开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
User_object.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：17k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

User_object.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: User_object.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/06/01 19:32:32  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: User_object.cpp,v 1000.4 2004/06/01 19:32:32 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  .......
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *   .......
  39.  *
  40.  * Remark:
  41.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  42.  *   using specifications from the ASN data definition file
  43.  *   'general.asn'.
  44.  */
  46. // standard includes
  48. // generated includes
  49. #include <ncbi_pch.hpp>
  50. #include <objects/general/User_object.hpp>
  51. #include <objects/general/User_field.hpp>
  52. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  53. #include <corelib/ncbiexpt.hpp>
  55. // generated classes
  57. BEGIN_NCBI_SCOPE
  59. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  61. // destructor
  62. CUser_object::~CUser_object(void)
  63. {
  64. }
  67. //
  68. // retrieve a named field.  The named field can recurse, depending
  69. // on a set of user-defined delimiters
  70. //
  71. const CUser_field& CUser_object::GetField(const string& str,
  72.                                           const string& delim) const
  73. {
  74.     list<string> toks;
  75.     NStr::Split(str, delim, toks);
  77.     CConstRef<CUser_object> obj_ref(this);
  78.     CConstRef<CUser_field>  field_ref;
  79.     ITERATE(list<string>, iter, toks) {
  80.         if (obj_ref) {
  81.             ITERATE(TData, field_iter, obj_ref->GetData()) {
  82.                 const CUser_field& field = **field_iter;
  83.                 if (field.IsSetLabel()  &&  field.GetLabel().IsStr()  &&
  84.                     field.GetLabel().GetStr() == *iter) {
  85.                     field_ref.Reset(&field);
  86.                     obj_ref.Reset();
  87.                     break;
  88.                 }
  89.             }
  90.         } else if (field_ref) {
  91.             switch (field_ref->GetData().Which()) {
  92.             case CUser_field::TData::e_Object:
  93.                 break;
  94.             case CUser_field::TData::e_Objects:
  95.                 break;
  96.             case CUser_field::TData::e_Fields:
  97.                 break;
  98.             default:
  99.                 NCBI_THROW(CException, eUnknown,
  100.                     "illegal recursion");
  101.             }
  102.         }
  103.     }
  105.     if ( field_ref ) {
  106.         return *field_ref;
  107.     }
  108.     NCBI_THROW(CException, eUnknown,
  109.         "field not found");
  110. }
  113. bool CUser_object::HasField(const string& str,
  114.                             const string& delim) const
  115. {
  116.     list<string> toks;
  117.     NStr::Split(str, delim, toks);
  119.     CConstRef<CUser_object> obj_ref(this);
  120.     CConstRef<CUser_field>  field_ref;
  121.     ITERATE(list<string>, iter, toks) {
  122.         if (obj_ref) {
  123.             ITERATE(TData, field_iter, obj_ref->GetData()) {
  124.                 const CUser_field& field = **field_iter;
  125.                 if (field.IsSetLabel()  &&  field.GetLabel().IsStr()  &&
  126.                     field.GetLabel().GetStr() == *iter) {
  127.                     field_ref.Reset(&field);
  128.                     obj_ref.Reset();
  129.                     break;
  130.                 }
  131.             }
  132.         } else if (field_ref) {
  133.             switch (field_ref->GetData().Which()) {
  134.             case CUser_field::TData::e_Object:
  135.                 break;
  136.             case CUser_field::TData::e_Objects:
  137.                 break;
  138.             case CUser_field::TData::e_Fields:
  139.                 break;
  140.             default:
  141.                 return false;
  142.             }
  143.         }
  144.     }
  146.     if ( field_ref ) {
  147.         return true;
  148.     }
  150.     return false;
  151. }
  154. //
  155. // retrieve a named field.  The named field can recurse, depending
  156. // on a set of user-defined delimiters
  157. //
  158. CUser_field& CUser_object::SetField(const string& str,
  159.                                     const string& delim)
  160. {
  161.     list<string> toks;
  162.     NStr::Split(str, delim, toks);
  164.     CRef<CUser_object> obj_ref(this);
  165.     CRef<CUser_field>  field_ref;
  166.     ITERATE(list<string>, iter, toks) {
