Gene_ref.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Gene_ref.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:47  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Gene_ref.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:33:47 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  .......
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the ASN data definition file
  42.  *   'seqfeat.asn'.
  43.  *
  44.  * ---------------------------------------------------------------------------
  45.  * $Log: Gene_ref.cpp,v $
  46.  * Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:47  gouriano
  47.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.5
  48.  *
  49.  * Revision 6.5  2004/05/19 17:26:04  gorelenk
  50.  * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  51.  *
  52.  * Revision 6.4  2003/01/27 17:35:40  shomrat
  53.  * Added Locus_tag to GetLabel
  54.  *
  55.  * Revision 6.3  2002/12/27 23:01:02  kans
  56.  * added IsSuppressed
  57.  *
  58.  * Revision 6.2  2002/11/15 17:40:35  ucko
  59.  * Before using syn, make sure it's not only set but non-empty.
  60.  *
  61.  * Revision 6.1  2002/01/10 19:58:38  clausen
  62.  * Added GetLabel
  63.  *
  64.  *
  65.  * ===========================================================================
  66.  */
  67. // standard includes
  68. // generated includes
  69. #include <ncbi_pch.hpp>
  70. #include <objects/seqfeat/Gene_ref.hpp>
  71. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  72. // generated classes
  73. BEGIN_NCBI_SCOPE
  74. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  75. // destructor
  76. CGene_ref::~CGene_ref(void)
  77. {
  78. }
  79. // Appends a label to "label" based on content
  80. void CGene_ref::GetLabel(string* label) const
  81. {
  82.     if (IsSetLocus()) {
  83.         *label += GetLocus();
  84.     } else if (IsSetDesc()) {
  85.         *label += GetDesc();
  86.     } else if (IsSetLocus_tag()) {
  87.         *label += GetLocus_tag();
  88.     } else if (IsSetSyn() && !GetSyn().empty()) {
  89.         *label += *GetSyn().begin();
  90.     } else if (IsSetDb() && GetDb().size() > 0) {
  91.         GetDb().front()->GetLabel(label);
  92.     } else if (IsSetMaploc()) {
  93.         *label += GetMaploc();
  94.     }
  95. }
  96. // Checks for an emtpy Gene-ref used for suppressing /gene by overlap
  97. bool CGene_ref::IsSuppressed(void) const
  98. {
  99.     if ((IsSetLocus() && GetLocus().size() > 0) ||
  100.         (IsSetDesc() && GetDesc().size() > 0) ||
  101.         (IsSetSyn() && ! GetSyn().empty()) ||
  102.         (IsSetLocus_tag() && GetLocus_tag().size() > 0) ||
  103.         (IsSetDb() && GetDb().size() > 0) ||
  104.         (IsSetAllele() && GetAllele().size() > 0) ||
  105.         (IsSetMaploc() && GetMaploc().size() > 0)) {
  106.         return false;
  107.     }
  108.     return true;
  109. }
  110. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  111. END_NCBI_SCOPE
  112. /* Original file checksum: lines: 61, chars: 1885, CRC32: 1a0ef8cd */