear);
  1332.     ADD_QUAL(map);
  1333.     ADD_QUAL(mol_type);
  1334.     ADD_QUAL(note);
  1335.     ADD_QUAL(organelle);
  1336.     ADD_QUAL(organism);
  1337.     ADD_QUAL(plasmid);
  1338.     ADD_QUAL(pop_variant);
  1339.     ADD_QUAL(proviral);
  1340.     ADD_QUAL(rearranged);
  1341.     ADD_QUAL(segment);
  1342.     ADD_QUAL(serotype);
  1343.     ADD_QUAL(serovar);
  1344.     ADD_QUAL(sex);
  1345.     ADD_QUAL(specific_host);
  1346.     ADD_QUAL(specimen_voucher);
  1347.     ADD_QUAL(strain);
  1348.     ADD_QUAL(sub_clone);
  1349.     ADD_QUAL(sub_species);
  1350.     ADD_QUAL(sub_strain);
  1351.     ADD_QUAL(tissue_lib);
  1352.     ADD_QUAL(tissue_type);
  1353.     ADD_QUAL(transgenic);
  1354.     ADD_QUAL(usedin);
  1355.     ADD_QUAL(variety);
  1356.     ADD_QUAL(virion);
  1357. END_SUBTYPE
  1359. START_SUBTYPE(stem_loop)
  1360.     ADD_QUAL(allele);
  1361.     ADD_QUAL(citation);
  1362.     ADD_QUAL(db_xref);
  1363.     ADD_QUAL(evidence);
  1364.     ADD_QUAL(function);
  1365.     ADD_QUAL(gene);
  1366.     ADD_QUAL(label);
  1367.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1368.     ADD_QUAL(map);
  1369.     ADD_QUAL(note);
  1370.     ADD_QUAL(operon);
  1371.     ADD_QUAL(standard_name);
  1372.     ADD_QUAL(usedin);
  1373. END_SUBTYPE
  1375. START_SUBTYPE(STS)
  1376.     ADD_QUAL(allele);
  1377.     ADD_QUAL(citation);
  1378.     ADD_QUAL(db_xref);
  1379.     ADD_QUAL(evidence);
  1380.     ADD_QUAL(gene);
  1381.     ADD_QUAL(label);
  1382.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1383.     ADD_QUAL(map);
  1384.     ADD_QUAL(note);
  1385.     ADD_QUAL(standard_name);
  1386.     ADD_QUAL(usedin);
  1387. END_SUBTYPE
  1389. START_SUBTYPE(TATA_signal)
  1390.     ADD_QUAL(allele);
  1391.     ADD_QUAL(citation);
  1392.     ADD_QUAL(db_xref);
  1393.     ADD_QUAL(evidence);
  1394.     ADD_QUAL(gene);
  1395.     ADD_QUAL(label);
  1396.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1397.     ADD_QUAL(map);
  1398.     ADD_QUAL(note);
  1399.     ADD_QUAL(usedin);
  1400. END_SUBTYPE
  1402. START_SUBTYPE(terminator)
  1403.     ADD_QUAL(allele);
  1404.     ADD_QUAL(citation);
  1405.     ADD_QUAL(db_xref);
  1406.     ADD_QUAL(evidence);
  1407.     ADD_QUAL(gene);
  1408.     ADD_QUAL(label);
  1409.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1410.     ADD_QUAL(map);
  1411.     ADD_QUAL(note);
  1412.     ADD_QUAL(operon);
  1413.     ADD_QUAL(standard_name);
  1414.     ADD_QUAL(usedin);
  1415. END_SUBTYPE
  1417. START_SUBTYPE(transit_peptide)
  1418.     ADD_QUAL(allele);
  1419.     ADD_QUAL(citation);
  1420.     ADD_QUAL(db_xref);
  1421.     ADD_QUAL(evidence);
  1422.     ADD_QUAL(function);
  1423.     ADD_QUAL(gene);
  1424.     ADD_QUAL(label);
  1425.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1426.     ADD_QUAL(map);
  1427.     ADD_QUAL(note);
  1428.     ADD_QUAL(product);
  1429.     ADD_QUAL(pseudo);
  1430.     ADD_QUAL(standard_name);
  1431.     ADD_QUAL(usedin);
  1432. END_SUBTYPE
  1434. START_SUBTYPE(unsure)
  1435.     ADD_QUAL(allele);
  1436.     ADD_QUAL(citation);
  1437.     ADD_QUAL(db_xref);
  1438.     ADD_QUAL(evidence);
  1439.     ADD_QUAL(gene);
  1440.     ADD_QUAL(label);
  1441.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1442.     ADD_QUAL(map);
  1443.     ADD_QUAL(note);
  1444.     ADD_QUAL(replace);
  1445.     ADD_QUAL(usedin);
  1446. END_SUBTYPE
  1448. START_SUBTYPE(V_region)
  1449.     ADD_QUAL(allele);
  1450.     ADD_QUAL(citation);
  1451.     ADD_QUAL(db_xref);
  1452.     ADD_QUAL(evidence);
  1453.     ADD_QUAL(gene);
  1454.     ADD_QUAL(label);
  1455.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1456.     ADD_QUAL(map);
  1457.     ADD_QUAL(note);
  1458.     ADD_QUAL(product);
  1459.     ADD_QUAL(pseudo);
  1460.     ADD_QUAL(standard_name);
  1461.     ADD_QUAL(usedin);
  1462. END_SUBTYPE
  1464. START_SUBTYPE(V_segment)
  1465.     ADD_QUAL(allele);
  1466.     ADD_QUAL(citation);
  1467.     ADD_QUAL(db_xref);
  1468.     ADD_QUAL(evidence);
  1469.     ADD_QUAL(gene);
  1470.     ADD_QUAL(label);