  167.         // recurse - make our field an object
  168.         if (field_ref) {
  169.             obj_ref.Reset(&field_ref->SetData().SetObject());
  170.         }
  172.         // find the named field at this object's level
  173.         NON_CONST_ITERATE(TData, field_iter, obj_ref->SetData()) {
  174.             CUser_field& field = **field_iter;
  175.             if (field.IsSetLabel()  &&  field.GetLabel().IsStr()  &&
  176.                 field.GetLabel().GetStr() == *iter) {
  177.                 field_ref.Reset(&field);
  178.                 break;
  179.             }
  180.         }
  182.         // if we didn't find it, add a new field
  183.         if ( !field_ref ) {
  184.             field_ref.Reset(new CUser_field());
  185.             field_ref->SetLabel().SetStr(*iter);
  186.             obj_ref->SetData().push_back(field_ref);
  187.         }
  188.     }
  190.     return *field_ref;
  191. }
  194. // add a data field to the user object that holds a given value
  195. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  196.                                      const string& value)
  197. {
  198.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  199.     field->SetLabel().SetStr(label);
  200.     field->SetData().SetStr(value);
  202.     SetData().push_back(field);
  203.     return *this;
  204. }
  207. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  208.                                      int           value)
  209. {
  210.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  211.     field->SetLabel().SetStr(label);
  212.     field->SetData().SetInt(value);
  214.     SetData().push_back(field);
  215.     return *this;
  216. }
  219. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  220.                                      double        value)
  221. {
  222.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  223.     field->SetLabel().SetStr(label);
  224.     field->SetData().SetReal(value);
  226.     SetData().push_back(field);
  227.     return *this;
  228. }
  231. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  232.                                      bool          value)
  233. {
  234.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  235.     field->SetLabel().SetStr(label);
  236.     field->SetData().SetBool(value);
  238.     SetData().push_back(field);
  239.     return *this;
  240. }
  243. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  244.                                      CUser_object& object)
  245. {
  246.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  247.     field->SetLabel().SetStr(label);
  248.     field->SetData().SetObject(object);
  250.     SetData().push_back(field);
  251.     return *this;
  252. }
  255. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  256.                                      const vector<string>& value)
  257. {
  258.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  259.     field->SetLabel().SetStr(label);
  260.     field->SetNum(value.size());
  261.     ITERATE (vector<string>, iter, value) {
  262.         field->SetData().SetStrs().push_back(*iter);
  263.     }
  265.     SetData().push_back(field);
  266.     return *this;
  267. }
  270. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  271.                                      const vector<int>&    value)
  272. {
  273.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  274.     field->SetLabel().SetStr(label);
  275.     field->SetNum(value.size());
  276.     ITERATE (vector<int>, iter, value) {
  277.         field->SetData().SetInts().push_back(*iter);
  278.     }
  280.     SetData().push_back(field);
  281.     return *this;
  282. }
  285. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  286.                                      const vector<double>& value)
  287. {
  288.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  289.     field->SetLabel().SetStr(label);
  290.     field->SetNum(value.size());
  291.     ITERATE (vector<double>, iter, value) {
  292.         field->SetData().SetReals().push_back(*iter);
  293.     }
  295.     SetData().push_back(field);
  296.     return *this;
  297. }
  300. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  301.                                      const list< CRef<CUser_object> >& objects)
  302. {
  303.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  304.     field->SetLabel().SetStr(label);
  305.     field->SetNum(objects.size());
  306.     field->SetData().SetObjects() = objects;
  308.     SetData().push_back(field);
  309.     return *this;
  310. }
  313. CUser_object& CUser_object::AddField(const string& label,
  314.                                      const list< CRef<CUser_field> >& objects)
