Patent_seq_id.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Patent_seq_id.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:34:26  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.9
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Patent_seq_id.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:34:26 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  .......
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the ASN data definition file
  42.  *   'seqloc.asn'.
  43.  *
  44.  * ---------------------------------------------------------------------------
  45.  * $Log: Patent_seq_id.cpp,v $
  46.  * Revision 1000.1  2004/06/01 19:34:26  gouriano
  47.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.9
  48.  *
  49.  * Revision 6.9  2004/05/19 17:26:25  gorelenk
  50.  * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  51.  *
  52.  * Revision 6.8  2003/02/06 22:23:29  vasilche
  53.  * Added CSeq_id::Assign(), CSeq_loc::Assign().
  54.  * Added int CSeq_id::Compare() (not safe).
  55.  * Added caching of CSeq_loc::GetTotalRange().
  56.  *
  57.  * Revision 6.7  2001/08/31 16:03:58  clausen
  58.  * Removed upper casing.
  59.  *
  60.  * Revision 6.6  2000/12/29 18:11:41  ostell
  61.  * added Upcase
  62.  *
  63.  * Revision 6.5  2000/12/26 17:28:55  vasilche
  64.  * Simplified and formatted code.
  65.  *
  66.  * Revision 6.4  2000/12/08 22:19:45  ostell
  67.  * changed MakeFastString to AsFastaString and to use ostream instead of string
  68.  *
  69.  * Revision 6.3  2000/12/08 20:45:15  ostell
  70.  * added MakeFastaString()
  71.  *
  72.  * Revision 6.2  2000/11/30 21:56:25  ostell
  73.  * added Match()
  74.  *
  75.  * Revision 6.1  2000/11/30 18:39:27  ostell
  76.  * added Textseq_id.Match
  77.  *
  78.  * ===========================================================================
  79.  */
  80. #include <ncbi_pch.hpp>
  81. #include <objects/seqloc/Patent_seq_id.hpp>
  82. #include <objects/biblio/Id_pat.hpp>
  83. BEGIN_NCBI_SCOPE
  84. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  85. // destructor
  86. CPatent_seq_id::~CPatent_seq_id(void)
  87. {
  88.     return;
  89. }
  90. // comparison function
  91. bool CPatent_seq_id::Match(const CPatent_seq_id& psip2) const
  92. {
  93.     return GetSeqid() == psip2.GetSeqid()  &&  GetCit().Match(psip2.GetCit());
  94. }
  95. int CPatent_seq_id::Compare(const CPatent_seq_id& psip2) const
  96. {
  97.     int ret = GetSeqid() - psip2.GetSeqid();
  98.     if ( ret == 0 ) {
  99.         ret = GetCit().Match(psip2.GetCit())? 0: this < &psip2? -1: 1;
  100.     }
  101.     return ret;
  102. }
  103. // format a FASTA style string
  104. ostream& CPatent_seq_id::AsFastaString(ostream& s) const
  105. {
  106.     const CId_pat& idp = GetCit();
  107.     s << idp.GetCountry() << '|';  // no Upcase per Ostell - Karl 7/2001
  108.     if ( idp.GetId().IsNumber() ) {
  109.         s << idp.GetId().GetNumber();
  110.     } else {
  111.         s << idp.GetId().GetApp_number();
  112.     }
  113.     s << '|' << GetSeqid();
  114.     return s;
  115. }
  116. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  117. END_NCBI_SCOPE