  1471.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1472.     ADD_QUAL(map);
  1473.     ADD_QUAL(note);
  1474.     ADD_QUAL(product);
  1475.     ADD_QUAL(pseudo);
  1476.     ADD_QUAL(standard_name);
  1477.     ADD_QUAL(usedin);
  1478. END_SUBTYPE
  1480. START_SUBTYPE(variation)
  1481.     ADD_QUAL(allele);
  1482.     ADD_QUAL(citation);
  1483.     ADD_QUAL(db_xref);
  1484.     ADD_QUAL(evidence);
  1485.     ADD_QUAL(frequency);
  1486.     ADD_QUAL(gene);
  1487.     ADD_QUAL(label);
  1488.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1489.     ADD_QUAL(map);
  1490.     ADD_QUAL(note);
  1491.     ADD_QUAL(phenotype);
  1492.     ADD_QUAL(product);
  1493.     ADD_QUAL(replace);
  1494.     ADD_QUAL(standard_name);
  1495.     ADD_QUAL(usedin);
  1496. END_SUBTYPE
  1498. //START_SUBTYPE(virion)
  1500. START_SUBTYPE(3clip)
  1501.     ADD_QUAL(allele);
  1502.     ADD_QUAL(citation);
  1503.     ADD_QUAL(db_xref);
  1504.     ADD_QUAL(evidence);
  1505.     ADD_QUAL(function);
  1506.     ADD_QUAL(gene);
  1507.     ADD_QUAL(label);
  1508.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1509.     ADD_QUAL(map);
  1510.     ADD_QUAL(note);
  1511.     ADD_QUAL(standard_name);
  1512.     ADD_QUAL(usedin);
  1513. END_SUBTYPE
  1515. START_SUBTYPE(3UTR)
  1516.     ADD_QUAL(allele);
  1517.     ADD_QUAL(citation);
  1518.     ADD_QUAL(db_xref);
  1519.     ADD_QUAL(evidence);
  1520.     ADD_QUAL(function);
  1521.     ADD_QUAL(gene);
  1522.     ADD_QUAL(label);
  1523.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1524.     ADD_QUAL(map);
  1525.     ADD_QUAL(note);
  1526.     ADD_QUAL(standard_name);
  1527.     ADD_QUAL(usedin);
  1528. END_SUBTYPE
  1530. START_SUBTYPE(5clip)
  1531.     ADD_QUAL(allele);
  1532.     ADD_QUAL(citation);
  1533.     ADD_QUAL(db_xref);
  1534.     ADD_QUAL(evidence);
  1535.     ADD_QUAL(function);
  1536.     ADD_QUAL(gene);
  1537.     ADD_QUAL(label);
  1538.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1539.     ADD_QUAL(map);
  1540.     ADD_QUAL(note);
  1541.     ADD_QUAL(standard_name);
  1542.     ADD_QUAL(usedin);
  1543. END_SUBTYPE
  1545. START_SUBTYPE(5UTR)
  1546.     ADD_QUAL(allele);
  1547.     ADD_QUAL(citation);
  1548.     ADD_QUAL(db_xref);
  1549.     ADD_QUAL(evidence);
  1550.     ADD_QUAL(function);
  1551.     ADD_QUAL(gene);
  1552.     ADD_QUAL(label);
  1553.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1554.     ADD_QUAL(map);
  1555.     ADD_QUAL(note);
  1556.     ADD_QUAL(standard_name);
  1557.     ADD_QUAL(usedin);
  1558. END_SUBTYPE
  1560. START_SUBTYPE(10_signal)
  1561.     ADD_QUAL(allele);
  1562.     ADD_QUAL(citation);
  1563.     ADD_QUAL(db_xref);
  1564.     ADD_QUAL(evidence);
  1565.     ADD_QUAL(gene);
  1566.     ADD_QUAL(label);
  1567.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1568.     ADD_QUAL(map);
  1569.     ADD_QUAL(note);
  1570.     ADD_QUAL(operon);
  1571.     ADD_QUAL(standard_name);
  1572.     ADD_QUAL(usedin);
  1573. END_SUBTYPE
  1575. START_SUBTYPE(35_signal)
  1576.     ADD_QUAL(allele);
  1577.     ADD_QUAL(citation);
  1578.     ADD_QUAL(db_xref);
  1579.     ADD_QUAL(evidence);
  1580.     ADD_QUAL(gene);
  1581.     ADD_QUAL(label);
  1582.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1583.     ADD_QUAL(map);
  1584.     ADD_QUAL(note);
  1585.     ADD_QUAL(operon);
  1586.     ADD_QUAL(standard_name);
  1587.     ADD_QUAL(usedin);
  1588. END_SUBTYPE
  1590. START_SUBTYPE(gap)
  1591.     ADD_QUAL(estimated_length);
  1592. END_SUBTYPE
  1594. START_SUBTYPE(operon)
  1595.     ADD_QUAL(allele);
  1596.     ADD_QUAL(citation);
  1597.     ADD_QUAL(db_xref);
  1598.     ADD_QUAL(evidence);
  1599.     ADD_QUAL(function);
  1600.     ADD_QUAL(label);
  1601.     ADD_QUAL(map);
  1602.     ADD_QUAL(note);
  1603.     ADD_QUAL(operon);
  1604.     ADD_QUAL(phenotype);
  1605.     ADD_QUAL(pseudo);
  1606.     ADD_QUAL(standard_name);
  1607.     ADD_QUAL(usedin);
  1608. END_SUBTYPE
  1610. START_SUBTYPE(oriT)
  1611.     ADD_QUAL(allele);
  1612.     ADD_QUAL(bound_moiety);