  315. {
  316.     CRef<CUser_field> field(new CUser_field());
  317.     field->SetLabel().SetStr(label);
  318.     field->SetNum(objects.size());
  319.     field->SetData().SetFields() = objects;
  321.     SetData().push_back(field);
  322.     return *this;
  323. }
  327. // static consts here allow us to use reference counting
  328. static const string s_ncbi("NCBI");
  329. static const string s_expres("experimental_results");
  330. static const string s_exp("experiment");
  331. static const string s_sage("SAGE");
  332. static const string s_tag("tag");
  333. static const string s_count("count");
  336. // accessors: classify a given user object
  337. CUser_object::ECategory CUser_object::GetCategory(void) const
  338. {
  339.     if (!IsSetClass()  ||
  340.         GetClass() != s_ncbi) {
  341.         // we fail to recognize non-NCBI classes of user-objects
  342.         return eCategory_Unknown;
  343.     }
  345.     //
  346.     // experimental results
  347.     //
  348.     if (GetType().IsStr()  &&
  349.         NStr::CompareNocase(GetType().GetStr(), s_expres) == 0  &&
  350.         GetData().size() == 1) {
  352.         ITERATE (CUser_object::TData, iter, GetData()) {
  353.             const CUser_field& field       = **iter;
  354.             const CUser_field::TData& data = field.GetData();
  355.             if (data.Which() != CUser_field::TData::e_Object  ||
  356.                 !field.IsSetLabel()  ||
  357.                 !field.GetLabel().IsStr()  ||
  358.                 NStr::CompareNocase(field.GetLabel().GetStr(),
  359.                                     s_exp) != 0) {
  360.                 // poorly formed experiment spec
  361.                 return eCategory_Unknown;
  362.             }
  363.         }
  365.         return eCategory_Experiment;
  366.     }
  368.     //
  369.     // unrecognized - catch-all
  370.     //
  371.     return eCategory_Unknown;
  372. }
  375. // sub-category accessors:
  376. CUser_object::EExperiment CUser_object::GetExperimentType(void) const
  377. {
  378.     // check to see if we have an experiment
  379.     if ( GetCategory() != eCategory_Experiment) {
  380.         return eExperiment_Unknown;
  381.     }
  383.     // we do - so we have one nested user object that contains the
  384.     // specification of the experimental data
  385.     const CUser_field& field = *GetData().front();
  386.     const CUser_object& obj = field.GetData().GetObject();
  387.     if (obj.GetType().IsStr()  &&
  388.         NStr::CompareNocase(obj.GetType().GetStr(), s_sage) == 0) {
  389.         return eExperiment_Sage;
  390.     }
  392.     //
  393.     // catch-all
  394.     //
  395.     return eExperiment_Unknown;
  396. }
  399. // sub-category accessors:
  400. const CUser_object& CUser_object::GetExperiment(void) const
  401. {
  402.     switch (GetExperimentType()) {
  403.     case eExperiment_Sage:
  404.         // we have one nested user object that contains the
  405.         // specification of the experimental data
  406.         return GetData().front()->GetData().GetObject();
  407.         break;
  409.     case eExperiment_Unknown:
  410.     default:
  411.         return *this;
  412.     }
  413. }
  416. //
  417. // format the type specification fo a given user object
  418. //
  419. static string s_GetUserObjectType(const CUser_object& obj)
  420. {
  421.     switch (obj.GetCategory()) {
  422.     case CUser_object::eCategory_Experiment:
  423.         switch (obj.GetExperimentType()) {
  424.         case CUser_object::eExperiment_Sage:
  425.             return "SAGE";
  427.         case CUser_object::eExperiment_Unknown:
  428.         default:
  429.             return "Experiment";
  430.         }
  431.         break;
  433.     case CUser_object::eCategory_Unknown:
  434.     default:
  435.         break;
  436.     }
  438.     return "User";
  439. }
  442. static string s_GetUserObjectContent(const CUser_object& obj)
  443. {
  444.     switch (obj.GetCategory()) {
  445.     case CUser_object::eCategory_Experiment:
  446.         switch (obj.GetExperimentType()) {
  447.         case CUser_object::eExperiment_Sage:
  448.             {{
  449.                 string label;
  450.                 const CUser_object& nested_obj =
  451.                     obj.GetData().front()->GetData().GetObject();
  453.                 // grab the tag and count fields
  454.                 const CUser_field* tag = NULL;
  455.                 const CUser_field* count = NULL;
  456.                 ITERATE (CUser_object::TData, iter, nested_obj.GetData()) {
  457.                     const CUser_field& field = **iter;