  1613.     ADD_QUAL(citation);
  1614.     ADD_QUAL(db_xref);
  1615.     ADD_QUAL(direction);
  1616.     ADD_QUAL(evidence);
  1617.     ADD_QUAL(gene);
  1618.     ADD_QUAL(label);
  1619.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1620.     ADD_QUAL(map);
  1621.     ADD_QUAL(note);
  1622.     ADD_QUAL(rpt_family);
  1623.     ADD_QUAL(rpt_type);
  1624.     ADD_QUAL(rpt_unit);
  1625.     ADD_QUAL(standard_name);
  1626.     ADD_QUAL(usedin);
  1627. END_SUBTYPE
  1629. //START_SUBTYPE(site_ref)
  1630. //END_SUBTYPE
  1632. START_SUBTYPE(region)
  1633.     ADD_QUAL(allele);
  1634.     ADD_QUAL(citation);
  1635.     ADD_QUAL(db_xref);
  1636.     ADD_QUAL(evidence);
  1637.     ADD_QUAL(gene);
  1638.     ADD_QUAL(label);
  1639.     ADD_QUAL(locus_tag);
  1640.     ADD_QUAL(map);
  1641.     ADD_QUAL(note);
  1642.     ADD_QUAL(product);
  1643.     ADD_QUAL(pseudo);
  1644.     ADD_QUAL(standard_name);
  1645.     ADD_QUAL(usedin);
  1646. END_SUBTYPE
  1648. //START_SUBTYPE(comment)
  1649. //END_SUBTYPE
  1651. //START_SUBTYPE(bond)
  1652. //END_SUBTYPE
  1654. //START_SUBTYPE(site)
  1655. //END_SUBTYPE
  1657. //START_SUBTYPE(rsite)
  1658. //END_SUBTYPE
  1660. //START_SUBTYPE(user)
  1661. //END_SUBTYPE
  1663. //START_SUBTYPE(txinit)
  1664. //END_SUBTYPE
  1666. //START_SUBTYPE(num)
  1667. //END_SUBTYPE
  1669. //START_SUBTYPE(psec_str)
  1670. //END_SUBTYPE
  1672. //START_SUBTYPE(non_std_residue)
  1673. //END_SUBTYPE
  1675. //START_SUBTYPE(het)
  1676. //END_SUBTYPE
  1678. //START_SUBTYPE(biosrc)
  1679. //END_SUBTYPE
  1681. #undef START_SUBTYPE
  1682. #undef ADD_QUAL
  1683. #undef END_SYBTYPE
  1684. }
  1687. void CSeqFeatData::x_InitMandatoryQuals(void)
  1688. {
  1689.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_conflict].push_back(eQual_citation);
  1690.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_gap].push_back(eQual_estimated_length);
  1691.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_misc_binding].push_back(eQual_bound_moiety);
  1692.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_protein_bind].push_back(eQual_bound_moiety);
  1693.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_modified_base].push_back(eQual_mod_base);
  1694.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_old_sequence].push_back(eQual_citation);
  1695.     sm_MandatoryQuals[eSubtype_operon].push_back(eQual_operon);
  1696. }
  1699. void CSeqFeatData::x_InitQuals(void)
  1700. {
  1701.     static bool initialized = false;
  1702.     
  1703.     if ( initialized ) {
  1704.         return;
  1705.     }
  1706.     x_InitLegalQuals();
  1707.     x_InitMandatoryQuals();
  1709.     initialized = true;
  1710. }
  1712. typedef pair<CSeqFeatData::EQualifier, string> TQualPair;
  1713. static const TQualPair kQualPairs[] = {
  1714.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_bad, "bad"),
  1715.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_allele, "allele"),
  1716.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_anticodon, "anticodon"),
  1717.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_bound_moiety, "bound_moiety"),
  1718.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_cell_line, "cell_line"),
  1719.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_cell_type, "cell_type"),
  1720.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_chromosome, "chromosome"),
  1721.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_citation, "citation"),
  1722.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_clone, "clone"),
  1723.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_clone_lib, "clone_lib"),
  1724.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_codon, "codon"),
  1725.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_codon_start, "cons_splice"),
  1726.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_cons_splice, "cons_splice"),
  1727.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_country, "country"),
  1728.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_cultivar, "cultivar"),
  1729.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_db_xref, "db_xref"),