  458.                     if (!field.GetLabel().IsStr()) {
  459.                         continue;
  460.                     }
  462.                     const string& label = field.GetLabel().GetStr();
  463.                     if (NStr::CompareNocase(label, s_tag) == 0) {
  464.                         tag = &field;
  465.                     } else if (NStr::CompareNocase(label, s_count) == 0) {
  466.                         count = &field;
  467.                     }
  468.                 }
  470.                 if (tag  &&  tag->GetData().IsStr()) {
  471.                     if ( !label.empty() ) {
  472.                         label += " ";
  473.                     }
  474.                     label += s_tag + "=" + tag->GetData().GetStr();
  475.                 }
  477.                 if (count  &&  count->GetData().IsInt()) {
  478.                     if ( !label.empty() ) {
  479.                         label += " ";
  480.                     }
  481.                     label += s_count + "=" +
  482.                         NStr::IntToString(count->GetData().GetInt());
  483.                 }
  485.                 return label;
  486.             }}
  488.         case CUser_object::eExperiment_Unknown:
  489.         default:
  490.             return "[experiment]";
  491.             break;
  492.         }
  493.         break;
  495.     case CUser_object::eCategory_Unknown:
  496.     default:
  497.         return "[User]";
  498.         break;
  499.     }
  500. }
  503. //
  504. // append a formatted string to a label describing this object
  505. //
  506. void CUser_object::GetLabel(string* label, ELabelContent mode) const
  507. {
  508.     // Check the label is not null
  509.     if (!label) {
  510.         return;
  511.     }
  513.     switch (mode) {
  514.     case eType:
  515.         *label += s_GetUserObjectType(*this);
  516.         break;
  517.     case eContent:
  518.         *label += s_GetUserObjectContent(*this);
  519.         break;
  520.     case eBoth:
  521.         *label += s_GetUserObjectType(*this) + ": " +
  522.             s_GetUserObjectContent(*this);
  523.         break;
  524.     }
  525. }
  528. CUser_object& CUser_object::SetCategory(ECategory category)
  529. {
  530.     Reset();
  531.     SetClass(s_ncbi);
  532.     switch (category) {
  533.     case eCategory_Experiment:
  534.         SetType().SetStr(s_expres);
  535.         {{
  536.             CRef<CUser_object> subobj(new CUser_object());
  537.             AddField(s_exp, *subobj);
  538.             SetClass(s_ncbi);
  539.             return *subobj;
  540.         }}
  541.         break;
  543.     case eCategory_Unknown:
  544.     default:
  545.         break;
  546.     }
  548.     return *this;
  549. }
  552. CUser_object& CUser_object::SetExperiment(EExperiment category)
  553. {
  554.     Reset();
  555.     SetClass(s_ncbi);
  556.     switch (category) {
  557.     case eExperiment_Sage:
  558.         SetType().SetStr(s_sage);
  559.         break;
  561.     case eExperiment_Unknown:
  562.     default:
  563.         break;
  564.     }
  566.     return *this;
  567. }
  570. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  572. END_NCBI_SCOPE
  575. /*
  576. * ===========================================================================
  577. *
  578. * $Log: User_object.cpp,v $
  579. * Revision 1000.4  2004/06/01 19:32:32  gouriano
  580. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.7
  581. *
  582. * Revision 6.7  2004/05/19 17:21:39  gorelenk
  583. * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  584. *
  585. * Revision 6.6  2004/01/20 20:38:09  vasilche
  586. * Added required includes.
  587. *
  588. * Revision 6.5  2003/11/21 14:45:01  grichenk
  589. * Replaced runtime_error with CException
  590. *
  591. * Revision 6.4  2003/11/14 16:12:45  shomrat
  592. * fixed GetLabel so it will append to string and not replace it
  593. *
  594. * Revision 6.3  2003/09/29 15:57:15  dicuccio
  595. * Fleshed out CUser_object API.  Added function to retrieve fields based on
  596. * delimited keys.  Added functions to format a CUser_object as a known category
  597. * (the only supported category is experiment)
  598. *
  599. * Revision 6.2  2003/06/19 01:05:51  dicuccio
  600. * Added interfaces for adding key/value items to a user object as a nested
  601. * CUser_field object
  602. *
  603. * Revision 6.1  2002/10/03 17:02:45  clausen
  604. * Added GetLabel()
  605. *
  606. *
  607. * ===========================================================================
  608. */
  609. /* Original file checksum: lines: 64, chars: 1893, CRC32: f7a70d1d */