  1730.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_dev_stage, "dev_stage"),
  1731.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_direction, "direction"),
  1732.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_EC_number, "EC_number"),
  1733.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_ecotype, "ecotype"),
  1734.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_environmental_sample, "environmental_sample"),
  1735.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_estimated_length, "estimated_length"),
  1736.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_evidence, "evidence"),
  1737.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_exception, "exception"),
  1738.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_focus, "focus"),
  1739.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_frequency, "frequency"),
  1740.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_function, "function"),
  1741.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_gene, "gene"),
  1742.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_germline, "germline"),
  1743.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_haplotype, "haplotype"),
  1744.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_insertion_seq, "insertion_seq"),
  1745.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_isolate, "isolate"),
  1746.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_isolation_source, "isolation_source"),
  1747.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_label, "label"),
  1748.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_lab_host, "lab_host"),
  1749.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_locus_tag, "locus_tag"),
  1750.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_map, "map"),
  1751.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_macronuclear, "macronuclear"),
  1752.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_mod_base, "mod_base"),
  1753.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_mol_type, "mol_type"),
  1754.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_note, "note"),
  1755.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_number, "number"),
  1756.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_operon, "operon"),
  1757.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_organelle, "organelle"),
  1758.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_organism, "organism"),
  1759.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_partial, "partial"),
  1760.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_PCR_conditions, "PCR_conditions"),
  1761.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_phenotype, "phenotype"),
  1762.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_pop_variant, "pop_variant"),
  1763.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_plasmid, "plasmid"),
  1764.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_product, "product"),
  1765.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_protein_id, "protein_id"),
  1766.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_proviral, "proviral"),
  1767.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_pseudo, "pseudo"),
  1768.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_rearranged, "rearranged"),
  1769.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_replace, "replace"),
  1770.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_rpt_family, "rpt_family"),
  1771.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_rpt_type, "rpt_type"),
  1772.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_rpt_unit, "rpt_unit"),
  1773.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_segment, "segment"),
  1774.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_sequence_mol, "sequence_mol"),
  1775.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_serotype, "serotype"),
  1776.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_serovar, "serovar"),
  1777.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_sex, "sex"),
  1778.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_specific_host, "specific_host"),
  1779.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_specimen_voucher, "specimen_voucher"),
  1780.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_standard_name, "standard_name"),
  1781.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_strain, "strain"),
  1782.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_sub_clone, "sub_clone"),
  1783.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_sub_species, "sub_species"),
  1784.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_sub_strain, "sub_strain"),
  1785.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_tissue_lib, "tissue_lib"),
  1786.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_tissue_type, "tissue_type"),
  1787.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_transgenic, "transgenic"),
  1788.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_translation, "translation"),
  1789.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_transl_except, "transl_except"),
  1790.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_transl_table, "transl_table"),
  1791.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_transposon, "transposon"),
  1792.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_usedin, "usedin"),
  1793.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_variety, "variety"),
  1794.     TQualPair(CSeqFeatData::eQual_virion, "virion"),
  1795. };
  1797. typedef CStaticArrayMap<CSeqFeatData::EQualifier, string> TQualsMap;
  1798. static const TQualsMap sc_QualPairs(kQualPairs, sizeof(kQualPairs));
  1800. const string& CSeqFeatData::GetQulifierAsString(EQualifier qual)
  1801. {
  1802.     TQualsMap::const_iterator iter = sc_QualPairs.find(qual);
  1803.     return (iter != sc_QualPairs.end()) ? iter->second : kEmptyStr;
  1804. }
  1807. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  1809. END_NCBI_SCOPE
  1811. /*
  1812. * ===========================================================================
  1813. *
  1814. * $Log: SeqFeatData.cpp,v $
  1815. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:34:09  gouriano
  1816. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.13
  1817. *
  1818. * Revision 6.13  2004/05/19 17:26:04  gorelenk
  1819. * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  1820. *
  1821. * Revision 6.12  2004/05/19 14:41:02  shomrat
  1822. * Added list of qualifiers
  1823. *
  1824. * Revision 6.11  2004/03/10 21:33:43  shomrat
  1825. * Fixed key for genbank vocabulary
  1826. *
  1827. * Revision 6.10  2003/10/24 17:14:28  shomrat
  1828. * added gap, operaon and oriT subtypes
  1829. *
  1830. * Revision 6.9  2003/06/02 18:06:10  ucko
  1831. * GetSubtype: handle imported features more efficiently.
  1832. *
  1833. * Revision 6.8  2003/05/20 01:29:39  ucko
  1834. * Added missing punctuation in imported keys' names.
  1835. *
  1836. * Revision 6.7  2003/05/19 18:21:32  ucko
  1837. * Add "break" statement accidentally dropped in last change.
  1838. *
  1839. * Revision 6.6  2003/05/19 17:35:56  ucko
  1840. * GetSubtype: properly honor Prot-ref.processed, and ignore bogus
  1841. * imports with corresponding names.
  1842. *
  1843. * Revision 6.5  2003/04/19 16:38:45  dicuccio
  1844. * Remove compiler warning about nested comments
  1845. *
  1846. * Revision 6.4  2003/04/18 21:21:25  kans
  1847. * added GetTypeFromSubtype, moved log to end of file
  1848. *
  1849. * Revision 6.3  2002/03/22 16:13:42  ucko
  1850. * CSeqFeatData::GetKey: return "Prot" rather than "Protein" in default
  1851. * vocabulary.  (Keep "Protein" for Genbank).
  1852. *
  1853. * Revision 6.2  2002/03/06 21:59:48  ucko
  1854. * CSeqFeatData::GetKey: return (misc_)RNA rather than extended name for
  1855. * RNA of type "other."
  1856. *
  1857. * Revision 6.1  2001/10/30 20:25:58  ucko
  1858. * Implement feature labels/keys, subtypes, and sorting
  1859. *
  1860. *
  1861. * ===========================================================================
  1862. */
  1863. /* Original file checksum: lines: 61, chars: 1894, CRC32: 86fb976 */